요지

원고 대표가 2001년부터 개인사업을 시작하여 2012년에 특허기술 관련 기계를 구입하여 양산체계를 갖춘 점, 원고 법인을 설립하여 기계장비를 승계한 점, 법인 설립 이후 상당한 매출을 올린 점 등을 볼 때 원고 대표가 2012년경 특허기술을 발명한 것으로 볼 수 있음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고가 20××. ××. ××. 원고에 대하여 한 소득자 위△△, 20××년 귀속 소득금액 660,000,000원으로 하는 소득금액변동통지처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 기초사실

 가. 원고는 ○○시 ○○구 ○○○로○○번길 ○○, ○○호(○○동)에서 제조업 등을 목적으로 하는 법인으로 원고 대표자 이사 위△△가 20××. ××. ××. 설립하였다.

나. 위△△는 20××. ××. ××. 발명자와 특허권자를 위△△로 하여 ⁠‘□□□□□□’라는 명칭의 특허(이하 ⁠‘이 사건 특허권’이라 한다)를 출원하였고, 아래와 같이 원고에게 위 특허권을 매도하면서 20××. ××. ××. 특허권자를 원고로 보정하였으며, 위 특허출원에 관하여는 20××. ××. ××. 특허번호 제××-××××××호로 특허등록이 되었다.

다. 한편, 원고는 2018. 12. 5. 위△△로부터 이 사건 특허권을 대금 660,000,000원에 매입하고서(이하 ⁠‘이 사건 매입행위’라 한다), 위△△에 대하여는 위 특허권에 대한 양도대금을 기타소득으로 반영하여 피고에게 소득세 및 지방소득세 합계 43,560,000원을 원천징수하여 납부하였다.

라. 인천지방국세청장은 2020. 2. 4.부터 2020. 2. 28.까지 피고에 대한 종합업무감사를 진행하면서 원고가 이 사건 특허권의 정당한 등록권자임에도 특수관계자인 위△△ 명의로 특허권을 출원한 후 이를 매입하는 방법으로 위 특허권 매입가액 상당을 사외로 유출하였다고 보아 660,000,000원을 위△△에 대한 상여로 소득처분 하도록 지시하였고, 이에 따라 피고는 2020. 6. 29. 원고에게 소득자 위△△로 한 2018년 귀속 소득금액 660,000,000원의 소득금액변동통지를 하였다(이하 ⁠‘이 사건 종전 처분’이라 한다).

마. 원고가 2020. 9. 14. 위 종전 처분에 대하여 과세예고 미통지의 절차적 하자 등을 원인으로 조세심판원에게 심판을 청구하자, 피고는 2020. 9. 28. 위 절차적 하자를 이유로 이 사건 종전 처분을 직권취소하고, 2020. 11. 26. 위 종전 처분과 동일한 내용으로 원고에 대하여 소득자 위△△로 한 20××년 귀속 소득금액 660,000,000원의 소득금액변동통지를 하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

바. 이에 대하여 원고가 2020. 12. 18. 조세심판원에 심판을 청구하였고, 조세심판원은 2021. 10. 27. 이를 기각하는 결정을 하였다.

  [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1부터 5, 10, 12, 17부터 20호증, 을 제1부터 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

 가. 피고가 과세예고 미통지 등의 절차적 하자를 이유로 이 사건 종전 처분을 직권취소하고도 위 종전 처분과 동일한 내용으로 다시 이 사건 처분을 한 것은 행정행위의 불가변력이나 신의칙에 반하여 위법하다. 나. 피고가 이 사건 특허권의 실질적 소유권이 위△△가 아닌 원고에게 있다고 보아 원고의 이 사건 매입행위를 가장행위로 판단하고 이 사건 처분을 한 것은 증빙의 제시없이 막연한 추측만을 근거하여 한 것으로, 처분사유가 인정되지 않아 위법하다.

3. 관계 법령

 별지 ⁠‘관계 법령’ 기재와 같다.

4. 판단

 가. 불가변력이나 신의칙 위반 주장

 과세처분에 대한 쟁송이 진행 중에 과세관청이 그 과세처분의 납부고지 절차상의 하자를 발견한 경우에는 위 과세처분을 취소하고 절차상의 하자를 보완하여 다시 동일한 내용의 과세처분을 할 수 있고, 이와 같은 새로운 처분이 행정행위의 불가쟁력이나 불가변력에 저촉되는 것도 아니라고 할 것이며(대법원 1984. 10. 23. 선고 84누406 판결, 1986. 10. 14. 선고 85누910 판결, 대법원 2005. 11. 25. 선고 2004두3656 판결 등 참조), 나아가 신의성실의 원칙에 위반하는 위법한 것이라고 할 수도 없다(대법원 1996. 9. 10. 선고 95누13739 판결 등 참조). 살피건대, 피고가 원고에게 과세예고통지절차를 거치지 않고 이 사건 종전 처분을 한 후 원고가 위와 같은 하자 등을 원인으로 조세심판원에 심판청구를 제기하자, 피고가 위 절차적 하자를 이유로 위 종전 처분을 직권으로 취소한 사실은 앞서 본 바와 같고, 피고가 원고에게 과세예고통지를 통해 절차적 하자를 보완한 뒤 이 사건 처분을 한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 위 각 증거 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되므로, 이 사건 처분은 피고의 위 직권취소 결정의 불가쟁력이나 불가변력에 반하는 위법한 처분이라거나 신의칙에 반한다고 볼 수 없다(원고가 이 사건 처분이 불가변력 등에 위반된다는 주장을 하면서 원용하는 대법원 판결은 처분의 실체적 위법사유에 관한 납세의무자의 주장을 과세관청이 받아들여 직권취소를 한 경우를 의미하고, 이 사건과는 사실관계를 달리하여 이 사건 처분의 위법사유로 원용하기에 적절하지 아니하다). 원고의 위 주장은 이유 없다.

나. 이 사건 특허권의 실질적 소유자가 원고라는 주장

 1) 인정사실

 가) 휴대폰, 아이패드 및 전자책 단말기 등과 같은 전자장치는 표면에 금속 느낌색상과 보석처럼 반짝이는 CMF 효과1)를 사용하고 있고, CMF 효과는 PET필름2)에 광학 효과를 위한 패턴을 제조하고, 패턴닝된 레진 위에 3~5층으로 구성된 다층 ◇◇을 ◇◇한 후 흑색 잉크로 광차단층을 인쇄하는 과정을 거쳐 제작되는 인쇄필름을 투명한 윈도우 또는 커버에 부착하는 방법으로 이루어지는바, 이때 다층 ◇◇을 부착하는 과정은 ➀ 진공 챔버 내에 돔 형상의 지그를 설치하고, ➁ 돔 지그 하부에 증발원을 배치한 후 ➂ 돔 지그 내부에 피◇◇을 부착한 상태에서, ➃ 증발원 내부에 포함된 전자빔으로 ◇◇물질을 기화시켜 피◇◇에 코팅하는 전자빔 증발법이라는 공정을 통해 이루어진다. 그런데 이러한 공정은 돔 지그 안의 피◇◇의 위치에 따라 ◇◇되는 ◇◇의 두께에 차이가 발생하는 문제점을 가지고 있는바, 이 사건 특허는 기화된 ◇◇이 통과하는 보정 마스크에 관하여 ➀ 진공 챔버 내부 바닥으로부터 지지부를 추가하고, ➁ 지지부를 통해 보정 마스크 기울기를 변경하여 위와 같이 ◇◇의 두께에 차이가 발생하는 문제점을 해결하는 것을 기술적 핵심으로 한다.

나) 위△△는 2001. 3. 26.경 ⁠‘유△△△’라는 상호로 사업자등록을 마치고 제조업등을 영위하기 시작한 후부터 핸드폰 ◇◇업 등에 종사해왔고, 20××년경 ◇◇◇◇ 등 스마트폰 제조업체들의 스마트폰에 대한 ◇◇ 공정이 활발하여지자 2700파이 ◇◇기계를 구입하여 핸드폰 ◇◇업을 위한 양산체계를 갖추는 등 활발한 사업을 영위해 왔다.

다) 위△△는 그 후 매출 증가에 따라 법인 전환의 필요성을 느껴 20××. ××. ××.경 원고 법인을 설립하고서 원고의 주식 100%를 소유하였고, 위 ◇◇기계들에 관하여는 원고가 위△△의 영업을 이전받으면서 리스이용계약 등 관련 계약관계를 승계하였다.

 [인정근거] 다툼 없는 사실, 위 각 증거, 갑 제21, 22, 27, 33부터 41호증(가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재 및 영상, 이 법원의 변리사 김○○에 대한 사실조회결과, 변론 전체의 취지

 2) 관련 법리

 특허법(2014. 6. 11. 법률 12753호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제33조 제1항 본문은 발명을 한 자 또는 그 승계인은 특허법에서 정하는 바에 따라 특허를 받을 수 있는 권리를 가진다고 규정하고 있는데, 특허법 제2조 제1호는 ⁠‘발명’이란 자연법칙을 이용하여 기술적 사상을 고도로 창작한 것을 말한다고 규정하고 있으므로, 특허법 제33조 제1항 본문에서 정하고 있는 ⁠‘발명을 한 자’는 바로 이러한 발명행위를 한 사람을 가리킨다. 따라서 발명자가 되기 위해서는 단순히 발명에 대한 기본적인 과제와 아이디어만을 제공하였거나, 연구자를 일반적으로 관리하였거나, 연구자의 지시로 데이터의 정리와 실험만을 하였거나 또는 자금·설비 등을 제공하여 발명의 완성을 후원·위탁하였을 뿐인 정도 등에 그치지 않고, 발명의 기술적 과제를 해결하기 위한 구체적인 착상을 새롭게 제시·부가·보완한 자, 실험 등을 통하여 새로운 착상을 구체화한 자, 발명의 목적 및 효과를 달성하기 위한 구체적인 수단과 방법의 제공 또는 구체적인 조언·지도를 통하여 발명을 가능하게 한 자 등과 같이 기술적 사상의 창작행위에 실질적으로 기여하기에 이르러야 한다(대법원 2012. 11. 15. 선고 2012도6676 판결, 대법원 2014. 11. 13. 선고 2011다77313,77320 판결 등 참조).

3) 구체적 판단

 가) 살피건대, 갑 제29호증, 을 제5, 6호증의 각 기재에 의하면, 원고가 20××. 3. 27. 20×× 사업연도 법인세를 신고하면서 해당 과세기간 동안 일반연구 및 인력개발비로 76,960,298원을 지출하였고, 그중 19,240,074원에 관하여 구 조세특례제한법(20××. ××. ××. 법률 제×××××호로 개정되기 전의 것) 제10조 제1항 제3호 나목4)에 따라 세액공제를 신청하여 20×× 사업연도 법인세 6,203,351원 전액을 공제받은 사실, 또한 20×× 사업연도에 공제받지 못한 나머지 연구·인력개발비 13,036,723원(= 19,240,074원 – 6,203,351원)에 관하여는 향후 세액공제를 추가로 받을 수 있는 사실5)이 인정되고, 원고가 위와 같이 연구․인력개발비를 지출한 해인 20××년에 위△△가 20××. ××. ××. 이 사건 특허권을 출원하고, 20××. ××. ××. 원고에게 위 특허권을 대금 660,000,000원에 매도한 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 이 사건 특허권이 사실은 원고 법인이 위와 같이 연구․인력개발비를 지출하여 발명하였음에도 위△△가 개인발명인 것처럼 허위로 특허를 출원하고 원고에게 이를 매도하였을 가능성이 존재한다.

 그러나, 앞서 본 바와 같이 위△△는 20××. ××. ××.경부터 개인사업자로서 핸드폰 ◇◇업에 종사해왔고, 20××년경에는 2700파이 ◇◇기계를 구입하여 양산체계를 갖추는 등 활발하게 위 사업을 영위해온 점, 위△△는 20××. ××. ××.경 원고 법인을 설립하여, 원고가 위 ◇◇기계들과 관련 계약관계를 승계하였고, 설립 이후에도 위 ◇◇기계를 추가로 구입하여 ◇◇업을 영위하는 등 상당한 매출을 올린 것으로 보이는 점, 위△△와 원고가 위와 같이 ◇◇기계를 구입하여 양산체계를 갖추거나 상당한 매출을 올리기 위해서는 돔 지그 안의 피◇◇물의 위치에 따라 ◇◇되는 ◇◇의 두께에 차이가 발생하는 문제점을 해결하는 이 사건 특허기술이 반드시 필요했을 것으로 보이고, 그렇다면 위△△는 2012년경부터 위 특허기술을 발명하여 자신과 원고 법인의 ◇◇업 등을 위해 위 특허기술을 실시하고 있었을 개연성이 높은 점, 원고는 이 사건 소송에서 위△△가 2012년경 이 사건 특허기술을 발명하면서 작성하였다는 발명스케치(갑 제6호증)와 발명노트(갑 제7호증), 알루미늄 구입 세금계산서(갑 제25호증) 등을 제출하였고, 위△△가 이 사건 특허기술을 발명한 것이 사실이라는 취지의 거래처 대표들 작성의 확인서(갑 제23호증) 등을 제출하고 있는 점, 설령 이 사건 특허기술의 발명이 원고 법인에서의 직무상발명에 해당한다고 하더라도, 원칙적으로 위 특허권의 소유는 발명자인 원고에게 속한 것이고[구 특허법(2019. 1. 8. 법률 제16208호로 개정되기 전의 것) 제33조 제1항, 제2항], 사용자 원고에게 특허를 받을 수 있는 권리나 특허권을 승계시키는 계약 또는 근무규정이 미리 협의를 거쳐 작성된 경우에 한하여 원고 법인이 그 소유권을 승계할 수 있는 점[구 발명진흥법(2018. 12. 31. 법률 제16172호로 개정되기 전의 것) 제10조 제1항], 나아가 원고 법인이 2018년에 일반연구 및 인력개발비로 76,960,298원을 지출하였다고 하나 위 지출이 이 사건 특허 기술의 개발에 사용되었다는 자료가 발견되지 않는 점 등의 사정에 비추어 보면, 앞서 본 사정들만으로는 이 사건 특허권이 원고 법인이 개발한 특허라거나 원고 법인의 소유라고 단정할 수 없고 달리 이를 인정할 증거가 없다. 그러므로 이와 달리 이 사건 특허권이 원고 법인의 소유임을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.

나) 이에 대해 피고는, 설령 이 사건 특허를 위△△가 개발한 것이 사실이라고 하더라도, 이 사건 특허권의 주요 기술이 2018. 3. 29. 공개된 공지된 기술(공개번호: ××-××××-××××××, 이하 ⁠‘이 사건 공지 기술’이라 한다)을 그대로 차용한 것에 불과하여 위△△를 이 사건 특허의 적법한 발명자나 특허권자로 보기 어렵다는 취지로 주장한다. 살피건대, 을 제7호증의 기재 및 영상에 의하면, 이 사건 특허권 및 이 사건 공지 기술은 모두 진공 챔버 상단에 구비된 돔 형태의 구조물에 ◇◇이 부착될 피◇◇물을 배치한 후, 위 진공 챔버 하단에 구비된 기화 장치(증발원)에서 ◇◇을 이루게 될 ◇◇물을 기화시켜 위 피◇◇물에 다층적인 ◇◇을 부착하는 방법을 기술의 핵심으로 삼고 있고, ◇◇물을 단순히 기화할 경우 상단에 배치된 피◇◇물에 ◇◇되는 ◇◇의 두께에 차이가 발생하게 되는 문제를 해결하기 위해 ◇◇물이 통과되는 보정 마스크를 구비하고 있으며, 보정마스크 내 투과부의 크기 차이를 이용하거나 보정 마스크를 지지하는 지지부가 직접 회전하거나 지지부의 상하 각도를 조절하는 방법으로 보정 마스크의 증발각도를 조절하여 ◇◇의 두께가 일정하게 형성되도록 조율하는 것을 기술의 핵심 요소로 삼고 있는 등 구조․기술 등에 있어 상당한 공통점과 유사성을 가지고 있는 사정이 인정된다.

 그러나 갑 제31, 32호증의 각 기재와 이 법원의 변리사 김○○에 대한 사실조회결과에 의하면, 위와 같은 구조․기술 등에 있어 상당한 공통점과 유사성에도 불구하고, 이 사건 공지 기술의 기술적 핵심은 보정 마스크의 투과부에 있고, 이 사건 특허권의 기술적 핵심은 진공 챔버의 내측 바닥으로부터 보정 마스크를 지지하는 한편 보정 마스크의 기울기를 조절하는 지지부에 있다고 볼 수 있는 점, 이와 같이 이 사건 특허권과 이 사건 공지 기술의 기술적 핵심이 서로 달라 이 사건 공지 기술의 존재로 인해 이 사건 특허권이 무효로 되거나 특허 침해가 발생할 가능성 또한 매우 낮다고 보이는 점, 원고는 위△△로부터 이 사건 특허권을 매입하는 과정에서 2곳의 특허사무소에 이 사건 특허권의 기술 가치에 대해 감정평가를 하였고, 비록 위 감정평가 과정에서 위 공지 기술로 인한 제한에 관한 평가가 누락되었으나, 20××. 12. 1. 기준으로 위 특허기술의 가치가 660,000,000원과 674,000,000원 상당에 이른다는 평가를 받은 점, 나아가 이 사건 공지 기술과 이 사건 특허권의 기본적인 구성의 유사성과 이로 인한 제한을 고려하더라도, 이 사건 특허권의 가치 평가에 있어서는 ⁠‘대체기술 출현 가능성, 기술적 우월성, 유사 경쟁기술의 존재, 모방 난이도, 혁신성, 차별성’ 등에 감점 요인이 있을 뿐이고, 그 가치가 약 10% 정도 하락하는 것에 불과한 점 등을 고려하면, 위와 같은 사정만으로는 이 사건 특허권이 이 사건 공지 기술을 그대로 차용하여 부적법하다고 보기 어렵고 달리 그 부적법성을 인정할 증거가 없다. 그러므로 이 사건 특허권의 부적법성을 전제로 한 피고의 위 주장은 이유 없다.

다) 마지막으로 피고는 설령 위△△가 이 사건 특허권의 적법한 권리자에 해당한다 하더라도, 원고는 위 특허권을 매입한 후의 매출액이 감정평가서에서 예측한 평균매출액에 도달하지 못하고, 오히려 결손금을 누적하고 있어, 위 특허권의 정확한 가치는 0원에 수렴한다는 취지로 주장한다. 살피건대, 기준 시점의 상황을 기초로 미래를 예측하는 감정평가의 특징과 장래 상황의 불확실성 등을 고려할 때 피고가 주장하는 위와 같은 사정만으로 감정평가서가 위법하다거나 신뢰성이 떨어진다고 보기 어려운 점, 실제 원고는 이 사건 특허권을 양수한 후 베트남에 진출하여 20××년 매출 ×××,×××,×××원(베트남 환율 100동=원화 4.85원 기준, 베트남 ××,×××,×××,×××VND)을 올린 사실이 있기도 한 점(갑 제35호증) 등에 비추어 보면, 피고가 주장하는 사정이나 제출한 증거만으로는 이 특허권의 가치가 위 감정평가의 기재와 달리 존재하지 않는다고 단정할 수 없고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 그러므로 이 사건 특허권의 가치가 존재하지 않음을 전제로 한 피고의 위 주장도 이유 없다(나아가 앞서 본 바와 같이 원고가 이 사건 특허권을 양수할 당시 이 사건 공지 기술에 대한 고려가 누락되어 이를 반영할 경우 약 10%의 가치를 감액하는 것이 타당하다고 할 수 있으나, 이 사건 공지 기술이 누락된 경위나 가치 하락의 정도 등에 비추어 위와 같이 감정평가사가 이 사건 공지 기술의 가치에 대한 평가를 실수로 누락한 사정만으로는 원고의 이 사건 매입행위가 구 법인세법 제52조 제1항에 정한 부당행위계산에 따른 것으로서 부인의 대상이 된다고 단정할 수 없다).

5. 결론

 따라서 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 인천지방법원 2023. 07. 20. 선고 인천지방법원 2022구합50285 판결 | 국세법령정보시스템