요지

사실과 다른 세금계산서상의 매입세액은 구 부가가치세법 제39조 제1항 제2호의 불공제대상 매입세액에 해당하며, 부득이한 상황이 있었다고 볼 수 없으므로 당초 과세처분은 적법함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 이 사건 소 중 가산세 부과처분 취소청구 부분을 각하한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2019. 8. 9. 원고에 대하여 한 2015년 제2기 부가가치세 629,797,900원의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. △△△△△는 군수품의 납품을 위하여 3개의 지점[○○지점 : 제화사업소, ◎◎지점 : 피복사업소, ◇◇지점 : 두채사업소]을 설립·운영하다가 2013. 1. 1.경 위 지점들을 직영사업소인 ★★★★★★로 통합하여 운영하여 왔으나, 국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률(이하 ⁠‘국가계약법’이라 한다) 시행령 제26조가 개정되어 특별법으로 설립된 법인(이하 ⁠‘특별법인’이라 한다)에 대한 수의계약 제도가 폐지되는 등의 사업 환경 변화에 대응하기 위하여, 2015. 9. 30. 별도의 법인인 원고를 설립하여 ★★★★★★가 운영하던 사업 일체(이하 ⁠‘이 사건 사업’이라 한다)를 현물로 출자하기로 의결하였다. 이후 △△△△△는 2015. 12. 1. 원고를 설립하였고, 같은 날 원고와 사이에 ⁠‘이 사건 사업 관련 자산·부채를 비롯한 일체의 권리·의무를 원고에게 포괄적으로 양도한다’는 내용의 사업양수도계약(이하 ⁠‘이 사건 사업양수도계약’이라 한다)을 체결하였다.

나. **지방국세청은 2019. 4. 26.부터 2019. 7. 9.까지 △△△△△에 대한 정기조사를 하던 중 원고가 △△△△△ 지점 명의로 세금계산서를 발급·수취한 사실을 확인함에 따라 2019. 6. 10.부터 2019. 7. 9.까지 원고에 대한 법인통합조사 및 조세범칙조사(이하 ⁠‘이 사건 세무조사’라 한다)를 실시한 뒤 관련 자료를 ***세무서, &&세무서 및 %%세무서에 각 통보하였다.

다. 피고는 원고가 2015년 제2기(2015. 7. 1. ~ 2015. 12. 31.)에 이 사건 사업양수도계약에 따라 △△△△△로부터 승계한 기존 수의계약(이하 ⁠‘기존 수의계약’이라 한다)과 관련하여 방위사업청 등에게 재화를 공급하거나 한국전력공사 등으로부터 재화·용역을 공급받았음에도 원고가 아닌 △△△△△ ○○지점 명의로 세금계산서를 발급하고 부가가치세를 신고함으로써 공급가액 3,762,007,253원의 매출을 누락한 것으로 보아, 2019. 8. 9. 원고에게 다음과 같이 2015년 제2기 부가가치세 629,797,900원(이하 ⁠‘이 사건 부가가치세’라 한다)을 경정·고지하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

라. 원고는 2019. 11. 6. 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였는바, 조세심판원은 2020. 12. 7. 다음과 같은 이유로 이 사건 부가가치세 중 가산세 부분에 관한 원고의 심판청구를 인용하고, 나머지 심판청구는 기각하는 결정(이하 ⁠‘이 사건 심판결정’이라 한다)을 하였다.

제1 쟁점 : 정부기관이 계약당사자 변경 절차를 지체함에 따라 종전 사업장(△△△△△ 지점) 명의로 세금계산서 등을 발급한 것이 가산세를 면제할 정당한 사유에 해당하는지 여부에 관한 판단

● 원고가 재화를 공급하였음에도 원고 명의가 아닌 △△△△△ 지점 명의로 세금계산서를 발급·교부한 것은 구 부가가치세법(2015. 12. 15. 법률 제13556호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 부가가치세법’이라 한다) 제60조 제2항 제2호 가목의 ⁠‘세금계산서를 발급하지 아니한 경우’ 또는 같은 조 제3항 제3호의 ⁠‘재화를 공급하고 실제로 재화를 공급하는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서 등을 발급하는 경우’로서 가산세 부과대상에 해당함

● 그러나 원고가 설립되기 전 △△△△△ 명의로 체결된 기존 수의계약에 따른 납품거래의 경우, 정부기관이 기존 수의계약의 계약자 명의를 원고로 변경하기 전까지는 사실상 원고 명의로 세금계산서를 발급하거나 대금을 청구하기 어려웠음

● 이러한 사정 등을 고려하면, 정부기관과의 기존 수의계약에 따른 납품거래의 경우 원고가 자신의 명의로 세금계산서 등을 발급하여 부가가치세 신고·납부의무를 이행할 것을 기대하기 어려웠던 사정이 있고, 이는 이 사건 부가가치세의 신고·납부에 관한 가산세를 면제할 정당한 사유에 해당하므로, 이 사건 부가가치세 중 가산세 부분은 부과하지 않는 것으로 그 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단됨

제2 쟁점 : 종전 사업장의 사업장등록번호로 수취한 세금계산서상의 매입세액이 공제대상인지 여부에 관한 판단

● 원고는 사업자등록을 마친 후 실제로 재화와 용역을 공급받았음에도 특별한 사정없이 종전 사업장(△△△△△ 지점)을 공급받는 자로 하여 매입세금계산서를 수취하였는바, 이러한 세금계산서는 부가가치세법 제39조 제1항 제2호 및 제32조 제1항에서 필요적 기재사항으로 정한 ⁠‘공급받는 자의 등록번호’를 사실과 다르게 기재한 세금계산서에 해당함

● 또한 위와 같이 세금계산서의 공급받는 자를 사실과 다르게 기재한 것은 부가가치세법시행령 제75조 제2호의 ⁠‘착오로 사실과 다르게 적힌 경우’에도 해당하지 아니하고, 설령 나머지 기재사항에 의해 거래사실을 확인할 수 있다고 하더라도 위 세금계산서의 매입세액은 공제대상이 되지 아니함

마. 피고는 이 사건 심판결정에 따라 2020. 12. 21. 이 사건 부가가치세 중 가산세254,169,175원을 감액하는 경정처분을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 11, 12호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 본안전 항변에 관한 판단

가. 본안전 항변 요지

피고는 이 사건 심판결정에 따라 이 사건 부가가치세 중 가산세 부분을 면제하는 감액경정처분을 하였으므로, 이 사건 소 중 위 가산세 부과처분의 취소를 구하는 부분은 부적법·각하되어야 한다.

나. 관련 법리

1) 감액경정처분은 당초의 신고 또는 부과처분과 별개인 독립의 과세처분이 아니라 그 실질은 당초의 신고 또는 부과처분의 변경이고, 그에 의하여 세액의 일부취소라는 납세자에게 유리한 효과가 발생하는 처분이어서, 항고소송의 대상은 당초 신고나 부과처분 중 경정결정에 의하여 취소되지 않고 남은 부분이 된다(대법원 1996. 11. 15.선고 95누8904 판결 등 참조).

2) 행정처분이 취소되면 그 처분은 효력을 상실하여 더 이상 존재하지 아니하며, 존재하지 아니하는 행정처분을 대상으로 한 취소소송은 소의 이익이 없어 부적법하다(대법원 2015. 6. 11. 선고 2015두38139 판결 참조).

다. 판단

피고가 2020. 12. 21. 이 사건 부가가치세 중 가산세 254,169,175원 부분을 면제하는 감액경정처분을 하였음은 앞서 본 바와 같으므로, 이 사건 소송의 대상은 위 감액경정처분에 의하여 취소되지 않고 남은 부분이 된다. 따라서 이 사건 소 중 가산세 부분에 대한 취소청구는 이미 소멸하고 없는 처분의 취소를 구하는 것으로서 소의 이익이 없어 부적법하다.

3. 본안에 관한 판단 : 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 요지

다음과 같은 사정을 종합하면, 원고가 기존 수의계약에 따른 납품거래와 관련하여 △△△△△ 명의로 발급·수취한 세금계산서(이하에서는 원고가 2015. 7. 1.부터 2015.12. 31.까지 기존 수의계약과 관련하여 △△△△△ 지점 명의로 발급·수취한 세금계산서를 통틀어 ⁠‘이 사건 세금계산서’라 한다)의 매입세액도 공제대상에 포함되어야 하므로, 이를 공제하지 않은 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

1) 제1 주장 이 사건 세금계산서에는 ⁠‘공급받는 자’로 △△△△△가 기재되어 있기는 하나, 위 세금계산서에 기재된 사업장 주소, 업태 및 종목 등은 △△△△△가 아닌 원고의 것이어서 그 거래의 당사자가 원고라는 점을 쉽게 확인할 수 있었음을 고려하면, 이 사건 세금계산서는 구 부가가치세법 제39조 제1항 제2호의 ⁠‘사실과 다른 계산서’에 해당하지 아니한다.

2) 제2 주장

원고가 △△△△△ 지점 명의로 이 사건 세금계산서를 발급·수취한 것은, 정부기관이 이 사건 사업양수도계약이 체결된 때로부터 5, 6개월이 지나도록 기존 수의계약의 계약당사자 명의를 원고로 변경해주지 않음에 따른 부득이한 조치였음을 고려하면, 이 사건 처분은 위 명의변경 절차의 지연으로 인한 불이익을 원고에게 전가하는 것이어서 부당하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 원고는 2015. 12. 1. △△△△△와 사이에 이 사건 사업양수도계약을 체결한 후 기존 수의계약의 승계 및 계약당사자 명의 변경 등을 위하여 다음과 같은 조치를 취하였다.

2) △△△△△가 소속된 공동수급체는 2015. 8. 19. 방위사업청과 사이에 기능성전투화에 관한 공동수급 물품구매계약(이하 ⁠‘이 사건 구매계약’이라 한다)을 체결하였는바, 원고는 위 구매계약에 따른 기능성전투화 제작·납품의무를 이행하기 위하여 2015. 12. 2.부터 2015. 12. 7.까지 합계 851,908,034원 상당의 자재를 수입하고, 그에 관한 수입세금계산서를 발급하면서 공급받는 자(수입자) 항목을 다음과 같이 기재하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제3~10, 13, 14호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 관련 법리

구 부가가치세법 제39조 제1항 제2호는 발급받은 세금계산서에 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하도록 규정하고 있는바, 이 경우에 사실과 다르다는 의미는 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리키고(대법원 1996. 12. 10. 선고 96누617 판결 등 참조), 재화 등을 공급하는 거래가 실제로 존재하더라도 그 공급주체가 세금계산서 발행 명의자와 다른 소위 위장거래로 발급된 세금계산서도 사실과 다른 세금계산서에 해당한다.

2) 제1 주장에 관한 판단

앞서 인정한 사실과 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하면, 이 사건 세금계산서는 ⁠‘사실과 다른 세금계산서’로서 그 세금계산서상의 매입세액은 구 부가가치세법 제39조 제1항 제2호의 불공제대상 매입세액에 해당한다고 봄이 타당하다.

가) 구 부가가치세법은 ⁠‘공급받는 자의 등록번호’를 세금계산서의 필요적 기재사항 중 하나로 규정하고 있는바(제32조 제1항 제2호 본문), 원고는 이 사건 세금계산서를 발급·수취하면서 공급받는 자의 등록번호로 원고의 ○○지점 사업자번호가 아닌 △△△△△ ○○지점의 사업자번호를 기재하였다.

나) 원고는 ⁠‘이 사건 세금계산서에 기재된 나머지 필요적 기재사항 및 임의적 기재사항을 통해 원고의 거래사실을 쉽게 확인할 수 있으므로, 구 부가가치세법 제39조 제1항 제2호 단서 및 같은 법 시행령 제75조 제2호에 의한 매입세액 공제가 가능하다’고 주장하나, 받아들일 수 없다. 그 이유는 다음과 같다.

(1) 원고와 △△△△△는 그 명칭, 조직구성 및 사업자번호 등이 명확히 구분되는 별개의 권리의무주체이다.

(2) 이 사건 세금계산서에 기재된 공급받는 자의 상호는 △△△△△이고, 성명은 △△△△△의 이사장인 ÅÅÅ이며, 업태 및 종목도 △△△△△가 기존에 수행하던 군납 사업에 관한 것임을 고려하면, 위 세금계산서에 기재된 공급받는 자의 사업장 주소가 원고의 것이라고 하여 위 세금계산서의 원인이 된 거래의 당사자가 △△△△△가 아닌 원고라는 점을 쉽게 확인할 수 있었다고 보기 어렵다.

3) 제2 주장에 관한 판단

앞서 인정한 사실과 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하면, 원고 주장의 사정만으로는 원고가 △△△△△ 지점 명의로 이 사건 세금계산서를 발급·수취한 행위가 원고 측의 책임 없는 사정에 의한 부득이한 조치로서 정당화된다고 볼 수 없으므로, 이와 반대되는 전제에 선 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

가) 구 국가계약법 시행령이 2010. 7. 21. 대통령령 제22282호로 개정됨에 따라 ⁠‘특별법인에 대한 수의계약 제도’가 폐지되었으나, 이러한 제도의 변화로 인해 특별법인이 받게 될 불이익을 최소화하기 위하여 개정 국가계약법 시행령은 2015년까지는 종전의 수의계약금액의 범위에서 단계적으로 수의계약을 감축하여 체결할 수 있도록 하였다(개정 국가계약법 시행령 부칙 제7조).

그럼에도 △△△△△는 위 시행령이 개정된 때로부터 5년 이상이 지난 2015. 9. 1.에서야 원고의 설립을 의결하였고, 위 부칙조항에서 정한 경과조치 기간의 만료가 임박한 2015. 12. 1.에서야 원고를 설립하고 이 사건 사업양수도계약을 체결하였으며, 이에 원고가 기존 수의계약의 계약당사자 명의를 △△△△△에서 원고로 변경하기 위한 절차에 착수한 시기가 위 경과조치 기간의 만료를 3주도 채 남기지 않은 2015. 12. 11.경이었음을 고려하면, 위 경과조치 기간이 만료되기 전에 기존 수의계약의 계약당사자 명의변경 절차가 완료되지 않은 것은 정부기관이 아닌 원고 측의 책임 있는 사유로 인한 것이라 봄이 타당하다.

나) 원고는 기존 수의계약의 승계 및 그에 따른 계약당사자 명의변경 절차가 완료된 2016. 5. 이후 이 사건 세금계산서의 공급받는 자를 △△△△△에서 원고로 변경하기 위한 수정세금계산서(구 부가가치세법 제32조 제7항, 같은 법 시행령 제70조 제1항 제6호)를 발급하고 그에 따른 후속조치를 취하는 방법으로 그 위법을 시정할 기회가 있었음에도, 2019. 6. 내지 7.경 ★★지방국세청으로부터 이 사건 세무조사를 받은 후 2019. 8. 9. 피고로부터 이 사건 처분을 받을 때까지 아무런 조치도 취하지 않았다.

4. 결론

그렇다면, 이 사건 소 중 가산세 부과처분에 대한 취소청구 부분은 부적법하여 각하하고, 원고의 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

출처 : 대전지방법원 2022. 04. 28. 선고 대전지방법원 2021구합101245 판결 | 국세법령정보시스템