요지

이 사건 토지가 조세특례제한법 제69조 제1항 단서규정이 적용되는지 여부

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지 

   피고가 2021. 2. 24. 원고에 대하여 한 2018년 귀속 양도소득세 17,483,015원의 경정거부처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

  가. 경기도지사는 2010. 3. 15. 평택시 BB동 *** 답 4,093㎡(이하 ⁠‘이 사건 토지’라

한다)를 제2종 일반주거지역으로 변경하는 내용이 포함된 CC DDDDD 일반산업단지

계획[사업시행자: eee 주식회사(이하 ⁠‘eee’이라 한다), 이하 ⁠‘이 사건 산업단지계획’이라

한다]을 승인․고시하였으나, 2014. 4. 11. 위 승인 및 사업시행자 지정 등을 취소하였다.

  나. eee은 이에 불복하여 2014. 5. 19. 경기도지사를 상대로 위 승인취소 등의 취소를

구하는 소를 제기하였고(수원지방법원 20**구합****호), 위 법원은 2014. 6. 3.경 위

승인취소 등의 효력정지결정을 하였는데(수원지방법원 20**아***호), 그 후 경기도지사는

위 법원의 2016. 5. 17.자 조정권고에 따라 2016. 6. 27. 위 승인취소 등을 철회하였다.

  다. 한편 원고와 GGG, HHH, JJJ, YYY, UUU는 망 OOO(이하 ⁠‘망인’이라 한다)의

배우자 및 자녀들로서 2016. 2. 3. 망인 소유의 이 사건 토지를 상속재산협의분할을 통해

각 1/6 지분씩 취득한 후, 2018. 10. 11. fff에게 공공용지의 협의취득을 원인으로 하여

양도하였다.

  라. 이후 원고는 감면세액 2,258,430원, 납부할 세액 20,325,880원으로 2018년 귀속

양도소득세를 신고하였다가, 2020. 12. 10. 피고에게 구 조세특례제한법(2018. 12. 24.

법률 제16009호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제69조 제1항에 따른 자경농지 감면 을 적용하여 2018년 귀속 양도소득세 17,483,015원의 경정을 구하는 청구를 하였다.

  마. 피고는 2021. 2. 24. 이 사건 토지가 주거지역에 편입된 이후에 원고가 토지를

취득한 것이어서 위 조항에 따른 감면세액이 없다는 이유로 경정청구를 거부하였다(이하

‘이 사건 처분’이라 한다).

  바. 원고는 이에 불복하여 2021. 5. 4. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판

원은 2021. 12. 27. 심판청구를 기각하였다.

【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6, 8호증, 을 제2, 3, 5, 8, 9호증의 각 기재,

변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

  가. 원고의 주장

   다음과 같은 사유로 피고가 원고에 대하여 한 이 사건 처분은 조세법률주의, 평등권,

조세공평주의 및 실질과세의 원칙을 위반한 것으로 위법하다.

   1) 2010. 3. 15. 이 사건 산업단지계획 승인으로 이 사건 토지가 주거지역으로 편입

되었으나, 그 후 산업단지계획 승인 및 지정 등이 취소됨으로써 이 사건 토지는 기존

용도지역으로 환원되었다. 그 후 2016. 6. 27. 이 사건 산업단지계획 승인취소가 철회

되기는 하였으나, 행정처분의 철회에는 소급효가 없고 장래효만 있다. 따라서 이 사건

토지의 주거지역 편입일은 2016. 6. 27.로 보아야 하고, 원고는 위 편입일 이전에 이

사건 토지를 상속받았으므로 구 조세특례제한법 제69조 제1항 본문에 따라 양도소득세 는 전액 감면되어야 한다.

   2) 설령 그렇지 않더라도 이 사건 토지가 편입일로부터 양도일까지 3년을 도과하게

된 것은 사업시행자의 단계적 사업시행 및 보상지연으로 인한 것이므로, 이는 구 조세

특례제한법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30390호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)

제66조 제4항 제1호 단서 가목 내지 나목에 해당하여 구 조세특례제한법 제69조 제1항 본문의 감면대상이 된다.

   3) 이 사건 토지와 같은 수용대상 토지의 경우 주거지역 등에 편입된다고 하더라도

보상금 산정 시 ⁠‘공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률’에서 개발이익을

배제하고 종전의 용도지역으로 평가하도록 정하고 있어 농지로 평가할 수밖에 없고,

심지어 개발행위허가 제한지역으로 결정됨에 따라 재산권행사에 큰 제약이 생길 뿐 개발

이익을 누릴 방법이 없다. 따라서 이 사건 토지는 실질적으로 경제적 가치 면에서 농지 라고 보아야 한다. 따라서 구 조세특례제한법 제69조 제1항 단서의 입법취지를 고려하면,

위 규정은 환지방식의 개발사업이나 단순한 용도지역 변경에는 적용될 수 있다고 하더

라도, 이 사건과 같이 수용방식의 개발사업에는 적용될 수 없다.

  나. 관계 법령

   별지 관계 법령 기재와 같다.

  다. 판단

   1) 관련 법리

  구 조세특례제한법 제69조 제1항은 본문에서 농지 소재지에 거주하는 거주자가 8년

이상 직접 경작한 토지의 양도로 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 전부 면제한

다고 규정하면서도, 그 단서에서는 해당 토지가 그 단서에서는 해당 토지가 ｢국토의

계획 및 이용에 관한 법률｣에 따른 주거지역·상업지역 및 공업지역(이하 ⁠‘주거지역 등’

이라 한다)에 편입된 경우에는 주거지역 등에 편입된 날까지 발생한 소득으로서 대통

령령이 정하는 소득에 대해서만 양도소득세를 면제하도록 정하고 있다. 이처럼 구 조세

특례제한법 제69조 제1항 단서에서 본문에 의한 양도소득세의 면제범위를 제한한 것은,

농지가 주거지역 등에 편입된 후에는 개발이익이 발생하기 시작하여 경제적 가치면에서

사실상 농지 외의 토지와 다를 바 없게 되므로 그 부분까지 농지로서의 양도소득세 감면

혜택을 부여할 필요가 없기 때문이다(대법원 2017. 3. 30. 선고 2016두57038 판결 등

참조). 이러한 관계 규정의 내용과 관련 법리에 비추어 보면, 설령 농지가 구 조세특례

제한법 제69조 제1항 본문에서 정한 ⁠‘자경농지에 대한 양도소득세의 감면’ 요건을 모두

충족하였다고 하더라도, 그 감면되는 세액의 범위는 주거지역에 편입된 날까지 발생한

소득에 한정된다고 봄이 타당하다(대법원 2020. 9. 3. 자 2020두39358 판결, 대구고등

법원 2020. 5. 8. 선고 2019누4111 판결 참조).

   2) 구체적 판단

  위 인정사실과 앞서 든 각 증거에 의하면 알 수 있는 다음의 각 사정들을 종합하여

보면, 이 사건 토지가 주거지역에 편입된 이후에 원고가 토지를 취득한 것이어서 구

조세특례제한법 제69조 단서에 따른 감면세액이 없다는 이유로 경정청구를 거부한 이

사건 처분은 적법하고, 원고의 주장은 이유 없다.

   ① 2010. 3. 15. 이 사건 산업단지계획이 승인된 후 2014. 4. 11. 위 승인 및 사업

시행자 지정 등이 취소된 사실, 2014. 5. 19. 위 승인취소 등의 취소를 구하는 행정소

송이 제기되었고, 2014. 6. 3. 위 승인취소 등에 관한 법원의 ’효력‘정지결정이 내려진

사실, 이후 법원의 조정권고에 따라 2016. 6. 27. 위 승인취소 등이 철회된 사실은 앞

서 본 바와 같다. 따라서 위 승인취소 등의 효력은 발생하지 않게 되고, 승인취소의 효과로서 용도지역 환원 역시 아직 이루어졌다고 보기 어렵다.

   나아가 구 조세특례제한법 제69조 제1항 단서에서 본문에 의한 양도소득세의 면제

범위를 제한한 것은, 농지가 주거지역 등에 편입된 후에는 개발이익이 발생하기 시작

하여 경제적 가치 면에서 사실상 농지 외의 토지와 다를 바 없게 되므로 그 부분까지

농지로서의 양도소득세 감면혜택을 부여할 필요가 없기 때문이므로, 이러한 입법취지를

아울러 고려하면, 구 조세특례제한법 제69조 제1항 단서에 의하여 이 사건 토지가 주거

지역 등에 편입된 날은 이 사건 산업단지 계획이 승인․고시된 2010. 3. 15.로 봄이 상당

하다.

   ② 설령 원고가 주장하는 바와 같이 이 사건 산업단지계획의 사업면적은 4,824,912㎡,

토지소유자는 1,000명 이상으로 ⁠‘대규모개발사업’에 해당하고, 사업시행자의 예산부족

등으로 보상이 지연되어 ⁠‘공업지역으로 편입된 날로부터 3년’이 지나게 되었으므로, 구

조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 제1호 가목 또는 나목에 해당하여 구 조세특례

제한법 제69조 제1항 본문의 적용대상이 될 수 있다고 하더라도, 위 규정의 감면요건 에 대한 입증책임은 양도소득세의 감면을 주장하는 납세의무자에게 있는데(대법원1994.

10. 21. 선고 94누996 판결 등 참조), 이를 인정할 증거가 없다.

   나아가 해당 농지가 양도소득세 감면 대상(구 조세특례제한법 제69조 제1항 본문)이 라고 하더라도, 주거지역 등에 편입된 경우에는 구 조세특례제한법 제69조 제1항 단서 에서 정한 대로 ⁠‘주거지역 등에 편입된 날까지의 소득에 대한 세액만 감면’하는바, 앞서

본 바와 같이 이 사건 토지가 이미 주거지역 등으로 편입된 이후에 원고가 이를 취득

하였으므로 ⁠‘취득 후 주거지역에 편입될 때까지 농지의 양도로 발생한 소득’이 있을 수

없다. 또한 구 조세특례제한법 제69조 제1항 단서의 위임에 따른 같은 법 시행령 66조

제7항에서 정한 산정방식에 의하더라도, 이 사건 토지의 편입일(2010. 3. 15.)의 기준

시가는 취득일(상속일인 2016. 2. 3.)의 기준시가보다 낮으므로, 결국 감면 대상이 되는

소득액이 없어 감면할 세액도 없는 셈이 된다.

   ③ 한편 원고는 구 조세특례제한법 제69조 제1항 단서는 수용의 경우에는 적용되지

아니한다는 취지로 주장한다. 그러나 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석

할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고,

특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석

하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하는바(대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결

등 참조), 구 조세특례제한법 시행령 제66조 제7항에서 ⁠‘공익사업을 위한 토지 등의

취득 및 보상에 관한 법률’ 및 그 밖의 법률에 따라 ⁠‘협의매수되거나 수용되는 경우’를

명시하여 규정하고 있으므로, 원고가 주장하는 사정만으로 이를 제외시킬 수는 없다.

3. 결론

  그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2023. 04. 19. 선고 서울행정법원 2022구단52235 판결 | 국세법령정보시스템