종부세 산정 시 공제 재산세액 계산방법 변경과 효력 인정 여부

요지

종부세 공제할 재산세액 산출방식 개정 취지는 과세표준 계산방식 변경에 따라 공제되는 재산세액 계산방식을 변경한 것일 뿐, 재산세액 범위를 축소・변경하려는 것으로 볼 수 없음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 제1심 판결 중 원고 주식회사 AAA의 소송수계인 BBB 주식회사, CCC 주식회사，DDD 주식회사, 주식회사 EEE의 소송수계인 주식회사 EEE , 주식회사 한국FFF은행에 대한 부분을 취소한다.

피고 노원세무서장이 원고 주식회사 AAA의 소송수계인 BBB 주식회사에 대하여 한，피고 남대문세무서장이 원고 CCC 주식회사에 대하여 한, 피고 영등포세무서장이 원고 DDD 주식회사에 대하여 한，별지1 처분 목록 기재 해당 부과처분 중 별지2 정당세액 목록 기재 해당 종합부동산세, 농어촌특별세를 초과하는 부분을 각 취소한다.

피고 남대문세무서장이 2010. 6. 28. 원고 주식회사 EEE의 소송수계인 주식회사 EEE에 대하여 한 2009년도 종합부동산세 557,179,920원，농어촌특별세 111,435,970원에 대한 경정거부처분, 피고 종로세무서장이 2010. 8. 18. 원고 주식

회사 한국FFF은행에 대하여 한 2009년도 종합부동산세 763,712,660원, 농어촌특별세 152,742,530원에 대한 경정거부처분을 각 취소한다.

2. 환송 후 당심에서 교환적으로 변경된 원고 주식회사 GGG의 청구에 따라，피고 남대문세무서장이 원고 주식회사 GGG에 대하여 한 별지1 처분 목록 기재 해당 부과처분 중 별지2 정당세액 목록 기재 해당 종합부동산세, 농어촌특별세를 초과하는 부분을 취소한다.

3. 환송 후 당심에서 교환적으로 변경된 원고 HHH 주식회사，III 주식회사, 주식회사 EEE의 각 주위적 청구 부분을 모두 각하한다.

4. 환송 후 당심에서 추가된 원고 주식회사 HHH 주식회사, III 주식회 사, 주식회사 EEE의 각 예비적 청구에 따라，피고 반포세무서장이 원고 주식회사 HHH 주식회사에 대하여 한, 피고 서초세무서장이 원고 III 주식 회사에 대하여 한，피고 남대문세무서장이 원고 주식회사 EEE에 대하여 한, 별 지1 처분 목록 기재 해당 예비적 청구 부분 부과처분 중 별지2 정당세액 목록 기재 해당 예비적 청구 부분 종합부동산세，농어촌특별세를 초과하는 부분을 각 취소한 다.

5. 소송총비용은 피고들이 부담한다.

청구취지 및 항소취지

1. 청구취지

피고들이 원고들에 대하여 한 별지1 처분 목록 기재 각 해당 처분 중 별지2 정당세 액 목록 기재 각 해당 종합부동산세，농어촌특별세를 초과하는 부분을 취소한다(다만, 원고 주식회사 AAA의 소송수계 인 BBB 주식회사, CCC 주식회사는 피고 노원세무서장，남대문세무서장의 각 감액경정처분에 따라 위와 같이 청구취지를 감축하였고，원고 주식회사 GGG는 당초 2009. 12. 7.자 부과처분을 다투다가 피고 남대문세무서장의 2013. 1. 4.자 증액경정처분에 따라 위와 같이 청구를 교환적으로 변 경하였다. 한편 원고 HHH 주식회사，III 주식회사, 주식회사 EEE은 당초 별지3 목록 기재 해당 경정거부처분을 다투다가 피고 반포세무서장，서초세무서 장，남대문세무서장의 각 증액경정처분이 이루어지자 환송 후 당심에서 제1심에서의 청구를 주위적 청구로 하면서 경정대상과 취소범위를 위 각 증액경정처분을 기준으로

하여 교환적으로 변경하였고, 위 각 증액경정처분의 취소를 예비적 청구로 추가하였

다). 

2. 항소취지

제1심 판결을 취소한다. 피고들이 원고들에 대하여 한 별지3 당초 처분 목록기재

각 해당 처분 중 별지4 당초 정당세액 목록 기재 각 해당 종합부동산세，농어촌특별세 를 초과하는 부분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 피고들은 별지3 당초 처분 목록 기재 해당 원고들에게 2009년도 종합부동산세 및 농어촌꼭별세를 부과하였고, 같은 목록 순먼 5부터 9 기재 각 처분일에 해당 원고

들의 감액경정청구를 거부하였다.

나. 원고 BBB 주식회사는 2013. 1. 3. 주식회사 AAA를 흡수합병하였고， 원고 주식회사 EEE(변경 전 상호 : 주식회사 JJJ)은 2015. 9. 1. 주식회 사 EEE을 흡수합병한 후 각 해당 이 사건 소송을 수계하였다[이하 흡수합병 전후 를 구별하지 않고 원고 BBB 주식회사，주식회사 EEE이라고 하되, 혼동을 피 하기 위하여 별지1, 2 목록 순번 7 기재 원고를 '주식회사 EEE(순번 7)'으로，같은 목록 순번 9 기재 원고를 ’주식회사 EEE(순번 9)‘으로 표시한다],

다. 피고들은 구 종합부동산세법(2010. 3. 3. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것， 이하 '개정법'이라 한다) 제9조 제3항, 제14조 제3항, 제6항에 따라 종합부동산세액을 계산하면서 공제되는 재산세액을 산정함에 있어서 구 종합부동산세법 시행령(2011. 3. 31. 대통령령 제22813호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘개정 시행령’이라 한다) 제4조의2, 제5조의3 제1항，제2항 소정의 ⁠‘주택분 또는 종합 •별도합산과세대상인 토지분 과세표 준에 대하여 주택분 또는 종합 •별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’을 ⁠‘과세기준금액 초과분 공시지가 x 종합부동산세 공정시장가액비율 x 재산세 공정시장가액비율 x 재산세 표준세율’의 방법[종합부동산세법 시행규칙(2009.9. 23. 기획재정부령 제102호로 개정된 것，이하 ⁠‘개정 시행규칙’이라 한다) 별지 제3호 서식 부표(2) 중 작성요령(이하 '작성요령‘이라 한다) 참조]으로 계산하였는데，구체적인 세액 산출 내역은 별지5 산출 내역 목록 중 각 ’1. 이 사건 처분’란 기재와 같다(아래 에서 보는 피고들의 증액경정 및 감액경정을 반영한 내역이다).

라. 피고 노원세무서장은 2014. 4. 30. 원고 BBB 주식회사에 대하여 종합부동산세를 574,019,640원, 농어촌특별세를 114,803,920원으로，피고 남대문세무서장은 2012. 11. 23. 원고 CCC 주식회사에 대하여 종합부동산세률 132,090,600원,

특별세를 26,418,120원으로 각 감액경정하였다. 증액경정 내지 감액경정을 거친 후 최 종적으로, 피고 남대문세무서장은 2013. 1. 4. 원고 주식회사 GGG에 대하여 종합 부동산세를 8,143,907,200원, 농어촌특별세를 1，628,781，440원으로, 피고 반포세무서장 은 2012. 3. 9. 원고 HHH 주식회사에 대하여 종합부동산세를 1,117,516,220원, 농 어촌특별세를 223,323,350원으로，피고 서초세무서장은 2011. 6. 3. 원고 III 주식회사에 대하여 종합부동산세를 1,789,611,440원，농어촌특별세를 357,922,280원으 로，피고 남대문세무서장은 2014. 5. 12. 주식회사 EEE(순번 9)에 대하여 종합부동 산세를 2,410,400,920원, 농어촌특별세를 481,105,910원으로 각 증액경정하였다[이하, 원고 BBB 주식회사, CCC 주식회사에 대하여는 당초 2009. 11. 16.자 처 분 중 위 감액경정에 의하여 감액되고 남은 부분, 원고 주식회사 호텔못데, HHH 주식회사, III 주식회사，주식회사 EEE(순번 9)에 관하여는 위 각 증액

경정처분, 당초 처분이 그대로 유지된 나머지 원고들에 관하여는 당초 처분을 통틀어

'이 사건 각 처분‘이라 한다], :

【인정근거】 다툼 없는 사실，갑 제1 내지 5호증, 을 제5 내지 10호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 소 중 원고 HHH 주식회사, III 주식회사, 주식회사 EEE

(순번 9)의 각 주위적 청구 부분의 적법 여부

직권으로 이 부분 소의 적법 여부에 관하여 살펴본다.

위 원고들에 대하여는 감액경정청구에 대한 거부처분이 있은 뒤 해당 피고들의 증액 경정처분이 이루어진 사실은 앞서 본 바와 같은바, 이와 같이 과세관청의 증액경정처

분이 이루어진 경우，당초 신고나 결정은 증액경정처분에 흡수됨으로써 독립된 존재가

치를 잃게 된다고 보아야 할 것이므로 감액경정청구에 대한 거부처분은 위 증액경정처 분에 흡수 •소멸되었다고 할 것이다. 가사 위 각 경정거부처분이 증액경정처분에 흡수 되어 소멸되지 않는다 하더라도, 위 원고들이 환송 후 당심에서 위 증액경정처분의 취 소를 구하는 청구를 추가한 이상, 동일한 납세의무의 확정에 관한 심리의 중복과 판단 의 저촉을 피하기 위하여 위 각 경정거부처분의 취소를 구할 이익이나 필요가 없다고 할 것이다.

따라서 위 원고들의 각 주위적 청구 부분은 부적법하다.

3. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고들의 주장

1) 개정법 제9조 제3항，제14조 제3항, 제6항 및 개정 시행령 제4조의2, 제5조의3 제1항，제2항은 종합부동산세액을 산정함에 있어 종합부동산세의 과세대상이 되는 부 분에 대하여 재산세로 부과된 세액을 공제하도록 규정하고 있어 동일한 과세대상에 대 하여 재산세와 종합부동산세를 중복하여 부과하는 이중과세 문제를 조정하고 있다, 그런데 피고들은 공제할 재산세액을 산정하면서 개정 시행규칙 작성요령에서 정한 계산방식에 따라 종합부동산세의 과세대상이 되는 부분에 대하여 부과된 재산세액에 다시 종합부동산세 또는 재산세 공정시장가액비율을 곱하여 산출된 세액만을 공제하고 나머지 세액을 공제하지 않았는데，위 개정 시행규칙 작성요령은 종합부동산세가 부과 되는 동일한 과세대상에 대한 재산세액을 전부 공제하지 않도록 한 것으로서 실질적 조세법률주의 원칙 또는 이중과세금지의 원칙을 위반하여 헌법에 위반되거나 위법한 것이어서 무효이고，위 시행규칙을 전제로 한 이 사건 각 처분 역시 위법하다.

2) 재정경제부는 2003. 9. 3, ”부동산 보유세제 어떻게 달라지나” 라는 제목의 설

명자료를 통하여 종합부동산세를 과세할 때 지방자치단체에서 과세한 재산세액은 전액 공제되므로 이중으로 과세하는 것이 아니어서 위헌의 소지가 없다는 견해를 공식적으 로 밝힌 바가 있음에도 원고들이 납부한 재산세액의 일부만을 공제하여 이 사건 각 처 분을 하였으니，이는 신뢰보호의 원칙에 반하는 것으로서 위법하다.

나, 관계 법령

별지6 관계 법령의 기재와 같다. 、

다. 판단

1) 개정의 경위와 취지

2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정된 지방세법은 과세표준의 현실화를 위하여 재산세 과세표준을 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 공시가격으로 하 되 새로운 제도의 도입에 따른 급격한 세부담을 완화하기 위하여 공시가격에 대한 연 도별 적용비율에 따라 재산세 과세표준을 산정하도록 하였고，2005. 1. 5. 법률 제7328 호로 제정된 종합부동산세법은 그러한 재산세 과세표준을 합산한 금액에서 일정한 과 세기준금액을 공제한 금액을 종합부동산세 과세표준으로 삼도록 하였다.

그런데 위 적용비율이 매년 단계적으로 인상되도록 확정되어 있어 적정한 수준 의 세부담이 될 수 있게 탄력적으로 호정하는 데에 어려움이 있었으므로，2005. 12. 31. 법률 제7843호로 개정된 지방세법，2008. 12. 26. 법률 제9273호로 개정된 종합부 동산세법은 재산세와 종합부동산세 모두 공시가격을 기초로 과세표준을 산정하되 부동

산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 일정한 범위에서 과세표준에 반영할 비율 을 정할 수 있도록 재산세와 종합부동산세에 대하여 각각 적용되는 공정시장가액비율 제도를 도입하였고, 다만 위 지방세법 부칙 제5조는 재산세 연도별 적용비율 제도에

관한 경과조치를 두었다가 2009. 2. 6. 이를 폐지함으로써 2009년도 과세분부터 재산 세와 종합부동산세에 관한 공정시장가액비율 제도가 전면 시행되도록 하였다. 이에 따 라 개정법 제8조 제1항, 제13조 제1항 및 제2항의 위임에 따른 개정 시행령 제2조의4 제1항은 주택 및 종합합산과세대상인 토지의 공정시장가액비율을 100분의 80으로, 제2 항 단서는 2009년에 납세의무가 성립하는 분에 대한 별도합산과세대상인 토지의 공정 시장가액비율을 100분의 70으로 각각 정하고 있고，구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제 10221호로 전부 개정되기 전의 것) 제187조 제1항의 위임에 따른 구 지방세법 시행령 (2010. 9. 20. 대통령령 제22395호로 전부 개정되기 전의 것) 제138조 제:I호는 토지 및 건축물의 공정 시장가액비율을 시가표준액의 100분의 70으로，주택의 공정시장가액비율 을 시가표준액의 100분의 60으로 각각 정하고 있다.

한편 2005. 1. 5. 부동산 보유세제 개편에 따라 도입된 종합부동산세의 취지는 과세대상 재산을 보유하는 자에게 먼저 낮은 세율로 지방세인 재산세를 부과하고 다시 국내에 있는 모든 과세대상을 합산하여 일정한 과세기준금액을 초과하여 부동산을 보 유하는 자에게 높은 세율로 국세인 종합부동산세를 과세함으로써 부동산보유에 대한 조세부담의 형평을 제고하고 부동산의 가격안정을 도모하고자 하는 데에 있다. 이와 같이 재산세와 종합부동산세는 과세대상 재산의 보유라는 동일한 담세력을 바탕으로 한 조세이기 때문에 2005, 1. 5. 법률 제7328호로 제정된 종합부동산세법은 종합부동 산세 산출세액에서 재산세로 부과된 세액을 공제하도록 하였다, 이에 구 종합부동산세 법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21293호로 개정되기 전의 것) 제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항은 공제되는 재산세액을 •주택 등 재산세로 부과된 세액의 합계액 x 주 택 등 과세기준금액을 초과하는 분에 대하여 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액

- 주택 등을 합산하여 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’의 산식(이하 1종전 시 행령 산식1이라 한다)에 따라 산정하도록 규정하였다.

그 후 2009. 2. 4. 대통령령 제21293호로 구 종합부동산세법 시행령 제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항이 개정되면서 공제되는 재산세액의 계산방법을 개정 시행령 산식，즉 '주택 등의 재산세로 부과된 세액의 합계액 x 주택 등의 과세표준에 대하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 + 주택 등을 합산하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액'의 산식에 의하도록 변경하였는데(구 종합부 동산세법 시행령이 2009. 2. 4. 대통령령 제21293호로 개정된 이후는 이 사건 쟁점에 관하여 기본적으로 같은 내용이 유지되고 있다), 이는 연도별 적용비율 제도를 폐지하 고 재산세와 종합부동산세 모두 과세기준금액을 초과하는 분에 공정시장가액비율을 곱

한 금액으로 과세표준을 산정하게 됨에 따라 공제되는 재산세액의 계산방법을 변경하

기 위한 것이다.

이러한 지방세법，종합부동산세법 및 종합부동산세법 시행령 관련 규정의 개정 경위와 취지 등에 비추어 보면, 종전 시행령 산식의 분자에 기재된 '주택 등 과세기준 금액을 초과하는 분’이 개정 시행령 산식의 분자에 기재된 '주택 등의 과세표준'으로 변경되었다고 하더라도，과세기준 금액을 초과하는 부분에 대하여 종합부동산세와 중복 부과되는 재산세액을 공제하려는 기본 취지에는 아무런 변화가 없으므로，공제되는 재 산세액의 계산방법이 종전 시행령 산식에서 개정 시행령 산식으로 변경되었다고 하더라도 이러한 개정의 취지가 공제되는 재산세액의 범위를 축소- 변경하려는 것이었다고 볼 수는 없다.

2) 개정 시행령 산식에 따라 공제되는 재산세액의 계산방법

종합부동산세의 과세기준금액을 초과하는 부분에 대한 재산세액은 '( 공시가격 - 과세기준금액) x 재산세 공정시장가액비율'의 산식을 기초로 계산되고, 같은 부분에 대한 종합부동산세액은'(공시가격 _ 과세기준금액) x 종합부동산세 공정 시장가액 비율' 의 산식을 기초로 계산된다. 그런데 이 두 금액은 '공시가격 - 과세기준금액' 부분에 관하여 각각 재산세와 종합부동산세가 부과되는 부분을 뜻하므로, 그 중 서로 중첩되 는 부분, 즉 '(공시가격 ~ 과세기준금액) x 종합부동산세 공정시장가액비율'보다 적거 나 같은 ’(공시가격 - 과세기준금액) x 재산세 공정시장가액비율' 부분은 중복하여 재산세가 부과되는 부분에 해당한다. 더불어 종합부동산세 공정시장가액비율을 벗어나 종합부동산세 과세표준에서 제외된 부분에 대하여는 아예 종합부동산세가 부과되지 않으므로 중복 부과임을 이유로 공제되는 재산세액을 산정할 때 이 부분은 고려할 필요가 없다.

이러한 점을 종합하여 볼 때, 개정 시행령 산식에 따라 공제되는 재산세액은 '(공시가격 _ 과세기준금액) x 재산세와 종합부동산세의 공정시장가액비율 중 적은 비 율 x 재산세율'의 산식에 따라 산정하여야 할 것이다. 따라서 재산세 공정시장가액비 율이 종합부동산세 공정시장가액비율보다 적거나 같은 2009년도 종합부동산세의 경우 주택 등 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액은 '(공시가격 - 과세기준금액) x 재산 세 공정시장가액비율 x 재산세율’의 산식에 따라 산정하여야 한다.

한편 법령에서 행정처분의 요건 중 일부 사항을 부령으로 정할 것을 위임한 데 따라 시행규칙 등 부령에서 이를 정한 경우에 그 부령의 규정은 국민에 대해서도 구속력이 있는 법규명령에 해당한다고 할 것이지만，법령의 위임이 없음에도 법령에 규정된 처분 요건에 해당하는 사항을 부령에서 변경하여 규정한 경우에는 그 부령의 규정 은 행정청 내부의 사무처리 기준 등을 정한 것으로서 행정조직 내에서 적용되는 행정 명령의 성격을 지닐 뿐 국민에 대한 대외적 구속력은 없다고 보아야 한다. 따라서 어 떤 행정처분이 그와 같이 법규성이 없는 시행규칙 등의 규정에 위배된다고 하더라도 그 이유만으로 처분이 위법하게 되는 것은 아니라 할 것이고, 또 그 규칙 등에서 정한 요건에 부합한다고 하여 반드시 그 처분이 적법한 것이라고 할 수도 없다. 이 경우 처 분의 적법 여부는 그러한 규칙 등에서 정한 요건에 합치하는지 여부가 아니라 일반 국 민에 대하여 구속력을 가지는 법률 등 법규성이 있는 관계 법령의 규정을 기준으로 관 단하여야 한다(대법원 2013, 9. 12, 선고 2011두10584 판결 등 참조).

앞서 본 바와 같이 주택 등 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액은 개정 시행

령 산식에 따라 산정하여야 하므로 이를 개정 시행규칙 산식에 따라 산정하였다는 이

유만으로 이 사건 각 처분이 적법하다고 볼 수는 없다,

3) 이 사건 각 처분의 위법 여부

따라서 피고들이 이 사건 각 처분에 관하여 개정 시행규칙 산식을 적용하여 공제되는 재산세액을 산정한 것은 개정 시행령 산식의 취지에 반하는 것이고, 적법한 산출 방법에 따라 계산한 정당한 세액은 별지5 산출 내역 목록 중 각 ⁠‘2. 정당세액’란 기 재 종합부동산세액 및 그에 따른 농어촌특별세액 기재와 같은바(10원 미만 버림), 이 사건 각 처분 중 경정거부처분 및 나머지 각 처분 중 위 정당세액을 초과하는 부분은 위법하다.

4. 결론

환송 후 당심에서 교환적으로 변경된 원고 HHH 주식회사，III 주식회사，주식회사 EEE(순번 9)의 각 주위적 청구 부분은 부적법하므로 이를 모두 각하한다. 이 사건 각 처분 중 경정거부처분 및 나머지 각 처분 중 위 정당세액을 초과하 는 부분은 위법하므로，원고 BBB 주식회사, CCC 주식회사, DDD 주식회사，주식회사 EEE(순번 7), 주식회사 한국FFF은행에 대하여는 이 와 결론을 달리한 제1심 판결을 취소함에 따라, 원고 주식회사 GGG에 대하여는 환송 후 당심에서 교환적으로 변경된 청구에 따라, 원고 HHH 주식회사， 주식회사III, 주식회사 EEE(순번 9)에 대하여는 환송 후 당심에서 예비적으로 추가된 청구에 따라, 이 사건 각 처분 중 피고 남대문세무서장이 원고 EEE(순번 7)에 대하여 한, 피고 종로세무서장이 원고 주식회사 한국FFF은행에 대하여 한 각 경정거부처분, 나머지 각 처분 중 위 정당세액을 초과하는 부분을 각 취소한다.

출처 : 서울고등법원 2015. 11. 25. 선고 서울고등법원 2015누1399 판결 | 국세법령정보시스템