사 건

2021누11572 가산세부과처분 취소

원 고

주식회사 AA

피 고

BB세무서장

변 론 종 결

2022. 4. 13.

판 결 선 고

2022. 5. 25.

(다) 이에 대하여 원고는, 이 사건 세금계산서에 관하여 실제 매출처인 CC 등이 DD세무서장 등을 상대로 제기한 부가가치세부과처분등취소청구 사건(서울행정법원 2019구합0000호, 이하 ⁠‘관련 행정사건’이라고 한다)과 CC 및 그 대표이사로서 EE 계열사들의 경영 전반을 총괄한 FF 등이 조세범처벌법위반 혐의 등으로 기소된 형사사건(서울고등법원 2020노0000호, 이하 ⁠‘관련 형사사건’이라고 한다)에서, ⁠“자기의 계산과 책임으로 사업을 영위하지 아니하는 타인의 명의를 빌린 사업자가 어느 사업장에 대하여 타인의 명의로 사업자등록을 하되 온전히 자신의 계산과 책임으로 사업을 영위하며 부가가치세를 신고·납부하는 경우와 같이 명칭이나 상호에도 불구하고 해당 사업장이 온전히 실제 사업자의 사업장으로 특정될 수 있는 경우 명의인의 등록번호는 곧 실제 사업자의 등록번호로 기능하는 것이므로, 그와 같은 등록번호가 ⁠‘공급받는 자’의 등록번호로 기재된 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서라고 할 수 없다.”라는 취지의 대법원 2019. 8. 30. 선고 2016두62726 판결을 근거로 이 사건 세금계산서에 해당하는 부분이 허위의 세금계산서에 해당한다고 볼 수 없다는 취지의 판결이 선고되었는데, 페이퍼컴퍼니를 만들고 활용한 EE 계열사들에 관해서는 허위 세금계산서임을 부정하면서 원고에게만 가산세를 부과하는 것은 부당하므로, 이 사건 처분도 위 2016두62726 판결의 취지에 따라 처분사유가 존재하지 않거나 위법하다고 주장한다.

갑 제15, 16호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하면, 관련 행정사건의 법원은 2021. 1. 8. ⁠‘사실은 CC가 그 전 거래 단계에서 원고 등 거래처로부터 라면스프 원료를 공급받았음에도 마치 위 물품을 GG가 공급받은 것처럼 공급받은 자가 GG로 되어 있는 각 세금계산서를 수수하였다’는 DD세무서장의 처분사유 등에 관하여 ⁠‘위 각 세금계산서에 기재된 공급받는 자의 등록번호는 CC의 등록번호로 보아야 할 것이므로 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 아니하여 그 매입세액은 CC의 매출세액에서 공제될 수 있다’라는 취지로 CC 등 일부 승소 판결을 한 사실, 관련 행정사건에 대하여 CC와 DD세무서장 등이 쌍방항소하여 현재 서울고등법원 2021누0000호로 항소심 계속 중인 사실, 관련 형사사건의 법원은 2021. 5. 20. ⁠‘FF은 사실 GG가 원고로부터 재화 또는 용역을 공급받은 사실이 없음에도 마치 재화 또는 용역을 공급받은 것처럼 원고로부터 GG 명의로 거짓계산서를 발급받았다’는 등의 공소사실에 관하여 ⁠‘GG 등의 사업자등록번호는 실제 사업자인 CC 등의 등록번호로 기능하였다고 보아야 하므로, GG 등 명의로 발급받은 세금계산서가 허위라고 볼 수 없다’며 일부 무죄 판결을 선고한 사실, 관련 형사사건에 대하여 검사와 피고인 측이 쌍방상고 하여 현재 대법원 2021도0000호로 상고심 계속 중인 사실이 각 인정되기는 한다.

그러나 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 보태어 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 고려하면, 원고가 주장의 근거로 언급하는 위 2016두62726 판결은 이 사건에 적용할 만한 선례가 되지 아니한다고 봄이 타당하다. 이와 전제를 달리하는 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.

① 위 2016두62726 판결은 구 부가가치세법 제39조 제1항 제2호가 ⁠‘세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.“라고 규정한 것과 관련하여, 세금계산서에 기재된 ⁠‘공급받는 자의 등록번호’를 실제 공급받는 자의 등록번호로 볼 수 있는 경우 ⁠‘공급받는 자의 성명 또는 명칭’이 실제 사업자의 것과 다르다는 사정만으로 이를 위 조항에 따라 매입세액공제가 인정되지 않는 ⁠‘사실과 다른 세금계산서’라고 볼 수 있는지가 쟁점이 된 사안이다. 즉, ⁠‘전 단계 세액공제법’을 채택하여 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액을 납부세액으로 정하고 필요적 기재사항이 사실과 달리 기재된 세금계산서를 수수한 경우 그 매입세액을 공제하지 못하게 되는 부가가치세법의 구조 아래에서, 세금계산서를 공급받은 사업자가 매입세액을 공제받을 수 있는지 여부를 판단하기 위한 기준을 제시한 것이다.

그런데 구 부가가치세법은 매출 거래와 매입 거래를 달리 취급할 수 있다는 전제에서, 매입 거래에서는 세금계산서가 발급되지 않거나 발급되더라도 일정한 흠이 있으면 구 부가가치세법 제39조 등을 통하여 매입세액 공제를 제한하는 반면, 매출 거래에서는 거래를 한 사실만 있으면 세금계산서에 적힌 공급자와 실제로 공급한 공급자가 다른 경우 등에도 이를 매출세액으로 인식하고 있다(이 사건 세금계산서에 관하여서도, 공급받는 자인 CC 등에 대하여는 DD세무서장이 매입세액을 공제하지 아니하여 관련 행정사건에서 다투어지고 있지만, 원고에 대해서는 피고가 가산세를 부과하였을 뿐 매출세액 액수는 변경하지 아니하였다). 위와 같은 사정을 고려하면, 공급받는 자의 매입세액 공제 여부에 관한 위 2016두62726 판결의 취지가 공급자의 매출세액에 관한 가산세가 쟁점인 이 사건에 곧바로 적용된다고 볼 수는 없다.

② 이 사건 처분은 원고에게 구 부가가치세법 제60조 제3항 제3호에 따른 가산세를 부과하도록 하는 것이다. 그런데 부가가치세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 부과하는 행정상의 제재로서 매입세액 공제제한 제도와는 그 취지 및 적용을 달리한다. 즉, 부가가치세법 제60조 제2항, 제3항에서 정한 세금계산서불성실가산세는 세금계산서 제도가 당사자 사이의 거래를 노출시킴으로써 부가가치세뿐만 아니라 소득세와 법인세의 세원 포착을 용이하게 하는 납세자 간 상호검증의 기능을 갖고 있음을 감안하여, 과세권의 적정한 행사와 조세채권의 용이한 실현을 위하여 부가가치세 납세의무를 지는 사업자로 하여금 일정한 의무를 부과하고 사업자가 정당한 사유 없이 그 의무에 위배한 경우 행정상 제재로 가산세를 부과하도록 한 것으로, 가산세를 부과함에 있어 사업자의 위반 사실에 관한 인식이 있었을 것을 요건으로 하지 아니하는 데 비하여(대법원 2016. 11. 10. 선고 2016두31920 판결의 취지 참조1)), 구 부가가치세법 제39조 제1항 제2호에서 정한 매입세액 공제제한 제도는 세금계산서의 미수취 또는 부실기재가 있는 경우 실제 재화나 용역의 거래사실이 존재하지 않을 가능성이 높음을 고려하여 해당 매입세액을 공제하지 않도록 한 것으로, 사업자가 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 세금계산서를 교부받은 경우에도 명의위장사실을 알지 못하였고 이를 알지 못한 데에 과실이 없는 경우에는 매입세액의 공제를 받을 수 있는(대법원 2013. 7. 25. 선고 2013두6527 판결 참조) 등의 차이가 있는 것이다. 이러한 제도의 차이점과 더불어, 사업자가 타인 명의 사업자등록을 이용하여 세금계산서를 작성·교부하는 경우 상호검증이라는 세금계산서 제도의 취지에 어긋나게 세금계산서의 정확성과 진실성을 확보하기 어려워질 우려가 있는 점, 부실한 세금계산서의 수수로 인하여 결과적으로 부가가치세의 부과와 징수에 문제가 없는 경우에도 그에 관한 소득을 타인 명의로 분산하거나 무자력자에게 귀속시킴으로써 법인세나 소득세의 부과와 징수에는 지장을 가져올 우려가 있는 점 등을 고려하면, 구 부가가치세법 제39조 제1항에 따른 매입세액 공제에 관한 위 2016두62726 판결의 취지가, 같은 법 제60조 제3항 제3호가 정한 ⁠‘재화를 공급하고 실제로 재화를 공급받는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서를 발급한 경우’를 해석하는 데에 그대로 적용되어야 한다고 보기 어렵다.

③ 위 2016두62726 판결의 사안은 사업자가 직원들 명의로 사업자등록을 한 뒤 그에 따라 세금계산서를 수수한 사안인데, 대법원은 앞서 본 바와 같이 직원들 명의로 발급받은 세금계산서에 관하여 매입세액을 공제하지 아니한 과세관청의 처분을 위법하다고 하면서도, 직원들 명의로 사업자등록을 하여 사업을 영위한 부분에 관하여는 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부 개정되기 전의 것) 제22조 제1항 본문 제2호의 ⁠‘타인의 명의로 사업자등록을 한 행위’에 해당하여 명의위장등록가산세 부과처분이 적법하다고 판단하였는바, 매입세액 공제의 요건과 가산세 부과의 요건을 나누어 판단하는 것으로 보인다. 법규적 성격이 인정되지는 않지만(대법원 2007. 6. 14. 선고 2005두12718 판결 참조), 부가가치세법 기본통칙(2014. 12. 30 개정된 것) 60-108-1에서도 ⁠“사업자가 영 제108조 제1항에서 정하는 타인의 명의로 사업자등록을 하고 부가가치세를 신고·납부하여 관할 세무서장 등이 경정하는 경우 그 타인명의로 발급받은 세금계산서의 매입세액은 국세기본법 제14조에 따라 해당 사업자의 매출세액에서 공제하며, 이 경우 법 제60조 제1항 제2호에 따른 가산세는 적용한다.”라고 규정하여, 매입세액 공제 여부와 가산세 부과여부를 별개로 보고 있다.

④ 갑 제17호증의 기재에 의하면 GG가 2008~2010년 법인세에 관하여 세무조사를 받고 2011. 11. 2. 세무조사결과통지를 받은 사실이 인정되나, 이는 2014~2017년 발급된 이 사건 세금계산서와 시기적으로 일치하지 않고 위 조사 및 통지의 조사항목 또한 부당행위계산부인 등에 관한 것이었으므로, 이를 근거로 이 사건 세금계산서 발행 당시 GG가 페이퍼컴퍼니가 아니었다거나 원고에게 의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 볼 수는 없다.