요지

부가가치세의 과세표준은 각 과세기간별로 당해 과세기간에 원고가 금전으로 지급받은 임대료에 원고가 같은 기간 실제로 공급한 토지 임대용역 중 이 사건 건물과 대가관계에 있는 부분의 시가를 합산한 금액이 된다고 할 것임

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고가 원고에게 2013. 12. 2. 한 별지 제1목록 기재 각 부가가치세 부과처분을 취

소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 198X. 6. 8. 아동을 위한 교육, 문화, 복지, 시설의 설치 운영 및 지원 등 을 목적으로 설립된 사단법인이다.

나. 원고는 200X. 6. 3. AAA(이하 ⁠‘AAA’이라 한다)과 사이에 AAA가 원고 소유의 서울 ●●구 ●●동 ●● 대 ●●㎡(이하 ⁠‘이 사건 토지’라 한다)에 건축물을 준공하여 20년간 운영하되 원고에게 토지 임대료를 지급하고, 임대차계약기간만료 이후에는 이 사건 건물의 소유권을 원고에게 무상 이전하는 내용의 사업약정을 체결하였고, 200X. 3. 30. 위 사업약정과 동일한 내용의 임대차계약을 체결하였다(이하‘이 사건 임대차계약’이라 한다). 위 임대차계약서의 주요 내용은 다음과 같다.

다. AAA는은 이 사건 토지 위에 지상 10층, 지하 5층 규모의 건축물(이하 ⁠‘이 사건 건물’이라 한다)을 신축한 후 200X. 7. 27. 소유권보존등기를 마쳤고, 201X. 3. 29. 원고에게 이 사건 건물에 관하여 무상기부예약을 원인으로 한 소유권이전청구권 가등기를 마쳐주었다.

라. 원고는 AAA로부터 수수한 이 사건 임대료를 각 사업연도의 과세표준으로 하여 부가가치세를 신고, 납부하였으나, 피고는 원고가 임대차기간 만료 후 이 사건 건물의 소유권을 무상으로 이전받는 것은 이 사건 토지에 대한 임대료의 일부를 후불로 지급받는 것이라고 보고, 이 사건 토지의 임대용역을 제공하는 기간 동안 지급받는 대가와 이 사건 건물의 신축가액(000원)을 임대차기간의 월수로 나눈 금액의 각 과세대상기간 합계액을 과세표준으로 하여, 201X. 12. 2. 원고에게 별지 제2목록 표 기재와 같이 200X년 제2기부터 201X년 제1기의 부가가치세 합계 000원을 증액경정·고지하였다.

마. 원고는 이에 불복하여 201X. 2. 6. 조세심판원에 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 201X. 9. 23. ⁠‘이 사건 건물의 임대차계약기간 만료 시점의 시가를 평가하여 그 가액을 임대차계약기간으로 안분한 금액을 기준으로 과세표준 및 세액을 경정하고 나머지 심판청구를 기각한다’는 취지의 결정을 하였다.

바. 피고는 위 조세심판원의 결정에 따라 이 사건 임대차계약기간이 만료되는 시점의 이 사건 건물 시가를 평가하기 위해 2개의 감정평가기관에 감정평가를 의뢰하였고 위 두 감정평가기관의 평가액의 평균액인 000원을 이 사건 임대차계약기간으로 안분한 금액으로 부가가치세 과세표준을 재산정한 다음, 201X. 2. 23. 원고에게 별지 제1목록 표 기재와 같이 200X년 제2기부터 201X년 제1기의 부가가치세를 합계 000원으로 감액하는 경정결정을 하였다(당초 처분 중 위와 같이 감액되어 청구취지 기재와 같이 남은 부분을 이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5, 11호증, 을 제1, 2, 4, 5, 13 내지 15호증 ⁠(가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 판단

가. 원고의 주장

1) 이 사건 토지 임대차계약기간이 만료되면 원고가 AAA으로부터 이 사건 건물의 소유권을 무상양도 받기로 약정한 것은 사실이나(이른바 BOT 방식), 이는 위 임대차계약기간 만료 시 발생할 것으로 예상되는 이 사건 건물의 철거비용을 고려한 것에 불과하고 원고는 이미 AAA으로부터 연 00억 원이 넘는 토지 임대료를 지급받고 있으므로 이 사건 건물의 무상양도가 이 사건 토지 임대의 대가라고 볼 수 없다.

나아가 원고는 이 사건 임대차계약기간 중에 이 사건 건물을 전혀 사용·수익하거나 처분할 수 없고, 위 무상양도 약정은 AAA이 민법 제643조 소정의 건물매수청구권을 포기하는 것으로서 임차인에게 불리하여 무효이므로(민법 제652조 참조), 이 사건 건물과 관련하여 원고에게 아무런 소득이 실현된 바도 없다.

그럼에도 이 사건 건물의 이 사건 임대차계약기간 만료 시 가액을 이 사건 토지에 대한 후불임대료로 보고 이를 안분하여 해당 각 사업연도의 부가가치세에 산입한 이 사

건 처분은 평등원칙에 위배되고 원고의 재산권을 과도하게 침해한 것으로서 위법하다.

2) 설령 이 사건 임대차계약기간이 만료되는 시점의 이 사건 건물 시가를 안분하는 방식으로 부가가치세를 산정한 것이 적법하다고 하더라도 이 사건 건물에 설정된 BBB주식회사의 근저당권 채권최고액 000원은 공제되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 제3목록 기재와 같다.

다. 구체적 판단

1) 이 사건 토지 임대와 이 사건 건물 무상양도 사이의 대가성 여부

먼저 원고가 AAA으로부터 장래에 무상양도 받기로 한 이 사건 건물이 이 사건 토지 임대에 대한 대가인지 여부, 즉 이 사건 건물 가액을 이 사건 토지의 후불임대료로 볼 수 있는지 여부를 살피건대, 원고가 이 사건 토지의 사용․수익에 대한 대가로 AAA으로부터 매년 이 사건 임대료를 지급받고 있는 사실은 앞서 본 바와 같으나, 앞서 인정된 사실 및 앞서 든 증거, 을 제3, 12호증의 각 기재, 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 이 사건 임대차계약서는 제5조 제2항, 제6조 제1항, 제2항과 같이 위 임대차계약기간 만료 후 원고가 이 사건 건물의 소유권을 취득하여 사용하거나 AAA에게 계속하여 임차할 수 있음을 전제로 한 내용만 규정하고 있을 뿐 이 사건 건물의 철거에 관하여는 아무런 규정이 없는 점, ② 이 사건 건물은 지하 5층, 지상 10층 규모의 철골철근콘크리트 구조 건축물로서 이 사건 임대차계약기간인 20년이 지난 후에도 현존할 것으로 예상되고 피고가 산정한 이 사건 임대차계약기간 만료 후 이 사건 건물의 가액도 약 000억 원에 가까운 금액에 이르는 점, ③ AAA과 마찬가지로 원고로부터 이 사건 토지를 임차하여 건물을 신축하려 했던 CCC가 200X. 4. 13. 작성한 ⁠‘지료 평가 및 사업제안서’에 의하면, 위 회사가 원고에게 이 사건 토지의 연 임대료로 제시한 00억 원(VAT 별도)에다가 20년 후 무상양도 되는 신축 건물의 가치를 감안할 경우 이 사건 토지의 실질 임대료는 연 약 00억 원이라고 기재되어 있는 점, ④ 이 사건 토지의 임대의무 외에는 달리 이 사건 건물에 관한 AAA의 소유권이전의무와 견련관계에 있는 원고의 의무를 찾아볼 수 없는 점 등을 종합하면, 이 사건 임대차계약기간 만료 이후 무상양도 받기로 한 이 사건 건물 역시 이 사건 토지의 사용·수익과 대가관계에 있는 후불임대료에 해당하는 것으로 봄이 상당하다.

2) 이 사건 임대차계약기간이 만료되는 시점의 이 사건 건물 시가를 평가하고 그 가액은 임대차기간으로 안분하여 부가가치세를 산정한 것이 적법한지 여부

가) 앞서 살펴본 바와 같이 임대인인 원고가 토지를 임대하면서 AAA으로 하여금 그 토지 위에 이 사건 건물을 신축하여 일정 기간 사용하게 한 다음 위 건물의 소유권을 무상으로 이전받기로 한 경우, 이 사건 건물은 토지임대에 따른 금전 외의 대가에 해당하므로 임대료 수입금액에 포함된다.

나) 구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제13조 제1항 본문은 ⁠“재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각 호의 가액의 합계액으로 한다.”라고 규정하면서, 제1호에서 ⁠“금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가”를, 제2호에서 ⁠“금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가”를 규정하고 있다. 따라서 사업자가 임대용역을 공급하고 임대료를 일부는 금전으로 나머지는 금전 이외의 것으로 받은 경우 그 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 임대료로 받은 금전에 임대용역 중 금전 이외의 것과 대가관계가 있는 부분의 시가를 더한 금액이라고 보아야 한다. 따라서 이 사건과 같이 이 사건 토지 임대의 대가로 금전 및 금전 이외의 부분인 이 사건 건물을 수취하는 경우 구 부가가치세법 제13조 제1항 제1, 2호의 규정 취지상 부가가치세의 과세표준은 각 과세기간별로 당해 과세기간에 원고가 금전으로 지급받은 임대료에 원고가 같은 기간 실제로 공급한 토지임대용역 중 이 사건 건물과 대가관계에 있는 부분의 시가를 합산한 금액이 된다고 할 것이다(대법원 2022. 1. 27. 선고 2017두51983 판결, 대법원 2022. 1. 27. 선고 2018두39027 판결, 대법원 2011. 6. 30. 선고 2008두18939 판결 참조).

그런데 피고는 단순히 이 사건 건물의 임대차계약기간 만료 시의 시가를 계약기간의 월수로 나눈 금액의 과세대상기간 합계액을 과세표준에 포함하여 부가가치세를 부과하였으므로, 이 사건 처분은 위법하다.

다) 그리고 당사자는 사실심 변론종결시까지 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 할 것이지만, 그렇지 아니한 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없으며, 그 경우 법원이 직권에 의하여 적극적으로 부과할 정당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니다(대법원 1995. 4. 28. 선고 94누13527 판결 등 참조).

이 사건 처분은 각 과세기간에 실제로 공급한 토지임대용역의 시가를 계산하여 과세표준을 산정하여야 함에도 이 사건 건물에 대한 임대차기간 만료 시점의 가액을 토지사용기간으로 안분한 금액으로 부가가치세의 과세표준을 산정한 잘못이 있으나, 이 사건 변론종결시까지 제출된 자료만으로는 임대용역 중 금전 이외의 것과 대가관계가 있는 부분의 시가를 산정할 수 없어 결국 정당한 과세표준을 산출할 수 없다.

한편 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 증명책임은 원칙적으로 과세관청에게 있다(대법원 2013. 10. 31. 선고 2010두4599 판결 등 참조). 그런데 이 사건 소는 201X. 12. 16. 제기된 후 변론종결일에 이르기까지 약 7년이 넘는 기간이 경과하였음에도 피고는 이 사건에서 원고가 실제로 공급한 토지임대용역의 시가 산정에 관한 자료를 제출하거나 증거신청을 하지 않았고, 이로 인해 정당한 과세표준을 산출할 수 없는 이상 결국 이 사건 처분 전부를 취소할 수밖에 없다.

3. 결 론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2022. 05. 13. 선고 서울행정법원 2014구합21721 판결 | 국세법령정보시스템