요지

따라서 이 사건 주택의 양도는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 양도소득세를 중과할 수 없는 특별한 사정이 인정되는 경우이므로 이 사건 처분은 위법함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고가 2020. 8. 1. 원고에 대하여 한 양도소득세 7xx,xxx,x00원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

 가. 원고와 원고의 배우자인 박OO은 1998. 8. 3.경부터 원고의 어머니인 이OO와 함께 이OO 소유의 서울 OOO구 OO동 95-XXX 지상 주택(이하 ⁠‘이 사건 주택’이라 한다)에서 거주해왔다.

나. 원고는 2009. 9. 28. 이OO로부터 이 사건 주택 및 그 대지를 증여받았다.

다. 원고의 배우자인 박OO은 2015. 12. 17. 서울 XX구 xx동 1xx-x xx역OOO 19xx호, 19xx호를 매입하여 장기임대주택으로 등록하였다(이하 ⁠‘이 사건 장기임대주택’이라 한다).

라. 원고와 박OO은 2017. 10. 10. 김OO으로부터 서울 xx구 xx동 501 xx아파트 10x동 x01호(이하 ⁠‘이 사건 대체주택’이라 한다)를 매수하였고, 2017. 12. 21. 이 사건 대체주택에 관하여 소유권이전등기를 마쳤으며, 2018. 3. 26.부터 이 사건 대체주택에서 거주하였다.

마. 원고는 2018. 4. 13. 박OO, 김OO에게 이 사건 주택 및 그 대지를 2,xxx,xxx,xxx,xxx원에 양도하였다. 원고는 이 사건 주택의 양도를 1세대 1주택 고가주택의 양도로 보아 9억 원 초과분에 대한 양도차익에 대하여 장기보유특별공제와 일반세율을 적용하여 계산한 양도소득세 1 xx,xxx,x원을 신고‧납부하였다.

바. 피고는 이 사건 주택이 조정대상지역에 있는 고가주택에 해당하므로 이 사건 주택의 양도가 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 2020. 8. 1. 이 사건 주택의 양도가액 중 9억 원을 초과하는 부분에 관하여 장기보유특별공제를 배제하고, 일반세율에 20%를 더한 중과세율을 적용하여 양도소득세 7xx,xxx,x00원(가산세 포함)을 경정‧고지하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

사. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 감사원에 심사를 청구하였으나, 감사원은 2022.12. 2. 원고의 심사청구를 기각하는 결정을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 10호증, 을 제1호증(가지번호 있는 경우 각 가지번호를 포함한다. 이하 같다)의 각 기재 및 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

  가. 원고의 주장

    이 사건 주택의 양도를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용한 이 사건 처분은 다음과 같은 이유로 위법하다.

1) 원고는 장기임대주택과 이 사건 주택을 비롯한 일반주택 2채를 보유하고 있기는 하였으나, 일반주택의 경우 일시적으로 보유하고 있었는바, 1세대 1주택 비과세 취지를 고려하여 원고를 1세대 1주택자로 보아 양도가액 중 9억 원 초과분에 해당하는 양도차익에 대해서도 소득세법상 1세대 1주택자에 대한 장기보유특별공제 및 일반세율을 적용하여야 한다.

2) 설령 이 사건 주택의 양도가 1세대 3주택에 해당하는 주택의 양도에 해당한다고 하더라도, 원고에게 투기의 목적이 없었고 거주이전의 목적으로 일시적으로 3주택을 보유할 수밖에 없었으므로, 양도소득세를 중과할 수 없는 특별한 사정이 있는 경우에 해당한다.

  나. 관계 법령

    별지 기재와 같다.

  다. 판단

1) ⁠‘1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도’에 해당하는지 여부

가) 양도소득에 대한 세율은 구 소득세법(2018. 3. 20. 법률 제15522호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제104조에서 정하고 있는데, 건물(주택)의 경우 원칙적으로 같은 법 제55조 제1항에 따른 기본세율을 적용하되(제1항 제1호), 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택을 양도하는 경우에는 기본세율에 100분의 10을 더한 세율을 적용하고(제7항 제1호), 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택을 양도하는 경우에는 기본세율에 100분의 20을 더한 세율을 적용한다(제7항 제3호). 구 소득세법 시행령(2018. 6. 5. 대통령령 제28946호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제167조의3 제1항은 ⁠“대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이란 ⁠‘국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다’고 규정하면서, 제1호에서 수도권, 광역시‧특별자치시 외의 지역에 소재하는 기준시가 3억 원 이하의 주택을, 제2호에서 장기임대주택을, 제10호에서 1세대가 제1호부터 제8호까지 및 제8호의2에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 해당 주택(일반주택)을 들고 있다. 또한 구 소득세법 시행령 제167조의10 제1항은, ”대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택”에 관하여 ⁠‘국내에 주택을 2개(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 이를 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다’고 규정하면서 제1호에서 수도권, 광역시‧특별자치시 외의 지역에 소재하는 기준시가 3억 원 이하의 주택을, 제2호에서 제167조의3 제1항 제2호부터 제8호까지 및 제8호의2 중 어느 하나에 해당하는 주택을, 제8호에서 일시적 1세대 2주택의 경우 종전 주택을 들고 있다.

나) 위와 같은 관계 법령의 문언 및 체계에 의하면, 양도소득에 대한 세율은 주택 수에 따라 결정되게 되므로, 1세대가 소유하는 주택 수는 원칙적으로 거주자가 실제 소유하는 모든 주택을 대상으로 하여야 하고, 다만, 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제1호, 제167조의10 제1항 제1호에 규정된 주택(수도권 및 광역시, 특별자치시 외의 지역에 소재하는 기준시가 3억 원 이하의 주택)만을 주택 수 산정에서 제외할 뿐 나머지 각 호에 규정된 주택은 그것이 비록 1세대 1주택 특례에 해당하는 장기임대주택, 상속주택, 신규주택 등이라 할지라도 모두 주택 수 산정에는 포함되고, 그 해당주택이 양도대상이 되는 경우에만 중과세율이 적용되지 않는다.

다) 이 사건의 경우 원고와 원고의 배우자 박OO은 이 사건 주택의 양도 당시 이 사건 주택, 이 사건 대체주택, 이 사건 장기임대주택을 보유하고 있었고, 위 각 주택들은 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제1호에 정한 주택에 해당하지 않으므로, 주택 수 산정에 있어 모두 포함되어야 한다. 또한 양도대상인 이 사건 주택은 구소득세법 시행령 제167조의3 제1항 각 호에서 정한 주택에 해당하지 아니하고(구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제10호에서는 일반주택을 중과세율 배제 대상으로 규정하고 있으나, 원고와 박OO은 이 사건 양도 당시 이 사건 장기임대주택 이외에 이사건 주택과 이 사건 대체주택을 소유하고 있었으므로, 이 사건 주택은 위 제10호 소정의 일반주택에 해당하지 않는다), 일시적 1세대 2주택자에 대한 중과세율 적용 배제규정인 구 소득세법 시행령 제167조의10 제1항 제8호가 적용될 수도 없다. 따라서 이 사건 주택의 양도는 구 소득세법 제104조 제7항 제3호에서 규정한 ⁠‘조정대상지역에 있 는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’을 양도한 경우에 해당한다.

라) 이에 대하여 원고는 이 사건 주택이 구 소득세법 시행령 제155조에서 정한 1세대 1주택 특례의 적용을 받는 이상 9억 원을 초과하는 양도차익에 대해서도 1세대 3주택으로 볼 수 없다는 취지로도 주장한다.

  그러나 소득세법상 주택에 대한 양도소득세의 세율은 원칙적으로 기본세율이고, 예외적으로 1세대 1주택 중 일정한 경우에는 구 소득세법 제89조 제1항 제3호, 구 소득세법 시행령 제154조, 제155조의 비과세 특례규정에 따라 비과세이고, 1세대 2주택 또는 3주택 이상의 경우는 구 소득세법 제104조 제7항, 구 소득세법 시행령 제167조의10 제1항, 제167조의3 제1항의 각 중과세규정에 따라 중과세율인바, 1세대 1주택 비과세 특례 규정, 1세대 2주택 중과세 규정 및 1세대 3주택 이상 중과세 규정 상호간에는 그 적용 대상 및 주택 수 계산에 관한 규정을 별개 독립적으로 두고 있으므로, 원칙적으로 각 비과세 또는 중과세 사유를 개별적으로 검토하여 그 해당 여부를 따져 보아야 하는 것이다. 따라서 이 사건 주택의 양도가 1세대 1주택의 특례에 해당한다하더라도, 실지거래가액이 9억 원을 초과하는 부분에 대해 비과세 특례가 적용되지 않는 이상 양도소득세 세율에 관하여는 일단 보유 주택수를 바탕으로 중과세율이 적용되는지 검토하여야 하고, 중과세율 적용이 배제되는 경우 비로소 일반세율이 적용된다고 보아야 한다.

또한 구 소득세법 제95조 제3항, 구 소득세법 시행령 제160조 제1항에서 고가주택에 해당하는 자산의 양도에 적용할 장기보유특별공제액은 ⁠‘구 소득세법 제95조 제2항에 따른 장기보유특별공제액’과 ⁠‘양도가액에서 9억 원을 공제한 금액을 양도가액으로 나눈 비율’을 곱하여 계산하도록 정하고 있는데, 구 소득세법 제95조 제2항 본문은 ⁠‘법 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외된다)으로서 보유기간이 3년 이상인 자산의 양도차익에 대하여 해당 조항에서 정한 공제율을 곱하여 계산한 금액’을 ⁠‘장기보유 특별공제액’이라고 규정하고 있다. 위 법령의 문언에 의하면, 구 소득세법 시행령 제155조에 의하여 1세대 1주택으로 의제된다 하더라도, 비과세대상에서 제외된 이상 양도차익을 산정함에 있어서는 구 소득세법 제95조 제3항, 구 소득세법 시행령 제160조 제1항에서 정한 바에 따라 계산하여야 하고, 장기보유특별공제 적용 여부 역시 위 법령에서 정한 바에 따라 이 사건 주택이 구 소득세법 제95조 제2항 본문 괄호 부분에서 정한 구 소득세법 제104조 제7항 각 호에 해당하는 자산인 경우에는 장기보유특별공제 대상에서 제외된다고 해석함이 타당하다.

마) 따라서 이 사건 주택의 양도는 특별한 사정이 없는 한 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도에 해당하므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이 부분 이유 없다.

2) 양도소득세를 중과할 수 없는 특별한 사정이 인정되는지 여부

가) 투기목적의 주택 소유를 억제하여 주택 가격의 안정과 주거생활의 안정을 도모하려는 취지에서 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도에 대하여 중과세율을 적용하도록 하는 한편, 임대주택의 공급을 활성화함으로써 서민과 중산층의 주거안정을 지원하기 위하여 장기임대주택과 더불어 일반주택도 중과세율의 적용 대상에서 제외하는 관련 규정의 입법 취지 등에 비추어 보면, 일반주택(종전주택)과 장기임대주택을 소유한 거주자가 대체주택을 취득함으로써 장기임대주택을 제외하고도 2주택을 소유하게 되었더라도, 주거를 이전하기 위하여 대체주택을 취득한 것으로서 거주자에게 투기목적이 없고 대체주택을 취득한 후 종전주택을 양도하기까지 소요된 기간이 주택거래의 현실 등에 비추어 사회통념상 일시적이라고 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에는 종전주택의 양도를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 양도소득세를 중과할 수 없다(대법원 2014. 2. 27. 선고 2010두27806 판결 등 참조).

나) 앞서 든 증거들, 갑 제11 내지 15호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 주택의 양도는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 양도소득세를 중과할 수 없는 특별한 사정이 인정된다고 봄이 타당하다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

① 원고는 이 사건 주택을 증여받기 전인 1998. 8. 3.경부터 원고의 어머니 이OO와 함께 이 사건 주택에 거주해왔다. 이OO가 2017. 9. 14. 사망하자, 원고는 노후화된 이 사건 주택을 매도하고 새로운 대체주택을 취득할 목적으로 그 무렵 공인중개사 사무소에 이 사건 주택에 관한 매도의뢰를 하였다.

② 원고는 2017. 10. 10. 이 사건 대체주택을 매수하는 계약을 체결하고, 2017. 12. 21. 이 사건 대체주택에 관하여 원고와 박OO 공동명의로 소유권이전등기를 마쳤다. 다만 이 사건 대체주택에 거주하고 있던 기존 임차인의 임차기간 때문에 2018. 3. 26. 이 사건 대체주택에 전입하여 이 사건 변론종결일까지 거주하고 있다.

③ 이 사건 주택의 경우 고가주택인 데다가 노후화되어 매수자를 찾는 데 어려움을 겪었다. 결국 원고는 2018. 3. 3.에 이르러서야 이 사건 주택을 2,XX0,000,000원에 매도하는 계약을 체결하고, 2018. 4. 13. 매수인인 박OO, 김OO 명의로 소유권이전등기를 마쳐 주었다.

④ 당초 원고는 이 사건 주택의 매도대금으로 이 사건 대체주택에 거주하던 기존 임차인의 임차보증금을 반환할 생각이었다. 그러나 이 사건 주택의 매도가 늦어짐에 따라 원고는 일단 이 사건 주택을 담보로 대출을 받아 2018. 2. 24. 이 사건 대체주택의 임차인에게 임차보증금 5억 X천만 원을 반환하였고, 이 사건 주택의 잔금을 지급받아 2018. 4. 13. 위 대출금을 상환하였다. 즉, 원고는 사실상 이 사건 주택의 매도대금으로 이 사건 대체주택을 취득하였다고 볼 수 있다.

⑤ 위 ① 내지 ④ 사정에 비추어 보면, 원고가 이 사건 주택을 양도하고 이 사건 대체주택을 취득한 데에 거주이전 목적 이외에 부동산의 투기 목적 등 다른 목적이 있었다고 보기 어렵다.

⑥ 1세대 3주택 이상 주택의 양도에 대해 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용하는 규정의 취지가 부동산 투기로 인한 이득을 세금으로 흡수하여 과세형평을 도모하고 부동산 투기를 차단하여 주택 가격의 안정과 주거생활의 안정을 도모하기 위함인 점, 원고가 이 사건 대체주택을 취득하기 전에 미리 이 사건 주택에 관한 매도의뢰를 한 점, 이 사건 주택의 경우 매매대금이 2,XX0,000,000원에 이르는 고가주택인 데다가 노후화되어 매수자를 찾기 쉽지 않았을 것으로 보이는 점, 이 사건 주택과 이 사건 대체주택을 동시에 보유한 기간이 3개월 24일로 통상적인 주택 매매거래의 현실 등에 비추어 위 기간이 길다고 보기 어렵고, 특별히 투기 목적을 찾아보기 힘든 점 등에 비추어 보면, 종전주택인 이 사건 주택과 이 사건 장기임대주택을 소유하고 있던 원고 세대가 거주예정인 이 사건 대체주택을 취득함으로써 장기임대주택을 제외하고도 2주택을 소유하게 되었더라도, 이러한 경우에까지 이 사건 주택의 양도를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 중과하는 것은 위 규정 취지에 부합하지 아니하다.

라. 소결론

따라서 이 사건 주택의 양도는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 양도소득세를 중과할 수 없는 특별한 사정이 인정되는 경우이므로, 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2023. 10. 31. 선고 서울행정법원 2023구합53393 판결 | 국세법령정보시스템