요지

기존주택에서 2년 이상 거주하였으나 신축주택에서는 2년 이상 거주하지 않은 경우 기존 건물분 양도차익에 대해서는 ｢소득세법｣ 제95조 제2항 표2.에 따른 보유기간별 공제율을 적용하는 것임

회신

재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존주택과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 1세대1주택에 해당하는 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우로서, 기존주택에서 2년 이상 거주하였으나 신축주택에서는 2년 이상 거주하지 않은 경우에도 ｢소득세법｣ 제95조 제2항 표2.에 따른 보유기간별 공제율을 적용하는 것입니다. 다만, 신축주택에서 2년 이상 거주하지 않은 경우 청산금납부분 양도차익에 대해서는 ｢소득세법｣ 제95조 제2항 표2.에 따른 보유기간별 공제율을 적용하지 아니하는 것입니다.

1. 사실관계

 -종전에 보유하던 아파트가 재건축되어 2018년 12월 완성됨

  * 재건축 전 거주기간은 2년4개월이며 보유기간은 15년

 -재건축주택으로 세대전원이 이사하여 1년6개월 가량 거주하다 2020년 9월에 양도

2. 질의내용

 - 2020년부터 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 경우 표2(8%)에 따른 보유기간별 공제율을 적용하는데,

   재건축 전 기존주택에 2년이상 거주한 경우 표2(8%) 장기보유특별공제를 받을 수 있는지, 아니면 재건축 후 신축주택에서 2년이상 거주하지 않아 표2(8%) 장기보유특별공제를 받을 수 없는지

3. 관련법령

○ 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】

 ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

  1. 토지[「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득

  2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득

   가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 딸린 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다)

○ 소득세법 제95조 【양도소득금액】

 ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

   ☞ 양도소득금액 = 양도차익(양도가액-필요경비)-장기보유특별공제액

 ② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조제1항제2호가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 ｢도시 및 주거환경정비법｣ 제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 ｢빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법｣ 제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

○소득세법 시행령 제159조의3 【장기보유특별공제】[2018.10.23-29242호]

  법 제95조제2항 표 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택(제155조ㆍ제155조의2ㆍ제156조의2 및 그 밖의 규정에 따라 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 말한다.

○ 소득세법 시행령 부칙

  제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제159조의3의 개정규정은 2020년 1월 1일부터 시행한다.

  제3조(장기보유특별공제에 관한 적용례) 제159조의3의 개정규정은 부칙 제1조 단서에 따른 시행일 이후 양도하는 분부터 적용한다.

○소득세법 시행령 제159조의3 【장기보유특별공제】☞ 2018.10.23. 제29242호로 개정되기 전의 것

  법 제95조제2항 표 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조·제155조의2·제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다.

○ 소득세법 시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】

 ②법 제100조에 따라 양도차익을 산정하는 경우 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획등에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우 실지거래가액에 의한 양도차익은 다음 각 호의 산식에 따라 계산한다.

  1. 청산금을 납부한 경우

    [관리처분계획인가 후 양도차익 × 납부한 청산금 ÷ ⁠(기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)](이하 이 조에서 ⁠“청산금납부분양도차익”이라 한다) + {[관리처분계획인가 후 양도차익 × 기존건물과 그 부수토지의 평가액 ÷ ⁠(기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)] + 관리처분계획인가 전 양도차익}(이하 이 조에서 ⁠“기존건물분양도차익”이라 한다)

 ⑤법 제95조에 따른 양도소득금액을 계산하기 위하여 제1항 및 제2항제1호에 따른 양도차익에서 법 제95조제2항에 따른 장기보유특별공제액을 공제하는 경우 그 보유기간은 다음 각 호에 따른다.

  2. 제2항제1호에 따른 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간

   가.청산금납부분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 관리처분계획등 인가일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간

   나.기존건물분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간

나. 유사사례(판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 부동산거래관리과-447, 2010.03.23

[ 요 지 ]

재건축한 주택을 양도하는 경우로서 1세대 1주택의 비과세판정 및 장기보유특별공제율을 적용하는 보유기간은 멸실된 종전주택의 보유기간과 재건축기간 및 재건축한 신주택의 보유기간을 합산하는 것이며, 1세대 1주택의 비과세판정 시 거주기간은 멸실된 종전주택에서의 실제거주기간과 신주택에서의 거주기간을 합산하는 것임

○ 사전-2020-법령해석재산-0386, 2020.11.23

[ 답변내용 ]

재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존주택과 그 부수토지를 제공 및 청산금을 납부하고 관리처분계획등에 따라 취득한 1세대1주택에 해당하는 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우로서 기존주택에서는 2년 이상 거주했으나 신축주택에서는 2년 이상 거주하지 않은 경우에는

청산금납부분 양도차익에 대해 ｢소득세법｣ 제95조 제2항 표 2.에 따른 보유기간별 공제율을 적용하지 아니하는 것입니다.

○ 서면-2020-법령해석재산-1806, 2020.06.08

[ 회 신 ]

귀 질의의 경우, A주택 양도시 ⁠「소득세법」제95조제2항 장기보유특별공제율 적용을 위한 보유기간은 같은 법 제95조제4항에 따라 A주택의 취득일부터 기산하는 것이며, 같은 법 시행령 제159조의3에 따른 거주기간은 A주택의 취득일 이후 실제 거주한 기간에 따르는 것입니다.

○ 기획재정부 재산세제과-34, 2017.01.16

[ 회 신 ]

노후 등으로 인하여 종전주택을 멸실하고 재건축한 주택으로서 「소득세법」 제89조 제1항 제3호에 따른 비과세대상에서 제외되는 고가주택을 양도하는 경우, 해당 고가주택의 부수토지에 대한 장기보유특별공제액을 계산할 때 「소득세법」 제95조 제2항 표2에 따른 공제율은 종전주택의 부수토지였던 기간을 포함한 보유기간별 공제율을 적용하는 것임

○ 집행기준 89-154-35 재건축한 주택의 보유 및 거주기간 계산

출처 : 국세청 2021. 03. 11. 서면-2021-부동산-1042[부동산납세과-333] | 국세법령정보시스템