요지

원고로서는 각 지방자치단체별로 예탁금을 별도로 회계, 관리, 운용 및 정산하도록 한 위 각 규정을 준수하고, 의료급여비용 지급 및 원천징수 업무의 회계, 정산 과정에서 각 비용이 일관되게 처리되지 않는 등으로 실무상 혼란이 발생하는 것을 피하기 위하여 의료급여비용 지급업무에 부수하는 원천징수 업무도 각 지방자치단체별로 구분하여 처리할 수밖에 없었을 것으로 보이므로 가산세 감면의 정당한 사유에 해당함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고가 원고에게 한 2018. 5. 4.자 19,702,640원의 가산세부과처분 중 898,590원을 초과하는 부분 및 2018. 9. 14.자 120,905,410원의 가산세부과처분 중 7,181,040원을 초과하는 부분을 각 취소한다

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 10%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

피고가 원고에게 한 2018. 5. 4.자 19,702,640원 및 2018. 9. 14.자 120,905,410원의 각 가산세부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 관련 법령에 따라 건강보험사업 및 노인장기요양사업을 수행하는 특수공법인이다.

나. 원고는 2001년경부터 의료급여법에 따라 각 지방자치단체로부터 기초생활수급자를 위한 의료급여비용 지급업무를 위탁받아 의료기관에 의료급여비용을 지급하는 업무를 수행하고 있다. 의료급여비용은 각 지방자치단체에서 설치한 의료급여기금을 재원으로 하여 원고에게 예탁되고, 원고는 예탁금의 범위 안에서 의료기관에 의료급여비용을 지급하면서 각 지방자치단체 별로 예탁금을 구분·계리하고 있다.

다. 또한 원고는 2008년경부터 노인장기요양보험법에 따라 각 지방자치단체가 원고에게 납부한 부담금을 재원으로 하여 의료기관이 환자의 장기요양급여신청에 필요한 의사소견서 발급비용을 청구할 경우 이를 지급하면서 각 지방자치단체 별로 의사소견서발급비용을 분리·운영하고 있다.

라. 원고는 ⑴ 의료기관에 지급하는 의료급여비용의 경우 각 지방자치단체별 지급액을 기준으로, ⑵ 의사소견서 발급비용의 경우 의료기관이 발급건수를 각각 구분하여 청구하는 경우에는 건별 지급액을, 발급건수를 구분하지 않고 일괄합계로 청구하는 경우에는 합계 지급액을 기준으로, 구 소득세법(2020. 12. 29. 법률 제17757호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 소득세법’이라 한다) 제86조에 따라 소득세를 산출하고 원천징수세액의 소액 부징수 여부를 판단하여 원천징수 하였다.

마. 피고는 ⁠“의료급여비용과 의사소견서 발급비용의 경우 원고가 각 의료기관에 지급한 지급액을 기준으로 원천징수세액의 소액 부징수 여부를 판단하여야 함에도, 원고는 이와 달리 위 라.항과 같이 원천징수하여 원천징수세액을 과소신고·납부하였다는 이유로 2018. 5. 4. 2013년 4월부터 9월까지의 귀속 사업소득세(원천징수납부불성실가산세) 19,702,640원(= 의료급여비용 관련 추징세액 18,804,050원 + 의사소견서 발급비용 관련 추징세액 898,590원), 2018. 9. 14. 2013년 10월부터 2016년 12월까지의 귀속 사업소득세(원천징수납부불성실가산세) 120,905,410원(= 의료급여비용 관련 추징세액 113,724,370원 + 의사소견서 발급비용 관련 추징세액 7,181,040원)을 각각 경정·고지하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

바. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2018. 8. 1. 및 2018. 10. 1. 각각 이의신청을 하였고, 이의신청이 기각되자 2019. 1. 9. 조세심판 청구를 하였으며, 조세심판원은2020. 2. 26. 원고의 청구를 기각하는 결정을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 원고는 각 지방자치단체로부터 의료급여비용 및 의사소견서 발급비용을 의료기관에 지급하는 업무를 위탁받아 수행하는 것이므로, 위탁자인 개별 지방자치단체별 지급액을 기준으로 원천징수세액의 소액 부징수 여부를 판단하여야 한다.

2) 의료급여비용과 의사소견서 발급비용의 재원은 실질적으로 국가와 지방자치단체의 자금으로 지급하는 것이므로, 소득세를 원천징수하여야 할 자가 지방자치단체인 경우에 해당하여 구 국세기본법(2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것, 이하‘구 국세기본법’이라 한다) 제47조의5 제3항 제3호에 따라 원천징수납부 불성실가산세 부과대상에서 제외된다.

3) 설령 피고의 주장과 같이 원고가 의료기관에 지급하는 지급액을 기준으로 원천징수세액의 소액 부징수 여부를 판단하여야 한다고 하더라도, 이와 관련한 명시적인 규정이 없고 법령해석상 다툼이 존재하는 점, 원고가 의료기관에 지급한 총 금액을 기준으로 소액 부징수 규정을 적용하여야 한다고 예상할 수 없었던 점 등을 종합하면, 구 국세기본법 제48조 제1항의 정당한 사유가 존재한다.

4) 의료급여비용 등은 각 지방자치단체별로 구분·관리되는 재원에서 지급되는 점, 동일 지급일에도 각 지방자치단체별 재원에 따라 관념상 서로 다른 지급이 이루어지는 점, 그 지급에 따른 법률 효과는 의료급여비용 등의 지급의무가 있는 각 지방자치단체에 귀속되는 점, 각 의료기관에 지급한 지급액을 기준으로 원천징수세액의 소액 부징수 여부를 판단하는 것은 원천징수업무의 위임의 범위를 벗어나는 것인 점, 피고도 과거에 각 지방자치단체별 지급액에 따라 소액 부징수 여부를 판단하여야 한다는 견해를 밝힌 적이 있는 점 등을 고려하면, 이 사건 처분은 실질과세원칙, 조세법률주의, 신뢰보호원칙, 소급과세금지원칙을 위반하였으므로 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 원천징수세액 소액 부징수 판단 기준

1) 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다(대법원 2020. 7. 29. 선고 2019두56333 판결 등 참조).

2) 구 소득세법 제127조 제1항 제3호에서는 대통령령으로 정하는 사업소득을 지급하는 자가 그 거주자나 비거주자에 대한 소득세를 원천징수하도록 규정하고 있고, 그 위임에 따라 소득세법 시행령 제184조 제1항, 부가가치세법 제26조 제1항 제5호, 부가가치세법 시행령 제35조 제1호에 의하면, 의료인이 제공하는 용역의 공급에서 발생하는 소득을 원천징수 대상 사업소득으로 규정하고 있다. 구 소득세법 제86조 제1호에 의하면, 원천징수세액이 1,000원 미만인 경우 해당 소득세를 징수하지 아니한다.

원천징수란 소득금액 또는 수입금액을 지급하는 자(원천징수의무자)가 법이 정하는 바에 의해 지급받는 자(원천납세의무자)가 부담할 세액을 정부를 대신하여 징수하는 것이고, 납세의무자가 실체법적으로 부담하고 있는 납세의무의 이행이 원천징수라는 절차를 통하여 간접적으로 실현되는 제도이다. 원천징수제도가 채택되고 있는 이유로는, ① 소득의 발생원천에서 원천징수를 하게 되므로 탈세를 방지하고, ② 소득의 지급시점에서 원천징수를 하게 되므로 조세수입의 조기 확보와 정부재원의 평준화를 기할 수 있으며, ③ 원천징수의무자가 국가를 대신하여 원천징수를 하게 되므로 징세비의 절약과 징수사무의 간소화 및 능률화를 기할 수 있고, ④ 납세의무자의 세 부담을 분산시키며, ⑤ 소득의 발생과 당해 소득에 대한 조세의 납부 사이의 시차를 단축함으로써 경기의 자동조절기능을 강화한다는 점 등이 제시되고 있다. 소액 부징수는 세액이 너무 적어 징수비용이 더 드는 경우 등에 징수를 하지 않음으로써 세무행정의 효율성을 높이기 위하여 도입된 제도이다.

이와 같은 원전징수·소액 부징수 제도의 개념 및 취지에 비추어 볼 때, 원천징수 의무자가 지급하는 소득의 재원이 어디서 마련되었는지를 구별하여 원천징수를 하거나 소액 부징수를 판단하여야 한다고 해석할 합리적 사유가 없을 뿐만 아니라, 원고의 주장대로 재원별로 소액 부징수 여부를 판단하게 되면 같은 액수의 소득에 대하여도 그 재원이 다르다는 이유만으로 세액이 매번 달라지는 불합리한 결과가 발생하는 점 등을 고려하면, 소액 부징수 대상에 해당하는지 여부를 결정함에 있어서는 소득세를 납부할 의무가 있는 원천납세의무자, 즉 소득자가 각 지급일에 원천징수의무자로부터 지급받는 소득의 합계액을 기준으로 판단하여야 한다고 봄이 타당하다.

3) 따라서 이와 달리 위탁자인 개별 지방자치단체별 지급액을 기준으로 원천징수세액의 소액 부징수 여부를 판단하여야 한다는 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

라. 가산세 부과대상에서 제외되는지 여부

1) 국내에서 거주자나 비거주자에게 원천징수대상 사업소득을 지급하는 자는 소득세를 원천징수하여야 하고(구 소득세법 제127조 제1항 제3호), 원천징수를 하여야 할자를 대리하거나 그 위임을 받은 자의 행위는 수권 또는 위임의 범위에서 본인 또는 위임인의 행위로 보아 제1항에 따라 원천징수하여야 하며(같은 조 제2항), 이에 따라 원천징수를 하여야 할 자를 원천징수의무자라고 한다(같은 조 제7항).

위 규정들의 문언과 취지 등을 종합하면, 구 소득세법 제127조 제2항에 따라 ⁠‘원천징수의무자를 대리하거나 그 위임을 받은 자로서 그 수권이나 위임의 범위 안에서 원천징수의무를 부담하는 자’는 구 소득세법 제127조 제1항 각 호의 소득금액을 지급해야 할 자로부터 원천납세의무자에 대한 소득금액의 지급과 아울러 원천징수업무, 즉 원천납세의무자로부터 소득세를 원천징수하는 업무와 원천징수한 소득세를 관할 세무서에 납부할 업무 등을 수권 또는 위임받은 자를 말한다. 그리고 이러한 원천징수업무의 위임은 명시적으로뿐만 아니라 묵시적으로도 이루어질 수 있으나, 원천징수의 성격과 효과 등에 비추어 볼 때 묵시적 위임이 있다고 하기 위하여는 명시적 위임이 있는 경우와 동일시할 수 있을 정도로 위임 의사를 추단할 만한 사정이 있어야 한다. 다만 소득금액을 지급하여야 할 자를 대리하거나 그로부터 위임을 받아 원천징수대상 소득의 발생 원인이 되는 법률행위 등을 하고 소득금액을 지급한 경우에는 특별한 사정이 없는 한 적어도 원천징수업무의 묵시적인 위임이 있었다고 봄이 당사자의 의사에 부합한다(대법원 2014. 7. 24. 선고 2010두21952 판결 참조).

2) 의료급여법 제33조 제2항, 구 의료급여법 시행령(2019. 8. 27. 대통령령 제30061호로 개정되기 전의 것) 제20조에서는 급여비용의 지급에 관한 업무를 원고에게 위탁한다고 규정하고 있고, 원고가 그 동안 의료기관으로부터 소득세를 원천징수하여 왔던 점(이에 관하여 원고가 각 지방자치단체로부터 의료급여비용 등의 지급에 관한 원천징수업무를 묵시적으로 위임받아 수행하여 왔다는 점에 관하여는 당사자 사이에 다툼이 없다) 등을 종합하면, 원고는 의료급여비용 지급업무를 수행하면서 묵시적으로 위임받은 원천징수업무도 함께 수행하고 있었다고 인정되므로 구 소득세법 제127조 제7항에서 정한 원천징수의무자에 해당하고, 국가 또는 지방자치단체가 원천징수의무자라고 할 수 없다. 한편 노인장기요양보험법 제13조 제3항, 구 노인장기요양보험법 시행규칙(2017. 12. 28. 보건복지부령 제544호로 개정되기 전의 것) 제4조에서는 의사소견서 발급비용을 원고에게 청구하되, 다만 일정한 경우 각 지방자치단체가 비용을 부담하도록 규정되어 있는 점에 비추어 보면, 의사소견서 발급비용의 지급은 원고 자신의 업무라고 할 것이므로 마찬가지로 국가 또는 지방자치단체가 원천징수의무자인 경우에 해당하지 않는다.

3) 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

마. 정당한 사유가 있는지 여부

1) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재이다. 따라서 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시 할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이러한 제재를 과할 수 없다(대법원 2002. 8. 23. 선고 2002두66 판결, 대법원 2016. 10. 27. 선고 2016두44711 판결 등 참조).

2) 당사자 사이에 다툼 없는 사실이거나, 앞서 든 증거들, 갑 제4, 5, 6호증의 각 기재와 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 이 사건 처분 중 의료급여비용 지급에 관한 원천징수 과소신고 부분은 세법해석상 의의로 인한 견해의 대립이 있어 원고가 그 신고의무를 알지 못한 것에 정당한 이유가 있다고 인정된다. 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

① 구 소득세법 제86조 제1호는 ⁠‘제127조에 따른 원천징수세액이 1천원 미만인 경우’에 소득세를 징수하지 아니한다고 규정하고 있을 뿐이고, 다수의 기관으로부터 원천징수업무를 위임받아 처리하는 경우에 소액 부징수 여부를 판단함에 있어, 각 기관의 위임 합계액을 기준으로 판단하는지(이하 ⁠‘전자의 해석’이라 한다) 각 기관별로 구분한 금액을 기준으로 판단하여야 하는지(이하 ⁠‘후자의 해석’이라 한다) 규정하고 있지 않으며, 이에 관한 대법원 판례가 선고된 바도 없어 해석상 견해 대립의 여지가 있다.

② 피고는 2002. 6. 24.자 근로복지공단에 대한 질의회신에서 ”산업재해보상보험업무를 수행하면서 의료기관으로부터 청구 받은 금액을 지급함에 있어 소액 부징수 해당 여부는 당해 의료기관에 대한 지급일별 금액(동일 지급일에 서로 다른 지급이 있는 경우 당해 지급금액별)에 의하여 판단하여야 한다“는 취지로 회신한 바 있다. 피고는 위 질의회신 이후 약 10여년 이상 원고 등에 대한 세무조사 등에서 원고가 소액 부징수 규정을 위반하여 의료급여비용 등의 지급에 따른 원천징수세액을 과소납부 하였다는 사실을 지적하지 않았고 이를 이유로 가산세 등을 부과하지도 않았다. 심지어 피고는 2012. 4. 9.자 인터넷 질의회신에서 위 2002. 6. 24.자 질의회신과 같은 취지로 회신하면서 ⁠‘원고의 사례’를 들기도 하였다. 이처럼 실제로 피고도 후자의 해석이 타당하다는 취지의 유권 해석을 장기간 유지해 왔으므로, 원고로서는 각 지방자치단체별 지급액을 기준으로 소액 부징수 여부를 판단해야 된다고 이해할 여지가 다분하였다.

③ 보건복지부 고시인 급여비용의 예탁 및 지급에 관한 규정 제7조는 ⁠‘공단은 예탁금을 시·도별로 구분·계리하여야 하고(제1항), 예탁금의 관리와 회계를 건강보험재정 및 공단의 회계와 별도로 구분·처리하여야 한다’(제2항)고 규정하고 있고, 제21조는 ⁠‘현물급여비용에 대하여 시·도별로 의료급여비용심사청구 접수일을 기준으로 현물급여비용을 지급하여야 한다’고 규정하고 있으며, 제24조 제1항은 ⁠‘공단은 매월 또는 분기별 예탁된 시·도별 예탁금 중에서 예탁금 지급 내역을 매월 단위로 정산한 후 예탁금액, 지급액, 미지급액, 예탁금잔액 등 그 정산내역을 해당 시·도지사에게 통보하여야 한다’고 규정하고 있다. 원고로서는 각 지방자치단체별로 예탁금을 별도로 회계, 관리, 운용 및 정산하도록 한 위 각 규정을 준수하고, 의료급여비용 지급 및 원천징수 업무의 회계, 정산 과정에서 각 비용이 일관되게 처리되지 않는 등으로 실무상 혼란이 발생하는 것을 피하기 위하여 의료급여비용 지급업무에 부수하는 원천징수 업무도 각 지방자치단체별로 구분하여 처리할 수밖에 없었을 것으로 보인다.

④ 원고는 건강보험사업을 수행하는 특수공법인으로 법령상 의료급여 비용 지급액에 대한 원천징수업무를 수행할 의무가 없음에도 각 지방자치단체로부터 이를 묵시적으로 위임받아 그 업무를 호의로 수행해온 점, 원고가 어떠한 부정한 목적으로 이 부분 원천징수 과소신고를 하였다고 볼만한 자료가 없고 이를 통해 특별히 취한 이득도 없는 점, 이 부분 가산세 합계가 약 1억 1,300만 원에 이르러 그 규모도 상당한 점 등을 고려하면, 이 부분 가산세를 원고에게 부담시키는 것은 지나치게 가혹하다.

3) 다만, 앞서 본 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하면, 원고는 의사소견서 발급비용의 경우 위 다.항에서 본 판단 기준과 달리, 월 2회 고정된 지급을 하면서 소득자인 의료기관이 건별로 청구하는 경우에는 건별 청구액을 기준으로, 합산하여 청구하는 경우에는 그 합계액을 기준으로 원천징수세액을 산출한 후 소액 부징수 여부를 판단하였는바, 이는 개별 지방자치단체별 지급액을 기준으로 원천징수세액의 소액 부징수 여부를 판단하여야 하는지 여부와는 무관한 것이고, 그 밖에 달리 이 부분에 원고가 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 그 신고의무를 알지 못한 것에 정당한 이유가 있다고 볼만한 자료가 없다. 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.

바. 의사소견서 발급비용 부분에 관한 나머지 주장에 관한 판단

앞서 본 바와 같이, 의사소견서 발급비용 관련 원천징수 과소신고 부분은 개별 지방자치단체별 지급액을 기준으로 원천징수세액의 소액 부징수 여부를 판단하여야 하는지 여부와 무관한 점 등에 비추어 보면, 원고가 제출한 증거들만으로는 이 부분 처분에 실질과세원칙, 조세법률주의, 신뢰보호원칙, 소급과세금지원칙 등을 위반한 위법이 있다고 인정하기 어렵다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

3. 결론

외형상 하나의 행정처분이라 하더라도 가분성이 있거나 그 처분대상의 일부가 특정될 수 있다면 일부만의 취소도 가능하고 그 일부의 취소는 당해 취소부분에 관하여 효력이 생긴다(대법원 2015. 3. 26. 선고 2012두20304 판결 등 참조). 이 사건 처분 중 의료급여비용 발급비용에 관한 부분에 대한 원고의 청구는 이유 있어 인용하여야 하는데, 이 사건 변론 과정에서 그 금액이 특정되었으므로(위 1. 마. 참조) 해당 부분만이 일부 취소되어야 한다. 따라서 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

출처 : 춘천지방법원 2022. 02. 15. 선고 춘천지방법원 2020구합51264 판결 | 국세법령정보시스템