요지

원고가 홍보업체를 내세워 재건축 조합원들을 상대로 불법성 접대 및 향응을 직접 제공하였다는 사실을 인정하기 어려우므로 원고의 법인비용에 해당하며, 원고 임직원의 횡령 및 배임수재한 금액이 관련 형사판결 및 원고 내부자료로 공사원가가 부풀려진 것이 확인되므로 이는 원고의 법인비용으로 보기 어려움.

판결내용

판결내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고가 2018. 8. 1. 원고에 대하여 한

가. 별지1 기재 각 법인세 부과처분 중 ⁠‘취소하는 세액’란 기재 부분을 각 취소하고,

나. 별지2 기재 각 부가가치세 부과처분 중 ⁠‘취소하는 세액’란 기재 부분을 각 취소한다.

2. 피고가 2018. 8. 1. 원고에 대하여 한 소득자를 CCC, DDD, EEE, FFF, 소득의 종류를 상여로 한 별지3 기재 소득금액변동통지 중 ⁠‘취소하는 소득금액’란 기재 부분을 각 취소한다.

3. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

4. 소송비용 중 10%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2018. 8. 1. 원고에 대하여 한 별지1 기재 각 법인세 부과처분 중 ⁠‘원고가 취소를 구하는 세액’란 기재 부분을 모두 취소하고, 별지2 기재 부가가치세 부과처분 중 ⁠‘원고가 취소를 구하는 세액’란 기재 부분을 모두 취소한다. 피고가 2018. 8. 1. 원고에 대하여 한 소득자를 CCC, DDD, EEE, FFF, 소득의 종류를 상여로 한 별지3 기재 소득금액변동통지 중 ⁠‘원고가 취소를 구하는 소득금액’란 기재 부분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분경위

가. 원고는 19**. 12. 설립되어 종합건설업 등을 영위하는 법인으로, 2013년부터

2017년 사이에 재개발·재건축 사업을 수주하기 위하여 홍보업체들과 홍보용역계약을 체결하고, 홍보업체들에게 홍보수수료를 지급하였다. 또한 원고는 2010년부터 2016년 사이에 ○○ ○○IC 공사, ○○○ 31공구 공사, ○○외곽순환도로 공사 등을 수행하였다.

나. ○○지방국세청장은 2018. 2. 6.부터 2019. 9. 18.까지 원고에 대한 세무조사를 실시하고(이하 ⁠‘이 사건 세무조사’라 한다), 피고에게 아래 표 기재와 같은 과세원인을 통보하였다. 피고는 통보받은 내용을 바탕으로 2018. 8. 1. 원고에 대하여 2010년, 2012년부터 2017년도까지의 법인세(가산세 포함) 합계 16,749,071,310원, 2010년도 1기분부터 2017년 2기분까지의 부가가치세(가산세 포함) 합계 2,982,936,990원을 각 경정·고지하였고, 2010년부터 2016년까지 별지3과 같이 합계 5,810,478,118원의 소득금액변동통지를 하였다(이하 ⁠‘이 사건 각 처분’이라 한다). 또한 피고는 원고에게 국세기본법상 부정과소신고가산세 부과사유가 있다고 보아 법인세와 부가가치세에 부정과소신고가산세를 부과하였다.

다. 원고는 2018. 11. 2. 조세심판원에 이 사건 각 처분의 취소를 구하는 심판청구 를 하였으나, 조세심판원은 2021. 7. 20. 원고의 청구를 기각하였다.

【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증의 각 기재(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함), 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

가. 재개발·재건축 홍보수수료 관련 쟁점에 관한 주장

피고는, 원고가 홍보업체를 내세워 은폐하는 방법으로 재건축 조합원들을 상대로 직접 불법성 접대 및 선물을 비롯한 향응을 제공하였다고 보았으나 이는 사실과 다르다. 홍보업체는 독립적인 인적·물적 시설을 갖춘 업체들로서 실체가 인정되고, 홍보업체들의 세부 지출 내역과 무관하게 홍보용역계약에 따라 미리 정한 홍보수수료를 지급하였으며, 홍보업체들이 조합원들에게 리베이트를 제공하는 등 위법행위를 하였더라도 이는 홍보업체의 문제이지 원고와는 직접적인 관련이 없고, 원고가 홍보업체의 불법적인 홍보활동을 지시 및 관리하지 않았으며, 검찰에서도 재개발·재건축 홍보수수료 관련 쟁점과 관련하여 무혐의 처분을 하였으므로, 이 사건 각 처분 중 재개발·재건축 홍보수수료 쟁점과 관련된 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 가공 공사원가 계상 관련 쟁점에 관한 주장

임직원들이 개인적인 일탈행위를 했더라도, 공사비용이 과다하게 산정된 것이라고

할 수 없고, 설령 임직원들이 허위로 공사대금을 부풀려 지급하였더라도 원고는 임직원들의 배임적 부정행위로 인한 피해자에 해당하며, 원고는 임직원들에 대하여 상당한주의 또는 관리·감독을 게을리하지 아니하였으므로, 원고에게 부정과소신고가산세를 부과하여서는 아니 된다. 따라서 이 사건 각 처분 중 가공 공사원가 계상 쟁점과 관련된 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

3. 관계 법령

별지4 관계 법령 기재와 같다.

4. 판단

가. 재개발·재건축 홍보수수료 쟁점 관련 주장에 대한 판단

1) 관련 법리

법인세법 제19조 제2항은 원칙적으로 ⁠“손비는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.”고 규정하고 있다. 여기에서 말하는 ⁠‘일반적으로 용인되는 통상적’인 비용이라 함은 납세의무자와 같은 종류의 사업을 영위하는 다른 법인도 동일한 상황 아래에서는 지출하였을 것으로 인정되는 비용을 의미하고, 그러한 비용에 해당하는지 여부는 지출의 경위와 목적, 형태, 액수, 효과 등을 종합적으로 고려하여 객관적으로 판단하여야 하는데, 특별한 사정이 없는 한 사회질서를 위반하여 지출된 비용은 여기에서 제외된다(대법원 2009. 11. 12. 선고 2007두12422 판결 등 참조).

국세기본법 제14조는 제1항에서 ⁠“과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는

거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.”고 규정하고 있고, 제2항에서 ⁠“세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.”고 규정하고 있으며, 제3항에서 ⁠“제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.”고 규정하고 있다. 이러한 실질과세의 원칙은 헌법상의 기본이념인 평등의 원칙을 조세법률관계에 구현하기 위한 실천적 원리로서, 조세의 부담을 회피할 목적으로 과세요건사실에 관하여 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외관을 취하는 경우에 그 형식이나 외관에 불구하고 실질에 따라 담세력이 있는 곳에 과세함으로써 부당한 조세회피행위를 규제하고 과세의 형평을 제고하여 조세정의를 실현하고자 하는 데 주된 목적이 있다. 이는 조세법의 기본원리인 조세법률주의와 대립관계에 있는 것이 아니라 조세법규를 다양하게 변화하는 경제생활관계에 적용함에 있어 예측가능성과 법적 안정성이 훼손되지 않는 범위 내에서 합목적적이고 탄력적으로 해석함으로써 조세법률주의의 형해화를 막고 실효성을 확보한다는 점에서 조세법률주의와 상호보완적이고 불가분적인 관계에 있다고 할 것이다(대법원 2012. 1. 19. 선고 2008두8499 전원합의체 판결 등 참조).

이와 같이 국세기본법에서 제14조 제3항을 둔 취지는 과세대상이 되는 행위 또는 거래를 우회하거나 변형하여 여러 단계의 거래를 거침으로써 부당하게 조세를 감소시키는 조세회피행위에 대처하기 위하여 그와 같은 여러 단계의 거래 형식을 부인하고 실질에 따라 과세대상인 하나의 행위 또는 거래로 보아 과세할 수 있도록 한 것으로서, 실질과세의 원칙의 적용 태양 중 하나를 규정하여 조세공평을 도모하고자 한 것이다. 그렇지만 납세의무자는 경제활동을 할 때에 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여 여러 가지의 법률관계 중의 하나를 선택할 수 있고 과세관청으로서는 특별한 사정이 없는 한 당사자들이 선택한 법률관계를 존중하여야 하며(대법원 2001. 8. 21. 선고 2000두963 판결 등 참조), 또한 여러 단계의 거래를 거친 후의 결과에는 손실 등의 위험부담에 대한 보상뿐 아니라 외부적인 요인이나 행위 등이 개입되어 있을 수 있으므로, 그 여러 단계의 거래를 거친 후의 결과만을 가지고 그 실질이 하나의 행위 또는 거래라고 쉽게 단정하여 과세대상으로 삼아서는 아니 된다(대법원 2017. 12. 22. 선고 2017두57516 판결 등 참조).

2) 구체적 판단

피고는, 원고가 홍보대행업체를 내세워 은폐하는 방법으로 재건축 조합원들을 상대 로 불법성 접대 및 선물을 비롯한 향응을 직접 제공하였다고 보아 원고의 2013~2017사업연도에 법인세(가산세 포함) 합계 3,488,884,423원, 부가가치세(가산세 포함) 합계 2,409,174,441원을 부과하고, CCC, DDD, DDD, FFF에게 상여처분을 하였다. 그러나 갑 제4, 5, 10 내지 15, 19 내지 21호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 종합하면, 피고가 제출한 증거들만으로는 원고가 홍보대행업체를 내세워 은폐하는 방법으로 재건축 조합원들을 상대로 불법성 접대 및 선물을 비롯한 향응을 직접 제공하였다는 사실을 인정하기 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 이 사건 각 처분 중 재개발·재건축 홍보수수료 관련 부분은 위법하여 취소되어야 한다. 따라서 원고의 주장은 이유 있다.

가) 홍보업체와의 홍보용역계약 필요성 및 홍보업체의 역할

재개발·재건축 사업은 ⁠‘추진위원회 결성→조합 설립→시공사 선정 입찰→시공사 선정총회’의 단계로 진행된다. 재개발·재건축 시공사로 선정되기 위해서는 조합원들의 지지를 얻어야 하므로, 원고를 비롯하여 여러 시공사들은 재개발·재건축 수주전문가인 홍보업체들과 홍보용역계약을 체결하였다. 홍보업체들은 조합 설립단계에서는 사업관계자를 대상으로 한 ⁠‘사전홍보’를, 시공사 선정 입찰단계부터 시공사 선정단계까지는 조합원들을 상대로 한 ⁠‘본홍보’를 각 수행하였다.

나) 홍보업체는 독자적인 실체를 가지고 고유한 목적사업을 수행하는 법인

홍보업체들은 법인 내에 5~6명 정도의 상주 직원을 두고 사후의 홍보팀장을 통해 홍보요원을 동원한 후 홍보용역을 의뢰한 시공사가 공사를 수주할 수 있도록 조합원들을 만나 시공사의 유리한 조건 등을 홍보하는 방식으로 홍보업무를 수행하는 등 독립된 주체로서 홍보용역을 제공하였다. 홍보업체들은 원고로부터 지급받은 홍보수수료를 익금산입하고, 홍보용역 과정에서 발생한 인건비, 물자구매비, 조합원들에게 지출한 선물대 등을 손금산입하여 법인세를 신고·납부하였다. 홍보업체들은 아파트 재개발·재건축을 수주하려는 여러 시공사들을 고객으로 두고 있었고, 원고 이외에도 다른 건설사들과도 홍보용역계약을 체결하고 홍보용역 업무를 수행하였다. 이와 같이 홍보업체들은 원고와는 별개의 독립된 법인에 해당하여 세법상으로 그 실체나 형식을 부인하기 어려우므로, 특별한 사정이 없는 한 홍보업체가 도시정비법을 위반하여 조합원들에게 접대, 향응, 선물 등을 제공했더라도 이러한 위법비용은 원칙적으로 홍보업체의 손금에 불산입되어야 하는 것이지, 원고의 손금을 부인할 것은 아니다(다만, 원고가 조세회피 목적으로 위법비용을 홍보업체를 통해 우회하여 직접 조합원들에게 지출하였다는 등의 특별한 사정이 있는 경우에는 국세기본법 제14조 제3항에 따라 원고의 손금을 부인할 여지도 있으나, 아래에서 보는 바와 같이 이 사건에서는 이러한 특별한 사정도 인정되기 어렵다).

다) 원고가 홍보업체들로 하여금 도시정비법에 위배되는 조합원 접대, 선물, 향응등의 제공을 지시·감독하였는지 여부 을 제24, 25호증의 기재 및 영상, 변론 전체의 취지에 의하면, 홍보업체 직원들이 원고의 재개발·재건축 수주와 관련하여 조합원들에게 일정한 금품, 향응 등을 제공한 사실, 원고의 ○○○○영업1그룹 그룹장 GGG이 이 사건 세무조사 과정에서 ⁠‘원고가 홍보업체의 홍보진행 사항을 관리·감독하고, 홍보업체의 조합원에 대한 기념품 및 사은품제공 등에 대하여 체크하고 진행내역을 보고받았으며, 홍보 방향을 설정하였다’는 취지로 진술한 사실은 인정된다.

그러나 GGG은 검찰에서 ⁠“세무조사 과정에서 진술한 것은, 원고가 홍보요원을 관리·감독한다는 것이 아니라 기업소개, 제안 조건 등에 대한 설명을 계획하고 관리한다는 의미이지, 홍보요원을 관리·감독한다는 의미로 진술한 것은 아니었다”라고 진술을 변경하였고, ⁠“뷔페음식제공, 기념품 및 사은품 제공 등에 대해서는 원고가 체크한 적도 없고 받은 사실도 없어서 당시 국세청에 이 부분은 아니라고 이야기를 했는데, 이러한 사실을 조서에 기재하지 않은 것이다”라고 진술하며 세무조사 과정에서 작성된 진술을 번복하였으며, 원고의 조세범처벌법위반 혐의에 대한 불기소이유 통지서에 ⁠‘홍보업체와 원고의 담당자들이 일관하여 원고측에서 위법비용의 지출을 사전에 의결하거나 관리·통제한 것이 아니다라고 진술하였다’는 내용이 기재되어 있는 점, 원고가 홍보업체들과 작성한 과업지시서 및 특별약관에 홍보요원운영 및 관리감독은 홍보업체의 업무 범위로 명시되어 있는 점, 원고나 원고의 임직원들이 도시정비법위반죄에 대한 교사나 공범으로 처벌을 받았다는 사정도 보이지 않는 점 등에 비추어 보면, 피고가 들고 있는 사정만으로는 바로 원고가 홍보업체들에 대하여 위법비용 지출을 지시하거나 관리·감독하였다는 사실을 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다. 따라서 홍보업체가 원고로부터 지급받은 홍보수수료 중 일부를 도시정비법에 위배되는 위법비용으로 지출하였더라도 이는 홍보업체의 책임으로 귀속되어야 하고, 원고가 위법비용을 홍보업체를 통해 우회하여 직접 조합원들에게 지출하였다고 볼 수는 없다.

라) 원고와 홍보업체의 홍보용역계약 체결 방식

원고는 홍보업체와 홍보용역계약을 체결하면서 통상 수주시 예상되는 금액의 *% 상당을 홍보수수료로 결정하고, 계약체결 시점에 그 중 10% 내지 50% 정도를 계약금 명목으로 지급하고, 조합원 합동설명회 후 그 중 30% 내지 50% 정도를 기성금 명목으로 지급하며, 총회 종료 후 나머지를 잔금 명목으로 나누어 지급하였으며, 수주에 성공할 경우 별도 성공보수를 잔금과 함께 지급하였다고 주장하고 있는바, 이는 원고가 ○○C구역 재개발과 관련하여 홍보업체들과 체결한 용역계약서, ○○○○ 8, 9단지 주택재건축정비사업과 관련하여 홍보업체와 체결한 용역계약서, 이들과 체결한 과업지시서 및 특별약관, 내부품의서, GGG에 대한 검찰작성 피의자신문조서 등에 의하여 뒷받침된다.

이에 대하여 피고는, 원고가 홍보업체들과 추후 정산 조건부 계약을 체결한 후 위법비용을 포함한 실제 지출내역을 확인한 후 홍보업체와의 정산합의를 거쳐 홍보수수료를 지급하였다고 주장한다. 이는 원고가 홍보업체들과 사전에 형식적인 계약을 체결하였으나 실질은 정산 조건부 계약이었고, 원고는 홍보업체들이 실제로 지출한 위법비용을 확인하는 정산 과정을 밟았으며, 그 후 순수한 홍보용역비와 위법비용 실비를 합한 금액을 홍보수수료로 지급하였다는 의미이다. 그런데 원고가 위법비용을 확인하여 실비로 지급하였다면 사전에 형식적으로 약정한 홍보수수료와 실제 지급된 홍보수수료 사이에 차이가 있어야 할 것으로 보이나, 원고가 사전에 약정된 금액과 다른 금액을 홍보업체들에게 지급했다는 사실을 인정할 증거가 없는 점, 원고와 홍보업체들이 수주종료 후 정산합의서를 작성한 사실은 인정되나, 정산합의서에 기재된 ⁠‘용역금액대로 준공 정산 되었기에 일체의 이의가 없고, 홍보사가 부담하여야 할 미불이 없음을 보증하고 정산 합의한다’는 문구에 비추어 볼 때, 위 정산합의서는 최초 홍보용역계약 내용에 따른 홍보수수료를 지급하고 홍보업체들로 하여금 그 이상을 청구하지 못하게 하기 위한 용도로 받은 것이라는 원고의 주장에 설득력이 있는 점, 위 정산합의서에는 정산 항목이나 구체적인 정산비용 등이 기재되어 있지 아니한데, 이는 총액 계약을 체결하고 그 약정에 따른 홍보수수료를 지급하는 과정에서 혹시나 발생할 분쟁을 미연에 방지하기 위하여 정산합의서를 받았다는 원고의 주장에 부합하는 것으로 보이는 점, 홍보업체 직원들이 조합원들에게 제공한 현금, 향응 등 위법비용은 객관적인 증빙이 불가능하므로 실제 집행된 위법비용을 확인하여 이를 정산하는 것은 무의미한 작업이 될수밖에 없는 점 등에 비추어 볼 때, 피고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

마) 원고가 홍보업체에게 구체적 세부지출 증빙 내역 파기를 지시하였는지 여부

피고는, 원고가 홍보업체들로부터 위법비용 지출 내역을 건네받아 금액을 정산하고, 홍보업체로 하여금 위 지출 내역을 파기하도록 지시하거나 종용하여 거래의 실질을 은폐하였다고 주장한다.

그러나 홍보업체의 대표자였던 HHH를 제외한 다른 홍보업체의 대표자들은 원고의강요나 종용으로 인해 자료를 파기하였다고 진술한 바 없고, 단지 보관할 필요가 없고 관례적으로 자료를 파기해왔다는 취지로 진술한 점, 원고의 조세범처벌법위반 혐의에 대한 불기소이유 통지서에 ⁠‘수사과정에서 원고가 홍보업체들에게 자료를 파기하도록 종용하였다는 점에 대한 증거가 발견되지 않았다’는 내용이 기재되어 있는 점 등에 비추어 볼 때, 피고가 제출한 증거만으로는 원고가 홍보업체에게 증빙서류를 파기할 것을 지시하였거나 종용하였다는 사실을 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

바) 위법비용 산정근거의 불명확

피고는, ① 원고가 홍보업체에게 지급한 인건비 중 홍보업체가 조합원 홍보비 명목 으로 추가 수취하였다고 인정한 금액과 ② 홍보업체가 조합원에게 귀속된 비용이라고 인정한 물자(선물용), 관광버스 대여료, 조합원을 대상으로 지급된 물품대금 등으로 구성되는 인건비 외 기타비용으로서, 홍보업체 JJJJ 등 14개 업체의 2013~2017년 홍보비 중 12,485,735,137원이 위법비용에 해당한다고 주장한다. 위 위법비용은 이 사건 세무조사 과정에서 있었던 홍보업체들의 진술로 그 금액이 특정된 것으로 보이나, 홍보업체들은 검찰에서 위 금액에 정상적인 홍보용역 비용과 위법비용이 혼재되어 있다고 진술한 점, 피고는 홍보업체가 회계장부에 계상한 인적용역비 항목 중 피고가 통상 일당이라고 판단한 인건비를 초과하는 금액을 모두 조합원들에 대한 접대비로 간주한 것으로 보이는데, 이러한 조합원들에 대한 접대비 산정 방법은 객관성이 부족한 것으로 판단되는 점, 홍보업체가 이 사건 세무조사 과정에서 위법비용이라고 인정한 금액이 실제로 위법비용으로 사용된 것이 맞는지를 확인할 수 있는 객관적인 자료가 보이지 않는 점, 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에 있어서 과세요건의 존재에 대한 입증책임은 처분청에게 있는 점(대법원1995. 10. 13. 선고 95누3398 판결 등 참조) 등에 비추어 볼 때, 홍보업체들이 2013년부터 2017년 사이에 조합원들에게 합계 12,485,735,137원의 위법비용을 지출하였다는 점도 입증되었다고 보기 어렵다.

사) 피고의 원고에 대한 조세범처벌법위반 혐의 고발 결과

피고는 원고를 재개발·재건축 홍보수수료 쟁점과 관련하여 조세범처벌법위반 혐의로 서울지방검찰청에 고발하였으나, 검사는 2021. 7. 1. 원고에 대하여 홍보대행업체가 독립된 주체로서 홍보용역을 제공한 점, 피고가 특정한 위법비용 12,485,735,137원에 위법비용과 정상적인 홍보용역 비용이 혼재되어 있는 점, 원고가 홍보업체들을 실질적으로 관리·통제하며 위법비용 지출에 대하여 직접 의사 결정을 하였다고 단정하기 어려운 점, 원고가 홍보대행업체들에게 위법비용 지출과 관련된 자료를 파기하도록 종용하였다는 점을 인정할 만한 아무런 증거가 없는 점 등을 이유로 불기소 처분(혐의없음)을 하였다.

나. 가공 공사원가 계상 관련 주장에 대한 판단

1) 인정사실

피고가 이 사건 각 처분과 관련하여, 가공 공사원가가 계상되었다고 판단한 원고의

공사현장별 가공 공사원가 및 관련 임직원은 아래 기재와 같다.

【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제4호증의 기재, 변론 전체의 취지

2) 관련 법리

일반적으로 세금부과처분취소소송에 있어서 과세요건사실에 관한 입증책임은 과세권자에게 있다 할 것이나, 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀지면, 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한, 당해 과세처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다(대법원 2002. 11. 13. 선고 2002두6392 판결 참조).

행정재판에 있어서는 형사재판의 사실인정에 구속을 받는 것은 아니라고 하더라도,

동일한 사실관계에 관하여 이미 확정된 형사판결이 유죄로 인정한 사실은 유력한 증거 자료가 되므로, 형사재판에서 제출된 다른 증거들에 비추어 형사재판의 사실판단을 채용하기 어렵다고 인정되는 특별한 사정이 없는 한 이와 반대되는 사실은 인정할 수 없다(대법원 2012. 5. 24. 선고 2011두28240 판결 등 참조).

구 국세기본법(2011. 12. 31. 법률 제11124호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조의2 제1항 제1호의 장기 부과제척기간에서 말하는 ⁠‘부정한 행위’, 제47조의3 제2항제1호의 부당과소신고가산세에서 말하는 ⁠‘부당한 방법’(이하 통틀어 ⁠‘부정한 행위’ 혹은 ⁠‘부정행위’라 한다)에는 납세자 본인의 부정한 행위뿐만 아니라, 특별한 사정이 없는 한 납세자가 스스로 관련 업무의 처리를 맡김으로써 그 행위영역 확장의 이익을 얻게 되는 납세자의 대리인이나 사용인, 그 밖의 종업원(이하 ⁠‘사용인 등’이라 한다)의 부정한 행위도 포함된다. 위와 같은 법리의 적용 범위와 관련하여 납세자 본인이 사용인 등의 부정한 행위를 방지하기 위하여 상당한 주의 또는 관리·감독을 게을리하지 아니하였다면, 납세자 본인은 이러한 사용인 등의 부정한 행위에 대하여 아무런 잘못이 없다고 볼 수 있다. 그러므로 이러한 경우에까지 이들의 부정한 행위를 장기 부과제척기간, 부당과소신고가산세에서 말하는 ⁠‘부정한 행위’에 포함시켜 납세자 본인에게 해당 국세에 관하여 부과제척기간을 연장하고, 중과세율이 적용되는 부당과소신고가산세를 부과하는 것은 허용되지 아니한다. 법인의 대표자나 해당 법인을 실질적으로 경영하면서 사실상 대표하고 있는 자가 아닌 사용인 등의 부정한 행위가 납세자 본인의 이익이나 의사에 반하여 자기 또는 제3자의 이익을 도모할 목적으로 납세자를 피해자로 하는 사기, 배임 등 범행의 일환으로 행하여지고, 거래 상대방이 이에 가담하는 등으로 인하여 납세자가 이들의 부정한 행위를 쉽게 인식하거나 예상할 수 없었던 특별한 사정이 있는 경우라면, 사용인 등의 부정한 행위로 납세자의 과세표준이 결과적으로 과소신고되었을지라도 이들의 배임적 부정행위로 인한 과소신고를 구 국세기본법 제47조의3 제2항 제1호의 ⁠‘납세자가 부당한 방법으로 과소신고한 경우’에 포함된다고 볼 수는 없으므로, 이때에는 납세자에게 부정한 행위를 이유로 중과세율을 적용한 부당과소신고가산세의 제재를 가할 수 없다(대법원 2021. 2. 18. 선고 2017두38959 전원합의체 판결 참조).

3) 순번 1 관련 부과처분에 대한 판단

가) 과세처분 내역

피고는, KKK이 2010. 4.경 ○○○ ○○○ ○○4공구 건설공사와 관련하여 하도급업체인 LL산업으로부터 5억 원을 받고, 2011년에 LL산업과 하도급계약을 체결하면서 계약금액을 5억 원 증액하는 방법으로 가공원가를 계상하였다는 이유로, 위 5억 원을 손금불산입하고, 부가가치세 매입세액대상에서 제외하여 법인세, 부가가치세 부과처분을 하고, 부정과소신고가산세를 부과하였다.

나) 법인세 등 부과처분의 적법여부에 대한 판단

KKK이 2010. 4.경 ○○시 ○○구 ○○동 175에 있는 ○○○○○○공사 부근 노상에서 MMM으로부터 ⁠‘LL산업에서 ○○ 4공구 준설 및 토공사를 하도급 받게 해달라’는 부정한 청탁을 받고 MMM으로부터 5회에 걸쳐 현금 1억 원씩 합계 5억 원을 취득하였다는 범죄사실로 유죄판결을 선고받아 그 판결이 확정된 사실(서울중앙지방법원2015고합*** 판결, 서울고등법원 2015노****, 대법원 2016도**** 판결)은 당사자 사이에 다툼이 없거나 이 법원에 현저하다.

KKK에 대한 확정된 형사판결이 있고, 위 형사재판의 사실판단을 채용하기 어렵다고 인정되는 특별한 사정은 보이지 아니하며, 위 KKK에 대한 형사판결에서 LL산업에게 ○○○ ○○○ ○○ 4공구 건설공사를 하도급하면서 당초 협의된 금액보다 5억원을 증액하여 지급하였다는 점이 인정되었으므로, ○○○ ○○○ ○○ 4공구 건설공사와 관련하여 원고의 2011 사업연도에 공사원가 5억 원이 과다계상되었다고 볼 수있다.

따라서 피고가 위 5억 원을 손금불산입하고, 부가가치세 매입금액을 불공제하여 법

인세, 부가가치세 부과처분을 한 것은 위법하다고 볼 수 없다.

다) 부정과소신고가산세의 적법여부에 대한 판단

갑 제5호증의2 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음의 사정들, 즉① KKK의 배임수재행위로 인하여 LL산업에 대한 공사금액이 부풀려지게 된 것이므로 원칙적으로 원고는 피해자에 해당하는 점, ② 거래상대방인 LL산업이 KKK의 배임적 부정행위에 적극 가담한 점, ③ KKK의 배임적 부정행위와 관련하여 윗선이나 대표이사 등에게 보고를 하였거나 승인을 받았다는 사실을 인정할 증거가 없는 점, ④ 원고가 상시적으로 임직원들에게 윤리교육, 업무교육을 실시하고 윤리서약서를 제출받았으며, 비위가 확인되면 해당 직원들에 대하여 징계처분을 하는 등 임직원들에 대하여 상당한 주의와 관리·감독을 한 점 등에 비추어 볼 때, KKK의 부정한 행위로 원고의 2011년도 과세표준이 결과적으로 과소신고되었을지라도 원고에게 부정한 행위를 이유로 중과세율을 적용한 부정과소신고가산세의 제재를 가할 수 없다고 봄이 타당하다.

따라서 이 사건 각 처분 중 순번 1 관련 부과처분 중 부정과소신고가산세를 부과한 부분은 위법하므로 취소되어야 한다.

4) 순번 2 관련 부과처분에 대한 판단

가) 과세처분 내역

피고는, NNN이 ○○○ ○○○ ○○4공구 건설공사와 관련하여 2013. 10. ○○○○○○ 공사 현장소장 OOO에게 그 공사와 관련하여 영업비를 조성할 것을 지시하고, 그 지시를 받은 OOO이 2013. 11.경 하도급업체 LL산업에게 태풍 볼라냐로 입은 피해에 대한 보험금을 지급할 때 1억 5,000만 원을 부풀려 총 5억 원을 지급한 후 허위증액한 1억 5,000만 원을 돌려받아 그 돈을 NNN에게 전달하였다는 이유로, 위 1억 5,000만 원을 손금불산입하고, 부가가치세 매입세액을 불공제하여 원고에 대하여 법인세, 부가가치세 부과처분을 하였으며, 부정과소신고가산세를 부과하였다. 또한 위금액의 귀속처가 불분명하다고 보아 2013 사업연도에 CCC, PPP에 대하여 각 7,500만 원의 상여처분을 하였다.

나) 법인세 등 부과처분의 적법여부에 대한 판단

갑 제6호증, 을 제6호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, NNN이 OOO과 공모하여 2013. 11.경 LL산업 전무 MMM으로부터 ⁠‘향후 공사진행 과정에서 각종편의를 제공해 달라’는 부정한 청탁을 받고 MMM으로부터 1억 5,000만 원을 취득하였다는 범죄사실로 유죄판결을 선고받아 그 판결이 확정된 사실(서울중앙지방법원2015고합*** 판결, 서울고등법원 2015노**** 판결 참조)은 인정된다.

그러나 NNN에 대한 형사판결에서 원고가 LL산업에게 지급한 5억 원은 정당한 보험금에 해당할 뿐 부풀려진 금액이 아니라는 판단이 있었고, 갑 제5호증의2의 기재에 의하면, 검사가 ⁠‘NNN이 LL산업으로부터 받아낸 1억 5,000만 원은 실질적으로원고의 자금이라고 볼 수는 없다’는 이유로 원고의 법인세포탈 혐의에 대하여 불기소처분을 한 사실이 인정되는바, NNN에 대한 형사판결과 검사의 불기소 처분 내용에 비추어 볼 때, ○○○ ○○○ ○○4공구 공사와 관련하여 NNN이 하수급업체로부터 지급받은 1억 5,000만 원은 공사원가를 부풀려 되돌려 받은 돈이 아닌 LL산업의 자체 자금이라고 봄이 타당하다.

따라서 이 사건 각 처분 중 순번 2 관련 부과처분은 위법하므로 모두 취소되어야 한다.

5) 순번 3 관련 부과처분에 대한 판단

가) 과세처분 내역

피고는, QQQ이 2012년경 ○○○○지구 A5블록 공동주택 사업, ○○○○○ 이전신축공사와 관련하여 계약금액을 4억 1,000만 원 증액하고, 위 금액을 2012년 하반기와 2013년 상반기에 하도급업체로부터 되돌려받았다는 이유로, 위 4억 1,000만 원을 2012년~2014년 사업연도에 손금불산입하고 부가가치세 매입공제대상에서 제외하여 법인세, 부가가치세 부과처분을 하고, 부정과소신고가산세를 부과하였다.

나) 법인세 등 부과처분의 적법여부에 대한 판단

갑 제7호증, 제5호증의2, 을 제15호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, QQQ이 2012년경 ○○○○지구 A5블록 공동주택 사업, ○○○○○ 이전 신축공사와 관련하여 하도급업체를 선정하고, 위 하도급업체로부터 합계 4억 1,000만 원을 지급았다는 범죄사실로 유죄판결을 선고받아 그 판결이 확정된 사실(서울동부지방법원 2017고단****판결, 서울동부지방법원 2017노**** 판결 참조)은 인정된다.

그러나 QQQ에 대한 형사판결에서 QQQ이 하도급업체로부터 지급받은 4억 1,000만 원은 계약금액을 부풀리고 이를 돌려받은 금액이 아니라는 판단이 있었고, 갑 제5호증의2의 기재에 의하면, 검사가 ⁠‘QQQ이 공사금액을 부풀려 하도급업체와 계약을 체결하였다고 단정하기 어렵다’는 이유로 원고의 법인세포탈 혐의에 대하여 불기소 처분을 한 사실이 인정되는바, QQQ에 대한 형사판결과 검사의 불기소 처분 내용에 비추어 볼 때, 피고가 제출한 증거만으로는 ○○○○지구 공동주택사업 공사, ○○○○○이전 공사와 관련하여 공사금액 4억 1,000만 원이 허위로 과다계상되었다고 인정하기 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다.

따라서 이 사건 각 처분 중 순번 3 관련 부과처분은 위법하므로 모두 취소되어야 한다.

6) 순번 4 관련 부과처분에 대한 판단

가) 과세처분 내역

피고는, RRR가 ○○○○○ 남서 도로공사와 관련하여 가공 하도급 계약서를 작성하고 기성금을 지급한 것처럼 서류를 거짓으로 꾸미거나, 허위로 경유를 구매한 것처럼 서류를 조작하는 등의 방법으로 원고의 2013년도 사업연도에 가공 공사원가 1,965,809,843원을 계상하고, 2014년도에 954,679,620원을 환입조치하였다는 이유로, 원고의 2013 사업연도에 1,011,130,222원이 과다계상되었다고 보아 위 금액을 손금불산입하여 법인세 부과처분을 하고, 부정과소신고가산세를 부과하였다.

나) 법인세 부과처분의 적법여부에 대한 판단

갑 제5호증의2, 을 제3 내지 5호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, RRR가 ○○○○○ 남서 도로공사와 관련하여 현장 잡이익 유용, 하도급 업체로부터 현금 수수, 자재 허위 구매, 하도급 허위 계약 등의 부당한 방법으로 21억 원 상당의 비자금을 조성하였다는 이유로 원고로부터 징계를 받은 사실이 인정된다.

위 인정사실 및 원고의 자체 감사결과에서 현지 하도급업체에 대한 공사금액이 부풀려졌다는 사실이 인정된 점, RRR가 이 사건 세무조사 과정에서 허위 유류비 영수증을 받아 유류비를 사용한 것처럼 공사비로 처리하였다고 진술한 점, 위 1,011,130,222원은 원고의 ○○○○ 감사팀에서 작성한 비자금 조성 및 사용내역을 정리한 엑셀파일을 기초로 정리한 금액인 것으로 보이는 점 등을 더하여 보면, ○○○○○ 남서 도로공사 건설공사와 관련하여 공사원가 1,011,130,222원이 과다계상되었다고 볼 수 있다.

따라서 피고가 위 1,011,130,222억 원을 손금불산입하여 법인세 부과처분을 한 것은 위법하다고 볼 수 없다.

다) 부정과소신고가산세의 적법여부에 대한 판단 을 제4, 5호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음의 사정들, 즉 ① RRR의 배임수재행위로 인하여 해외 도로공사 하도급금액이 부풀려지게 된 것이므로 원칙적으로 원고는 피해자에 해당하는 점, ② 현지 업체들이 RRR의 배임적부정행위에 적극 가담한 점, ③ RRR의 비자금 조성행위는 원고의 임원 중 상무보에게는 보고된 것으로 보이나, 대표이사에게 보고가 되었거나 승인을 받았다는 사실을 인정할 증거가 없고, RRR도 이 사건 세무조사 과정에서 비자금 조성에 관하여 본사에 보고를 하지는 않았다고 진술한 점, ④ 원고가 상시적으로 임직원들에게 윤리교육, 업무교육을 실시하고 윤리서약서를 제출받았고, 자체감사를 통해 비위행위를 적발하여 비위행위를 한 RRR에 대하여 징계처분을 하는 등 임직원들에 대하여 상당한 주의와 관리·감독을 한 점 등에 비추어 볼 때, RRR의 부정한 행위로 2013년도 과세표준이 결과적으로 과소신고되었을지라도 원고에게 부정한 행위를 이유로 중과세율을 적용한 부정과소신고가산세의 제재를 가할 수 없다고 봄이 타당하다.

따라서 이 사건 각 처분 중 순번 4 관련 부과처분 중 부정과소신고가산세를 부과한 부분은 위법하므로 취소되어야 한다.

7) 순번 5 관련 부과처분에 대한 판단

가) 과세처분 내역

피고는, SSS가 2009. 8.부터 2013. 6.까지 ○○○ ○○○ ○○○에 있는 원고의

○○○○ 프로젝트 현장사무소에서 업무상 보관하던 원고 소유 미화 385만 달러

(4,429,293,000원)를 ○○○○ 프로젝트의 하도급업체인 TTTT에 공사대금을 과다계상하여 지급한 후 되돌려 받는 방법으로 비자금을 조성하였고, 2012. 7. 베트남 호치민에서 저우자이 프로젝트의 하도급업체인 ⁠‘AAA 베트남’ 소속 임직원으로부터 미화 30만 달러를 수수하였고, 같은 방법으로 2013. 2.경 미화 20만 달러, 2013. 8. 미화10만 달러를 수수하여, 합계 미화 60만 달러(664,860,000원)를 비자금으로 조성하고 2013. 4. AAA 베트남에게 공사대금을 과다 계상하여 지급하는 방법으로 되돌려 주었으므로 위 5,094,153,000원(= 4,429,293,000원 + 664,860,000원)은 손금불산입되어야 하고, 위와 같은 행위는 ⁠‘사기나 그 밖의 부정한 행위’에 해당하므로 국세기본법에 서 정한 부정과소신고가산세 부과대상에 해당하는데, 원고가 위 5,094,153,000원에 대하여 법인세 본세와 일반과소신고에 따른 가산세만을 신고·납부하였다는 이유로, 2009년부터 2013년도 사업연도에 합계 1,418,941,087원의 부정과소신고가산세을 부과하였다.

나) 부정과소신고가산세의 적법여부에 대한 판단

갑 제5호증의2, 3, 제8호증의1, 2 각 기재, 이 법원의 현저한 사실 및 변론 전체의

취지에 의하여 알 수 있는 다음의 사정들, 즉 SSS가 수사기관에서 베트남 도로공사비자금 조성과 관련하여 임원, 부사장, 사장에게 이를 보고하였다고 진술한 점, 원고의 전 대표이사 CCC는 SSS의 비자금 조성을 보고받고도 이를 묵인하였다는 이유로 SSS의 횡령범행에 대한 공범으로 형사처벌을 받은 점(서울중앙지방법원 2015고합****, 서울고등법원 2017노***, 대법원 2017도***** 판결), 법인의 대표자의 부정행위는 특별한 사정이 없는 한 납세자 본인의 부정행위로 보아야 하는 점 등에 비추어 볼때, 원고는 SSS의 부정한 행위를 쉽게 인식하거나 예상할 수 있었다고 봄이 상당하므로, 피고가 SSS의 부정한 행위로 인하여 과세표준이 과소신고된 것과 관련하여 부정과소신고가산세의 제재를 가한 것은 위법하다고 볼 수 없다. 따라서 피고가 원고의 순번 5와 관련하여 부정과소신고가산세를 부과한 것은 적법하다.

8) 순번 6 관련 부과처분에 대한 판단

가) 과세처분 내역

피고는, NNN이 2012. 9. ○○○ 7선석 공사와 관련하여 거푸집 제작비용 6억 8,000만 원을 10억 원으로 허위 증액하는 방법으로 가공원가를 계상하였다는 이유로, 위 3억 2,000만 원을 손금불산입하고 부가가치세 매입공제대상에서 제외하여 법인세, 부가가치세 부과처분을 하고, 부정과소신고가산세를 부과하였다. 또한 피고는 3억2,000만 원 중 1억 7,000만 원은 귀속이 불분명하다고 보아 2012년 사업연도에 CCC, DDD에 대하여 각 8,500만 원의 상여처분을 하였다.

나) 법인세 등 부과처분의 적법여부에 대한 판단 을 제6, 7, 8호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, NNN이 부하직원에게 하도급공사대금을 올려주고 다시 받아오는 방법으로 영업비를 조성할 것을 지시하고, NNN의 지시를 받은 UUU이 2012. 9. 하순경 VV산업개발과 ○○○ 7선석 공사하도급계약을 체결하면서 거푸집 제작비용 6억 8,000만 원을 10억 원으로 증액을 하여, 그 차액 3억 2,000만 원 중 1억 5,000만 원은 VV산업개발의 종전 공사손실금에 충당하도록 하고, VV산업개발로부터 나머지 1억 7,000만 원을 포함해 2억 원을 건네받았다는 범죄사실로 유죄판결을 선고받아 그 판결이 확정된 사실(서울중앙지방법원2015고합*** 판결, 서울고등법원 2015노**** 판결)이 인정된다.

원고가 VV산업개발에게 거푸집 제작비용 3억 2,000만 원을 올려 지급하였다는 판시가 포함된 NNN에 대한 확정된 형사판결이 있고, 위 형사재판의 사실판단을 채용하기 어렵다고 볼 만한 특별한 사정은 보이지 아니하므로, ○○○ 7선석 건설공사와 관련하여 원고의 2012 사업연도에 공사원가 3억 2,000만 원이 과다계상되었다고 볼 수 있다.

이에 대하여 원고는 3억 2,000만 원 중 1억 5,000만 원은 VV산업개발의 종전 공사손실금에 충당되었으므로 1억 5,000만 원은 정당한 공사원가로 인정되어야 한다고 주장하나, 원고가 VV산업개발에 대하여 채무를 부담하고 있었다면 정상적인 방법으로 이를 부채로 인식하고 변제하는 절차를 밟았어야 할 것으로 보이는 점에 비추어 볼때, 원고가 제출한 증거만으로는 원고가 VV산업개발에 대하여 1억 7,000만 원의 공사손실금 채무를 부담하고 있었다는 사실을 인정하기 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다.

따라서 피고가 위 3억 2,000만 원을 손금불산입하고, 부가가치세 매입금액을 불공제하여 법인세, 부가가치세 부과처분을 한 것과 영업비로 사용되어 귀속이 불분명한 1억7,000만 원에 대하여 대표이사 소득처분을 한 것은 위법하다고 볼 수 없다.

다) 부정과소신고가산세의 적법여부에 대한 판단

갑 제5호증의2, 을 제8호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음의 사정들, 즉 ① NNN의 배임행위로 인하여 VV산업개발에 대한 공사금액이 부풀려지게 된 것이므로 원칙적으로 원고는 피해자에 해당하는 점, ② 거래상대방인 VV산업개발이 NNN의 배임적 부정행위에 적극 가담한 점, ③ NNN의 배임적 부정행위는 임원인 WWW 본부장의 지시로 이루어진 것으로 보이나, 대표이사에게 보고를 하였거나 승인을 받았다는 사실을 인정할 증거가 없는 점, ④ 원고가 상시적으로 임직원들에게 윤리교육, 업무교육을 실시하고 윤리서약서를 제출받았으며, 비위가 확인되면 해당 직원들에 대하여 징계처분을 하는 등 임직원들에 대하여 상당한 주의와 관리·감독을 한 점, ⑤ 검사가 원고에 대하여, NNN의 조세범처벌법 위반행위를 방지하기 위하여 상당한 주의와 감독을 게을리하였다고 단정하기 어렵다는 이유로 불기소 처분을 한 점 등에 비추어 볼 때, NNN의 부정한 행위로 원고의 2012년 사업연도 과세표준이 결과적으로 과소신고되었을지라도 원고에게 부정한 행위를 이유로 중과세율을 적용한 부정과소신고가산세의 제재를 가할 수 없다고 봄이 타당하다.

따라서 이 사건 각 처분 중 순번 6 관련 부과처분 중 부정과소신고가산세를 부과한 부분은 위법하므로 취소되어야 한다.

9) 순번 7 관련 부과처분에 대한 판단

가) 과세처분 내역

피고는, XXX이 2012년경 ○○○ 7선석 항만공사 중 준설공사에서 비자금을 조성하기 위해 현장소장 UUU에게 지시하여 LL산업과 공사계약금액 3억 원을 부풀리게하고, 원고가 LL산업에 공사금액을 3억 원 부풀려 지급하면 다시 LL산업이 YY건설에 가공거래를 만들어 3억 원을 보낸 다음 돌려받았다는 이유로, 위 증액한 공사비3억 원을 손금불산입하고, 부가가치세 매입공제대상에서 제외하여 법인세, 부가가치세부과처분을 하고, 부정과소신고가산세를 부과하였다.

나) 법인세 등 부과처분의 적법여부에 대한 판단 을 제29호증의1, 2, 3 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 원고의 직원인 UUU이 이 사건 세무조사 과정에서 ⁠‘XXX의 전화 지시를 받아 ○○○ 7선석 항만공사에서 하청업체 LL산업에 하도급 공사계약금액을 3억 원 허위 증액하여 체결하였다’고 진술한 사실, LL산업의 직원인 ZZZ도 이 사건 세무조사 과정에서 ⁠‘○○○ 7선석 항만공사와 관련하여 원고로부터 3억 원을 업(UP)계약한 사실이 있다’고 진술한 사실이 인정되고, 달리 UUU과 ZZZ의 위 진술이 허위라거나 그 신빙성을 의심할 만한 사정은 보이지 아니하므로, 원고는 2012년, 2013년 사업연도에 공사금액 3억 원을 부풀려 LL산업에게 지급하였다고 봄이 상당하다.

따라서 피고가 위 3억 원을 손금불산입하고, 부가가치세 매입금액을 불공제하여 법

인세, 부가가치세 부과처분을 한 것은 위법하다고 볼 수 없다.

다) 부정과소신고가산세의 적법여부에 대한 판단

갑 제5호증의2 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음의 사정들, 즉

① XXX의 배임행위로 인하여 LL산업에 대한 공사금액이 부풀려지게 된 것이므로 원칙적으로 원고는 피해자에 해당하는 점, ② 거래상대방인 LL산업이 XXX의 배임적 부정행위에 적극 가담한 점, ③ XXX의 배임적 부정행위가 대표이사에게 보고되었거나 승인을 받았다는 사실을 인정할 증거가 없는 점, ④ 원고가 상시적으로 임직원들에게 윤리교육, 업무교육을 실시하고 윤리서약서를 제출받았으며, 비위가 확인되면 해당 직원들에 대하여 징계처분을 하는 등 임직원들에 대하여 상당한 주의와 관리·감독을 한 점, ⑤ 검사가 원고에 대하여, XXX의 조세범처벌법 위반행위를 방지하기 위하여 상당한 주의와 감독을 게을리하였다고 단정하기 어렵다는 이유로 불기소 처분을 한 점 등에 비추어 볼 때, XXX의 부정한 행위로 원고의 과세표준이 결과적으로 과소신고되었을지라도 원고에게 부정한 행위를 이유로 중과세율을 적용한 부정과소신고 가산세의 제재를 가할 수 없다고 봄이 타당하다.

따라서 이 사건 각 처분 중 순번 7 관련 부과처분 중 부정과소신고가산세를 부과한 부분은 위법하므로 취소되어야 한다.

10) 순번 8 관련 부과처분에 대한 판단

가) 과세처분 내역

피고는, XXX이 ○○○ ○○○ ○○○ 축조공사를 수주하기 위한 비자금을 마련하기 위해 LL산업으로부터 3억 원을 요구하여 이를 수수하였고, 원고가 해당 공사를 수주 후 2013년경에 LL산업과 하도급계약을 체결하면서 계약금액을 3억 원 증액하는 방법으로 돌려주었다는 이유로, 허위 증액한 공사비 3억 원을 손금불산입하고, 부가가치세 매입공제대상에서 제외하여 법인세, 부가가치세 부과처분을 하고, 부정과소신고가산세를 부과하였다.

나) 법인세 등 부과처분의 적법여부에 대한 판단

갑 제9호증, 을 제30호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, XXX이 2011.8.경 ○○ ○○에 있는 AAA 건물 인근 노상에서 AAA의 하청업체로 국내외 토목공사 등을 하도급 받고 있는 LL산업의 전무 MMM으로부터 ⁠‘AAA이 수주하고자 하는 ○○○ ○○○ ○○○ 축조공사 등 향후 AAA이 수주할 공사의 하도급공사를 LL산업에게 맡겨 달라’는 취지의 부정한 청탁과 함께 합계 3억 원을 수수하였다는 범죄사실로 유죄판결을 선고받아 그 판결이 확정된 사실(서울중앙지방법원 2015고합*** 판결, 서울고등법원 2015노**** 판결)이 인정된다.

XXX에 대한 확정된 형사판결이 있고, 위 형사재판의 사실판단을 채용하기 어렵다고 볼 만한 특별한 사정은 보이지 아니하며, 위 XXX에 대한 형사판결에서 LL산업에게 ○○○ ○○○ ○○○ 건설공사를 하도급하면서 3억 원을 증액하였다는 점이 인정되었으므로, ○○○ ○○○ ○○○ 건설공사와 관련하여 원고의 2013년부터 2016년 사업연도에 합계 3억 원의 공사금액이 과다계상되었다고 볼 수 있다.

따라서 피고가 위 3억 원을 손금불산입하고, 부가가치세 매입금액을 불공제하여 법

인세, 부가가치세 부과처분을 한 것은 위법하다고 볼 수 없다.

다) 부정과소신고가산세의 적법여부에 대한 판단

갑 제5호증의2, 을 제30호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는

다음의 사정들, 즉 ① XXX의 배임행위로 인하여 LL산업에 대한 공사금액이 부풀려지게 된 것이므로 원칙적으로 원고는 피해자에 해당하는 점, ② 거래상대방인 LL산업이 XXX의 배임적 부정행위에 적극 가담한 점, ③ XXX의 배임적 부정행위가 대표이사에게 보고되었거나 승인을 받았다는 사실을 인정할 증거가 없는 점, ④ 원고가 상시적으로 임직원들에게 윤리교육, 업무교육을 실시하고 윤리서약서를 제출받았으며, 비위가 확인되면 해당 직원들에 대하여 징계처분을 하는 등 임직원들에 대하여 상당한 주의와 관리·감독을 한 점, ⑤ 검사가 원고에 대하여, XXX의 조세범처벌법 위반행위를 방지하기 위하여 상당한 주의와 감독을 게을리하였다고 단정하기 어렵다는 이유로 불기소 처분을 한 점 등에 비추어 볼 때, XXX의 부정한 행위로 원고의 과세표준이 결과적으로 과소신고되었을지라도 원고에게 부정한 행위를 이유로 중과세율을 적용한 부정과소신고가산세의 제재를 가할 수 없다고 봄이 타당하다.

따라서 이 사건 각 처분 중 순번 8 관련 부과처분 중 부정과소신고가산세를 부과한 부분은 위법하므로 취소되어야 한다.

11) 순번 9 내지 15 관련 부과처분에 대한 판단

가) 과세처분 내역

피고는, aaa가 2010년 하반기 ○○ ○○ IC공사와 관련하여 설계업체와 설계비를 업(UP)계약 후 되돌려 받는 방법으로 한국해외기술공사로부터 1억 5,000만 원, bbbb로부터 5,000만 원을 받았고, 같은 해 ○○○ 31공구 공사와 관련하여 같은 방법으로 ccc공사로부터 1억 원을 받았고, 2011년에는 ○○-○○ ○○ 공사와 관련하여 같은 방법으로 dd엔지니어링으로부터 1억 원을, ○○외곽순환도로 공사와 관련하여 같은 방법으로 ee엔지니어링으로부터 6,000만 원, ff엔지니어링으로 부터 4,000만 원, dd엔지니어링으로부터 1억 원을 각 받았다는 이유로, 위와 같이 허위 증액된 공사비를 손금불산입하고, 부가가치세 매입공제대상에서 제외하여 법인세, 부가가치세 부과처분을 하고, 부정과소신고가산세를 부과하였다. 또한 위 합계 6억 원의 귀속이 불분명하다고 보아 2010년, 2011년 사업연도에 CCC에 대하여 합계 6억원의 상여처분을 하였다.

나) 법인세 등 부과처분의 적법여부에 대한 판단 을 제31호증의1, 2, 3 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 원고의 직원 ggg이 수사기관에서 aaa의 지시를 받아 ○○ ○○IC 공사와 관련하여 설계비를 업(UP)계약하여 리베이트 비용으로 ○○○(○○○○○○공사)로부터 1억 5,000만원, bbbb로부터 5,000만 원을, ○○-○○ ○○○ 공사와 관련하여 설계비를 업(UP)계약하여 리베이트 비용으로 dd엔지니어링으로부터 1억 원을, ○○외곽순환도로 공사와 관련하여 설계비를 업(UP)계약하여 리베이트 비용으로 ee엔지니어링으로부터 6,000만 원을, ff엔지니어링으로부터 4,000만 원을, dd엔지니어링으로부터 1억 원을 각 지급받아 위 비용을 영업비용으로 사용하였다고 진술한 사실, aaa가 수사기관에서 ○○○○ IC공사와 관련하여 설계업체와 설계비를 업(UP)계약 후 용역사로부터 합계 2억원을 돌려받았고, ○○○ 31공구 공사와 관련하여 용역사로부터 1억 원을 정상 계약금액보다 업(UP)계약한 후 돌려받았으며, ○○-○○ ○○○ 공사와 관련하여 용역사로부터 1억 원을 정상 계약금액보다 업(UP)계약한 후 이를 돌려받아 비자금을 조성하였고, ○○외곽순환도로 공사와 관련하여 용역사로부터 2억 원을 정상계약금액보다 업(UP)계약한 후 이를 돌려받아 비자금을 조성하였다고 진술한 사실이 인정되고, 달리 ggg과 aaa의 위 진술이 허위라거나 그 신빙성을 의심할 만한 사정은 보이지 아니하므로, 원고는 2010년, 2011년 사업연도에 공사금액 합계 6억 원을 부풀려 하도급업체에게 지급하였다고 봄이 상당하다.

따라서 피고가 위 합계 6억 원을 손금불산입하고, 부가가치세 매입금액을 불공제하

여 법인세, 부가가치세 부과처분을 한 것과 가공의 비용을 계상하여 지급된 합계 6억원에 대하여 귀속이 불분명하다고 보아 대표이사 소득처분을 한 것은 위법하다고 볼수 없다.

다) 부정과소신고가산세의 적법여부에 대한 판단

갑 제5호증의2, 을 제31호증의1 내지 3 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알

수 있는 다음의 사정들, 즉 ① aaa의 배임행위로 인하여 하도급업체에 대한 공사금액이 부풀려지게 된 것이므로 원칙적으로 원고는 피해자에 해당하는 점, ② 거래상대방인 하도급업체들이 aaa의 배임적 부정행위에 적극 가담한 점, ③ aaa의 배임적 부정행위가 대표이사에게 보고되었거나 승인을 받았다는 사실을 인정할 증거가 없는 점, ④ 원고가 상시적으로 임직원들에게 윤리교육, 업무교육을 실시하고 윤리서약서를 제출받았으며, 비위가 확인되면 해당 직원들에 대하여 징계처분을 하는 등 임직원들에 대하여 상당한 주의와 관리·감독을 한 점 등에 비추어 볼 때, aaa의 부정한 행위로 원고의 과세표준이 결과적으로 과소신고되었을지라도 원고에게 부정한 행위를 이유로 중과세율을 적용한 부정과소신고가산세의 제재를 가할 수 없다고 봄이 타당하다.

따라서 이 사건 각 처분 중 순번 9 내지 15 관련 부과처분 중

부정과소신고가산세를 부과한 부분은 위법하므로 취소되어야 한다.

다. 취소의 범위

1) 관련 법리

과세처분 취소소송에서 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단하는 것으로서, 당사자는 사실심 변론종결 시까지 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 할 것이지만, 그렇지 아니한 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없으며, 그 경우 법원이 직권에 의하여 적극적으로 부과할 정당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니다(대법원 2015. 9. 10. 선고 2015두622 판결 등 참조).

2) 위법한 과세처분

위에서 살핀 바와 같이 이 사건 각 처분 중 ① 재개발·재건축 홍보수수료 관련 법인세, 부가가치세, 소득금액변동통지, ② 순번 2, 3과 관련된 법인세,부가가치세, 소득금액변동통지, ③ 순번 1, 4, 6 내지 15와 관련된 법인세 및 부가가치세의 부정과소신고가산세 부분에 한하여 위법하다.

3) 구체적 취소의 범위

가) 법인세

(1) 이 사건 각 처분 중 2010 사업연도에 대한 법인세 294,294,930원 부과처분의

경우, 순번 5, 9 내지 11과 관련이 있다. 앞서 본 바와 같이 순번 5는 위법하지 않고, 순번 9 내지 11은 부정과소신고가산세에 한하여 위법한데, 제출된 자료만으로는 2010 사업연도에 부과된 부정과소신고가산세 중 순번 9 내지 11와 관련된 금액이 얼마인지를 산출할 수 없으므로, 2010 사업연도에 부과된 법인세 중 부정과소신고가산세는 전부 취소될 수밖에 없다.

따라서 피고의 원고에 대한 2010 사업연도 법인세 부과처분은 부정과소신고가산세에해당하는 58,191,181원의 범위에서 취소되어야 한다.

(2) 이 사건 각 처분 중 2012 사업연도에 대한 법인세 부과처분의 경우, 가 쟁점 표> 순번 3, 5 내지 7과 관련이 있다. 앞서 본 바와 같이 순번 3은 전부 위법하고, 순번 5는 위법하지 아니하며, 순번 6, 7은 부정과소신고가산세에 한하여 위법한데, 제출된 자료만으로는 2012 사업연도에 부과된 법인세 본세 중 순번 3과 관련된 금액이 얼마인지, 부정과소신고가산세 중 순번 3, 6, 7과 관련된 금액이 얼마인지 등을 산출할 수 없으므로, 그 전부가 취소될 수밖에 없다. 따라서 2012 사업연도에 대한 법인세 부과처분은 전부 취소되어야 한다.

(3) 이 사건 각 처분 중 2013 사업연도 내지 2017 사업연도에 대한 법인세 부과

처분의 경우, 재개발·재건축 홍보수수료 관련 쟁점 및 순번 2 내지 5, 7, 8과 관련이 있는데, 앞서 본 바와 같이 재개발·재건축 홍보수수료 관련 쟁점이 위법한 이상 제출된 자료만으로는 2013~2017 사업연도에 부과된 법인세 본세 중 취소되어야 하는 법인세 본세가 얼마인지, 취소되어야 하는 부정신고가산세가 얼마인지 등을 산출할 수 없으므로 그 전부가 취소될 수밖에 없다. 따라서 2013~2017 사업연도에 대한 법인세 부과처분은 전부 취소되어야 한다.

나) 부가가치세

(1) 이 사건 각 처분 중 2010년 1, 2기 부가가치세 부과처분의 경우,

쟁점 표> 순번 9 내지 11과 관련이 있다. 앞서 본 바와 같이 순번9 내지 11은 부정과소신고가산세에 한하여 위법한데, 갑 제2호증의1, 2 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 2010년 1기에 부가된 부가가치세 부정과소신고가산세는 4,000,000원(=본세 10,000,000원 × 40%), 2010년 2기에 부가된 부가가치세 부정과소신고가산세는 8,000,000원(=본세 20,000,000원 × 40%)인 사실이 인정되므로, 2010년에 부과된 부가가치세의 경우 위 부분에 한하여 취소되어야 한다. 따라서 피고의 원고에 대한 2010년 1기 부가가치세 부과처분은 부정과소신고가산세에 해당하는 4,000,000원의 범위 내에서, 2010년 2기 부가가치세 부과처분은 부정과소신고가산세에 해당하는8,000,000원의 범위 내에서 취소되어야 한다.

(2) 이 사건 각 처분 중 2011년 1, 2기 부가가치세 부과처분의 경우,

쟁점 표> 순번 1, 12 내지 15와 관련이 있다. 앞서 본 바와 같이 순번 1, 12 내지 15는 부정과소신고가산세에 한하여 위법한데, 갑 제2호증의3, 4의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 2011년 1기에 부가된 부가가치세 부정과소신고가 산세는 8,389,070원(=본세 20,972,677원×40%), 2011년 2기에 부가된 부가가치세 부정과소신고가산세는 23,610,928원(=본세 59,027,322원×40%)인 사실이 인정되므로, 2011년에 부과된 부가가치세의 경우 위 부분에 한하여 취소되어야 한다. 따라서 피고의 원고에 대한 2011년 1기 부가가치세 부과처분은 부정과소신고가산세에 해당하는 8,389,070원의 범위 내에서, 2011년 2기 부가가치세 부과처분은 부정과소신고가산세에 해당하는 23,610,928원의 범위 내에서 취소되어야 한다.

(3) 이 사건 각 처분 중 2012년 2기 부가가치세 부과처분의 경우, 순번 3, 6, 7과 관련이 있다. 앞서 본 바와 같이 순번 3은 위법하고, 6, 7은 부정과소신고가산세에 한하여 위법한데, 제출된 자료만으로는 정당한 부가가치세 본세 및 각종 가산세의 계산이 어려우므로 2012년 2기 부가가치세 부과처분은 전부 취소되어야 한다.

(4) 이 사건 각 처분 중 2013년 1기부터 2016년 1기에 대한 부가가치세 부과처분

의 경우, 재개발·재건축 홍보수수료 관련 쟁점 및 순번 2, 3, 7, 8과 관련이 있다. 앞서 본 바와 같이 재개발·재건축 홍보수수료 관련 쟁점 및 순번 2, 3은 전부 위법하고, 7, 8은 부정과소신고가산세에 한하여 위법한데, 제출된 자료만으로는 2013년 1기부터 2016년 1기까지 부과된 부가가치세 중 취소되어야 하는 본세 및 각종 가산세의 계산이 어려우므로, 2013년 1기부터 2016년 1기까지의 부가가치세는 모두 취소되어야 한다.

(5) 이 사건 각 처분 중 2016년 2기부터 2017년 2기에 대한 부가가치세 부과처분

의 경우, 재개발·재건축 홍보수수료 관련 쟁점과 관련이 있는데, 앞서 본 바와 같이 재개발·재건축 홍보수수료 관련 쟁점은 모두 위법하므로, 2016년 2기부터 2017년 2기까지의 부가가치세는 모두 취소되어야 한다.

다) 소득금액변동통지

(1) 2010 귀속연도 CCC에 대한 3억 원의 소득금액변동통지는 순번 9 내지 11과 관련이 있고, 2011 귀속연도 CCC에 대한 3억 원의 소득금액변동통지는 12 내지 15와 관련이 있으며, 2012 귀속연도 CCC,DDD에 대한 각 8,500만 원의 소득금액변동통지는 6과 관련이 있는데, 앞서 본바와 같이 순번 6, 9 내지 15는 법인세와 부가가치세에 대하여 부정과소신고가산세를 부과한 것만 위법하므로, 2010, 2011, 2012 귀속연도 CCC, DDD에 대한 각 소득금액변동통지는 적법하여 취소될 부분이 없다.

(2) 2013 귀속연도 CCC, DDD에 대한 각 7,500만 원의 소득금액변동통지는

순번 2와 관련된 것인데, 앞서 본바와 같이 순번 2와 관련된 과세처분은 위법하므로, 2013 귀속연도 CCC, DDD에 대한 각 7,500만 원의 소득금액변동통지는 취소되어야 한다.

(3) 귀속연도 2013년부터 2016년도의 CCC, DDD, EEE, FFF에 대한 합

계 4,741,195,199원의 소득금액변동통지는 재개발·재건축 홍보수수료와 관련된 상여처분에 해당하는데, 앞서 본 바와 같이 재개발·재건축 홍보수수료와 관련된 과세처분은 모두 위법하므로, 이들에 대한 소득금액변동통지는 모두 취소되어야 한다.

5. 결론

원고의 청구는 결과적으로 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고, 나머

지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 대구지방법원 2022. 11. 23. 선고 대구지방법원 2021구합24577 판결 | 국세법령정보시스템