* 본 법률정보는 대법원 판결문을 바탕으로 한 일반적인 정보 제공에 불과하며, 구체적인 사건에 대한 법률적 판단이나 조언으로 해석될 수 없습니다. 동일해 보이는 상황이라도 사실관계나 시점 등에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 자세한 내용은 변호사와 상담을 권장합니다.
구 조세특례제한법 제127조 제10항에 따라 세액감면과 세액공제가 동시 적용이 가능한지 여부를 판단하는 최종적인 기준은 구분경리 그 자체가 아니라 동일한 소득 내지 세액에 대하여 중복 하여 감면과 공제가 이루어지는지 여부라고 봄이 타당함
판결 내용은 붙임과 같습니다.
사 건 |
2022누10619 법인세경정거부처분취소 |
원 고 |
○○○○○사 |
피 고 |
○○세무서장 |
변 론 종 결 |
2022. 8. 18 |
판 결 선 고 |
2022. 10. 6. |
주 문
1. 원고의 항소를 기각한다.
2. 항소비용은 원고가 부담한다.
청구취지 및 항소취지
제1심판결을 취소한다. 피고가 2020. x. xx. 원고에 대하여 한 2016 사업년도 법인세xxx,xxx,xxx원, 2017 사업년도 법인세 x,xxx,xxx,xxx원의 각 경정거부처분을 모두 취소한다.
이 유
1. 처분의 경위
이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는 제1심판결 제3쪽 바.항 제3줄의 “2021. 2. 15.”을 “2021. 1. 25.”로 고치는 외에는 제1심판결 이유 중 ‘1. 처분의 경위 등’ 항목의 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.
2. 당사자의 주장
가. 원고의 주장
원고가 구 조세특례제한법 제127조 제10항이 정한 구분경리의 요건을 충족하였으므로, 이 사건 세액감면의 대상 소득과 이 사건 각 세액공제의 대상 소득이 중복되는 경우에도 구 조세특례제한법 제127조 제10항에 따라 이 사건 세액감면과 이 사건 각 세액공제는 동시에 적용되어야 한다. 따라서 이 사건 처분은 위법하다.
나. 피고의 주장
이 사건 세액감면은 구 조세특례제한법 제63조의2 제2항 제2호에 따라 계산된 소득에 기초하여 이루어졌는데, 그 감면대상소득은 원고 법인 전체의 과세표준에서 부동산 양도차익 등을 공제한 금액에 일정 비율을 곱하여 산정된 금액으로서 이 사건 각 세액공제의 대상 소득과 중복되므로, 구 조세특례제한법 제127조 제10항은 적용되지 아니하고 이 사건 세액감면과 이 사건 각 세액공제는 중복 적용될 수 없다. 따라서 이 사건 처분은 적법하다.
3. 관계 법령
이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는 제1심판결의 별지 ‘관계 법령’ 중 법인세법, 법인세법 시행령, 법인세법 시행규칙 부분을 이 판결의 별지 ‘관계 법령 중 수정하는 부분’으로 고치는 외에는 제1심판결 이유 중 ‘2의 나. 관계 법령’ 항목 및 제1심판결의 별지 ‘관계 법령’의 각 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.
4. 판단
가. 관련 법리
조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다(대법원 2003. 1. 24. 선고 2002두9537 판결 참조).
나. 구 조세특례제한법 제127조 제10항의 해석에 대하여
1) 원고의 주장
세액감면과 세액공제는 동시에 적용되는 것이 원칙이고, 다만 구 조세특례제한법 제127조 제4항(이하 ‘이 사건 중복지원 금지조항’이라 한다)이 예외적으로 세액감면과 세액공제의 중복지원을 배제하고 있으나, 구 조세특례제한법 제127조 제10항이 ‘세액감면을 적용받는 사업’과 ‘그 밖의 사업’에 대한 구분경리를 요건으로 하여 다시 원칙으로 돌아가 세액감면과 세액공제의 동시 적용을 허용하고 있다. 따라서 구분경리가 이루어지기만 하면 세액감면과 세액공제의 각 대상 소득이 중복되는 경우에도 구 조세특례제한법 제127조 제10항에 따라 세액감면과 세액공제가 동시에 적용되어야 하고, 세액감면과 세액공제의 중복지원을 위하여 구분경리 외에 사업별 소득 내지 세액이 중복되지 아니할 것을 요구하는 것은 조세법률주의에 반한다.
2) 판단
가) 동일한 소득 내지 세액에 대하여 세액감면과 세액공제의 중복지원을 허용할 것인지 여부는 입법정책의 문제라고 할 수 있는데, 이 사건 중복지원 금지조항은 이 사건 세액감면과 일부 세액공제(위 조항은 이 사건 각 세액공제를 포함하여 중복지원이 금지되는 세액공제 사유를 한정적으로 열거하고 있다)에 관하여 그중 하나만을 선택하여 적용하도록 규정하고 있으므로, 이 사건 세액감면과 이 사건 각 세액공제는 동일한 소득 내지 세액에 대하여 중복지원될 수 없다.
나) 또한 구 조세특례제한법 제127조 제10항이 “제143조에 따라 세액감면을 적용받는 사업과 그 밖의 사업을 구분경리하는 경우로서 그 밖의 사업에 공제규정이 적용되는 경우에는 해당 세액감면과 공제는 중복지원에 해당하지 아니한다.”고 규정하고 있으나, 아래와 같은 이유로 위 조항은 이 사건 중복지원 금지조항에 대한 예외를 인정하거나 예외 인정을 위한 적극적인 요건을 규정하는 취지의 조항이 아니고, 이 사건 중복지원 금지조항의 취지를 그대로 유지하면서 그 적용 범위를 명확하게 하기 위한 조항에 불과한 것으로서, 위 조항에 의하더라도 동시 적용이 가능한지 여부를 판단하는 최종적인 기준은 구분경리 그 자체가 아니라 동일한 소득 내지 세액에 대하여 중복하여 감면과 공제가 이루어지는지 여부라고 봄이 타당하다.
① ‘제1공장과 제2공장을 구분경리하여 제1공장은 지방이전으로 인한 감면을 적용받고 있을 때 제2공장에서 임시투자세액공제를 적용받을 수 있는지 여부. 다만 제2공장의 투자세액공제액은 전액 제2공장에서만 공제되며 제1공장에서 공제되지 아니함’이라는 내용의 질의에 대하여, 기획재정부장관은 2010. 3. 23. ‘조세특례제한법 제127조 제4항을 적용함에 있어 제조공정이 서로 무관한 2개의 공장을 영위하는 법인이 각각의 공장을 구분하여 경리함에 따라 산출세액 중 공장별로 귀속되는 세액을 합리적으로 구분할 수 있는 경우에는 1개의 공장에서 세액감면을 적용하고 있다 하더라도 다른 공장에 투자를 함에 따라 발생한 투자세액공제액은 제2공장에 귀속되는 세액을 한 도로 공제할 수 있다’고 회신하였다(조세특례제도과-284, 2010. 3. 23., 이하 ‘이 사건 질의회신’이라 한다. 갑 제5호증). 그런데 기획재정부장관은 이 사건 질의회신 이전인 2009. 10. 9.에는 위와 유사한 질의에 대하여 ‘세액공제 투자금액은 일반적으로 거액에 해당하여 당해 과세연도에 모두 공제되지 않고 장기간 이월공제 되는 특성을 감안할 때 특정 사업장에서 발생한 투자라 하여 당해 사업장으로 한정하여 세액공제 되지 아니하므로 사업장이 구분된다고 하더라도 중복문제가 발생한다’는 이유로 세액공제와 세액감면 중 하나만을 선택하여 적용하여야 한다고 회신함으로써 이 사건 질의회신과는 상반되는 입장을 취한 적이 있다(조세특례제도과-866, 2009. 10. 9., 대법원 2015. 5. 14. 선고 2014두47662 판결의 제1심판결 참조). 그리고 국세청 개정세법해설(2013)에 의하면, 구 조세특례제한법 제127조 제10항은 사업장을 구분하여 세액감면과 세액공제를 각각 적용하는 경우 중복지원에 해당하지 아니함을 명확화하기 위하여 이 사건 질의회신을 법령에 반영한 것이다(갑 제6호증).
이러한 입법경위에 의하면, 구 조세특례제한법 제127조 제10항은, 이 사건 중복지원 금지조항을 배제하기 위한 특별 규정이 아니고, 이 사건 중복지원 금지조항에 위배되는지 여부가 논란이 되는 사안에 대하여 그 결론을 밝힘으로써 이 사건 중복지원 금지조항의 적용 범위를 명확하게 하기 위한 규정임을 알 수 있다. 따라서 구 조세특례제한법 제127조 제10항에는 이 사건 중복지원 금지조항의 취지가 그대로 적용되며, 구 조세특례제한법 제127조 제10항에 의하더라도 동일한 소득 내지 세액에 대한 중복지원이 허용되지 아니한다는 점에는 변함이 없다.
② 법인세는 ‘각 사업연도의 소득’ 등이 과세대상이 되고[구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제3조 제1항 제1호], 내국법인의 ‘각 사업연도의 소득’은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다(구 법인세법 제14조 제1항). 한편 구 조세특례제한법 제127조 제10항, 제143조 제1항, 조세특례제한법 시행령 제136조 제1항, 구 법인세법 제113조 제6항, 법인세법 시행령 제156조 제1항, 법인세법 시행규칙 제75조에 의하면, 구 조세특례제한법 제127조 제10항에 따라 사업을 구분경리한다는 것은 각 사업별로 자산․부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 구분기장하는 것을 의미한다.
결국 구 조세특례제한법 제127조 제10항에 따라 사업을 구분경리하게 되면, 각 사업별로 손익이 독립된 계정과목에 의하여 특정되어 ‘사업별 소득’ 및 그에 기초하여 산정되는 ‘법인세 산출세액 중 사업별로 귀속되는 세액’ 역시 구분될 수밖에 없다. 따라서 구 조세특례제한법 제127조 제10항의 문언이 사업에 대한 구분경리만을 규정하고 있다고 하더라도, 그것은 구분경리에 의하여 소득 내지 세액이 구분되는 것을 당연한 전제로 한다고 보아야 한다.
③ 구 조세특례제한법 제127조 제10항의 신설 배경이 된 이 사건 질의회신의 사안은 ‘제2공장의 투자세액공제액은 전액 제2공장에서만 공제되며 제1공장에서 공제되지 아니하는’ 사안이었다. 또한 이 사건 질의회신은 “산출세액 중 공장별로 귀속되는 세액을 합리적으로 구분할 수 있는 경우”를 전제로 하면서, 제2공장에서 발생한 세액공제액은 “제2공장에 귀속되는 세액을 한도로” 공제할 수 있다고 회신하였다. 나아가 구 조세특례제한법 제127조 제10항의 문언은 “세액감면을 적용받는 사업”과 “그 밖의 사업”을 대비시키고 있어서 “그 밖의 사업”은 ‘세액감면을 적용받지 아니하는 사업’으로 해석되며, 위 조항은 세액감면을 적용받지 아니하는 “그 밖의 사업”에만 세액공제가 적용되는 것으로 규정하고 있다. 이러한 사정들을 종합하면, 기획재정부장관이 이 사건 질의회신의 사안에 대하여 이 사건 중복지원 금지조항에 위배되지 아니한다고 판단한 이유는, 구분경리에 의하여 사업장별로 소득 내지 세액이 구분되는 경우에, 감면대상 사업장에서 발생하는 소득에 대하여는 세액감면을 적용받고, 위 감면대상소득을 제외 한 나머지 소득에 대하여는 세액공제를 적용받는다면, 그것은 동일한 소득 내지 세액에 대하여 중복하여 감면과 공제를 받는 것에는 해당하지 아니한다고 판단하였기 때문으로 볼 수 있다.
즉 구 조세특례제한법 제127조 제10항에 따라 이 사건 중복지원 금지조항이 금지하는 중복지원에 해당하는지 여부를 판단하는 경우 그 최종적인 판단 기준은 동일한 소득 내지 세액에 대하여 중복하여 감면과 공제가 이루어지는지 여부라고 할 것이고, 구 조세특례제한법 제127조 제10항이 사업별 구분경리를 규정하고 있는 것도 구분경리에 의하여 사업별로 소득 내지 세액을 구분함으로써 동일한 소득 내지 세액에 대하여 중복된 감면과 공제가 이루어지는지 여부를 판단하기 위한 것이라고 볼 수 있다.
구분경리에 대하여 규정하고 있는 구 조세특례제한법 제143조가 동일한 조문 내에서 감면대상사업의 소득금액을 계산하는 구체적인 방법에 대한 조항을 두고 있는 것도 같은 취지라고 볼 수 있으며, 원고도 “구 조특법 제127조 제10항이 동시 적용의 요건으로서 ‘구분경리’를 요구하는 것은 ‘각 사업장별로 귀속되는 세액’을 합리적으로 구분하기 위한 것인바”라고 주장하여(원고의 2021. 6. 9.자 준비서면 전자기록 제12쪽), 구 조세특례제한법 제127조 제10항이 의도하는 것은 구분경리 그 자체가 아니라 구분경리를 통한 소득 내지 세액의 구분이라는 점을 인정하고 있다.
다. 이 사건 세액감면과 이 사건 각 세액공제가 동시에 적용될 수 있는지 여부
1) 구 조세특례제한법 제127조 제10항에 의하더라도 세액감면과 세액공제의 중복지원은 금지되며, 동시 적용이 가능한지 여부를 판단하는 최종적인 기준은 구분경리 그 자체가 아니라 동일한 소득 내지 세액에 대하여 중복하여 감면과 공제가 이루어지는지 여부라는 점은 앞에서 살핀 바와 같다.
한편 이 사건 세액감면은 본사의 지방이전으로 인한 것이므로, 구 조세특례제한법 제127조 제10항이 구분경리의 기준으로 제시하는 “세액감면을 적용받는 사업”과 “그 밖의 사업”은 ‘이전본사의 사업’과 ‘이전본사 외 사업장의 사업’이 된다. 원고도 ‘본사의사업’과 ‘본사 외 전국 각 사업장의 사업’으로 구분경리하였다고 주장하면서 소득구분계산서를 제출하였는데[갑 제21호증의 1, 2, 원고는 산업통상자원부고시인 ○○사업회계분리기준 등에 따라 ‘국내○○사업(aa사업, bb사업, cc사업)’과 ‘그 외의 사업(해외사업, 기타사업)’으로 구분하여 회계자료를 작성하였는데, 그중 ‘그 외의 사업(해외 사업, 기타사업)’을 ‘본사의 사업’에, ‘국내○○사업(aa사업, bb사업, cc사업)’을 ‘본사 외 전국 각 사업장의 사업’에 각 대응시키고 있는 것이다1)], 이에 의하면 2016 사업년도 원고 법인 전체의 과세표준 약 x조 x,xxx억 원 중 이전본사 감면분 과세표준은 약 2,xxx억 원, 이전본사 외 사업장의 과세표준은 약 x조 x,xxx억 원이고, 2017 사업년도 원고 법인 전체의 과세표준 약 x조 x,xxx억 원 중 이전본사 감면분 과세표준은 약 xx억 원, 이전본사 외 사업장의 과세표준은 약 x조 x,xxx억 원이다.
그런데 원고는 위와 같이 구분경리된 이전본사 감면분 과세표준을 감면대상소득으로 하여 이 사건 세액감면을 신청한 것이 아니고, 구 조세특례제한법 제63조의2 제2항 이 정하고 있는 감면대상소득 계산방식에 따라 산정된 금액에 기초하여 이 사건 세액감면을 받았다. 즉 구 조세특례제한법 제63조의2 제2항은 법인이 본사를 지방으로 이전하는 경우 ‘해당 과세연도의 과세표준에서 부동산 양도차익 등을 공제한 금액’에 ‘이전본사 근무인원이 법인 전체 근무인원에서 차지하는 비율’ 또는 ‘이전본사 근무인원의 급여총액이 법인 전체 근무인원의 급여총액에서 차지하는 비율’ 중 작은 비율 등을 곱하여 산정한 금액에 대하여 세액감면을 하도록 규정하고 있고, 그 결과 실제로 이 사건 세액감면의 대상이 된 소득은 조세심판원의 결정을 반영한 최종적인 금액이 2016사업년도 약 x,xxx억 원, 2017 사업년도 약 x,xxx억 원이었다.
결국 이 사건 세액감면의 대상 소득 중 2016 사업년도 약 x,xxx억 원(= 약 x,xxx억 원 - 약 x,xxx억 원), 2017 사업년도 약 x,xxx억 원(= 약 x,xxx억 원 - 약 xx억 원)은 이전본사 외 사업장의 소득이 반영된 것인바, 만약 이전본사 외 사업장의 소득에 대하여 다시 이 사건 각 세액공제를 적용하게 되면 위와 같이 이 사건 세액감면에 이미 반영된 이전본사 외 사업장의 소득 내지 그에 기초한 세액 부분에 관하여는 동일한 소득 내지 세액에 대하여 중복하여 감면과 공제가 이루어지는 것이 되므로, 이 사건 세액감면과 이 사건 각 세액공제는 동시에 적용될 수 없다.
2) 원고는, 구 조세특례제한법 제127조 제10항의 문언이 사업의 구분경리만을 요구하고 있을 뿐이므로, 원고가 구분경리의 요건을 갖춘 이상, 위와 같이 대상 소득이나 세액이 중복되더라도 위 조항에 의하여 이 사건 세액감면과 이 사건 각 세액공제는 동시에 적용되어야 한다고 주장한다.
그러나 앞에서 살핀 바와 같이 원고는 관련 회계기준에 따라 ‘국내○○사업(aa사업, bb사업, cc사업)’과 ‘그 외의 사업(해외사업, 기타사업)’으로 구분하여 회계자료를 작성한 다음 그것을 구 조세특례제한법 제127조 제10항에 따른 구분경리로 주장하는 것에 불과하다.
나아가 구 조세특례제한법 제127조 제10항이 사업별 구분경리를 규정한 이유는 사업별 소득 내지 세액을 구분하여 동일한 소득 내지 세액에 대한 중복된 감면과 공제가 이루어지는지 여부를 판단하기 위한 것이라는 점은 앞에서 살핀 바와 같은데, 원고는 그 주장과 같은 구분경리에 의하여 구분된 소득에 대하여 이 사건 세액감면을 받은 것이 아니라 구 조세특례제한법 제63조의2 제2항에 따라 계산한 금액에 대하여 이 사건 세액감면을 받았으므로, 원고의 위 주장과 같은 구분경리가 이루어졌다는 사실 자체는 이 사건 세액감면과 이 사건 각 세액공제의 중복지원 여부를 판단하는 데에 별다른 의미를 갖지 못한다.
또한 원고는, 구 조세특례제한법 제127조 제10항의 구분경리는 세액을 합리적으로 구분하기 위하여 요구되는 것인데, 구 조세특례제한법 제63조의2 제2항에 따라 감면대상소득을 산정함으로써 이전본사의 소득 내지 세액이 합리적으로 구분되었으므로, 이로써 구 조세특례제한법 제127조 제10항에 따른 구분경리 요건을 갖추었다고도 주장한다. 그러나 구 조세특례제한법 제63조의2 제2항이 일정한 계산방식에 의하여 ‘이전 본사’의 감면대상소득을 산정하도록 하고 있다고 하여, 법인 전체의 과세표준에서 그와같이 산정된 금액을 공제한 잔액이 ‘이전본사 외 사업장’의 소득으로 의제되는 것이 아니다. 이전본사 외 사업장의 소득은 실제 발생한 소득으로 산정되어야 하고, 원고 역시 이전본사 외 사업장의 소득은 회계기준에 따른 구분 중 ‘국내○○사업(aa사업, bb사업, cc사업)’ 항목에 의하여 산정하는 것으로 주장하였는바(원고의 2021. x. x.자 준비서면 전자기록 제25 내지 27쪽), 이와 같이 산정되는 이전본사 외 사업장의 소득이 구 조세특례제한법 제63조의2 제2항에 따라 산정되는 이전본사의 감면대상소득과 중복된다는 점은 위 1)항에서 살핀 바와 같다. 즉 구 조세특례제한법 제127조 제10항의 ‘구분’은 단순히 ‘특정’을 의미하는 것이 아니라 ‘중복되지 아니하도록 나누는 것’을 의미한다고 보아야 하는데, 원고의 위 주장에 의하더라도 이 사건 세액감면과 이 사건 각 세액공제의 각 대상 소득이 중복되어 구분되지 아니하므로, 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.
따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.
3) 원고는, 위와 같이 해석하면 구 조세특례제한법 제63조의2 제2항이 정하는 계산방식에 의하여 감면대상소득을 산정하게 되는 본사의 지방이전에 따른 세액감면에 관한 한 일부 세액공제와의 중복지원이 원천적으로 불가능하게 되고, 이는 기업의 지방이전을 촉진하려는 구 조세특례제한법 제63조의2의 입법취지를 몰각시키는 것으로서 부당하다고 주장한다.
그러나 원고는 당초 2016, 2017 사업년도 법인세를 신고하면서 이 사건 세액감면과 이 사건 각 세액공제 중 이 사건 세액감면을 적용받는 것이 더 유리하다고 판단하여 이 사건 세액감면을 선택함으로써 구 조세특례제한법 제63조의2가 정한 혜택을 받았는바, 본사의 지방이전에 따른 세액감면과 일부 세액공제의 중복지원이 금지된다고 하여 그것이 곧바로 구 조세특례제한법 제63조의2의 입법취지를 몰각시키는 것이 된다고 단정할 수 없다. 나아가 세액공제를 선택함으로써 본사의 지방이전에 따른 세액감면을 받지 못하는 경우가 있다고 하더라도, 그것은 구 조세특례제한법 제63조의2, 제127조 제4항이 기업의 지방이전을 촉진하기 위한 세액감면을 규정하면서도 그 세액감면을 예외 없이 관철시키는 태도를 취하지 아니하고 일부 세액공제와의 관계에서는 그중 하나만을 선택하도록 정하고 있기 때문으로서, 이는 세액공제의 성격이나 여러 이해관계 등을 종합적으로 고려한 입법자의 결단에 따른 결과라고 볼 수 있다. 원고는,공장과 본사를 함께 지방으로 이전하는 경우에 구 조세특례제한법 제63조의2 제2항 제2호에 따라 산정되는 이전본사의 소득이 이전공장에서 발생하는 소득과 중복될 수 있음에도 구 조세특례제한법 제63조의2 제2항 제3호가 이들 소득을 합산하여 세액감면을 하도록 규정하고 있다는 점을 강조하기도 하나, 이 역시 입법자가 명시적인 규정을 두어 그러한 방식의 중복된 세액감면을 허용하기 때문에 가능한 것으로서, 소득의중복 적용에 관한 명시적인 규정이 없는 이 사건에서 그와 동일하게 해석할 수는 없다. 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.
5. 결론
그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 기각하여야 할 것인바, 제1심판결은 이와 결론을 같이 하여 정당하고 원고의 항소는 이유 없으므로, 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
출처 : 광주고등법원 2022. 10. 06. 선고 광주고등법원 2022누10619 판결 | 국세법령정보시스템
* 본 법률정보는 대법원 판결문을 바탕으로 한 일반적인 정보 제공에 불과하며, 구체적인 사건에 대한 법률적 판단이나 조언으로 해석될 수 없습니다. 동일해 보이는 상황이라도 사실관계나 시점 등에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 자세한 내용은 변호사와 상담을 권장합니다.
구 조세특례제한법 제127조 제10항에 따라 세액감면과 세액공제가 동시 적용이 가능한지 여부를 판단하는 최종적인 기준은 구분경리 그 자체가 아니라 동일한 소득 내지 세액에 대하여 중복 하여 감면과 공제가 이루어지는지 여부라고 봄이 타당함
판결 내용은 붙임과 같습니다.
사 건 |
2022누10619 법인세경정거부처분취소 |
원 고 |
○○○○○사 |
피 고 |
○○세무서장 |
변 론 종 결 |
2022. 8. 18 |
판 결 선 고 |
2022. 10. 6. |
주 문
1. 원고의 항소를 기각한다.
2. 항소비용은 원고가 부담한다.
청구취지 및 항소취지
제1심판결을 취소한다. 피고가 2020. x. xx. 원고에 대하여 한 2016 사업년도 법인세xxx,xxx,xxx원, 2017 사업년도 법인세 x,xxx,xxx,xxx원의 각 경정거부처분을 모두 취소한다.
이 유
1. 처분의 경위
이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는 제1심판결 제3쪽 바.항 제3줄의 “2021. 2. 15.”을 “2021. 1. 25.”로 고치는 외에는 제1심판결 이유 중 ‘1. 처분의 경위 등’ 항목의 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.
2. 당사자의 주장
가. 원고의 주장
원고가 구 조세특례제한법 제127조 제10항이 정한 구분경리의 요건을 충족하였으므로, 이 사건 세액감면의 대상 소득과 이 사건 각 세액공제의 대상 소득이 중복되는 경우에도 구 조세특례제한법 제127조 제10항에 따라 이 사건 세액감면과 이 사건 각 세액공제는 동시에 적용되어야 한다. 따라서 이 사건 처분은 위법하다.
나. 피고의 주장
이 사건 세액감면은 구 조세특례제한법 제63조의2 제2항 제2호에 따라 계산된 소득에 기초하여 이루어졌는데, 그 감면대상소득은 원고 법인 전체의 과세표준에서 부동산 양도차익 등을 공제한 금액에 일정 비율을 곱하여 산정된 금액으로서 이 사건 각 세액공제의 대상 소득과 중복되므로, 구 조세특례제한법 제127조 제10항은 적용되지 아니하고 이 사건 세액감면과 이 사건 각 세액공제는 중복 적용될 수 없다. 따라서 이 사건 처분은 적법하다.
3. 관계 법령
이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는 제1심판결의 별지 ‘관계 법령’ 중 법인세법, 법인세법 시행령, 법인세법 시행규칙 부분을 이 판결의 별지 ‘관계 법령 중 수정하는 부분’으로 고치는 외에는 제1심판결 이유 중 ‘2의 나. 관계 법령’ 항목 및 제1심판결의 별지 ‘관계 법령’의 각 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.
4. 판단
가. 관련 법리
조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다(대법원 2003. 1. 24. 선고 2002두9537 판결 참조).
나. 구 조세특례제한법 제127조 제10항의 해석에 대하여
1) 원고의 주장
세액감면과 세액공제는 동시에 적용되는 것이 원칙이고, 다만 구 조세특례제한법 제127조 제4항(이하 ‘이 사건 중복지원 금지조항’이라 한다)이 예외적으로 세액감면과 세액공제의 중복지원을 배제하고 있으나, 구 조세특례제한법 제127조 제10항이 ‘세액감면을 적용받는 사업’과 ‘그 밖의 사업’에 대한 구분경리를 요건으로 하여 다시 원칙으로 돌아가 세액감면과 세액공제의 동시 적용을 허용하고 있다. 따라서 구분경리가 이루어지기만 하면 세액감면과 세액공제의 각 대상 소득이 중복되는 경우에도 구 조세특례제한법 제127조 제10항에 따라 세액감면과 세액공제가 동시에 적용되어야 하고, 세액감면과 세액공제의 중복지원을 위하여 구분경리 외에 사업별 소득 내지 세액이 중복되지 아니할 것을 요구하는 것은 조세법률주의에 반한다.
2) 판단
가) 동일한 소득 내지 세액에 대하여 세액감면과 세액공제의 중복지원을 허용할 것인지 여부는 입법정책의 문제라고 할 수 있는데, 이 사건 중복지원 금지조항은 이 사건 세액감면과 일부 세액공제(위 조항은 이 사건 각 세액공제를 포함하여 중복지원이 금지되는 세액공제 사유를 한정적으로 열거하고 있다)에 관하여 그중 하나만을 선택하여 적용하도록 규정하고 있으므로, 이 사건 세액감면과 이 사건 각 세액공제는 동일한 소득 내지 세액에 대하여 중복지원될 수 없다.
나) 또한 구 조세특례제한법 제127조 제10항이 “제143조에 따라 세액감면을 적용받는 사업과 그 밖의 사업을 구분경리하는 경우로서 그 밖의 사업에 공제규정이 적용되는 경우에는 해당 세액감면과 공제는 중복지원에 해당하지 아니한다.”고 규정하고 있으나, 아래와 같은 이유로 위 조항은 이 사건 중복지원 금지조항에 대한 예외를 인정하거나 예외 인정을 위한 적극적인 요건을 규정하는 취지의 조항이 아니고, 이 사건 중복지원 금지조항의 취지를 그대로 유지하면서 그 적용 범위를 명확하게 하기 위한 조항에 불과한 것으로서, 위 조항에 의하더라도 동시 적용이 가능한지 여부를 판단하는 최종적인 기준은 구분경리 그 자체가 아니라 동일한 소득 내지 세액에 대하여 중복하여 감면과 공제가 이루어지는지 여부라고 봄이 타당하다.
① ‘제1공장과 제2공장을 구분경리하여 제1공장은 지방이전으로 인한 감면을 적용받고 있을 때 제2공장에서 임시투자세액공제를 적용받을 수 있는지 여부. 다만 제2공장의 투자세액공제액은 전액 제2공장에서만 공제되며 제1공장에서 공제되지 아니함’이라는 내용의 질의에 대하여, 기획재정부장관은 2010. 3. 23. ‘조세특례제한법 제127조 제4항을 적용함에 있어 제조공정이 서로 무관한 2개의 공장을 영위하는 법인이 각각의 공장을 구분하여 경리함에 따라 산출세액 중 공장별로 귀속되는 세액을 합리적으로 구분할 수 있는 경우에는 1개의 공장에서 세액감면을 적용하고 있다 하더라도 다른 공장에 투자를 함에 따라 발생한 투자세액공제액은 제2공장에 귀속되는 세액을 한 도로 공제할 수 있다’고 회신하였다(조세특례제도과-284, 2010. 3. 23., 이하 ‘이 사건 질의회신’이라 한다. 갑 제5호증). 그런데 기획재정부장관은 이 사건 질의회신 이전인 2009. 10. 9.에는 위와 유사한 질의에 대하여 ‘세액공제 투자금액은 일반적으로 거액에 해당하여 당해 과세연도에 모두 공제되지 않고 장기간 이월공제 되는 특성을 감안할 때 특정 사업장에서 발생한 투자라 하여 당해 사업장으로 한정하여 세액공제 되지 아니하므로 사업장이 구분된다고 하더라도 중복문제가 발생한다’는 이유로 세액공제와 세액감면 중 하나만을 선택하여 적용하여야 한다고 회신함으로써 이 사건 질의회신과는 상반되는 입장을 취한 적이 있다(조세특례제도과-866, 2009. 10. 9., 대법원 2015. 5. 14. 선고 2014두47662 판결의 제1심판결 참조). 그리고 국세청 개정세법해설(2013)에 의하면, 구 조세특례제한법 제127조 제10항은 사업장을 구분하여 세액감면과 세액공제를 각각 적용하는 경우 중복지원에 해당하지 아니함을 명확화하기 위하여 이 사건 질의회신을 법령에 반영한 것이다(갑 제6호증).
이러한 입법경위에 의하면, 구 조세특례제한법 제127조 제10항은, 이 사건 중복지원 금지조항을 배제하기 위한 특별 규정이 아니고, 이 사건 중복지원 금지조항에 위배되는지 여부가 논란이 되는 사안에 대하여 그 결론을 밝힘으로써 이 사건 중복지원 금지조항의 적용 범위를 명확하게 하기 위한 규정임을 알 수 있다. 따라서 구 조세특례제한법 제127조 제10항에는 이 사건 중복지원 금지조항의 취지가 그대로 적용되며, 구 조세특례제한법 제127조 제10항에 의하더라도 동일한 소득 내지 세액에 대한 중복지원이 허용되지 아니한다는 점에는 변함이 없다.
② 법인세는 ‘각 사업연도의 소득’ 등이 과세대상이 되고[구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제3조 제1항 제1호], 내국법인의 ‘각 사업연도의 소득’은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다(구 법인세법 제14조 제1항). 한편 구 조세특례제한법 제127조 제10항, 제143조 제1항, 조세특례제한법 시행령 제136조 제1항, 구 법인세법 제113조 제6항, 법인세법 시행령 제156조 제1항, 법인세법 시행규칙 제75조에 의하면, 구 조세특례제한법 제127조 제10항에 따라 사업을 구분경리한다는 것은 각 사업별로 자산․부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 구분기장하는 것을 의미한다.
결국 구 조세특례제한법 제127조 제10항에 따라 사업을 구분경리하게 되면, 각 사업별로 손익이 독립된 계정과목에 의하여 특정되어 ‘사업별 소득’ 및 그에 기초하여 산정되는 ‘법인세 산출세액 중 사업별로 귀속되는 세액’ 역시 구분될 수밖에 없다. 따라서 구 조세특례제한법 제127조 제10항의 문언이 사업에 대한 구분경리만을 규정하고 있다고 하더라도, 그것은 구분경리에 의하여 소득 내지 세액이 구분되는 것을 당연한 전제로 한다고 보아야 한다.
③ 구 조세특례제한법 제127조 제10항의 신설 배경이 된 이 사건 질의회신의 사안은 ‘제2공장의 투자세액공제액은 전액 제2공장에서만 공제되며 제1공장에서 공제되지 아니하는’ 사안이었다. 또한 이 사건 질의회신은 “산출세액 중 공장별로 귀속되는 세액을 합리적으로 구분할 수 있는 경우”를 전제로 하면서, 제2공장에서 발생한 세액공제액은 “제2공장에 귀속되는 세액을 한도로” 공제할 수 있다고 회신하였다. 나아가 구 조세특례제한법 제127조 제10항의 문언은 “세액감면을 적용받는 사업”과 “그 밖의 사업”을 대비시키고 있어서 “그 밖의 사업”은 ‘세액감면을 적용받지 아니하는 사업’으로 해석되며, 위 조항은 세액감면을 적용받지 아니하는 “그 밖의 사업”에만 세액공제가 적용되는 것으로 규정하고 있다. 이러한 사정들을 종합하면, 기획재정부장관이 이 사건 질의회신의 사안에 대하여 이 사건 중복지원 금지조항에 위배되지 아니한다고 판단한 이유는, 구분경리에 의하여 사업장별로 소득 내지 세액이 구분되는 경우에, 감면대상 사업장에서 발생하는 소득에 대하여는 세액감면을 적용받고, 위 감면대상소득을 제외 한 나머지 소득에 대하여는 세액공제를 적용받는다면, 그것은 동일한 소득 내지 세액에 대하여 중복하여 감면과 공제를 받는 것에는 해당하지 아니한다고 판단하였기 때문으로 볼 수 있다.
즉 구 조세특례제한법 제127조 제10항에 따라 이 사건 중복지원 금지조항이 금지하는 중복지원에 해당하는지 여부를 판단하는 경우 그 최종적인 판단 기준은 동일한 소득 내지 세액에 대하여 중복하여 감면과 공제가 이루어지는지 여부라고 할 것이고, 구 조세특례제한법 제127조 제10항이 사업별 구분경리를 규정하고 있는 것도 구분경리에 의하여 사업별로 소득 내지 세액을 구분함으로써 동일한 소득 내지 세액에 대하여 중복된 감면과 공제가 이루어지는지 여부를 판단하기 위한 것이라고 볼 수 있다.
구분경리에 대하여 규정하고 있는 구 조세특례제한법 제143조가 동일한 조문 내에서 감면대상사업의 소득금액을 계산하는 구체적인 방법에 대한 조항을 두고 있는 것도 같은 취지라고 볼 수 있으며, 원고도 “구 조특법 제127조 제10항이 동시 적용의 요건으로서 ‘구분경리’를 요구하는 것은 ‘각 사업장별로 귀속되는 세액’을 합리적으로 구분하기 위한 것인바”라고 주장하여(원고의 2021. 6. 9.자 준비서면 전자기록 제12쪽), 구 조세특례제한법 제127조 제10항이 의도하는 것은 구분경리 그 자체가 아니라 구분경리를 통한 소득 내지 세액의 구분이라는 점을 인정하고 있다.
다. 이 사건 세액감면과 이 사건 각 세액공제가 동시에 적용될 수 있는지 여부
1) 구 조세특례제한법 제127조 제10항에 의하더라도 세액감면과 세액공제의 중복지원은 금지되며, 동시 적용이 가능한지 여부를 판단하는 최종적인 기준은 구분경리 그 자체가 아니라 동일한 소득 내지 세액에 대하여 중복하여 감면과 공제가 이루어지는지 여부라는 점은 앞에서 살핀 바와 같다.
한편 이 사건 세액감면은 본사의 지방이전으로 인한 것이므로, 구 조세특례제한법 제127조 제10항이 구분경리의 기준으로 제시하는 “세액감면을 적용받는 사업”과 “그 밖의 사업”은 ‘이전본사의 사업’과 ‘이전본사 외 사업장의 사업’이 된다. 원고도 ‘본사의사업’과 ‘본사 외 전국 각 사업장의 사업’으로 구분경리하였다고 주장하면서 소득구분계산서를 제출하였는데[갑 제21호증의 1, 2, 원고는 산업통상자원부고시인 ○○사업회계분리기준 등에 따라 ‘국내○○사업(aa사업, bb사업, cc사업)’과 ‘그 외의 사업(해외사업, 기타사업)’으로 구분하여 회계자료를 작성하였는데, 그중 ‘그 외의 사업(해외 사업, 기타사업)’을 ‘본사의 사업’에, ‘국내○○사업(aa사업, bb사업, cc사업)’을 ‘본사 외 전국 각 사업장의 사업’에 각 대응시키고 있는 것이다1)], 이에 의하면 2016 사업년도 원고 법인 전체의 과세표준 약 x조 x,xxx억 원 중 이전본사 감면분 과세표준은 약 2,xxx억 원, 이전본사 외 사업장의 과세표준은 약 x조 x,xxx억 원이고, 2017 사업년도 원고 법인 전체의 과세표준 약 x조 x,xxx억 원 중 이전본사 감면분 과세표준은 약 xx억 원, 이전본사 외 사업장의 과세표준은 약 x조 x,xxx억 원이다.
그런데 원고는 위와 같이 구분경리된 이전본사 감면분 과세표준을 감면대상소득으로 하여 이 사건 세액감면을 신청한 것이 아니고, 구 조세특례제한법 제63조의2 제2항 이 정하고 있는 감면대상소득 계산방식에 따라 산정된 금액에 기초하여 이 사건 세액감면을 받았다. 즉 구 조세특례제한법 제63조의2 제2항은 법인이 본사를 지방으로 이전하는 경우 ‘해당 과세연도의 과세표준에서 부동산 양도차익 등을 공제한 금액’에 ‘이전본사 근무인원이 법인 전체 근무인원에서 차지하는 비율’ 또는 ‘이전본사 근무인원의 급여총액이 법인 전체 근무인원의 급여총액에서 차지하는 비율’ 중 작은 비율 등을 곱하여 산정한 금액에 대하여 세액감면을 하도록 규정하고 있고, 그 결과 실제로 이 사건 세액감면의 대상이 된 소득은 조세심판원의 결정을 반영한 최종적인 금액이 2016사업년도 약 x,xxx억 원, 2017 사업년도 약 x,xxx억 원이었다.
결국 이 사건 세액감면의 대상 소득 중 2016 사업년도 약 x,xxx억 원(= 약 x,xxx억 원 - 약 x,xxx억 원), 2017 사업년도 약 x,xxx억 원(= 약 x,xxx억 원 - 약 xx억 원)은 이전본사 외 사업장의 소득이 반영된 것인바, 만약 이전본사 외 사업장의 소득에 대하여 다시 이 사건 각 세액공제를 적용하게 되면 위와 같이 이 사건 세액감면에 이미 반영된 이전본사 외 사업장의 소득 내지 그에 기초한 세액 부분에 관하여는 동일한 소득 내지 세액에 대하여 중복하여 감면과 공제가 이루어지는 것이 되므로, 이 사건 세액감면과 이 사건 각 세액공제는 동시에 적용될 수 없다.
2) 원고는, 구 조세특례제한법 제127조 제10항의 문언이 사업의 구분경리만을 요구하고 있을 뿐이므로, 원고가 구분경리의 요건을 갖춘 이상, 위와 같이 대상 소득이나 세액이 중복되더라도 위 조항에 의하여 이 사건 세액감면과 이 사건 각 세액공제는 동시에 적용되어야 한다고 주장한다.
그러나 앞에서 살핀 바와 같이 원고는 관련 회계기준에 따라 ‘국내○○사업(aa사업, bb사업, cc사업)’과 ‘그 외의 사업(해외사업, 기타사업)’으로 구분하여 회계자료를 작성한 다음 그것을 구 조세특례제한법 제127조 제10항에 따른 구분경리로 주장하는 것에 불과하다.
나아가 구 조세특례제한법 제127조 제10항이 사업별 구분경리를 규정한 이유는 사업별 소득 내지 세액을 구분하여 동일한 소득 내지 세액에 대한 중복된 감면과 공제가 이루어지는지 여부를 판단하기 위한 것이라는 점은 앞에서 살핀 바와 같은데, 원고는 그 주장과 같은 구분경리에 의하여 구분된 소득에 대하여 이 사건 세액감면을 받은 것이 아니라 구 조세특례제한법 제63조의2 제2항에 따라 계산한 금액에 대하여 이 사건 세액감면을 받았으므로, 원고의 위 주장과 같은 구분경리가 이루어졌다는 사실 자체는 이 사건 세액감면과 이 사건 각 세액공제의 중복지원 여부를 판단하는 데에 별다른 의미를 갖지 못한다.
또한 원고는, 구 조세특례제한법 제127조 제10항의 구분경리는 세액을 합리적으로 구분하기 위하여 요구되는 것인데, 구 조세특례제한법 제63조의2 제2항에 따라 감면대상소득을 산정함으로써 이전본사의 소득 내지 세액이 합리적으로 구분되었으므로, 이로써 구 조세특례제한법 제127조 제10항에 따른 구분경리 요건을 갖추었다고도 주장한다. 그러나 구 조세특례제한법 제63조의2 제2항이 일정한 계산방식에 의하여 ‘이전 본사’의 감면대상소득을 산정하도록 하고 있다고 하여, 법인 전체의 과세표준에서 그와같이 산정된 금액을 공제한 잔액이 ‘이전본사 외 사업장’의 소득으로 의제되는 것이 아니다. 이전본사 외 사업장의 소득은 실제 발생한 소득으로 산정되어야 하고, 원고 역시 이전본사 외 사업장의 소득은 회계기준에 따른 구분 중 ‘국내○○사업(aa사업, bb사업, cc사업)’ 항목에 의하여 산정하는 것으로 주장하였는바(원고의 2021. x. x.자 준비서면 전자기록 제25 내지 27쪽), 이와 같이 산정되는 이전본사 외 사업장의 소득이 구 조세특례제한법 제63조의2 제2항에 따라 산정되는 이전본사의 감면대상소득과 중복된다는 점은 위 1)항에서 살핀 바와 같다. 즉 구 조세특례제한법 제127조 제10항의 ‘구분’은 단순히 ‘특정’을 의미하는 것이 아니라 ‘중복되지 아니하도록 나누는 것’을 의미한다고 보아야 하는데, 원고의 위 주장에 의하더라도 이 사건 세액감면과 이 사건 각 세액공제의 각 대상 소득이 중복되어 구분되지 아니하므로, 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.
따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.
3) 원고는, 위와 같이 해석하면 구 조세특례제한법 제63조의2 제2항이 정하는 계산방식에 의하여 감면대상소득을 산정하게 되는 본사의 지방이전에 따른 세액감면에 관한 한 일부 세액공제와의 중복지원이 원천적으로 불가능하게 되고, 이는 기업의 지방이전을 촉진하려는 구 조세특례제한법 제63조의2의 입법취지를 몰각시키는 것으로서 부당하다고 주장한다.
그러나 원고는 당초 2016, 2017 사업년도 법인세를 신고하면서 이 사건 세액감면과 이 사건 각 세액공제 중 이 사건 세액감면을 적용받는 것이 더 유리하다고 판단하여 이 사건 세액감면을 선택함으로써 구 조세특례제한법 제63조의2가 정한 혜택을 받았는바, 본사의 지방이전에 따른 세액감면과 일부 세액공제의 중복지원이 금지된다고 하여 그것이 곧바로 구 조세특례제한법 제63조의2의 입법취지를 몰각시키는 것이 된다고 단정할 수 없다. 나아가 세액공제를 선택함으로써 본사의 지방이전에 따른 세액감면을 받지 못하는 경우가 있다고 하더라도, 그것은 구 조세특례제한법 제63조의2, 제127조 제4항이 기업의 지방이전을 촉진하기 위한 세액감면을 규정하면서도 그 세액감면을 예외 없이 관철시키는 태도를 취하지 아니하고 일부 세액공제와의 관계에서는 그중 하나만을 선택하도록 정하고 있기 때문으로서, 이는 세액공제의 성격이나 여러 이해관계 등을 종합적으로 고려한 입법자의 결단에 따른 결과라고 볼 수 있다. 원고는,공장과 본사를 함께 지방으로 이전하는 경우에 구 조세특례제한법 제63조의2 제2항 제2호에 따라 산정되는 이전본사의 소득이 이전공장에서 발생하는 소득과 중복될 수 있음에도 구 조세특례제한법 제63조의2 제2항 제3호가 이들 소득을 합산하여 세액감면을 하도록 규정하고 있다는 점을 강조하기도 하나, 이 역시 입법자가 명시적인 규정을 두어 그러한 방식의 중복된 세액감면을 허용하기 때문에 가능한 것으로서, 소득의중복 적용에 관한 명시적인 규정이 없는 이 사건에서 그와 동일하게 해석할 수는 없다. 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.
5. 결론
그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 기각하여야 할 것인바, 제1심판결은 이와 결론을 같이 하여 정당하고 원고의 항소는 이유 없으므로, 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
출처 : 광주고등법원 2022. 10. 06. 선고 광주고등법원 2022누10619 판결 | 국세법령정보시스템