요지

원고가 운영한 법인에 대한 피고의 세무조사 당시 실지조사를 하였더라도 그 매출액을 확인할 수 없어 그 과세표준 및 세액을 결정할 수 없었음이 분명하므로 추계과세를 할 수 있다고 봄이 타당하다.

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 이 사건 소 중 피고가 2018. 10. 26. 원고에게 한 2013년 제1기분 부가가치세2,267,443원(가산세 포함)과 법인세 1,134,909원(가산세 포함)의 각 부과처분의 취소를 구하는 부분을 각하한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2018. 10. 26. 원고에게 한 2013년 제1기분 부가가치세 127,069,373원(가산세 포함)과 법인세 23,196,780원(가산세 포함)의 각 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위 등

  가. 주식회사 A(이하 ⁠‘이 사건 회사’라고 한다)는 2009. 9. 15. 소재지를 ⁠‘인천 ○○구 ○○○로 ○○○번길 ○○’로 하여 설립된 후 철강파이프 도매업을 운영하여 왔다. 원고는 이 사건 회사의 대표이사이자 1인 주주이다. 한편 이 사건 회사는 2016. 8. 9. 인천지방법원 201○하합○○호 사건에서 파산선고를 받아 박○○이 파산관재인으로 선임되었고, 박○○은 2017. 5. 8. 이 사건 회사의 폐업신고를 하였다.

  나. 원고는 2013. 3.경 ⁠‘○○시 ○○구 ○○로 27(○○동)’에 있던 B를 그 공동대표 중 1인인 한○○로부터 인수하면서 이 사건 회사의 소재지를 위 장소로 이전하였다. 이 사건 회사는 2013. 3.경 B로부터 그 재고품인 철강파이프를 다음 표(이하 ⁠‘이 사건 거래 표’라 한다) 기재와 같이 6억 원(공급가액은 545,454,545원)에 인수하였는데, B로부터 이에 관한 매입세금계산서를 발행받지는 않았다.

  다. 피고는 2017. 7.경 한○○에 대한 개인통합조사 과정에서 ⁠‘B가 2013. 3.경 이 사건 회사에게 공급가액 545,454,545원의 철강파이프를 공급하고 세금계산서를 발행하지 않은 사실’을 확인하고, 2018. 2. 21.부터 같은 해 3. 27.까지 이 사건 회사에 대하여 2013년 제1기 과세기간 무자료 매입 관련 부가가치세조사를 실시하였다. 피고는 위 부가가치세조사와 관련하여 연락이 두절된 원고 대신 이 사건 회사의 파산관재인에게 부가가치세 과세표준 산정 시 필요한 세금계산서, 장부 등 증빙자료의 제출을 요구하였으나, 이를 제출받지 못하였다.

  라. 피고는 위 부가가치세조사 결과 ⁠‘이 사건 회사가 2013. 3.경 B로부터 세금계산서를 받지 않고 철강파이프를 매입한 후 2013. 3.부터 2014. 4.까지 B의 공동대표인 한○○와 최○○ 등에게 계좌이체 및 수표로 매입대금을 지급한 사실’을 확인하고, 2018. 5. 1. 이 사건 회사에 대하여, 부가가치세법 제57조 제2항에 따라 무자료 매입액 545,454,545원을 2013년 같은 업종의 매매총이익률인 12.4%로 환산한 매출액 622,665,005원 이하인 622,664,384원을 과세표준에 추가하여 그에 따라 위 과세표준액을 부가가치세율인 10%로 산정하고, 기존에 신고된 2013 사업연도 수입금액에 위 매출액을 수입금액으로 더하여 계산한 과세표준을 기준으로 법인세를 산정하여 2013년 제1기 부가가치세 132,148,060원(가산세 69,881,622원 포함), 2013년 사업연도 법인세 42,243,336원(가산세 24,249,486원 포함)을 경정․고지하였다(이하 ⁠‘이 사건 선행처분’이라 한다).

  마. 피고는 2018. 10. 26. 원고를 제2차 납세의무자로 지정한 후 2018. 11. 및 같은달 9. 원고에게 이 사건 회사가 체납한 위 부가가치세 및 법인세를 납부할 것을 고지하였다(이하 ⁠‘이 사건 최초 처분’이라 한다).

  바. 원고는 2018. 12. 20. 이 사건 최초 처분에 대한 이의신청을 하였으나, 피고는2019. 2. 26. ⁠‘이 사건 회사는 쟁점 매입액 거래분에 대한 매출액 산정을 위해 객관적장부나 기타 증빙서류를 제시하지 아니하여 증빙을 할 수 없으므로 추계․경정은 정당하다’라는 이유로 원고의 이의신청을 기각하였다. 이에 원고는 2019. 5. 16. 국세청장에게 이 사건 최초 처분에 대한 심사청구를 하였고, 국세청장은 국세심사위원회의 의결을 거쳐 2019. 9. 25. ⁠‘이 사건 회사의 2013년 제1기 무자료매입액 6억 원 중 23,059,055원을 제외한 금액으로 매출 환산하여 이 사건 회사의 부가가치세를 경정하고, 동시에 이 사건 회사의 취소되는 세액에 한하여 피고가 원고에게 한 제2차 납세의무자 지정 및 납부통지를 취소한다. 원고의 나머지 청구를 기각한다’라는 결정을 하였다.

  사. 이에 따라 피고는 2019. 10. 16. 무자료 매입액 6억 원 중 위 23,059,055원 부분을 매출총이익률로 환산한 매출액을 이 사건 선행처분 산정의 기초가 된 과세표준 및 수입액에서 공제한 후 2013년 제1기 부가가치세를 127,069,373원(가산세 67,195,946원 포함), 2013년 사업연도 법인세를 23,196,780원(가산세 15,772,473원 포함)으로 감액경정하였다(이하 이 사건 최초 처분 중 위와 같이 감액된 부가가치세, 법인세 부과처분을 ⁠‘이 사건 원 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 4, 8, 12호증, 을 제1 내지 5, 9, 11, 12호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고 주장의 요지

  이 사건 회사는 B 인수 후 장기재고의 부담과 기존 직원들의 경쟁업체 이직, 수익성 악화 등으로 영업상 타격을 입었고, 이후 채무변제능력을 상실하여 파산절차를 밟았다. 원고도 2016. 9. 22. 인천지방법원에서 개인파산 및 면책선고를 받았고, 이후 원고는 빚을 감당할 수 없어 태국에서 어렵게 사업을 하다가 2018. 3.경 귀국하였다.

  원고는 피고로부터 이 사건 최초 처분을 통지받기 전에는 이 사건 회사에 대하여 피고가 무자료 매입에 따른 부가가치세 조사를 실시하였던 사실을 알지 못하였는데, 만약 그 조사기간에 이를 알았더라면 적극적으로 소명하였을 것이다.

  피고는 이 사건 회사가 B로부터 매입자료를 받지 못했기 때문에 매입누락에 따른 매출누락이 있었을 것으로 보았다. 그러나 이 사건 회사는 B로부터 인수한 철강파이프를 B의 기존 거래처인 주식회사 C(이하 주식회사의 경우 두 번째부터의 ⁠‘주식회사’ 명칭은 생략한다), D 주식회사 등에게 2013년 제1기부터 2014년 제2기까지 거의 마진 없이 모두 납품하였고 매출세금계산서를 발행하였을 뿐, 매출을 누락하지 않았다. 그럼에도 불구하고 피고가 매출누락이 있음을 전제로 이 사건 회사에게 매출총이익률에 의하여 이 사건 선행처분을 한 것은 위법하므로, 이를 전제로 하는 이 사건 원 처분 역시 위법하여 취소되어야 한다.

3. 관련 법령

  별지 관련 법령 기재와 같다.

  4. 이 사건 원처분 중 피고가 2018. 10. 26. 원고에게 한 2013년 제1기분 부가가치세 2,267,443원(가산세 포함)과 법인세 1,134,909원(가산세 포함)의 각 부과처분의 취소를 구하는 부분에 대한 본안전 항변에 관한 판단

  가. 피고 본안전 항변의 요지

    피고는 이 사건 원 처분 중 2013년 제1기분 부가가치세 2,267,443원(가산세 포함)과 법인세 1,134,909원(가산세 포함) 부분을 직권으로 취소하였으므로 이 사건 소 중 이 부분의 취소를 구하는 부분은 소의 이익이 없다.

  나. 판단

    행정처분이 취소되면 그 처분은 효력을 상실하여 더 이상 존재하지 않고, 존재하지 않는 행정처분을 대상으로 한 취소소송은 소의 이익이 없어 부적법하다(대법원2010. 4. 29. 선고 2009두16879 판결 등 참조).

    피고가 2021. 12. 28. 이 사건 회사가 2013. 3. 18. C에 공급한 공급가액12,148,000원을 매출누락에서 제외하고 이를 매출총이익률로 환산한 매출액을 기존 과세표준에서 공제한 후 2013년 제1기분 부가가치세 2,267,443원(가산세 포함)과 법인세 1,134,909원(가산세 포함) 부분을 직권으로 감액경정하는 처분을 한 후, 이를 원고에게 통지한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있다.

    따라서 이 사건 소 중 위와 같이 직권으로 감액경정된 부분의 취소를 구하는 부분은 존재하지 않는 처분을 대상으로 한 것이어서 소의 이익이 없으므로 부적법하다(이하 이 사건 원 처분 중 위 2021. 12. 28.자 감액경정처분이 있었던 부분을 제외한 나머지 부분을 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

5. 이 사건 처분의 적법 여부

  가. 관련 규정의 내용 및 법리

    구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제21조 제1항 제2호는 ⁠‘사업장 관할 세무서장 등은 사업자가 확정신고한 내용에 오류 또는 탈루가 있는 경우에는 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액을 조사하여 경정한다’라고 정하고, 제2항은 ⁠‘사업장 관할 세무서장 등은 제1항에 따라 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액을 경정하는 경우에는 세금계산서․장부 또는 그 밖의 증명자료를 근거로 하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계할 수 있다’라고 정하면서, 제1호에서는 ⁠‘과세표준을 계산할 때 필요한 세금계산서․장부 또는 그 밖의 증명자료가 없거나 그 중요한 부분이 갖추어지지 아니한 경우’를 추계할 수 있는 경우로 정하고 있다.

    이러한 규정의 내용에 의하면, 부가가치세 결정의 과세표준과 세액은 근거과세의 원칙에 따라 실지조사의 방법에 의하여 밝혀진 실액에 의하여 정하여야 하므로, 과세관청은 납세자가 과세표준과 세액을 신고하면서 제출한 세금계산서․장부 기타의 증빙이 불성실한 것으로 보이는 경우 우선 그 부당성을 지적하고 새로운 자료를 제출 받아실지조사를 하고, 그 자료에 의하더라도 과세표준과 세액을 결정할 수 없을 때 비로소추계조사 결정을 하여야 하며, 이러한 절차를 거치지 않고 한 추계조사 결정에 의한 과세처분은 추계과세의 요건을 갖추지 못하여 위법하지만, 그와 같은 절차를 거치는 이유가 근거과세의 원칙상 추계조사 결정이 실지조사 결정을 할 수 없는 때에 예외적으로 허용된다는 점에 있음에 비추어 보면, 과세관청이 납세자로 하여금 그 제출된 세금계산서․장부 기타 증빙의 부당성을 지적하고 새로운 자료를 제출하게 하여 실지조사를 하더라도 과세표준과 세액을 결정할 수 없음이 분명한 경우까지 그러한 절차를 거치지 않고 추계조사결정에 의한 과세처분을 하였다 하여 이를 위법하다고 볼 수는 없다(대법원 1996. 7. 30. 선고 94누15202 판결, 대법원 2005. 7. 8. 선고 2004두8293판결 등 참조).

    한편 법인세법 제66조 제2항은 납세지 관할 세무서장은 법인의 신고 내용에 오류또는 누락이 있거나 지급명세서, 매출․매입처별 계산서합계표의 전부 또는 일부를 제출하지 않은 경우 법인세의 과세표준과 세액을 경정하도록 정하고, 같은 조 제3항은 이와 같이 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우 장부나 그 밖의 서류를 근거로 하되, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계할 수 있다고 정하고 있다. 그 위임을 받은 구 법인세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제104조 제1항 제1호는 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우 법인세를 추계할 수 있다고 정하고 있다. 이러한 법인세법령의 규정의 내용 및 체계에 비추어, 부가가치세 추계에 관한 위 법리는 법인세의 추계에 있어서도 마찬가지로 적용된다고 보아야 한다.

  나. 이 사건의 경우

    1) 앞서 처분의 경위 등에서 본 것과 같거나, 앞서 든 증거 및 갑 제3, 4, 5, 8, 9, 11호증, 을 제6, 7, 8, 10호증의 각 기재, 이 법원의 C, D 대한 각 사실조회결과 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정을 종합적으로 고려하면, 원고는 B로부터 인수한 파이프에 관한 매출을 누락하였고, 피고는 이 사건 선행처분 시 실지조사를 하였더라도 그 매출액을 확인할 수 없어 그 과세표준과 세액을 결정할 수 없었음이 분명하므로 추계과세를 할 수 있다고 봄이 타당하다.

      가) 피고는 2017. 7.경 한○○에 대한 개인통합조사 과정에서 ⁠‘B가 2013.3.경 이 사건 회사에게 공급가액 545,454,545원의 철강파이프를 공급하고 세금계산서를 발행하지 않은 사실’을 확인한 후, 2018. 2. 21.부터 같은 해 3. 27.까지 이 사건 회사에 대하여 2013년 제1기 과세기간 무자료 매입 관련 부가가치세조사를 실시하면서 이 사건 회사의 파산관재인에게 부가가치세 과세표준 산정 시 필요한 세금계산서, 장부 등 증빙자료의 제출을 요구하였으나, 이를 제출받지 못하자 추계조사결정에 따른 이 사건 선행처분 및 이 사건 처분을 하였다.

      나) 원고 또한 피고의 자료제출 요구에도 불구하고 이 사건 회사가 B로부터 인수한 파이프를 C 등 기존 거래처에 모두 납품하였다고 볼 운송자료(배송기록), 재고수불부 등을 제출하지 않았다.

      다) 이 사건 회사가 B로부터 인수한 철강파이프 매출과 관련하여 과세표준 및 세액 계산에 필요한 세금계산서, 장부 등 객관적인 증빙자료가 없다. 원고가 제시한 수기로 기록된 매출장부는 일부만 제출되어 매출, 매입, 재고수불부, 상품(제품) 운송내역 등을 전체적으로 확인할 수 없다. 원고는 이의신청 과정에서 매출장부를 제출하였는데, 이는 전체 상품 판매현황에 관한 것이 아니라 특정거래처와의 거래내역일 뿐이고, 해당 거래사실을 뒷받침할 인수증 등 객관적인 자료가 제출되어 있지 않으며, 다음과 같은 사정에 비추어 그 기재에 신빙성이 있다고 보기도 어렵다.

        ① 원고는 이 사건 회사가 2013년 제1기부터 2014년 제2기까지 사이에 B로부터 인수한 재고를 B의 기존 거래처인 C, D에 거의 이익 없이 모두 매출하였다는 취지로 주장한다. 그런데 이 사건 회사가 매출세금계산서를 발행하고 C, D에 철강파이프를 공급한 전체 거래내역은 다음과 같이 원고가 주장하는 기간뿐만 아니라 그 이후에도 2015년 제2기까지 계속되었다.

        ② D는은 이 법원의 사실조회에 대하여 B와 다음과 같이 거래하면서 B으로부터 세금계산서를 발급받았고, 2018. 3. 18. 그 대금을 B의 대표 한○○ 명의의 신한은행 계좌로 송금하였다는 취지로 회신하였다. 원고는 이 사건 회사가 2013년 제1기부터 2014년 제2기까지 사이에 B로부터 인수한 제품을 D에 거의 이익을 남기지 않고 매출하였다는 취지로 주장하지만, 이 사건 회사는 이 사건 거래 표 순번 4, 10 거래에 관하여 거래가 이루어질 무렵에 메모를 작성하여 두거나 세금계산서를 발행하지 않았을 뿐만 아니라, 판매대금을 지급받았는지 확인할 수 있는 자료도 제출되어 있지 않으며, D는 앞서 본 바와 같이 B로부터 세금계산서를 발행받았고 그 대금을 한○○에게 송금하였으며, ⁠‘B가 이 사건 회사로 업체명을 변경한 것으로 알고 거래하였다’라는 취지로 회신하였을 뿐, 이 사건 회사와의 거래 내역이나 세금계산서 발급 여부에 관하여는 아무런 회신도 하지 않았다. 한편 이 사건 회사는 D에 파이프를 납품하면서 매출세금계산서를 발행한 거래를 하기도 하였으나 이는 2013년 제2기인 2013. 8. 12.경부터이고, 그 대금을 지급받기 시작한 시점도 2013. 8. 16.경부터이다.

        ③ C는 이 법원의 사실조회에 대하여 다음과 같이 회신하였다. 이처럼 B나 이 사건 회사가 거래 당시에 메모를 하거나 세금계산서를 발행하고 C와 거래한 경우가 있음에도, 이 사건 거래 표 순번 1, 2, 9 거래의 경우에는 위 공급내역과 같이 메모가 되어 있거나 세금계산서가 발행되지 아니하였다. 또한 원고는 이 사건 회사가 B로부터 인수한 재고를 거의 이익을 남기지 않은 채 C에 공급하였다는 취지로 주장하지만, 이 사건 회사가 C에 제품을 공급한 거래 중 위 표 순번 5 기재 거래의 경우 이익률이 29.8%[= 매출공급가액 7,333,700 ÷ ⁠(매입원가 6,215,000원 ÷ 1.1) × 100 –100], 순번 6 기재 거래의 경우 이익률이 31.6%[= 매출공급가액 6,248,100 ÷ ⁠(매입원가 5,222,250원 ÷ 1.1) × 100– 100, 소수점 둘째자리 이하 버림]인 점에 비추어 원고의 주장을 받아들이기는 어렵다.

      라) 원고가 2010 사업연도부터 2015 사업연도까지 사이에 신고한 매출액, 원가 및 이익, 매출총이익률은 다음과 같다. 그런데 원고의 위 2013 사업연도 신고 매출원가에는 B로부터 인수한 파이프 매출원가 545,000,000원이 누락되어 있으므로, 이를 반영하면 2013 사업연도 매출원가는 2,716,000,000원(= 2,171,000,000원 + 545,000,000원)이 된다. 만약 원고의 주장과 같이 전체 매출액에 대한 신고 누락이 없었다면, 2013 사업연도 매출총이익은 –16,000,000원(= 매출액 2,600,000,000원 –매출원가 2,716,000,000원)이 되고, 매출총이익률은 –.46%(= 매출총이익 –16,000,000원 ÷ 매출액 2,600,000,000원 × 100, 소수점 셋째자리 이하 버림, 이하 이 항에서 같다)가 되어 다른 사업연도의 매출총이익률과 현저한 차이가 발생한다(이에 대하여 원고는, 이러한 매출총이익의 차이는 이 사건 회사의 사업장 이전 당시 노무비의 증가, 지급임차료의 증가 등 고정비용의 상승 및 매출단가의 하락 등으로 인한 것이라는 취지로 주장하나, 원고의 2014 사업연도와 2015 사업연도의 매출총이익률에 비추어, 이 사건에 제출된 증거만으로는 원고의 주장 사실을 인정하기는 어렵다). 반면, 전체 매출액에 대한 신고 누락이 있었다고 보아 그 누락액 622,000,000원을 매출액에 반영하면, 2013 사업연도 총 매출액은 3,222,000,000원(= 2,600,000,000원 + 622,000,000원), 매출총이익은 506,000,000원(= 매출액 3,222,000,000원 - 매출원가 2,716,000,000원)이 되고, 매출총이익률은 15.70%(= 매출 총이익 506,000,000원 ÷ 매출액 3,222,000,000원 × 100)로 산정되는데, 이 수치는 직전 3개연도(2010년부터 2012년까지) 평균매출총이익률인 16.6%7)와 비슷하다.

      마) 원고의 주장에 의하면, 원고는 B로부터 인수한 재고에 관한 매출을 누락하지 않았음에도 그 매출분에 관한 매입세액공제를 받지 않았다는 것인데, 이는 원고에게 경제적으로 매우 불이익한 결과를 야기하는 행위로서 원고가 이와 같이 불합리한 행동을 할 수밖에 없었음을 인정할 수 있게 하는 아무런 특별한 사정도 보이지 않는 점, 이 사건 회사가 신고한 2012년부터 2014년까지 연평균 매출총이익률은 15.5%(2012년 14.9%, 2013년 16.4%, 2014년 15.4%)이고, 2013년 매출총이익률은16.4%로 3개년 동안 매출총이익률에 큰 변동이 없어 2013년도에만 매출이 누락되었다고 보기는 어려운 점 등에 비추어, 매출액을 누락하지 않았다는 원고의 주장은 받아들이기 어렵다.

    2) 한편 구 부가가치세법 시행령(2013. 6. 28. 대통령령 제24638호로 개정되기 전의 것) 제69조 제1항 제4호 라.목 및 구 법인세법 시행령 제105조 제1항 제4호 라. 목은 부가가치세 산정을 위한 매출액 및 법인세 산정을 위한 사업수입금액 추계는 국세청장이 사업의 종류별․지역별로 정한 일정기간 동안의 매출액과 매출총이익의 비율을 정한 매매총이익률에 따라 할 수 있도록 정하고 있다. 앞서 본 것과 같거나, 갑 제1호증, 을 제4호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 다음의 사실 및 사정, 즉 피고는 무자료 매입액 6억 원 중 이 사건 회사가 정상적으로 매출하고 매출세금계산서를 발행한 부분인 23,059,055원을 제외하고 나머지 금액에 대하여 구 부가가치세법령에 따라 2013년 같은 업종의 매매총 이익률인 12.4%를 적용하여 해당 과세기간 동안의 매출액을 결정한 후 이를 과세표준으로 하여 이 사건 선행처분 및 이 사건 최초 처분을 한 사실, 이 사건 회사가 신고한 매출총이익률은 2010년 14.1%, 2011년 20.9%, 2012년 14.9%, 2014년 15.5%, 2015년 19.2%인 사실, 피고가 이 사건 선행처분에 관한 과세표준을 산정하기 위하여 적용한 위 매매총이익률 12.4%는 국세청장이 조사한 자료를 기초로 업종별로 정한 평균적 이익률인 점, 위 매매총이익률은 이 사건 회사의 2013년을 제외한 2010년부터 2015년까지의 매매총이익률 미만으로서 이들과 크게 차이가 나지 않는 등 위 매매총이익률을 적용하여 매출액을 산정하면 원고에게 불리하게 된다고 볼 만한 사정은 보이지 않는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 선행처분 및 이 사건 최초 처분의 추계방법과 내용에 합리성과 타당성이 있다고 인정할 수 있다.

  다. 소결론

    따라서 이 사건 선행처분은 추계의 방법으로 과세할 수 있는 경우에 해당할 뿐만아니라 그 추계방법과 내용도 합리성과 타당성이 있어 적법하고, 이를 전제로 한 이 사건 처분 또한 적법하다.

6. 결론 ⁠(이 판결은 주심판사인 진영현이 작성하였다)

그렇다면 이 사건 소 중 피고가 2018. 10. 26. 원고에게 한 2013년 제1기분 부가가치세 2,267,443원(가산세 포함)과 법인세 1,134,909원(가산세 포함)의 각 부과처분의 취소를 구하는 부분은 부적법하여 각하하고, 원고의 나머지 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다(한편 원고는, 이 사건 청구취지를 이 사건 원 처분의 취소를 구하는 것에서 이 사건 원 처분 중 피고가 2021. 12. 28. 원고에게 한 감액경정처분을 제외한 부분의 취소를 구하는 것으로 감축하는 내용의 청구취지변경신청서를 제출하였다. 그러나 원고는 이 사건 변론종결일 이후인 2022. 5. 3.에서야 위 청구취지변경신청서 제출하였을 뿐 이를 변론기일에서 변론하지 않았고, 달리 원고가 변론재개신청을 하지도 않았으므로, 원고의 청구취지변경신청을 받아들이지 않고 판결한다).

관련법령

■ 구 국세기본법(2020. 6. 9. 법률 제17339호로 개정되기 전의 것)

제16조(근거과세)

① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이에 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.

② 제1항에 따라 국세를 조사·결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.

③ 정부는 제2항에 따라 장부의 기록 내용과 다른 사실 또는 장부 기록에 누락된 것을 조사하여 결정하였을 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 적어야 한다.

■ 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부 개정되기 전의 것)

제21조(결정 및 경정)

① 사업장 관할 세무서장, 사업장 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 "사업장 관할 세무서장등"이라 한다)은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정한다.

1. 확정신고를 하지 아니한 경우

2. 확정신고한 내용에 오류 또는 탈루가 있는 경우

3. 확정신고를 할 때 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 적혀 있지 아니하거나 사실과 다르게 적혀 있는 경우

4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 부가가치세를 포탈할 우려가 있는 경우

② 사업장 관할 세무서장등은 제1항에 따라 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 세금계산서·장부 또는 그 밖의 증명 자료를 근거로 하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계할 수 있다.

1. 과세표준을 계산할 때 필요한 세금계산서·장부 또는 그 밖의 증명 자료가 없거나 그 중요한 부분이 갖추어지지 아니한 경우■ 부가가치세법

제57조(결정과 경정)

① 납세지 관할 세무서장, 납세지 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 이 조에서 "납세지 관할 세무서장등"이라 한다)은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 해당 예정신고기간 및 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정한다.

1. 예정신고 또는 확정신고를 하지 아니한 경우

2. 예정신고 또는 확정신고를 한 내용에 오류가 있거나 내용이 누락된 경우

3. 확정신고를 할 때 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표에 기재사항의 전부 또는 일부가 적혀 있지 아니하거나 사실과 다르게 적혀 있는 경우

4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 부가가치세를 포탈할 우려가 있는 경우

② 납세지 관할 세무서장등은 제1항에 따라 각 예정신고기간 및 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정하는 경우에는 세금계산서, 수입세금계산서, 장부 또는 그 밖의 증명 자료를 근거로 하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계할 수 있다.

1. 과세표준을 계산할 때 필요한 세금계산서, 수입세금계산서, 장부 또는 그 밖의 증명 자료가 없거나 그 중요한 부분이 갖추어지지 아니한 경우

■ 구 부가가치세법 시행령(2013. 6. 28. 대통령령 제24638호로 개정되기 전의 것)

제69조(추계결정·경정방법)

① 법 제21조 제2항 단서에 규정하는 추계는 다음 각 호에 규정하는 방법에 의한다.

4. 국세청장이 사업의 종류별·지역별로 정한 다음의 기준 중의 하나에 의하여 계산하는 방법

라. 일정기간 동안의 매출액과 매출총이익의 비율을 정한 매매총이익률

5. 추계결정·경정대상사업자에 대하여 제2호 내지 제4호의 비율을 산정할 수 있는 경우에는 이를 적용하여 계산하는 방법

② 제1항의 규정에 의하여 납부세액을 계산함에 있어서 공제하는 매입세액은 법 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서를 관할세무서장에게 제출하고 그 기재내용이 명백한 분에 대한 것에 한한다. 다만, 재해 기타 불가항력으로 인하여 교부받은 세금계산서가 소멸됨으로써 이를 제출하지 못하는 때에는 그러하지 아니하다.

■ 구 부가가치세법 시행령(2021. 1. 5. 대통령령 제31380호로 개정되기 전의 것)

제104조(추계 결정ㆍ경정 방법)

① 법 제57조 제2항 단서에 따른 추계는 다음 각 호의 방법에 따른다.

4. 국세청장이 사업의 종류별ㆍ지역별로 정한 다음 각 목 중 어느 하나에 해당하는 기준에 따라 계산하는 방법

라. 일정기간 동안의 매출액과 매출총이익의 비율을 정한 매매총이익률

5. 추계 경정ㆍ결정 대상 사업자에 대하여 제2호부터 제4호까지의 비율을 계산할 수 있는 경우에는 그 비율을 적용하여 계산하는 방법

② 제1항에 따라 납부세액을 계산할 때 공제하는 매입세액은 법 제32조에 따라 발급받은 세금계산서를 관할 세무서장에게 제출하고 그 기재내용이 분명한 부분으로 한정한다. 다만, 재해 또는 그 밖의 불가항력으로 인하여 발급받은 세금계산서가 소멸되어 세금계산서를 제출하지 못하게 되었을 때에는 해당 사업자에게 공급한 거래상대방이 제출한 세금계산서에 의하여 확인되는 것을 납부세액에서 공제하는 매입세액으로 한다.

■ 법인세법

제66조(결정 및 경정)

① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조에 따른 신고를 하지 아니한 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고 내용에 오류 또는 누락이 있는 경우

2. 제120조 또는 제120조의2에 따른 지급명세서, 제121조에 따른 매출ㆍ매입처별 계산서합계표의 전부 또는 일부를 제출하지 아니한 경우

③ 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다.

다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계할 수 있다.

■ 구 법인세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것)

제104조(추계결정 및 경정)

① 법 제66조 제3항 단서에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우

② 법 제66조 제3항 단서에 따른 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나의 방법에 따른다.

1. 사업수입금액에서 다음 각목의 금액을 공제한 금액을 과세표준으로 하여 그 세액을 결정 또는 경정하는 방법. 이 경우 공제할 금액이 사업수입금액을 초과하는 경우에는 그 초과 금액은 없는 것으로 본다.

가. 매입비용(사업용고정자산의 매입비용을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)과 사업용고정자산에 대한 임차료로서 증빙서류에 의하여 지출하였거나 지출할 금액

나. 대표자 및 임원 또는 사용인의 급여와 임금 및 퇴직급여로서 증빙서류에 의하여 지급하였거나 지급할 금액

다. 사업수입금액에 「소득세법 시행령」 제145조의 규정에 의한 기준경비율(이하 "기준경비율"이라 한다)을 곱하여 계산한 금액

2. 기준경비율이 결정되지 아니하였거나 천재·지변 기타 불가항력으로 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 기장이 가장 정확하다고 인정되는 동일업종의 다른 법인의 소득금액을 참작하여 그 과세표준을 결정 또는 경정하는 방법. 다만, 동일업종의 다른 법인이 없는 경우로서 과세표준신고후에 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 법 제60조의 규정에 의한 신고서 및 그 첨부서류에 의하고 과세표준신고 전에 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 직전 사업연도의 소득률에 의하여 과세표준을 결정 또는 경정한다.

3. 「조세특례제한법」 제7조 제1항 제2호 가목에 따른 소기업이 폐업한 때(조세탈루혐의가 있다고 인정되는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 사유가 있는 경우는 제외한다)에는 다음 각 목에 따라 계산한 금액 중 적은 금액을 과세표준으로 하여 결정 또는 경정하는 방법가. 수입금액에서 수입금액에 「소득세법 시행령」 제145조에 따른 단순경비율을 곱한 금액을 뺀 금액

나. 수입금액에 직전 사업연도의 소득률을 곱하여 계산한 금액

다. 제1호의 방법에 따라 계산한 금액

③ 법 제66조 제3항 단서에 따른 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 제2항에 따라 계산한 금액에 다음 각 호의 금액을 더한 금액을 과세표준으로 하여 그 세액을 결정 또는 경정한다.

1. 제11조(제1호는 제외한다)의 수익(비영리법인의 경우에는 법 제3조 제3항에 따른 수익사업에서 생기는 수익으로 한정하며, 이하 이 호에서 "사업외수익"이라 한다)의 금액에서 다음 각 목의 금액을 차감한 금액

가. 사업외수익에 직접 대응되고 증빙서류나 객관적인 자료에 의하여 확인되는 원가상당액

나. 사업외수익에 해당 사업연도 중에 지출한 손비 중 환입된 금액이 포함된 경우에는 그 금액

다. 부동산을 임대하는 법인의 수입이자가 사업외수익에 포함된 경우에는 부동산임대에 의한 전세금 또는 임대보증금에 대한 수입이자 상당액

2. 특수관계인과의 거래에서 제88조 및 제89조에 따라 익금에 산입하는 금액

3. 법 제34조 또는 ⁠「조세특례제한법」에 따라 익금에 산입하여야 할 준비금 또는 충당금이 있는 법인의 경우 그 익금에 산입하여야 할 준비금 또는 충당금

제105조(추계결정·경정시의 사업수입금액계산)

① 내국법인의 각 사업연도의 사업수입금액을 장부 기타 증빙서류에 의하여 계산할 수 없는 경우 그 사업수입금액의 계산은 다음 각 호의 방법에 의한다.

4. 국세청장이 사업의 종류별·지역별로 정한 다음 각 목의 1에 해당하는 기준에 의하여 계산하는 방법

라. 일정기간동안의 매출액과 매출총이익의 비율을 정한 매매총이익률

5. 추계결정·경정 대상법인에 대하여 제2호 내지 제4호의 비율을 산정할 수 있는 경우에는 이를 적용하여 계산하는 방법

② 제1항의 규정에 의하여 수입금액을 추계결정 또는 경정한 경우에도 법인이 비치한 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 있는 경우에는 당해 사업연도의 과세표준과 세액은 실지조사에 의하여 결정 또는 경정하여야 한다. 끝.

출처 : 의정부지방법원 2022. 05. 17. 선고 의정부지방법원 2020구합41 판결 | 국세법령정보시스템