요지

구 국세기본법 제26조2 제2항 제5호에서 규정하고 있는 ⁠‘판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위’는 모든 행위를 의미 하는 것이 아니라 판결과 같은 효력을 갖는 행위만 포함된다고 해석함이 상당하고, 이 사건 선행소송은 조정권고에 따라 종결되어 확정판결이 존재한다고 볼 수 없으므로, 이 사건 처분은 특례제척기간을 적용할 수 없음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고가 2020. x. x. 원고에 대하여 한 2012년도 귀속분 양도소득세 x,xxx,xxx원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

  주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

  가. 원고는 20x5. x. xx.부터 20x2. x. xx.까지 OOOOO 연구개발 등을 목적으로 설립된 주식회사 bbb(변경된 상호는 주식회사 gggg로서 이하 ⁠‘bbb’이라 한다)의 대표이사이자 bbb의 주식 약 7.4%를 소유한 최대주주인 주식회사 ccccccccc의 최대주주였다.

  나. bbb은 2009. xx. xx. 권면총액 xx억 원의 신주인수권부사채(이하 ⁠‘이 사건 신주인수권부사채’라 한다)를 발행하였고, 같은 날 이를 전부 취득한 주식회사 cc은행은 바로 다음날인 같은 달 xx. 신주인수권을 분리하여 dd증권 주식회사에 매도하였으며, 원고는 2009. xx. xx. dd증권 주식회사로부터 권면총액 xx억 원의 신주인수권(이하 ⁠‘이 사건 신주인수권’이라 한다)을 x억 x,xxx0만 원에 매수하였다.

  다. 원고는 2012. xx. x.과 같은 달 xx. 두 번에 걸쳐 1주당 행사가격 xxx원에 이 사건 신주인수권을 행사하여 bbb 주식 x,xxx,xxx주(이하 ⁠‘이 사건 주식’이라 한다)를 취득하였고, 2012. xx. xx.부터 2012. xx. xx까지 이 사건 주식을 코스닥시장 장내에서 매각하였다.

  라. 원고는 2013. x. xx. 이 사건 주식의 취득과정에서 xx,xxx,xxx,xxx원 상당의 증여이익이 발생하였다고 보아 x,xxx,xxx,xxx원의 증여세를 신고ㆍ납부하는 한편 위 증여이익을 주식 양도에 대한 필요경비(취득가액)로 산입하여 양도소득세 xxx,xxx,xxx원을 신고·납부하였다. 피고는 2013. xx. xx. 원고에게 증여세 신고내역이 적정하여 별도로고지할 세액이 없다는 내용의 통지(이하 ⁠‘선행 증여세 부과처분’이라 한다)를 하였다.

  마. 원고는 피고의 선행 증여세 부과처분에 대하여 불복하여 그 취소를 구하는 소송을 제기하였고, 1심(서울행정법원 2014구합xxxxx)과 항소심(서울고등법원 2015누xxxxx)에서는 패소하였으나, 상고심(대법원 2016두xxxxx)에서 위 증여이익은 증여세 과세대상이 아니라는 이유로 파기환송되었다. 파기환송 후 항소심(서울고등법원 2019누xxxxx) 진행 중 ⁠‘피고는 이 사건 증여세부과처분을 취소하고, 피고의 처분 후 원고는 곧바로 이 사건 소를 취하하며, 피고는 이에 동의한다.’는 내용의 조정권고(이하 ⁠‘이 사건 조정권고’라 한다)가 이루어졌고, 이 사건 조정권고에 따라 피고가 이 사건 증여세부과처분을 취소하고 원고의 소취하로 위 소송은 종료되었다(이하 선행 증여세 부과처분에 관한 재판을 통칭하여 ⁠‘이 사건 선행재판’이라 한다).

  바. 피고는 이 사건 선행재판에서 선행 증여세 부과처분이 취소되었으므로 원고가 이 사건 주식 양도에 대한 양도소득세 신고시 이 사건 주식의 취득가액에 가산한 증여재산가액 xx,xxx,xxx,xxx원을 취득가액에서 제외하고 과세표준 및 세액을 다시 산정하여야 한다고 보아, 2020. x. x. 원고에 대하여 2012년도 귀속 양도소득세x,xxx,xxx,xxx원(가산세 포함)의 부과처분(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.

  사. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 20xx. x. x. 원고의 청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑1 내지 6호증, 을1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

  가. 원고 주장의 요지

  이 사건 처분은 구 국세기본법(2017. 12. 19. 법률 제15220호로 개정되어 2019.12. 31. 법률 제16841호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)1) 제26조의2 제1항에 따른 부과제척기간을 도과하여 이루어진 것으로서 아래에서 보는 바와 같이 구 국세기본법 제26조의2 제2항 제1호 내지 제5호의 특례제척기간의 적용대상이 아니다. 따라서 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

    1) 이 사건 처분은 선행처분과 과세대상, 세목 등 과세단위가 다르고, 기초적 사실관계가 다르므로, 동일한 과세단위를 전제로 한 구 국세기본법 제26조의2 제2항 제1호가 적용될 수 없다. 또한 위 조항은 확정된 판결을 전제로 하는데 이 사건 처분은 그에 앞선 확정된 판결이 존재하지 않으므로 이러한 측면에서도 구 국세기본법 제26조의2 제2항 제1호의 적용대상이 될 수 없다.

    2) 구 국세기본법 제26조의2 제2항 제5호는 구 국세기본법 제45조의2 제1항 제1호의 후발적 경정청구 사유와 동일한 의미로 해석되어야 한다. 또한 판례에 의할 때, 위 조항이 정하고 있는 ⁠‘최초의 신고·결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결’에는 ⁠‘민사판결’만이 포함되고 법령에 대한 해석이 달라지는 판결은 포함되지 않는다 할 것인데 이 사건 선행재판은 민사판결에 해당하지 않을 뿐더러 선행처분에 관한 법률적 평가만을 달리하였으므로 결국 구 국세기본법 제26조의2 제2항 제5호가 정하고 있는 ⁠‘판결’이 존재하지 않는다. 또한 위 조항 역시 확정된 판결을 전제로 하는데 이 사건 조정권고는 확정판결에 해당하지 않는다.

    3) 2021. 12. 21. 법률 제18586호로 개정된 국세기본법이 과세표준 또는 세액과 연동된 다른 세목에 대하여도 특례제척기간을 적용할 수 있는 내용이 담긴 제26조의2제2항 제1호의2를 추가하였는바, 위 개정 취지를 고려하면, 개정 전 국세기본법에 대한 해석론으로는 다른 세목의 과세표준에 대해서는 특례제척기간을 적용할 수 없다.

    그럼에도 피고가 개정 전 구 국세기본법 제26조의2 제2항 제5호의 형식을 빌려 이 사건 처분을 한 것은 소급과세금지의 원칙에 위반되어 위법하다.

  나. 관계 법령

  별지 기재와 같다.

  다. 판단

    1) 일반 부과제척기간의 도과여부

    구 소득세법(2013. 1. 1. 법률 제11611호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 소득세법’이라 한다) 제97조 제1항 제1호 가목은 거주자의 양도차익을 계산할 때 공제되어야 하는 필요경비로 양도가액에서 자산 취득에 든 실지거래가액을 규정하고 있고, 같은 조 제5항은 취득에 든 실지거래가액의 범위, 증여세 상당액 계산 등 필요경비의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다고 규정하고 있다. 위 위임을 받은 구 소득세법 시행령(2013. 1. 16. 대통령령 제24315호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 국세기본법 시행령’이라 한다) 제163조 제10항 제1호는 상속세 및 증여세법 제33조부터 제42조까지 및 제45조의3에 따라 증여세를 과세받은 경우에는 해당 증여재산가액(같은 법 제45조의3에 따라 증여세를 과세받은 경우에는 증여의제이익을 말한다) 또는 그 증·감액을 취득가액에 더하거나 뺀다고 규정하고 있다. 즉, 소득세법은 증여받은 재산을 양도한 경우 법에 따라 증여세 과세대상 증여재산가액을 고려하여 양도자산의 양도소득세 과세표준 및 세액을 산정하도록 규정하고 있다. 그런데 앞서 인정사실에서 본 바와 같이 이 사건 선행재판 과정에서 이 사건 신주인수권 행사로 인한 이익이 상속세 및 증여세 법에 따른 증여세 과세처분의 대상에 해당하지 않는다는 판단이 이루어졌으므로, 결국 이 사건 신주인수권 행사로 인한 이익에 해당하는 증여재산가액 상당은 이 사건 주식 의 양도로 인한 양도소득세 산정과정에서 필요경비로 산입될 수 없다.

    한편 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호, 제5항, 구 국세기본법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29534호로 개정되기 전의 것) 제12조의3 제1항 제1호에 의하면, 과세표준과 세액을 신고하는 국세는 납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우 및 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에 해당하지 아니하면 당해 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한의 다음 날로부터 5년이 만료된 날 후에는 부과할 수 없는바, 앞서 든 증거들에 의하면, 원고가 이 사건 주식을 2012. xx. xx.부터 같은 해 xx. xx.까지 양도한 사실이 인정되고, 이에 대한 양도소득세 확정신고기한은 2013. 5. 31.이므로 결국 이 사건 주식에 대한 양도소득세의 부과제척기간은 과세표준 신고기한 다음날인 2013. 6. 1.부터 5년간이다. 그럼에도 이 사건 처분은 2013. 6. 1.부터 5년이 경과하였음이 역수상 명백한 2020. x. x.에서야 이루어졌으므로, 특별한 사정이 없는 한 이 사건 부과처분은 부과제척기간이 도과된 후에 이루어진 것으로서 무효이다.

    2) 특례제척기간 적용 여부

      가) 피고의 주장

      이 사건 주식에 대한 양도소득세의 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위에 해당하는 이 사건 신주인수권 행사에 대하여 이루어진 이 사건 선행재판에서 이 사건 신주인수권 행사에 대하여는 증여세를 과세할 수 없다는 판단이 이루어져 확정되었고 그로 인하여 기존 양도소득세의 과세표준 및 세액이 달라질 필요가 발생하였으므로, 이 사건 처분에 대하여는 구 국세기본법 제26조의2 제2항 제5호의 특례제척기간이 인정된다. 또한 이 사건 주식에 대한 양도소득세는 법령에 따라 증여세 과세대상인 증여재산가액과 연동되어 있고, 이 사건 선행재판에서 이루어진 대법원의 환송판결은 종국판결로서의 의미가 있으므로 구 국세기본법 제26조의2 제2항 제1호에 따른 특례제척기간도 적용될 수 있다.

      나) 구체적 판단

        (1) 구 국세기본법 제26조의2 제2항 제1호는 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구, 감사원법에 따른 심사청구 또는 행정소송법에 따른 소송에 대한 결정이나 판결이 확정된 경우 그 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년의 기간이 지나기 전에 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다고 규정하고 있고, 같은 항 제5호는 ⁠‘최초의 신고·결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그 거래·행위 등과 관련된 소송에 대하여 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다. 이하 ’이 호에서 같다)에 의하여 다른 것을 확정된 경우에는 판결이 확정된 날부터 1년의 기간이 지나기 전에 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다고 규정하고 있다.

        즉, 특례제척기간의 적용을 위하여 구 국세기본법 제26조의2 제2항 제1호는 선행 처분에 대한 결정 또는 판결이 확정될 것을, 같은 항 제5호는 과세표준 및 세액의 근거가 된 거래 또는 행위와 관련된 소송에 대한 판결 내지 판결과 같은 효력을 가지는 그 밖의 행위가 확정될 것을 각 요구하고 있다.

        (2) 민사소송법 제498조는 판결은 상소를 제기할 수 있는 기간 또는 그 기간 내에 적법한 상소제기가 있을 때에는 확정되지 아니한다고 규정하고 있는바, ⁠‘판결의 확정’은 법원이 한 종국판결에 대하여 당사자의 불복으로 상소법원에 의하여 취소할 수 없게 된 상태를 말한다 할 것이다. 이 사건으로 돌아와 보건대, 앞서 살핀 바와 같이 원고가 제기한 선행 증여세 부과처분 취소소송에서 대법원이 2019. x. xx. 원고 승소 취지의 파기환송 판결을 선고하였고, 파기환송심에서 이루어진 이 사건 조정권고에 따라 원고가 위 소를 취하함으로써 이 사건 선행재판이 종료되었으므로, 결국 선행 증여세 부과처분과 관련한 확정판결은 존재하지 아니한다(피고는 파기환송판결도 기속력을 가지는 종국판결이므로 확정판결로 볼 수 있다고 주장하지만 종국판결은 당해 심급의 심리를 완결하여 사건을 당해 심금에서 이탈시킨다는 의미를 가질 뿐이어서 위 주장은 이유 없다).

        한편 구 국세기본법 제26조2 제2항 제5호에서 판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다고 규정하고 있는데, ⁠‘판결과 같은 효력을 가지는’이라는 부분이 ⁠‘화해나 그 밖의 행위’를 수식하고 있으므로 위 규정에서 말하는 ⁠‘그 밖의 행위’라 함은 관련 소송과 관련된 모든 행위를 의미하는 것이 아니라 판결과 같은 효력을 갖는 행위만 포함된다고 해석함이 상당하다. 그런데 이 사건 선행재판은 파기환송심에서 ⁠‘피고는 이 사건 증여세부과처분을 취소하고, 피고의 처분 후 원고는 곧바로 이 사건 소를 취하하며, 피고는 이에 동의한다.’는 내용의 조정권고가 이루어져 피고가 이 사건 증여세부과처분을 취소하고 원고가 소를 취하함으로써 종결되었고, 실무상 조세항고소송에서 이루어지는 조정권고는 법률상 조정이 아닌 사실상 조정에 불과하여 ⁠‘판결과 같은 효력’을 갖는다고 볼 수 없으므로(그 내용도 양측에 조정을 권고하는 것에 불과하여 조정권고의 확정이라는 개념도 상정할 수 없다), 판결과 같은 효력을 가지는 그 밖에 행위가 존재한다고도 볼 수 없다.

        (3) 피고는 이 사건 선행 재판에서 이루어진 대법원의 판기환송판결 및 이 사건 조정권고에 의하여 소송이 종료된 것을 구 국세기본법 제26조의2 제2항 제5호에 포함되지 않는다고 해석할 경우 동일한 사안에 대하여 조정권고안을 수용하지 않아 판결을 선고받은 납세자에게는 특례제척기간이 적용되고, 조정권고안을 수용한 납세자에 대하여는 특례제척기간이 적용되지 않게 되는 불합리한 결과가 발생하게 되어 과세형평에 반한다고 주장한다. 조세항고소송에서 조정권고의 형태로 당사자 사이의 분쟁을 해결하는 경우가 있으나, 그렇다고 하여 조정권고에 어떠한 법률상 효력이 생기는 것은 아닌 점, 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 그 중에서도 예외규정 내지 특례규정은 더욱 엄격한 해석이 요구되는 점(위 조항과는 달리 구 국세기본법 제26조의2 제2항 제3호, 제4호에서는 국제조세조정에 관한 법률2)에 따른 조정권고에 관하여 별도로 규정하고 있다) 등에 비추어 피고가 주장하는 사정만으로 판단을 달리 할 것은 아니다.

    3) 소결

    이 사건 처분은 부과제척기간이 도과한 후의 처분으로서 무효이고, 무효를 선언하는 의미의 취소소송도 가능하므로, 결국 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 주장은 이유 있다.

3. 결 론

  그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로, 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2023. 01. 20. 선고 서울행정법원 2021구합83178 판결 | 국세법령정보시스템