요지

원고 세대의 소유 주택수를 계산할 때에는 이 사건 주택과 이 사건 임대주택, 이 사건 대체주택이 모두 포함되므로 원고는 1세대 3주택 이상인 경우에 해당하고, 이 사건 주택은 장기보유특별공제 대상에서 제외되어야 함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2021. 11. 16. 원고에 대하여 한 2020년 귀속 양도소득세 254,786,200원 및 무신고가산세 50,957,240원, 납부지연가산세 24,969,047원의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2015. 5. 18. ○○시 ○○동 ○○, ○○동 ○○호(이하 ⁠‘이 사건 주택’이라한다)를 취득하였다가 2020. 7. 1. 8억 4,000만 원에 양도하였다.

나. 위 양도 당시 원고의 세대는 다음과 같이 주택을 보유하고 있었다.

3개의 주택 보유

다. 피고는 원고가 이 사건 주택 양도 당시 조정대상지역에 1세대 3주택 이상을 보유한 자에 해당한다고 보아 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용하여 2021. 11. 16. 원고에게 2020년 귀속 양도소득세 348,503,600원(가산세 포함)을 결정·고지하였다가, 2021. 11. 30. 330,712,487원(무신고 가산세 50,957,240원, 납부지연가산세 24,969,047원 포함)으로 경정하였다(위와 같이 경정되고 남은 부분을 이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 이의신청을 거쳐 2022. 6. 13. 조세심판을 청구하였으나, 조세심판원은 2022. 11. 14. 원고의 청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 7 내지 11호증(일부 가지번호 생략, 이하 같다), 을 제1, 2, 4, 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 요지

1) 원고는 직장이 ○○시로 이전하게 됨에 따라 지방이전 공공기관 종사자 등에 대한 특별공급으로 이 사건 주택을 취득하게 되었고, 이 사건 주택에서 실제로 거주하다가 건강 악화로 어쩔 수 없이 주거지를 옮기면서 이 사건 대체주택을 취득하고 사회 통념상 일시적이라고 인정되는 기간 내에 이 사건 주택을 양도한 것으로, 이 사건 주택의 취득 및 양도가 부동산 투기와는 전혀 관련이 없으므로 이 사건 주택의 양도를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 양도소득세를 중과할 수 없는 특별한 사정이 있는 경우에 해당한다. 이 사건 처분 중 장기보유특별공제를 배제하고 1세대 3주택 중과세율을 적용하여 양도소득세를 산정한 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

2) 원고가 이 사건 주택의 양도 이후 비과세로 양도소득세를 예정신고 하였으므로, 이 사건 처분 중 무신고가산세와 납부지연가산세를 부과한 부분 역시 위법하여 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 양도소득세 산정 위법 주장에 대하여

  구 소득세법 제104조 제7항 제3호에서는 ⁠‘조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도’의 경우 양도소득세율을 제55조 제1항에 따른 일반세율에 20%를 더한 중과세율을 적용하도록 규정하고 있고, 제95조 제2항 본문의 괄호 규정에서는 ⁠‘제104조 제7항 각 호에 따른 자산’은 장기보유특별공제 대상에서도 제외하도록 규정하고 있다. 한편 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항은 ⁠‘소득세법 제104조 제7항 제3호에서 대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택이라 함은 국내에 주택을 3개 이상 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다’고 규정하면서 제2호에서 장기임대주택을, 제10호에서 1세대가 제2호 등에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 해당 주택을 들고 있는바, 1세대 3주택자라 하더라도 위 각 호에 해당하는 주택을 양도하는 경우에는 구 소득세법 제104조 제7항에 따른 중과세율 적용에서 제외된다고 할 것이지만, 1세대가 소유하는 주택의 수를 계산할 때에는 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제1호에 해당하는 주택(수도권 및 광역시․특별자치시 외의 지역에 소재하는 기준시가 3억 원 이하의 주택)만을 산입하지 아니할 뿐 나머지 각 호에 해당하는 주택은 장기임대주택 등이라 할지라도 모두 산입하므로, 원고 세대의 소유 주택수를 계산할 때에는 이 사건 주택과 이 사건 임대주택, 이 사건 대체주택이 모두 포함된다. 결국 원고는 1세대 3주택 이상인 경우에 해당하고, 이 사건 주택은 장기보유 특별공제 대상에서 제외됨이 법문상 명백하다.

  한편 이러한 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도에 관한 중과세율의 적용 취지는 투기 목적의 주택 소유를 억제하여 주택 가격의 안정과 주거생활의 안정을 도모하려는 것이므로 종전주택과 장기임대주택을 소유한 거주자가 대체주택을 취득함으로써 장기임대주택을 제외하고도 2주택을 소유하게 되었더라도, 주거를 이전하기 위하여 대체주택을 취득한 것으로서 거주자에게 투기목적이 없고 대체주택을 취득한 후 종전주택을 양도하기까지 소요된 기간이 주택거래의 현실 등에 비추어 사회통념상 일시적이라고 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에는 종전주택의 양도를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 양도소득세를 중과할 수는 없다고 봄이 상당하다고 할 것이지만(대법원 2014. 2. 27. 선고 2010두27806 판결 참조), 이러한 특별한 사정의 존재에 대하여는 중과세율의 적용 배제를 주장하는 원고에게 입증책임이 있다고 볼 수밖에 없다.

  갑 제2 내지 6, 12, 13, 15 내지 18, 20호증의 각 기재와 변론 전체의 취지를 종합하면 원고가 공공기관에 근무하면서 이 사건 주택을 특별분양받은 사실, 원고가 2015. 5. 18.경부터 이 사건 주택에서 가족과 떨어져 주중에 혼자 거주하다가 2017. 2. 14. 제3자에게 보증금 3억 4,000만 원에 임대를 준 사실, 원고가 2016. 12. 8.경부터 심장 질환 등으로 지속적으로 치료를 받아온 사실, 원고의 가족이 2019. 7. 1. 이 사건 대체주택으로 주거를 이전한 사실은 각 인정할 수 있으나, 위 사실관계에 의하더라도 이 사건 주택을 양도하기 3년 6개월 이상 전부터 원고가 이 사건 주택에 거주하지 않았고, 원고의 가족들은 이 사건 주택에서 거주한 적이 없었음을 알 수 있을 뿐 아니라, 앞서 든 증거들에 나타나는 다음과 같은 사정, 즉 이 사건 대체주택을 취득한 뒤 10개월 이상 지나 이 사건 주택을 양도한 점, 이 사건 주택에 대한 등기부상 매매계약일자가 2020. 2. 25.로 되어 있기는 하나 이 사건 대체주택에 대한 등기부상 매매계약일자는 2016. 6. 2.로 되어 있어 매매계약 일자를 기준으로 할 경우 대체주택 매수 후 3년 6개월 이상 지나 비로소 종전주택 매도를 한 셈이 되는 점 등을 추가로 고려하면 앞서 인정한 사실들만으로는 원고가 주거를 이전하기 위하여 대체주택을 취득한 것으로서 투기목적이 없고 대체주택을 취득한 후 종전주택을 양도하기까지 소요된 기간이 주택 거래의 현실 등에 비추어 사회통념상 일시적이라고 인정되는 특별한 사정이 있다고 보기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

  그렇다면 장기보유특별공제를 배제하고 1세대 3주택의 양도에 해당한다고 보아 중과세율을 적용하여 양도소득세를 산정한 이 사건 처분은 적법하고, 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

2) 가산세 부과 위법 주장에 대하여

  을 제3, 5, 6호증의 각 기재에 의하면 원고가 이 사건 주택의 양도 이후 관할세무관서에 양도소득세 예정신고를 하지 않은 사실을 인정할 수 있고, 갑 제11, 14, 19호증의 각 기재만으로는 이러한 사실인정에 방해가 되지 않는다. 또 납부지연가산세는 양도소득세의 예정신고와 무관하게 법정납부기한까지 양도소득세를 납부하지 않았다면 부과할 수 있다. 이 사건 처분 중 무신고가산세와 납부지연가산세를 부과한 부분이 위법하다는 원고의 주장도 받아들일 수 없다.

3. 결론

따라서 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 수원지방법원 2023. 11. 24. 선고 수원지방법원 2023구단1723 판결 | 국세법령정보시스템