주식 양도시 '중소기업' 판단 기준과 양도소득세율 적용시점

요지

양도일 현재 중소기업인지 여부에 따라 양도소득세율이 달라지게 되는데, 이 사건 주식의 대금청산 시점에는 이 사건 회사가 중소기업이 아니었으므로 이 사건 주식의 양도에 100분의 20의 양도소득세율을 적용하여 이루어진 처분은 적법함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2014. 4. 1. 원고에 대하여 한 2012년 귀속 양도소득세 1,687,437,170원의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 비상장법인인 주식회사 한국□□□□□□□□□□방송(상호를 ⁠‘주식회사 AAA□□□□□□□□□□’로 변경하였으며, 이하 ⁠‘이 사건 회사’라 한다) 발행주식 261,000주를 보유하고 있었는데, 그 중 171,100주(이하 ⁠‘이 사건 제1주식’이라 한다)를 2009. 7. 21. 주식회사 BBBBBBB(이하 ⁠‘BBBBBBB’이라 한다)에게 대금 412억 원에 양도한 후 2009. 11. 27. 양도소득세율 100분의 10을 적용하여 2009년 귀속 양도소득세를 신고‧납부하였다.

나. 이후 원고는 2012. 8. 24. 주식회사 AAA(이하 ⁠‘AAA’이라 한다)에게 나머지 주식 90,000주(이하 ⁠‘이 사건 제2주식’이라 하고, 이 사건 제1주식과 합쳐서 ⁠‘이 사건 각 주식’이라 한다)를 대금 162억 900만 원에 양도한 후 2012. 11. 30. 양도소득세율 100분의 10을 적용하여 2012년 귀속 양도소득세를 신고‧납부하였다.

다. 피고는 이 사건 제2주식 양도일 현재 이 사건 회사가 ⁠‘중소기업’에 해당하지 않는다고 보아 양도소득세율 100분의 20을 적용하여 2014. 4. 1. 원고에게 2012년 귀속 양도소득세 1,687,437,170원을 경정‧고지하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

라. 원고가 이 사건 처분에 불복하여 2014. 5. 8. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나 2014. 5. 8. 기각되자, 원고는 여기에 불복하여 2014. 12. 22. 이 사건 소를 제기하였다.

[인정근거 : 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증, 을 제1 내지 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지]

2. 주장 및 판단

가. 원고의 주장 이 사건 제1주식 양도와 이 사건 제2주식 양도의 각 매매계약서는 대금지급과 명의개서를 위한 부수적인 계약서에 불과하고, 이 사건 제1주식 양도시 작성한 매매계약서의 부속합의서가 원고가 보유하던 이 사건 회사 발행주식 전부를 매매하는 것을 내용으로 하는 실질적인 주된 계약서로서, 이 사건 제1주식 양도와 이 사건 제2주식 양도는 위 부속합의서에 의하여 연결된 하나의 양도계약에 따른 것이다. 그런데 100분의 10의 양도소득세율을 적용받는 ⁠‘중소기업’에 해당하는지 여부는 주식매매계약 당시를 기준으로 판단해야 할 것인바, 그렇다면 이 사건 회사가 중소기업인지 여부는 이 사건 제1주식 양도시 매매계약서와 그 부속합의서가 작성된 2008. 12. 17.이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재를 기준으로 판단하여야 하고, 이러한 기준에 따를 때 이 사건 회사는 중소기업에 해당하므로, 이 사건 회사가 중소기업에 해당하지 않는다는 전제 하에 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지와 같다.

다. 판단

앞서 살펴본 인정사실 및 증거들에 갑 제4 내지 6호증의 각 기재와 증인 신☆☆의 증언 및 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들 즉, 이 사건 회사는 2003. 3. 20. 설립되었는데, 원고가 그 지분의 58%를, AAA이 그 지분의 19%를, AAA의 100% 자회사인 BBBBBBB이 그 지분의 23%를 보유해 온 사실, 원고와 AAA의 약정을 통하여 이 사건 회사 본점은 ○○도 ○○ 지역에서 원고가 독점적으로 영업을 하고, 그 지점은 AAA이 운영하되 ○○도 ○○ 지역 이외 ○○도 지역(○○시, ○○시, ○○○시, ○○군, ○○군, ○○군 등)에서는 ⁠‘CC방송’과 같이 영업을 해 온 사실, 이후 원고와 AAA은 경영 합리화를 위하여 2007. 11.경부터 원고가 AAA에 자신이 보유한 이 사건 회사의 지분을 양도하기로 하는 협상을 하였고, 양자는 방송가입자 수와 회계법인에 의한 실사 등을 거쳐 매매가격을 515억 원으로 합의를 하였는데, AAA의 자금사정 등으로 인하여 AAA은 2008. 12. 17. 원고로부터 원고가 보유한 이 사건 각 주식 중 이 사건 제1주식만을 412억 원에 매수하되 자회사인 BBBBBBB의 명의로 매수하기로 한 사실(이하 ⁠‘이 사건 제1매매’라 한다), 원고와 AAA은 이 사건 제1매매계약의 체결과 동시에 ⁠‘부속합의서’를 작성하였는데(이하 ⁠‘이 사건 부속합의서’라 한다), 그 부속합의서에 따르면 원고가 AAA에게 잔여주식인 이 사건 제2주식에 대한 우선매수권을 부여하기로 하고, 그 대금은 처음 합의에서 정한 515억원에서 제1매매계약의 대금 412억 원을 제외한 103억 원으로 하되, 이에 대하여 AAA이 잔여주식 매수에 대한 계약금을 지급할 때까지 연 6%에 해당하는 이자를 추가로 지급하기로 한 사실, 이 사건 부속합의서 상의 약정에 따라서 원고와 AAA은 2012. 8. 24. 이 사건 제2주식에 대한 매매계약을 체결하면서(이하 ⁠‘이 사건 제2매매’라 한다) AAA이 원고에게 이 사건 제1매매계약 및 이 사건 부속합의서 작성 당시 정한 주식매매대금 103억 원과 위 약정에 따른 103억 원에 대한 연6%의 이자 19억 9백만 원 이외에, 정산금 명목으로 40억 원을 추가로 지급하기로 한 사실(따라서 이 사건 제2매매계약의 대금이 162억 9백만 원이 되었다), AAA은 원고에게 2012. 8. 24. 계약금명목으로 12,209,000,000원을, 2012. 11. 30. 잔금 명목으로 40억 원을 지급한 사실을 각 인정할 수 있는바, 위 인정사실들을 종합하여 보면, 원고가 주장하는 바와 같이 이 사건 제1매매계약과 제2매매계약은 이 사건 부속합의서에 따라서 전체적으로 AAA이 원고로부터 원고가 보유한 이 사건 각 주식 전체를 매수하기로 하는 계약의 일부이고, 이 사건 제1매매계약의 실제 매수인도 AAA으로 평가할 수 있으며, 다만 AAA의 자금사정에 따라서 주식의 명의이전과 대금지급이 시기적으로 나누어 진 것으로 볼 수 있고, 한편 앞서 살펴본 인정사실에 변론 전체의 취지를 더하여 보면, 이 사건 회사는 이 사건 제1매매계약 당시에는 구 중소기업기본법(2011. 7. 25. 법률 제10952호로 개정되기 전의 것) 제2조 제1항 제1호, 구 중소기업기본법 시행령(2011. 12. 28. 대통령령 제23412호로 개정되기 전의 것) 제3조에 따른 중소기업에 해당하였으나, AAA이 이 사건 제1주식을 양수하였기 때문에 이 사건 제2매매계약 및 그에 따른 대금청산일 당시에는 구 중소기업기본법(2014. 1. 14. 법률 제112240호로 개정되기 전의 것) 제2조 제1항 제1호, 구 중소기업기본법 시행령(2014. 4. 14. 대통령령 제25302호로 개정되기 전의 것) 제3조 제1항 제2호 나목에 따라서 중소기업에 해당하지 않게 된 사실을 인정할 수 있다.

한편, 구 소득세법(2013. 1. 1. 법률 제11611호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘소득세법’이라 한다) 제104조 제1항 제11호는 ⁠‘대통령령으로 정하는 중소기업’의 주식에 대해서는 100분의 10의 양도소득세율을 적용하도록 하고 있고, 그 위임을 받은 소득세법 시행령 제167조의8은 ⁠“법 제104조 제1항 제11호 가목에서 ’대통령령으로 정하는 중소기

업‘이란 주식등의 양도일 현재 「중소기업기본법」 제2조에 따른 중소기업에 해당하는 기업을 말한다.”라고 규정하고 있으므로, 양도일 현재 중소기업인지 여부에 따라 양도소득세율이 달라지게 된다. 그런데 소득세법 제98조는 ⁠‘자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다.’라고 규정하고 있고, 그 위임을 받은 소득세법 시행령 제162조 제1항은 ⁠“법 제98조 전단에서 ⁠‘대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우’란 다음 각 호의 경우를 말한다.”라고 규정하면서, 제2호에서는 ⁠‘대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등

록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일’이라고 규정하고 있는바, 이 사건 제2주식의 경우 그 대금청산이 이루어진 시점이 2012. 11. 30.이므로 그 양도일 역시 2012. 11. 30.이라고 보아야 한다(이 사건 제1, 2매매계약을 전체로 하나로 본다고 하더라도, 그 전체 대금청산이 이루어진 시점은 역시 2012. 11. 30.이므로 마찬가지이다). 따라서 앞서 살펴본 바와 같이 이 시점에는 이 사건 회사가 중소기업이 아니었으므로 이 사건 제2 주식의 양도에 100분의 20의 양도소득세율을 적용하여 이루어진 이 사건 처분은 적법하다고 보아야 한다(다만, 이 사건 제2주식매매계약서에 따르면 이 사건 제2주식에 대한 명의개서는 2012. 8. 24. 이루어진 것으로 볼 여지가 있는데, 이 시점을 기준으로 이 사건 회사가 중소기업인지 여부를 판단한다고 하더라도 결과적으로 차이가 없다).

결국 원고의 청구는 받아들일 수 없다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2015. 08. 27. 선고 서울행정법원 2014구합75193 판결 | 국세법령정보시스템