법인세 감면 환급 시 농어촌특별세 납부지연가산세 기납부세액 처리

요지

법인세 감면을 추가로 인정하는 과세관청의 경정결정으로 인하여 법인세는 일부환급되고 농어촌특별세는 추가 고지되는 경우 법인세 환급세액은 농어촌특별세의 납부지연가산세 계산 시 기납부세액으로 공제되는 것임

회신

귀 질의의 경우, 아래 해석(기획재정부 조세정책과-1197, 2023.5.23.)을 참고하시기 바랍니다.

○ 기획재정부 조세정책과-1197, 2023.05.23.
귀 질의의 경우 종전 우리부 유권해석(조세정책과-699, 2014.9.26.)을 참고하시기 바랍니다.

(조세정책과-699, 2014.9.26.) 양도소득세 감면을 추가로 인정하는 과세관청의 경정결정으로 인하여 양도소득세는 일부 환급되고 농어촌특별세는 추가 고지 되는 경우 양도소득세 환급세액은 농어촌특별세의 납부불성실가산세 계산 시 기납부세액으로 공제되는 것임.

 ○갑법인은 2019사업연도 법인세 신고 시 ｢조세특례제한법｣ 제29조의7 규정에 따른 ⁠‘고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제’ 누락

 ○’22년경 갑법인이 위 세액공제 누락을 이유로 경정청구한 결과, 청구 인용한 과세관청은 위 세액공제를 적용하여 법인세 감액 경정 후 국세환급금 97백만원 환급

 ○과세관청은 위 법인세 감액경정 시 농어촌특별세를 과세하면서 농어촌특별세의 납부지연가산세 4백만원을 가산

2. 질의내용

 ○법인세 경정청구 인용 결정에 따라 감면된 법인세에 대한 농어촌특별세를 납부하는 경우, 과다 납부된 법인세를 농어촌특별세의 기납부세액으로 볼 수 있는지 여부

3. 관련법령

○ 국세기본법 제2조【정의】

 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

  1. "국세"(國稅)란 국가가 부과하는 조세 중 다음 각 목의 것을 말한다.

   가. 소득세

   나. 법인세

   다. ∼ 카. ⁠(생 략)

   타. 농어촌특별세

  2. "세법"(稅法)이란 국세의 종목과 세율을 정하고 있는 법률과 ｢국세징수법｣, ｢조세특례제한법｣, ｢국제조세조정에 관한 법률｣, ｢조세범 처벌법｣ 및 ｢조세범 처벌절차법｣을 말한다.

  3. ⁠(생 략)

  4. "가산세"(加算稅)란 이 법 및 세법에서 규정하는 의무의 성실한 이행을 확보하기 위하여 세법에 따라 산출한 세액에 가산하여 징수하는 금액을 말한다.

  5. ∼ 21. ⁠(생 략)

○ 국세기본법 제47조【가산세】

 ① 정부는 세법에서 규정한 의무를 위반한 자에게 이 법 또는 세법에서 정하는 바에 따라 가산세를 부과할 수 있다.

 ② 가산세는 해당 의무가 규정된 세법의 해당 국세의 세목(稅目)으로 한다. 다만, 해당 국세를 감면하는 경우에는 가산세는 그 감면대상에 포함시키지 아니하는 것으로 한다.

 ③ 가산세는 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다.

○ 국세기본법 제47조의4【납부지연가산세】

  ① 납세의무자(연대납세의무자, 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다)가 법정납부기한까지 국세(「인지세법」 제8조제1항에 따른 인지세는 제외한다)의 납부(중간예납ㆍ예정신고납부ㆍ중간신고납부를 포함한다)를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 "과소납부"라 한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 "초과환급"이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다.

  1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 법정납부기한의 다음 날부터 납부일까지의 기간(납부고지일부터 납부고지서에 따른 납부기한까지의 기간은 제외한다) × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율

  2. 초과환급받은 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자상당가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 환급받은 날의 다음 날부터 납부일까지의 기간(납부고지일부터 납부고지서에 따른 납부기한까지의 기간은 제외한다) × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율

  3. 법정납부기한까지 납부하여야 할 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) 중 납부고지서에 따른 납부기한까지 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액 × 100분의 3(국세를 납부고지서에 따른 납부기한까지 완납하지 아니한 경우에 한정한다)

 ② ∼ ⑤ ⁠(생 략)

 ⑥ 국세(소득세, 법인세 및 부가가치세만 해당한다)를 과세기간을 잘못 적용하여 신고납부한 경우에는 제1항을 적용할 때 실제 신고납부한 날에 실제 신고납부한 금액의 범위에서 당초 신고납부하였어야 할 과세기간에 대한 국세를 자진납부한 것으로 본다. 다만, 해당 국세의 신고가 제47조의2에 따른 신고 중 부정행위로 무신고한 경우 또는 제47조의3에 따른 신고 중 부정행위로 과소신고ㆍ초과신고 한 경우에는 그러하지 아니하다.

 ⑦ ∼ ⑨ ⁠(생 략)

○ 농어촌특별세법 제5조【과세표준과 세율】

 ① 농어촌특별세는 다음 각 호의 과세표준에 대한 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

 ② ∼ ⑤ ⁠(생 략)

○ 농어촌특별세법 제7조 【신고·납부 등】

 ① 제5조제1항제1호에 따른 농어촌특별세는 해당 본세를 신고·납부(중간예납은 제외한다)하는 때에 그에 대한 농어촌특별세도 함께 신고·납부하여야 하며, 신고·납부할 본세가 없는 경우에는 해당 본세의 신고·납부의 예에 따라 신고·납부하여야 한다. 다만, 제3항이 적용되는 경우에는 그러하지 아니하다.

 ② ∼ ⑤ ⁠(생 략)

○ 조세특례제한법 제29조의7 【고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제】

 ① 내국인(소비성서비스업 등 대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 내국인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 2024년 12월 31일이 속하는 과세연도까지의 기간 중 해당 과세연도의 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 "상시근로자"라 한다)의 수가 직전 과세연도의 상시근로자의 수보다 증가한 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 더한 금액을 해당 과세연도와 해당 과세연도의 종료일부터 1년(중소기업 및 중견기업의 경우에는 2년)이 되는 날이 속하는 과세연도까지의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

  1. 청년 정규직 근로자, 장애인 근로자, 60세 이상인 근로자 등 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 "청년등상시근로자"라 한다)의 증가한 인원 수(증가한 상시근로자의 인원 수를 한도로 한다)에 400만원[중견기업의 경우에는 800만원, 중소기업의 경우에는 1,100만원(중소기업으로서 수도권 밖의 지역에서 증가한 경우에는 1,200만원)]을 곱한 금액. 다만, 2021년 12월 31일이 속하는 과세연도부터 2022년 12월 31일이 속하는 과세연도까지의 기간 중 수도권 밖의 지역에서 증가한 청년등상시근로자의 인원 수(증가한 상시근로자의 인원 수를 한도로 한다)에 대해서는 500만원(중견기업의 경우에는 900만원, 중소기업의 경우에는 1,300만원)을 곱한 금액으로 한다.

  2. 청년등상시근로자 외 상시근로자의 증가한 인원 수(증가한 상시근로자 인원 수를 한도로 한다) × 0원(중견기업의 경우에는 450만원, 중소기업의 경우에는 다음 각 목에 따른 금액)

   가. 수도권 내의 지역에서 증가한 경우: 700만원

   나. 수도권 밖의 지역에서 증가한 경우: 770만원

 ② ∼ ⑧ ⁠(생 략)

출처 : 국세청 2023. 05. 24. 서면-2022-법규기본-2550[법규과-1348] | 국세법령정보시스템