요지

이 사건 부칙조항은 법률 제13560호 조세특례제한법 시행일인 2016. 1. 1. 이후 개시하는 과세연도의 직전 과세연도에 종전규정에 따라 소기업에 해당하였던 기업이 2016. 1. 1. 이후 개시하는 과세연도에 종전규정에 의해서는 소기업에 해당하나 개정규정으로 인하여 소기업에 해당되지 않는 경우를 의미하는 것으로 봄이 타당함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2019. 10. 18. 원고에 대하여 한 2018사업연도 법인세 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 운수업(여객운송업)을 영위하는 주식회사로 2015사업연도부터 2018사업연도(원고는 매년 1. 1.부터 12. 31.까지를 사업연도로 한다)까지 원고의 매출액은 다음과 같다.

나. 원고는 2019. 3. 29. 원고의 2018사업연도 법인세에 대하여 조세특례제한법 시행령 부칙(2016. 2. 5. 대통령령 제26959호) 제22조(이하 ⁠‘이 사건 부칙규정’이라 한다)를 근거로 하여, 2016사업연도 매출액이 100억 원 미만이므로 구 조세특례제한법 시행령(2016. 2. 5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 것) 제6조 제5항 제2호(이하 ⁠‘이 사건 종전규정’이라 한다)에서 정한 운수업을 영위하는 소기업에 해당한다며(원고의 계속 고용 근로자 수가 50명 미만인 사실에 관하여는 다툼이 없다), 구 조세특례제한법(2018. 12. 11. 법률 제15881호로 개정되기 전의 것) 제7조 제1항 제2호 나목의 중소기업특별세액감면 규정에 따른 소기업 감면율인 100분의 20을 적용한 감면세액을0,000,000원으로 산정하여 법인세를 신고·납부하였다.

다. 이에 대하여 피고는, 원고의 2015사업연도 매출액이 000억 원으로 이 사건 종전규정에 따른 매출액 기준 100억 원을 초과하여 원고는 이 사건 부칙규정에 따른 소기업 경과조치 적용대상에 해당되지 않고, 2018사업연도 매출액이 00억 원으로 2016. 2. 5. 개정된 조세특례제한법 시행령 제6조 제5항(이하 ⁠‘이 사건 개정규정’이라 한다)에서 정한 매출액 기준 80억 원도 초과하므로, 어느 것에 의하더라도 위 감면세액 ⁠(0,000,000원)의 적용을 받을 수 없다고 판단한 다음, 2019. 10. 18. 원고에게 2018사업연도 법인세 0,000,000원(가산세 포함)을 증액경정·고지하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다)

라. 원고는 이에 불복하여 2019. 12. 19. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2021. 4. 21. 위 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

나. 원고의 주장

1) 운수업을 영위하는 경우, 이 사건 종전규정에 따르면 근로자 수가 50명 미만이고 매출액이 100억 원 미만인 경우에 소기업에 해당하는 반면, 이 사건 개정규정에 따르면, 매출액이 80억 미만이면 소기업에 해당한다. 이 사건 부칙조항상의 ⁠‘이 사건 종전규정에 따라 소기업에 해당되었던 기업’ 문언에 대한 판단은 ⁠‘법률 제13560호 조세특례제한법 개정 법률 시행일’인 ⁠‘2016. 1. 1.’을 포함하는 2016사업연도를 기준으로 함이 타당하고, 2016사업연도 원고의 매출액은 약 00억 원으로 이 사건 종전규정에 의할 때는 소기업에 해당하나 이 사건 개정규정에 의하면 소기업에 해당하지 않는바, 결국 원고는 ⁠‘이 사건 개정규정으로 인하여 소기업에 해당하지 아니하게 된 경우’에 해당하므로, 이 사건 부칙조항에서 정한 경과조치의 적용을 받는다.

2) 더욱이 대법원은 2020. 7. 29. 2019두56333 판결에서 ⁠“이 사건 부칙조항의 적용 대상은 법률 제13560호 조세특례제한법 개정법률 시행일인 2016. 1. 1. 당시인 2016과세연도의 경우 종전규정 아래에서는 소기업에 해당하여 중소기업특별세액감면을 받을 수 있었으나 개정규정으로 인하여 더 이상 소기업에 해당하지 않아 중소기업특별세액감면을 받을 수 없게 된 기업이라고 봄이 타당하다.”고 판시하였는바, 위 대법원 판례의 태도는 2016사업연도 원고의 매출액을 기준으로 하여 그것이 이 사건 종전규정에 의할 때는 소기업에 해당하나 이 사건 개정규정에 의할 경우 소기업에 해당하지 않을 때에 이 사건 부칙조항이 적용된다는 취지로 해석되므로, 원고의 위 주장 취지와 부합한다.

3) 결국 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하다.

다. 관련 규정

1) 이 사건의 쟁점은 원고의 2018사업연도 법인세에 대하여 이 사건 부칙조항이 적용되는지 여부이다.

2) 구 조세특례제한법(2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개정되어 2016. 1. 1. 시행되고 2016. 12. 20. 법률 제14390호로 개정되기 전의 것) 제7조 제1항은 ⁠“중소기업 중감면 업종인 ⁠‘운수업 중 여객운송업(제1호 자목)’을 경영하는 기업에 대해서는 2017. 12. 31. 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 등에 소기업이 수도권에서 제1호에 따른 감면 업종 중 도매업 등을 제외한 업종을 경영하는 사업장의 경우 100분의 20의 감면 비율(제2호 나목)을 곱하여 계산한 세액상당액을 감면한다.”고 정하고 있다(이하 ⁠‘중소기업특별세액감면’이라고 한다). 그 위임에 따른 이 사건 종전규정에 의하면, 중소기업특별세액감면이 적용되는 ⁠‘대통령령으로 정하는 소기업’ 가운데 ⁠‘운수업 중 여객운송업을 주된 사업으로 영위하는 소기업’이란 해당기업에 계속하여 고용되어 있는 근로자로서 기획재정부령으로 정하는 자(이하 ⁠‘계속 고용 근로자’라고 한다)의 수가 50명 미만이고, 매출액이 100억 원 미만인 중소기업을 말한다.

3) 한편 이 사건 개정규정에서는 이 사건 종전규정 중 계속 고용 근로자의 수에 관한 요건을 삭제하면서 ⁠‘대통령령으로 정하는 소기업’을 ⁠‘중소기업 중 매출액이 업종별로 중소기업기본법 시행령 [별표 3]을 준용하여 산정한 규모 기준 이내인 기업’으로 정하고 있고, 중소기업기본법 시행령 [별표 3] 제30호는 ’운수 및 창고업‘을 주된 업종으로 하는 중소기업 중에서 매출액이 80억 원 이하인 기업을 소기업으로 정하고 있다.

따라서 이 사건 개정규정에 의하면 중소기업특별세액감면을 받는 ⁠‘대통령령으로 정하는 소기업’ 중 ⁠‘운수업 중 여객운송업을 주된 사업으로 영위하는 소기업’은 계속 고용근로자의 수와 관계없이 매출액이 80억 원 이하인 중소기업을 말한다.

4) 이와 같이 중소기업특별세액감면을 받는 ⁠‘소기업’의 범위가 이 사건 종전규정 및 개정규정에서 달라짐에 따라 이 사건 부칙조항은 ’소기업의 범위에 관한 경과조치‘라는 제목으로 ⁠“법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 당시 종전의 ⁠(조세특례제한법 시행령) 제6조 제5항에 따라 소기업에 해당되었던 기업이 법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 제6조 제5항의 개정규정에 따른 소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 제6조 제5항의 개정규정에도 불구하고 2019년 1월 1일이 속하는 과세연도까지 소기업으로 본다.”라고 정하고 있다.

라. 구체적 판단

아래와 같은 이유에서 이 사건 부칙조항은 법률 제13560호 조세특례제한법 시행일인 2016. 1. 1. 이후 개시하는 과세연도의 직전 과세연도에 종전규정에 따라 소기업에 ⁠‘해당하였던’ 기업이 2016. 1. 1. 이후 개시하는 과세연도에 종전규정에 의해서는 소기업에 해당하나 개정규정으로 인하여 소기업에 해당되지 않는 경우를 의미하는 것으로 봄이 타당하다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

1) 이 사건 부칙조항 문언상 ’법률 제13560호 조세특례제한법 시행 당시‘는 그 시행일인 ’2016. 1. 1.‘을 의미하고, 이 사건 부칙조항 적용은 그 당시 이 사건 종전규정에 따라 소기업에 ⁠‘해당되었던’ 기업을 대상으로 하고 있다. 이 사건 종전규정에서 그 적용의 요건으로 삼고 있는 매출액은 대상 기업의 특정 시점의 재무상태에 대한 개념이 아니라 일정기간 동안의 기업의 성과에 대한 개념으로서, 이 사건 부칙조항은 2016. 1. 1. 당시에 이 사건 종전규정에 따라 종업원의 수가 일정 규모 미만이고 2016. 1. 1.이 속하는 과세연도의 직전과세연도에 이 사건 종전규정에서 정한 매출액 기준 규모에 미달하여 소기업에 해당하는 기업을 의미한다고 해석하는 것이 문언에 부합한다.

2) 원고의 주장과 같이 해석되기 위해서는, 오히려 이 사건 부칙조항에서 ⁠‘법률 제13560호 조세특례제한법 시행일이 속하는 과세연도에 소기업에 해당하는 기업’이라고규정하는 것이 자연스럽다.

3) 위 1)항과 같은 해석은 경과규정인 이 사건 부칙조항의 성격에도 부합한다. 경과규정은 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전규정을 적용하도록 한 특별규정에 해당하므로, 이를 마련하는 취지는 납세의무자가 종전규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하여 종전규정의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 직접적인 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등의 경우에 그에 대한 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 필요가 있기 때문이다.

그런데 만일 어떠한 기업이 법률 제13560호 조세특례제한법 시행 전에 소기업에 해당하지 않아 중소기업특별세액감면을 받지 못하였다면, 이를 대상으로 ⁠‘경과규정의 형식’을 갖추어 규정을 마련할 필요는 없다. 원고의 주장은 이 사건 개정규정을 통해 소기업의 범위가 개정되었음에도 이 사건 종전규정에서 정한 소기업의 범위를 일정기간 병행하여 적용되어야 한다는 취지라 할 것인데, 법령에서 이와 같은 취지를 담을 의사였다면, 이는 이 사건 부칙조항과 같은 경과규정이 아닌 시행령 본문에 해당 조항을 두는 것이 합리적이다.

4) 또한 조세특례제한법 시행령의 제·개정 소관부처인 기획재정부에서 발간한 ⁠‘2015 간추린 개정세법’ 해설 책자에는 조세특례제한법 시행령 제6조의 경과조치에 관하여 ⁠“종전 규정에 따라 소기업에 ⁠‘해당했던’ 기업이 시행령 개정에 따라 소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에 2019. 1. 1.이 속하는 과세연도까지 소기업 유예기간을 적용한다.”고 기재되어 있고, 기획재정부 질의회신에서는 ⁠‘이 사건 부칙조항은 법률 제13560호 조세특례제한법 시행일이 속하는 직전 과세연도에 종전규정에 따라 소기업에해당하는 납세자에 대하여 적용하는 조항’이라고 해석한 바 있다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2022. 06. 30. 선고 서울행정법원 2021구합71519 판결 | 국세법령정보시스템