요지

납세의무자가 작성, 비치하고 있는 장부에 기재된 가액은 실제의 취득가액에 부합함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

 피고가 2023. 3. 29. 원고에게 한 2021년 귀속 양도소득세 #,###원 및 가산세 ##원의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

○ 원고는 2001. 7. 13. ◌◌도 △△시 □□동 ###-28 잡종지 711㎡ 토지(이하 ⁠‘이 사건 토지’라 한다)를 매수하고, 같은 해 12. 19. 이 사건 토지에 관하여 소유권이전등기를 마쳤다.

○ 원고는 이 사건 토지 지상에 철근콘크리트조 슬라브지붕 2층 근린생활시설(연면적 596.32㎡, 이하 ⁠‘이 사건 건물’이라 하고, 이 사건 토지와 합하여 ⁠‘이 사건 부동산’이라 한다)을 신축하여 2002. 9. 4. 사용승인을 받은 후 2002. 10. 1. 이 사건 건물에 관한 소유권보존등기를 마쳤고, 2002. 5. 1.경부터 이 사건 건물에서 ⁠‘AAA’이라는 상호의 사업장(이하 ⁠‘이 사건 사업장’이라 한다)을 운영하였다.

○ 원고는 2021. 4. 2. BB알엔디 주식회사, 주식회사 DD에 이 사건 부동산을 대금 #,###원에 매도하는 내용의 매매계약을 체결하고, 2021. 4. 30. BB알엔디 주식회사, 주식회사 DD에게 위 매매계약을 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳐주었다.

○ 원고는 2021. 6. 8. 피고에게 이 사건 부동산에 대한 양도소득세 신고를 하면서 양도가액은 실지거래가액인 #,###원(= 이 사건 토지 #,###원 + 이 사건 건물 #,###원)으로 하고, 취득가액은 실지거래가액을 확인한 수 없는 경우로 보아 환산가액인인 #,###원(= 이 사건 토지 #,###원 + 이 사건 건물 #,###원)으로 하여 이에 따라 계산한 양도소득세 #,###원을 납부하였다.

○ □□지방국세청장이 2022. 10. 17.부터 2022. 11. 3.까지 피고에 대한 종합감사를 실시한 결과, 원고가 이 사건 사업장과 관련하여 종합소득세를 신고하면서 이 사건 건물의 장부가액을 #,###원(이하 ⁠‘쟁점 장부가액’이라 한다)으로 산정한 것이 확인되어, 피고에게 원고가 이 사건 건물의 취득가액을 과다신고하였다고 통보하였고, 이에 따라 피고는 이 사건 건물의 실지취득가액을 쟁점 장부가액인 #,###원으로 보아 2023. 4. 3. 원고에게 2021년 귀속 양도소득세 #,###원 및 가산세 #,###원을 경정ㆍ고지하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

○ 원고는 2023. 6. 16. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2023. 12. 4. 그 청구가 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 을 제1 내지 4호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

쟁점 장부가액은 이 사건 건물 신축공사에 소요된 비용의 일부에 불과하고, 실제 이 사건 건물 신축에 소요된 비용은 쟁점 장부가액을 크게 상회한다. 원고의 시부가 이 사건 건물 신축공사의 일부를 직접 수행하는 등의 이유로 이를 증빙할 수 있는 서류를 보관하지 못하여 현재로서 그 실지취득가액을 명확히 확인할 수 없는 경우에 해당하고, 따라서 원고가 취득가액을 환산가액으로 신고한 것은 정당하다. 그럼에도 불구하고 쟁점 장부가액을 이 사건 건물의 실지취득가액으로 보아 양도소득세를 증액경정 한 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 인정사실

○ 원고는 2002. 10. 1. 이 사건 건물에 관하여 소유권보존등기를 마치면서 이 사건 건물의 취득세․등록세 과세표준을 #,###원으로 하여 취득세․등록세 #,###원을 신고․납부하였다.

○ 원고이 이 사건 건물을 신축할 당시 구 건설산업기본법(2005. 11. 8. 법률 제7697호로 개정되기 전의 것) 제41조에 따르면 주거용 외의 건축물로서 연면적이 495㎡를 초과하는 건축물에 관한 건설공사는 건설업자기 시공하여야 하였던바, 연면적이 596.32㎡인 이 사건 건물의 신축공사를 주식회사 JJ종합건설(이하 ⁠‘JJ종합건설’이라 한다)이 수행하였다.

○ 원고는 이 사건 사업장에 관한 2002년 제1기 및 제2기 부가가치세를 신고하면서 JJ종합건설에게 지급한 공사대금 #,###원에 대한 매입세액을 공제받았다.

○ 원고는 매년 종합소득세를 신고하였는데, 2002년 귀속 종합소득세를 신고하면서 제출한 표준대차대조표를 포함하여 원고가 2017년도까지 피고에게 제출한 표준대차대조표의 유형자산란에는 이 사건 건물의 가액이 #,###원으로 기재되어 있다.

○ 원고는 이 사건 건물에서 2018. 7. 1.부터 ⁠‘FF전문점’이라는 상호의 사업장도 함께 운영하였는데, 원고가 2018년 귀속 종합소득세를 신고하면서 제출한 표준대차대조표의 유형자산란에는 이 사건 사업장에 대한 이 사건 건물 가액이 #,###원, 위 ⁠‘FF전문점’에 대한 이 사건 건물 가액이 #,###원으로, 이 사건 사업장과‘FF전문점’에 대한 이 사건 건물 가액의 합계가 #,###원으로 기재되어 있다.

○ 이 사건 건물의 기준시가는 신축 시점 기준 #,###원이고, 양도 시점 기준 #,###원이다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2호증, 을 제3 내지 6호증의 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 소득세법 제97조는 양도소득을 계산함에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비의 하나로 취득가액을 규정하고 있고, 취득가액은 자산의 취득에 든 실지거래가액으로 하되, 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액으로 하는 것으로 규정하고 있으며, 소득세법 제114조는 납세지 관할세무서장 등이 양도소득세 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우 양도소득과세표준과 세액을 경정하도록 하면서 그 취득가액을 실지거래가액에 의하되,대통령령이 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 당해 자산의 취득당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액 또는 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다고 규정하고 있다.

납세의무자가 작성, 비치하고 있는 장부에 자산가액이 기재되어 있다 하더라도 그 기재가 자산의 실지취득가액을 확정시키는 효과가 있다고 볼 수 없음은 물론 그 기재를 실지취득가액으로 추정하여야 한다거나 그 기재자체가 납세의무자를 기속하는 효과가 있어 납세의무자는 그 기재에 반한 주장을 할 수 없다고 볼 수는 없다(대법원 1988. 2. 9. 선고 87누536 판결). 따라서 장부가액은 원칙적으로 실제의 취득가격에 부합하는 것으로 볼 수 있는 신빙성이 있음을 전제로 하여 그 장부가액을 실지취득가액으로 인정하는 것이 타당하다.

2) 앞서 본 인정사실에 변론 전체의 취지를 더하여 판단되는 다음의 근거를 종합하면, 피고가 이 사건 건물의 실지취득가액으로 인정한 #,###원은 납세의무자인 원고가 작성, 비치하고 있는 장부에 기재된 가액으로서, 실제의 취득가격에 부합하는 것으로 볼 수 있는 신빙성이 있다고 할 것이다. 따라서 위 장부가액을 취득가액으로 판단한 이 사건 처분은 적법하고, 원고가 제출한 갑 제4호증 내지 11호증의 기재만으로는 이를 뒤집기에 부족하다. 따라서 이 사건 건물의 실지취득가액을 확인할 수 없는 경우에 해당하므로 환산가액에 의하여야 한다는 원고 주장은 이유 없다.

① 원고는 이 사건 건물을 신축하고 이 사건 사업장에서 영업을 개시한 이후부터 19년 정도 이 사건 건물의 가액을 #,###원으로 하여 종합소득세를 신고하였으므로, 일응 위 신고가액은 유력한 증명력을 가진다 할 것이다. 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건 사실이 추정되는 사실이 밝혀지면 상대방이 문제로 된 당해사실이 경험칙 적용의 대상 적격이 되지 못하는 사정을 증명하지 않는 한, 당해 과세처분이 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수 없는바(대법원 2007.11. 15. 선고 2005두5604 판결 등 참조), 원고가 스스로 공적으로 신고한 장부가액을 부인하려 하는 경우 충분히 수긍할 만한 합리적인 이유와 근거를 적극적으로 밝혀야 할 증명활동의 책임이 있다고 봄이 상당하다.

② 원고는 이 사건 사업장에 관하여 2002년 부가가치세 신고시 JJ종합건설에서 #,###원의 세금계산서를 수취한 사실을 신고하였고, 사실상 동일한 금액(#,###원)을 이 사건 건물의 취득가액으로 하여 □□시장에 취득세를 신고하였다. 일반적으로 건물의 취득가액은 부가가치세 환급세액, 소득세의 감가상각비, 양도소득세의 취득가액 등의 기준이 되므로 건물의 취득가액이 높을수록 세금 절감 혜택 등 이 많아진다는 점을 고려하면, 원고가 이 사건 건물의 실제 취득가액보다 세금계산서를 과소하게 수취하였을 가능성은 높지 않다고 판단된다.

③ JJ종합건설에 대한 공사대금이 #,###, 이 사건 건물의 취득세․등록세는 #,###원인 사실은 앞서 본 바와 같고, 이 사건 사업장의 2002년도 매입세금계산서 내역에 의하면 원고는 이 사건 건물에 관하여 보일러공사비로 #,###원을 지출한 것으로 보이는 바, 쟁점 장부가액은 위 공사대금, 취득세, 등록세, 위 추가공사비용 등을 합한 금액과 유사하다.

④ 원고는 JJ종합건설이 이 사건 건물의 골조공사만을 담당하였고 목수였던 원고의 시부가 이 사건 건물을 직접 시공하였기 때문에 이 사건 건물 신축을 위하여 지출한 비용이 훨씬 많다고 주장한다. 그러나 원고 주장에 부합하는 JJ종합건설 대표이사, 시부와 함께 공사를 수행하였다는 인부들의 사실확인서(갑 제7호증의 1 내지 5)는 원고의 지시 또는 부탁을 받고 작성하였을 가능성을 배제할 수 없어 이를 뒷받침할만한 객관적 증거가 없는 이상 그대로 믿기 어렵고, 원고가 제출한 갑 제11호증은 이 사건 건물 신축 무렵의 원고 명의 계좌의 예금거래내역으로, 원고가 인출한 금원을 이 사건 건물의 취득가액으로 지출한 것으로 판단할 만한 객관적인 근거도 없다. 그밖에 원고는 피고가 산정의 근거로 삼은 재무제표가 사실과 달리 작성되었음을 증명할 만한 공사비용 지출과 관련한 금융거래내역, 공사계약서 등을 전혀 제출하지 않고 있다.

⑤ 원고는 또, 시부가 이 사건 건물 공사를 주도하여 구체적인 실지거래가액을 정확히 알지 못하고 근거자료도 구비하지 못했다고 주장할 뿐이고, 원고가 20년에 가까운 시간 동안 실지거래가액을 장부에 계상하지 않은 경위에 관하여도 납득할 만한 설명을 하지 못하고 있다.

마. 소결 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 기각한다.

출처 : 제주지방법원 2025. 01. 13. 선고 제주지방법원 2024구합5159 판결 | 국세법령정보시스템