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농어촌주택 처분과 일반주택 보유기간 기산일 판단

기획재정부 조세정책과-1225  ·  2024. 06. 27.
질의 및 요약

Q질의내용

  • 상속받아 보유하던 농어촌주택을 처분하고 그 기간 내 일반주택을 양도할 때, 일반주택의 1세대 1주택 특례 적용에 필요한 보유기간의 기산일은 언제부터인지요?

S요약

상속받은 농어촌주택이 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 인정받지 못한 상황에서 일반주택을 취득하고 농어촌주택을 처분한 뒤 2021년 1월 1일부터 2022년 5월 9일까지 일반주택을 양도하는 경우, 이 일반주택의 보유기간은 구 소득세법 시행령 제154조제5항에 따라 농어촌주택 처분일부터 기산하는 것으로 판단됩니다.
#농어촌주택 #일반주택 #보유기간 #1세대 1주택 #소득세법 시행령 #재기산
핵심 정리

R회신 내용 기획재정부 조세정책과-1225  ·  2024. 06. 27.

  • 국세청 기획재정부 조세정책과-1225(2024.6.27) 회신
  • 1세대가 소득세법 시행령 제155조제7항 또는 조세특례제한법 제99조의4 요건을 충족하지 못한 농어촌주택을 상속받아 보유하던 중 일반주택을 취득하고, 농어촌주택을 처분한 후 2021.1.1.~2022.5.9. 기간 중 일반주택을 양도하는 경우에 대해 질의함
  • 해당 일반주택의 보유기간은 구 소득세법 시행령 제154조제5항에 따라 농어촌주택의 처분일부터 기산하는 것으로 회신하였음
  • 이는 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분 후 1주택이 되는 경우, 처분일부터 보유기간을 새로이 산정하는 재기산 규정(이 기간에 적용된 시행령)에 근거함
  • 2022년 5월 10일 이후 양도에 대해서는 개정된 규정이 적용되나, 본 건은 해당 일자 이전의 양도임을 들어 종전(재기산) 규정을 적용하여 답변함

L관련 법령 해석

  • 소득세법 제89조: 1세대 1주택 비과세 요건을 규정
  • 소득세법 시행령 제154조(구, 2019.2.12. 및 2021.2.17. 개정): 2주택 이상 보유자가 1주택 외 주택 모두 처분 시, 처분일부터 보유기간을 기산하도록 한 재기산 규정
  • 소득세법 시행령 부칙(2021.2.17. 개정) 제1조, 제9조: 재기산 규정의 2021년 1월 1일 시행 및 적용 시기 명시
  • 소득세법 시행령 제154조(2022.5.31. 개정): 재기산 규정 삭제, 2022년 5월 10일 이후 양도분부터 개정 적용
  • 조세특례제한법 제99조의4: 농어촌주택 등 일정 요건 충족 시 1세대 1주택 비과세 특례 규정
사례 Q&A
1. 농어촌주택을 처분한 뒤 일반주택을 양도할 때 보유기간 산정 기준은?
답변
2021년 1월 1일부터 2022년 5월 9일 사이 양도한 경우 농어촌주택을 처분한 날부터 일반주택의 보유기간을 산정합니다.
근거
소득세법 시행령 제154조 제5항의 재기산 규정이 적용됩니다.
2. 농어촌주택이 1세대 소유주택 요건 미충족 시 1세대 1주택 특례 보유기간 기준은?
답변
농어촌주택의 소유주택 불인정 요건을 충족하지 못했다면 처분한 날부터 일반주택 보유기간을 따집니다.
근거
국세청 유권해석 및 종전 소득세법 시행령이 근거입니다.
3. 2022년 5월 9일 이전 주택 양도 시 재기산 규정은 적용되나요?
답변
네, 2022년 5월 10일 전 양도분에 대해서는 재기산 규정이 계속 적용되었습니다.
근거
시행령 부칙에 따라 개정 이전 규정으로 보유기간을 계산합니다.

* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.

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요지

1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보는 요건을 충족하지 못한 농어촌주택을 상속받아 보유하던 중 일반주택을 취득하고 농어촌주택을 처분한 후 ’21.1.1.부터 ’22.5.9.까지 기간 중 일반주택을 양도하는 경우 일반주택의 보유기간은 舊 「소득세법 시행령」(2022.5.31. 대통령령 제32654호로 개정되기 전의 것) 제154조제5항에 따라 농어촌주택의 처분일부터 기산하는 것임

회신

1세대가 「소득세법 시행령」 제155조제7항 또는 「조세특례제한법」 제99조의4에 따라 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보는 요건을 충족하지 못한 농어촌주택을 상속받아 보유하던 중 일반주택을 취득하고 농어촌주택을 처분한 후 ’21.1.1.부터 ’22.5.9.까지 기간 중 일반주택을 양도하는 경우 일반주택의 보유기간은 舊 「소득세법 시행령」(2022.5.31. 대통령령 제32654호로 개정되기 전의 것) 제154조제5항에 따라 농어촌주택의 처분일부터 기산하는 것입니다.

1. 사실관계

□ ⁠(‘09.10.25) 여수시 남면 연도리 소재 농어촌주택A 상속 취득

□ ⁠(’17.12.29) 서울 중랑구 소재 일반주택B 취득

□ ⁠(’21.05.26) 농어촌주택A 母에게 증여

□ ⁠(’21.09.17) 일반주택B 양도

2. 질의내용

 농어촌주택*(A)을 상속받아 보유하던 중 취득한 일반주택(B)을 농어촌주택(A) 처분 후 ’21.1.1.~’22.5.9. 기간 중 양도하는 경우 일반주택(B)의 1세대1주택 특례 적용을 위한 보유기간 기산일

   * 소득령 §155⑦ 또는 조특법 §99의4에 따라 1세대의 소유주택으로 보지 아니하는 요건 미충족한 농어촌주택

 ㅇ ⁠(1안) 농어촌주택 처분일

 ㅇ ⁠(2안) 일반주택 취득일

3. 관련법령

소득세법 제89조【비과세 양도소득】

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 ⁠“양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

 3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 ⁠“주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득

  가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

소득세법 시행령 제155조【1세대1주택의 특례】

⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택으로서 수도권 밖의 지역 중 읍지역(도시지역안의 지역을 제외한다) 또는 면지역에 소재하는 주택(이하 이 조에서 ⁠“농어촌주택”이라 한다)과 그 밖의 주택(이하 이 항 및 제11항부터 제13항까지에서 ⁠“일반주택”이라 한다)을 국내에 각각 1개씩 소유하고 있는 1세대가 일반주택을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다. 다만, 제3호의 주택에 대해서는 그 주택을 취득한 날부터 5년 이내에 일반주택을 양도하는 경우에 한정하여 적용한다.

 1. 상속받은 주택(피상속인이 취득 후 5년 이상 거주한 사실이 있는 경우에 한한다)

소득세법 시행령 제154조【1세대1주택의 범위】

   (2019.2.12. 대통령령 제29523호로 개정된 것)

⑤ 제1항에 따른 보유기간의 계산은 법 제95조제4항에 따른다. 다만, 2주택 이상(제155조, 제155조의2 및 제156조의2에 따라 일시적으로 2주택에 해당하는 경우 해당 2주택은 제외하되, 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 양도한 후 신규주택을 취득하여 일시적 2주택이 된 경우는 제외하지 않는다)을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 양도한 경우에는 양도 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산한다.  ⁠(※ 재기산 규정 신설)

부칙

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 다음 각 호의 개정 규정은 각 호의 구분에 따른 날부터 시행한다.

 3. 제154조제5항의 개정규정: 2021년 1월 1일

소득세법 시행령 제154조【1세대1주택의 범위】

   (2021.2.17. 대통령령 제31442호로 개정된 것)

⑤ 제1항에 따른 보유기간의 계산은 법 제95조제4항에 따른다. 다만, 2주택 이상(제155조, 제155조의2 및 제156조의2 및 제156조의3에 따라 일시적으로 2주택에 해당하는 경우 해당 2주택은 제외하되, 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분[양도, 증여 및 용도변경(「건축법」 제19조에 따른 용도변경을 말하며, 주거용으로 사용하던 오피스텔을 업무용 건물로 사실상 용도변경 하는 경우를 포함한다)하는 경우를 말한다. 이하 이 항에서 같다]한 후 신규주택을 취득하여 일시적 2주택이 된 경우는 제외하지 않는다)을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분한 경우에는 처분 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산한다. ⁠(※ 재기산 규정 보완)

부칙

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.

제9조(1세대 1주택의 범위에 관한 적용례) 제154조제5항 단서의 개정규정은 이 영 시행 이후 2주택 이상을 보유한 1세대가 증여 또는 용도변경하는 경우부터 적용한다.

소득세법 시행령 제154조【1세대1주택의 범위】

   (2022.5.31. 대통령령 제32654호로 개정된 것)

⑤ 제1항에 따른 보유기간의 계산은 법 제95조제4항에 따른다.

    ⁠(※ 재기산 규정 삭제)

부칙

제2조(주택 보유기간 계산에 관한 적용례 등)

 ① 제154조제5항의 개정규정은 2022년 5월 10일 이후 주택을 양도하는 경우부터 적용한다.

2022년 5월 10일 전에 주택을 양도한 경우의 보유기간 계산에 관하여는 제154조제5항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

소득세법 제95조【양도소득금액과 장기보유 특별공제액】

④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다.

조세특례제한법 제99조의4【농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례】

 ① 거주자 및 그 배우자가 구성하는 대통령령으로 정하는 1세대(이하 이 조에서 ⁠“1세대”라 한다)가 2003년 8월 1일(고향주택은 2009년 1월 1일)부터 2025년 12월 31일까지의 기간(이하 이 조에서 ⁠“농어촌주택등취득기간”이라 한다) 중에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 1채의 주택(이하 이 조에서 ⁠“농어촌주택등”이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)하여 3년 이상 보유하고 그 농어촌주택등 취득 전에 보유하던 다른 주택(이하 이 조에서 ⁠“일반주택”이라 한다)을 양도하는 경우에는 그 농어촌주택 등을 해당 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아 「소득세법」 제89조제1항제3호를 적용한다.

 1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택(이 조에서 ⁠“농어촌주택”이라 한다)

  가. 취득 당시 「지방자치분권 및 지역균형발전에 관한 특별법」 제2조제13호에 따른 기회발전특구(같은 법 제2조제12호에 따른 인구감소지역, 「접경지역 지원 특별법」 제2조제1호에 따른 접경지역이 아닌 수도권과밀억제권역 안의 기회발전특구는 제외한다. 이하 이 조 및 제5장의11에서 ⁠“기회발전특구”라 한다)에 소재하거나 다음의 어느 하나에 해당하는 지역을 제외한 지역으로서 「지방자치법」 제3조제3항 및 제4항에 따른 읍·면 또는 인구 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 동에 소재할 것

  나. 주택 및 이에 딸린 토지의 가액(「소득세법」 제99조에 따른 기준시가를 말한다)의 합계액이 해당 주택의 취득 당시 3억원(대통령령으로 정하는 한옥은 4억원)을 초과하지 아니할 것

출처 : 국세청 2024. 06. 27. 기획재정부 조세정책과-1225 | 국세법령정보시스템