요지
법§29①(2)에 따라 부동산 처분으로 발생되는 소득 중 수익사업에서 발생되는 소득에 대해 고유목적사업준비금 설정 가능
본 건 토지․건물은 법§55의2에서 규정하는 과세대상이 아니므로 토지 등 양도소득 과세특례 적용대상에 해당하지 않음
회신
비영리내국법인이 고유목적사업과 수익사업에 사용되는 부동산을 양도하는 경우에는「법인세법 시행령」제3조 제2항에 따라 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 유형자산의 처분으로 인하여 생기는 수입은 과세소득에서 제외되는 것이며, 그 외 부분에 대한 양도소득은 같은 법 제29조 제1항 제2호에 따라 100분의 50 범위에서 고유목적사업준비금으로 계상하여 손금에 산입할 수 있는 것입니다.
비영리내국법인이「법인세법」제55조의2 제2항 제4호 가목 및 나목에 따른 재산세 비과세․별도합산과세대상 토지를 양도하는 경우에는 토지 등 양도소득 과세특례가 적용되지 않는 것입니다.
1. 사실관계
○(재)○○○○○○○재단(이하 “질의법인”이라 함)은 ’92.8.12. 「민법」제32조 및「교육부소관비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙」제5조의 규정에 따라 설립된 공익법인에 해당
-질의법인은 교과서의 질적 수준 향상 등 교과서와 관련된 종합 연구 기능을 수행하여 교육 발전에 기여함을 목적으로 설립(정관 제1조)
질의법인의 목적사업(정관)>
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◊제4조 【사업】
①이 법인은 제1조의 목적을 달성하기 위하여 다음의 목적사업을 한다.
1. 교과서의 판형∙지질∙색도∙활자∙제본∙편집디자인 등 체제 개선에 관한 조사 연구
2. 교과서에 관한 국내외 정보자료 수집∙분석
3. 교과서 및 교과서 자료 전시관 설치∙운영
4. 교과서 제도에 관한 국제 비교 연구
5. 교과서 가격 사정 관련 자료 수집∙조사 연구
6. 교과서 연구 관계 간행물의 발행
7. 정부 및 교과서 발행사가 위탁한 연구 수행
8. 정부 및 지방자치단체(시∙도교육청을 포함)의 위탁연구 및 업무대행 용역 수행
9. 기타 법인의 설립 목적에 부합되는 부대사업 |
○질의법인은 ’03.12.23.에 취득한 건물 중 일부는 정관에서 정하는 고유목적사업에 사용하고, 잔여 부분은 수익사업(임대업)에 사용함
* 법§29①(2)에 따라수익사업 수입금액의 50%를 고유목사업준비금으로 설정함
-’22.5.11. 건물을 매각하고 그 매각대금으로 새로운 건물을 구입하고자 함
* 매각대금 480억원(고유목적사업 해당액 213억원, 수익사업 해당액 267억원)
2. 질의내용
○(질의1) 수익사업에 사용하던 부동산 매각대금 중 100분의 50을 「법인세법」제29조 제1항 제2호에 따라 고유목적사업준비금으로 계상하고 손금으로 산입할 수 있는지 여부
○(질의2) 재단 소유 건물을 매각하는 경우 토지 등 양도소득 과세특례 규정이 적용되지는 여부
3. 관련법령
○ 법인세법 제4조【과세소득의 범위】
① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다.
1. 각 사업연도의 소득
2. 청산소득(淸算所得)
3. 제55조의2에 따른 토지등 양도소득
② 제1항제1호를 적용할 때 연결법인의 각 사업연도의 소득은 제76조의14제1항의 각 연결사업연도의 소득으로 한다.
③제1항 제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.
1. 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등 「통계법」 제22조에 따라 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것
2. 「소득세법」 제16조제1항에 따른 이자소득
3. 「소득세법」 제17조제1항에 따른 배당소득
4. 주식ㆍ신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인한 수입
5. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다.
○ 법인세법 시행령 제3조【수익사업의 범위】
②법 제4조제3항제5호 단서에서 "대통령령으로 정하는 수입"이란 해당 유형자산 및 무형자산의 처분일(「국가균형발전 특별법」 제18조에 따라 이전하는 공공기관의 경우에는 공공기관 이전일을 말한다) 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 말한다. 이 경우 해당 자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 자산으로 보며, 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 고유목적사업에 전입한 후 처분하는 경우에는 전입 시 시가로 평가한 가액을 그 자산의 취득가액으로 하여 처분으로 인하여 생기는 수입을 계산한다.
○ 법인세법 제29조【비영리내국법인의 고유목적사업준비금의 손금산입】
①비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 그 법인의 고유목적사업이나 제24조제3항제1호에 따른 기부금(이하 이 조에서 "고유목적사업등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손비로 계상한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액의 합계액(제2호에 따른 수익사업에서 결손금이 발생한 경우에는 제1호 각 목의 금액의 합계액에서 그 결손금 상당액을 차감한 금액을 말한다)의 범위에서 그 계상한 고유목적사업준비금을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다.
1. 다음 각 목의 금액
가. 「소득세법」 제16조제1항 각 호(같은 항 제11호에 따른 비영업대금의 이익은 제외한다)에 따른 이자소득의 금액
나. 「소득세법」 제17조제1항 각 호에 따른 배당소득의 금액. 다만, 「상속세 및 증여세법」 제16조 또는 제48조에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식등으로부터 발생한 배당소득의 금액은 제외한다.
다. 특별법에 따라 설립된 비영리내국법인이 해당 법률에 따른 복지사업으로서 그 회원이나 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액
2. 그 밖의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(「공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률」에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액
⑤제1항에 따라 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우 그 잔액은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다.
1. 해산한 경우(제4항에 따라 고유목적사업준비금을 승계한 경우는 제외한다)
2. 고유목적사업을 전부 폐지한 경우
3.법인으로 보는 단체가 「국세기본법」 제13조제3항에 따라 승인이 취소되거나 거주자로 변경된 경우
4.고유목적사업준비금을 손금에 산입한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업등에 사용하지 아니한 경우(5년 내에 사용하지 아니한 잔액으로 한정한다)
○ 법인세법 시행령 제56조【고유목적사업준비금의 손금산입】
① 법 제29조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 단체"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 단체를 말한다.
1. 제39조제1항제1호에 해당하는 단체
2. 삭제
3. 법령에 의하여 설치된 기금
4. 「공동주택관리법」 제2조제1항제1호가목에 따른 공동주택의 입주자대표회의ㆍ임차인대표회의 또는 이와 유사한 관리기구
② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 이자소득금액은 법 제29조 제1항제1호가목의 금액으로 본다.
1.금융보험업을 영위하는 비영리내국법인이 한국표준산업분류상 금융보험업을 영위하는 법인의 계약기간이 3개월 이하인 금융상품(계약기간이 없는 요구불예금을 포함한다)에 자금을 예치함에 따라 발생하는 이자소득금액
2. 제3조제1항제5호나목에 따른 사업을 영위하는 자가 자금을 운용함에 따라 발생하는 이자소득금액
3. 「한국주택금융공사법」에 따른 주택금융신용보증기금이 동법 제43조의8제1항 및 제2항에 따른 보증료의 수입을 운용함에 따라 발생하는 이자소득금액
⑤ 법 제29조제1항 각 호 외의 부분에 따른 고유목적사업은 해당 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 따른 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 제3조제1항에 따른 수익사업 외의 사업으로 한다.
⑥ 법 제29조제1항부터 제5항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다. 다만, 비영리내국법인이 유형자산 및 무형자산 취득 후 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업이나 보건업[보건업을 영위하는 비영리내국법인(이하 이 조에서 "의료법인"이라 한다)에 한정한다]에 3년 이상 자산을 직접 사용하지 아니하고 처분하는 경우에는 제1호 또는 제3호의 금액을 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 보지 아니한다.
1.비영리내국법인이 해당 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 유형자산 및 무형자산 취득비용(제31조제2항에 따른 자본적 지출을 포함한다) 및 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액
2. 특별법에 따라 설립된 법인(해당 법인에 설치되어 운영되는 기금 중 「국세기본법」 제13조에 따라 법인으로 보는 단체를 포함한다)으로서 건강보험ㆍ연금관리ㆍ공제사업 및 제3조제1항제8호에 따른 사업을 영위하는 비영리내국법인이 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 법령에 의하여 기금 또는 준비금으로 적립한 금액
3 ~ 10. 이하 생략
4. 관련예규 등
○사전-2020-법령해석법인-1165, 2021.03.25.
귀 세법해석 사전답변 신청의 사실관계와 같이, 대한적십자사가 ｢의료법｣ 제33조제2항에 따라 개설하여 운영하던 대구적십자병원을 2010년 폐원한 후 병원건물의 일부는 대한적십자사 대구지사의 물품보관창고, 안전강습실, 회의실 및 부대시설등(이하 “회의실 등”)으로 사용하고 그 외 부분은 비워둔 상태로 유지하다가 폐원건물(이하 부속토지 포함)을 2020년 건설회사에 양도한 경우로서 회의실 등을 폐원건물의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 대한적십자사의 정관에 규정된 고유목적사업(｢법인세법 시행령｣ 제3조제1항에 따른 수익사업은 제외)에 직접 사용한 것으로 인정되는 경우 그 사용부분(부속토지 포함)에 대한 양도소득은 ｢법인세법｣ 제4조제3항제5호 단서에 따라 과세소득에서 제외되는 것이나 해당 회의실 등을 법령 또는 대한적십자사의 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 것인지 여부는 실제 사용용도에 따라 사실판단사항에 해당하고 그 외 부분에 대한 양도소득은 같은 법 제29조제1항제2호에 따라 100분의 50 범위에서 고유목적사업준비금으로 계상한 금액을 손금에 산입할 수 있는 것임
출처 :
국세청 2022. 10. 19. 서면-2022-법인-3400[법인세과-1511] | 국세법령정보시스템
