요지

구 소득세법 제104조 제7항 제1호에서 정한 ⁠‘조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택 이상에 해당하는 주택’에 해당하는 경우, 구 소득세법 제95조 제2항 본문의 괄호규정에 따라 이 사건 주택의 양도에 대하여는 장기보유특별공제가 적용되지 않는다.

판결내용

별지와 같습니다.

상세내용

사 건 2025구단51202 양도소득세경정거부처분취소

원 고 차○○ 외 1명

피 고 ○○세무서장

변 론 종 결 2025. 4. 23.

판 결 선 고 2025. 5. 28.

주 문

1. 원고들의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2024. 1. 15. 원고 차○○에게 한 2020년 귀속 양도소득세 54,739,020원의, 원고 임○○에게 한 2020년 귀속 양도소득세 21,061,281원의 각 경정거부처분을 각 취소한다.

  이 유

1. 처분의 경위

가. 원고들은 부부로서 2012. 11. 20. 서울 강남구 ○○○로29길 00, 00동 000호(이하 ⁠‘이 사건 주택’이라 한다)를 취득(원고 차○○ 5/7 지분, 원고 임○○ 2/7 지분)하여 보유하다가, 2020. 5. 20. 이 사건 주택을 24억 5,000만 원에 양도하였는데, 원고들 세대는 이 사건 주택 양도 당시 다른 주택도 보유하고 있어 조정대상지역 내 1세대 2주택자에 해당하였다.

나. 원고들은 이 사건 주택의 양도에 대하여 장기보유특별공제를 제외하고 중과세율 ⁠(10% 중과)을 적용하여 2020. 6. 9. 원고 차○○의 경우 2020년 귀속 양도소득세 447,386,570원을, 원고 임○○의 경우 2020년 귀속 양도소득세 161,397,140원을 각각 신고ㆍ납부하였다.

다. 원고들은 2023. 10. 24. 피고에게 이 사건 주택의 취득일이 소득세법 부칙(2008. 12. 26. 법률 제9270호, 2012. 1. 1. 법률 제11146호로 개정된 것, 이하 ⁠‘이 사건 부칙’이라 한다) 제14조 제1항에서 정한 ⁠‘2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지’ 이내이므로 이 사건 부칙 제14조에 따른 특례에 따라 장기보유특별공제 및 일반세율이 적용된다는 이유로 원고 차○○에게 양도소득세 147,582,592원을, 원고 임○○에게 양도소득세 58,420,710원을 각 환급해 달라는 경정청구를 하였다.

라. 피고는 2024. 1. 15. 일반세율을 적용하여 달라는 경정청구는 이유 있으나, 장기보유특별공제를 적용하여 달라는 경정청구는 이유 없다는 이유로 원고 차○○의 경우 2020년 귀속 양도소득세 354,543,001원으로 감액경정하고 92,843,572원을 환급하고, 원고 임○○의 경우 2020년 귀속 양도소득세 124,037,715원으로 감액경정하고 37,359,429원을 환급하는 취지로 원고들의 경정청구를 일부 거부하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1, 2, 3호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 위법 여부

가. 원고들 주장의 요지

1) 이 사건 부칙 제14조 제2항은 ⁠‘제1항의 세율을 적용받는 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 해당 자산의 보유 기간이 3년 이상인 경우에도 제95조에 따른 장기보유특별공제를 적용하지 아니한다’고 규정하여 제1항의 세율을 적용받는 자산의 양도소득에 대하여 장기보유특별공제 적용을 배제하고 있었는데, 이후 2012. 1. 1. 법률 제11146호로 소득세법이 개정되면서 이 사건 부칙 제14조 제2항이 삭제되었으므로, 이 사건 부칙 제14조 제1항에서 정한 기간 내에 취득한 이 사건 주택의 양도에 대하여 장기보유특별공제를 적용하여야 한다. 따라서 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하다.

2) 원고들은 2012. 1. 1. 법률 제11146호로 소득세법이 개정되면서 장기보유특별공 제 적용을 배제하는 이 사건 부칙 제14조 제2항이 삭제됨에 따라, 향후 이 사건 주택의 양도에 대하여 장기보유특별공제가 적용될 것으로 신뢰하고 이 사건 주택을 취득하였으므로, 이 사건 처분은 신뢰보호의 원칙에 위배되어 위법하다.

나. 판단

1) 구 소득세법(2020. 8. 18. 법률 제17477호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제95조 제1항은 ⁠‘양도소득금액은 양도차익에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다’고 규정하고, 같은 조 제2항은 양도차익에서 공제할 ⁠‘장기보유 특별공제액’을 규정하면서 그 본문에서 ⁠‘제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 그 자산의 양도차익에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다’고 규정한다.

위 규정의 문언과 형식에 의하면, 구 소득세법 제95조 제2항 본문 괄호 부분에서 정한 구 소득세법 제104조 제7항 각 호에 해당하는 자산인 경우에는 장기보유특별공제 대상에서 제외된다고 해석함이 타당하다.

이와 같이 구 소득세법 제95조 제2항 본문의 괄호 규정은 ⁠‘구 소득세법 제104조 제7항 각 호에 따른 자산’을 장기보유특별공제 대상이 되는 자산에서 제외하고 있는데, 구 소득세법 제104조 제7항 제1호는 ⁠‘조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택’을 규정하고 있다.

이 사건에 관하여 보건대, 이 사건 주택이 구 소득세법 제104조 제7항 제1호에서 정한 ⁠‘조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택 이상에 해당하는 주택’에 해당함은 앞서 본 바와 같으므로, 구 소득세법 제95조 제2항 본문의 괄호규정에 따라 이 사건 주택의 양도에 대하여는 장기보유특별공제가 적용되지 않는다.

2) 원고들은 2012. 1. 1. 법률 제11146호로 소득세법이 개정되면서 이 사건 부칙 제14조 제2항이 삭제되었으므로, 이 사건 부칙 제14조 제1항에서 정한 기간 내에 취득한 이 사건 주택의 양도에 대하여 장기보유특별공제를 적용하여야 한다고 주장한다.

그러나 ① 양도소득세는 양도행위를 과세요건으로 하고 양도차익을 과세대상으로 하므로 양도자산이 과세요건 및 감면요건에 해당하는지 여부는 양도 시기를 기준으로 판단하여야 하고, 개정법 부칙에서 종전의 규정을 소급적으로 적용한다는 명백한 규정을 두지 아니한 이상 관련 경과규정인 부칙의 해석에 있어 그 범위를 함부로 확장해석할 것은 아닌 점(대법원 2008. 6. 12. 선고 2007두15124 판결 참조), ② 2012. 1. 1. 법률 제11146호로 소득세법이 개정되면서 이 사건 부칙 제14조 제2항이 삭제되었을 뿐이고, 이 사건 부칙 제14조 제2항이 삭제된 것은 위 개정 당시 소득세법 제95조 제2항 본문의 괄호 규정을 ⁠‘제104조 제1항 제4호부터 제10호까지의 규정에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조 제6항을 적용받는 자산은 제외한다’에서 ⁠‘제104조 제3항에 따른 미등기양도자산 및 제104조의3에 따른 비사업용 토지는 제외한다’로 개정하여 다주택자가 장기간 보유한 주택에 대하여도 장기보유특별공제를 적용하도록 하면서 그 개정취지에 따르기 위한 것으로 보이고, 원고들 주장과 같이 이 사건 부칙 제14조 제2항이 삭제된 것이 이 사건 부칙 제14조 제1항에서 정한 기간 내에 취득한 자산에 대한 장기보유특별공제의 특례를 특별히 정한 것이라고 볼 수 있는 입법 배경이나 합리적인 목적을 발견하기 어려우므로, 이 사건 부칙 제14조 제2항이 삭제된 것을 두고 이 사건 부칙 제14조 제1항에서 정한 기간 내에 취득한 자산에 대한 장기보유특별공제의 특례를 특별히 정한 것이라고 볼 수는 없는 점, ③ 이후 2017. 12. 19. 법률 제15225호로 소득세법이 개정되면서 소득세법 제95조 제2항 본문의 괄호 규정이 ⁠‘제104조 제3항에 따른 미등기양도자산은 제외한다’에서 ⁠‘제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다’로 개정되면서 다시 다주택자가 장기간 보유한 주택에 대하여 장기보유특별공제를 적용하지 않도록 하였고, 그 개정 소득세법의 시행과 관련하여 부칙 제1조, 제2조 제2항은 ⁠‘양도소득에 관한 개정규정은 이 법 시행일인 2018. 1. 1. 이후 양도하는 자산으로부터 발생하는 소득분부터 적용하고, 제95조 제2항 각 표 외의 부분 본문의 개정규정은 2018. 4. 1.부터 시행한다’고 규정한 점 등에 비추어 보면, 원고들이 주장하는 사정만으로 이 사건 주택의 양도에 관하여 장기보유특별공제가 적용된다고 볼 수 없으므로, 원고들의 위 주장은 이유 없다.

3) 원고들은 2012. 1. 1. 법률 제11146호로 소득세법이 개정되면서 장기보유특별공제 적용을 배제하는 이 사건 부칙 제14조 제2항이 삭제됨에 따라 향후 이 사건 주택의 양도에 대하여 장기보유특별공제가 적용될 것으로 신뢰하고 이 사건 주택을 취득하였으므로, 이 사건 처분은 신뢰보호의 원칙에 위배되어 위법하다고도 주장한다.

살피건대, 원고들이 주장하는 사정만으로는 피고가 원고들에 대하여 이 사건 주택의 양도에 대하여 장기보유특별공제가 적용된다는 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하였다고 볼 수 없으므로, 이와 다른 전제에 선 원고들의 위 주장도 이유 없다.

4. 결론

그렇다면 원고들의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

별지

관계 법령

■ 구 소득세법(2020. 8. 18. 법률 제17477호로 개정되기 전의 것)

제95조(양도소득금액)

① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

(표 생략)

제104조(양도소득세의 세율)

⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 1년 미만인 경우에는 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항 제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다.

 1. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택

 2. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 주택과 조합원입주권을 각각 1개씩 보유한 경우의 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다.

 3. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택

 4. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 주택과 조합원입주권을 보유한 경우로서 그수의 합이 3 이상인 경우 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제

외한다.

■ 소득세법 부칙(2008. 12. 26. 법률 제9270호)(2010. 12. 27. 법률 제10408호로 개정된 것)

제14조(양도소득세의 세율 등에 관한 특례)

① 2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지 취득한 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제104조 제1항 제4호부터 제9호까지의 규정에도 불구하고 같은 항 제1호에 따른 세율(그 보유기간이 2년 미만이면 같은 항 제2호 또는 제3호에 따른 세율)을 적용한다.

② 제1항의 세율을 적용받는 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 해당 자산의 보유기간이 3년 이상인 경우에도 제95조에 따른 장기보유특별공제를 적용하지 아니한다.

■ 소득세법 부칙(2008. 12. 26. 법률 제9270호)(2012. 1. 1. 법률 제11146호로 개정된 것)

제14조(양도소득세의 세율 등에 관한 특례)

① 2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지 취득한 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제104조 제1항 제4호부터 제9호까지의 규정에도 불구하고 같은 항 제1호에 따른

세율(그 보유기간이 2년 미만이면 같은 항 제2호 또는 제3호에 따른 세율)을 적용한다.

② 삭제

■ 구 소득세법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31442호로 개정되기 전의 것)

제167조의10(양도소득세가 중과되는 1세대 2주택에 해당하는 주택의 범위)

① 법 제104조 제7항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 2개(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다.

 1. 「수도권정비계획법」 제2조 제1호에 따른 수도권(이하 이 조에서 "수도권"이라 한다) 및 광역시·특별자치시(광역시에 소속된 군, 「지방자치법」 제3조 제3항·제4항에 따른 읍·면 및 「세종특별자치시 설치 등에 관한 특별법」 제6조 제3항에 따른 읍·면에 해당하는 지역을 제외한다) 외의 지역에 소재하는 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택 또는 그 밖의 주택의 양도 당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택

 2. 제167조의3 제1항 제2호부터 제8호까지 및 제8호의2 중 어느 하나에 해당하는 주택

 3. 1세대의 구성원 중 일부가 기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유로 인하여 다른 시(특별시·광역시·특별자치시 및 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조 제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)·군으로 주거를 이전하기 위하여 1주택(학교의 소재지, 직장의 소재지 또는 질병을 치료·요양하는 장소와 같은 시·군에 소재하는 주택으로서 취득 당시 법 제99조에 따른 기준시가의 합계액이 3억원을 초과하지 아니하는 것에 한정한다)을 취득함으로써 1세대 2주택이 된 경우의 해당 주택(취득 후 1년 이상 거주하고 해당 사유가 해소된 날부터 3년이 경과하지 아니한 경우에 한정한다)

 4. 제155조 제8항에 따른 수도권 밖에 소재하는 주택

 5. 1주택을 소유하고 1세대를 구성하는 사람이 1주택을 소유하고 있는 60세 이상의 직계존속(배우자의 직계존속을 포함하며, 직계존속 중 어느 한 사람이 60세 미만인 경우를 포함한다)을 동거봉양하기 위하여 세대를 합침으로써 1세대가 2주택을 소유하게 되는 경우의 해당 주택(세대를 합친 날부터 10년이 경과하지 아니한 경우에 한정한다)

 6. 1주택을 소유하는 사람이 1주택을 소유하는 다른 사람과 혼인함으로써 1세대가 2주택을 소유하게 되는 경우의 해당 주택(혼인한 날부터 5년이 경과하지 아니한 경우에 한정한다)

 7. 주택의 소유권에 관한 소송이 진행 중이거나 해당 소송결과로 취득한 주택(소송으로 인한 확정판결일부터 3년이 경과하지 아니한 경우에 한정한다)

 8. 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택을 소유하게 되는 경우의 종전의 주택[다른 주택을 취득한 날부터 3년이 지나지 아니한 경우(3년이 지난 경우로서 제155조 제18항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 포함한다)에 한정한다]

 9. 주택의 양도 당시 법 제99조에 따른 기준시가가 1억원 이하인 주택. 다만, ⁠「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비구역(종전의 ⁠「주택건설촉진법」에 따라 설립인가를 받은 재건축조합의 사업부지를 포함한다)으로 지정·고시된 지역 또는 ⁠「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 사업시행구역에 소재하는 주택(주거환경개선사업의 경우 해당 사업시행자에게 양도하는 주택은 제외한다)은 제외한다.

 10. 1세대가 제1호부터 제7호까지의 규정에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우 그 해당 주택

 11. 조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 해당 지역의 주택을 양도하기 위하여 매매계약을 체결하고 계약금을 지급받은 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 주택

 12. 법 제95조 제4항에 따른 보유기간이 10년(재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획등에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우의 보유기간은 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 기산한다) 이상인 주택을 2020년 6월 30일까지 양도하는 경우 그 해당 주택

끝.

출처 : 서울행정법원 2025. 05. 28. 선고 서울행정법원 2025구단51202 판결 | 국세법령정보시스템