요지

대법원 판결에 의하여 법령을 잘못 해석한 것으로 위법한 처분이 되었다고 하더라도 부과처분 당시에는 법리가 명백히 밝혀지지 아니하여 그 해석에 다툼의 여지가 있어 그 하자가 병맥하다고 할 수 없으므로 당연무효로 볼 수 없음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지

피고가 2013. 5. 1.¹⁾ 원고에 대하여 한 2008년 귀속 양도소득세 XX,XXX,XXX원의 부과처분이 무효임을 확인한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고의 신축주택의 양도 및 양도소득세 예정신고

1) 원고는 1999. 8. 23. 서울 구로구 XXXX XXXX-XX XX아파트 XXX동 XXX호(이하 ⁠‘종전주택’이라 한다)를 취득하여 보유하던 중 종전주택이 재건축되어 2003. 12. 4. 서울 구로구 구로동 XXXX XX아파트 XXX동 XXX호(이하 ⁠‘신축주택’이라 한다)를 취득하였고 2008. 2. 22. 신축주택을 양도하였다.

2) 원고는 2008. 4. 30. 피고에게 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것) 제99조의3 제1항²⁾ 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례규정(이하 ⁠‘이 사건 특례규정’이라 한다)을 적용하여 양도소득세 100% 감면으로

2008년 귀속 양도소득세 예정신고를 하였다.

나. 피고의 양도소득세 경정처분

피고는 신축주택 취득자 감면 적용에 대한 기획점검 계획에 따라 이 사건 특례규정을 해석함에 있어, 전체 양도소득금액 중 신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액만이 과세특례대상에 해당하고 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전에 발생한 양도소득금액은 이에 해당하지 아니한다는 이유로, 종전주택 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득에 대하여는 양도소득세가 감면되지 않는다고 보고 그 감면을 부인하고, 2013. 5. 1. 원고에게 2008년 귀속 양도소득세 XX,XXX,XXX원(가산세 포함)을 경정․고지하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

다. 전심절차

원고는 이에 불복하여 2013. 7. 4. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 2013. 10. 4. 그 청구가 기각되었다.

라. 원고의 경정청구 등

1) 한편, 이 사건 처분과 동일한 쟁점에 관한 행정소송사건(대법원 2013두2273)에 관하여 대법원이 2014. 12. 11. 이 사건 특례규정에 관한 피고의 위 해석과 상반되는 취지로 ⁠‘신축주택 취득일부터 5년 이내 양도’의 경우에는 ⁠‘기존 주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전까지의 양도소득’과 ⁠‘신축주택의 취득일부터 양도일까지의 양도소득’을 구분할 필요 없이 신축주택의 양도에 따른 양도소득세 전액이 감면되어야 한다는 취지로 원심을 파기하는 판결을 선고하자, 원고는 2015. 3. 9. 피고에게 이 사건 처분을 경정하여 달라는 청구를 하였다.

2) 그러나 피고는 원고의 2008년 귀속 양도소득세의 경정청구기간이 2014. 5. 31.로 만료되었고 원고가 위 판결의 당사자도 아니어서 후발적 경정청구사유도 될 수 없음을 이유로 2015. 3. 31. 원고의 경정청구를 기각하였다.

3) 이에 원고는 2015. 6. 12. 국민권익위원회에 고충신청을 하였고, 국민권익위원회에서는 2015. 11. 9. 피고에 이 사건 처분을 취소할 것을 시정권고하였으나 받아들여지지 않았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 무효 여부

가. 원고 주장의 요지 이 사건 처분은, 피고가 이 사건 특례규정을 임의로 해석하여 종전주택 취득일인 1999. 8. 23.부터 신축주택 취득일인 2003. 12. 4.까지의 양도소득을 감면대상에서 제외하여 당초 과세할 수 없는 것을 과세한 것인바, 이 사건 처분은 납부의무에 관한 법령을 잘못 해석한 중대한 하자가 있고, 이로써 납부의무 없는 세금이 부과되었으며, 이는 대법원 판결로써 그 위법이 확인되었고, 국민권익위원회의 시정권고가 있었으므로 당연 무효로 보아야 한다.

나. 판단

1) 과세처분이 당연무효라고 하기 위하여는 그 처분에 위법사유가 있다는 것만으로는 부족하고 그 하자가 법규의 중요한 부분을 위반한 중대한 것으로서 객관적으로 명백한 것이어야 하며，하자가 중대하고도 명백한 것인가의 여부를 판별할 때에는 그 과세처분의 근거가 되는 법규의 목적․의미․기능 등을 목적론적으로 고찰함과 동시에 구체적 사안 자체의 특수성에 관하여도 합리적으로 고찰하여야 한다. 그리고 어느 법률관계나 사실관계에 대하여 어느 법령의 규정을 적용하여 과세처분을 한 경우 그 법률관계나 사실관계에 대하여는 그 법령의 규정을 적용할 수 없다는 법리가 명백히 밝혀져서 그 해석에 다툼의 여지가 없음에도 과세관청이 그 법령의 규정을 적용하여 과세처분을 하였다면 그 하자는 중대하고도 명백하다고 할 것이나, 그 법률관계나 사실관계에 대하여 그 법령의 규정을 적용할 수 없다는 법리가 명백히 밝혀지지 아니하여 그 해석에 다툼의 여지가 있는 때에는 과세관청이 이를 잘못 해석하여 과세처분을 하였더라도 이는 과세요건사실을 오인한 것에 불과하여 그 하자가 명백하다고 할 수 없다(대법원 2013. 12. 26. 선고 2011다103809 판결, 대법원 1990. 11. 27. 선고 90다카10862 판결, 2012. 2. 23. 선고 2011두22723 판결 등 참조).

한편 행정처분의 당연무효를 주장하여 그 무효 확인을 구하는 행정소송에 있어서는 그 무효를 구하는 원고에게 그 행정처분에 존재하는 하자가 중대하고 명백하다는 것을 주장․증명함으로서 당연무효인 사유를 입증할 책임이 있다(대법원 1984. 2. 28. 선고 82누154 판결, 대법원 2010. 5. 13. 선고 2009두3460 판결 등 참조).

2) 앞서 인정한 바에 의하면, 이 사건 특례규정은 ⁠‘거주자가 재개발조합을 통하여 취득하는 주택 등의 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 양도소득세를 감면한다’고 규정하고 있는데, 이 사건 처분 당시에는 그 해석, 적용과 관련하여 신축주택 취득일 전에 발생한 양도소득에 대하여도 감면이 이루어지는지 여부에 대한 다툼이 있었다가 대법원 2014. 12. 11. 선고 2013두2273 판결에서 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일까지의 양도소득에 대하여는 양도소득세가 감면되지 않는다는 취지의 원심판결을 파기하면서 신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도하는 경우 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전까지의 양도소득과 신축주택의 취득일부터 양도일까지의 양도소득을 구분할 필요 없이 양도소득세 전액이 감면되어야 한다고 판단하였으므로, 이 사건 특례규정에 관한 법리는 그 무렵 비로소 명백히 밝혀졌다 할 것이다. 비록 이 사건 처분이 이 사건 특례규정을 잘못 해석하여 이루어진 것으로 위법하다 하더라도, 그 부과처분 당시에는 이 사건 특례규정에 관한 법리가 명백히 밝혀지지 아니하여 그 해석에 다툼의 여지가 있는 상황이어서그 하자가 명백하다고 할 수 없으므로 그와 같은 위법이 무효사유에 해당하지는 않는다. 따라서 이 사건 처분에 중대․명백한 하자가 있다는 원고의 주장은 이유 없다.

3) 한편, 갑 제1호증의 기재에 의하면, 국민권익위원회는 2015. 11. 2. 원고의 고충 민원 신청에 대하여 피고에게 그 시정을 권고하기로 의결하고 그 무렵 그 의결내용을 피고에게 통보한 사실이 인정되나, 고충민원처리제도는 국무총리 소속으로 설치된 국민권익위원회로 하여금 고충민원에 대한 조사결과 처분 등이 위법․부당하다고 인정할만한 상당한 이유가 있는 경우에는 관계 행정기관 등의 장에게 적절한 시정을 권고하여 국민의 불편과 부담을 시정하기 위한 제도로서 행정심판이나 행정소송 등의 불복구제절차와 제도의 취지나 성격을 달리하고 있고, 국민권익위원회의 시정권고 의결이 있었다는 사실이나 피고가 그 시정권고에 따르지 않았다는 이유만으로 이 사건 처분이 곧바로 위법해지는 것은 아니라고 할 것이므로, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 결론

원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

1) 원고가 소장에 부과처분일을 ⁠“2013. 5. 6.” 이라고 기재하였으나, 갑 제4호증의 기재에 의하면, 부과처분일이 ⁠“2013. 5. 1.”인 사실이 인정되므로, 위와 같이 경정하기로 한다.

2) 제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 「소득세법」 제89조제1항제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

출처 : 서울행정법원 2022. 01. 28. 선고 서울행정법원 2021구단9586 판결 | 국세법령정보시스템