요지

거주자가 ⁠「조세특례제한법」 제99조의2 제1항을 적용받는 주택을 취득한 후 해당 주택이 ⁠「도시 및 주거환경정비법」에 따라 재건축되어 신축주택을 취득하는 경우에도 해당 신축주택은 신축주택의 분양가액, 분양면적 등에 관계없이 거주자의 소유주택으로 보지 않는 것임

회신

1. 귀하께서 우리 청에 서면질의한 사항에 대하여 다음과 같이 회신합니다.
2. 귀 질의1의 경우, ⁠「조세특례제한법」 제99조의2제1항에 따른 과세특례 대상이 되는 주택(A)과 별도세대인 母로부터 상속받은 주택(B)을 보유하는 거주자가 상속주택(B)을 양도하는 경우, 해당 상속주택(B)에 대하여 ⁠「소득세법」 제89조제1항제3호를 적용함에 있어 A주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니하는 것입니다.
3. 귀 질의2의 경우, 기존 해석사례인 ⁠“사전-2016-법령해석재산-0285, 2016.09.29.”를 참고하시기 바랍니다.
○ 사전-2016-법령해석재산-0285, 2016.09.29.
거주자가「조세특례제한법」제99조의2 제1항을 적용받는 주택을 취득하여 해당 주택이「도시 및 주거환경정비법」에 따라 재건축되어 신축주택을 취득하는 경우 ⁠「조세특례제한법」 제99조의2 제2항에 따라「소득세법」 제89조제1항제3호를 적용할 때 해당 신축주택은 신축주택의 분양가액, 분양면적 등에 관계없이 해당 거주자의 소유주택으로 보지 않는 것입니다.
4. 귀 질의3의 경우, 해당 상속주택(B)이 고가주택에 해당하는 경우에는 ⁠「소득세법 시행령」 제160조제1항에 따라 양도차익과 장기보유특별공제액을 산정하는 것으로 같은 영 제154조제1항의 요건을 모두 충족하는 경우에는 같은 영 제167조의10제1항제15호에 따라 중과세율을 적용하지 아니하며 장기보유특별공제도 적용할 수 있는 것입니다.

1. 사실관계

2. 질의내용

 -(질의1) 조특법§99의2에 따른 감면주택과 상속주택을 소유하는 1세대가 상속주택을 양도하는 경우 비과세 적용이 가능한지

 - ⁠(질의2) 감면주택이 재개발·재건축으로 인해 신축된 후 상속주택을 양도하는 경우에도 1세대 1주택 비과세 적용이 가능한지

 - ⁠(질의3) 양도대상 상속주택이 고가주택인 경우 12억원 초과분에 대해 일반세율 적용 및 장기보유특별공제 적용이 가능한지

3. 관련 법령

○ 소득세법 제89조【비과세 양도소득】

 ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

  1. 파산선고에 의한 처분으로 발생하는 소득

  2. 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분합(分合)으로 발생하는 소득

  3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

  가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

  나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

  4. 조합원입주권을 1개 보유한 1세대[｢도시 및 주거환경정비법｣ 제74조에 따른 관리처분계획의 인가일 및 ｢빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법｣ 제29조에 따른 사업시행계획인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제3호가목에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대]가 다음 각 목의 어느 하나의 요건을 충족하여 양도하는 경우 해당 조합원입주권을 양도하여 발생하는 소득. 다만, 해당 조합원입주권의 가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 경우에는 양도소득세를 과세한다.

　가. 양도일 현재 다른 주택을 보유하지 아니할 것

　나. 양도일 현재 1조합원입주권 외에 1주택을 소유한 경우로서 해당 1주택을 취득한 날부터 3년 이내에 해당 조합원입주권을 양도할 것(3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)

  5. ｢지적재조사에 관한 특별법｣ 제18조에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 감소되어 같은 법 제20조에 따라 지급받는 조정금

 ② 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 조합원입주권 또는 분양권을 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 제1항에도 불구하고 같은 항 제3호를 적용하지 아니한다. 다만, ｢도시 및 주거환경정비법｣에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, ｢빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법｣에 따른 소규모재건축사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우나 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

○ 소득세법 시행령 제154조【1세대1주택의 범위】

 ⑨ 법 제89조제1항제3호의 규정을 적용함에 있어서 2개 이상의 주택을 같은 날에 양도하는 경우에는 당해 거주자가 선택하는 순서에 따라 주택을 양도한 것으로 본다.

○ 소득세법 시행령 제155조【1세대1주택의 특례】

 ② 상속받은 주택[조합원입주권 또는 분양권을 상속받아 사업시행 완료 후 취득한 신축주택을 포함하며, 피상속인이 상속개시 당시 2 이상의 주택{상속받은 1주택이 ⁠「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재개발사업(이하 "재개발사업"이라 한다), 재건축사업(이하 "재건축사업"이라 한다) 또는 ⁠「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 소규모재건축사업, 소규모재개발사업, 가로주택정비사업, 자율주택정비사업(이하 "소규모재건축사업등"이라 한다)의 시행으로 2 이상의 주택이 된 경우를 포함한다}을 소유한 경우에는 다음 각 호의 순위에 따른 1주택을 말한다]과 그 밖의 주택(상속개시 당시 보유한 주택 또는 상속개시 당시 보유한 조합원입주권이나 분양권에 의하여 사업시행 완료 후 취득한 신축주택만 해당하며, 상속개시일부터 소급하여 2년 이내에 피상속인으로부터 증여받은 주택 또는 증여받은 조합원입주권이나 분양권에 의하여 사업시행 완료 후 취득한 신축주택은 제외한다. 이하 이 항에서 "일반주택"이라 한다)을 국내에 각각 1개씩 소유하고 있는 1세대가 일반주택을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다. 다만, 상속인과 피상속인이 상속개시 당시 1세대인 경우에는 1주택을 보유하고 1세대를 구성하는 자가 직계존속(배우자의 직계존속을 포함하며, 세대를 합친 날 현재 직계존속 중 어느 한 사람 또는 모두가 60세 이상으로서 1주택을 보유하고 있는 경우만 해당한다)을 동거봉양하기 위하여 세대를 합침에 따라 2주택을 보유하게 되는 경우로서 합치기 이전부터 보유하고 있었던 주택만 상속받은 주택으로 본다(이하 제3항, 제7항제1호, 제156조의2제7항제1호 및 제156조의3제5항제1호에서 같다).

  1. 피상속인이 소유한 기간이 가장 긴 1주택

  2. 피상속인이 소유한 기간이 같은 주택이 2이상일 경우에는 피상속인이 거주한 기간이 가장 긴 1주택

  3. 피상속인이 소유한 기간 및 거주한 기간이 모두 같은 주택이 2이상일 경우에는 피상속인이 상속개시당시 거주한 1주택

  4. 피상속인이 거주한 사실이 없는 주택으로서 소유한 기간이 같은 주택이 2이상일 경우에는 기준시가가 가장 높은 1주택(기준시가가 같은 경우에는 상속인이 선택하는 1주택)

○ 조세특례제한법 제99조의2【신축주택 등 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

 ① 거주자 또는 비거주자가 대통령령으로 정하는 신축주택, 미분양주택 또는 1세대 1주택자의 주택으로서 취득가액이 6억원 이하이거나 주택의 연면적(공동주택의 경우에는 전용면적)이 85제곱미터 이하인 주택을 2013년 4월 1일부터 2013년 12월 31일까지 「주택법」 제54조에 따라 주택을 공급하는 사업주체 등 대통령령으로 정하는 자와 최초로 매매계약을 체결하여 그 계약에 따라 취득(2013년 12월 31일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우를 포함한다)한 경우에 해당 주택을 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 양도소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 해당 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 해당 주택의 양도소득세 과세대상소득금액에서 공제한다. 이 경우 공제하는 금액이 과세대상소득금액을 초과하는 경우 그 초과금액은 없는 것으로 한다.

 ② ⁠「소득세법」제89조제1항제3호를 적용할 때 제1항을 적용받는 주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

 ③ 제1항은 전국 소비자물가상승률 및 전국 주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역에는 적용하지 아니한다.

 ④ 제1항에 따른 양도소득세의 감면은 대통령령으로 정하는 방법에 따라 제1항에 따른 감면 대상 주택임을 확인받아 납세지 관할 세무서장에게 제출한 경우에만 적용한다.

 ⑤ 제1항을 적용할 때 해당 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제99조의2【신축주택 등 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

 ③ 법 제99조의2제1항 전단에서 "1세대 1주택자의 주택"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(주택에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지를 포함하며, 이하 이 조에서 "감면대상기존주택"이라 한다)을 말한다. 이 경우 다음 각 호에 해당하는지를 판정할 때 1주택을 여러 사람이 공동으로 소유한 경우 공동소유자 각자가 그 주택을 소유한 것으로 보되, 1세대의 구성원이 1주택을 공동으로 소유하는 경우에는 그러하지 아니하다.

  1. 2013년 4월 1일 현재 ⁠「주민등록법」상 1세대(부부가 각각 세대를 구성하고 있는 경우에는 이를 1세대로 보며, 이하 이 항에서 "1세대"라 한다)가 매매계약일 현재 국내에 1주택(주택은 ⁠「주택법」에 따른 주택을 말하며, ⁠「주택법」에 따른 주택을 소유하지 아니하고 2013년 4월 1일 현재 ⁠「주민등록법」에 따른 주민등록이 되어 있는 오피스텔을 소유하고 있는 경우에는 그 1오피스텔을 1주택으로 본다. 이하 이 항에서 "1주택"이라 한다)을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 취득 등기일부터 매매계약일까지의 기간이 2년 이상인 주택

  2. 국내에 1주택을 보유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 "종전의 주택"이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택을 취득함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우(제1호에 따라 1주택으로 보는 오피스텔을 소유하고 있는 자가 다른 주택을 취득하는 경우를 포함한다)로서, 종전의 주택의 취득 등기일부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하고 그 다른 주택을 취득한 날(등기일을 말한다)부터 3년 이내에 매매계약을 체결하고 양도하는 종전의 주택. 다만, 취득 등기일부터 매매계약일까지의 기간이 2년 이상인 종전의 주택으로 한정한다.

4. 관련 사례

○ 서면법규과-1299, 2013.11.29.

거주자가 주택(A)을 보유하고 있다가 별도세대인 부모로부터 주택(B)을 상속받고 ｢조세특례제한법｣ 제98조의3에 따른 양도소득세 과세특례 대상이 되는 주택(C)를 취득한 후 A주택을 양도하고 다시 B주택을 양도하는 경우, 해당 B주택에 대하여 ｢소득세법｣ 제89조 제1항 제3호를 적용함에 있어 C주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니하는 것입니다.

○ 사전-2016-법령해석재산-0285, 2016.09.29.

거주자가 ⁠「조세특례제한법」제99조의2 제1항을 적용받는 주택을 취득하여 해당 주택이「도시 및 주거환경정비법」에 따라 재건축되어 신축주택을 취득하는 경우「조세특례제한법」제99조의2 제2항에 따라「소득세법」제89조제1항제3호를 적용할 때 해당 신축주택은 신축주택의 분양가액, 분양면적 등에 관계없이 해당 거주자의 소유주택으로 보지 않는 것입니다.

○ 서면인터넷방문상담4팀-1774, 2004.11.02.

귀 질의 용인시 소재 주택의 경우,「조세특례제한법」제99조의3의 규정에 의하여 2001.5.23.부터 2003.6.30.까지의 기간 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 당해 기간 중 같은법시행령 제99조의 3 제4항의 규정의 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외)을 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생하는 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하는 것입니다.

위에 해당하는 신축주택은「소득세법 시행령」제167조의3 제1항 제5호의 규정에 의하여 중과세율이 적용되는 ⁠“1세대 3주택”의 주택수에서 제외되는 것이며, 위 신축주택을 제외하고 1개의 주택(일반주택)만을 소유하고 있는 경우의 당해 주택도 위 영 같은조 같은항 제10호에 의하여 동일하게 제외되는 것입니다.

출처 : 국세청 2023. 06. 22. 서면-2023-부동산-0197[부동산납세과-1627] | 국세법령정보시스템