요지

합산배제 임대주택으로 적용받던 조정대상지역내 1주택이 재건축되어 2주택을 취득하고 합산배제 임대주택으로 등록한 경우 종합부동산세 합산배제 가능한 주택은 재건축되어 새로 취득한 2주택임

회신

귀 서멸질의의 경우 ⁠「기획재정부 재산세제과-100(2021.02.01)」를 참고하시기 바랍니다.

〈기획재정부 재산세제과-100, 2021. 02. 01.〉
[질의]
합산배제 임대주택으로 적용받던 조정대상지역내 1주택을 재건축 및 청산금을 추가로 납부하여 2주택을 취득한 경우
- 재건축으로 취득한 2주택 중 종합부동산세 합산배제 가능한 주택

(제1안) 재건축으로 멸실되어 새로이 취득한 2주택
 ⁠(제2안) 구주택 평가가액 범위내의 1주택
 ⁠[회신]
귀 질의의 경우 제1안이 타당합니다.

 ○ 서울 소재 다가구주택^＊의 재건축과 관련하여 ’18.9.13. 이전에 A건설사를 시공사로 하는 분양계약을 체결하였으나, ’18.9.14. 이후 B건설사를 시공사로 변경하여 분양계약을 다시 체결 예정

 - 기존에 보유한 1주택에 청산금을 추가로 납부하여 2주택으로 분양신청

 ＊ 현황 : 연면적 184.5㎡, 공시가격 602백만원(’18.1.기준)

 ○ 그 외 사실관계는 다음과 같이 가정함

 - 질의일 현재 다가구주택 외 주택은 보유하지 않음

 - 다가구주택을 재건축 전까지 합산배제 임대주택으로 신고

 - 재건축으로 취득할 2주택을 합산배제 임대주택으로 신고

2. 질의내용

 ○ 당초 1주택에 추가분담금을 지급하여 재건축 후 2주택을 분양받는 계약을 체결할 경우 새로 취득하는 2주택을 장기일반민간 임대주택 등록시 종합부동산세 합산배제 적용 가능한지 여부?

3. 관련법령 및 관련 사례

□ 종합부동산세법 제8조【과세표준】

 ① 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액［과세기준일 현재 세대원 중 1인이 해당 주택을 단독으로 소유한 경우로서 대통령령으로 정하는 1세대 1주택자(이하 "1세대 1주택자"라 한다)의 경우에는 그 합산한 금액에서 3억원을 공제한 금액］에서 6억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. 다만, 그 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다.

 ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 제1항의 규정에 의한 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.

  1.「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 민간임대주택, ⁠「공공주택 특별법」에 따른 공공임대주택 또는 대통령령이 정하는 다가구 임대주택으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 감안하여 대통령령이 정하는 주택

□ 종합부동산세법 시행령 제3조【합산배제 임대주택】(2020.02.11. 대통령령 제30404호로 개정된 것)

 ① 법 제8조제2항제1호에서 "대통령령이 정하는 주택"이란 「공공주택 특별법」 제4조에 따른 공공주택사업자 또는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제7호에 따른 임대사업자(이하 "임대사업자"라 한다)로서 과세기준일 현재 「소득세법」 제168조 또는 「법인세법」 제111조에 따른 주택임대업 사업자등록(이하 이 조에서 "사업자등록"이라 한다)을 한 자가 과세기준일 현재 임대(제1호부터 제3호까지, 제5호부터 제8호까지의 주택을 임대한 경우를 말한다)하거나 소유(제4호의 주택을 소유한 경우를 말한다)하고 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 "합산배제 임대주택"이라 한다)을 말한다. ⁠(이하 생략)

(1~7호 중략)

 8. 매입임대주택 중 장기일반민간임대주택등으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택. 다만, 1세대가 국내에 1주택 이상을 보유한 상태에서 새로 취득(제7항제2호 또는 제7호에 따라 임대기간이 합산되는 경우의 취득은 제외한다)한 조정대상지역(중략)에 있는 「민간임대주택에 관한 특별법 제2조제5호에 따른 장기일반민간임대주택[조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 주택(주택을 취득할 수 있는 권리를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)을 취득하거나 주택을 취득하기 위하여 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우는 제외한다]은 제외한다.(이하 생략)

□ 종합부동산세법 시행령 제3조【합산배제 임대주택】(2019.02.12. 대통령령 제29524호로 개정된 것)

 ① 법 제8조제2항제1호에서 "대통령령이 정하는 주택"이란 「공공주택 특별법」 제4조에 따른 공공주택사업자 또는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제7호에 따른 임대사업자(이하 "임대사업자"라 한다)로서 과세기준일 현재 ⁠「소득세법」 제168조 또는 「법인세법」 제111조에 따른 주택임대업 사업자등록(이하 이 조에서 "사업자등록"이라 한다)을 한 자가 과세기준일 현재 임대(제1호부터 제3호까지, 제5호부터 제8호까지의 주택을 임대한 경우를 말한다)하거나 소유(제4호의 주택을 소유한 경우를 말한다)하고 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 "합산배제 임대주택"이라 한다)을 말한다. 이 경우 과세기준일 현재 임대를 개시한 자가 법 제8조제3항에 따른 합산배제 신고기간 종료일까지 임대사업자로서 사업자등록을 하는 경우에는 해당 연도 과세기준일 현재 임대사업자로서 사업자등록을 한 것으로 본다.

  2.「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제3호에 따른 민간매입임대주택과 「공공주택 특별법」 제2조제1호의3에 따른 공공매입임대주택(이하 이 조에서 "매입임대주택"이라 한다)으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택. 다만, 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제3호에 따른 민간매입임대주택의 경우에는 2018년 3월 31일 이전에 같은 법 제5조에 따른 임대사업자 등록과 사업자등록을 한 주택으로 한정한다.(이하 생략)

  8. 매입임대주택 중 장기일반민간임대주택등으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택. 다만, 1세대가 국내에 1주택 이상을 보유한 상태에서 새로이 취득한 조정대상지역(「주택법」 제63조의2제1항제1호에 따른 조정대상지역을 말한다. 이하 같다)에 있는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제5호에 따른 장기일반민간임대주택[조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 주택(주택을 취득할 수 있는 권리를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)을 취득하거나 주택을 취득하기 위하여 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우는 제외한다]은 제외한다.(이하 생략)

 ⑦ 제1항을 적용할 때 합산배제 임대주택의 임대기간의 계산은 다음 각 호에 따른다.

  1. 제1항제1호나목, 같은 항 제3호나목 및 같은 항 제7호나목에 따른 임대기간은 임대사업자로서 2호 이상의 주택의 임대를 개시한 날(2호 이상의 주택의 임대를 개시한 날 이후 임대를 개시한 주택의 경우에는 그 주택의 임대개시일을 말한다)부터, 제1항제2호나목 및 같은 항 제8호나목에 따른 임대기간은 임대사업자로서 해당 주택의 임대를 개시한 날부터, 제1항제5호나목 및 같은 항 제6호나목에 따른 임대기간은 임대사업자로서 5호 이상의 주택의 임대를 개시한 날(5호 이상의 주택의 임대를 개시한 날 이후 임대를 개시한 주택의 경우에는 그 주택의 임대개시일을 말한다)부터 계산한다.

  (2~6호 중략)

  7.「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재건축사업 또는 같은 법에 따른 주택재개발사업(이하 "주택재건축ㆍ재개발사업"이라 한다)에 따라 당초의 합산배제 임대주택이 멸실되어 새로운 주택을 취득하게 된 경우로서 제9항에 따라 관련 서류를 제출한 경우에는 주택재건축ㆍ재개발사업으로 멸실된 주택의 임대기간과 새로이 취득한 주택의 임대기간을 합산한다. 이 경우 주택재건축ㆍ재개발사업으로 새로이 취득한 주택의 준공일부터 6개월 이내에 임대를 개시하여야 한다.

 ⑧ 법 제8조제2항제1호에 따른 주택을 보유한 자가 합산배제 임대주택의 규정을 적용받으려는 때에는 기획재정부령으로 정하는 임대주택 합산배제 신고서에 따라 신고하여야 한다. 다만, 최초의 합산배제 신고를 한 연도의 다음 연도부터는 그 신고한 내용 중 기획재정부령으로 정하는 사항에 변동이 없는 경우에는 신고하지 아니할 수 있다.

□ 종합부동산세법 시행령 제3조【합산배제 임대주택】(2018.10.23., 대통령령 제29243호 개정된 것)

 ① 법 제8조제2항제1호에서 "대통령령이 정하는 주택"이란 「공공주택 특별법」 제4조에 따른 공공주택사업자 또는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제7호에 따른 임대사업자(이하 "임대사업자"라 한다)로서 과세기준일 현재 ⁠「소득세법」 제168조 또는 「법인세법」 제111조에 따른 주택임대업 사업자등록(이하 이 조에서 "사업자등록"이라 한다)을 한 자가 과세기준일 현재 임대(제1호부터 제3호까지, 제5호부터 제8호까지의 주택을 임대한 경우를 말한다)하거나 소유(제4호의 주택을 소유한 경우를 말한다)하고 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 "합산배제 임대주택"이라 한다)을 말한다. 이 경우 과세기준일 현재 임대를 개시한 자가 법 제8조제3항에 따른 합산배제 신고기간 종료일까지 임대사업자로서 사업자등록을 하는 경우에는 해당 연도 과세기준일 현재 임대사업자로서 사업자등록을 한 것으로 본다.

  8.매입임대주택 중 장기일반민간임대주택등으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택. 다만, 1세대가 국내에 1주택 이상을 보유한 상태에서 새로이 취득한 조정대상지역(「주택법」 제63조의2제1항제1호에 따른 조정대상지역을 말한다. 이하 같다)에 있는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제5호에 따른 장기일반민간임대주택[조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 주택(주택을 취득할 수 있는 권리를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)을 취득하거나 주택을 취득하기 위하여 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우는 제외한다]은 제외한다.

□ 종합부동산세법 시행령 제3조【합산배제 임대주택】(2018.06.05., 대통령령 제28930호 개정된 것)

 ① 법 제8조제2항제1호에서 "대통령령이 정하는 주택"이란 「공공주택 특별법」 제4조에 따른 공공주택사업자 또는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제7호에 따른 임대사업자(이하 "임대사업자"라 한다)로서 과세기준일 현재 「소득세법」 제168조 또는 「법인세법」 제111조에 따른 주택임대업 사업자등록(이하 이 조에서 "사업자등록"이라 한다)을 한 자가 과세기준일 현재 임대(제1호부터 제3호까지, 제5호부터 제8호까지의 주택을 임대한 경우를 말한다)하거나 소유(제4호의 주택을 소유한 경우를 말한다)하고 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 "합산배제 임대주택"이라 한다)을 말한다. 이 경우 과세기준일 현재 임대를 개시한 자가 법 제8조제3항에 따른 합산배제 신고기간 종료일까지 임대사업자로서 사업자등록을 하는 경우에는 해당 연도 과세기준일 현재 임대사업자로서 사업자등록을 한 것으로 본다.

  8. 매입임대주택 중 준공공임대주택등으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택(이하 생략)

□ 소득세법 시행령 제152조【환지등의 정의】(2020.02.18., 대통령령 제30423호로 개정되기 전의 것)

① 법 제88조제1호가목에서 환지처분이란 ⁠「도시개발법」에 따른 도시개발사업, ⁠「농어촌정비법」에 따른 농업생산기반 정비사업, 그 밖의 법률에 따라 사업시행자가 사업완료 후에 사업구역 내의 토지 소유자 또는 관계인에게 종전의 토지 또는 건축물 대신에 그 구역 내의 다른 토지 또는 사업시행자에게 처분할 권한이 있는 건축물의 일부와 그 건축물이 있는 토지의 공유지분으로 바꾸어주는 것(사업시행에 따라 분할·합병 또는 교환하는 것을 포함한다)을 말한다.

□ 민간임대주택에 관한 특별법 제2조【정의】

 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

  5. "장기일반민간임대주택"이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 10년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택(아파트를 임대하는 민간매입임대주택은 제외한다)을 말한다.

□ 도시 및 주거환경정비법 제76조【관리처분계획의 수립기준】

 ① 제74조제1항에 따른 관리처분계획의 내용은 다음 각 호의 기준에 따른다.

  (1~5호 중략)

 6. 1세대 또는 1명이 하나 이상의 주택 또는 토지를 소유한 경우 1주택을 공급하고, 같은 세대에 속하지 아니하는 2명 이상이 1주택 또는 1토지를 공유한 경우에는 1주택만 공급한다.

 7. 제6호에도 불구하고 다음 각 목의 경우에는 각 목의 방법에 따라 주택을 공급할 수 있다.

 가. 2명 이상이 1토지를 공유한 경우로서 시ㆍ도조례로 주택공급을 따로 정하고 있는 경우에는 시ㆍ도조례로 정하는 바에 따라 주택을 공급할 수 있다.

 나. 다음 어느 하나에 해당하는 토지등소유자에게는 소유한 주택 수만큼 공급할 수 있다.(이하 생략)

 다. 제74조제1항제5호에 따른 가격의 범위 또는 종전 주택의 주거전용면적의 범위에서 2주택을 공급할 수 있고, 이 중 1주택은 주거전용면적을 60제곱미터 이하로 한다. 다만, 60제곱미터 이하로 공급받은 1주택은 제86조제2항에 따른 이전고시일 다음 날부터 3년이 지나기 전에는 주택을 전매(매매ㆍ증여나 그 밖에 권리의 변동을 수반하는 모든 행위를 포함하되 상속의 경우는 제외한다)하거나 전매를 알선할 수 없다.

□ 사전-2016-법령해석재산-0158, 2016.09.09.

〈질의1 〉「종합부동산세법 시행령」 제3조 제1항 제2호 규정에 의하여 합산배제된 기존임대주택이 재개발 또는 재건축사업으로 멸실되어 임대의무기간(5년)을 충족하지 못하게 되는 경우 「종합부동산세법」 제17조 제5항 및 같은 법 시행령 제10조에 따라 경감받은 세액과 이자상당가산액이 추징되는 것입니다.

〈질의2 〉신축한 주택을 임대하는 경우 같은 법 시행령 제3조 제1항 제2호 가목 및 나목에 규정한 요건을 충족하는지 여부 판단 시 신축한 해당 주택을 대상으로 하는 것입니다.

□ 종합부동산세과-36, 2011.12.09.

종합부동산세 과세표준에서 합산배제하는 매입임대주택은 주택공시가격 6억원(비수도권 3억원) 이하이고 전용면적 149㎡ 이하인 1호 이상의 주택을 5년 이상 임대하여야 하며, 2012년도 종합부동산세 과세분부터는 합산 배제하는 임대주택은 1세대가 소유한 주택 수에서 제외하여 1세대 1주택자 여부를 판단함

매입임대주택이 재건축 등으로 멸실되어 임대의무기간을 채우지 못하게 되는 경우에는 해당 주택에 대하여 그 동안 경감받은 세액(해당 주택을 과세표준에 합산하여 계산한 세액에서 과세표준에 제외하여 계산한 세액을 뺀 금액)과 이자상당가산액을 추징함

□ 인천지방법원2012구단1881, 2013.05.07.

 이 사건 아파트는 OOOOO아파트재건축조합이 도시 및 주거환경정비법상의 관리처분계획 인가 및 이에 따른 이전고시 등의 절차를 거쳐 원고에게 분양한 것으로 보이고，따라서 종전 아파트에 관한 권리가 권리자인 원고의 의사에 관계없이 이 사건 아파트에 관한 권리로 강제적으로 교환・변경되어 공용환권된 것으로 볼 수 있어 종전 아파트와 이 사건 아파트는 그 동일성이 유지된다고 할 수 있으므로，이 사건 아파트에 관한 원고의 보유기간은 원고가 종전 아파트를 보유한 기간도 포함하여 산정함이 타당하다.

□ 대법원2008다1132, 2009.06.23.

 재건축조합이 구 주택건설촉진법(2002. 12. 30. 법률 제6852호로 개정되기 전의 것) 제44조의3 제5항에 의하여 준용되는 구 도시재개발법(2002. 12. 30. 법률 제6852호로 폐지되기 전의 것) 제33조 내지 제45조 소정의 관리처분계획 인가 및 이에 따른 분양처분의 고시 등의 절차를 거치거나 도시 및 주거환경정비법상의 관리처분계획 인가 및 이에 따른 이전고시 등의 절차를 거쳐 신(신) 주택이나 대지를 조합원에게 분양한 경우에는 구(구) 주택이나 대지에 관한 권리가 권리자의 의사에 관계없이 신 주택이나 대지에 관한 권리로 강제적으로 교환·변경되어 공용환권된 것으로 볼 수 있다 할 것이지만, 이러한 관리처분계획 인가 및 이에 따른 분양처분의 고시 내지 이전고시 등의 절차를 거치지 아니한 채 조합원에게 신 주택이나 대지가 분양된 경우에는 당해 조합원은 조합규약 내지 분양계약에 의하여 구 주택이나 대지와는 다른 신 주택이나 대지에 관한 소유권을 취득한 것에 불과할 뿐 이를 가리켜 구 주택이나 대지에 관한 소유권이 신 주택이나 대지에 관한 소유권으로 강제적으로 교환·변경되어 공용환권된 것으로 볼 수는 없으므로 양자 간에 그 동일성이 유지된다고 할 수 없다.

□ 대법원2002두6149, 2004.06.11.

 원심은, 원고가 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 148-2 외 7필지의 토지에 대한 지분(지분해당면적 합계 698.42㎡, 이하 '이 사건 토지'라 한다)을 소유하고 있던 중 이 사건 토지 일대에 도시재개발사업이 시행됨에 따라 1996. 4. 1. ㅇㅇ2구역 주택개량재개발조합(이하 '조합'이라 한다)에 이 사건 토지를 제공한 사실, 이 사건 재개발사업의 관리처분계획에 의하면, 조합은 아파트 498가구 및 상가 5,625.14㎡(건축시설면적 기준, 이하 같다)를 건축하여 그 중 아파트 170가구와 상가 1,363.332㎡를 조합원 등에게 우선 분양하고, 나머지를 일반분양하여 건축비용 등에 충당하기로 되어 있는데, 위 상가분양은 원고 외 4인의 조합원에게 총 500평의 범위 안에서 공동주택분양 기준가액을 공제하고 남는 종전 토지 등의 잔여가액만큼 분양하도록 규정하고 있던 조합정관 부칙 제6항에 따른 것인 사실, 이 사건 재개발사업의 관리처분계획 중 분양대상자별 분양예정조서에 의하면, 원고의 경우 원고 소유의 이 사건 토지를 6억 58,572,950원으로 평가하고, 여기에 비례율을 곱하여 분양기준가액을 6억 19,058,573원으로 산출한 다음, 44평형 아파트 1가구 추산분양액 1억 74,744,000원 및 상가 304.873㎡(이하 '이 사건 아파트와 상가'라 한다) 추산분양액 4억 38,711,000원을 분양하고, 남은 5,603,573원을 청산금으로 지급하기로 예정되었던 사실, 이에 따라 조합은 1998. 7. 7. 원고에 대하여 이 사건 아파트와 상가를 분양하는 등의 내용이 담긴 분양처분을 고시하고, 원고는 같은 해 8. 4. 그 소유권보존등기를 마쳤는데, 종전에 이 사건 토지에 관하여 마쳐져 있던 압류, 가압류, 근저당권 등 그 권리에 관한 등기가 이 사건 아파트와 상가의 등기부에 전사되었으며, 그 소유권보존등기와 관련하여 취득세 및 등록세가 부과되지 않았다는 사실을 인정한 다음,

 원고가 이 사건 상가를 도시재개발법상의 분양처분에 의하여 취득하였으므로, 이 사건 상가는 분양가액 범위 안에서 종전에 원고가 소유하였던 이 사건 토지의 권리변환으로서의 성질을 가지고, 그 권리로서의 동일성이 유지되므로 이 사건 토지 중 이 사건 상가의 분양가액에 상응하는 부분은 양도소득세의 과세대상이 되는 자산의 양도라고 보기 어렵다고 판단하였다.(이하 생략)

□ 서면-2019-부동산-0116, 2019.05.24.

합산배제 임대주택이 ⁠「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재건축ㆍ재개발사업으로 인해 멸실되어 새로운 주택을 취득하는 경우 「종합부동산세법 시행령」 제3조제1항제2호 가목에 따른 요건은 재건축 전 주택의 임대개시일 등을 기준으로 판단하는 것이며, 같은법 시행령 제3조제7항에 따라 새로 취득하는 주택의 준공일로부터 6개월 이내에 임대를 개시하여야 하는 것입니다.

또한, 새로 취득하게 될 주택의 임대기간과 멸실된 주택 임대기간 합산을 받으려는 경우 「종합부동산세법」 제8조제3항에 따라 주택이 멸실된 후 최초로 도래하는 과세기준일이 속하는 과세연도에 납세지 관할세무서장에게 주택의 보유현황을 신고하여야 하는 것입니다.

출처 : 국세청 2021. 03. 15. 서면-2020-법령해석재산-173[법령해석과-678] | 국세법령정보시스템