요지

구건물이 화재로 멸실되어 건물을 신축하여 양도한 경우 구건물 취득가액은 양도소득세 필요경비로 산입대상에 해당하지 않으며, 실지거래가액이 존재 하는 이상 환산취득가액을 적용하지 아니함

판결내용

붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 원고에 대하여 한 2022. 1. 3.자 경정청구내역(과세기간: 2020귀속 경정청구액:66,676,741원), 경정청구내역(과세기간: 2021귀속 경정청구액: 76,385,166원)의 각 경정청구의 기각(거부)처분을 각 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2004. 6. 21. 이AA으로부터 ㅇㅇ시 ㅇ동 167-1 공장용지 938.7㎡(이하‘이 사건 토지’라 한다) 및 그 지상 건물(이하 ⁠‘이 사건 구건물’이라 하고, 이 사건 토지 및 이 사건 구건물을 통칭하여 ⁠‘이 사건 부동산’이라 한다)을 11억 2,000만 원에 매수하고, 같은 달 28. 이 사건 부동산에 관하여 위 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를마쳤다.

나. 이 사건 구건물은 2019. 8. 10. 화재로 인하여 총 면적 1,353.15㎡ 중 539.96㎡가 멸실되고, 219.59㎡에 그을음 피해가 발생하였다.

다. 원고는 2020. 1. 10. 이 사건 구건물을 멸실등기하고, 이 사건 토지상에 2개의 건물(이하 ⁠‘이 사건 제1건물’ 및 ⁠‘이 사건 제2건물‘이라 한다)을 신축하였다.

라. 원고는 이 사건 토지를 ㅇㅇ시 ㅇ동 167-1 공장용지 469.3㎡(이하 ⁠‘이 사건 제1토지’라 한다)와 같은 동 167-9 469.4㎡(이하 ’이 사건 제2토지‘라 한다)로 분할하고,2020. 7. 31. 이 사건 제1토지 및 이 사건 제1건물(이하 위 토지 및 위 건물을 통칭하여 ’이 사건 제1부동산‘이라 한다)을 주식회사 정BBBBBB에 29억 2,000만 원에 매도하는 내용의 매매계약을, 2020. 11. 6. 이 사건 제2토지 및 이 사건 제2건물(이하 위 토지 및 위 건물을 통칭하여 ’이 사건 제2부동산‘이라 한다)을 주식회사 기CC에 29억5,000만 원에 매도하는 내용의 매매계약을 각 체결하였다.

마. 원고는, 2020. 11. 30. 이 사건 제1부동산에 대하여 양도가액을 29억 2,000만 원, 취득가액을 1,865,951,435원[= ⁠(이 사건 부동산 취득가액 11억 2,000만 원 + 취·등록세 47,642,760원 - 감가상각누계액 115,739,891원) × 1/2 + 이 사건 제1건물 신축공사비 13억 4,000만 원]으로, 2021. 2. 28. 이 사건 제2부동산에 대하여 양도가액을 29억5,000만 원, 취득가액을 1,910,551,435원[= ⁠(이 사건 부동산 취득가액 11억 2,000만 원+ 취·등록세 47,642,760원 - 감가상각누계액 115,739,891원) × 1/2 + 이 사건 제2건물 신축공사비 13억 4,000만 원]으로 각 신고하여 양도소득세 630,217,299원(= 이 사건 제1부동산 269,030,278원 + 이 사건 제2부동산 361,187,021원)을 예정신고·납부하였다.

바. 피고는 이 사건 제1부동산에 대한 양도소득세 조사를 실시한 후 2021. 8. 27. 원고에게 이 사건 구건물 취득가액은 이 사건 제1부동산 양도 관련 필요경비에서 제외되어야 한다는 이유로 81,598,844원을 부인하는 내용의 세무조사결과를 통지하였다.

사. 피고는 원고가 청구한 과세전적부심사 과정에서 원고가 인수한 이 사건 구건물 임대차보증금채무 44,908,337원1)을 이 사건 제1부동산 양도 관련 필요경비로 인정하고, 2021. 11. 10. 원고에게 이 사건 제1부동산에 대한 양도소득세 17,132,687원을 추가로 부과·고지하였다.

아. 원고는 2021. 11. 5. 화재로 멸실된 이 사건 구건물의 취득가액이 이 사건 제1,2 부동산 양도 관련 필요경비로 인정되어야 하고, 이 사건 부동산의 실지거래가액이 불분명하므로 환산가액을 위 부동산의 취득가액으로 인정하여야 한다는 이유로 이 사건 제1, 2부동산의 양도소득세 160,194,576원(= 이 사건 제1부동산 83,809,410원 + 이 사건 제2부동산 76,385,166원)의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고는 2022. 1.3. 이를 거부하는 처분을 하였다(이하 ’이 사건 처분‘이라 한다).

자. 원고는 2022. 2. 9. 이 사건 처분에 불복하여 감사원에 심판청구를 하였으나, 감사원은 2023. 11. 24. 원고의 심판청구를 기각하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8, 10 내지 12, 16 내지 18호증, 을 제1호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

다음과 같은 이유로 이 사건 처분은 위법하므로, 취소되어야 한다.

가. 화재로 멸실된 이 사건 구건물의 취득가액은 이 사건 토지 본래의 목적에 사용하기 위한 자본적 지출에 해당하거나, 소득세법 시행령 제67조 제2항 제4호가 정한’재해 등으로 인하여 건물ㆍ기계ㆍ설비 등이 멸실 또는 훼손되어 당해 자산의 본래 용도로의 이용가치가 없는 것의 복구‘를 위한 자본적 지출에 해당하므로, 위 구건물 취득가액은 이 사건 제1, 2부동산 양도 관련 필요경비에 산입되어야 하나, 피고는 이를 산입하지 않고 이 사건 처분을 하였다.

나. 이 사건 부동산 매매계약서에는 매매대금이 11억 2,000만 원으로 기재되어 있으나, 위 부동산 매수 당시 원고의 부친이 작성한 메모장(이하 ’이 사건 메모장‘이라 한다) 및 금융거래내역서 등 자료에 의하면, 위 매매계약서는 다운계약서로 확인되므로,위 11억 2,000만 원을 이 사건 부동산의 실지거래가액으로 볼 수 없고, 달리 실지거래가액을 확인할만한 증명서류도 존재하지 않으므로, 이 사건 토지의 취득가액은 실지거래가액이 불분명한 경우에 해당하여 환산가액으로 인정되어야 한다. 이 사건 메모장에는 원고가 이 사건 부동산의 매도인인 이AA에게 매매대금으로 총14억 5,500만 원을 지급한 것으로 기재되어 있으므로, 설령 이 사건 토지의 취득가액을 환산가액으로 인정할 수 없다면, 위 부동산의 취득가액은 위 메모장에 기재된 바와같이 실지거래가액인 14억 5,500만 원으로 인정되어야 한다.

그럼에도 피고는 이 사건 메모장을 객관적인 자료로 보기 어렵다는 이유로 이 사건부동산 매매계약서에 기재된 매매대금 11억 2,000만 원과 원고가 인수한 이 사건 구건물의 임대차보증금채무 1억 1,800만 원의 합계인 12억 3,800만 원만을 이 사건 부동산의 실지거래가액으로 보아 이를 취득가액으로 인정하였다.

3. 관계 법령

별지 기재와 같다.

4. 판단

가. 이 사건 구건물 취득가액이 필요경비로 공제되어야 하는지 여부

1) 논의의 전제

양도소득금액은 토지와 건물별로 구분하여 계산한다(소득세법 제102조 제1항,제94조 제1항 참조). 따라서 이 사건 구건물 취득가액이 이 사건 제1, 2부동산의 양도소득금액 계산에 있어서 필요경비에 해당하는지 여부는 이 사건 구건물 취득가액을 ①이 사건 토지에 대한 자본적 지출로 필요경비로 볼 수 있는지 여부와 ② 이 사건 제1,2건물에 대한 자본적 지출로 필요경비로 볼 수 있는지 여부로 구분된다.

2) 이 사건 토지에 대한 필요경비로 공제되어야 하는지 여부

가) 소득세법 제97조 제1항에 의하면, 원칙적으로 토지의 양도가액에서 공제할 필요경비는 그에 대응하는 당해 토지와 관련된 취득가액 등이므로 토지와는 별개인 건물의 취득가액은 원칙적으로 토지의 양도가액에서 공제할 필요경비에 해당하지 않는다.

나) 다만, 예외적으로 토지와 건물의 취득이 토지만의 이용을 위한 것인 경우와 같은 다른 특별한 사정이 있다면, 건물의 취득가액을 토지의 양도가액에서 공제할 필요경비로 볼 수 있다. 즉, 토지와 그 지상건물을 함께 취득하였다가 토지만을 이용하기 위하여 건물을 철거하고 나대지 상태로 토지만을 양도하는 경우, 취득 후 단시일 내에 건물의 철거에 착수하는 등 토지와 건물의 취득이 당초부터 건물을 철거하여 토지만을 이용하려는 목적이었음이 명백한 것으로 인정될 때에는 철거된 건물의 취득가액과 철거비용 등을 토지의 취득가액에 포함되는 양도자산의 필요경비로 산입할 수 있다(대법원 1992. 9. 8. 선고 92누7399 판결 참조).

다) 그런데 원고는 이 사건 부동산을 취득한 후 이 사건 구건물이 화재로 멸실되기 전까지 약 15년 동안 이를 부동산 임대업에 사용한 사실을 자인하고 있으므로,원고가 당초부터 이 사건 토지만을 이용하려는 목적에서 이 사건 구건물까지 일괄하여취득한 것은 아니었다고 봄이 타당하다.

라) 원고는, 위 대법원 92누7399 판결과 동일한 취지의 대법원 2013. 12. 27. 선고 2013두18216 판결 및 하급심 판결들은 구건물 멸실 후 토지상에 건물을 신축하여 일정한 기간 사용하다가 양도한 사안이므로, 원고와 같이 이 사건 구건물 멸실 후 이 사건 토지상에 이 사건 제1, 2건물을 신축한 이후 곧바로 양도한 이 사건과는 사안이 달라 위 판결을 그대로 원용할 수 없다고 주장하나, 위 대법원 판결은 토지와 건물을

취득할 당시 당초부터 건물을 철거하여 토지만을 이용하려는 목적이었는지 여부가 기준일 뿐 구건물 멸실 후 신축한 건물의 양도 시점을 기준으로 하는 것이 아님이 명백하므로, 원고의 위 주장은 받아들이지 않는다.

또한 원고는, 토지상의 건축물이 천재지변으로 인하여 멸실된 후 토지만을 양도하는 경우로서 그 양도차익을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우 멸실된 건물의 취득가액과 철거비용의 합계액에서 멸실된 건물의 잔설처분가액을 차감한 잔액을 양도자산의 필요경비로 산입한다는 취지의 국세청 예규 1997. 5. 26. 재일46014-1303 및2008. 11. 14. 재산세과 3788을 이 부분 주장에 대한 근거로 들고 있으나, 이는 토지와 건물을 함께 취득하였다가 천재지변으로 건물이 멸실된 후 나대지 상태의 토지만을 양도하는 경우로 통상적인 거래관념상 지상에 건물이 존재하여 해당 건물의 부지로 이용되는 토지와 나대지 상태인 토지는 그 가치를 달리한다고 봄이 상당하므로, 위 국세청 예규는 이 사건 구건물 멸실 후 이 사건 토지상에 이 사건 제1, 2건물을 신축한 후 이 사건 토지와 신축된 이 사건 제1, 2건물을 함께 양도하는 이 사건과는 사안이 달라 원용하기에 적절하지 않다.

마) 따라서 이 사건 구건물의 취득가액이 이 사건 토지 본래의 목적에 사용하기 위한 자본적 지출로서 필요경비에 해당한다고 보기 어려우므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

3) 이 사건 제1, 2건물에 대한 필요경비로 공제되어야 하는지 여부

가) 소득세법 제97조 제1항 제2호는 ’자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것’을 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비로 규정하고 있고, 그 위임을 받은 소득세법 시행령 제163조 제3항 제1호는 ⁠‘제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액’을 자본적지출액 등으로 열거하고 있으며, 소득세법시행령 제67조 제2항 제4호는 ⁠‘자본적 지출이란 사업자가 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 수선비를 말하며, 재해 등으로 인하여 건물·기계·설비 등이 멸실 또는 훼손되어 당해 자산의 본래 용도로의 이용가치가 없는 것의 복구에 해당하는 지출을 포함하는 것으로한다’고 규정하고 있다.

나) 위 소득세법령 관련 규정에 의하면, 이 사건 구건물은 멸실 또는 훼손된 이후 복구된 것이 아니라 멸실되었을 뿐이고, 양도 자산도 이 사건 구건물이 아닌 신축된 이 사건 제1, 2건물이므로, 이 사건 구건물 취득가액은 ’당해 자산‘의 가치를 현실적으로 증가시시키 위하여 지출한 수선비에 해당하지 않는다.

다) 따라서 이 사건 구건물 취득가액은 신축된 이 사건 제1, 2건물에 대한 자본적 지출로서 필요경비에 해당한다고 보기 어려우므로, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

나. 이 사건 부동산의 취득가액을 환산가액으로 인정하여야 하는지 여부

1) 관련 규정 및 법리

소득세법 제97조 제1항 제1호, 제114조 제7항, 소득세법 시행령 제176조의2 제1항 내지 3항 등에 의하면, 토지의 양도차익을 계산함에 있어 양도가액에서 공제할 취득가액은 자산 취득에 든 실지거래가액으로 하되, 취득 당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우 등 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 소득세법 시행령 제176조의2 제3항이 정한 바에 따라 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액, 기준시가를 순차로 적용하여 추계조사의 방법으로 토지의 양도차익을 결정 또는 경정할 수 있다.

양도소득세의 과세표준인 양도차익을 산정할 때 기준이 되는 실지거래가액은 객관적인 교환가치를 반영하는 일반적인 시가가 아니라 실지의 거래대금 그 자체 또는 거래 당시의 급부의 대가로 실지 약정된 금액을 말하고(대법원 2016. 3. 10. 선고 2015두3577 판결 등 참조), 양도소득세액을 산출하는 기초가 되는 당해 자산의 실지양도가액이라 함은 거래 당시 양도자가 자산을 양도하고 그 대가로 지급받은 가액으로서 매매계약 기타 증빙자료에 의하여 객관적으로 인식되는 가액을 말하는데(대법원 2012. 2. 9. 선고 2010두27592 판결 등 참조), 이는 실지취득가액에 있어서도 마찬가지이다.

양도소득의 산정에 있어 납세의무자가 실지거래가액에 관한 증빙서류로서 취득 및 양도에 관한 매매계약서 등을 제출하였다면, 과세관청으로서는 매매계약서 등이 실제와 달리 작성되었다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 매매계약서상의 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하여야 할 것이고, 이 경우 그러한 특별한 사정이 있다는 점은 과세관청이 이를 증명하여야 한다(대법원 1996. 6. 25. 선고 95누3183 판결 등 참조).

2) 구체적 판단

앞서 든 증거들, 갑 제13호증의 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 부동산의 취득가액은 위 부동산의 실지거래가액인 12억 3,800만 원이라고 봄이 상당하고, 갑 제9, 14호증의 각 기재만으로는 이 사건 부동산의 실지거래가액이 14억 5,500만 원이라는 원고의 주장을 인정하기에 부족하며, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 위와 같이 이 사건 부동산의 실지거래가액을

인정할 수 있으므로, 위 부동산의 취득가액을 환산가액으로 인정하여야 할 여지도 없다. 따라서 이 사건 부동산의 취득가액이 실지거래가액인 12억 3,800만 원임을 전제로 한 이 사건 처분은 적법하므로, 원고의 이 부분 주장 또한 이유 없다.

① 원고와 이AA 사이에 2004. 6. 21. 작성된 이 사건 부동산에 관한 매매계약서(이하 ’이 사건 매매계약서‘라 한다)에는 매매대금이 11억 2,000만 원으로, 계약금 1억 1,200만 원은 계약 당일에, 잔금 10억 800만 원은 2004. 6. 29.에 각 지급하는 것으로 각 기재되어 있고, 특약사항 제2항으로 ’농EEEEE에 4억 8,000만 원이 대출되어있는 상태에 승계하는 조건임‘이라고 기재되어 있다.

이 사건 매매계약서에 따른 잔금 지급일인 2004. 6. 29.의 하루 전인 같은 달 28. 원고 명의의 국FFF계좌에서 1억 8,700만 원, 1억 2,100만원, 2억 2000만 원의 합계 5억 2,800만 원이 각 현금으로 출금되었는데, 위 5억 2,800만 원과 계약금 1억 1,200만 원, 위 매매계약서에 따라 원고가 승계하기로 한 농EEEEE 대출금채무 4억 8,000만 원의 합계는 11억 2,000만 원으로 위 매매계약서에 기재된 매매대금과 일치한다.

② 이 사건 매매계약서에는 특약사항 제3항으로 ’현 임대차계약은 매수인이 현 상태대로 모두 승계한다‘라고 기재되어 있는데, 앞서 특약사항 제2항에서 원고가 인수하기로 한 농EEEEE 대출금채무의 경우 ’4억 8,000만 원‘으로 그 액수가 명확히 기재되어 있는 것과 달리 원고가 인수하기로 한 임대차보증금채무는 그 액수가 기재되어있지 않다. 이에 피고는 과세전적부심사 과정에서 원고가 주장한 이 사건 구건물 임대차보증금채무 1억 2,100만 원 중 1억 1,800만 원만을 원고가 실제로 인수한 것으로 확인하고, 위 1억 1,800만 원과 이 사건 매매계약서에 기재된 매매대금 11억 2,000만 원의 합계인 12억 3,800만 원을 이 사건 부동산의 실지거래가액으로 인정하였다.

③ 이 사건 매매계약서 이외에 원고가 이AA으로부터 이 사건 부동산을 매수한 사실에 관하여 작성된 다른 매매계약서 등과 같은 처분문서는 따로 존재하지 않는 것으로 보인다. 처분문서는 그 성립의 진정함이 인정되는 이상 법원은 그 기재 내용을 부인할 만한 분명하고도 수긍할 수 있는 반증이 없는 한 처분문서에 기재되어 있는 문언대로 의사표시의 존재와 내용을 인정하여야 하는데(대법원 2017. 2. 15. 선고 2014다19776, 19783 판결 등 참조), 위 매매계약서는 이 사건 부동산 취득에 관한 유일한 처분문서이고, 원고의 주장에 의하더라도 그 성립의 진정함이 인정되므로, 그 기재 내용을 부인할 만한 분명하고도 수긍할 수 있는 반증이 없는 한 위 매매계약서에 기재된 내용대로 이 사건 부동산에 관한 매매계약이 체결되고 이행된 것으로 보아야 한다.

④ 원고 역시 이 사건 매매계약서에 따라 2020. 11. 30. 및 2021. 2. 28. 이 사건 부동산의 취득가액을 11억 2,000만 원으로 하여 양도소득세를 예정신고·납부하였다.

⑤ 원고는, 부동산 실거래가 신고제도가 시행된 2006. 1. 1. 전에는 기준시가에 의하여 취·등록세 및 양도소득세를 신고하도록 규정되어 있었고, 원고는 부동산 실거래가 신고제도가 시행되기 전인 2004. 6. 21. 이 사건 부동산에 관한 매매계약을 체결하였기 때문에 이 사건 매매계약서 작성 당시 위 부동산 매매대금을 실제 매매대금인 14억 5,500만 원보다 낮은 11억 2,000만 원으로 하는 이른바 다운계약서를 작성한 것이

므로, 이 사건 부동산의 실지거래가액은 위 매매계약서에 기재된 11억 2,000만 원이 아닌 위 11억 2,000만 원과 임대차보증금채무 인수액 1억 2,100만 원, 원고 부친 명의의 계좌에서 출금된 3억 3,500만 원 중 2억 1,400만 원의 합계인 14억 5,500만 원이라고 주장하면서 이에 대한 증거로 이 사건 부동산에 관한 매매계약 체결 무렵 원고의 부친이 작성하였다는 이 사건 메모장(갑 제9호증)을 제출하였으나, 위 메모장은 작성자와 작성일자를 알 수 없어 이를 그대로 믿기 어렵다. 게다가 이 사건 매매계약서가 원고의 주장과 같이 다운계약서라면, 실제 매매계약서나 실제 매매대금을 확인할 수 있는 확인서 등을 작성하는 것이 경험칙에 부합한다고 할 것인데, 이에 대한 자료가 없고, 취득가액 등 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것이고 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역에 있는 것으로 납세의무자에게 입증의 필요성이 있음에도(대법원 2004. 9. 23. 선고 2002두1588 판결 참조) 원고는 이 사건 메모장 이외에 원고 부친 명의의 계좌에서 출금된 3억 3,500만 원 중 2억 1,400만 원이 이 사건 부동산의 매매대금으로 지급되었다는 점 및 원고가 인수한 이 사건 구건물 임대차보증금채무가 1억 2,100만원임을 입증할 만한 객관적인 자료를 제출하지 않고 있다.

⑦ 이 사건 부동산의 매매대금을 확인할 수 있는 증명서류로 이 사건 매매계약서가 유일한 이상, 피고가 위 매매계약서에 기재된 매매대금 11억 2,000만 원과 위 매매계약서에 기초하여 원고가 실제 인수한 것으로 인정되는 임대차보증금채무 1억1,800만 원의 합계인 12억 3,800만 원을 이 사건 부동산의 실지거래가액으로 보아 취득가액으로 인정한 것에 어떠한 잘못이 있다고 보기 어렵다.

5. 결론

그렇다면 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 의정부지방법원 2025. 07. 08. 선고 의정부지방법원 2024구합11018 판결 | 국세법령정보시스템