2개 연도 투자, 통합투자세액공제 적용방법 총정리

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2개 과세연도 투자 시 통합투자세액공제 적용방법

기획재정부 조세특례제도과-423(2025.5.22.)

질의 및 요약

Q질의내용

두 과세연도에 걸친 투자에 대해 통합투자세액공제와 이전 제도에 따른 세액공제 적용이 어떻게 이루어질 수 있나요?

S요약

2개 이상의 과세연도에 걸쳐 투자가 이루어진 경우, 통합투자세액공제가 도입되기 이전 투자분에 대해서는 경정청구를 통해 구 「조세특례제한법」 제25조에 따른 특정 시설 투자 세액공제를 받을 수 있으며, 이후 투자분은 각 과세연도별로 「조세특례제한법」 제24조에 따라 통합투자세액공제를 적용받을 수 있는 것으로 판단됩니다.

#2개 과세연도 투자 #통합투자세액공제 #특정 시설 투자 세액공제 #조세특례제한법 #투자 경정청구 #세액공제 적용범위

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핵심 정리

R회신 내용 기획재정부 조세특례제도과-423(2025.5.22.)

국세청 기획재정부 조세특례제도과-423(2025.5.22.) 회신에 따르면, 해당 유권해석은 국세청 공식 해석임을 밝힙니다.
납세자가 통합투자세액공제 도입 전 투자분에 대해 경정청구를 한다면, 구 조세특례제한법 제25조에 따른 특정 시설 투자 세액공제를 적용받을 수 있다고 회신하고 있습니다.
통합투자세액공제 제도 시행 후 투자분에 대해서는 과세연도별로 조세특례제한법 제24조의 통합투자세액공제를 각각 적용받을 수 있음을 명확히 하였습니다.
즉, 투자 시기에 따라 적용 가능한 세액공제 제도가 달라지며, 각각의 투자 시점 및 경정청구 여부가 중요한 기준이 될 수 있음을 시사합니다.

L관련 법령 해석

조세특례제한법 제24조: 통합투자세액공제에 관한 규정으로, 요건을 충족한 금액에 대해 세액공제를 적용
조세특례제한법 부칙(법률 제17759호, 2020.12.29. 개정) 제4조제2항: 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도에 모든 투자가 이루어진 것으로 간주
구 조세특례제한법(2020.12.29. 이전 개정 전) 제25조: 특정 시설 투자 등에 대한 세액공제를 규정

사례 Q&A

1. 투자 완료일이 서로 다른 2개 과세연도일 때 세액공제는 어떻게 받나요?

답변

투자 일부가 통합투자세액공제 도입 전이라면 경정청구로 구법에 따른 특정 시설 투자 세액공제를, 이후 투자분은 통합투자세액공제를 적용받을 수 있습니다.

근거

조세특례제한법 부칙 제4조제2항과 국세청 2025.5.22. 회신에 근거합니다.

2. 경정청구를 통해 두 가지 세액공제 적용이 모두 가능한가요?

답변

네, 통합투자세액공제 시행 전 투자분은 경정청구 후 구법 적용이 가능하며, 이후 투자분은 신규 제도에 따라 공제받으실 수 있습니다.

근거

국세청 회신과 조세특례제한법 부칙 내용이 그 근거입니다.

3. 통합투자세액공제와 특정 시설 투자 세액공제 중복 적용이 가능한가요?

답변

중복 적용은 아니며, 각 투자 시점에 따라 해당하는 세액공제 규정을 적용하는 것이 가능합니다.

근거

조세특례제한법 제24조, 구법 제25조, 국세청 해석에 의거합니다.

* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.

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유권해석 전문

요지

납세자가 ⁠「조세특례제한법」(법률 제17759호, 2020.12.29. 개정) 부칙 제4조제2항에 따라 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도에 모든 투자가 이루어진 것으로 보아 ⁠「조세특례제한법」 제24조에 따른 통합투자세액공제를 적용받았으나, 해당 납세자는 경정청구를 통해 통합투자세액공제 도입 전 투자분에 대해 구「조세특례제한법」(2020.12.29. 법률 제17759호로 개정되기 전의 것) 제25조에 따른 특정 시설 투자 등에 대한 세액공제를 적용받고 그 이후 투자분에 대해서는 투자가 이루어지는 과세연도마다 해당 과세연도에 투자한 금액에 대하여 ⁠「조세특례제한법」 제24조에 따른 통합투자세액공제를 적용받을 수 있는 것입니다

회신

귀 질의의 경우, 납세자가 ⁠「조세특례제한법」(법률 제17759호, 2020.12.29. 개정) 부칙 제4조제2항에 따라 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도에 모든 투자가 이루어진 것으로 보아 ⁠「조세특례제한법」 제24조에 따른 통합투자세액공제를 적용받았으나, 해당 납세자는 경정청구를 통해 통합투자세액공제 도입 전 투자분에 대해 구「조세특례제한법」(2020.12.29. 법률 제17759호로 개정되기 전의 것) 제25조에 따른 특정 시설 투자 등에 대한 세액공제를 적용받고 그 이후 투자분에 대해서는 투자가 이루어지는 과세연도마다 해당 과세연도에 투자한 금액에 대하여 ⁠「조세특례제한법」 제24조에 따른 통합투자세액공제를 적용받을 수 있는 것입니다 끝.

문서번호	기획재정부 조세특례제도과-423(2025.5.22.)
납세자회신번호		세목	조특
생산일자	2025.05.22	귀속연도
제목	2개 이상의 과세연도에 걸쳐 투자가 이루어지는 경우 통합투자세액공제의 적용방법
요지	납세자가 ⁠「조세특례제한법」(법률 제17759호, 2020.12.29. 개정) 부칙 제4조제2항에 따라 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도에 모든 투자가 이루어진 것으로 보아 「조세특례제한법」 제24조에 따른 통합투자세액공제를 적용받았으나, 해당 납세자는 경정청구를 통해 통합투자세액공제 도입 전 투자분에 대해 구「조세특례제한법」(2020.12.29. 법률 제17759호로 개정되기 전의 것) 제25조에 따른 특정 시설 투자 등에 대한 세액공제를 적용받고 그 이후 투자분에 대해서는 투자가 이루어지는 과세연도마다 해당 과세연도에 투자한 금액에 대하여 「조세특례제한법」 제24조에 따른 통합투자세액공제를 적용받을 수 있는 것입니다
답변내용	귀 질의의 경우, 납세자가 ⁠「조세특례제한법」(법률 제17759호, 2020.12.29. 개정) 부칙 제4조제2항에 따라 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도에 모든 투자가 이루어진 것으로 보아 「조세특례제한법」 제24조에 따른 통합투자세액공제를 적용받았으나, 해당 납세자는 경정청구를 통해 통합투자세액공제 도입 전 투자분에 대해 구「조세특례제한법」(2020.12.29. 법률 제17759호로 개정되기 전의 것) 제25조에 따른 특정 시설 투자 등에 대한 세액공제를 적용받고 그 이후 투자분에 대해서는 투자가 이루어지는 과세연도마다 해당 과세연도에 투자한 금액에 대하여 「조세특례제한법」 제24조에 따른 통합투자세액공제를 적용받을 수 있는 것입니다 끝.
관련법령	조세특례제한법 제24조

출처 : 국세청 2025. 05. 22. 기획재정부 조세특례제도과-423(2025.5.22.) | 국세법령정보시스템