요지

교부받은 토지의 면적이 환지처분에 의한 권리면적보다 증가 또는 감소된 경우에 토지의 취득의 취득시기 또는 양도시기는 환지처분의 공고가 있은 날의 다음날로 하여야 함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2022. xx. xx. 원고에 대하여 한 2020년 귀속 양도소득세 xx,xxx,xxx원의 환급을 구하는 경정청구에 대한 거부처분을 취소한다. 피고가 2022. xx. xx. 원고에 대하여 한 2021년 귀속 양도소득세 xx,xxx,xxx원의 환급을 구하는 경정청구에 대한 거부처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 2020년 귀속 양도소득세 중 xx,xxx,xxx원의 환급을 구하는 경정청구 부분

1) 원고는 ○○시 ○○동 ○○호, ○○아파트 ○○동 ○○호(이하 ⁠‘이 사건 종전주택’이라 한다)에 관하여 1996. xx. xx. 소유권이전등기를 마쳤다. 한편 ○○시장은 2015. xx. xx. 원고 등을 조합원으로 하는 ○○단지주택재건축정비사업조합(이하, ⁠‘이 사건 조합’이라 한다)에게 도시 및 주거환경정비법(이하 ⁠‘도시정비법’이라 한다)에 따른 주택재건축정비사업(이하, ⁠‘이 사건 사업’이라 한다)의 사업시행인가를 하였다. 원고는 이 사건 조합에게 이 사건 종전주택에 관하여 2016. xx. xx. 신탁을 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳐 주었다.

2) ○○시장은 2016. xx. xx. 이 사건 조합에게, 이 사건 조합이 ○○시 ○○동 ○○호 일원에서 정비건축물 ○○동 등을 건축하는 내용의 정비사업에 대한 관리처분계획 인가를 하였다. 원고는 그 무렵 이 사건 조합과 사이에 원고가 ○○시 ○○동 ○○호, ○○아파트 제○○동 ○○호(이하, ⁠‘이 사건 신축주택’이라 한다)를 공급받고, 총 분담금으로 –x,xxx,xxx원(xxx,xxx,xxx원 – xxx,xxx,xxx원)을 분담(원고가 이 사건 조합으로부터 xx,xxx,xxx원을 수령)하기로 하는 계약을 체결하였다.

3) 이 사건 조합은 2016년경 이 사건 사업을 위한 공사에 착공하여 2020. xx. xx.완공하였고, ○○시장은 2020. xx. xx. 이 사건 사업에 대한 준공인가 및 이전고시를 하였다.

4) 원고는 2020. xx. 또는 같은 해 xx.경 이 사건 조합으로부터 이 사건 종전주택과 이 사건 신축주택의 평가차액에 해당하는 xx,xxx,xxx원(위 종전주택 평가액xxx,xxx,xxx원 –위 신축주택 분양가액 xxx,xxx,xxx원, 이하 ⁠‘이 사건 청산금’이라 한다)을 청산금으로 지급받았고(원고가 이 사건 조합으로부터 이 사건 청산금을 수령한 반대급부를 이하 ⁠‘이 사건 양도’라 한다), 이 사건 신축주택에 관하여 ○○지방법원 ○○지원 ○○등기소 2020. xx. xx. 접수 제xxxxxx호로 소유권보존등기를 마쳤다.

5) 원고는 이 사건 청산금을 수령한 후 2020. xx. xx. 위 종전주택의 양도에 대하여 조정대상지역내 1세대 3주택으로서 중과세율(일반세율에 20% 가산)을 적용해 2020년 귀속 양도소득세 xx,xxx,xxx원을 신고․납부하였다. 이후 원고는 2021. xx. xx. 이 사건 종전주택의 관리처분계획인가일인 2016. xx. xx. 위 종전주택을 양도한 것으로 보아야 하므로, 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제11호에서 규정한 ⁠“조정대상지역의 공고가 있은 날(2017. 9. 6.) 이전에 해당 지역의 주택을 양도하기 위하여 매매계약을 체결하고 계약금을 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 주택”에 해당하고, 이에 따라 일반세율과 장기보유특별공제액을 적용하여 양도소득세 xx,xxx,xxx원을 환급하여 달라는 취지로 아래와 같이 경정청구를 하였다.

6) 피고는 원고가 위 종전주택의 평가액과 위 신축주택의 분양가액에 차이가 있어이 사건 청산금을 수령하였고, 이 사건 청산금에 상당하는 위 종전주택의 양도 시기는 이전고시일(2020. 10. 15.)의 다음날로 보아야 하므로, 위 종전주택은 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제11호에 따른 중과세 제외 주택에 해당하지 않는다고 보아 2022. xx. xx. 원고의 경정청구를 거부(이하 ⁠‘이 사건 1처분’이라 한다)하였다.

7) 원고는 이에 불복하여 2022. xx. xx. ○○지방국세청장에게 이의신청을 하였으나, 2022. xx. xx. 기각되었고, 2022. xx. xx. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나,2022. xx. xx. 기각되었다.

나. 2021년 귀속 양도소득세 중 xx,xxx,xxx원의 환급을 구하는 경정청구 부분

1) 원고는 2004. xx. xx. x억 x,xxx만 원에 취득한 ○○시 ○○동 ○○호, ○○아파트 ○○동 ○○호(이하 ⁠‘이 사건 아파트’라 한다)를 2020. xx. xx. 강BB, 채CC에게 xx억 x,xxx만원에 매도한 후 2021. xx. xx. 각 지분소유권이전등기를 마쳐주었고, 1세대 3주택자에 대한 양도소득세율을 적용하여 2021년 귀속 양도소득세 x억 x,xxx만 원을 신고 · 납부하였다.

2) 원고는 2021. xx. xx. 피고에게 2021년 귀속 양도소득세에 대한 경정청구서를 제출하면서 이 사건 아파트의 양도 당시 거주하던 임차인 한DD에게 지급한 위로금 xx,xxx,xxx원(이하 ⁠‘ 이 사건 위로금’이라 한다), 이 사건 아파트 취득시 구입한 국민주택채권(이하 ⁠‘이 사건 국민주택채권‘이라 한다)의 소멸시효가 경과하여 지급받지 못한 채권원금 x,xxx,xxx원 및 약정이자 x,xxx,xxx원의 합계액 x,xxx,xxx원, 이 사건 아파트 공사비용 x,xxx,xxx원을 양도가액에서 공제하는 필요경비로 인정하여 달라고 요청하였다.

3) 피고는 ⁠‘이 사건 위로금, 이 사건 국민주택채권의 원금 및 이자, 이 사건 아파트 공사비용을 소득세법에 열거된 양도가액에서 공제하는 필요경비로 인정할 수 없다’고 보아 2022. xx. xx. 원고에게 경정청구를 거부(이하 ⁠‘이 사건 2처분’이라 하고, 그 중 이 사건 위로금 관련 처분을 ⁠‘이 사건 위로금 관련 거부 처분’이라 한다)을 하였다.

4) 원고가 2022. xx. xx. 이에 불복하여 ○○지방국세청장에게 이의신청을 제기한 과, ○○지방국세청장은 2022. xx. xx. ⁠‘이 사건 아파트 공사비용 x,xxx,xxx원은 필요경비로 인정하고, 나머지 청구는 기각한다’고 일부 인용결정을 하였다. 이에 피고는 위 결정에 따라 2022. xx. xx. 이 사건 아파트 공사비용 9,290,000원을 필요경비로 인정하여, 2021년 귀속 양도소득세 x,xxx,xxx원의 환급을 결정하였다.

5) 원고가 위 결정에 대해 2022. xx. xx. 조세심판원에 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 2023. xx. xx. ⁠‘이 사건 국민주택채권의 원금 x,xxx,xxx원 중 원고가 제출한 증빙에 의해 해당 채권의 소멸시효 기간 내에 상환 받지 못하였다는 사실이 확인되는 금액인 x,xxx,xxx원만 필요경비로 인정하고, 나머지 청구는 기각한다’고 일부 인용결정을 하였다. 피고는 위 심판청구 결정에 따라 2023. xx. xx. 이 사건 국민주택채권 x,xxx,xxx원을 필요경비로 인정하여, 2021년 귀속 양도소득세 x,xxx,xxx원의 환급을 결정하였다.

6) 원고는 2023. xx. xx. 이 사건 위로금 관련 거부 처분에 관하여 불복하여 이 사건 소를 제기하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증, 을 제1 내지 7호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

가. 이 사건 1처분에 관하여

  이 사건 종전주택의 재건축사업 관리처분계획에 의해 이 사건 청산금이 결정된 것으로, 이 사건 종전주택에 관하여 과천시가 조정대상지역으로 지정․고시되기 전인2016. xx. xx. 관리처분계획인가 고시가 있었으므로, 위 종전주택은 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제11호에 해당한다. 따라서 장기보유특별공제를 하고, 일반세율을 적용하여야 함에도 피고가 1세대 3주택 중과세율을 적용한 것은 부당하다 할 것이므로, 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 1처분은 위법하다.

나. 이 사건 2처분 중 이 사건 위로금 관련 거부 처분에 관하여

  이 사건 아파트의 매수인이 원고에게 임대사업자등록 말소를 요구하여 부동산매매계약서에도 특약사항으로 원고가 임대사업자등록을 잔금시까지 해지할 것을 명시하였고, 위 등록말소를 위하여 임차인 한DD에게 동의를 요청하였으나 한DD이 이사비 등을 요구하며 이를 거부하여 부득이 원고는 한DD에게 이 사건 위로금 xx,xxx,xxx원을 지급할 수 밖에 없었다. 원고가 이 사건 아파트 양도 후 얼마 안되어 임차인 한DD이 이사를 나갔는바, 한DD은 위 아파트에서 퇴거하기 위하여 원고에게 위 위로금을 요구한 것이라고 봄이 상당하므로, 이 사건 위로금은 그 실질은 소득세법 시행령 제163조 제5항에서 말하는 양도자가 지출한 명도비용이라고 보아야 한다. 따라서 피고의 이 사건 위로금 관련 거부 처분은 위법하다.

3. 관련법령

별지 관련법령 기재와 같다.

4. 이 사건 1처분의 적법 여부

가. 인정사실

1) 원고와 배우자 이EE이 2020. xx. xx.자로 보유한 주택 현황은 아래 표와 같다.

2) 이 사건 종전주택 재건축사업과 이 사건 신축주택 준공인가 내역 등은 아래 표와 같다.

3) 원고는 이 사건 청산금을 이 사건 신축주택 준공인가일 이후 일괄 지급받았고, 2020. xx. xx. ○○단지주택재건축정비사업조합 이전고시에 따라 2020. xx. xx. 양도소득세를 신고․납부하였다가 피고에게 2021. xx. xx. 경정청구 하였으나, 2022. xx. xx. 경정청구 거부처분인 이 사건 1처분을 받았다.

4) 한편 구 소득세법(2017. 12. 19. 법률 제15225호로 개정된 것) 제104조 제1항제4호에 규정된 구 주택법(2017. 11. 10. 법률 제14866호로 개정된 것) 제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역은 국토교통부장관이 지정하는 것으로 되어 있고, 국토교통부장관은 2017. 9. 6. 서울전지역과 경기도 과천시 등을 조정대상지역을 공고하였는데, 그 효력은 공고일부터 발생하는 것으로 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1, 갑 제2 내지 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

나. 관련법리

구 소득세법 제104조 제7항은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10을 더한 세율을 적용하고, 제3호에 따라 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택은 100분의 20을 더한 세율을 적용하며, 같은 법 제95조 제2항에서 같은 법 제104조 제7항 각 호에 따른 자산으로서 조정대상지역의 1세대 3주택 대하여는 양도시 장기보유특별공제액을 배제하는 것으로 개정되면서 그 부칙 제1조에서 2018. 4. 1. 이후 양도 분부터 적용되는 것으로 규정하였고, 같은 법 시행령 제167조의3(2018. 10. 23. 대통령령 제29242호로 개정된 것) 제1항에서 ⁠“1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”은 국내에 주택을 3개 이상 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로, 조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 해당 지역의 주택을 양도하기 위하여 매매계약을 체결하고 계약금을 지급받은 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 주택은 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택에서 제외하도록 규정되었는데(제11호), 그 부칙 제5조에서 2018. 8. 28. 이후 양도 분부터 적용한다고 규정하였다.

다. 구체적인 판단

1) 이 사건 청산금이 이 사건 종전주택의 양도대가인지 여부

재건축조합의 조합원이 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 양도차익의 산정에 관하여 규정하고 있는 구 소득세법 시행령 제166조 제1항 제2호에 의하면, 청산금을 지급받은 주택재건축사업을 하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우에 양도차익을 계산함에 있어, 청산금을 지급받은 부분은 양도차익계산에 합산하지 않는 계산방식을 채택하고 있다. 이러한 규정은 구 소득세법령이 조합원입주권에 청산금을 지급받을 권리가 포함되어 있지 않다고 보고 있고, 기존 주택의 평가액 중 청산금을 수령한 부분은 주택의 일부 양도에 대가로 보고 있음을 뒷받침하고 있다.

2) 양도시기

가) 소득세법상 소득의 귀속시기를 정하는 원칙인 권리확정주의는 소득의 원인이 되는 어떤 거래로 인한 권리의 확정시기와 소득의 실현시기와의 사이에 시간적 간격이 있는 경우에는 과세상 소득이 실현된 때가 아닌 권리가 발생한 때를 기준으로 하여 그 때 소득이 있는 것으로 보고 당해 연도의 소득을 산정하는 방식으로, 실질적으로는 불확실한 소득에 대하여 장래 그것이 실현될 것을 전제로 하여 미리 과세하는 것을 허용하는 것으로 납세자의 자의에 의하여 과세연도의 소득이 좌우되는 것을 방지하고자 하는 데 그 의의가 있는 것이며, 이와 같은 과세대상 소득이 발생하였다고 하기 위하여는 소득이 현실적으로 실현되었을 것까지는 필요 없다고 하더라도 소득이 발생할 권리가 그 실현의 가능성에 있어 상당히 높은 정도로 성숙, 확정되어야 하고, 따라서 그 권리가 이런 정도에 이르지 아니하고 단지 성립한 것에 불과한 단계로서는 소득의 발생이 있다고 할 수 없으며, 여기서 소득이 발생할 권리가 성숙, 확정되었는지 여부는 일률적으로 말할 수 없고 개개의 구체적인 권리의 성질과 내용 및 법률상․사실상의 여러 사항을 종합적으로 고려하여 결정하여야 한다(대법원 2003. 12. 26. 선고 2001두7176 판결, 대법원 2011. 4. 28. 선고 2010두27622 판결 등 참조).

나) 구 소득세법 시행령 제162조 제1항 제9호는, ⁠‘「도시개발법」 또는 그밖의 법률에 따른 환지처분으로 인하여 취득한 토지의 취득시기는 환지전의 토지의 취득일로 한다. 다만, 교부받은 토지의 면적이 환지처분에 의한 권리면적보다 증가 또는 감소된 경우에는 그 증가 또는 감소된 면적의 토지에 대한 취득시기 또는 양도시기는 환지 처분의 공고가 있은 날의 다음날로 한다’라고 규정하고 있다. 그리고 구 소득세법 시행령 제152조는 환지처분을 ⁠‘「도시개발법」에 의한 도시개발사업, ⁠「농어촌정비법」에 의한 농업생산기반정비사업, 그밖의 법률에 따라 사업시행자가 사업완료 후에 사업구역 내의 토지소유자 또는 관계인에게 종전의 토지 또는 건축물 대신에 그 구역 내의 다른 토지 또는 사업시행자에게 처분할 권한이 있는 건축물의 일부와 그 건축물이 있는 토지의 공유지분으로 바꾸어 주는 것’으로 정하고 있다. 구 도시정비법 제87조는 이전고시에 의하여 취득하는 대지 또는 건물 중 토지 등 소유자에게 분양하는 대지 또는 건축물은 도시개발법상의 환지로 보며, 보류지와 일반에게 분양하는 대지 또는 건축물은 도시개발법에 의한 보류지 또는 체비지로 보도록 규정하고 있고, 같은 법 제69조 제2항은 구 도시개발법 제28조부터 제49조까지의 규정을 정비사업과 관련된 환지에 관하여 준용하도록 규정하고 있다.

다) 위와 같은 관계법령의 규정과 구 도시개발법상의 환지처분의 내용 및 구 도시정비법상의 청산금의 확정절차 등을 종합하여 보면, 구 도시정비법에서 조합원이 지급받는 청산금은 조합원의 종전 토지․건물의 면적이 감소한 경우에 환지처분으로서 발생하는 것과 그 실질을 같이 하므로 조합원이 수령한 청산금과 관련한 양도소득세 귀속시기 결정을 위한 자산의 양도시기는 이전고시일 다음날로 봄이 상당하다.

라) 따라서, 이 사건의 경우 이 사건 청산금과 관련한 자산의 양도시기는 이전 고시일 다음날인 2020. xx. xx.이 된다.

3) 장기보유특별공제의 적용 여부

구 소득세법 제95조 제2항에 의하면, 양도소득금액의 산정을 위해 양도차익에서 공제하는 장기보유특별공제액은 같은 법 제94조 제1항 제1호에 규정하는 자산으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 그 보유기간의 구분에 따라 계산한 금액을 말하는 것이나, 같은 법 제104조 제3항에 규정하는 미등기양도자산은 장기보유특별공제를 제외하는 것이 명백하고, 앞서 본 바와 같이 이 사건 양도가 같은 법 제104조 제7항 제3호에서 정한 대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도에 해당하는 경우인 이 사건에서 장기보유특별공제는 적용하지 아니함이 타당하므로, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

라. 소결론

따라서 이 사건의 경우, 이 사건 청산금은 이 사건 종전주택의 일부의 양도대가이고, 이 사건 청산금과 관련한 자산의 양도시기는 2020. xx. xx.이다. 그리고 원고는 이 사건 양도일인 2020. 10. 16.까지 이 사건 종전주택 이외에 2개의 주택을 소유하고 있었다. 이 사건 양도일 당시 이 사건 종전주택은 이 사건 사업의 시행으로 멸실되었다고 하더라도 이는 주택재건축사업의 특성에 기인한 것이고, 이 사건 청산금의 대가가 되는 이 사건 종전주택 중 일부에 대한 양도일 당시 원고가 이 사건 종전주택 이외에 2개의 주택을 소유하고 있는 이상, 1세대 3주택의 요건을 구비하고 있었다고 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 1처분은 적법하므로, 원고의 주장은 이유 없다.

5. 이 사건 위로금 관련 거부처분의 적법 여부

가. 인정사실

1) 원고는 2020. xx. xx. 강BB 등과 이 사건 아파트에 관한 매매계약을 체결하면서 아래와 같은 특약을 하였다.

2) 원고는 2020. xx. xx. 이 사건 아파트에 대한 임대사업자 말소신청을 하면서 ○○군청에 임차인 한DD 작성의 임대사업자 자발적 말소 신청에 따른 임차인 동의서, 2020. xx. xx. 한DD에게 이 사건 위로금을 이체한 거래내역서, 아래와 같이 한DD이 발행한 영수증을 첨부하여 제출하였다.

3) 원고에 대한 임대사업자등록은 2021. xx. xx. 말소되었고, 한DD은 이 사건 아파트에 관하여 강BB 등 명의의 지분소유권이전등기가 마쳐진 후 9개월이 지난 2021. 10. 25. 이 사건 아파트에서 전출하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제6 내지 10호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

나. 판단

1) 구 소득세법 제97조 제1항 3호에서는 양도가액에서 공제할 필요경비로 ⁠“양도비등으로 대통령령으로 정하는 것”을 규정하고 있고, 구 소득세법 시행령 제163조 제5항 제1호 라.목에서는 매매계약에 다른 인도의무를 이행하기 위하여 양도자가 지출하는 명도비용을 위 필요경비로 규정하고 있다.

2) 이 사건에 관하여 보건대, 위 인정사실에다가 위 각 증거들 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① 명도라 함은 부동산의 점유권 이전을 의미하므로, 원고가 임차인에게 지급한 이 사건 위로금이 명도비용에 해당하려면 위 아파트 양도 직전 임차인의 퇴거사실이 있어야 하나, 임차인 한DD은 이 사건 아파트에 대한 매수인 명의의 소유권이전등기가 마쳐진 2021. xx. xx.부터 전출신고를 한 2021. xx. xx.까지 x개월간 이 사건 아파트에서 계속 거주한 점, ② 이 사건 아파트 매매계약서의 특약사항에 임차인 퇴거에 관한 사항은 기재되어 있지 않고, 오히려 ⁠“매수자가 현세입자 전세(전세보증금 x억 x천만원과 전세만기 2022년 xx월 xx일)를 승계하는 조건으로 매매한다”고 명시되어 있는 점, ③ 원고는 임차인 동의없이 위 아파트에 대한 임대사업자등록을 말소하면 과태료가 부과된다는 사실을 알고 임차인의 동의를 얻고자 위 위로금을 지급한 것으로 보이는 점, ④ 원고가 2020. xx. xx. 임대사업자등록말소 신청을 하면서 연천군청에 제출한 한DD 발행의 영수증에 이 사건 위로금은 임대사업자 자발적 말소 신청에 임차인이 동의함으로 정히 영수한다고 기재 되어 있고, 그로부터 일주일후 원고의 사업자등록 말소가 이루어진 점 등에 비추어 보면, 이 사건 위로금은 구 소득세법 시행령 제163조 제5항 제1호 라.목에서 정한 명도비용이라고 인정하기 어렵고, 달리 이를 인정할 아무런 증거가 없다. 따라서 원고의 위 주장도 이유 없다.

6. 결 론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 모두 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

출처 : 의정부지방법원 2023. 10. 11. 선고 의정부지방법원 2023구단5422 판결 | 국세법령정보시스템