요지

원고의 사업은 사업시행구역 안에 건축물을 건설하여 공급하는 것을 내용으로 하고, 수익사업은 그 중 일부를 일반인에게 분양하는 것임을 고려하면, 기본이주비의 대출이자는 공통손금에 해당함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고가 2021. 12. 15. 원고에 대하여 한 법인세 경정청구 거부처분 중 별지1 표의 ⁠‘법인세 정당세액’란 기재 금액을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 3/10은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2021. 12. 15. 원고에 대하여 한 법인세 경정청구 거부처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

  가. 원고는 2013. 6. 25. 도시 및 주거환경정비법(이하 ⁠‘도시정비법’이라 한다) 제35조에 따라 설립되어 2021. 3. 12. 해산한 주택재건축정비조합으로, OO 일대 OO단지 기존 건축물을 철거하고 건축물을 신축하는 내용의 OO정비사업(이하 ⁠‘재건축사업’이라 한다)을 진행하여 2019. 2. 26. 준공인가를 받았다. 원고의 재건축사업 결과 건축물 총연면적 362,894㎡, 아파트 OO세대 및 상가 OO호가 신축되었는데, 그중 조합원 분양면적은 267,632㎡(점유비 73.749%, 아파트 OO세대, 상가 17호)이고, 일반분양면적은 95,262㎡(점유비 26.251%, 일반분양아파트 OO세대, 소형임대주택 OO세대, 상가 18호)이다.

  나. 원고는 구 조세특례제한법(2020. 12. 29. 법률 제17759호로 개정되기 전의 것, 이하 같다¹⁾) 제104조의7 제2항에 따른 비영리내국법인으로서 구 조세특례제한법 시행령(2022. 2. 15. 대통령령 제32413호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제104조의4, 구 법인세법(2020. 12. 22. 법률 제17652호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제113조, 구 법인세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것) 제156조, 법인세법 시행규칙 제76조의 구분경리 규정에 따라 조합원분양분 관련 손익은 비수익사업으로, 일반분양분 관련 손익은 수익사업으로 각 구분경리하고, 공통되는 손금은 각 분양면적을 기준으로 안분하여 법인세를 신고․납부하였다. 또한 원고는 ① 2015 내지 2019 사업연도 중 종전주택에 거주하던 조합원 등이 주택 철거 이후 새로운 주택의 준공전까지 인근 지역으로 주거지를 옮기는데 필요한 자금 등을 차입(이하 차입금을 ⁠‘기본이주비’라 한다)한 것과 관련하여 조합원에게 무상으로 지원한 기본이주비의 금융이자 대납액 30,708,159,109원(이하 ⁠‘이 사건 기본이주비 이자’라 한다)을 비수익사업의 개별손금으로 보아 손금에 산입하지 아니하고, ② 2014. 4. AA교육청, AA구청 및 원고를 포함한 5개의 재건축조합장들이 체결한 ⁠‘EE택지개발지구 재건축에 따른 신․개축학교 설립비용 분담 등 관련사항 가협약서(이하 ⁠‘이 사건 협약’이라 한다)‘와 관련하여, 원고가 2019. 2. 20. 강남서초교육지원청에 납부한 11,113,000,000원(이하 ⁠‘이 사건 분담금’이라 한다)을 전액 공통손금으로 보아 안분하여 수익사업에 해당하는 상당액인 2,917,227,016원을 손금산입하였다.

  다. 그런데 원고는 2021. 6. 17. 피고에게 법인세 경정청구를 하였고, 그 내용은 ❶ 이 사건 기본이주비 이자가 재건축사업의 원활한 진행을 위한 필수적 지출비용으로서 공통손금에 해당되므로 그중 수익사업인 일반분양분에 해당하는 비용 상당액인 8,061,000,000원은 손금에 산입하여야 하고, ❷ 이 사건 분담금 중 구 학교용지 확보 등에 관한 특례법(2017. 3. 21. 법률 제14604호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 학교용지법’이라 한다)상 일반분양분을 대상으로 부과되는 학교용지법상 학교용지부담금 상당액인 4,249,000,000원은 수익사업에 기속된 개별손금에 해당되므로 이를 전부 손금에 산입하고 나머지 6,863,645,088원은 공통손금으로 보아 수익사업비율(26.25%) 상당액 1,801,775,472원을 손금에 산입하여야 하며²⁾, ❸ 모델하우스 비용은 공통손금으로 신고하였으나 수익사업의 개별손금으로 산입하여야 하고, ❹ 현물출자토지(건설용지)에 대한 재산세 납부액은 비수익사업의 개별손금으로 보아 손금에 산입하지 않았으나 이를 공통손금으로 보아 수익사업에 해당하는 부분은 손금산입하여야 하므로 그에 따라 법인세를 감액경정하고 합계 3,729,258,593원을 환급하여 달라는 것이었다. 이에 피고는 2021. 12. 13. 원고의 경정청구 중 ❸, ❹ 부분 주장만을 인용하여 2016 내지 2019 사업연도 법인세를 감액 경정하고 합계 1,470,391,723원을 환급하였다. 각 사업연도별 원고의 경정(환급) 청구 및 피고의 환급액은 아래 표1 기재와 같다.

표1. ⁠(생략)

  그 후 피고는 2021. 12. 15. 원고에게 경정청구를 ⁠‘부분인용’하였음을 고지하여 원고의 경정청구 중 ❶, ❷ 부분에 관하여 거부처분을 하였다(이하 2021. 12. 15.자 거부처분을 ⁠‘이 사건 거부처분’이라 한다). 이 사건 거부처분과 관련된 원고의 경정(환급)청구 내역은 아래 표2 기재와 같다(구체적인 세액 계산 과정에서 원고의 ❸, ❹ 관련 환급청구 금액 중 일부가 인정되지 않았으나, 원고는 이 사건 소송에서 그에 관하여는 다투지 않는다).

(표 삽입을 위한 여백)

표2. ⁠(생략)

  라. 원고는 이 사건 거부처분에 불복하여 2022. 1. 27. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2022. 10. 18. 원고의 청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 9 내지 11호증, 을 제1 내지 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 거부처분의 적법 여부

  가. 원고의 주장

    이 사건 거부처분에는 아래와 같은 위법이 있으므로 취소되어야 한다.

    1) 이 사건 기본이주비 이자는 ① 조합원총회 결의를 통해 정비사업비 예산으로 편성하여 원고가 부담한 것으로서 재건축사업의 원활한 진행을 위한 필수적인 사업비용이고, ② 재건축사업으로 신축건물을 취득함에 따라 부담하게 되는 사업비로서 자산의 취득가액에 포함되어 당해 자산의 양도(분양) 수익에 대응되는 비용이며, ③ 정비사업 관련 법령 등에서도 재건축사업에서 발생하는 필수적인 비용으로 규정하고 있으므로, 비수익사업과 수익사업의 공통손금에 해당한다. 따라서 그 중 수익사업에 해당하는 상당액은 손금에 산입하여 해당 금액을 환급함이 타당하다.

    2) AA구청 및 AA교육청은 재건축사업 완료시 취학 수요가 증가하는 데 따른 학교시설 등 증설에 필요한 예산을 정상적인 학교용지법상의 학교용지부담금만으로는 확보하기 어렵다고 보아 학교용지법상 학교용지부담금을 면제하는 대신 원고에게 사업인가조건을 부가하여 이 사건 분담금을 부담하도록 하였다. 실질적으로 이 사건 분담금은 학교시설 등 경비로 사용되고 해당 학교시설 준공 이후에는 BB특별시 교육비특별회계 소관 공유재산으로 편입되는 것으로, 부과징수방법을 제외한 모든 내용이 학교용지부담금과 동일하다. 따라서 이 사건 분담금에는 학교용지부담금 상당액과 정비사업인가 조건에 따라 납부할 분담금이 혼재되어 있다고 보아야 하고, 그중 일반분양분 취득에 따라 부과되는 비용인 학교용지부담금에 상당하는 금액은 수익사업의 개별손금으로, 나머지 부분은 재건축사업의 인가조건에 따른 비용으로 보아 공통손금으로 각 구분함이 타당하다. 그와 달리 본다면, 학교용지부담금은 수익사업의 개별손금에 해당하는데 원고가 교육당국의 요청에 따라 정상적인 학교용지부담금보다 1.6배나 많은 이 사건 분담금을 부담한 결과 오히려 조세상 불이익을 받는 것이어서 과세형평과 조세원칙에 부합하지 않는다.

  나. 관계 법령

    별지2 기재와 같다.

  다. 판단

    1) 관련 규정 및 법리

      구 법인세법 제4조 제1항 단서 및 제3항은 비영리내국법인의 과세소득을 수익사업에서 생기는 소득으로 한정하고 있다. 구 조세특례제한법 제104조의7 제2항은 도시정비법 제35조에 따라 설립된 조합을 비영리내국법인으로 보도록 규정하고 있고, 구 조세특례제한법 시행령 제104조의4는 ⁠‘법 제104조의7 제2항을 적용할 때 정비사업조합이 도시정비법에 따라 해당 정비사업에 관한 관리처분계획에 따라 조합원에게 종전의 토지를 대신하여 토지 및 건축물을 공급하는 사업은 구 법인세법 제4조 제3항에 따른 수익사업이 아닌 것으로 본다’고 규정하고 있다.

      비영리 내국법인에 대하여는 소득이 있더라도 그 소득이 수익사업으로 인한 것이 아닌 이상 법인세를 부과할 수 없는 것이고, 어느 사업이 수익사업에 해당하는지의 여부를 가림에 있어 그 사업에서 얻는 수익이 당해 법인의 고유목적을 달성하기 위한 것인지의 여부 등 목적사업과의 관련성을 고려할 것은 아니나 그 사업이 수익사업에 해당하려면 적어도 그 사업 자체가 수익성을 가진 것이거나 수익을 목적으로 영위한 것이어야 할 것이다(대법원 2005. 9. 9. 선고 2003두12455 판결 등 참조).

      구 법인세법 제113조는 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산․부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행규칙 제76조 제6항 본문은 비영리법인이 구 법인세법 제113조 제1항에 의하여 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우에 공통되는 익금과 손금은 일정한 기준에 의하여 구분계산하도록 규정하고 있다. 비영리법인이 수익사업을 영위하는 경우에 특정한 수익 또는 비용이 수익사업 또는 비수익사업 중 어디에서 발생하였는지가 분명한 경우에는 개별익금 또는 개별손금으로서 그 발생원천이 되는 수익사업 또는 비수익사업의 회계에 구분하여 경리하여야 하고, 특정한 수익 또는 비용이 수익사업 또는 비수익사업 중 어디에서 발생하였는지가 불분명한 경우에는 공통익금 또는 공통손금으로서 구분경리의 필요없이 구분계산의 방법에 따라 수익사업과 비수익사업에 안분계산하여야 하며, 비영리법인이 수익사업을 영위함에 있어서 위와 같은 회계원칙을 지키지 않은 경우에도 그 수익 또는 비용은 실질과세의 원칙상 위와 같은 기준에 따라 수익사업과 비수익사업에 귀속되어야 한다.

      구 법인세법 제19조 제2항에서 손비는 ⁠‘그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다’라고 규정하고 있다.

    2) 이 사건 이주비 이자가 공통손금인지

      가) 인정사실

        (1) 원고는 2014. 11. 30. 임시총회를 개최하여 이 사건 기본이주비 이자에 관하여 다음과 같이 의결하였다.

(생략)

        (2) 원고는 2014. 12. 29. CC 주식회사와 재건축사업 관련 공사계약(이하 ⁠‘이 사건 공사계약’이라 한다)을 체결하였다. 이 사건 공사계약에는 이 사건 이주비에 관하여 아래와 같이 규정하고 있다.

(생략)

        (3) 원고는 2015. 2. 10. DD은행과 이주비대출 업무협약서를 체결하였는데, 그에 첨부된 이주비대출 업무협약 일반조건은 아래와 같다.

(생략)

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2, 4호증, 을 제4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

      나) 구체적 판단

        (1) 구 조세특례제한법 제104조의7 제2항은 원고를 비영리내국법인으로 보도록 규정하고 있고, 구 조세특례제한법 시행령 제104조의4는 ⁠‘조세특례제한법 제104조의7 제2항을 적용할 때 정비사업조합이 도시정비법에 따라 해당 정비사업에 관한 관리처분계획에 따라 조합원에게 종전의 토지를 대신하여 토지 및 건축물을 공급하는 사업은 구 법인세법 제3조 제3항에 따른 수익사업이 아닌 것으로 본다’고 규정하고 있다. 위 규정들에 따르면 정비사업조합이 조합원이 아닌 일반인에 대하여 한 분양사업만이 수익사업에 해당한다.

        (2) 원고는 ⁠‘도시정비법과 정관이 정하는 바에 따라 인가받은 사업시행구역 안의 건축물을 철거하고 그 토지 위에 새로운 건축물을 건설하여 도시 및 주거환경을 개선하고 조합원의 주거안정 및 주거생활의 질적 향상에 이바지함’을 목적으로 설립되었고, 목적사업인 조합원에 대한 분양과 수익사업인 조합원이 아닌 일반인에 대한 분양사업을 함께 영위하였다. 이에 원고는 사업시행구역 내에 거주하고 있는 조합원 또는 세입자들을 타지역으로 이주하는 것을 지원하기 위하여 금융기관과 연계하여 조합원들에게 이 사건 이주비를 무이자로 대여하면서 그 이자를 부담한 것인바, 그 행위 자체로 영리를 목적으로 하는 행위라고 보기 어렵다고 할 것이나, 원고의 사업이 그 자체로 사업시행구역 안에 건축물을 건설하여 공급하는 것을 내용으로 하고, 수익사업은 그렇게 건설된 건축물 중 일부를 일반인에게 분양하는 것임을 고려하면, 사업시행구역 내에 거주하고 있던 조합원들의 이주를 위한 기본이주비의 대출이자가 그 자체로 수익사업과는 무관하게 목적사업에만 대응되는 비용이라고 볼 수는 없다. 따라서 이 사건 이주비 이자는 비수익사업과 수익사업의 공통손금에 해당한다고 봄이 타당하다.

    3) 이 사건 분담금이 수익사업의 개별손금에 해당하는지

      가) 관련 규정 및 법리

        구 학교용지법 제5조 제1항은 ⁠“시·도지사는 개발사업지역에서 단독주택을 건축하기 위한 토지를 개발하여 분양하거나 공동주택을 분양하는 자에게 부담금을 부과·징수할 수 있다.”라고 규정하여 학교용지부담금 부과를 재량행위로 규정하고 있다. 또한 같은 조 제4항에서 ⁠“시·도지사는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 부담금을 면제할 수 있다. 다만, 제1호·제3호 및 제4호의 경우에는 부담금을 면제하여야 한다.”라고 하면서 제4호에서 ⁠“개발사업시행자가 학교용지 또는 학교시설을 시·도 교육비특별회계 소관 공유재산으로 무상공급하는 경우”를 들고 있다. 따라서 위 규정 제4호에 따른 학교용지부담금 면제는 기속행위이다(대법원 2022. 12. 29. 선고 2020두49041 판결 참조).

      나) 인정사실

        (1) AA교육청과 원고를 포함한 EE지구 5개 단지 재건축조합(이하 ⁠‘EE단지 조합’이라 하고, 그 사업지구는 ⁠‘EE단지’라 한다)은 2014. 4.경 이 사건 협약을 체결하였는데, 그 주요 내용은 아래와 같다.

(생략)

        (2) 한편, EE단지의 재건축사업은 AA구청장과 시행자 사이에 학교신설, 개축 비용부담과 공공기여 방안에 대한 이견 등으로 그 사업추진이 지연되고 있었는데, 이 사건 협약 체결로 원고의 재건축사업은 2014. 5. 21. 사업시행인가가 이루어졌다.

        (3) 이후 이 사건 협약에 따라 원고는 2019. 2. 20. 교육청에 총비용 1,115억 원 중 11,113,000,000원을 분담금으로 지급하였다(이 사건 분담금).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제6, 7, 8호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

      다) 구체적 판단

        앞서 본 인정사실로 알 수 있는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 이 사건 분담금은 공동경비로 봄이 타당하다.

        (1) 이 사건 협약에 따르면, 원고를 포함한 EE단지 조합(시행자)은 이 사건 학교들의 개축비용 전액 및 1개의 초등학교의 신설비용 중 일부를 부담하고, 위 학교시설은 BB특별시 교육비특별회계소관 공유재산으로 기부채납되며, 그에 따라 AA구청장은 시행자들의 학교용지부담금을 구 학교용지법 제5조 제4항 제4호에 따라 면제하였다. 즉 원고의 학교용지부담금은 면제된 것이고, 이 사건 분담금은 EE단지 재건축사업의 인가조건으로써 약정한 이 사건 협약에 따른 비용을 각 EE단지 조합 사이의 협의에 따라 원고가 부담하기로 한 비용이어서, 원고의 학교용지부담금 납부와 어떠한 직접적 동일성을 인정할 수 없다. 따라서 이 사건 분담금 중 학교용지법상 부담금에 상당하는 금액을 사실상 학교용지부담금이라고 볼 수도 없고, 그 나머지 금액만이 원고의 재건축사업의 인가조건으로써의 분담금에 해당하는 것이라고 확정할 수도 없다.

        (2) 또한 ① 이 사건 협약은 기본적으로 EE단지 내에 소재하고 있는 이 사건 학교들을 개축하고 초등학교 1개를 추가로 신설함으로써 EE단지 내 학생들에게 보다 쾌적한 교육환경을 제공하는 것을 목적으로 하는 것인 점, ② 이 사건 학교들과 신설 초등학교는 조합원 및 일반분양자 모두가 이용하는 시설인 점, ③ 이 사건 분담금은 구 학교용지법의 부담금 비율에 따른 것이 아니라 이 사건 협약으로 별도로 정한 것이고, 나아가 신설 초등학교 설립비용도 교육청이 90%를, 시행자는 10%만을 각 부담하는 것으로 규정하고 있어 이 사건 분담금이 학교용지법상 학교용지부담금에 바로 대응되는 것이라고 단언할 수도 없는 점, ④ 이 사건 협약은 재건축사업의 사업시행인가를 받기 위한 목적이 포함되어 있는데 사업시행인가의 이익이 학교용지부담금 상당액을 제외한 부분에만 포함되어 있다고 볼 수도 없는 점 등을 함께 고려하면, 이 사건 분담금은 결국 재건축사업 전반에 걸친 비용으로서, 원고의 수익사업과 비수익사업 중 어디에서 발생하였는지 불분명한 비용이라고 보일 따름이다.

    4) 소결

      결국 이 사건 기본이주비 이자 부분은 공통손금에 해당되므로 그중 수익사업에 해당하는 비용 상당액은 수익사업의 손금에 산입되어야 할 것으로 보이나, 이 사건 분담금은 공동손금에 해당한다고 봄이 타당하여 수익사업의 개별손금이라고 보기 어렵다. 따라서 이 사건 거부처분 중 이 사건 기본이주비 이자 부분의 경정청구를 거부한 부분만이 위법하여 취소되어야 한다.

  라. 이 사건 거부처분의 취소범위

    1) 경정거부처분 취소소송에서 그 거부처분의 적법 여부는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 정당한 과세표준 및 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것으로서, 당사자는 사실심 변론종결시까지 객관적인 조세채무액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 정당한 세액이 산출되는 때에는 감액을 구하는 세액 중 당초 신고한 세액에서 정당한 세액을 차감한 부분만 취소하여야 하고 전체를 취소할 것이 아니다(대법원 2008. 12. 24. 선고 2006두13497 판결 등 참조).

    2) 앞서 본 바와 같이 이 사건 기본이주비 이자 부분은 공통손금으로써 그중 수익사업비율 상당 금액은 수익사업의 손금에 산입되어야 한다. 이에 피고가 2021. 12. 13. 감액경정한 법인세의 과세표준에서 이 사건 기본이주비 이자 부분 중 수익사업비율 상당 금액(별지 1 표 중 ’㉯ 이 사건 기본이주비 이자 손금산입액‘란 기재 금액)을 손금산입하여 차감한 후 법인세를 재계산하면 별지 1의 표 중 ’② 법인세 정당세액‘란 기재의 금액과 같게 되고, 이 사건 거부처분 중 위 법인세 정당세액을 초과하는 세액에 대하여 원고의 경정청구를 거부한 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

3. 결론

  그렇다면 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

1) 이 사건에서 문제된 법인세는 2016 내지 2019 사업연도에 관한 것이고 위 기간 내에 조세특례제한법을 비롯하여 이 사건에서 문제되는 법령들이 일부 개정되었으나, 해당 조항들의 개정 전후의 내용이 대동소이하므로 이하 본문에서는 2019 사업연도를 기준으로 하여 각 법률을 설시하고 그 이전의 구법을 따로 거시하지 아니한다.

2) 이에 원고가 당초신고보다 추가로 손금산입되어야 한다고 주장한 금액은 3,133,903,368원(= 개별손금 4,249,354,912원 + 공통손금 1,801,775,472원 – 당초 신고한 수익사업 신고금액 2,917,227,016원)이다.

출처 : 서울행정법원 2023. 09. 15. 선고 서울행정법원 2023구합51205 판결 | 국세법령정보시스템