요지

지적재조사사업에 의한 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 감소되어 조정금을 지급받은 후 남은 토지를 양도하는 경우, 해당토지의 취득가액은 전체 취득가액에 그 양도하는 해당토지의 면적이 전체 토지의 면적에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액으로 하는 것임

회신

귀 서면질의의 경우, 1필지의 토지 중 ｢지적재조사에 관한 특별법｣ 제18조에 따른 지적재조사사업에 의한 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 감소되어 같은 법 제20조에 따라 조정금을 지급받은 후 남은 토지(이하 ⁠“해당토지”라 함)를 양도하는 경우, 해당토지의 취득가액은 전체 취득가액에 그 양도하는 해당토지의 면적이 전체 토지의 면적에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액으로 하는 것입니다.

1. 사실관계

 ○당초 면적이 1,000㎡, 매입가액 1,000,000원이었던 토지가 지적재조사에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 500㎡로 감소되어 조정금을 지급받음

  * 지적재조사에 따라 당초 취득한 1필지의 토지 중 일부가 감소되는 경우로 전제

2. 질의내용

 ○지적재조사 사업으로 공부상 면적이 감소하여 조정금을 지급받은 후 남은 토지를 양도하는 경우, 취득가액이 당초 전체 면적에 대한 취득가액인지 아니면 남은 면적부분에 대한 취득가액인지 여부

3. 관련법령

○ 소득세법 제89조【비과세 양도소득】

 ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 ⁠“양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

  5. ｢지적재조사에 관한 특별법｣ 제18조에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 감소되어 같은 법 제20조에 따라 지급받는 조정금

○ 소득세법 제97조【양도소득의 필요경비 계산】

 ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

  1. 취득가액(｢지적재조사에 관한 특별법｣ 제18조에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다.

  가. 제94조제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액

  나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액

  2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

  3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

○ 소득세법 부칙

 제1조(시행일) 이 법은 2019년 1월 1일부터 시행한다. ⁠(단서생략)

 제2조(일반적 적용례)

  ② 이 법 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 양도하는 분부터 적용한다.

 제9조(지적공부상의 면적이 감소하여 조정금을 지급받은 경우에 관한 적용례) 제89조제1항제5호의 개정규정은 2012년 3월 17일 이후 발생한 분부터 적용한다.

 제11조(지적공부상의 면적이 증가하여 징수한 조정금을 취득가액에서 제외하는 것에 관한 적용례) 제97조제1항제1호의 개정규정은 이 법 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다.

○ 지적재조사에 관한 특별법 제1조【목적】 이 법은 토지의 실제 현황과 일치하지 아니하는 지적공부(地籍公簿)의 등록사항을 바로 잡고 종이에 구현된 지적(地籍)을 디지털 지적으로 전환함으로써 국토를 효율적으로 관리함과 아울러 국민의 재산권 보호에 기여함을 목적으로 한다.

○ 지적재조사에 관한 특별법 제2조【정의】

 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

  1. ⁠“지적공부”란 ｢공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률｣ 제2조제19호에 따른 지적공부를 말한다.

  2. ⁠“지적재조사사업”이란 ｢공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률｣ 제71조부터 제73조까지의 규정에 따른 지적공부의 등록사항을 조사ㆍ측량하여 기존의 지적공부를 디지털에 의한 새로운 지적공부로 대체함과 동시에 지적공부의 등록사항이 토지의 실제 현황과 일치하지 아니하는 경우 이를 바로 잡기 위하여 실시하는 국가사업을 말한다.

  3. ⁠“지적재조사지구”란 지적재조사사업을 시행하기 위하여 제7조 및 제8조에 따라 지정ㆍ고시된 지구를 말한다.

  4. ⁠“토지현황조사”란 지적재조사사업을 시행하기 위하여 필지별로 소유자, 지번, 지목, 면적, 경계 또는 좌표, 지상건축물 및 지하건축물의 위치, 개별공시지가 등을 조사하는 것을 말한다.

  5. ⁠“지적소관청”이란 ｢공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률｣ 제2조제18호에 따른 지적소관청을 말한다.

○ 지적재조사에 관한 특별법 제3조【다른 법률과의 관계】

 ① 이 법은 지적재조사사업에 관하여 다른 법률에 우선하여 적용한다.

 ② 지적재조사사업을 시행할 때 이 법에서 규정하지 아니한 사항에 대하여는 ｢공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률｣에 따른다.

○ 지적재조사에 관한 특별법 제5조【지적재조사사업의 시행자】

 ① 지적재조사사업은 지적소관청이 시행한다.

 ② 지적소관청은 지적재조사사업의 측량ㆍ조사 등을 제5조의2에 따른 책임수행기관에 위탁할 수 있다.

 ③ 지적소관청이 지적재조사사업의 측량ㆍ조사 등을 책임수행기관에 위탁한 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 이를 고시하여야 한다.

○ 지적재조사에 관한 특별법 제7조【지적재조사지구의 지정】

 ① 지적소관청은 실시계획을 수립하여 시ㆍ도지사에게 지적재조사지구 지정 신청을 하여야 한다.

 ② 지적소관청이 시ㆍ도지사에게 지적재조사지구 지정을 신청하고자 할 때에는 다음 각 호의 사항을 고려하여 지적재조사지구 토지소유자(국유지ㆍ공유지의 경우에는 그 재산관리청을 말한다. 이하 같다) 총수의 3분의 2 이상과 토지면적 3분의 2 이상에 해당하는 토지소유자의 동의를 받아야 한다.

  1. 지적공부의 등록사항과 토지의 실제 현황이 다른 정도가 심하여 주민의 불편이 많은 지역인지 여부

  2. 사업시행이 용이한지 여부

  3. 사업시행의 효과 여부

 ③ 제2항에도 불구하고 지적소관청은 지적재조사지구에 제13조에 따른 토지소유자협의회(이하 ⁠“토지소유자협의회”라 한다)가 구성되어 있고 토지소유자 총수의 4분의 3 이상의 동의가 있는 지구에 대하여는 우선하여 지적재조사지구로 지정을 신청할 수 있다.

 ④ 삭제

 ⑤ 삭제

 ⑥ 시ㆍ도지사는 지적재조사지구를 지정할 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 제29조에 따른 시ㆍ도 지적재조사위원회의 심의를 거쳐야 한다.

 ⑦ 제1항부터 제3항까지, 제6항 및 제6조제2항부터 제4항까지의 규정은 지적재조사지구를 변경할 때에도 적용한다. 다만, 대통령령으로 정하는 경미한 사항을 변경할 때에는 제외한다.

 ⑧ 제2항에 따른 동의자 수의 산정방법, 동의절차, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 지적재조사에 관한 특별법 제18조【경계의 확정】

 ① 지적재조사사업에 따른 경계는 다음 각 호의 시기에 확정된다.

  1. 제17조제1항에 따른 이의신청 기간에 이의를 신청하지 아니하였을 때

  2. 제17조제4항에 따른 이의신청에 대한 결정에 대하여 60일 이내에 불복의사를 표명하지 아니하였을 때

  3. 제16조제3항에 따른 경계에 관한 결정이나 제17조제4항에 따른 이의신청에 대한 결정에 불복하여 행정소송을 제기한 경우에는 그 판결이 확정되었을 때

 ② 제1항에 따라 경계가 확정되었을 때에는 지적소관청은 지체 없이 경계점표지를 설치하여야 하며, 국토교통부령으로 정하는 바에 따라 지상경계점등록부를 작성하고 관리하여야 한다. 이 경우 제1항에 따라 확정된 경계가 제15조제1항 및 제3항에 따라 설정된 경계와 동일할 때에는 같은 조 제1항 및 제3항에 따른 임시경계점표지를 경계점표지로 본다.

 ③ 누구든지 제2항에 따른 경계점표지를 이전 또는 파손하거나 그 효용을 해치는 행위를 하여서는 아니 된다.

○ 지적재조사에 관한 특별법 제20조【조정금의 산정】

 ① 지적소관청은 제18조에 따른 경계 확정으로 지적공부상의 면적이 증감된 경우에는 필지별 면적 증감내역을 기준으로 조정금을 산정하여 징수하거나 지급한다.

 ② 제1항에도 불구하고 국가 또는 지방자치단체 소유의 국유지ㆍ공유지 행정재산의 조정금은 징수하거나 지급하지 아니한다.

 ③ 조정금은 제18조에 따라 경계가 확정된 시점을 기준으로 ｢감정평가 및 감정평가사에 관한 법률｣에 따른 감정평가법인등이 평가한 감정평가액으로 산정한다. 다만, 토지소유자협의회가 요청하는 경우에는 제30조에 따른 시ㆍ군ㆍ구 지적재조사위원회의 심의를 거쳐 ｢부동산 가격공시에 관한 법률｣에 따른 개별공시지가로 산정할 수 있다.

 ④ 지적소관청은 제3항에 따라 조정금을 산정하고자 할 때에는 제30조에 따른 시ㆍ군ㆍ구 지적재조사위원회의 심의를 거쳐야 한다.

 ⑤ 제2항부터 제4항까지에 규정된 것 외에 조정금의 산정에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 지적재조사에 관한 특별법 제21조【조정금의 지급․징수 또는 공탁】

 ① 조정금은 현금으로 지급하거나 납부하여야 한다.

 ② 지적소관청은 제20조제1항에 따라 조정금을 산정하였을 때에는 지체 없이 조정금조서를 작성하고, 토지소유자에게 개별적으로 조정금액을 통보하여야 한다.

 ③ 지적소관청은 제2항에 따라 조정금액을 통지한 날부터 10일 이내에 토지소유자에게 조정금의 수령통지 또는 납부고지를 하여야 한다.

 ④ 지적소관청은 제3항에 따라 수령통지를 한 날부터 6개월 이내에 조정금을 지급하여야 한다.

 ⑤ 제3항에 따라 납부고지를 받은 자는 그 부과일부터 6개월 이내에 조정금을 납부하여야 한다. 다만, 지적소관청은 1년의 범위에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 조정금을 분할납부하게 할 수 있다.

 ⑥ 지적소관청은 조정금을 납부하여야 할 자가 기한까지 납부하지 아니할 때에는 ｢지방행정제재ㆍ부과금의 징수 등에 관한 법률｣에 따라 징수할 수 있다.

 ⑦ 지적소관청은 조정금을 지급하여야 하는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때에는 조정금을 지급받을 자의 토지 소재지 공탁소에 그 조정금을 공탁할 수 있다.

  1. 조정금을 받을 자가 그 수령을 거부하거나 주소 불분명 등의 이유로 조정금을 수령할 수 없을 때

  2. 지적소관청이 과실 없이 조정금을 받을 자를 알 수 없을 때

  3. 압류 또는 가압류에 따라 조정금의 지급이 금지되었을 때

 ⑧ 지적재조사지구 지정이 있은 후 권리의 변동이 있을 때에는 그 권리를 승계한 자가 제1항에 따른 조정금 또는 제7항에 따른 공탁금을 수령하거나 납부한다.

○ 지적재조사에 관한 특별법 제23조【사업완료 공고 및 공람 등】

 ① 지적소관청은 지적재조사지구에 있는 모든 토지에 대하여 제18조에 따른 경계 확정이 있었을 때에는 지체 없이 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업완료 공고를 하고 관계 서류를 일반인이 공람하게 하여야 한다.

 ② 제16조제3항 또는 제17조제4항에 따른 경계결정위원회의 결정에 불복하여 경계가 확정되지 아니한 토지가 있는 경우 그 면적이 지적재조사지구 전체 토지면적의 10분의 1 이하이거나, 토지소유자의 수가 지적재조사지구 전체 토지소유자 수의 10분의 1 이하인 경우에는 제1항에도 불구하고 사업완료 공고를 할 수 있다.

○ 지적재조사에 관한 특별법 제24조【새로운 지적공부의 작성】

 ① 지적소관청은 제23조에 따른 사업완료 공고가 있었을 때에는 기존의 지적공부를 폐쇄하고 새로운 지적공부를 작성하여야 한다. 이 경우 그 토지는 제23조제1항에 따른 사업완료 공고일에 토지의 이동이 있은 것으로 본다.

○ 지적재조사에 관한 특별법 제25조【등기촉탁】

 ① 지적소관청은 제24조에 따라 새로이 지적공부를 작성하였을 때에는 지체 없이 관할등기소에 그 등기를 촉탁하여야 한다. 이 경우 그 등기촉탁은 국가가 자기를 위하여 하는 등기로 본다.

 ② 토지소유자나 이해관계인은 지적소관청이 제1항에 따른 등기촉탁을 지연하고 있는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 직접 제1항에 따른 등기를 신청할 수 있다.

 ③ 제1항 및 제2항에 따른 등기에 관하여 필요한 사항은 대법원규칙으로 정한다.

○ 지적재조사에 관한 특별법 제42조【｢도시개발법｣의 준용】

 지적재조사사업과 관련된 환지에 관하여는 ｢도시개발법｣ 제28조부터 제49조까지의 규정을 준용한다. 이 경우 ｢도시개발법｣ 제40조에 따른 ⁠“환지처분”은 제23조에 따른 ⁠“사업완료 공고”로 본다.

○ 공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률 제2조【정의】

 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

 4의3. ⁠“지적재조사측량”이란 ｢지적재조사에 관한 특별법｣에 따른 지적재조사사업에 따라 토지의 표시를 새로 정하기 위하여 실시하는 지적측량을 말한다.

 18. ⁠“지적소관청”이란 지적공부를 관리하는 특별자치시장, 시장(｢제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법｣ 제10조제2항에 따른 행정시의 시장을 포함하며, ｢지방자치법｣ 제3조제3항에 따라 자치구가 아닌 구를 두는 시의 시장은 제외한다)ㆍ군수 또는 구청장(자치구가 아닌 구의 구청장을 포함한다)을 말한다.

  19. ⁠“지적공부”란 토지대장, 임야대장, 공유지연명부, 대지권등록부, 지적도, 임야도 및 경계점좌표등록부 등 지적측량 등을 통하여 조사된 토지의 표시와 해당 토지의 소유자 등을 기록한 대장 및 도면(정보처리시스템을 통하여 기록ㆍ저장된 것을 포함한다)을 말한다.

  20. ⁠“토지의 표시”란 지적공부에 토지의 소재ㆍ지번(地番)ㆍ지목(地目)ㆍ면적ㆍ경계 또는 좌표를 등록한 것을 말한다.

  25. ⁠“경계점”이란 필지를 구획하는 선의 굴곡점으로서 지적도나 임야도에 도해(圖解) 형태로 등록하거나 경계점좌표등록부에 좌표 형태로 등록하는 점을 말한다.

  26. ⁠“경계”란 필지별로 경계점들을 직선으로 연결하여 지적공부에 등록한 선을 말한다.

  28. ⁠“토지의 이동(異動)”이란 토지의 표시를 새로 정하거나 변경 또는 말소하는 것을 말한다.

  31. ⁠“분할”이란 지적공부에 등록된 1필지를 2필지 이상으로 나누어 등록하는 것을 말한다.

○ 민법 제186조【부동산물권변동의 효력】

 부동산에 관한 법률행위로 인한 물권의 득실변경은 등기하여야 그 효력이 생긴다.

출처 : 국세청 2022. 03. 15. 서면-2021-법규재산-8214[법규과-836] | 국세법령정보시스템