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물류센터 사업권 매입 시 매입세액 공제 가능 여부

사전-2020-법령해석부가-0745[법령해석과-2862]  ·  2020. 09. 04.
질의 및 요약

Q질의내용

  • 물류센터 신축 및 임대 사업을 위해 사업권 일체를 매입하는 경우, 그에 대한 매입세액 공제가 모두 가능한지 궁금합니다.

S요약

사업자가 물류센터 신축‧임대 사업을 위해 사업권 일체를 매입할 때 관련 매입세액은 매출세액에서 공제 가능하나, 토지 취득권리 및 자본적 지출비용에 해당하는 부분의 매입세액은 공제되지 아니하는 것으로 판단됩니다.
#물류센터 #사업권 매입 #매입세액 공제 #부가가치세 #인허가권 #토지 자본적 지출
핵심 정리

R회신 내용 사전-2020-법령해석부가-0745[법령해석과-2862]  ·  2020. 09. 04.

  • 회신 주체·출처: 국세청 사전-2020-법령해석부가-0745[법령해석과-2862] (2020.09.04.)
  • 국세청에 따르면 물류센터 신축‧임대 사업을 영위할 목적으로 인허가권 등 일체의 사업권을 매입하는 경우, 그 대가 중 사업권에 대한 매입세액은 매출세액에서 공제하는 것이 타당하다고 하였습니다.
  • 그런데 해당 사업권 대가에 토지를 취득할 수 있는 권리나 토지에 대한 자본적 지출 관련 비용이 포함되어 있는 경우, 이 부분과 관련된 매입세액은 부가가치세법 제39조 및 동 시행령 제80조에 따라 공제 대상이 아니라고 해석하였습니다.
  • 즉, 사업권 대금 중 실제로 토지 취득 또는 토지 가치 증대(자본적 지출)에 해당하는 비용에 대한 매입세액은 공제받을 수 없다고 명확히 안내하였습니다.
  • 실무적으로는 사업권 대금 산정 시 토지 관련 비용과 기타 사업권 관련 비용을 구분하여 세금계산서를 각각 분리 발행하는 것이 필요하다는 점도 부각되고 있습니다.

L관련 법령 해석

  • 부가가치세법 제38조: 사업자가 자기의 사업을 위해 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액은 매출세액에서 공제
  • 부가가치세법 제39조: 면세사업 등에 관련된 매입세액과 대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액은 공제 제외
  • 부가가치세법 제26조 제1항 제14호: 토지의 공급은 부가가치세 면세 대상
  • 부가가치세법 시행령 제80조: 토지의 조성, 취득, 형질변경, 자본적 지출 관련 매입세액은 공제 제외
  • 부가가치세법 제2조 및 시행령 제2조: 재화의 범위는 물건 및 권리 등 재산적 가치가 있는 모든 것 포함
사례 Q&A
1. 물류센터 사업권 매입 시 토지 부분 매입세액은 공제될까?
답변
국세청 해석에 따르면 토지 취득 및 토지 자본적 지출 비용에 해당하는 매입세액은 매출세액에서 공제되지 않습니다.
근거
부가가치세법 제39조 및 동 시행령 제80조에서는 토지 관련 매입세액 공제를 명시적으로 제한하고 있습니다.
2. 사업권에 포함된 인허가권 매입세액 공제 가능한가?
답변
네, 인허가권 등 사업권 관련 매입세액은 매출세액에서 공제하는 것이 가능합니다.
근거
부가가치세법 제38조는 사업자가 사용 목적으로 공급받은 사업권의 매입세액은 공제대상임을 규정합니다.
3. 사업권 양수도 시 토지와 사업권 비용 구분 방법은?
답변
실무적으로 사업권 대금 중 토지 관련 비용과 기타 비용을 구분하여 계약서 및 세금계산서를 분리하는 것이 필요합니다.
근거
국세청 회신에서 토지 관련 매입세액은 공제되지 않으므로 정확한 비용 구분이 필수적으로 요구되고 있습니다.

* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.

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유권해석 전문

요지

물류센터 신축‧임대업을 영위하고자 하는 사업자가 다른 사업자로부터 인허가권 등 사업권 일체를 매입하는 경우 관련 매입세액은 매출세액에서 공제하는 것이나 해당 사업권 대가에 포함된 토지를 취득할 수 있는 권리 및 토지에 대한 자본적 지출에 관련된 비용에 대한 매입세액은 공제하지 아니함

답변내용

물류센터를 신축‧임대하는 사업을 영위하고자 하는 사업자(이하 ⁠“양수자”)가 기존에 토지를 매수하는 계약을 체결하여 사업을 진행해 오던 다른 사업자로부터 인허가권 등을 포함한 사업 관련 일체의 권리(이하 ⁠“사업권”)를 매입하며 부담한 사업권 관련 매입세액은 ｢부가가치세법｣ 제38조제1항제1호에 따라 양수자의 매출세액에서 공제하는 것이나 해당 사업권 대가에 토지를 취득할 수 있는 권리 및 토지에 대한 자본적 지출에 관련된 비용이 포함되어 있는 경우 관련 매입세액은 같은 법 제39조에 따라 공제되지 아니하는 것임

1. 사실관계

 ○ 신청법인은 자본시장법에 따라 설립된 집합투자업자로 토지(이하 ⁠“본건 사업부지”)를 매입하여 그 지상에 물류센터 등을 신축‧임대하는 사업(이하 ⁠“본건 사업”)을 진행할 예정이며

  - 이와 관련하여 신청법인은 2020.8.4. ㈜AAA, ㈜BBB(이하 ⁠“양도자”)와 사업양수도 계약을 체결하였고(사업의 포괄양수도에 해당하지 아니함) 9월 중 본건 사업부지 소유권 이전을 완료하여 착공할 예정임

 ○ 양도자는 2019.9월 본건 사업부지 소유자 00인(이하 ⁠“토지소유자들”)으로부터 본건 사업부지를 매수하기로 하는 매매계약을 체결한 후

  - 본건 사업을 위한 각종 용역계약 및 인허가 업무를 수행하였으며 2020.7월 주무관청으로부터 개발행위허가 및 건축허가를 득하였음

 ○ 본건 사업권의 양수도대금은 양도자가 토지소유자들과 체결한 매매계약에 따른 사업부지 매매대금 000원과 기타 각종 사업권 관련 대금 000원으로

  - 사업부지 매매대금 중 양도자가 토지소유자들에게 기 지급한 금액은 양도자에게, 나머지 미지급금은 토지소유자들에게 지급하며 사업권 대금은 토지 소유권이전등기 접수일에 일부 선지급 하였고 잔금은 인허가 명의변경 등 후속업무 완료시 지급할 예정임

2. 질의내용

 ○ 사업자가 물류센터를 신축‧임대하는 사업을 영위하기 위하여 사업권을 매입하는 경우 사업권 관련 매입세액이 공제대상인지

3. 관련법령 및 관련사례

○ 부가가치세법 제2조【정의】

  이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

   1. "재화"란 재산 가치가 있는 물건 및 권리를 말한다. 물건과 권리의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 부가가치세법 시행령 제2조【재화의 범위】

  ② 법 제2조제1호의 권리는 광업권, 특허권, 저작권 등 제1항에 따른 물건 외에 재산적 가치가 있는 모든 것으로 한다.

○ 부가가치세법 제9조【재화의 공급】

  ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것으로 한다.

○ 부가가치세법 제10조【재화공급의 특례】

  ⑨ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다.

   2. 사업을 양도하는 것으로서 대통령령으로 정하는 것. 다만, 제52조제4항에 따라 그 사업을 양수받는 자가 대가를 지급하는 때에 그 대가를 받은 자로부터 부가가치세를 징수하여 납부한 경우는 제외한다.

○ 부가가치세법 제26조【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】

  ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

   14. 토지

○ 부가가치세법 제38조【공제하는 매입세액】

  ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

   1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

○ 부가가치세법 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】

  ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

   7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

○ 부가가치세법 시행령 제80조【토지에 관련된 매입세액】

  법 제39조제1항제7호에서 "대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액"이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

   1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

   3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액

출처 : 국세청 2020. 09. 04. 사전-2020-법령해석부가-0745[법령해석과-2862] | 국세법령정보시스템

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물류센터 사업권 매입 시 매입세액 공제 가능 여부

사전-2020-법령해석부가-0745[법령해석과-2862]  ·  2020. 09. 04.
질의 및 요약

Q질의내용

  • 물류센터 신축 및 임대 사업을 위해 사업권 일체를 매입하는 경우, 그에 대한 매입세액 공제가 모두 가능한지 궁금합니다.

S요약

사업자가 물류센터 신축‧임대 사업을 위해 사업권 일체를 매입할 때 관련 매입세액은 매출세액에서 공제 가능하나, 토지 취득권리 및 자본적 지출비용에 해당하는 부분의 매입세액은 공제되지 아니하는 것으로 판단됩니다.
#물류센터 #사업권 매입 #매입세액 공제 #부가가치세 #인허가권
핵심 정리

R회신 내용 사전-2020-법령해석부가-0745[법령해석과-2862]  ·  2020. 09. 04.

  • 회신 주체·출처: 국세청 사전-2020-법령해석부가-0745[법령해석과-2862] (2020.09.04.)
  • 국세청에 따르면 물류센터 신축‧임대 사업을 영위할 목적으로 인허가권 등 일체의 사업권을 매입하는 경우, 그 대가 중 사업권에 대한 매입세액은 매출세액에서 공제하는 것이 타당하다고 하였습니다.
  • 그런데 해당 사업권 대가에 토지를 취득할 수 있는 권리나 토지에 대한 자본적 지출 관련 비용이 포함되어 있는 경우, 이 부분과 관련된 매입세액은 부가가치세법 제39조 및 동 시행령 제80조에 따라 공제 대상이 아니라고 해석하였습니다.
  • 즉, 사업권 대금 중 실제로 토지 취득 또는 토지 가치 증대(자본적 지출)에 해당하는 비용에 대한 매입세액은 공제받을 수 없다고 명확히 안내하였습니다.
  • 실무적으로는 사업권 대금 산정 시 토지 관련 비용과 기타 사업권 관련 비용을 구분하여 세금계산서를 각각 분리 발행하는 것이 필요하다는 점도 부각되고 있습니다.

L관련 법령 해석

  • 부가가치세법 제38조: 사업자가 자기의 사업을 위해 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액은 매출세액에서 공제
  • 부가가치세법 제39조: 면세사업 등에 관련된 매입세액과 대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액은 공제 제외
  • 부가가치세법 제26조 제1항 제14호: 토지의 공급은 부가가치세 면세 대상
  • 부가가치세법 시행령 제80조: 토지의 조성, 취득, 형질변경, 자본적 지출 관련 매입세액은 공제 제외
  • 부가가치세법 제2조 및 시행령 제2조: 재화의 범위는 물건 및 권리 등 재산적 가치가 있는 모든 것 포함
사례 Q&A
1. 물류센터 사업권 매입 시 토지 부분 매입세액은 공제될까?
답변
국세청 해석에 따르면 토지 취득 및 토지 자본적 지출 비용에 해당하는 매입세액은 매출세액에서 공제되지 않습니다.
근거
부가가치세법 제39조 및 동 시행령 제80조에서는 토지 관련 매입세액 공제를 명시적으로 제한하고 있습니다.
2. 사업권에 포함된 인허가권 매입세액 공제 가능한가?
답변
네, 인허가권 등 사업권 관련 매입세액은 매출세액에서 공제하는 것이 가능합니다.
근거
부가가치세법 제38조는 사업자가 사용 목적으로 공급받은 사업권의 매입세액은 공제대상임을 규정합니다.
3. 사업권 양수도 시 토지와 사업권 비용 구분 방법은?
답변
실무적으로 사업권 대금 중 토지 관련 비용과 기타 비용을 구분하여 계약서 및 세금계산서를 분리하는 것이 필요합니다.
근거
국세청 회신에서 토지 관련 매입세액은 공제되지 않으므로 정확한 비용 구분이 필수적으로 요구되고 있습니다.

* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.

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요지

물류센터 신축‧임대업을 영위하고자 하는 사업자가 다른 사업자로부터 인허가권 등 사업권 일체를 매입하는 경우 관련 매입세액은 매출세액에서 공제하는 것이나 해당 사업권 대가에 포함된 토지를 취득할 수 있는 권리 및 토지에 대한 자본적 지출에 관련된 비용에 대한 매입세액은 공제하지 아니함

답변내용

물류센터를 신축‧임대하는 사업을 영위하고자 하는 사업자(이하 ⁠“양수자”)가 기존에 토지를 매수하는 계약을 체결하여 사업을 진행해 오던 다른 사업자로부터 인허가권 등을 포함한 사업 관련 일체의 권리(이하 ⁠“사업권”)를 매입하며 부담한 사업권 관련 매입세액은 ｢부가가치세법｣ 제38조제1항제1호에 따라 양수자의 매출세액에서 공제하는 것이나 해당 사업권 대가에 토지를 취득할 수 있는 권리 및 토지에 대한 자본적 지출에 관련된 비용이 포함되어 있는 경우 관련 매입세액은 같은 법 제39조에 따라 공제되지 아니하는 것임

1. 사실관계

 ○ 신청법인은 자본시장법에 따라 설립된 집합투자업자로 토지(이하 ⁠“본건 사업부지”)를 매입하여 그 지상에 물류센터 등을 신축‧임대하는 사업(이하 ⁠“본건 사업”)을 진행할 예정이며

  - 이와 관련하여 신청법인은 2020.8.4. ㈜AAA, ㈜BBB(이하 ⁠“양도자”)와 사업양수도 계약을 체결하였고(사업의 포괄양수도에 해당하지 아니함) 9월 중 본건 사업부지 소유권 이전을 완료하여 착공할 예정임

 ○ 양도자는 2019.9월 본건 사업부지 소유자 00인(이하 ⁠“토지소유자들”)으로부터 본건 사업부지를 매수하기로 하는 매매계약을 체결한 후

  - 본건 사업을 위한 각종 용역계약 및 인허가 업무를 수행하였으며 2020.7월 주무관청으로부터 개발행위허가 및 건축허가를 득하였음

 ○ 본건 사업권의 양수도대금은 양도자가 토지소유자들과 체결한 매매계약에 따른 사업부지 매매대금 000원과 기타 각종 사업권 관련 대금 000원으로

  - 사업부지 매매대금 중 양도자가 토지소유자들에게 기 지급한 금액은 양도자에게, 나머지 미지급금은 토지소유자들에게 지급하며 사업권 대금은 토지 소유권이전등기 접수일에 일부 선지급 하였고 잔금은 인허가 명의변경 등 후속업무 완료시 지급할 예정임

2. 질의내용

 ○ 사업자가 물류센터를 신축‧임대하는 사업을 영위하기 위하여 사업권을 매입하는 경우 사업권 관련 매입세액이 공제대상인지

3. 관련법령 및 관련사례

○ 부가가치세법 제2조【정의】

  이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

   1. "재화"란 재산 가치가 있는 물건 및 권리를 말한다. 물건과 권리의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 부가가치세법 시행령 제2조【재화의 범위】

  ② 법 제2조제1호의 권리는 광업권, 특허권, 저작권 등 제1항에 따른 물건 외에 재산적 가치가 있는 모든 것으로 한다.

○ 부가가치세법 제9조【재화의 공급】

  ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것으로 한다.

○ 부가가치세법 제10조【재화공급의 특례】

  ⑨ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다.

   2. 사업을 양도하는 것으로서 대통령령으로 정하는 것. 다만, 제52조제4항에 따라 그 사업을 양수받는 자가 대가를 지급하는 때에 그 대가를 받은 자로부터 부가가치세를 징수하여 납부한 경우는 제외한다.

○ 부가가치세법 제26조【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】

  ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

   14. 토지

○ 부가가치세법 제38조【공제하는 매입세액】

  ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

   1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

○ 부가가치세법 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】

  ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

   7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

○ 부가가치세법 시행령 제80조【토지에 관련된 매입세액】

  법 제39조제1항제7호에서 "대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액"이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

   1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

   3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액

출처 : 국세청 2020. 09. 04. 사전-2020-법령해석부가-0745[법령해석과-2862] | 국세법령정보시스템