요지

이 사건 주택은 구 법인세법 제55조의2 제1항 제2호에서 정하는 ⁠‘대통령령으로 정하는 주택’에 해당하고, 이 사건 토지는 비사업용 토지에 해당함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고들의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 202x. 1. 6. 원고에게 한 2017 사업연도 귀속 법인세 xxx,xxx,xxx원, 2017년 제2기분 귀속 부가가치세 xxx,xxx,xxx원의 부과처분을 모두 취소한다.

  이 유

1. 처분의 경위

 가. 원고는 2014. 7. 28. 개업하여 부동산컨설팅, 부동산투자업을 주업종으로, 부동산매매업, 부동산분양, 기업경영자문 및 경영컨설팅업을 부업종으로 하여 과세관청에 등록한 법인이다.

  나. 원고는 2015. 7. 29. 강제경매절차에서 □□ □□구 □□동에 위치한 아래 표 순번 1 내지 5 기재 주택 5채 및 그 부속 토지(이하 통틀어 ⁠‘이 사건 주택’이라 한다), 순번 6 내지 11 기재 토지 6필지(위 토지 중 순번 6 기재 토지를 ⁠‘이 사건 토지’라 하고, 이 사건 주택과 위 6필지 토지를 통틀어 ⁠‘이 사건 부동산들’이라 한다)를 x,xxx,xxx,xxx원에 매수하여 취득하였다.

  다. 원고는 2017. x. xx. □□□□지역주택조합(이하 ⁠‘이 사건 조합’이라 한다)에게 이 사건 부동산들을 87억 원에 일괄 양도하기로 하는 내용의 부동산 매매계약을 체결한 후, 2017. xx. xx. 이 사건 조합의 신탁회사인 AAAAA 주식회사로부터 위 매매대금 xx억 원을 지급받고, 같은 날 이 사건 조합에게 소유권이전등기를 마쳐주었다.

 라. 원고는 이 사건 부동산들에 대한 양도소득을 포함하여 2017 사업연도 법인세를 신고․납부하였다.

 마. 감사원은 □□지방국세청에 대한 기관운영 감사결과, 원고가 이 사건 주택에 관한 양도소득에 대하여 구 법인세법(2017. 10. 31. 법률 제15022호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제55조의2 규정에 따른 추가 법인세를 신고·납부하지 아니하였고, 이 사건 주택 중 국민주택 규모를 초과하는 주택 2개 세대(□□ □□구 □□동 산134-26외 1필지 지상 102호, 201호 중 건물부분에 한정된다, 이하 ⁠‘이 사건 초과주택’이라 한다)의 양도 과정에서 부가가치세를 신고·납부하지 아니하였음을 확인하고, 법인세 및 부가가치세 부과처분을 요구하였다.

 바. 피고는 원고에게, 202x. 6. 1. 이 사건 부동산들의 양도소득 x,xxx,xxx,xxx원에 대한 법인세 xxx,xxx,xxx원(가산세 포함)을 증액함과 동시에 이 사건 초과주택 양도 과정에서의 부가가치세 xx,xxx,xxx원을 손금으로 산입하여 각 사업연도소득에 대한 법인세 xx,xxx,xxx원을 감액하여 2017 사업연도 법인세 xxx,xxx,xxx원(= xxx,xxx,xxx원 – xx,xxx,xxx원)을, 2021. x. x. 이 사건 초과주택 양도 과정에서의 2017년 제2기 부가가치세 xxx,xxx,xxx원(가산세 포함)을 각 경정·고지하였다.

  사. 원고는 이에 불복하여 202x. x. xx. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 202x. 12. 28. 기각되었다.

  아. 피고는 이 사건 소송 중이던 202x. 1. 6. 정당세액보다 과소하게 고지하였다며, 2017 사업연도 법인세를 xxx,xxx,xxx원으로, 2017년 제2기 부가가치세를 xxx,xxx,xxx원으로 각 증액 경정하고, 2017 사업연도 법인세 xx,xxx,xxx원, 2017년 제2기 부가가치세 xx,xxx,xxx원을 추가 고지하였다(이하 증액 경정된 부과처분을 ⁠‘이 사건 법인세 부과처분’, ⁠‘이 사건 부가가치세 부과처분’이라 하고, 이들을 통틀어 ⁠‘이 사건 각 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 4, 6 내지 9호증, 을 제1 내지 7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 위법 여부

   가. 원고의 주장

    1) 이 사건 법인세 부과처분 관련

      가) 구 법인세법 제55조의2 제1항 제2호는 ⁠‘대통령령으로 정하는 주택 및 주거용 건축물로서 별장으로 사용하는 건축물을 양도하는 경우’ 추가 법인세를 납부하도록 규정하고 있다. 위 규정은 ⁠‘대통령령으로 정하는 주택’이거나 ⁠‘주거용 건축물’을 불문하고 모두 별장 용도로 사용하였던 경우에 추가 법인세를 납부할 의무가 있다고 해석되어야 하는데, 이 사건 주택은 별장 용도로 사용된 바 없다.

      나) 원고는 지상 건물을 모두 철거하고 신축건물을 분양하는 시행사업을 수행하기 위하여 이 사건 토지를 포함하여 이 사건 부동산들을 취득하였으므로, 이 사건 토지의 취득행위는 사업성이 인정되고, 구 법인세법 제55조의2 제1항 제3호에서 정한 ’비사업용 토지‘에 해당하지 않는다. 설령 원고가 이 사건 토지를 보유한 기간 동안 시행사업을 수행하지 않아 사업성이 인정되지 않는다고 보더라도, 2015. 11. 1. 이 사건 조합이 설립된 이후 개별 토지에 대한 건축 인허가, 착공승인 등이 이루어지지 않는 법령상 제한 등 부득이한 사유가 있으므로, 추가 법인세 과세대상이 될 수 없다.

    2) 이 사건 부가가치세 부과처분 관련

    구 부가가치세법(2017. 12. 19. 법률 제15223호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)에 의하면, 건물에 한정된 이 사건 초과주택만이 부가가치세 부과대상이 될 여지가 있으나, 원고와 이 사건 조합이 매매 계약 체결 당시 가액 xx억 원은 토지에 대한 것일 뿐, 철거할 것이 예정된 건물에 대해서는 0원으로 합의하였고, 다만 건물을 매각대상 범위에 포함하여 분쟁의 소지를 없앤 것일 뿐이다.

 나. 관계 법령

  별지 기재와 같다.

  다. 이 사건 법인세 부과처분의 위법 여부

    1) 관련 규정의 내용 및 연혁

      가) 구 법인세법 제55조의2 제1항은 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(이하 ’토지등‘이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다고 규정하고, 제2호는 대통령령으로 정하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다) 및 주거용 건축물로서 상시 주거용으로 사용하지 아니하고 휴양ㆍ피서ㆍ위락 등의 용도로 사용하는 건축물(이하 이 조에서 ⁠“별장”이라 한다)을 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10을 곱하여 산출한 세액, 제3호는 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10을 곱하여 산출한 세액을 각 규정한다.

      나) 법인세법 제55조의2의 ⁠‘토지등 양도소득에 대한 법인세 과세제도’는 2001. 12. 31. 종전의 특별부가세제도가 폐지되면서 신설된 제도로서, 법인의 부동산 투기를 억제하고 개인에 대하여 부과되는 고율의 양도소득세와의 과세형평을 도모하기 위하여 법인이 일정한 토지 및 건물을 양도하는 경우 각 사업연도소득에 관한 법인세 외에 추가로 법인세를 과세하는 제도이다. 당초 부동산 가격이 급등하는 특정지역에 적용되었다가, 이후 다주택 소유의 경우로 확대되었고, 비사업용 토지 양도에 관하여는 2005. 12. 31. 법 개정을 통하여 신설되어 2007. 1. 1. 최초로 양도하는 분부터 적용하게 되었다. 그 후 위 법인세 추가과세 제도는 일몰제도 시행, 추가과세 유예, 재시행 등 조세 정책적 목적에 따라 여러 차례 개정되어 왔다.

    2) 이 사건 주택의 양도가 추가 법인세 과세대상에 해당하는지 여부

    아래와 같은 사유로 이 사건 주택은 구 법인세법 제55조의2 제1항 제2호에서 정하는 ⁠‘대통령령으로 정하는 주택’으로서 법인인 원고가 이를 양도한 경우에는 양도소득의 100분의 10의 추가 법인세를 납부하여야 하므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

      가) 2003. 12. 30. 법률 제7005호로 법인세법 제55조의2 제1항이 개정되면서 법인의 주택 양도소득에 대한 추가 과세가 도입되었다. 위 법률 제55조의2 제1항 제2호는 대통령령이 정하는 주택(그 부수토지를 포함한다)을 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 30을 곱하여 산출한 세액을 추가 법인세로 납부하도록 정하였다.

    그 후 2005. 12. 31. 법률 제7838호로 법인세법 제55조의2가 개정되면서 비사업용토지의 양도소득에 대해서도 추가 법인세를 과세할 근거가 마련되었다. 위 법인세법은 제55조의2 제1항 제3호를 신설하면서 ⁠“비사업용 토지”를 양도한 경우에도 추가 법인세로 납부하도록 정하였고, 제2항은 ⁠“비사업용 토지”의 범위에 관하여 정하면서 제6호에서 ⁠“주거용 건축물로서 상시주거용으로 사용하지 아니하고 휴양ㆍ피서ㆍ위락 등의 용도로 사용하는 건축물(이하 이 호에서 "별장"이라 한다)과 그 부속토지”라고 규정하였다.

    2014. 12. 23. 법률 제12850호로 법인세법 제55조의2가 개정되면서 제1항 제2호는 ⁠“대통령령으로 정하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다) 및 주거용 건축물로서 상시 주거용으로 사용하지 아니하고 휴양ㆍ피서ㆍ위락 등의 용도로 사용하는 건축물(이하 이 조에서 "별장"이라 한다)을 양도한 경우(이하 생략)”라고 규정하게 되었고 현재까지 유지되었다.

    위와 같은 개정 연혁에서 알 수 있는 바와 같이, 법인세법 제55조의2는 ⁠“대통령령으로 정하는 주택”과 ⁠“주거용 건축물로서 상시 주거용으로 사용하지 아니하고 휴양ㆍ피서ㆍ위락 등의 용도로 사용하는 건축물(이하 이 조에서 ⁠‘별장’이라 한다)”을 별도 항에서 구분하여 규율하여 오다가 2014년 개정 과정에서 제55조의2 제1항 제2호에서 함께 규율하게 되었다. 따라서 ⁠“대통령령으로 정하는 주택”과 ⁠“주거용 건축물로서 상시주거용으로 사용하지 아니하고 휴양ㆍ피서ㆍ위락 등의 용도로 사용하는 건축물(이하이 조에서 ⁠‘별장’이라 한다)”은 본래 별개의 개념이었다.

    나) 법인의 주택 양도소득에 대한 추가 과세가 도입된 2003년 개정 법률에서 ⁠“대통령령이 정하는 주택(그 부수 토지를 포함한다)”을 처음 규율하게 되었는데, 그 위임을 받아 2003. 12. 30. 대통령령 제18174호로 개정된 법인세법 시행령 제92조의2 제2항은 임대주택법에 의하여 5호 이상의 국민주택을 임대하고 있는 법인이 10년 이상 임대한 국민주택(제1호), 주주등이나 출연자가 아닌 임원 및 사용인에게 제공하는 사택 및 그밖에 무상으로 제공하는 법인 소유의 주택으로서 사택제공기간 또는 무상제공기간이 10년 이상인 주택(제2호), 저당권의 실행으로 인하여 취득하거나 채권변제를 대신하여 취득한 주택으로서 재정경제부령으로 정하는 주택(제3호), 그 밖에 부득이한 사유로 보유하고 있는 주택으로서 재정경제부령으로 정하는 주택(제4호)에 해당하지 아니하는 주택을 ⁠‘대통령령이 정하는 주택’으로 규정하였다.

    위와 같이 법률의 위임을 받은 법인세법 시행령 제92조의2 제2항은 제1호 임대주택의 구체적인 범위에 관하여 개정되어 왔을 뿐이고, 제2 내지 4호의 규정은 원고가 이 사건 주택을 양도할 때까지 그대로 유지되어 왔다. 그런데 2014년 법인세법과 그 시행령 개정 과정에서 ⁠“대통령령으로 정하는 주택”의 개념을 기존보다 축소하여 별장용도로 한정할 만한 동기나 이유는 확인되지 않는다.

    다) 구 법인세법 제55조의2의 ⁠‘토지등 양도소득에 대한 법인세 과세제도’는 법인의 부동산 투기를 억제하고 개인에 대하여 부과되는 고율의 양도소득세와의 과세형평을 도모하기 위한 것이다. 그런데 법인이 주택을 소유하는 경우는 임대주택 사업, 사택 제공, 채권 만족 목적, 그 밖에 부득이한 사유 등 법인세법 시행령 제92조의2 제2항 각 호에서 정한 경우 이외에는 부동산 투기 목적이 없다고 할 수 없으므로, 구 법인세법 제55조의2 제1항 제2호가 반드시 별장 용도로 보유한 경우로 한정하여 법인세 추가과세를 의도한 것이라고 보기도 어렵다.

   3) 이 사건 토지가 ⁠‘사업용 토지’에 해당하는지 여부

     가) 관계 법령의 내용 및 법리

      (1) 구 법인세법 제55조의2 제1항 제3호는 내국법인이 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 30을 곱하여 산출한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 납부하도록 규정하고, 같은 조 제2항은 ⁠‘비사업용 토지’에 해당하는 토지를 각호에서 열거하고 있는데, 그 중 제2호는 ⁠‘임야’를 원칙적으로 ⁠‘비사업용 토지’의 하나로 규정하면서 예외적으로 그 각목에서 열거하는 임야를 제외하고 있고, 위 제2호 다목은 비사업용 토지에서 제외되는 임야 중 하나로 ⁠‘토지의 소유자·소재지·이용상황·보유기간 및 면적 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 임야로서 대통령령이 정하는 것’을 정하고 있다.

  위와 같은 구 법인세법 제55조의2 제2항 제2호 다목의 위임에 따른 구 법인세법 시행령 제92조의6 제4항은 제1호 내지 제6호에서 비사업용 토지에 해당하지 않는 임야를 구체적으로 열거하면서, 같은 항 제7호에서 ⁠‘그 밖에 토지의 소유자, 소재지, 이용 상황, 소유기간 및 면적 등을 감안하여 법인의 업무에 직접 관련이 있는 임야로서 기획재정부령이 정하는 임야’를 추가하고 있으나, 이에 따른 기획재정부령은 제정되지 아니하였다.

  한편 구 법인세법 제55조의2 제3항은 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다고 규정한다. 그 위임에 따라 구 법인세법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28640호로 개정되기 전의 것) 제92조의11 제1항 제3호는 ⁠‘그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황ㆍ취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유’에 해당되는 토지에 대하여는 ⁠‘기획재정부령으로 정하는 기간’을 비사업용 토지로 보지 아니하는 기간으로 정한다. 위 시행령의 위임을 받은 구 법인세법 시행규칙(2017. 10. 31. 기획재정부령 제639호로 개정되기 전의 것) 제46조의2 제1항은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간 동안 법 제55조의2제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다고 규정하면서, 토지를 취득한 후 법령에 따라 해당 사업과 관련된 인가ㆍ허가(건축허가를 포함한다. 이하같다)ㆍ면허 등을 신청한 자가 「건축법」 제18조 및 행정지도에 따라 건축허가가 제한됨에 따라 건축을 할 수 없게 된 토지는 건축허가가 제한된 기간(제1호), 토지를 취득한 후 법령에 따라 당해 사업과 관련된 인가ㆍ허가ㆍ면허 등을 받았으나 건축자재의 수급조절을 위한 행정지도에 따라 착공이 제한된 토지는 착공이 제한된 기간(제2호)등을 규정한다.

     (2) 구 법인세법 제55조의2 제1항 제3호가 법인의 비사업용 토지의 양도소득에 대하여 법인세를 중과하는 취지는, 토지를 그 생산력 등 고유한 특성을 활용하는 방식으로 사용하지 않고 단순히 거래의 객체로 삼아 양도차익을 통한 재산증식 수단으로 이용하는 법인에 대하여 중과함으로써 부동산 투기수요를 억제하여 부동산시장을 안정화하고 투기이익을 환수하려는 데 있고, 구 법인세법 제55조 제2항 제2호가 농지나 목장용지 등의 경우와 달리, 임야에 관하여는 원칙적으로 비사업용 토지에 포함되는 것으로 보고 예외적으로 비사업용 토지에 해당하지 아니하는 토지를 그 취득주체인 법인의 성격이나 토지의 용도 등에 비추어 투기 목적이 없는 사업용임이 명백한 사례에 한정하여 구체적으로 열거하는 규정방식을 취한 것은, 임야의 경우 부동산 투기에 이용될 우려가 더욱 크다고 보고 비사업용 토지 여부의 판정기준을 강화하여 법인이 사업을 빙자하여 과다한 임야를 취득하는 것을 방지하려는데 그 목적이 있다고 판단된다.

    (3) 이와 같은 관계법령의 입법 취지와 규정 체계 등을 종합해 보면, 법인의 토지등 양도소득에 대한 과세특례 중 하나로서 양도대상인 ⁠‘비사업용 토지’의 범위는 구 법인세법 제55조의2 제2항에 의하여 정해지고, 따라서 구 법인세법 제55조의2 제2항 제2호에 따라 임야는 원칙적으로 비사업용 토지가 되며, 다만 구 법인세법 제55조의2 제2항 제2호의 가, 나목의 임야와 다목에 근거한 구 법인세법 시행령 제92조의6 제4항 각 호에서 구체적으로 정하고 있는 임야에 한하여 예외적으로 비사업용 토지에서 제외되고, 구 법인세법 시행령 제92조의11 제1항 제3호, 구 법인세법 시행규칙 제46조의2 제1항 각 호에 따른 부득이한 사유가 있는 경우 해당 기간 동안 비사업용 토지로 보지않을 뿐이다.

  나) 구체적 판단

    (1) 이 사건 토지가 임야인 사실은 앞서 본 바와 같고, 원고는 이 사건 토지가 구법인세법 시행령 제92조의6 제4항 각 호에서 구체적으로 정하고 있는 임야에 해당하지 아니한다는 점에 대하여는 다투지 않는 것으로 보이므로, 원고가 이 사건 토지를 취득하여 이 사건 조합에게 매도할 때까지 구 법인세법 제55조의2 제3항, 구 법인세법시행령 제92조의11 제1항 제3호, 구 법인세법 시행규칙 제46조의2 제1항에서 정한 ⁠‘부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우’로서 비사업용 토지로 보지 아니 할 수 있는 경우에 해당하는지에 관하여 살핀다.

    (2) 이러한 부득이한 사유에 관하여는 원고가 주장․증명할 필요가 있는데, 이 법원의 □□구청장에 대한 각 사실조회 결과에 의하면 2013. 7.부터 2017. 8.까지 이 사건 토지 지상에 건축허가 신청은 없었고, 이 사건 조합이 2017. 2. 24. 조합설립인가를 받았다는 사실은 인정되나 위 사실만으로 원고가 이 사건 토지를 취득한 후 건축허가 제한 등 법령상 제한이 객관적으로 있었다거나 원고의 개별 사업 목적으로 이용할 수 없는 부득이한 사정이 있었다고 보기 어렵고, 달리 그러한 사정을 인정할 만한 증거도 없다.

    (3) 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

  라. 이 사건 부가가치세 부과처분의 위법 여부

    1) 관련 규정의 내용

    구 부가가치세법 제29조 제9항은 ⁠‘사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.’고 규정하고, 구 부가가치세법 시행령(2017. 12. 19. 대통령령 제28475호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제64조는 ⁠‘법 제29조 제9항 단서에 따라 실지거래가액 중 토지의가액과 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물 등"이라 한다)의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.’고 규정하면서, 제1호 본문에서 ⁠‘토지와 건물 등에 대한 소득세법 제99조에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분 계산한 금액’을 규정한다.

    2) 인정사실

      가) 원고는 이 사건 초과주택을 강제경매절차에서 매수한 날인 2015. 7. 29. DDD에게 이 사건 초과주택을 포함한 이 사건 주택에 관하여 채권최고액 30억 원의 공동근저당권을 설정해 주었다.

      나) 원고가 이 사건 부동산들을 이 사건 조합에 매도하면서 작성한 매매계약서 제3조에는 ⁠“매도인은 계약금 수령 후 매매 부동산에 대하여 새로이 제3자에게 양도, 전세, 임대하거나 근저당 등 소유권 이외의 제3자 권리 설정을 하여서는 아니되며, 압류, 가압류, 가처분, 가등기, 경매신청 등 매매 부동산에 대한 제3자 처분 제한 행위가 있을 경우에는 잔금 수수일 전까지 그 권리의 하자 및 부담금 등을 제거하여 완전한 소유권을 매수인에게 이전하고, 상기 부동산의 명도는 잔금지급을 받음과 동시에 명도하기로 한다”고 기재되어 있고, 소유권이전등기를 신청하면서 첨부한 매매계약서의 대금란에는 목적물의 구분 없이 87억 원으로 기재되어 있고, 목적물란에는 아래와 같이 이 사건 초과주택에 관하여 기재되어 있다.

      다) 이 사건 조합은 2017. 10. 25. 위 매매계약에 따라 이 사건 초과주택에 관하여도 소유권이전등기를 마쳤다.

      라) 이 사건 조합은 이 사건 초과주택에 대하여 소유권이전등기를 마침과 동시에 금융기관에 근저당권을 설정해 주었다.
마) 이 사건 조합은 위 매매계약 이후 이 사건 초과주택을 포함하여 이 사건 주택의 건물부분을 철거하고, 아래와 같이 멸실등기를 마쳤다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제5, 6, 8호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

  3) 구체적 판단

  위 규정에 비추어 살피건대, 위 인정사실에 의하여 알 수 있는 다음의 사정을 종합해 보면, 원고가 수령한 매매대금에는 이 사건 초과주택에 대한 경제적 가치까지 포함되어 있다고 볼 수 있으므로 이는 토지의 가액과 건물의 가액이 불분명한 경우에 해당한다고 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 초과주택의 가액은 구 부가가치세법 제29조 제9항, 구 부가가치세법 시행령 제64조 제1호 본문에 따라 이 사건 초과주택과 그 부속토지의 기준시가에 따라 안분한 액수로 산정하여야 하므로, 그에 따른 이 사건 부가가치세 부과처분은 적법하고, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 받아들이지 않는다.

    가) 원고와 이 사건 조합 사이에 체결된 매매계약의 목적물에는 이 사건 초과주택의 부속토지뿐만 아니라 이 사건 초과주택까지 포함되어 있다.

    나) 원고가 이 사건 조합에게 이 사건 초과주택을 매도할 당시 이 사건 초과주택과 부속토지에 대하여 DDD 앞으로 공동근저당권이 설정되어 있었고, 이 사건 조합이 소유권이전등기를 마친 뒤에는 금융기관에 공동근저당권을 설정해 주었다. 따라서 매매 계약 체결 당시 이 사건 초과주택의 객관적 가치가 0원이었다고 볼 수 없고, 위 매매계약의 매매대금에는 원고가 이 사건 초과주택의 완전한 소유권 이전을 위하여 이행하여야 할 근저당권 말소 등의 의무에 대한 대가가 포함되어 있다고 보인다.

    다) 이 사건 조합이 이 사건 초과주택에 관하여 소유권이전등기를 마친 이상, 원고가 이 사건 조합에게 그 부속토지 뿐만 아니라 이 사건 초과주택을 공급한 것이고, 그후 이 사건 조합이 그로부터 약 9개월여가 지난 뒤(멸실등기부 기준)에 이 사건 초과 주택을 철거한 것은 공급 이후의 사정에 불과하다. 이 사건 초과주택의 취득 목적이나 취득 후 철거되었다는 사정이 건물의 공급과 관련된 부가가치세 산정에 있어 반드시 고려되어야 할 요소도 아니다.

    라) 이 사건 조합의 입장에서 보더라도, 그 부속 토지 위에 건물을 신축하기 위해서는 우선 이 사건 초과주택의 처분권을 취득하여야 한다. 이러한 이유로 그 매매계약에서도 이 사건 초과주택이 목적물로 명시되었고, 철거 여부 등에 대한 약정도 별도로 하지 않았다. 실제 이 사건 조합은 이 사건 초과주택에 관한 소유권이전등기를 마치고상당기간이 지난 후 자기의 책임으로 이 사건 초과주택을 철거하였다. 따라서 이 사건조합 역시 대가를 지불하고 이 사건 초과주택의 소유권을 유상으로 취득할 의사가 있었다고 볼 수 있다.

3. 결론

  그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2023. 11. 09. 선고 서울행정법원 2022구합61397 판결 | 국세법령정보시스템