요지

피고들은 법원으로부터 변론종결에 이르기까지 원고가 불성실혐의로 세무조사대상자로 선정된 것을 증명할 수 있는 자료에 관한 제출요청에도 제출하지 않았고, 법원으로부터 문서제출명령까지 받았으나, 공공기관의 정보공개에 관한 법률 제9조 제1항 제5호에서 정한 ⁠‘공개될 경우 업무의 공정한 수행에 현저한 지장을 초래한다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 정보’에 해당한다며 제출을 거부하나, 인용문서가 비공개대상정보에 해당한다고 하더라도 특별한 사정이 없는 한 그에 관한 문서제출의무를 면할 수 없고, 이러한 자료가 공개될 경우 업무의 공정한 수행에 현저한 지장을 초래한다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 정보로 볼 수 없음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 제1심판결을 취소한다.

2. 피고 ○○세무서장이 2018. 9. 3. 원고에 대하여 한 2013년 귀속 종합소득세 48,206,430원, 2014년 귀속 종합소득세 42,549,850원, 2015년 귀속 종합소득세 38,973,980원, 2016년 귀속 종합소득세 40,803,740원 및 2017년 귀속 종합소득세 30,790,610원(각 가산세 포함)의 각 부과처분 및 피고 ○○세무서장이 2018. 9. 3. 원고에 대하여 한 2016년 제1기분 부가가치세 3,653,410원, 2016년 제2기분 부가가치세 3,754,180원(각 가산세 포함)의 각 부과처분을 모두 취소한다.

3. 소송 총비용은 피고들이 부담한다.

청구취지 및 항소취지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위 이 법원이 이 부분에 관하여 쓸 이유는, 제1심판결문 제3쪽 제7, 8행의 ⁠“피고 ○○세무서장은 2018. 6. 25.경부터 2018. 7. 14.경까지 원고에 대한 세무조사를 실시한 결과”부분을 ⁠“피고 ○○세무서장은 2018. 6. 25.경부터 2018. 7. 14.경까지 원고에 대한 세무조사(이하 ⁠‘이 사건 세무조사’라고 한다)를 실시한 결과”로 고치는 외에는, 제1심판결의 이유 부분 1.항 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

2. 이 사건 각 부과처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 요지

1) 원고는 집합건물법 제23조 제1항에 따라 당연 설립된 관리단으로서 구 소득세법 제2조 제3항에 따른 1거주자로 보는 법인 아닌 단체에 해당하므로, 구 소득세법 제6조 제1항에 따라 소득세 납세지는 그 단체의 주소지가 된다. 원고의 주소지 관할 세무서는 ○○세무서이므로 피고 ○○세무서장이 행한 이 사건 각 종합소득세 부과처분은 관할을 위반하여 이루어진 무권한자에 의한 처분에 해당하여 위법하다(이하 ⁠‘제1주장’이라 한다).

2) 피고 ○○세무서장은 구 국세기본법(2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것, 이하 별도의 표기가 없는 한 같다) 제81조의6 제2항 제1호의 사유가 있다고 보아 원고를 정기세무조사의 대상자로 선정하였는데, 원고는 2009년경 당연 설립되어 현재까지 회계감사에서 한정, 부적정 의견을 받은 바가 없고, 세금 신고 등 각종 행정 신고 의무를 위반한 적이 없으며, 행정법을 위반하여 과태료 및 처벌을 받은 사실이 없는바, 원고에게 어떤 ⁠‘불성실 혐의’가 있었는지 알 수 없다. 따라서 이 사건 각 부과처분은 그 대상자 선정이 적법하게 이루어지지 못한 하자가 있는 이 사건 세무조사에 기초하여 이루어진 것으로 위법하다(이하 ⁠‘제2주장’이라 한다).

3) 피고 ○○세무서장은 이 사건 각 종합소득세 부과처분을 하면서 납세의무자를 원고가 아닌 원고의 대표자인 박○○로 특정하였으므로, 이 사건 각 종합소득세 부과처분은 납세의무자를 잘못 지정하여 처분을 한 것으로 위법하다(이하 ⁠‘제3주장’이라 한다).

4) 세무공무원은 법령에서 정한 사유를 제외하고는 세무조사 진행 중에 세무조사의 범위를 임의로 확대할 수 없는 것인데, 피고 ○○세무서장은 이 사건 세무조사 종료 하루 전에 조사범위를 2016년 귀속 종합소득세에서 2013년 내지 2017년 귀속 종합소득세로 임의로 확대하였고, 이에 대한 사전통지 조차 하지 않았다. 위와 같이 위법한 세무조사에 기초하여 이루어진 이 사건 각 부과처분은 위법하다(이하 ⁠‘제4주장’이라 한다).

5) 원고가 형식적으로는 비과세되는 ⁠‘관리비 징수’와 일정 요건 하에 과세되는 ⁠‘주차장 수입료 징수’를 따로 하고 있는 것처럼 보이지만, 실질적으로는 입주자들로부터 여러 가지 명목의 관리비를 징수하여 상가를 관리하는 일만 하고 있을 뿐이므로, 주차비를 통하여 징수한 장기수선충당금 등은 관리단의 관리목적으로 입주자들로부터 지급받은 것으로서, 그 처분은 관리규약 및 관리단의 결의에 의하여 제한되며, 관리단이 해산될 경우 구분소유자들 및 입주자들에게 반환되어야 할 것으로 관리비의 일종으로 보아야 한다. 이처럼 관리목적으로 징수한 주차료 수입은 실비변상적 관리비에 해당하여 비과세대상일 뿐이지 사업소득에 포함된다고 볼 수 없다(이하 ⁠‘제5주장’이라 한다).

6) 이 사건 건물의 공용부분인 지하주차장도 이 사건 건물의 일부로서 쇼핑몰 시스템 유지비, 이 사건 건물의 공용전기료 등의 혜택을 받고 있으므로, 판매․관리비 중주차장 사업과 관련이 있는 부분은 소득세법상 필요경비로 인정하여야 하고, 부가가치세법상 매입세액공제를 허용하여야 한다(이하 ⁠‘제6주장’이라 한다).

나. 관계 법령

제1심판결문 ⁠[별지] 기재와 같다.

다. 제2주장에 관한 판단

1) 관련 법리

  구 국세기본법은 제81조의4 제1항에서 ⁠‘세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다’고 규정하고 있고, 제81조의3에서 ⁠‘세무공무원은 제81조의6 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 납세자가 성실하며 납세자가 제출한 신고서 등이 진실한 것으로 추정하여야 한다’고 규정하고 있다. 또한, 위와 같은 납세자에 대한 성실성 추정을 배제하고 세무조사를 개시할 수 있는 사유를 제81조의6에서 명시하고 있는데, 그 제2항에서 세무조사의 대상자를 정기선정할 수 있는 경우를, 그 제3항에서는 제2항에 따른 정기선정에 의한 조사 외에 세무조사를 할 수 있는 경우를 각 규정하고 있다.¹⁾

  나아가 헌법 제12조 제1항에서 규정하고 있는 적법절차의 원칙은 형사소송절차에 국한되지 아니하고 모든 국가작용 전반에 대하여 적용된다(헌법재판소 1992. 12. 24. 선고 92헌가8 결정, 헌법재판소 1998. 5. 28. 선고 96헌바4 결정 등 참조). 세무조사는 국가의 과세권을 실현하기 위한 행정조사의 일종으로서 과세자료의 수집 또는 신고내용의 정확성 검증 등을 위하여 필요불가결하며, 종국적으로는 조세의 탈루를 막고 납세자의 성실한 신고를 담보하는 중요한 기능을 수행한다. 이러한 세무공무원의 세무조사권의 행사에서도 적법절차의 원칙은 마땅히 준수되어야 한다.

  그런데 개별 세법상 질문․조사권이 규정되어 있는 이외에 국세기본법은 세무조사와 관련한 별다른 규정을 두지 아니하였다가, 1996. 12. 30. 법률 제5189호로 개정되면서 납세자의 권익 향상과 세정의 선진화를 위하여 ⁠‘납세자의 권리’에 관한 제7장의2를 신설하여 중복조사의 금지 규정과 납세자의 성실성 추정 등 규정을 처음으로 도입하였다.

  또한 2002. 12. 18. 법률 제6782호로 개정된 국세기본법은 세무조사의 공정성과 객관성을 확보하고, 세무조사가 과세목적 이외에 다른 목적으로 이용되거나 자의적인 세무조사권 발동으로 오․남용된다는 시비를 차단하고자 제81조의3 제1항에서 ⁠“세무공무원은 적정하고 공평한 과세의 실현을 위하여 필요한 최소한의 범위 안에서 세무조사를 행하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용하여서는 아니 된다.”는 규정을 신설하는 한편, 제81조의5 제2항에서 우선적으로 세무조사대상으로 선정할 수 있는 대상에 대하여, 같은 조 제3항에서는 제2항에 따른 세무조사 외에 세무조사를 할 수 있는 대상에 대하여 각 규정하였다(위 제81조의5는 2006. 12. 30. 법률 제8139호로 국세기본법이 개정되면서 제81조의6으로 이동하였다).²⁾

  이와 같이 구 국세기본법의 관련 규정 및 세무조사대상의 기준과 선정방식에 관한 구 국세기본법 제81조의6이 도입된 배경과 취지 등을 종합하여 보면, 구 국세기본법 제81조의6이 정한 세무조사대상 선정사유가 없음에도 세무조사대상으로 선정하여 과세자료를 수집하고 그에 기하여 과세처분을 하는 것은 적법절차의 원칙을 어기고 구 국세기본법 제81조의4와 제81조의6을 위반한 것으로서 특별한 사정이 없는 한 그 과세처분은 위법하다고 할 것이다(대법원 2014. 6. 26. 선고 2012두911 판결 등 참조).

  또한, 세무조사가 납세자의 재산권이나 영업에 미치는 막대한 영향, 과세관청이 함부로 세무조사를 하는 경우에 발생할 수 있는 각종 부작용 등에 비추어 보면, 세무조사는 위와 같이 법이 정한 사유에 해당하는 경우에 한하여 개시될 수 있고, 세무조사 개시 사유에 해당하는지 여부는 엄격하게 해석되어야 하며, 과세원인 및 과세표준금액 등 과세요건이 되는 사실에 대하여는 과세처분이 적법하다고 주장하는 피고들에게 증명책임이 있는 것이 원칙이므로, 적법하게 세무조사가 개시되었다는 점에 대한 증명책임 역시 피고들에게 있다고 보아야 한다.

나) 구체적 판단

  갑 제2호증의 기재에 변론 전체의 취지를 보태어 보면, 피고 ○○세무서장이 2018. 5. 31. 원고에게 2016. 1. 1.부터 2016. 12. 31.까지 과세기간에 해당하는 사업과 관련하여 세법에 따라 신고․납부의무가 있는 모든 세목에 대한 통합조사를 실시하겠다는 내용의 이 사건 세무조사 사전통지를 하면서, ⁠“국세기본법 제81조의6 제2항 제1호의 규정에 따라 국세청장이 납세자의 신고 내용에 대하여 정기적으로 성실도를 분석한 결과 불성실 혐의가 있다고 인정하는 경우에 해당하여 세무조사 실시”라고 조사대상 선정사유에 대하여 밝힌 사실은 인정된다.

  그러나 앞서 본 바와 같이 구 국세기본법 제81조의3에 따르면, 원고의 성실성은 추정되는 것인데, 피고들은 이 사건 변론종결일까지 원고의 신고내용에 대한 성실도 분석을 한 결과자료 제출을 거부하고 있는바, 원고의 불성실혐의가 인정될 수 없고, 그렇다고 원고에 대하여 구 국세기본법에 정한 다른 세무조사대상 선정사유가 있었다는 점에 관한 피고들의 주장․증명도 없다.

  따라서 이 사건 세무조사는 구 국세기본법에서 정한 세무조사대상 선정사유가 없음에도 위법하게 개시된 세무조사로 보아야 하고, 이에 기초한 이 사건 각 부과처분은 위법하다고 볼 수밖에 없다(특히 원고는 이 사건에서 앞서 본 바와 같이 이 사건 각 부과처분에 관한 여러 절차적, 실체적 위법을 지적하면서, ⁠“이처럼 중차대한 절차적 위법이 발생한 근본적인 원인은, 과세관청에서 원고와 다툼이 생긴 이후, 보복적으로 무리하게 세무조사를 진행하였기 때문으로 보인다”라는 취지로 주장하고 있는바, 원고를 세무조사대상으로 선정한 자료 제출의 필요성은 더욱 크다). 원고의 제2주장은 이유 있다.

  [정기선정 사유를 구체화한 국세청 훈령인 구 소득세사무처리규정(2018. 12. 31. 국세청훈령 제2277호로 개정되기 전의 것)은, 국세청장(소득세과장)은 개인납세자의 신고내용에 대한 성실도를 종합소득세․부가가치세 등 신고자료와 과세자료 등을 활용하여 전산시스템에 따라 평가함을 원칙으로 하되, 세무조사 또는 세원관리 결과 등에 따라 보완할 수 있고(제90조), 정기 조사대상자 선정 등에 활용하도록 신 고성실도 전산분석̇자료를 지방청장(개인납세2과장) 및 세무서장(소득세담당과장)에게 통보할 수 있으며(제91조), 정기조사대상은 전산에 의한 성실도 평가결과와 미조사연도 수 등 국세청이 별도로 정하는 선정기준에 따라 공정하고 객관적으로 선정하여야 하며, 종사 직원의 자의성을 배제하여야 한다(제93조)고 규정하고 있다.

  또한 다른 국세청 훈령인 조사사무처리규정(2019. 5. 1. 국세청훈령 제2305호로 개정되기 전의 것)은 조사대상자의 선정방법은 정기선정과 비정기선정으로 구분하고(제9조 제1항), 정기선정은 신고내용의 적정 여부를 검증하기 위하여 구 국세기본법 제81조의6 제2항에서 정한 범위에서 신고성실도 평가결과, 미조사연도 수 등을 기준으로 지방국세청장 또는 세무서장이 일괄하여 선정하며(제9조 제2항), 신고성실도는 법인세, 소득세, 부가가치세, 원천제세, 양도소득세 등의 신고사항과 각종 세원정보 등을 반영하여 전산시스템에 의하여 평가함을 원칙으로 하되, 세무정보자료 수집 등 세원관리 정̇보에 의한 평가로 보완할 수 있고(제10조 제1항), 전산시스템으로 신고성실도를 평가할 때에는 평가요소 및 가중치를 과학적이고 객관적인 방법으로 정하여야 한다(제10조 제2항)고 규정하고 있다.

  한편 국세청장은 구 국세기본법 제81조의6 제2항 제1호에 근거하여 매년 국세행정개혁위원회 공평과세실현분과위원회의 심의를 거쳐 개인 정기조사 대상자 선정계획을 수립한 후 각 지방국세청과 세무서에 제공할 필요가 있는 부분을 정기조사대상 선정지침으로 작성하여 배부하고, 국세청장은 개인 정기조사 대상자 선정계획에 따라 성실신고확인대상사업자 중 성실신고확인서를 제출하지 않은 사업자의 신고내용에 대한 성실도를 국세청 전산시스템(NTIS)에 의해 평가항목별로 배점을 부여하여 평가하며, 전̇산̇시̇스템에̇ 의한̇ 평가결과는 정기조사대상 선정지침과 함께 각 지방청에 통보된다. 또한, 각 지방국세청장은 국세청 전산시스템의 평가결과와 정기조사대상 선정지침에 따라 성실신고확인서 미제출 사업자를 각 세무서별 배분하고, 각 세무서장은 검증필요성(배점)이 높은 순으로 분석보고서를 작성한 후 조사대상 후보자를 선정하여 각 지방국세청장에게 보고하고, 각 세무서장으로부터 조사대상 후보자를 보고받은 각 지방국세청장은 조사대상 후보자에 대하여 정기선정 제외기준을 적용하고 선정인원을 세무서별로 조정하여 조사대상을 확정한다.

  그런데 이 사건에 있어 ○○지방국세청장이 원고 또는 박○○의 신고 내용에 대한 성실도를 전산시스템에 따라 평가한 결과뿐만 아니라, 각 세무서로부터 보고받은 세원관리 결과 등에 따른 보완 과정을 거쳐 원고를 세무조사대상으로 선정하였다는 사실을 추단하게 하는 아무런 자료가 제출되지 않았다.

  특히 피고들은 이 법원으로부터 변론종결에 이르기까지 원고가 불성실혐의로 세무조사대상자로 선정된 것을 증명할 수 있는 자료에 대한 제출을 수차례 요청받았으나, 이를 제출하지 아니하였다.

  또한, 국세청장, ○○지방국세청장은 이 법원으로부터 문서제출명령까지 받았으나, 위 각 문서제출명령에 관하여 ⁠“공공기관의 정보공개에 관한 법률(이하 ⁠‘정보공개법’이라 한다) 제9조 제1항 제5호에서 정한 ⁠‘공개될 경우 업무의 공정한 수행에 현저한 지장을 초래한다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 정보’에 해당한다”는 이유로, 그 제출을 거부하였다. 그러나 행정소송법 제8조 제2항이 준용하는 민사소송법 제344조 제1항 제1호의 문언, 내용, 체계와 입법 목적 등에 비추어 볼 때, 인용문서가 공무원이 그 직무와 관련하여 보관하거나 가지고 있는 문서로서 정보공개법 제9조에서 정하고 있는 비공개대상정보에 해당한다고 하더라도, 특별한 사정이 없는 한 그에 관한 문서 제출의무를 면할 수 없을 뿐만 아니라(대법원 2011. 7. 6. 자 2010마1659 결정 참조), 이 법원은 위 각 문서제출명령을 하면서 당초 원고가 그 제출명령을 신청하였던 ⁠“성실도분석 기준과 관련된 내부 지침” 등은 문서제출명령 대상에서 제외하였고, 원고 또는 박영조에 대한 성실도 분석 자료나 조사대상 선정검토표로 한정하여 문서제출명령을 하였는바, 이러한 자료가 공개될 경우 업무의 공정한 수행에 현저한 지장을 초래한다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 정보로 볼 수도 없다.]

라. 소결론

  이 사건 각 부과처분이 세무조사대상 선정에 위법이 존재하는 이 사건 세무조사에 근거하여 이루어진 이상, 이 사건 각 부과처분은 그 적법성을 다투는 원고의 제1, 3 내지 6주장의 당부에 관하여 굳이 더 나아가 살펴볼 필요도 없이 위법하여 취소되어야 한다.

3. 결론

  그렇다면 원고의 청구는 이유 있어 이를 모두 인용하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론이 달리하여 부당하므로, 원고의 항소를 받아들여 제1심판결을 취소하고 이 사건 각 부과처분을 취소하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

1) 구 국세기본법 제81조의6(세무조사 관할 및 대상자 선정)

② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에 정기적으로 신고의 적정성을 검증하기 위하여 대상을 선정(이하 "정기선정"이라 한다)하여 세무조사를 할 수 있다. 이 경우 세무공무원은 객관적 기준에 따라 공정하게 그 대상을 선정하여야 한다.

 1. 국세청장이 납세자의 신고 내용에 대하여 과세자료, 세무정보 및 ⁠「주식회사의 외부감사에 관한 법률」에 따른 감사의견, 외부감사 실시내용 등 회계성실도 자료 등을 고려하여 정기적으로 성실도를 분석한 결과 불성실 혐의가 있다고 인정하는 경우

 2. 최근 4과세기간 이상 같은 세목의 세무조사를 받지 아니한 납세자에 대하여 업종, 규모, 경제력 집중 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고 내용이 적정한지를 검증할 필요가 있는 경우

 3. 무작위추출방식으로 표본조사를 하려는 경우

③ 세무공무원은 제2항에 따른 정기선정에 의한 조사 외에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 세무조사를 할 수 있다.

 1. 납세자가 세법에서 정하는 신고, 성실신고확인서의 제출, 세금계산서 또는 계산서의 작성ㆍ교부ㆍ제출, 지급명세서의 작성ㆍ제출 등의 납세협력의무를 이행하지 아니한 경우

 2. 무자료거래, 위장ㆍ가공거래 등 거래 내용이 사실과 다른 혐의가 있는 경우

 3. 납세자에 대한 구체적인 탈세 제보가 있는 경우

 4. 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

 5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우

2) 구 국세기본법(2006. 12. 30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것) 제81조의5(납세자의 성실성 추정 및 세무조사)

② 세무공무원은 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 우선적으로 세무조사대상으로 선정하여 납세자가 제출한 신고서 등의 내용에 관하여 세무조사를 할 수 있다.

 1. 납세자가 세법이 정하는 신고, 세금계산서 또는 계산서의 작성ㆍ교부ㆍ제출, 지급조서의 작성ㆍ제출 등의 납세협력의무를 이행하지 아니한 경우

 2. 무자료거래, 위장ㆍ가공거래 등 거래내용이 사실과 다른 혐의가 있는 경우

 3. 납세자에 대한 구체적인 탈세제보가 있는 경우

 4. 신고내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할만한 명백한 자료가 있는 경우

 5. 국세청장이 납세자의 신고내용에 대한 성실도 분석결과 불성실혐의가 있다고 인정하는 경우

③ 세무공무원은 납세자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 신고내용의 정확성 검증 등을 위하여 필요한 최소한의 범위안에서 세무조사를 할 수 있다.

 1. 최근 4과세기간(또는 4사업연도) 이상 동일세목의 세무조사를 받지 아니한 납세자에 대하여 업종, 규모 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 신고내용의 적정성 여부를 검증할 필요가 있는 경우

 2. 무작위추출방식에 의하여 표본조사대상으로 선정된 경우

출처 : 서울고등법원 2023. 01. 27. 선고 서울고등법원 2021누63008 판결 | 국세법령정보시스템