법인 수입금 누락 시 비용공제 및 부당행위계산 부인 판단

요지

당해 법인의 당초 신고에서 누락된 수입금을 발견한 경우에 이에 대응하는 매입원가 등의 손금이 별도로 지출되었음이 장부 기타 증빙서류에 의하여 밝혀지는 등 특별한 사정이 없는 이상 이는 총수입금에 대응하는 총손금에 이미 포함되어 있는 것으로 볼 것이고, 이 경우 동 비용의 공제를 받고자 한다면 납세의무자가 스스로 그 누락사실을 주장・입증하여야 한다

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고 강서세무서장이 2010. 2. 3. 원고에 대하여 한 2005년 법인세 000원, 2006년 법인세 000원, 2007년 법인세 000원, 2008년 법인세 000원, 2004년 2기분 부가가치세 000원, 2005년 1기분 부가가치세 000원, 2006년 1기분 부가가치세 000원, 2006년 2기분 부가가치세 000원, 2007년 1기분 부가가치세 000원, 2007년 2기분 부가가치세 000원, 2008년 1기분 부가가치세 000원의 부과 처분을 취소하고, 피고 서울지방국세청장이 2010. 2. 3. 원고에 대하여 한 정BB에 대한 2006년 귀속 000원, 2007년 귀속 000원, 2008년 귀속 000원의 소득금액 변동통지 처분을 취소한다.

  이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 서울 강서구 0000를 본점으로 하여 택시 운송사업 등을 영위하는 법인이고, 정BB은 원고의 주주(69%)이자 대표이사이다.

나. 피고 서울지방국세청장은 원고에 대한 세무 조사를 실시하여 피고 강서세무서장에게 ⁠“① 원고가 작성하여 보관하고 있던 ’운전자별월총계‘(이하 ’이 사건 서류‘라고 한다)에 기재되어 있는 ’운송수입금액‘(’합산요금‘과 ’유량금액‘의 합계액이자 ’실입금액‘과 ’미수금액‘의 합계액이다)과 ’신고금액‘의 차액인 0000원을 익금산입하고, ② 원고가 특수관계자인 CC프라임산업 주식회사, DD상운 주식회사, EE교통 주식회사, FF운수 주식회사, GG운수 주식회사, HH운수 주식회사, II실업 주식회사(이하 ’CC프라임산업 등‘이라고 한다)에게 연 6% 정도의 이율로 자금을 대여(이하 ’이 사건 대여‘라고 한다)한 사실에 대하여, 이 사건 대여가 시가보다 낮은 이율로 대여한 경우에 해당한다고 보아 당좌대출 이자율(9%)로 계산한 이자와 수수한 이자의 차액인 0000원을 익금산입하고, 이 사건 대여가 업무와 관련이 없다고 보아 지급이자 000원을 손금불산입하며, ③ 실제로는 JJ이엔씨 주식회사(이하 'JJ이엔씨’라고 한다)로부터 공사용역을 공급받지 않았음에도 JJ이엔씨로부터 수취한 세금계산서(이하 ⁠‘이 사건 가공세금계산서’라고 한다)의 공급가액인 0000원을 손금불산입하고 매입세액 불공제하며, 실제로는 주식회사 KKKK그룹종합건축사사무소(이하 ⁠‘KKKK’이라고 한다)로부터 공사용역의 일부를 공급받았음에도 JJ이엔씨로부터 수취한 세금계산서(이하 ⁠‘이 사건 위장세금계산서’라고 한다)의 공급가액 중 0000원을 매입세액 불공제하라”고 통보하였고, 2010. 2. 3. 원고에게 정BB에 대한 2006년 귀속 000원, 2007년 귀속 000원, 2008년 귀속 000원 합계 00000원을 소득금액 변동통지 하였다(이하 ’이 사건 통지처분‘이라고 한다).

다. 이에 따라 피고 강서세무서장은 2010. 2. 3. 원고에게 2005년 법인세 000원, 2006년 법인세 000원, 2007년 법인세 000원, 2008년 법인세 000원 합계 0000원과 2004년 2기분 부가가치세 000원, 2005년 1기분 부가가치세 000원, 2006년 1기분 부가가치세 000원, 2006년 2기분 부가가치세 000원, 2007년 1기분 부가가치세 000원, 2007년 2기분 부가가치세 000원, 2008년 1기분 부가가치세 000원 합계 0000원을 경정․고지하였다(이하 '이 사건 부과처분‘이라고 한다).

라. 원고는 이에 불복하여 2010. 4. 30. 조세심판원에 심판을 청구하였으나, 위 청구는 2011. 10. 26. 기각되었다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증(각 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1 내지 13호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 피고들은 이 사건 서류에 기재되어 있는 ⁠‘실입금액’과 ⁠‘미수금액’의 합계액인 7,854,285,858원(부가가치세 제외)을 운송수입금액으로 보고 ⁠‘신고금액’ 7,159,282,829원과의 차액인 695,003,029원을 익금에 산입하였으나, ⁠‘실입금액’인 7,307,033,320원(부가가치세 제외)을 운송수입금액으로 보아야 하므로 ⁠‘실입금액’과 ⁠‘신고금액’의 차액인 0000원만을 익금에 산입하여야 한다. 또한 원고는 정부로부터 지급받은 유가보조금 전액을 잡이익으로 계상하였는바, 그 중 원고가 기사들에게 지급하여야 하는 유가보조금(이하 ⁠‘기사분 유가보조금’이라고 한다)은 운송수입에서 공제되어야 한다.

2) 원고는 CC프라임산업 등에게 적정한 이율로 자금을 대여하였으므로 이 사건 대여는 부당행위계산 부인의 대상이 될 수 없다. 또한 ① 구 법인세법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19891호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 법인세법 시행령’이라고 한다) 제89조 제3항, 구 법인세법 시행규칙(2007. 3. 30. 재정경제부령 제547호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 법인세법 시행규칙’이라고 한다) 제43조 제1항은 개별 기업의 특성을 고려하지 아니한 채 모든 기업에 대하여 획일적으로 국세청장이 정하는 이자율을 적용하여 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 법인세법’이라고 한다) 제52조의 입법 취지를 실현하지 못하고 있는 점, ⁠「부당행위계산의 부인시 적용할 당좌대월이자율 변경고시」(국세청고시 제2001-31호, 이하 ⁠‘이 사건 고시’라고 한다)는 당좌거래라는 특수한 거래에서 적용되는 초단기 금리를 시가로 정의하여 구 법인세법 제52조의 위임 범위를 일탈한 점, ② 구 법인세법 시행규칙 제43조 제1항은 시행령에서 위임받은 사항에 대하여 전혀 규정하지 아니하고 국세청고시에 그대로 재위임하여 위임금지의 원칙에 반하는 점, ③ 구 법인세법 시행령 제89조 제3항, 구 법인세법 시행규칙 제43조 제1항 및 이 사건 고시(이하 ⁠‘이 사건 규정들’이라고 한다)는 최소침해의 원칙, 법익균형의 원칙에 반하여 과잉금지의 원칙에 반하는 점 등을 고려하면 이 사건 규정들은 위헌․위법의 규정으로 효력이 없다고 할 것이다.

3) CC프라임산업은 가스 충전소를 운영하는 회사로서 원고의 직원인 기사들은 이 사건 대여의 대가로 위 회사로부터 ℓ당 25원의 할인을 받는 점, 나머지 회사들은 택시 운송사업 등을 영위하는 회사로서 서로 자금이 부족한 경우 일시적으로 자금을 대여하거나 차용하기도 하는 점 등을 고려하면 이 사건 대여가 업무와 관련이 없다고 볼 수 없다.

4) 원고는 실제로 JJ이엔씨로부터 공사용역을 공급받았으므로 이 사건 가공세금계산서는 정상적으로 수취한 세금계산서이다. EE교통이 위 세금계산서에 대한 어음을 지급제시한 이유는 원고가 용역대금을 운송수입금으로 지급한 다음 위 어음을 회수하였기 때문이다.

5) 원고는 실제로 JJ이엔씨로부터 공사용역을 공급받았으므로 이 사건 위장세금계산서는 정상적으로 수취한 세금계산서이다. KKKK 사내이사인 라LL이 용역대금을 수령한 이유는 KKKK이 JJ이엔씨 대신 JJ이엔씨의 하도급업체에 공사대금을 지급하였기 때문이다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정 사실

1) CC프라임산업 등의 주주 현황은 다음과 같다.

(생략)

2) 원고의 경리 업무를 담당하던 배MM은 세무조사 과정에서 아래와 같은 취지로 진술하였다.

(생략)

3) 정BB은 세무조사 과정에서 ⁠‘2006년, 2007년 수입금액 신고와 관련하여 아래와 같이 운송수입금액을 과소신고 하였음을 확인한다’는 취지의 확인서를 작성하였다. 또한 정BB은 세무조사 과정에서 ⁠‘2004년부터 2005년까지 JJ이엔씨로부터 000원의 매입을 신고하였으나 아래와 같이 위장․가공 거래가 있었음을 확인한다’는 취지의 확인서를 작성하였다.

(생략)

4) 원고는 이 사건 가공세금계산서의 공급가액인 000원(= 2004. 11. 8.자 세금계산서의 공급가액인 0000원 + 2004. 11. 30.자 세금계산서의 공급가액인 0000원 + 2004. 12. 11.자 세금계산서의 공급가액인 000원)을 매입세액으로 공제하였는바, ① 2004. 11. 8.자 세금계산서에 대한 어음(액면가 000원)은 EE교통 주식회사(이하 ⁠‘EE교통’이라고 한다)가 2008. 4. 29. 이를 지급제시하여 원고 명의의 계좌에서 EE교통 명의의 계좌로 000원이 이체되었다가 같은 날 다시 EE교통 명의의 계좌에서 원고 명의의 계좌로 000원이 이체되었고, ② 2004. 11. 30.자 세금계산서에 대한 어음(액면가 000원)은 EE교통이 2008. 4. 21. 이를 지급제시하여 원고 명의의 계좌에서 EE교통 명의의 계좌로 000원이 이체되었다가 같은 날 EE교통 명의의 계좌에서 원고 명의의 계좌로 000원이 이체되었으며, ③ 2004. 12. 11.자 세금계산서에 대한 어음(액면가 000원)은 EE교통이 2008. 3. 31. 이를 지급제시하여 원고 명의의 계좌에서 EE교통 명의의 계좌로 000원이 이체되었는데, 원고와 EE교통은 이를 다음과 같이 회계처리 하였다.

5) 원고는 이 사건 위장세금계산서의 공급가액인 000원(= 2004. 10. 10.자 세금계산서의 공급가액 중 000원 + 2004. 10. 27.자 세금계산서의 공급가액 중 000원 + 2004. 12. 27.자 세금계산서의 공급가액 중 000원 + 2005. 1. 10.자 세금계산서의 공급가액 중 000원)을 매입세액으로 공제하였는바, ① 2004. 10. 10.자 세금계산서에 대한 용역대금 000원은 2004. 10. 12. 원고 명의의 계좌에서 라LL 명의의 계좌로 이체되었고, ② 2004. 10. 27.자 세금계산서에 대한 용역대금 000원은 2004. 11. 29. 원고 명의의 계좌에서 라LL 명의의 계좌로 이체되었으며, ③ 2004. 12. 27.자 세금계산서에 대한 용역대금 000원은 2005. 1. 13. 원고 명의의 계좌에서 라LL 명의의 계좌로 이체되었고 ④ 2005. 1. 10.자 세금계산서에 대한 용역대금 000원 중 000원은 2005. 2. 25., 000원은 2005. 3. 21. 각 원고 명의의 계좌에서 라LL 명의의 계좌로 이체되었다.

 [인정 근거] 다툼 없는 사실, 을 제14 내지 27호증, 30 내지 33호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 첫 번째 주장에 대한 판단

납세의무자의 과세표준과 세액 등 신고 내용에 오류나 탈루가 있어 이를 경정함에 있어서는 장부나 증빙에 의함이 원칙이지만 다른 자료에 의하여 그 신고 내용에 오류나 탈루가 있음이 인정되고 실지조사가 가능한 경우에는 그 다른 자료에 의하여서도 이를 경정할 수 있다. 또한 과세관청이 실지조사 방법에 의하여 법인의 소득에 대한 과세표준과 세액을 결정하면서 당해 법인의 당초 신고에서 누락된 수입금을 발견한 경우에 이에 대응하는 매입원가 등의 손금이 별도로 지출되었음이 장부 기타 증빙서류에 의하여 밝혀지는 등 특별한 사정이 없는 이상 이는 총수입금에 대응하는 총손금에 이미 포함되어 있는 것으로 볼 것이고, 이 경우 누락 수입에 대응하는 비용에 관한 신고를 누락하였다고 하여 그 공제를 받고자 한다면 그 비용의 손금 산입을 구하는 납세의무자가 스스로 그 누락사실을 주장․입증하여야 한다(대법원 2003. 11. 27. 선고 2002두2673 판결 참조). 살피건대, 앞서 인정한 사실에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 이 사건 서류에는 기사별로 근무 유형, 근무 일수, 합산요금, 유량금액, 실입금액, 미수금액 등이 구체적으로 기재되어 있는 점, ② 이 사건 서류는 원고의 직원인 배MM이 기사들과 월말에 정산하기 위하여 작성한 자료로서 그 작성 경위, 내용에 비추어 신빙성이 높다고 판단되는 점, ③ 배MM이 세무조사 과정에서 ⁠‘원고의 운송수입금액은 합산요금과 유량금액의 합계액(이는 실입금액과 미수금액의 합계액이기도 하다)’이라는 취지로 진술한 점, ④ 원고의 노조위원장인 백NN는 이 법정에서 ⁠‘원고가 차령과 차종에 따라 차등적으로 사납금을 지급받았다’는 취지로 진술하였으며, 이와 유사한 취지의 확인서(갑 제3호증의 2)를 작성하였으나, 이 사건 서류에 기재되어 있는 합산요금도 기사별로 상이하고, 원고가 기사들로부터 이 사건 서류에 기재되어 있는 합산요금보다 적은 합산요금을 지급받았다고 인정할 증거가 없어 위와 같은 사정만으로는 이 사건 서류에 기재되어 있는 합산요금이 실제로 지급받은 합산요금과 다르다고 볼 수 없는 점, ⑤ 원고의 대주주(69%)이자 대표이사인 정BB이 세무조사 과정에서 ⁠‘2006년부터 2008년까지 합계 0000원의 운송수입금을 과소신고 하였다’는 취지의 확인서를 작성한 점, ⑥ 위 확인서가 정BB의 의사에 반하여 강제로 작성되었거나 내용이 미비하여 구체적 사실에 대한 증명 자료로 삼기 어렵다고 보이지 않는 점 등을 종합하면, 원고의 실제 운송수입금액은 이 사건 서류에 기재되어 있는 실입금액과 미수금액의 합계액이라고 봄이 상당하다. 한편 원고는, ⁠‘미수금액’은 기사들로부터 아직 지급받지 못하였고 추후에도 지급받지 못할 수 있으므로 원고의 운송수입금액에서 공제되어야 한다는 취지로 주장한다. 그러나 원고가 기사들에 대한 미수금 채권을 가지게 된 이상 채권의 회수 여부와 무관하게 원고의 수익이 발생하였다고 보아야 하고, 추후에 미수금 채권을 회수할 수 없다는 것이 확정된다면 이를 대손처리하여 손금에 산입할 수 있으므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. 또한 원고는, ⁠‘기사분 유가보조금’은 종국적으로 기사들에게 지급하여야 하므로 원고의 운송수입에서 공제되어야 한다는 취지로 주장한다. 그러나 원고가 운송수입금에서 누락시킨 ⁠‘유량금액’을 재원으로 기사분 유가보조금을 지급하였다고 인정할 증거가 없을 뿐만 아니라, 원고가 실제로 기사분 유가보조금을 지급하였다면 이를 손금에 산입할 수 있다고 할 것이나 원고가 회사의 자금으로 기사분 유가보조금을 지급하였다고 인정할 증거도 없으므로, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

2) 두 번째 주장에 대한 판단

가) 구 법인세법은 제52조 제1항에서 ⁠‘특수관계자와의 거래로서 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것’을 ⁠‘부당행위계산’으로 정의하면서 같은 조 제4항에서 구체적인 유형을 시행령에 위임하고 있고, 구 법인세법 시행령은 제88조 제1항 제6호에서 ⁠‘금전을 시가보다 낮은 이율로 대부한 경우’를 부당행위계산의 유형으로 적시하고 제89조 제3항에서 금전의 대여에 있어서는 ⁠‘재정경제부령이 정하는 당좌대출이자율’을 시가로 정의하면서 구체적인 수치를 재정경제부령에 위임하고 있다. 이에 따라 구 법인세법 시행규칙은 제43조 제1항에서 ⁠‘금융기관의 당좌대출이자율을 감안하여 국세청장이 정하는 이자율’을 시가로 정의하면서 이를 국세청고시에 위임하고 있고, 이 사건 고시는 이자율을 9%로 한다고 규정하고 있다. 위 규정들을 종합하면, 특수관계자에게 국세청장이 정하는 이자율보다 낮은 이율로 금전을 대여하는 경우에는 위 9%를 시가로 보아 부당행위계산 부인의 규정이 적용된다고 봄이 상당하다. 살피건대, 앞서 본 바와 같이 원고가 특수관계자인 CC프라임산업 등에게 연 9%보다 낮은 이율인 연 6% 정도의 이율로 자금을 대여한 이상, 피고가 위 규정들을 적용하여 이 사건 대여가 부당행위계산 부인의 대상에 해당한다고 보아 연 9%로 계산한 이자와 수수한 이자의 차액인 0000원을 익금에 산입한 이 부분 부과처분에는 어떠한 위법이 있다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

나) 나아가 이 사건 규정들이 구 법인세법 제52조의 입법 취지를 실현하지 못하거나 그 위임 범위를 일탈하였는지 여부에 관하여 본다. 살피건대, 관련 법령의 규정 및 을 제28, 29호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 실제 3년 만기 회사채의 유통수익률은 1997년 14~15% 정도에서 2001년 7~8% 정도로 급락한 이후에는 큰 폭의 변동 없이 하향 안정화 추세에 접어들었는데 국세청장은 이러한 유통수익률 변화 추세에 맞추어 1997. 12. 31. 당좌대출이자율을 20%로 고시한 이후 지속적으로 하향 고시하여 오다가 2001. 12. 31. 9%까지 낮추는 내용의 이 사건 고시를 한 점, ② 이후에도 유통수익률은 점차적으로 하락하여 왔지만 매년 그 변동 폭도 크지 않는 등 안정화 단계에 접어들었던 데다가 당좌대출이자율이 이미 9%까지 하락한 상태에서 추가적으로 당좌대출이자율을 낮춘다면 특수관계자 사이에 무분별한 자금의 대여를 억제하고자 하는 상위 법령의 규정 취지를 잠탈할 우려도 있었기 때문에 더 이상 당좌대출이자율을 낮추지 않았던 것으로 보이는 점, ③ 더욱이 구 법인세법 시행규칙(2006. 3. 14. 재정경제부령 제356호로 개정된 것) 제43조 제1항은 시가로 의제되는 당좌대출이자율은 유통수익률이 아닌 금융기관의 당좌대출이자율을 고려하여 국세청장이 정하도록 개정되었는데, 위 시행규칙 개정 이후 금융기관의 당좌대출이자율도 점차 하락하는 추세였지만 7~8% 정도 수준으로 국세청장이 고시한 당좌대출이자율과 별반 차이가 없었던 점, ④ 국세청장이 상위 법령에 따라 당좌대출이자율을 결정하는데 유통수익률이나 금융기관의 당좌대출이자율을 주로 고려하여야 할 것이지만, 그 이외에도 재무구조의 건실화와 기업경영의 투명성 제고를 유도하고 특수관계자 간의 부당행위를 규제하기 위한 규정취지를 달성하기 위하여 중요한 정책적․기술적 판단을 할 필요가 있었던 점에서 입법자가 국세청장에게 당좌대출이자율 결정 권한 자체를 위임했던 것으로 볼 수 있으므로 국세청장이 당좌대출이자율을 정하는 데 재량권이 있다고 봄이 상당한 점, ⑤ 과세관청이 개별적인 과세처분을 할 때마다 법인세법 제52조 제1항, 제2항의 규정취지를 고려하여 적정한 이자율을 산출하도록 하는 것은 과도한 행정비용을 유발할 뿐만 아니라, 과세관청의 자의적인 조치를 야기할 수도 있으므로, 국세청장이 그때그때 경제적 상황에 맞추어 적정 이자율을 일률적으로 고시하도록 하는 제도를 불합리하다고 보기 어려운 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 규정들이 구 법인세법 제52조의 입법 취지를 실현하지 못하거나 그 위임 범위를 일탈하였다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

다) 다음으로 구 법인세법 시행규칙 제43조 제1항이 위임금지의 원칙에 반하는지 여부에 관하여 본다. 살피건대, 구 법인세법 시행규칙(2006. 3. 14. 재정경제부령 제497호로 개정되기 전의 것) 제43조 제1항은 국세청장에게 이자율 지정을 위임하되, ⁠‘금융기관이 보증한 3년 만기 회사채의 유통수익률을 감안’하도록 규정하고 있고, 구 법인세법 시행규칙(2007. 3. 30. 재정경제부령 제547호로 개정되기 전의 것) 제43조 제1항은 국세청장에게 이자율 지정을 위임하되, ⁠‘금융기관의 당좌대출이자율을 감안’하도록 규정하고 있으므로, 구 법인세법 시행규칙 제43조 제1항이 시행령에서 위임받은 사항에 대하여 전혀 규정하지 아니하고 국세청장에게 이를 그대로 재위임하였다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

라) 마지막으로 이 사건 규정들이 과잉금지의 원칙에 반하는지 여부에 관하여 본다. 살피건대, 이 사건 규정들은 특수관계자 사이의 부당행위를 규제함으로써 조세회피의 방지와 조세부담의 공평을 기하고자 하는 데 목적이 있으므로 목적의 정당성이 인정되고, 이를 달성하기 위하여 당좌대출이자율을 시가로 의제하는 등의 방법을 사용한 것이므로 수단의 적절성도 인정되는 점, 조세회피 행위에 대처하기 위하여는 경제현실 변화 등에 즉시 반응할 필요성도 있는데, 이를 위하여 국세청장에게 당좌대출이자율을 감안하여 이자율을 정하도록 하는 한편, 앞서 본 정책적․기술적 측면 등을 고려하여 국세청장에게 폭넓은 재량권을 부여한 것으로 보이고, 그 일환으로서 당좌대출이자율을 감안하도록 규정한 것이 재량권을 벗어났다고 보기도 어려우므로 최소침해의 원칙에 반한다고 볼 수도 없는 점, 그 과정에서 불가피하게 발생하는 사적 불이익이 특수관계자 사이의 부당행위를 규제함으로써 달성되는 공익보다 크다고 단정할 수 없는 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 규정들이 과잉금지의 원칙에 위배된다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3) 세 번째 주장에 대한 판단

구 법인세법 제28조 제1항 제4호 나목은, 법인이 특수관계자에게 업무와 관련 없이 지급한 가지급금 등의 자산을 취득․보유하고 있는 때에는 그 법인이 지급한 차입금의 이자 중 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액(차입금 중 당해 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)을 각 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 손금에 산입하지 않도록 규정하고 있는바, 위 규정의 입법 목적은 차입금을 보유하고 있는 법인이 특수관계자에게 업무와 관련 없이 가지급금 등을 지급한 경우 이에 상당하는 차입금의 지급이자를 손금불산입하도록 하는 조세상의 불이익을 주어 차입금을 생산적인 부분에 사용하지 아니하고 계열사 등 특수관계자에게 대여하는 비정상적인 행위를 제한함으로써 타인자본에 의존한 무리한 기업 확장으로 기업의 재무구조가 악화되는 것을 방지하고 기업자금의 생산적 운용을 통한 기업의 건전한 경제활동을 유도하는 데 있으며, 한편 법인세법상 지급이자 손금불산입의 대상이 되는 ⁠‘업무와 관련 없이 지급한 가지급금 등’에는 순수한 의미의 대여금은 물론 구상금채권 등과 같이 채권의 성질상 대여금에 준하는 것도 포함되고 업무와 관련성 여부는 당해 법인의 목적사업이나 영업내용을 기준으로 객관적으로 판단되어야 한다(대법원 2007. 10. 25. 선고 2006두11125 판결 등 참조). 살피건대, 갑 제6호증의 기재만으로는 원고와 CC프라임산업 사이의 매출할인 약정과 이 사건 대여가 필연적 대가관계에 있다고 보기 어려운 점, 위 매출할인 약정은 CC프라임산업 외의 나머지 특수관계인들에 대한 대여와는 무관한 점, 그 밖에 택시 운송사업 등을 영위하는 원고의 목적사업 및 영업내용 등에 비추어 볼 때, 이 사건 대여가 원고의 사업과 직접적인 관련성이 있다고 보기 어렵다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

4) 네 번째 주장에 대한 판단

원고는, JJ이엔씨에게 공사대금을 어음으로 주었으나 JJ이엔씨가 현금으로 줄 것을 요청하여 운송수입금으로 공사대금을 지급한 다음 어음을 회수하였다고 주장한다. 그러나 앞서 인정한 사실에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고가 운송수입금으로 공사대금을 지급한 다음 어음을 회수하였다고 인정할 만한 객관적 증거가 없는 점, ② 원고는 위 어음이 지급제시된 날이나 그 다음날 JJ이엔씨에게 공사대금을 지급한 것으로 회계처리 하였는데, 원고의 주장과 같이 운송수입금으로 공사대금을 지급한 다음 어음을 회수하였다면 위와 같이 회계처리할 이유가 없는 점, ③ 을 제34, 35호증의 각 기재에 의하면 정BB은 세무조사 과정에서 ⁠‘하자보수 담보를 위하여 어음을 보관하고 있었는데, 하자보수 포기에 따라 마이너스 세금계산서를 받아야 하나 자금 사정이 어려워져서 EE교통을 통하여 어음을 교환하였다’는 취지로 진술하였으나, 위 어음의 액면가는 합계 000원인 반면 원고와 JJ이엔씨 사이에 체결된 용약계약의 총 용역금액은 000원이고 하자보수 보증금율은 1%에 불과하여 하자보수 담보를 위하여 위 어음을 보관하고 있었다는 주장은 선뜻 받아들이기 어려운 점, ④ 정BB은 세무조사 과정에서 ⁠‘하자보수 담보를 위하여 위 어음을 보관하고 있었다’는 취지로 진술하였고, 정OO은 검찰조사 과정에서 ⁠‘JJ이엔씨가 공사대금을 현금으로 줄 것을 요청하여 다른 곳에서 빌려서 공사대금을 지급하였다’는 취지로 진술하였으며, 원고는 처음에 ⁠‘JJ이엔씨가 공사대금을 현금으로 줄 것을 요청하여 운송수입금으로 공사대금을 지급한 다음 어음을 회수하였다’고 주장하였다가 ⁠‘JJ이엔씨가 어음할인 업체를 소개시켜 달라고 요청하여 원고가 운송수입금 등 유동자금이 있어 할인을 해 주고 어음을 회수하였다’는 취지로 주장하는 등 EE교통이 위 어음을 지급제시한 경위에 대하여 당사자들의 진술이 불일치하고, 원고의 주장도 수차례 변화하고 있는 점, ⑤ 정BB이 세무조사 과정에서 ⁠‘JJ이엔씨로부터 공사용역을 공급받지 않았음에도 이 사건 가공세금계산서를 수취하였다’는 취지의 확인서를 작성한 점, ⑥ 위 확인서가 정BB의 의사에 반하여 강제로 작성되었거나 내용이 미비하여 구체적 사실에 대한 증명 자료로 삼기 어렵다고 보이지 않는 점 등을 종합하면, 이 사건 가공세금계산서는 원고가 공사용역을 공급받지 않았음에도 가공으로 수취한 세금계산서라고 봄이 상당하다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

5) 다섯 번째 주장에 대한 판단

원고는, JJ이엔씨가 하도급업체에 공사대금을 지급하지 못하게 되자 위 공사의 건설사업관리자였던 KKKK 사내이사인 라LL이 JJ이엔씨 대신 JJ이엔씨의 하도급업체에 공사대금을 지급하고자 원고로부터 공사대금을 송금받았다고 주장한다. 그러나 앞서 인정한 사실에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 라LL이 JJ이엔씨 대신 JJ이엔씨의 하도급업체에 공사대금을 지급하였다고 인정할 만한 객관적 증거가 없는 점, ② JJ이엔씨가 하도급업체에 공사대금을 지급하지 못하게 되었다고 하더라도, 원고가 직접 하도급업체에 공사대금을 지급할 수 있음에도 굳이 라LL에게 공사대금을 송금하여 라LL으로 하여금 JJ이엔씨의 하도급업체에 공사대금을 지급하게 할 만한 특별한 사정을 찾아볼 수 없는 점, ③ 정BB이 세무조사 과정에서 ⁠‘현금 결제에 해당하는 공사는 PP가 공사한 것이므로 대금 결제도 라LL 개인 계좌로 송금한 것이고, 세무 상식이 부족해서 세금계산서만 받으면 되는 것으로 알았다’는 취지로 진술한 점, ④ 정BB이 세무조사 과정에서 ⁠‘KKKK으로부터 공사용역의 일부를 공급받았음에도 JJ이엔씨로부터 이 사건 위장세금계산서를 수취하였다’는 취지의 확인서를 작성한 점, ⑤ 위 확인서가 정BB의 의사에 반하여 강제로 작성되었거나 내용이 미비하여 구체적 사실에 대한 증명 자료로 삼기 어렵다고 보이지 않는 점 등을 종합하면, 이 사건 위장세금계산서는 원고가 KKKK으로부터 공사용역의 일부를 공급받았음에도 JJ이엔씨로부터 수취한 세금계산서라고 봄이 상당하다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2013. 07. 05. 선고 서울행정법원 2012구합1792 판결 | 국세법령정보시스템