요지

○ 이 사건 토목공사를 실제 시공하지 않았음에도 불구하고 이 사건 토목공사대금으로 이 사건 금원을 지급한 것은 이 사건 주식 및 출자지분의 양도대가라고 경험칙상 추정할 수 있음
○ 이 사건 처분은 비록 세액의 산출과정에 있어서 이 사건 금원을 이 사건 주식양도의 대금으로만 특정한 잘못이 있으나, 이 사건 금원을 이 사건 주식양도 및 지분양도에 따른 소득으로 보아 산정한 합산 양도소득금액과 이 사건 처분에서 산정한 합산 양도소득금액이 동일하고 그에 따라 산출되는 세액 또한 동일하므로, 이 사건 처분의 세액은 정당한 세액을 초과하지 않는바, 이 사건 처분은 적법함

판결내용

판결내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 0000. 00. 00. 원고에 대하여 한 0000년 귀속 양도소득세 000,000,000원의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

  가. 당사자들의 지위

    1) 원고는 소외 甲토건 주식회사(다음부터 ⁠‘甲토건’이라고 한다)의 최대주주이고, 甲토건의 대표이사는 원고의 아들인 소외 BBB, 사내이사는 원고의 배우자인 소외 CCC이다.

    2) 소외 DDD는 주식회사 乙건설(다음부터 ⁠‘乙건설’이라고 한다)을 운영하는 사람이다.

  나. 원고의 丙개발 유한회사, 丁개발 주식회사 설립 및 각 부동산 취득

    1) 원고는 0000. 00. 00. 자본금 00,000,000원을 100% 출자해(출자지분 0,000좌, 1좌당 00,000원) 소외 丙개발 유한회사(다음부터 ⁠‘丙개발’이라고 한다)를 설립했고, 丙개발은 0000. 00. 00. 광주 ○○구 ○○동 000-00 대 000㎡, 같은 동 000-0 대 000㎡ 및 그 지상 건물(○○○모텔)을 0,000,000,000원에 낙찰받아 0000. 00. 00. 각 소유권이전등기를 마쳤다.

    2) 원고는 0000. 00. 00. 원고 및 원고의 명의수탁자 소외 EEE, FFF 명의로 자본금 000,000,000원을 출자해(발행주식 00,000주, 1주당 00,000원, 원고 0,000주, EEE 0,000주, FFF 0,000주) 丁개발 주식회사(다음부터 ⁠‘丁개발’이라고 한다)를 설립했고, 丁개발은 0000. 00. 00. 광주 ○○구 ○○동 000-0 잡종지 0,000㎡, 같은 동 000-0 대 000㎡ 토지 및 그 지상 건물(○○모텔)을 0,000,000,000원에 매수해 0000. 00. 00. 각 소유권이전등기를 마쳤다.

  다. 원고와 DDD 사이의 丁개발 주식, 丙개발 출자지분 양도 및 양도소득세 미부과

    1) 원고는 0000. 00. 00. DDD에게 원고, EEE, FFF이 보유하던 丁개발 주식 0,000주, 0,000주, 0,000주 합계 00,000주(다음부터 ⁠‘이 사건 주식’이라고 한다)를 1주당 액면가액인 00,000원에 양도(다음부터 ⁠‘이 사건 주식양도’라고 한다)했다.

    2) 원고는 0000. 00. 00. DDD에게 丙개발 출자지분 0,000좌(다음부터 ⁠‘이 사건 지분’이라고 한다)를 1좌당 00,000원에 양도(다음부터 ⁠‘이 사건 지분양도’라고 한다)했다.

    3) 원고는 이 사건 주식양도 및 지분양도에 관한 양도소득과세표준 신고를 했으나, 양도가액과 취득가액이 동일함에 따라 관련 양도소득세는 부과되지 않았다.

  라. 甲토건과 乙건설 사이의 공사 도급 계약 및 공사대금 지급

    甲토건은 0000. 00. 00. 乙건설이 시공중이던 ○○ ○○동 산업지식센터 신축공사(다음부터 ⁠‘이 사건 신축공사’라고 한다) 중 토목공사(다음부터 ⁠‘이 사건 토목공사’라고 한다)를 乙건설로부터 공사대금 0,000,000,000원으로 정해 하도급받았음을 이유로 乙건설에게 0000. 00. 00. 000,000,000원, 0000. 00. 00., 0000. 00. 00., 0000. 00. 00. 각 000,000,000원(각 부가가치세 포함)을 공급가액으로 한 전자세금계산서를 발급하고, 乙건설로부터 이 사건 토목공사대금 명목으로 위 전자세금계산서와 동일한 금액의 합계 0,000,000,000원(= 000,000,000원 + 000,000,000원×3)(다음부터 ⁠‘이 사건 금원’이라고 한다)을 지급받았다.

  마. 세무조사 및 양도소득세부과처분

    1) ○○지방국세청은 0000. 00. 00.부터 0000. 00. 00.까지 원고를 양도소득세 조사대상자로 선정해 세무조사를 실시했다(다음부터 ⁠‘이 사건 세무조사’라고 한다).

    2) 피고는 위 세무조사 결과에 따라 0000. 00. 00. 원고에게 이 사건 금원은 그 실질이 이 사건 주식의 양도대가라고 판단하고 위 금원에 이 사건 주식의 액면가액 000,000,000원을 더한 0,000,000,000원을 이 사건 주식의 양도가액으로 보아 0000년 귀속 양도소득세로 000,000,000원을 부과했다(다음부터 ⁠‘이 사건 처분’이라고 한다).

  바. 전심절차

    원고는 0000. 00. 00. 이 사건 처분에 대한 이의신청을 거쳐, 0000. 00. 00. 국세청에 심사청구를 했으나, 국세청은 0000. 00. 00. 원고의 심사청구를 기각했고, 원고는 0000. 00. 00. 위 심사청구 결정서를 수령했다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제1 내지 3, 5, 9 내지 16호증(가지번호 있는 것은 가지번호를 포함한다, 다음부터 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 당사자들의 주장 요지

  가. 원고

    1) 원고는 DDD에게 이 사건 주식을 액면가액에 따라 000,000,000원에 양도했기 때문에 다른 양도소득이 발생하지 않았고, 甲토건은 실제 이 사건 토목공사를 시공하고 이 사건 금원을 지급받았다. 그런데, 피고는 이 사건 금원을 이 사건 주식양도대금에 포함해 합계 0,000,000,000원(= 000,000,000원 + 0,000,000,000원)의 양도소득이 발생한 것으로 보아 이 사건 처분을 했다. 따라서 이 사건 처분은 원고에게 실재하지 않은 양도소득에 대해 이루어진 것으로서 소득세법상 실지거래가액에 따른 양도소득세 부과가 아니므로 조세법률주의를 위반해 위법하다.¹⁾

    2) 원고는 0000년 DDD에게 이 사건 주식뿐 아니라 이 사건 지분도 양도했는데, 피고는 이 사건 금원 가운데 위 각 주식 및 지분의 양도대금을 개별적으로 특정하지 않고 이 사건 금원을 전부 이 사건 주식양도대금으로 보아 이 사건 처분을 했으므로, 그 처분은 위법하다.

    3) 원고는 원고의 가족들에 의해 운영되는 甲토건의 자금을 원고의 가족들의 계좌를 통해 운용했을 뿐 0000년에 甲토건으로부터 돈을 차용하지 않았으므로, 甲토건이 지급받은 이 사건 금원이 원고에게 귀속되었다고 볼 만한 사정이 없다. 따라서 원고에 대한 이 사건 처분은 위법하다.

  나. 피고

    원고는 이 사건 주식을 양도한 무렵 실제로 이 사건 토목공사를 시공한 사실이 없음에도 원고가 최대주주로 있는 甲토건을 통해 이 사건 주식 양수인인 DDD가 운영하는 乙건설로부터 이 사건 토목공사대금 명목으로 이 사건 금원을 받았고, 이를 원고가 甲토건 주식회사로부터 유용하고 상환하지 않고 있던 차용금 0,000,000,000원의 변제로서 甲토건 주식회사에 귀속시킨 것이므로, 위 0,000,000,000원은 원고의 양도소득에 해당하고, 따라서 이 사건 처분은 실질과세 원칙에 따른 것으로 적법하다.

3. 관계 법령

별지와 같다.

4. 판단

  가. 甲토건의 이 사건 토목공사 시공 여부

    앞서 든 증거들, 갑 제6호증, 을 제6, 17 내지 22호증의 각 기재 및 영상, 변론 전체의 취지에 따라 인정할 수 있는 아래의 사실 내지 사정을 종합하면, 甲토건은 이 사건 토목공사를 시공하지 않았다고 봄이 상당하다.

    1) 원고는 甲토건이 0000. 00. 00.부터 소외 GG건설 주식회사가 이 사건 신축공사 중 토공사를 하기 전까지 터파기 전 준비공사, 민원발생에 따른 대응공사, 폐기물 등 주변정리 공사 등 토목 관련 주변정비작업 등 마무리공사를 했다고 주장하고, 乙건설은 이 사건 세무조사 당시 甲토건이 우수공, 오수공, 포장공, 부대공을 했다는 내용의 견적 내역서를 제출한 바 있는데, ① 원고가 주장하는 공사 자체의 내역이 불분명하고, ② 그 공사 내역조차도 乙건설이 제출한 위 견적 내역서와도 일치하지 않으며, ③ 원고가 주장하는 공사대금 또한 0,000,000,000원으로 큰 금액임에도 원고가 시공했다는 각 공사별로 내역을 인정할 자료가 없다.

    2) 이 사건 신축공사 가운데 건물철거공사는 0000. 00. 무렵 소외 주식회사 HH산업이 완료했고, 토공사는 GG건설 주식회사가 0000. 00. 00. 乙건설로부터 도급받아 터파기, 잔토처리, 바닥정지 등 토공사 및 폐기물처리 등을 포함한 부대공사, 복공공사, 가설울타리공사, 임목폐기물공사를 맡아 시공했으며, 배수설비공정(우수 및 오수)은 0000. 00. 무렵 소외 주식회사 II건설이 시공을 마쳤고, 도로포장 공정은 0000년 무렵 마쳐져 乙건설이 그 무렵 도로점용(원상회복)공사 준공확인신청을 했다.

    3) 원고는 甲토건이 이 사건 토목공사를 시행했다는 근거로 매입·매출장과 현장사진 18장을 제출했을 뿐이고, 토목공사 시방서, 견적서, 설계도면, 기성청구내역서 등의 자료는 제출하지 못하고 있다.

    4) 위 사진 가운데 甲토건이 경계석 설치 및 보도확장(포장공)의 증거로 제출한 사진(을 제18호증, 4쪽)은 0000년 무렵 乙건설이 제출한 도로점용(원상회복)공사 준공확인신청서 첨부 사진(을 제22호증, 7쪽 하단)과 동일하고, 나머지 사진들은 그 촬영일을 확인할 객관적인 자료가 없다.

    5) CCC는 이 사건 세무조사 과정에서, 이 사건 신축공사와 관련해 우수공, 오수공, 포장공, 부대공 등을 시공했다고 하면서도 부대공²⁾은 수목 제거 등 주변정리를 의미하는 것으로 본 터파기 공사 전 준비공사라고 진술했고, 도로를 포장했다면서도 볼라드³⁾ 공사를 시행하고 아스콘 공사를 뜯고 차선을 도색하는 공정을 했다고 진술하는 등 토목공사의 작업공정에 부합하지 않는 진술을 했으며, 오수, 우수, 포장공사 시행업체가 별도로 있었다는 사실을 지적하자 잘 모르겠다고 대답한 것을 비롯해 구체적인 공사내역이나 공사시기에 관해 대부분 기억나지 않는다고 진술해 이 사건 토목공사의 구체적인 내용을 알지 못하는 것으로 보이는데, 이 사건 금원이 甲토건의 0000년도 매출의 상당 부분을 차지하고 있는 점에 비추어 볼 때 甲토건을 실질적으로 경영하던 CCC가 이 사건 토목공사의 구체적인 내용을 잘 알지 못한다는 것은 경험칙상 납득하기 어렵다.

  나. 이 사건 금원과 이 사건 주식양도 사이 대가관계 여부

    1) 관련 법리

      구 소득세법(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것) 제94조 제1항 및 제96조 제1항은 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우 자산의 양도가액은 ⁠‘양도 당시 양도자와 양수자 간에 실제로 거래한 가액(실지거래가액)’으로 규정하고 있고, 같은 법 제95조 제1항은 ⁠‘양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(양도가액)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(양도차익)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다’고 규정하고 있는데, 이때 ⁠‘총수입금액’이란 당해 자산의 객관적인 가액을 가리키는 것이 아니라 구체적인 거래에 있어서 양도인이 당해 자산을 양도하는 대가로 취득하는 모든 수입을 뜻하고, 그 대가에 해당하는지 여부는 실질과세의 원칙상 명목 여하에 관계없이 경제적 실질이 당해 자산의 양도와 대가관계에 있는지의 여부에 의하여 판단하여야 한다(대법원 1992. 7. 14. 선고 92누2967 판결 등 참조).

      한편, 일반적으로 세금부과처분취소소송에 있어서 과세요건사실에 관한 증명책임은 과세권자에게 있다 할 것이나, 과세요건사실에 관한 직접적인 증거가 없는 경우라도 간접적인 사실관계 등에 의거하여 경험칙상 가장 합리적인 설명이 가능한 추론에 의하여 과세요건사실의 존재를 추정할 수 있는 경우에는 그 증명이 있다고 하여야 할 것이며, 따라서 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실을 인정할 수 있는 간접사실이 밝혀진 이상, 세금부과처분의 상대방이 당해 사실은 경험칙의 적용대상이 되지 못한다거나 당해 사건에서 그와 같은 경험칙의 적용을 배제하여야 할 만한 특별한 사정이 있다는 점을 증명하지 않는 한, 당해 과세처분이 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다(대법원 2002. 11. 13. 선고 2002두6392 판결 등 참조).

    2) 구체적인 판단

      앞서 든 증거들, 을 제7, 23호증의 각 기재 및 영상, 변론 전체의 취지에 따라 인정할 수 있는 아래의 사실 내지 사정을 모아보면, 甲토건이 이 사건 토목공사를 실제 시공하지 않았음에도 불구하고 이 사건 주식 및 지분의 양수인인 DDD가 운영하는 乙건설이 원고가 최대주주로 있는 甲토건에게 이 사건 토목공사대금으로 이 사건 금원을 지급한 것은 이 사건 주식양도 및 지분양도의 대가라고 경험칙상 추정할 수 있고, 원고가 제출한 증거들만으로는 그러한 경험칙을 적용할 수 없는 사정이 충분히 입증되었다고 볼 수 없다. 따라서 이 사건 금원이 이 사건 주식양도와 대가관계가 없다는 원고의 주장은 받아들이지 않는다.

      가) 이 사건 주식양도 시점(0000. 00. 00.)에서, 丁개발 보유 부동산에 대해 기준시가(토지는 개별공시지가, 건물은 기준시가)를 적용한 보충적 평가방법에 따라 평가한 이 사건 주식의 1주당 가액은 00,000원이다. 한편, 0000년 무렵 ○○동 일대에서 아파트 시행부지로 편입된 인근 필지의 거래가액은 아래와 같이 상승했고, 丁개발이 소유한 ○○동 부동산도 乙건설이 0000년 신축한 ○○○○○○○ 1차 아파트 사업 부지에 포함된바, 丁개발 보유 부동산 가액은 기준시가보다 높다고 봄이 상당하다. 그럼에도 불구하고 원고가 DDD에게 이 사건 주식을 보충적 평가에 따른 주당 가액 00,000원보다 현저히 낮은 00,000원에 양도한 것은 경험칙상 납득하기 어렵다.

               아파트 시행부지로 편입된 인근 필지의 ㎡당 토지 거래가액

      나) 이 사건 지분 양도 시점(0000. 00. 00.)에서, 丙개발 보유 부동산에 대해 위와 같은 보충적 평가방법에 따라 평가한 출자지분 1좌당 가액은 00,000원이고, 앞서 본 사정 및 丙개발이 소유한 ○○동 부동산도 乙건설이 0000. 00. 신축한 ○○○○○○○ 2차 아파트 사업부지에 포함된 점을 고려하면 丙개발 보유 부동산 가액 또한 기준시가보다 높다고 봄이 상당함에도 원고가 DDD에게 丙개발 출자지분을 보충적 평가에 따른 출자지분 1좌당 가액 00,000원보다 낮은 00,000원에 양도한 것 또한 이례적이다.

      다) 원고는 0000년에 甲토건으로부터 0,000,000,000원을 입금받은 후 000,000,000원을 상환하고 나머지 0,000,000,000원은 상환하지 않았고, 甲토건의 0000 사업연도 법인세 신고 당시 제출된 자료에는 원고가 상환하지 않은 위 0,000,000,000원에 대하여 주주·임원·종업원 단기대여금으로 계상된 사실도 없으므로, 원고는 0000년에 甲토건으로부터 합계 0,000,000,000원를 지급받은 것으로 보인다(원고는 원고와 甲토건 사이의 위 금전거래는 원고의 가족들에 의해 운영되는 甲토건의 자금을 원고의 가족들의 계좌를 통해 운용한 것이고 이러한 금전거래는 0000년 외에도 계속되어 왔다고 주장하면서도 이와 관련된 자료는 제출하지 않았다). 또 위 0,000,000,000원은 乙건설이 甲토건에게 지급한 이 사건 금원에 근접한 금액이고, 甲토건과 乙건설 사이에 이 사건 주식양도 및 지분양도 외에 이 사건 금원의 성격을 가름할 의미 있는 법률관계는 없다.

  다. 소결론(정당한 세액의 산정)

    과세처분취소소송에 있어 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것이고(대법원 2001. 6. 12. 선고 99두8930 판결 등 참조), 세액의 산출과정에 잘못이 있어 과세처분이 위법한 것으로 판단되는 경우라도 사실심 변론종결 당시까지 제출된 자료에 의하여 적법하게 부과될 세액이 산출되는 때에는 법원은 과세처분 전부를 위법한 것으로 취소할 것이 아니라 과세처분 중 정당한 산출세액을 초과하는 부분만을 위법한 것으로 보아 그 위법한 부분만을 취소하여야 한다(대법원 2000. 9. 29. 선고 97누19496 판결 등 참조). 한편, 소득세는 매년 1. 1.부터 12. 31.까지 1년 단위로 과세하므로(소득세법 제5조 제1항), 동일 과세년도에 2회 이상의 자산양도가 있는 경우에 그 양도소득세는 각 양도횟수별로 계산하여 부과되는 것이 아니라 모든 양도자산에 대하여 하나의 양도소득세액을 산출하여 부과하여야 한다(대법원 1991. 5. 24. 선고 91누865 판결 등 참조).

    그렇다면, 이 사건 처분은 비록 세액의 산출과정에 있어서 이 사건 금원을 이 사건 주식양도의 대금으로만 특정한 잘못이 있으나, 이 사건 주식양도 및 지분양도는 0000년 귀속 소득세 과세기간(0000. 1. 1.부터 0000. 12. 31.까지) 내에 이루어진 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 이 사건 금원을 이 사건 주식양도 및 지분양도에 따른 소득으로 보아 산정한 0000년 합산 양도소득금액과 이 사건 처분에서 산정한 0000년 합산 양도소득금액이 동일하고 그에 따라 산출되는 세액 또한 동일하다. 따라서 이 사건 처분의 세액은 정당한 세액을 초과하지 않는바, 이 사건 처분은 적법하다.

5. 결론

  그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로, 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

1) 원고는 국세기본법 제81조의6 제3항에서 정한 세무조사대상 선정사유가 존재하지 않음에도 원고를 세무조사대상으로 선정하고, 국세기본법 제81조의8에 따른 세무조사 기간을 위반했으므로 이 사건 세무조사는 절차적으로 위법하고 그에 따라 이루어진 이 사건 처분도 위법하다고 주장했으나 이 법원 제3회 변론기일에 위 주장을 철회했다.

2) 중앙 분리대나 가드레일 설치 따위와 같이 주된 공사에 곁들여 하는 공사

3) 보행자의 안전을 위해 차량이 보행 구역 안으로 진입하는 것을 차단하는 교통 시설물

출처 : 광주지방법원 2023. 11. 17. 선고 광주지방법원 2022구합13923 판결 | 국세법령정보시스템