지주회사 간주취득세 면제대상에 투자목적회사 포함 여부(대법원 판결)

지주회사를 간주취득세 부과대상에서 제외하고 있는 법률조항의 입법 취지

 ⁠[대법원 2014. 2. 27. 2011두14241 처분청승소]

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【판결요지】

지주회사를 간주취득세 부과대상에서 제외하고 있는 법률조항의 입법 취지는 지주회사의 설립이나 지주회사로의 전환에 대하여 세제혜택을 줌으로써 소유와 경영의 합리화를 위한 기업의 구조조정을 지원하려는 데에 있는 것이다. 따라서 달리 취급해야 할 투자목적회사마저 공정거래법의 지주회사에 관한 규정 및 법률조항이 적용된다고 보아 과세관청의 취득세 부과처분이 위법하다고 판단하였다. 하지만 이러한 원심판결에는 자본시장법 및 조세특례제한법 법리를 오해하여 판결 결과에 영향을 미친 위법이 있어 취소되어야 한다.

【참조조문】

구 조세특례제한법(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘조세특례제한법’이라 한다) 제120조 제6항 제8호

【전문】

【심급】

3심

【세목】

취득세

【주문】

원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

【이유】

상고이유를 판단한다.
 
1.  원심판결 이유에 의하면, 원심은 그 판시와 같은 이유를 들어, 원고가 2009. 10. 27. 주식회사 영화엔지니어링의 발행 주식 전부를 취득함으로써 위 회사의 과점주주가 됨과 동시에 독점규제 및 공정거래에 관한 법률(이하 ⁠‘공정거래법’이라 한다)에 의한 지주회사의 요건을 갖추게 된 이상, 구 조세특례제한법(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘조세특례제한법’이라 한다) 제120조 제6항 제8호(이하 ⁠‘이 사건 법률조항’이라 한다)에 따라 과점주주에 부과되는 취득세가 면제되고, 취득세 납세의무를 전제로 하는 농어촌특별세 역시 부담하지 않는다고 판단하고, 자본시장과 금융투자업에 관한 법률(이하 ⁠‘자본시장법’이라 한다) 제276조 제1항에 의하면 투자목적회사인 원고에게는 공정거래법에 의한 지주회사에 관한 규정이 적용되지 않으므로, 공정거래법에 의한 지주회사에 대하여 취득세를 면제하도록 하고 있는 이 사건 법률조항 역시 원고에게 적용될 여지가 없다는 피고의 주장을 배척하였다.
 
2.  그러나 원심의 위와 같은 판단은 다음과 같은 이유로 이를 수긍할 수 없다. 
가.  조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다고 할 것이다( 대법원 2008. 2. 15. 선고 2007두4438 판결 등 참조).
 
나.  이 사건 법률조항은 ⁠‘공정거래법에 의한 지주회사(금융지주회사를 포함한다)가 되거나 지주회사가 동법 또는 금융지주회사법에 의한 자회사의 주식을 취득함으로써「지방세법」제22조제2호에 따른 과점주주에 해당하게 되는 경우 해당 과점주주에 대하여는 간주취득세의 부과에 관한「지방세법」제105조제6항을 적용하지 아니한다’고 규정하고 있는데, 공정거래법 제2조 제1호의2, 같은 법 시행령 제2조 제1항, 제2항은 지주회사를 ⁠‘주식(지분을 포함한다)의 소유를 통하여 국내회사의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업으로 하는 회사로서, 설립등기일 또는 직전 사업연도 종료일(사업연도 종료일 이전의 자산총액을 기준으로 지주회사 전환신고를 하는 경우에는 해당 전환신고 사유의 발생일) 등 현재의 대차대조표상 자산총액이 1,000억 원 이상인 회사’로 정의하면서, 국내회사의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업으로 하는지는 ⁠‘회사가 소유하고 있는 자회사 주식가액의 합계액이 해당 회사 자산총액의 100분의 50 이상인지’를 기준으로 판단하도록 규정하고 있다.
한편 자본시장법 제276조 제1항은 ⁠‘공정거래법에 따른 지주회사에 관한 규정은 사모투자전문회사 또는 투자목적회사가 제270조 제1항 제1호 또는 제2호의 요건을 충족하는 경우 그 요건을 충족한 날부터 10년이 되는 날까지는 적용하지 아니한다’고 규정하고 있고, 여기에서 사모투자전문회사란 ⁠‘경영권 참여, 사업구조 또는 지배구조의 개선 등을 위하여 지분증권 등에 투자ㆍ운용하는 투자합자회사로서 지분증권을 사모로만 발행하는 집합투자기구’를 말하고(제9조 제18항 제7호), 투자목적회사란 ⁠‘그 주주 또는 사원이 사모투자전문회사, 투자목적회사가 투자하는 회사의 임원 또는 대주주 등의 어느 하나에 해당하되, 사모투자전문회사에 해당하는 주주 또는 사원의 출자비율이 대통령령으로 정하는 비율 이상이고 사모투자전문회사 재산의 운용방법과 동일하게 투자하는 주식회사 또는 유한회사’를 말한다고 규정하고 있다( 제271조 제1항, 제270조 제1항 제1호 내지 제5호, 제7호).
지주회사를 간주취득세 부과대상에서 제외하고 있는 이 사건 법률조항의 입법 취지는 지주회사의 설립이나 지주회사로의 전환에 대하여 세제혜택을 줌으로써 소유와 경영의 합리화를 위한 기업의 구조조정을 지원하려는 데에 있다. 그런데 자본시장법상의 사모투자전문회사나 투자목적회사는 투자한 회사의 기업가치를 높여 창출한 수익을 투자자에게 배분하는 것을 주된 목적으로 하여 설립된 회사로서, 수직적 출자구조를 통하여 자회사의 사업을 지속적으로 지배함으로써 소유와 경영의 합리화를 도모하려는 목적으로 설립된 공정거래법상의 지주회사와는 설립목적이나 기능 등이 전혀 다르다. 이러한 이유로 자본시장법상의 사모투자전문회사나 투자목적회사의 경우에는 공정거래법 제2조 제1호의2 등에서 정한 지주회사의 요건을 형식적으로 갖추었다고 하여 이를 모두 지주회사로 취급하여 공정거래법상의 각종 행위제한에 관한 규정을 적용하는 것이 적절하지 아니하므로, 자본시장법 제276조 제1항은 위에서 본 바와 같이 일정한 요건을 충족하는 사모투자전문회사나 투자목적회사에 대하여는 10년간 공정거래법의 지주회사에 관한 규정을 적용하지 아니하도록 규정하고 있다. 이는 결국 일정한 요건을 충족하는 사모투자전문회사나 투자목적회사는 공정거래법상의 지주회사로 보지 아니하겠다는 취지라 할 것이다.
그리고 자본시장법 제276조 제3항 본문은 ⁠‘사모투자전문회사 및 투자목적회사에 대하여는 제270조 제1항 제1호 또는 제2호의 요건을 충족하는 경우 그 요건을 충족한 날부터 10년이 되는 날까지는 금융지주회사법에 따른 금융지주회사로 보지 아니한다’고 규정하고 있고, 그 문언 내용과 이 사건 법률조항의 입법 취지 등에 비추어 보면 위 규정에 따라 금융지주회사로 보지 아니하는 자본시장법상의 사모투자전문회사나 투자목적회사에 대하여는 이 사건 법률조항이 적용되지 아니한다고 봄이 타당한데, 사모투자전문회사나 투자목적회사가 일반 지주회사인지 아니면 금융지주회사인지에 따라 이 사건 법률조항의 적용을 달리할 합리적 이유도 없다.
또한, 공정거래법상의 지주회사에 대하여는 이 사건 법률조항 외에, 주식의 현물출자 등에 의한 설립이나 전환에 대한 과세특례( 조세특례제한법 제38조의2), 수입배당금액의 익금불산입제도( 법인세법 제18조의2) 등이 마련되어 있는 반면, 자본시장법상의 사모투자전문회사나 투자목적회사에 대하여는 그와 별도로 지급배당금의 소득공제제도( 법인세법 제51조의2 제1항 제2호)나 등록세 중과배제제도( 조세특례제한법 제119조 제7항) 등이 규정되어 있는 등 세법상의 규율에도 차이가 있다.
위와 같은 관련 규정의 문언 내용과 입법 취지 및 체계, 사모투자전문회사 또는 투자목적회사와 지주회사의 설립목적 및 기능상의 차이, 그리고 1999. 12. 28. 법률 제6045호로 개정된 조세특례제한법이 이 사건 법률조항(당시에는 제120조 제5항 제8호)을 신설할 당시에는 법률상 사모투자전문회사나 투자목적회사에 관한 규정이 아직 도입되지 아니하였던 점 등을 종합하면, 공정거래법의 지주회사에 관한 규정이 적용되지 아니하는 자본시장법상의 사모투자전문회사나 투자목적회사에 대하여는 이 사건 법률조항도 적용되지 않는다고 봄이 타당하다.
 
다.  그럼에도 원심은 이와 달리 투자목적회사인 원고에게도 공정거래법의 지주회사에 관한 규정 및 이 사건 법률조항이 적용된다고 보아 피고의 이 사건 취득세 부과처분이 위법하다고 판단하였다. 이러한 원심판결에는 자본시장법 제276조 제1항, 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호 등의 해석에 관한 법리를 오해하여 판결 결과에 영향을 미친 위법이 있다. 이 점을 지적하는 상고이유 주장은 이유가 있다.
 
3.  그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리ㆍ판단하게 하도록 원심법원에 환송하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
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【하급심-서울고등법원 2011. 5. 18. 선고 2010누40900 판결】

【주문】

처분청패소

 
1.  제1심 판결을 취소한다.
 
2.  피고가 2010. 3. 22. 원고에게 한 취득세 20,233,160원, 농어촌특별세 2,023,310원 부과처분을 모두 취소한다.
 
3.  소송총비용은 피고가 부담한다.

【이유】

 
1.  제1심 판결 인용 부분 이 법원이 이 사건에 관하여 적을 이유 중 ⁠‘1. 처분의 경위 2. 이 사건 처분이 적법한지 여부 가. 원고의 주장, 나. 관계법령(2쪽 4째 줄부터 4쪽 첫째 줄)’까지는 별지 ⁠‘관계법령’을 이 판결 말미 ⁠‘관계법령’으로 바꾸는 외에는 제1심 판결 이유와 같다.행정소송법 제8조제2항,민사소송법 제420조본문에 따라 해당 부분을 인용한다.
 
2.  판단

 
가. 「지방세법」제22조제2호, 제105조 제6항은 법인 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 과점주주가 당해 법인의 부동산 등을 취득한 것으로 본다고 규정하여 과점주주에게 취득세 납부의무를 부과하고 있다. 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호는 공정거래법에 따른 지주회사(금융지주회사를 포함한다)가 되거나 지주회사가 동법 또는 금융지주회사법에 의한 자회사 주식을 취득하는 경우에는 과점주주에 대하여「지방세법」제105조제6항을 적용하지 아니한다고 규정하여 공정거래법에 따른 지주회사에 대하여 취득세 감면 혜택을 주고 있다.
공정거래법 제2조 1의2호, 공정거래법 시행령 제2조 제1항, 제2항에 의하면, ⁠‘지주회사’란 주식(지분을 포함) 소유를 통하여 국내회사 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업으로 하는 회사로서 설립등기일 또는 직전 사업연도 종료일 현재 대차대조표상 자산총액이 1,000억 원 이상인 회사를 말하고, 주된 사업이 되는 기준은 회사가 소유하고 있는 자회사 주식가액 합계액이 해당 회사 자산총액의 1/2 이상인 것으로 한다.
원고는 2009. 10. 27. 주식매수대금을 지급하고 주식회사 영화엔지니어링 발행 주식 전부를 취득하여 2009. 10. 27. 현재 자산총액이 1,401억 7천만 원이 되었고, 위 주식가액 1,323억 원은 자산총액의 94.3%를 차지한다. 원고는 주식 취득으로 인하여 주식회사 영화엔지니어링 과점주주가 되었고 동시에 공정거래법에 따른 지주회사 요건을 갖추게 되었으므로, 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호에 따라 과점주주에 부과되는 취득세가 면제되고, 취득세 납부의무를 전제로 하는 농어촌특별세 역시 부담하지 않는다.
 
나.  피고는, 자본시장법 제276조 제1항은 ⁠‘공정거래법에 따른 지주회사에 관한 규정은 사모투자전문회사 또는 투자목적회사(이하 ’투자전문회사 등‘이라 한다)가 일정한 요건을 충족하는 투자를 하는 경우 그 요건을 충족한 날부터 10년이 되는 날까지는 적용하지 아니한다’고 규정하여 투자목적회사인 원고에 대하여 지주회사에 관한 규정이 적용되는 것을 배제하고 있으므로, 원고에게는 지주회사에 대한 취득세 면제 조항이 적용될 여지가 없다고 주장한다.
법령이 다른 법령을 인용하고 있는 등으로 서로 다른 법령 간에 같이 해석ㆍ적용하여야 하는 것이 당연한 경우가 아니라면 원칙적으로 한 법령에서 사용하는 용어 등을 해석ㆍ적용하는 것은 그 법령에 내재하는 체계에 따라야 하고, 다른 법령에서 적용을 배제하고 있다고 하여 해석을 요하는 당해 법령에서도 적용을 배제하여야 하는 것은 아니다. 구 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호는 공정거래법에 의한 지주회사가 되거나 지주회사가 같은 법 또는 금융지주회사법에 따른 자회사 주식을 취득하는 경우를 취득세 면제사유로 들고 있을 뿐이고, 공정거래법에 의한 지주회사는 공정거래법 제2조 제1의2호에서 ⁠‘주식의 소유를 통하여 국내회사의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업으로 하는 회사로서 자산총액이 대통령령이 정하는 금액 이상인 회사’라고 정의하고 있다. 그러므로 조세특례제한법 제120조에 규정하는 지주회사는 조세특례제한법 제120조 및 공정거래법 제2조 제1의2호에 따라 해석하면 그 뿐이다. 자본시장법 제276조 제1항은 ⁠‘공정거래법에 따른 지주회사에 관한 규정은 사모투자전문회사 또는 투자목적회사가 제270조 제1항 제1호 또는 제2호 요건을 충족하는 경우 그 요건을 충족한 날부터 10년이 되는 날까지는 적용하지 아니한다’고 규정하고 있으나, 이는 투자전문회사 등이 공정거래법 제2조 제1의2호가 정한 지주회사 요건을 충족하여 지주회사가 되더라도 그에 대하여 공정거래법상 각종 규제규정을 적용하지 않겠다는 취지일 뿐이고, 그와 다른 법령인 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호에서 규정하고 있는 지주회사로도 보지 않겠다는 것으로 해석되지는 아니한다(더구나 자본시장법 제276조 제1항은 공정거래법상 지주회사로 보지 않는다는 것이 아니고 공정거래법에 의한 지주회사에 관한 규정을 적용하지 아니한다고 할 뿐이다). 나아가 구 조세특례제한법 입법취지 등에 비추어 구 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호를 합목적적으로 해석한다 하여도 투자전문회사 등은 지주회사에 해당되지 않는다고 해석되지 않는다. 그 이유는 다음과 같다.
① 공정거래법상 지주회사 관련 규정 체계를 보면, 제2조에서 지주회사 및 자회사라는 용어에 대하여 정의한 다음 제8조에서는 지주회사를 설립한 경우 공정거래위원회에 신고하도록 하고 있고, 제8조의2 제2항 내지 제5항에서는 부채비율, 자회사 주식 보유비율, 계열회사 주식취득 제한 등 일정한 행위를 제한하고 있으며, 같은 법 제66조, 제68조에서는 신고의무를 위반하거나 행위제한규정을 위반한 자에 대하여 벌칙을 부과하고 있다. 입법자는 1990년대 말 외환위기를 맞아 외자유치 및 신속한 기업구조조정 필요성 때문에 1999. 2. 5. 공정거래법을 개정하여 그 동안 금지하여 오던 지주회사제도를 허용하면서 지주회사가 초래할 수 있는 경제력 집중 폐해를 방지하기 위하여 부채비율 제한 등 각종 규제규정을 마련한 것이다.
자본시장법 제276조 제1항은 투자전문회사 등이 투자를 수행하는 과정에서 그 본질상 지주회사가 될 가능성이 큰 점을 고려하여 이들이 공정거래법 제2조에서 정한 지주회사 요건을 충족하여 지주회사가 되더라도 원활한 투자활동을 보장해 주기 위하여 지주회사에 대한 각종 규제규정을 일정 기간 배제해 주겠다는 취지로 마련된 것이다. 이는 위 법조문 표제가 ⁠‘지주회사 규제의 특례’인 점에 비추어도 분명하다.
② 자본시장법 제276조 제3항 본문은 ⁠‘투자전문회사 등에 대하여는 일정한 요건을 충족하는 투자를 하는 경우 그 요건을 충족한 날부터 10년이 되는 날까지는 금융지주회사법에 따른 금융지주회사로 보지 아니한다’고 규정하고 있다. 투자전문회사 등이 금융업 등을 하는 회사에 투자한 경우에는 금융지주회사법에 의한 금융지주회사로 보지 않는다는 취지를 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호에서 규정하는 공정거래법에 의한 지주회사가 아니라는 것으로 해석하게 되면, 지주회사와 금융지주회사를 구분하지 아니하고 취득세 면제대상으로 규정한 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호와 달리 투자전문회사 등이 투자하는 대상 기업에 따라 취득세 면제 여부가 달라지는 부당한 결과가 초래된다.
공정거래법에 따른 지주회사는 법에서 정한 일정한 요건, 즉 자산총액과 주식요건을 충족함으로써 자유롭게 성립되나 금융지주회사법은 금융의 공공성 등을 고려하여 금융지주회사가 성립하기 위하여는 미리 금융위원회로부터 인가를 받도록 요구함으로써( 금융지주회사법 제2조 제1항 제1호, 제3조, 제4조, 제5조의2참조) 그 성립 자체를 사전 규제하고 있다. 여기에 금융지주회사법은 오로지 금융지주회사 관련 정의규정과 행위제한규정만으로 구성되어 있다는 특성을 보태어 보면, 자본시장법 제276조 제3항 본문에서 ⁠‘금융지주회사로 보지 아니한다’는 문구는 금융업을 영위하는 회사 등 주식을 취득하여 금융지주회사로 성립하는 과정에서 금융지주회사법에서 요구하는 금융위원회 인가를 받지 않아도 되고, 그 후 활동 시에도 법에서 정한 각종 규제규정을 적용하지 않겠다는 취지일 뿐 금융지주회사로 성립하는 것 자체를 부정하는 것은 아니라고 보아야 한다. 자본시장법 제276조 제3항 본문에도 불구하고 금융지주회사 역시 공정거래법에 따른 지주회사와 마찬가지로 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호에 의하여 취득세를 면제받는다고 보아야 한다.
③ 공정거래법상 지주회사에 대하여 과점주주에 부과되는 취득세를 면제하는 특례규정은 외환위기 조기 극복을 위하여 1999. 2. 5. 구 공정거래법 개정으로 도입된 지주회사 제도를 뒷받침하기 위한 것이다. 투자전문회사 등은 투자한 회사 기업가치를 높여 그 수익을 사원들에게 배분하는 것을 목적으로 하여 간접투자를 활성화하고 투자자들에게 다양한 투자기회를 제공하며 회사 구조조정 등에 활용될 수 있는 자본을 효율적으로 공급하여 자산운용산업이 발전할 수 있는 계기를 만들고 궁극적으로 투자산업을 발전시키기 위해 2004. 10. 5. 구 간접투자자산운용업법에 처음 도입된 제도이다. 지주회사에 대한 취득세 특례규정을 도입할 당시 투자전문회사 등과 같은 특수한 형태 회사는 존재하지도 아니하였지만 투자전문회사 등을 지주회사로 보고 취득세 특례 규정을 적용하는 것이 조세특례제한법 입법취지에 어긋나지 않는다.
④ 지주회사는 사원을 두고 영업활동을 하는 등 회사로서 실체를 가지는 반면 원고와 같은 투자전문회사 등은 처음부터 상근임원이나 직원을 둘 수 없고 본점 외에는 영업소를 설치할 수 없는 등 회사로서 실체를 가지지 않는 투자기구(paper company)에 불과하며, 그 밖에 앞서 본 도입 시기, 목적 등에서 서로 차이가 있기는 하나 기업 구조조정을 원활히 한다는 측면에서 양자의 성격은 크게 다르지 않다. 이러한 점에 비추어 투자전문회사 등이 공정거래법상 지주회사 요건을 갖추었다면 이를 지주회사로 보아 같이 취득세 면제규정을 적용하는 것이 타당하다.
피고는 공정거래법 제2조 제1호의2가 ⁠‘지주회사라 함은 주식의 소유를 통하여 국내회사의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업내용으로 하는 회사’라고 정의하고 있듯이 지주회사는 자회사 지배를 목적으로 하는 반면 투자전문회사 등이 하는 기업지배는 구조조정이나 기업인수, 합병 등을 통한 투자수익 창출이라는 주된 목적을 위한 수단에 불과하여 양자 간에는 본질적인 차이가 있다고 주장한다. 그러나 지주회사 정의규정에서 말하는 ⁠‘주된 사업’이란 기실 회사가 소유하고 있는 자회사 주식 가액 합계액이 해당 회사 자산총액에서 차지하는 비중이 50% 이상일 것을 요한다는 의미일 뿐이므로 지주회사는 오로지 자산총액과 자산총액 대비 일정한 자회사 주식보유라는 객관적 사실만으로 판정되는 것이고, 자회사 지배기간 역시 지주회사 인정에 아무런 영향을 미치지 못한다. 따라서 요건상 동일한 지주회사일 뿐임에도 아무런 법적 근거도 없이 그 추구하는 목적에 따라 취득세 면제 여부와 같은 중대한 사항을 달리 취급하는 것은 설득력이 없다.
 
다.  피고는 투자전문회사 등은 공정거래법에 따른 지주회사가 아니라는 전제하에 이 사건 처분을 하였다. 이 사건 처분은 위법하다.
 
3.  결론

제1심 판결을 취소하고 원고 청구를 인용한다.
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【하급심-인천지방법원 2010. 11. 4. 선고 2010구합2030 판결】

【주문】

처분청승소

 
1.  원고의 청구를 기각한다.
 
2.  소송비용은 원고가 부담한다.

【이유】

 
1.  처분의 경위

 
가.  원고는 2009. 9. 10. 자본시장과 금융투자업에 관한 법률(이하 ⁠‘자본시장법’이라 한다)에 의한 사모투자전문회사가 출자하여 설립한 투자목적회사로서 다른 회사의 주식 또는 지분 등에 투자하는 것을 주된 사업목적으로 하는 회사이다.
 
나.  엠비케이파트너스 이호 사모투자전문회사는 2009. 9. 8. ○○○, ○○○으로부터 주식회사 영화엔지니어링의 발행주식 총수인 8,241,600주를 1,323억 원에 매수하였는데, 원고는 2009. 9. 14. 위 엠비케이파트너스 이호 사모투자전문회사로부터 위 주식매매계약의 매수인 지위를 인수하면서, 2009. 10. 27. ○○○, ○○○에게 주식매수대금 1,323억 원을 지급하고 위 주식을 취득하였다.
 
다.  원고가 주식회사 영화엔지니어링의 주식을 취득함으로써 2009. 10. 27. 현재 자산 총액은 1,401억 7,000만 원이 되었고, 그 중 위 주식가액 합계 1,323억 원이 위 자산 총액의 94.3%를 차지하게 되었다.
 
라.  원고는 2009. 11. 피고에게 주식회사 영화엔지니어링 소유의 ○○ ○○구 ○○동 152-1등 13필지 지상 다운타운일레븐빌딩 201호에 대하여 취득세 및 등록세를 신고하면서, 원고가 위 주식 취득으로 독점규제 및 공정거래에 관한 법률(이하 ⁠‘공정거래법’이라 한다) 제2조에서 정한 지주회사가 되었으므로 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호에 따라 취득세 납부의무가 없다는 이유로 면제를 신청하여, 취득세 납부를 면제받았다.
 
마.  그런데 행정안전부는 2009. 12. 16. 피고에게, 원고와 같은 투자목적회사는 공정거래법에 따른 지주회사로 볼 수 없기 때문에 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호에서 정한 취득세 면제대상 과점주주에 해당하지 않는다는 세정운영기준을 통보하였고, 피고는 이에 따라 2010. 3. 22. 원고에게 취득세 20,233,160원 및 농어촌특별세 2,023,310원을 부과하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑제1 내지 4, 6, 7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

 
2.  이 사건 처분이 적법한지 여부

 
가.  원고의 주장

조세특례제한법 제120조 제6항 제8호에 의하면, 과점주주가 취득세를 면제받기 위한 요건으로서 공정거래법에 의한 지주회사가 되거나 지주회사가 자회사의 주식을 취득할 것만을 요구하고 있을 뿐 그 외 다른 요건을 요구하고 있지 않고, 자본시장법 제276조 제1항에 의하면 투자목적회사에 대하여 일정한 경우 10년간 공정거래법에 따른 지주회사에 관한 규정을 적용하지 아니한다고 규정하고 있으나, 위 규정의 취지는 투자목적회사에 대하여 공정거래법에 의한 지주회사에 적용되는 여러 규제 규정만을 적용하지 않겠다는 것일 뿐 투자목적회사 자체를 공정거래법에 의한 지주회사로 인정하지 않겠다는 취지가 아닌바, 위와 같은 문리적 해석 및 조세법규 엄격해석의 원칙에 비추어 보면, 원고와 같은 투자목적회사도 공정거래법에서 정하고 있는 지주회사의 요건을 충족하기만 하면 공정거래법에 의한 지주회사로서 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호가 적용되어 취득세가 면제되어야 한다.
 
나.  관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.
 
다.  판단

1) 원고는 취득세와 더불어 농어촌특별세 부과처분의 취소를 구하는바, 농어촌특별세는 지방세법상 취득세 납세의무자에게 부과되는 것이어서 이 사건 처분 중 취득세 부과처분이 위법하여 취소되면 이에 따라 농어촌특별세 부과처분도 당연히 취소되어야 하므로 이하에서는 취득세 부과처분에 대해서만 판단한다.
2) 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다( 대법원 2008. 2. 15. 선고 2007두4438 판결 참조).
3)「지방세법」제105조제6항에 의하면, 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산 등을 취득한 것으로 보고, 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호에 의하면, 공정거래법에 따른 지주회사에 대해서는「지방세법」제105조제6항에 의해 과점주주에게 부과되는 취득세를 면제하는 것으로 규정하고 있는바, 위 규정들을 취지는, 법인의 과점주주가 되는 경우 그 법인의 자산에 대한 관리·처분권을 취득하게 되어 실질적으로 그 법인의 자산을 취득한 것과 같으므로 원칙적으로 취득세 납세의무를 지지만, 공정거래법에 의한 지주회사는 외국자본의 유치 및 기업구조조정의 필요에 따라 도입된 제도로서 지주회사의 신규 설립 또는 기존 기업집단 내에서 지주회사로의 전환을 촉진하여 위와 같은 도입 목적을 달성하기 위한 세제지원책으로 법인의 과점주주가 되는 경우에도 취득세를 면제하는 것이다.
한편, 자본시장법 제9조 제18항 제7호, 제 271조에 의하면, 사모투자전문회사는 경영권 참여, 사업구조 또는 지배구조의 개선 등을 위하여 지분 증권 등에 투자·운용하는 투자합자회사로서 지분증권을 사모로만 발행하는 집합투자기구이고, 투자목적회사는 사모투자전문회사 등이 주주 또는 사원이 되어 회사자산을 사모투자전문회사의 재산운용방법과 같이 투자하는 주식회사 또는 유한회사를 말하는바(이하 사모투자전문회사와 투자목적회사를 통틀어 ⁠‘투자전문회사 등’이라 한다), 투자전문회사 등은 투자한 회사의 기업가치를 높여 그 수익을 투자자들에게 배분하는 것을 목적으로 하는 회사로서, 새로운 간접투자수단의 도입으로 투자자들에게 다양한 투자기회를 제공하고, 시중의 부동자금을 생산적인 자금으로 전환하도록 유도하여 투자를 활성화하며, 회사의 구조조정 등에 활용될 수 있는 자본을 효율적으로 공급하고, 외국자본과 국내자본이 동등하게 경쟁할 수 있는 제도적 기반을 제공하기 위하여 도입되었다.
4) 그러므로 살피건대, ① 공정거래법에 의한 지주회사는 기업구조조정 등을 위해 과점주주가 되고 지속적으로 자회사를 지배하는 것을 예정하고 있는 반면, 투자전문회사 등은 단기간의 투자 및 수익 창출을 위해 과점주주가 되고 한시적으로 자회사를 지배하는 것을 예정하고 있어, 지주회사와 투자전문회사 등은 과점주주가 되는 이유, 예정하고 있는 자회사에 대한 지배 기간이 다른 점, ② 자본시장법 제276조 제1항에서 투자목적회사 등에 대하여 일정한 요건을 갖춘 경우 그로부터 10년간은 공정거래법의 지주회사에 관한 규정을 적용하지 않고 그 이후에는 적용하도록 규정한 이유는, 투자전문회사 등이 투자수익의 창출을 위해 일시적으로 지주회사와 같은 외형을 갖춘 상태가 10년 이상 지속되는 경우에는 그 투자대상회사에 대한 지속적인 지배기능을 수행하는 지주회사의 성격을 가지게 되는 것으로 보기 때문인 점, ③ 자본시장법 제276조 제1항은 ⁠‘투자목적회사 등에 대하여 공정거래법에 따른 지주회사에 관한 규정은 …… 요건을 충족한 날부터 10년이 되는 날까지는 적용하지 아니한다’고 규정하고 있는바, 법문에 비추어 보더라도 ⁠‘지주회사에 관한 규정’에 공정거래법에서 정한 지주회사의 정의규정과 행위제한규정이 모두 포함된다고 봄이 상당한 점, ④ 자본시장법 제276조 제3항에서 ⁠‘투자목적회사 등에 대하여는 …… 요건을 충족한 날부터 10년이 되는 날까지는 금융지주회사법에 따른 금융지주회사로 보지 아니한다’고 규정하여 위 제1항의 표현과 일부 상이하기는 하지만, 제3항의 입법 취지 또한 제1항의 취지와 같고, 투자목적회사 등이 투자하는 투자대상기업의 종류에 따라 취득세의 특례 여부를 다르게 정할 합리적인 이유가 없는 점을 고려할 때 일정한 요건 충족일부터 10년 이전에는 투자목적회사 등을 금융지주회사법에 의한 금융지주회사로 보지 않는 것처럼 공정거래법에 의한 지주회사 자체로도 보지 않는 것으로 보는 것이 합리적인 점 등에 비추어 보면, 투자목적회사 등이 일정한 요건을 충족한 날부터 10년이 되기 전에는 공정거래법에 의한 지주회사에 해당하지 않는다고 해석함이 상당하므로 원고의 주장은 받아들이지 않는다.
 
3.  결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다

출처 : 대법원 2014. 02. 27. 선고 2011두14241 판결 | 사법정보공개포털 판례