요지

원고가 이 사건 토지를 양수인에게 매도한 것은 사법상 매매에 불과하며 토지보상법 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용된 경우로 볼 수 없으므로 종합합산 비사업용토지에 해당함

판결내용

아래의 내용과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2021. 9. 23. 원고에게 한 2019 사업연도 법인세 ***,***,***원의 부과처분 중 ***,***,***원을 초과하는 부분을 취소한다.

  이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2002. 1. 25. 의료법에 따라 설립되어 의료업을 영위하는 공익법인이다. 주식회사 AA(이하 ⁠‘양수인’이라고 한다)은 2019. 1. 31. 설립되어 주택건설업을 영위하는 법인으로 ** **동 *** 일원에서 민간임대주택에 관한 특별법(이하 ⁠‘민간임대주택법’이라고 한다)에 따라 ⁠‘** **동 공공지원민간임대주택 조성사업’(이하 ⁠‘이 사건 사업’이라고 한다)의 시행을 추진하였다.

나. 토지 매매계약 체결 등

1) 원고는 2019. 8. 6. 양수인에게 ** **구 **동 소재 토지 *필지(이하 ⁠‘이 사건 토지’라고 한다)를 매매대금 **,***,***,***원에 매도하기로 하는 내용의 매매계약을 체결하였는데, 그 구체적인 내용은 아래와 같다(이하 ⁠‘이 사건 매매계약’이라 한다).

2) 그 후 원고는 2019. 9. 27. 양수인과 사이에, 원고가 양수인에게 아래와 같이 이 사건 매매계약의 매매대금 중 계약금을 제외한 잔금 OOOO원을 대여하기로하는 내용의 금전소비대차계약을 체결하고(이하 ⁠‘이 사건 금전 소비대차계약’이라고 하고, 이 사건 매매계약과 통틀어 ⁠‘이 사건 각 계약’이라고 한다), 같은 날 양수인에게 이 사건 토지에 관하여 소유권이전등기를 마쳐주었다.

3) 양수인은 2020. 5. 1. 이 사건 사업의 시행자로 지정되었고, 2021. 5. 13.에 이르러 PF대출 등을 통해 자금을 조달하여 2021. 5. 18. 원고에게 이 사건 매매계약 잔금 상당액인 위 차용금을 모두 변제하였다.

다. 법인세 부과처분의 경위

1) **지방국세청장은 2021. 6. 21. 원고에게 이 사건 토지 양도 후 각 사업연도 법인세 및 비사업용 토지에 대한 법인세를 신고·납부하지 않은 사유에 대한 해명을 요구하였다.

2) 이에 원고는 이 사건 토지는 사업용 토지이고, 법인세법령상 장기할부조건에 따라 양도되었다고 보아 회수기일 도래기준을 적용하여 2019년에 수령한 계약금 약 OO억 원과 해당 장부가액 O억 원을 2019 사업연도 익금과 손금에 각 산입한 후 2021. 6. 24. 2019 사업연도 법인세 약 O억 OO만 원을 수정신고하고 납부하였다.

3) **지방국세청장은 피고에게, 이 사건 토지의 전체 면적 중 76%는 비사업용 토지에 해당하고 법인세법령상 장기할부조건에 따라 양도된 것으로 볼 수 없으므로 이 사건 토지의 이전등기일인 2019. 9. 27.을 기준으로 하여 전체 거래가액과 장부가액을 2019 사업연도 익금과 손금으로 각 세무조정하고, 이 사건 토지 중 비사업용 토지 부분(76%)을 반영하여 2019 사업연도 법인세를 경정하도록 자료 통보하였다.

4) 이에 따라 피고는 2021. 9. 23. 원고에게 2019 사업연도 법인세 ***,***,***원(일반과소신고가산세 및 불성실가산세 포함)을 경정·고지하였다.

라. 원고는 이에 불복하여 2021. 10. 18. 이의신청을 거쳐 2022. 3. 3. 조세심판원에 심판청구를 하였는데, 조세심판원은 2023. 4. 24. ⁠‘피고가 2021. 9. 23. 원고에게 한 2019 사업연도 법인세 *,***,***,***원 부과처분은 토지등 양도소득에 대한 법인세 *,***,***,***원을 제외한 사업연도 소득에 대한 법인세 ***,***,***원 중 신고불성실가산세는 부과하지 않는 것으로 하여 그 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각’하는 결정을 하였다(이하 ⁠‘이 사건 심판결정’이라고 한다).

마. 피고는 이 사건 심판결정에 따라 2023. 5. 12. 원고에게 ***,***,***원을 환급하였다(피고가 2021. 9. 23. 원고에게 한 2019 사업연도 법인세 *,***,***,***원의 부과처분 중 환급이 이루어진 ***,***,***원을 제외한 나머지 부분을 이하 ⁠‘이 사건 처분’이라고 한다).

[인정근거]

다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8, 10 내지 12, 18 내지 20호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

아래와 같은 이유로 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

가. 원고는 이 사건 토지를 이 사건 사업인정고시일로부터 2년 전에 취득하였고, 양수인에게 공익사업을 위한 토지 등 취득 및 보상에 관한 법률(이하 ⁠‘토지보상법’이라고 한다) 및 그 밖의 법률에 따른 협의매수 절차에 따라 양도하여, 이 사건 토지는 법인세법 제55조의2 제3항에 따라 비사업용 토지로 보지 않는 경우에 해당하므로 법인세 중 과 대상이 아니다.

나. 이 사건 계약은 구 법인세법 시행령 제68조 제4항의 장기할부조건에 의한 것이 고, 원고는 2021. 5. 18. 양수인으로부터 잔금을 모두 지급받았으므로, 이 사건 토지 양도 소득의 귀속시기는 2021 사업연도이다.

다. 이 사건에서 원고에게 가산세를 면할 정당한 사유가 있다고 판단을 하면서 전체 가산세 중에서 일반과소신고가산세에 해당하는 부분만을 취소하였는바, 가산세를 모두 취소하지 않은 것은 부당하다.

3. 관계 법규

별지 기재와 같다.

4. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 비사업용 토지의 예외 사유 해당 여부

1) 관련 법리 조세에 관한 법률의 해석에 관하여, 그 부과요건이거나 감면요건을 막론하고 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 공평원칙에도 부합한다(대법원 2007. 10. 26. 선고 2007두9884 판결 등 참조).

2) 구체적 판단

앞서 인정한 사실 및 증거에 갑 제21호증의 각 기재와 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 볼 때, 원고가 이 사건 토지를 양수인에게 매도한 것은 사법상 매매에 불과할 뿐 토지보상법 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용된 경우로 볼 수 없으므로 이 사건 토지는 법인세법 제55조의2 제3항, 구 법인세법 시행령(2021. 5. 4. 대통령령 제31660호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 법인세법 시행령’이라고 한다) 제92조의11 제3항 제2호에서 정한 ⁠‘비사업용 토지로 보지 않는

경우’에 해당하지 않는다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.

가) 법인세법 제55조의2 제1항 제3호에서는 내국 법인이 비사업용 토지를 양도한 경우에는 그 양도소득에 10%의 세율을 적용하여 산출한 세액을 추가로 납부하여야 한다고 규정하고 있는바, 이는 법인이 생산적인 용도로 사용하지 않고 재산증식 수단으로 보유하다가 양도하는 토지를 비사업용 토지로 분류하여 그 양도소득에 대하여 법인세를 중과함으로써 토지에 대한 투기 수요를 억제하기 위함이다.

한편, 같은 조 제3항 및 구 법인세법 시행령 제92조의11 제3항 제2호에 따르면‘공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률(이하 ’토지보상법‘이라고 한다) 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 토지로서 취득일이 사업인정고시일로 부터 2년 이전인 토지’의 경우에는 예외적으로 법인세 중과대상이 되는 비사업용 토지에서 제외하고 있는바, 이는 공익사업 등의 원활한 추진을 위하여 자신의 의사와 상관없이 공익사업 등의 용도로 토지가 수용되는 불이익을 감수할 수밖에 없는 토지소유자에게 세제상 혜택을 부여한 예외 조항이므로 엄격히 해석해야 한다.

나) 토지보상법 제4조 제8호, ⁠[별표] 2. ⁠(37)에 따르면, ⁠“민간임대주택에 관한 특별법(이하 ⁠‘민간임대주택법’이라 한다) 제20조에 따라 토지를 수용하거나 사용할 수 있는 사업“은 토지보상법 제20조에 따른 사업인정이 의제되는 사업으로서 토지보상법에 따라 토지등을 취득하거나 사용할 수 있다. 그리고 토지보상법에 따르면 사업시행자가 공익사업의 수행을 위하여 사업인정을 받기 전에 협의에 의한 토지 등의 취득 및 사용이 필요할 때에는 토지조서와 물건조서를 작성하여야 하고(제14조), 보상계획의 공고·통지 및 열람 절차(제15조) 및 보상에 관하여 토지소유자 및 관계인 협의 절차(제16조)를 거쳐야 하고 위 협의가 성립되었을 때에는 토지소유자 및 관계인과 계약을 체결하여야 한다(제17조). 그런데 이 사건에서 양수인은 이 사건 토지를 취득하는 과정에서 토지보상법 제14조 내지 제16조에서 정하는 토지조서 및 물건조서의 작성, 보상계획의 공고ㆍ통지 및 열람 등의 절차를 거치지 않았으므로, 토지보상법에 따른 협의매수를 하였다고 볼 수 없다.

다) 또, 민간임대주택법 제34조 제1항 및 제4항은 ⁠‘시행자가 촉진지구 토지 면적의 3분의 2 이상에 해당하는 토지를 소유하고 토지 소유자 총수의 2분의 1 이상에 해당하는 자의 동의를 받은 경우 나머지 토지 등을 수용 또는 사용할 수 있고, 이 경우 민간임대주택법에 특별한 규정이 있는 것을 제외하고 토지보상법을 준용한다’고 정하고 있을 뿐, 시행자로 지정되기 전 토지 등을 취득 또는 사용하는 경우에 대해서는 정하고 있지 않다. 이 사건에서 양수인은 이 사건 토지를 취득한 후인 2020. 5. 1.에야 이 사건 사업의 시행자로 지정되었으므로, 민간임대주택법에 따라 이 사건 토지를 협의매수한 것이라고도 볼 수 없다.

라) 한편, ① 원고는 이 사건 사업이 추진되는 기회에 양수인에게 이 사건 토지를 양도하여 원고의 재정안정성을 도모하고 급변하는 주변 환경변화에 대응할 수 있는 법인 고유목적사업을 전개하기 위하여 기본재산인 이 사건 토지의 매매를 결정한 것으로 보이는 점(갑 제21호증), ② 이 사건 토지의 감정평가 금액은 **,***,***,***원이고, 원고는 이보다 약 **억 원이 많은 **,***,***,***원에 양수인과 매매계약을 체결한 점(갑 제10호증), ③ 이 사건 토지의 등기부등본에는 양수인의 소유권이전등기 원인이 ⁠‘2019. 8. 6. 매매’라고 기재되어 있는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 매매계약은 향후 추진될 양수인의 이 사건 사업을 염두에 두고 당사자들의 자유로운 의사에 따라 체결된 통상의 매매계약이라고 봄이 상당하다.

나. 이 사건 토지에 대한 양도소득의 귀속 시기

1) 관련 법리

법인세법 제55조의2 제7항의 위임에 따라 규정된 구 법인세법 시행령 제92조의2 제6항에서는 ⁠‘제68조는 법 제55조의2 제1항에 따른 토지등양도소득의 귀속사업연도, 양도시기 및 취득시기에 관하여 이를 준용한다. 제68조 제4항에 따른 장기할부조건에 의한 토지등의 양도에는 같은 조 제2항에도 불구하고 같은 조 제1항 제3호에 따른다’고 규정하고 있다. 그리고 구 법인세법 시행령 제68조 제1항 제3호에서는 ⁠‘상품등 외

의 자산의 양도 시, 그 대금을 청산한 날을 익금 및 손금의 귀속사업연도로 정하고, 다만 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용 수익하는 경우에는 그 이전등기일ㆍ인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날로 한다고 규정하는 한편, 같은 조 제2항에서는 장기할부조건으로 자산을 판매하거나 양도한 경우에는 그 장기할부조건에 따라 각 사업연도에 회수하였거나 회수할 금액과 이에 대응하는 비용을 각각 해당사업연도의 익금과 손금에 산입할 수 있다는 예외를 정하고 있다.

위 조항에 따르면, 법인세 중과대상이 되는 비사업용 토지를 양도한 경우에는, 장기할부조건으로 양도한 경우이든 그렇지 않은 경우이든 모두구 법인세법 시행령 제68조 제1항 제3호가 적용되어 그 익금 및 손금의 귀속사업연도는 대금을 청산한 날이 속하는 사업연도가 원칙이고, 다만 대금 청산일 전에 소유권 등의 이전등기를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용·수익하는 경우에는 그 이전등기일, 인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날이 속하는 사업연도가 된다.

2) 구체적 판단

가) 이 사건 토지는 법인세 중과대상인 비사업용 토지에 해당하므로, 이 사건 매매계약이 장기할부조건부 계약인지 여부와 무관하게 이 사건 토지에 대한 양도소득의 귀속시기는 앞서 본 바와 같이 구 법인세법 시행령 제68조 제1항 제3호에 따른다.

나) 그런데 앞서 인정한 사실에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 아래의 사정을 종합하면, 이 사건 토지 양도소득이 2019 사업연도에 귀속된다고 본 이 사건 처분은 적법하고, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

(1) 원고가 2019. 8. 6. 이 사건 매매계약을 체결한 후 2019. 9. 27. 이 사건 금전소비대차계약을 체결하여 양수인과 이 사건 토지에 관한 매매잔금 지급채무를 소비대차채무로 전환하기로 약정한 것은 민법 제605조에 따른 준소비대차계약이라고 할 것이므로, 이 사건 금전소비대차계약일인 2019. 8. 6.에 이 사건 매매대금지급채무는 소멸하고 대여금채무가 성립됨으로써 이 사건 토지의 대금이 청산되었다고 봄이 타당하다. 따라서 대금청산일인 이 사건 토지에 대한 양도소득세의 귀속연도는 2019 사업연도이다.

(2) 설령 이 사건 토지의 대금을 청산한 날은 원고가 실제로 이 사건 토지 대금상당액을 모두 회수한 2021. 5. 18.이라고 보더라도, 원고는 2019. 9. 27. 양수인과 이 사건 금전소비대차계약을 체결한 후, 이 사건 토지에 관하여 양수인에게 소유권이전등기를 마쳐주었고, 같은 날 양수인은 이 사건 토지에 근저당권을 설정하기도 하였는바, 이 사건 토지의 양도소득은 구 법인세법 시행령 제68조 제1항 제3호 후문에 따라 양수인 명의 이전등기일인 2019. 9. 27.이 속하는 2019 사업연도로 봄이 타당하다. .

다. 이 사건 가산세 부과처분의 적법여부

1) 관련 법리

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서 납세자의 고의․과실은 고려되지 않지만, 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는이를 부과할 수 없다(대법원 2015. 3. 12. 선고 2014두44205 판결 등 참조).또한, 가산세의 부과를 저지하는 사유에 해당하는 정당한 사유는, 가산세의 면제사유라고 볼 것이므로 특별한 사정이 없으면 납세자가 정당한 사유가 존재한다는 점에 대하여 증명할 책임이 있다고 봄이 타당하다(대법원 2013. 1. 10.자 2012두21253 판결 참조).

2) 구체적 판단

앞서 인정한 사실과 증거에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하면, 원고에게 이 사건 법인세 납부의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다. 따라서 피고가 원고에 대하여 일반과소신고가산세를 감면하면서 납부불성실가산세를 부과한 것은 적법하다. 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

가) 신고불성실가산세와 납부불성실가산세는 그 부과사유나 면제사유(정당한 사유)가 반드시 동일하다고 볼 수 없다. 납부불성실가산세는 납세의무자가 신고납부기한까지 미납부한 금액에 대하여 금융혜택을 받은 것으로 보아 그 납부의무 위반에 대하여 가하는 행정상 제재로서의 성질을 가지므로 신고불성실가산세와 같이 볼 수는 없는 점등을 종합하면, 조세심판원이 신고불성실가산세를 부과하지 아니하기로 하면서도 납부불성실가산세를 부과하였다고 하여 이를 위법하다고 할 것은 아니다(대법원 2013. 7. 11. 선고 2013두5470 판결 취지 참조).

나) 조세심판원은 이 사건 토지의 성격과 이 사건 계약의 내용에 대한 세법상 평가를 함에 있어 법률 해석상의 어려움이 있을 수 있다고 보아 원고가 이 사건 토지의 양도 소득의 귀속사업연도를 2021 사업연도로 잘못 인식한 것을 탓할 수 없는 정당한 사유가 인정된다고 판단하여 2021. 9. 23. 원고에게 한 2019 사업연도 법인세 ***,***,***원 부과처분에 관하여 토지등 양도소득에 대한 법인세***,***,***원을 제외한 사업연도 소득에 대한 법인세 ***,***,***원 중 신고불성실가산세는 부과하지 않는 것으로 하여 그 세액을 경정하고 이를 환급하였다.

그런데 세법 해석상 의심스러운 부분으로 인한 견해의 대립 등이 있다고 할 수 없음에도 납세의무자가 자기 나름의 해석에 의하여 납세 등의 의무가 면제된다고 잘못 판단한 것은 단순한 법령의 부지나 오해에 불과하여 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다고(대법원 2004. 6. 24. 선고 2002두10780 판결 등 참조)할 것인바, 이 사건 결정에서 인정한 사실만으로 납부불성실가산세를 면제하여야 할 정당한 사유가 인정된다고 보기 어렵다. ⁠(원고가 이 부분 주장의 근거로 내세우는 판례

들은 모두 관계 법령의 해석을 두고 치열한 견해의 대립이 있었던 사안들인바, 이 사건에 원용하기에 적절하지 않다)

5. 결론

원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

출처 : 대전지방법원 2024. 11. 21. 선고 대전지방법원 2023구합203961 판결 | 국세법령정보시스템