요지

원고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 부속사의 1/4 부분만 이 사건 음식점의 영업을 위한 용도로 사용되었다거나 이 사건 부속사의 용도가 불분명하다고 인정하기에는 부족하고 상가부분이 크므로 주택부분만 비과세를 적용하고 경정청구 거부한 것은 적법함

판결내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2021. 12. 29. 원고에게 한 양도소득세 경정청구거부처분을 취소한다.

상세내용

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 1995. 12. 14. 경기 광주시 ##대 330㎡, 위 지상 연와조 스라브지붕 2층 건물 198㎡(일반음식점 1층 99㎡, 2층 99㎡, 부속사 66㎡, 이하 1층과 2층을 통틀어 ⁠‘이 사건 건물’이라 하고, 부속사를 ⁠‘이 사건 부속사’라 한다) 및 같은 리 ## 외 2필지 합계 1,191㎡에 관하여 소유권이전등기를 마치고, 이 사건 건물 1층에서 ⁠‘**’이라는 상호로 일반음식점(이하 ⁠‘이 사건 음식점’이라 한다)을 운영하였다.

나. 원고는 안** 외 5명에게 위 가항 기재 부동산을 42억 원에 매도하는 한편 2021. 3. 18. 같은 해 2. 3.자 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 모두 마쳤다.

다. 원고는 2021. 5. 15. 피고에게 취득가액을 429,811,936원, 양도가액을 4,174,182,100원(원 단위 절사, 이하 같다)으로 하여 이 사건 건물 2층과 부수 토지에 대해서만 1세대 1주택 비과세 특례규정을 적용하여 2021년 귀속 양도소득세 889,973,400원을 신고·납부하였다.

라. 원고는 2021. 11. 15. 피고에게 겸용주택 면적과 부수토지 정정, 자경감면 대상농지면적 정정을 이유로 기 납부한 양도소득세 395,934,647원의 환급을 구하는 경정청구를하였다.

마. 피고는 2021. 12. 29. 국세기본법 제45조의2 제3항에 따라 아래와 같은 사유로 거부처분(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.

바. 원고는 이에 불복하여 이의신청절차를 거쳐 2022. 8. 10. 조세심판원에 심판을 청구하였으나, 2023. 1. 2. 위 심판청구를 기각하는 결정이 내려졌다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4, 8, 9, 11, 13, 14호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 이 사건 건물에는 공부상 등재되지는 않았지만 이 사건 건물 2층으로 올라가는 전용 계단(3.3㎡)이 1층 내부에 설치되어 있고, 3층 옥상에 옥탑방(17.88㎡)이 설치되어 있으며, 이 사건 부속사(66㎡)도 폐 캐비넷과 농기구 등을 보관하면서 대부분 주택에 부속된 창고로 사용하였고, 66㎡ 중 4분의 1 정도만 조리시설이 설치되어 있었다. 따라서 이 사건 부속사의 4분의 3은 주택 면적에 포함되어야 하므로 주택 면적은 169.68㎡(= 이 사건 건물 2층 면적 99㎡ + 계단면적 3.3㎡ + 옥탑 건물면적 17.88㎡ + 부속사 3/4 면적 49.5㎡)로 주택 외 면적 122.79㎡(= 이 사건 건물 1층 면적 99㎡ + 1층 확장 면적 7.29㎡ + 부속사 1/4 면적 16.5㎡)보다 크다. 설령 이 사건 부속사의 사용 용도가 불분명하다고 보더라도, 소득세법 기본통칙 89-154…11에 따라 주택 면적과 주택외 면적의 비율로 안분 계산하게 되면 주택 면적 155.18㎡(= 이 사건 건물 2층 면적 99㎡ + 계단면적 3.3㎡ + 옥탑 건물면적 17.88㎡ + 부속사 중 주택 안분 면적 35㎡), 주택 외 면적 137.29㎡(= 이 사건 건물 1층 면적 99㎡ + 1층 확장 면적 7.29㎡ + 부속사 중 주택외 안분 면적 31㎡)로 주택 면적이 더 크므로, 이 사건 건물 전체를 주택으로 보아야 한다. 결국 어느 모로 보나 이 사건 건물과 부속사 전체에 대하여 1세대 1주택 비과세 특례규정이 적용된다. 그럼에도 원고가 착오로 과다하게 신고ㆍ납부한 양도소득세 중 395,934,647원의 환급을 받기 위하여 한 경정청구를 거부한 피고의 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 소득세법 제88조 제7호는 ⁠“주택이란 허가 여부나 공부(公簿)상의 용도구분과 관계없이 사실상 주거용으로 사용하는 건물을 말한다. 이 경우 그 용도가 분명하지 아니하면 공부상의 용도에 따른다.”라고 규정하고 있다. 한편 소득세법 시행령(2021. 5. 4. 대통령령 제31569호로 개정되기 전의 것) 제154조 제3항은 ⁠“법 제89조 제1항 제3호를 적용할 때 하나의 건물이 주택과 주택외의 부분으로 복합되어 있는 경우와 주택에 딸린 토지에 주택외의 건물이 있는 경우에는 그 전부를 주택으로 본다. 다만, 주택의 연면적이 주택 외의 부분의 연면적보다 적거나 같을 때에는 주택외의 부분은 주택으로 보지 아니한다”라고 규정하고 있다.

2) 앞서 든 증거와 을 제1, 2호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 이 사건 부속사에는 주방의 환기시설로 사용된 것으로 보이는 배관이 설치되어 있고, 원고도 이 사건 부속사 4분의 1 정도에 조리시설이 설치되어 있었다는 점은 인정하고 있는 점, 이 사건 부속사에 식자재 박스가 여럿 적치되어 보관되기도 하였던 점, 이 사건 음식점에 관하여 작성된 여러 인터넷 리뷰에 따르면 이 사건 건물 1층과 이 사건 부속사가 맞닿아 트여 있고, 이 사건 건물 1층에서 이 사건 부속사를 바라볼 경우 이 사건 부속사 위치에 반찬그릇 등 식기와 기타 필요한 물품을 놓는 보조 작업대로 가로막혀 있으며, 가스시설 등 다른 조리시설은 보이지 않아 실제로 이 사건 음식점의 조리 작업이 이루어지는 공간은 보조 작업대 뒤에 설치되어 있을 것으로 보이는데, 이 경우 조리 작업이 원활하게 이루어지기 위하여는 조리대 외에도 여유 공간이 상당 부분 필요할 것으로 보이는 점, 원고는 1998년 이 사건 음식점을 개업할 당시부터 2021년경 폐업할 시점까지 부가가치세 신고 당시 이 사건 부속사를 이 사건 음식점의 사업장 면적에 포함하여 신고하였고, 이 사건 부속사를 양도한 후 이 사건 부속사에 대하여 세금계산서를 발행하여 부가가치세 신고를 마치기도 한 점, 이 사건 건물 및 부속사를 매수한 공유지분권자 안**은 이 사건 부속사가 철거되기 전 사용 현황에 대해 피고로부터 유선 질의를 받고 주방으로 사용하였다는 진술을 한 바 있고, 피고가 2022. 3. 29. 이 사건 건물을 철거하고 커피숍 용도 건물을 신축하는 현장에 방문한 결과 현장소장 이**으로부터 이 사건 부속사는 철거 전 이 사건 건물과 사이에 지붕을 얹고 주방으로 사용되었다는 진술을 확인하였던 점 등에 비추어 보면, 실제로 이 사건 음식점의 영업을 위한 조리공간으로 이 사건 부속사의 대부분이 사용되었을 것으로 추단된다. 여기에다가 원고는 언론 매체를 통해 ⁠‘이 사건 음식점에서 제공하는 15가지 이상의 상차림 반찬은 식당 앞 텃밭에서 직접 재배한 싱싱한 재료들이다’라고 홍보하여 왔으므로(피고가 변론 종결 후에 제출한 2023. 12. 5.자 참고자료 참조), 원고가 이 사건 부속사에 보관한 농기구도 이 사건 식당의 영업을 위하여 사용된 것으로 볼 여지가 충분한 점까지 보태어 보면, 원고가 제출한 증거들만으로는 위 인정을 뒤집고 이 사건 부속사의 1/4 부분만 이 사건 음식점의 영업을 위한용도로 사용되었다거나 이 사건 부속사의 용도가 불분명하다고 인정하기에는 부족하다.

3) 결국 이 사건 건물에 관하여 1세대 1주택 비과세 요건을 충족하지 못하였다고 보아 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 청주지방법원 2023. 12. 07. 선고 청주지방법원 2023구합50801 판결 | 국세법령정보시스템