산업활성화법 매도 토지, 양도소득세 기준시가 과세특례 해당 여부

요지

산업활성화법에 따라 이 사건 토지를 양도하였더라도 이는 조세특례제한법 제85조가 규정하고 있는 법률에 따른 양도가 아니므로 이를 적용하여 양도가액을 기준시가로 볼 수 없음.

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2011. 5. 23. 원고에 대하여 한 2005년 귀속 양도소득세 OOOO원 중 OOOO원을 초과하는 부분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

 가. 원고는 1971. 7. 21. OO시 OO구 OO면 OO리 산 46 외 8필지 75,200㎡(이하 ⁠‘이 사건 토지’라 한다)를 취득하여 보유하고 있다가, 2005. 4. 13. 주식회사 BB프론테크(그 후 상호가 ⁠‘주식회사 BB오앤이’로 변경되었다. 이하 ⁠‘소외 회사’라 한다)에게 이 사건 토지를 매매대금 OOOO원에 매도하는 내용의 매매계약(이하 ⁠‘이 사건 매매계약’이라 한다)을 체결하였다. 원고는 소외 회사로부터 2005. 4. 13. 계약금 및 중도금 OOOO원을, 2005. 10. 20. 잔금 OOOO원을 각 수령하였다.

 나. 원고는 이 사건 매매계약에 따른 소득을 양도소득이 아니라 사업소득으로 파악하여 2006. 6. 1. 사업소득에 대한 종합소득세 OOOO원을 신고·납부하였다.

 다. 대전지방국세청은 2011. 5. 11.부터 2011. 5. 30.까지 원고에 대한 양도소득세 조사를 실시하여, 이 사건 매매계약에 따른 소득이 사업소득이 아니라 양도소득세 과세대상에 해당하고, 이 사건 양도 당시 소외 회사가 공익사업시행자로 지정되기 전이라는 이유로, 구 조세특례제한법(2005. 12. 31. 법률 제7839호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 조세특례법’이라 한다) 제85조의 적용을 배제하고, 구 소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 소득세법‘이라 한다) 제96조 제1항에 따른 실지거래가액(양도가액 OOOO원, 취득가액 OOOO원)으로 양도차익을 산정한 과세자료를 피고에게 통보하였다.

 라. 이에 따라 피고는 2011. 5. 23. 원고에 대하여 2005년 귀속 양도소득세 OOOO원을 결정·고지하였고(이하 ⁠‘이 사건 부과처분’이라 한다), 원고가 신고·납부한 종합소득세 OOOO원을 환급·충당하였다.

 마. 원고는 이 사건 부과처분에 불복하여 이의신청을 거쳐 2011. 9. 29. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2013. 4. 26. 원고의 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3호증, 갑 제5호증의 1, 2, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 부과처분의 적법 여부

 가. 원고의 주장

 원고는 다음과 같은 이유에서 이 사건 부과처분이 위법하다고 주장한다.

 (1) 구 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률(2009. 1. 30. 법률 제9401호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 산업활성화법’이라 한다) 제13조에 의하여 공장설립등이 승인되면 동법 제13조의2 제1항 제5호에 의하여「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제56조 제1항의 규정에 의한 개발행위(토지의 형질변경 또는 토지분할에 한한다)의 허가, 동법 제86조의 규정에 의한 도시계획시설사업의 시행자의 지정, 동법 제88조의 규정에 의한 실시계획의 인가 및 동법 제118조의 규정에 의한 토지거래계약의 허가가 의제되는바, 소외 회사가 2005. 7.경 구 산업활성화법에 근거하여 이 사건 토지 중 61,633㎡ 지상에 공장신설에 관하여 천안시장으로부터 승인을 받았으므로 구 국토의 계획 및 이용에 관한 법률(2006. 1. 11. 법률 제7848호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 국토계획법’이라 한다) 제86조에 의하여 소외 회사가 위 토지에 관하여 도시계획시설사업의 시행자로 지정된 것으로 의제되는 것인바, 원고가 2005. 10. 20. 잔금을 청산함으로써 소외 회사가 이와 같이 도시계획시설사업의 시행자로 지정된 이후에 이 사건 토지를 양도한 것에 해당하므로, 구 조세특례법 제85조를 적용하여 기준시가에 의한 과세특례가 적용되어야 함에도 불구하고 이와 달리, 구 소득세법 제96조 제1항에 따른 실지거래가액을 적용하여 이루어진 이 사건 부과처분은 위법하다.

 (2) 이 사건 토지는 구 조세특례법 제77조 제1항 제1호에 따라 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이 적용되는 공익사업에 필요한 토지 등을 당해 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득에 해당하므로, 양도소득세의 100분의 10에 상당하는 세액을 감면하여야 함에도 불구하고, 이와 달리 구 조세특례법 제77조 제1항 제1호를 적용하지 않은 이 사건 부과처분은 위법하다.

 나. 관계 법령

 별지 기재와 같다.

 다. 인정사실

 (1) 소외 회사는 2005. 7.경 천안시장에게 이 사건 토지 중 일부인 OO시 OO면 OO리 산 48-1 외 6필지(전용면적 공장부지 24,243㎡, 진입로 4,766㎡ 합계 29,009㎡)에 대하여 구 산업활성화법에 따른 공장신설 승인신청을 하여, 그 무렵 천안시장으로부터 승인을 받았다.

 (2) 소외 회사는 공장신설 승인신청이 난 토지에 대하여 토지거래허가를 받은 후 2006. 1. 4. 소외 회사 명의로 소유권이전등기를 마쳤다.

 (3) 소회 회사는 2006. 8. 11. 공장증설을 위하여 국토의 이용 및 계획에 관한 법률에 의한 제2종 지구단위계획 입안을 위한 주민제안을 신청하여, 2006. 9. 25. 주민제안을 통보받았다.

 (4) 천안시장은 2007. 3.경 제2종 지구단위계획구역(성남 화성지구 산업형 개발진흥지구) 지정 및 계획수립을 위한 도시관리계획결정(변경) 계획(안)을 수립하고 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따라 공람 공고를 한 후, 2007. 11. 14. 소외 회사에게 제2종 지구단위계획 결정 승인을 통보하였다.

 (5) 소외 회사는 2007. 12. 18. 구 산업활성화법에 따라 천안시장에 공장증설을 신청하였고, 천안시장은 2008. 1. 21. 소외 회사의 공장증설 승인신청을 승인하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2, 8, 9, 10, 11, 12호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

 라. 판단

 (1) 원고의 첫 번째 주장에 관하여

 구 조세특례법 제85조는 ⁠‘지정지역 내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례’라는 표제 아래, 거주자가 구 소득세법 제96조 제1항 제6호의2의 규정에 의한 지정지역 내의 부동산을 ⁠‘택지개발촉진법 제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구를 지정한 날’ 등 제1호 내지 제4호가 규정하고 있는 날 및 제5호가 규정하고 있는 ⁠‘제1호 내지 제4호 외의 법률에 의하여 양도하는 부동산의 경우에는 당해 법률에 의하여 부동산이 속한 사업지역에 대한 예정지구·지역, 개발권역 지정, 보상계획공고 그 밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날’ 전에 취득하여 2006. 12. 31. 이전에 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 또는 그 밖의 법률에 의하여 당해 사업시행자에게 양도(수용되는 경우를 포함한다)하는 경우에는 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있도록 하고 있고, 위 규정 제5호의 위임에 따라 구 조세특례 제한법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19888호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 조세특례법 시행령’이라 한다) 제79조의2 제1항 ⁠[별표 7]은 ⁠‘그 밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날’을 거시하고 있다. 이와 같은 과세특례 규정의 표제가 ⁠‘지정지역 내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례’라고 되어 있는 점, 위 과세특례 규정의 각 호 및 구 조세특례법 시행령 제79조의2 제1항 [별표 7]의 각 호 소정의 법률들이 예정하고 있는 사업이 모두 공익적인 목적을 가지고 있고, 위 법률들이 그 사업시행자에게 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 등에 근거하여 수용권한을 인정하고 있는 점, 그리하여 위 법률들이 예정하고 있는 사업에서는 양도인이 협의에 의하여 부동산을 사업시행자에게 양도하더라도 그 양도가액에 관한 의사결정권한은 상당히 제한될 수밖에 없는 점 등을 종합하여 볼 때, 위 규정의 입법 취지는 투기지정지역 내의 부동산이라도 공익 목적을 위해 양도 또는 수용되는 경우에는 양도가액을 실지거래가액이 아닌 기준시가에 의할 수 있도록 함으로써 납세자의 세부담을 완화함과 동시에 공익사업의 원활한 시행을 도모하는 데에 있다고 보아야 할 것이다(대법원 2007. 12. 27. 선고 2006두16779 판결 참조).

 이와 같은 법리에 비추어 이 사건에 관하여 살피건대, 위 인정사실, 앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 이 사건은 구 조세특례법 제85조 소정의 과세특례 규정이 정하는 ⁠‘공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 또는 그 밖의 법률에 의하여 당해 사업시행자에게 양도(수용되는 경우를 포함한다)하는 경우’에 해당하지 않으므로, 구 조세특례법 제85조가 적용되어야 한다는 원고의 주장은 이유 없다.

 ① 소외 회사가 공장설립 승인을 받은 근거가 된 구 산업활성화법은 위 과세특례 규정의 각 호 및 구 조세특례법 시행령 제79조의2 제1항 [별표 7]의 각 호 소정의 법률들에 포함되지 않고, 구 산업활성화법은 공장설립 승인을 받은 자에게 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 등에 근거하여 수용 권한을 인정하고 있지 않으며 그 결과 양도인이 협의에 의하여 , 부동산을 공장설립 승인을 받을 자에게 양도하더라도 그 양도가액에 관한 의사결정권한이 상당히 제한된다고 볼 수 없다.

 ② 뒤에서 보는 바와 같이 이 사건 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득은 공익 사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이 적용되는 공익사업에 필요한 토지 등을 당해 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득에 해당하지 않는다.

 ③ 구 산업활성화법 제13조의2 제1항은 ⁠‘제13조 제1항의 규정에 의한 공장설립 등의 승인을 함에 있어서 당해 공장 및 진입로부지에 대한 다음 각 호의 허가·신고·면허·승인·해제 또는 용도폐지 등(이하 "인·허가등"이라 한다)에 관하여 당해시장·군수 또는 구청장이 제5항 본문의 규정에 의하여 관계행정기관의 장과 협의한 사항(제5항 단서의 규정에 의하여 협의가 생략되는 경우를 포함한다)에 대하여는 당해 인·허가등을 받은 것으로 본다.’고 규정하면서 제5호로「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제56조 제1항에 따른 개발행위(토지의 형질변경 또는 토지분할에 한한다)의 허가, 동법 제86조에 따른 도시계획시설사업의 시행자의 지정, 동법 제88조에 따른 실시 계획의 인가 및 동법 제118조에 따른 토지거래계약의 허가를 들고 있는바, 다음과 같은 사정, 즉 ㉮ 소외 회사가 공장설립등의 승인을 할 때 해당 공장 및 진입로 부지에 대한 인·허가등에 관하여 공장설립 승인권자가 관계 행정기관의 장과 협의를 거쳤다는 아무런 증거가 없고, 오히려 천안시장의 공장신설승인서(갑 제6호증의 1)에는 의제 처리되는 인·허가 및 승인조건에 대하여는 도로법에 의한 도로점용허가만을 적시하고 있을 뿐인 점, ㉯ 구 국토계획법에 의하면, "도시계획시설사업"이라 함은 도시계획시설을 설치·정비 또는 개량하는 사업을 말하고(제2조 제10호), "도시계획시설"이라 함은 기반시설 중 제30조의 규정에 의한 도시관리계획으로 결정된 시설을 말하며(제2조 제7호), "기반시설"이라 함은 도로·철도·항만·공항·주차장 등 교통시설(가목), 광장·공원·녹지 등 공간시설(나목), 유통업무설비, 수도·전기·가스공급설비, 방송·통신시설, 공동구 등 유통·공급시설(다목), 학교·운동장·공공청사·문화시설·체육시설 등 공공·문화체육시설(라목), 하천·유수지·방화설비 등 방재시설(마목), 화장장·공동묘지·납골시설 등 보건위생시설(바목), 하수도·폐기물처리시설 등 환경기초시설(사목)로서 대통령령이 정하는 시설을 말하는바, 액정표시장치를 생산하는 소외 회사의 공장이 국토의 이용 및 계획에 관한 법률에서 말하는 기반시설에 해당하지 않으므로, 소외 회사는 도시계획시설의 사업시행자가 될 수 없는 점 등에 비추어 보면, 소외 회사는 구 산업활성화법 제13조의2 제1항에 따라 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제86조에 따른 도시계획시설사업의 시행자로 의제된다고 볼 수 없다.

 (2) 원고의 두 번째 주장에 관하여

 구 조세특례법 제77조 제1항 제1호는 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이 적용되는 공익사업에 필요한 토지 등을 당해 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득으로서 당해 토지등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지 등을 2006년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득(토지등의 양도대금을 대통령령이 정하는 채권으로 지급받는 분에 한한다)에 대하여는 양도소득세의 100분의 10에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고 있다.

 구 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률(2005. 12. 30. 법률 제7835호로 개정되기 전의 것) 제2조 제2호는 ⁠“공익사업”이라 함은 제4조 각 호의 1에 해당하는 사업을 말한다고 규정하고 있고, 같은 법 제4조는 이 법에 의하여 토지 등을 취득 또는 사용할 수 있는 사업은 다음 각 호의 1에 해당하는 사업이어야 한다고 규정하면서, 국방·군사에 관한 사업(1호), 관계법률에 의하여 허가·인가·승인·지정 등을 받아 공익을 목적으로 시행하는 철도·도로·공항·항만·주차장·공영차고지·화물터미널·삭도·궤도·하천·제방·댐·운하·수도·하수도·하수종말처리·폐수처리·사방·방풍·방화·방조(防潮)·방수·저수지·용배수로·석유비축 및 송유·폐기물처리·전기·전기통신·방송·가스 및 기상관측에 관한 사업(2호), 국가 또는 지방자치단체가 설치하는 청사·공장·연구소·시험소·보건 또는 문화시설·공원·수목원·광장·운동장·시장·묘지·화장장·도축장 그 밖의 공공용 시설에 관한 사업(3호), 관계법률에 의하여 허가·인가·승인·지정 등을 받아 공익을 목적으로 시행하는 학교·도서관·박물관 및 미술관의 건립에 관한 사업(4호), 국가·지방자치단체·정부투자기관·지방공기업 또는 국가나 지방자치단체가 지정한 자가 임대나 양도의 목적으로 시행하는 주택의 건설 또는 택지의 조성에 관한 사업(5호), 제1호 내지 제5호의 사업을 시행하기 위하여 필요한 통로·교량·전선로·재료적치장 그 밖의 부속시설에 관한 사업(6호), 그 밖에 다른 법률에 의하여 토지 등을 수용 또는 사용할 수 있는 사업(7호)을 들고 있는바, 이에 의하면 소외 회사가 이 사건 토지를 취득하여 액정표시장치를 생산하는 공장을 신설하는 것은 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에서 정하는 공익사업에 해당하지 않으므로, 이 사건 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득은 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이 적용되는 공익사업에 필요한 토지 등을 당해 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득에 해당하지 않는다.

 뿐만 아니라 위 인정사실에 의하면, 원고는 BB오앤이로부터 토지대금을 모두 현금으로 지급받았으므로, 토지등의 양도대금을 대통령령이 정하는 채권으로 지급받는 경우에 해당하지도 않는다.

 따라서 구 조세특례법 제77조 제1항에 따라서 양도소득세의 100분의 10에 상당하는 세액을 감면하여야 한다는 원고의 위 주장은 이유 없다.

3. 결론

 그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2014. 01. 14. 선고 서울행정법원 2013구합18957 판결 | 국세법령정보시스템