공익사업 대토보상 후 현금보상 전환 시 양도소득세 감면 적용

요지

공익사업 시행에 따라 소유 토지를 공익사업 시행자에게 양도하고 대토보상 및 양도소득세 과세이연을 신청한 후 현금보상으로 전환 시「조세특례제한법」제77조에 따른 감면을 적용받을 수 있는 것임

회신

거주자가「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 공익사업의 시행으로 해당 사업지역에 대한 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지를 사업시행자에게 양도하고 양도대금을 같은 법 제63조제1항 각 호 외의 부분 단서에 따라 해당 공익사업의 시행으로 조성한 토지로 보상(이하 ⁠“대토보상”이라 한다)받는 분에 대하여「조세특례제한법(2010.1.1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것)」제77조의2에 따른 과세이연을 신청하였으나, 대토보상 받기로 한 보상금을 현금으로 전환한 경우에는 같은 법 제77조에 따른 세액감면을 적용한 세액을 양도소득세로 납부하는 것임

1. 사실관계

 ○ 2009.2.25. ⁠“☆☆☆”(이하 “자문대상자”라 함)는 ⁠“경기 ○○ ●● ◎◎ 000-0, 000-00 소재 토지”(이하 “쟁점토지”라 함)를 한국토지주택공사에 수용을 원인으로 양도하고 대토보상 신청

  - 2010.5.31. 자문대상자는 양도소득세 신고 시「조세특례제한법」제77조의2에 따른 과세이연을 신청함

 ○ 2013.6.27. 자문대상자는 대토에 대한 공급계약이 체결되지 아니한 상태에서 대토보상을 현금보상으로 전환하고 양도소득세 수정신고를 함

 ○ 2016.3.15. 자문대상자는 수정신고 시「조세특례제한법」제77조에 따른 감면을 적용받지 않았음을 이유로 49백만원을 환급하여 달라는 내용의 경정청구를 함

2. 질의내용

 ○ 공익사업 시행에 따라 소유 토지를 공익사업 시행자에게 양도하고 대토보상 및 양도소득세 과세이연을 신청한 후 현금보상으로 전환 시「조세특례제한법」제77조에 따른 감면 적용 여부

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제77조【공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면】(2010.1.1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것, 이하 같음)

 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득으로서 당해 토지등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년이전에 취득한 토지등을 2009년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 20(토지등의 양도대금을 대통령령이 정하는 채권으로 지급받는 분에 대하여는 100분의 25로 하되, 대통령령으로 정하는 방법에 따라 해당 채권을 만기까지 보유하기로 특약을 체결하는 경우에는 100분의 30)에 상당하는 세액을 감면한다.

  1. 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률이 적용되는 공익사업에 필요한 토지등을 당해 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

  2.～3. ⁠(생략)

 ②～④ ⁠(생략)

 ⑤ 제1항제1호 또는 제2호의 규정에 의하여 세액을 감면받고자 하는 경우에는 당해 공익사업 또는 정비사업의 시행자가 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

 ⑥～⑧ ⁠(생략)

○ 조세특례제한법 제77조의2【대토보상에 대한 양도소득세 과세특례】

 ① 거주자가「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 공익사업의 시행으로 해당 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등을 2009년 12월 31일 이전에 해당 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 양도차익으로서 토지등의 양도대금을 같은 법 제63조제1항 각 호 외의 부분 단서에 따라 해당 공익사업의 시행으로 조성한 토지로 보상(이하 이 조에서 ⁠“대토보상”이라 한다)받는 분에 대하여는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도소득세의 과세를 이연받을 수 있다.

 ② 제1항은 해당 공익사업의 시행자가 대통령령으로 정하는 방법에 따라 대토보상 내역을 국세청에 통보하는 경우에만 적용한다.

 ③ 제1항에 따라 양도소득세를 과세이연받은 거주자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 과세이연받은 세액 및 이자상당가산액을 양도소득세로 납부하여야 한다.

  1. 대토보상받기로 한 보상금을 현금으로 받는 경우 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생하는 경우

  2. 대토보상으로 취득하는 토지에 관한 소유권이전등기의 등기원인이 대토보상으로 기재되지 아니하는 경우

 ④ 제1항에 따른 과세이연을 받고자 하는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청하여야 한다.

 ⑤ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용하는 경우 대토보상의 요건 및 방법, 과세이연받은 세액의 납부사유 및 방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제73조【대토보상에 대한 양도소득세 과세특례】(2010.1.7. 대통령령 제21984호로 개정되기 전의 것)

 ① 거주자가 법 제77조의2 제1항에 따라 토지등을 사업시행자에게 양도하고 토지등의 양도대금의 전부 또는 일부를 해당 공익사업의 시행으로 조성한 토지(이하 이 조에서 ⁠“대토”라 한다)로 보상받은 경우에는 해당 토지등을 양도하여 발생하는 양도차익 중 다음 산식에 따라 계산한 금액(이하 ⁠“과세이연금액”이라 한다)에 대하여는 양도소득세를 과세하지 아니하되, 해당 대토를 양도할 때에 대토의 취득가액에서 과세이연금액을 뺀 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한다. 이 경우「소득세법」제95조 제2항에 따른 장기보유특별공제액을 계산할 때 보유기간은 대토의 취득 시부터 양도 시까지로 본다.

 ②～③ ⁠(생략)

 ④ 법 제77조의 2 제1항에 따라 양도소득세 과세이연을 적용받은 거주자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 과세이연금액에 상당하는 세액과 이자상당가산액을 양도소득세로 납부하여야 한다. 이 경우 이자상당가산액에 관하여는 제37조 제15항을 준용한다.

  1. ⁠「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」제63조 제3항에 따른 전매금지를 위반함에 따라 대토보상이 현금보상으로 전환된 경우

  2. 해당 대토에 대한 소유권 이전등기를 완료한 후 3년 이내에 해당 대토를 양도하는 경우. 다만, 대토를 취득한 후 3년 이내에「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우에는 그러하지 아니하다.

 ⑤ 법 제77조의2 제1항에 따라 양도소득세 과세이연을 적용받은 거주자(제3호의 상속의 경우에는 해당 거주자의 상속인을 말한다)는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 과세이연금액에 상당하는 세액(과세이연금액에「소득세법」제104조에 따른 세율을 곱하여 계산한 세액을 말한다)을 양도소득세로 납부하여야 한다.

  1. 해당 대토에 관한 소유권 이전등기의 등기원인이 대토보상으로 기재되지 아니한 경우

  2. 제4항 제1호 외의 사유로 현금보상으로 전환된 경우

  3. 해당 대토를 증여하거나 그 상속이 이루어지는 경우

 ⑥ 법 제77조의2 제4항에 따라 과세이연을 신청하려는 자는 해당 토지등을 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 과세이연신청서에 대토보상 신청서 및 대토보상 계약서 사본을 첨부하여 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

 ⑦ ⁠(생략)

○ 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제19조【토지등의 수용 또는 사용】

 ① 사업시행자는 공익사업의 수행을 위하여 필요하면 이 법에서 정하는 바에 따라 토지등을 수용하거나 사용할 수 있다.

 ② 공익사업에 수용되거나 사용되고 있는 토지등은 특별히 필요한 경우가 아니면 다른 공익사업을 위하여 수용하거나 사용할 수 없다.

○ 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제63조【현금보상 등】

 ① 손실보상은 다른 법률에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 현금으로 지급하여야 한다. 다만, 토지소유자가 원하는 경우로서 사업시행자가 해당 공익사업의 합리적인 토지이용계획과 사업계획 등을 고려하여 토지로 보상이 가능한 경우에는 토지소유자가 받을 보상금 중 본문에 따른 현금 또는 제7항 및 제8항에 따른 채권으로 보상받는 금액을 제외한 부분에 대하여 다음 각 호에서 정하는 기준과 절차에 따라 그 공익사업의 시행으로 조성한 토지로 보상할 수 있다.

  1. 토지로 보상받을 수 있는 자:「건축법」제57조제1항에 따른 대지의 분할 제한 면적 이상의 토지를 사업시행자에게 양도한 자가 된다. 이 경우 대상자가 경합할 때에는 제7항제2호에 따른 부재부동산 소유자가 아닌 자로서 제7항에 따라 채권으로 보상을 받는 자에게 우선하여 토지로 보상하며, 그 밖의 우선순위 및 대상자 결정방법 등은 사업시행자가 정하여 공고한다.

  2. 보상하는 토지가격의 산정 기준금액: 다른 법률에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 일반 분양가격으로 한다.

  3. 보상기준 등의 공고: 제15조에 따라 보상계획을 공고할 때에 토지로 보상하는 기준을 포함하여 공고하거나 토지로 보상하는 기준을 따로 일간신문에 공고할 것이라는 내용을 포함하여 공고한다.

 ② ⁠(생략)

 ③ 제1항 단서에 따라 토지로 보상받기로 결정된 권리는 그 보상계약의 체결일부터 소유권이전등기를 마칠 때까지 전매(매매, 증여, 그 밖에 권리의 변동을 수반하는 모든 행위를 포함하되, 상속 및「부동산투자회사법」에 따른 개발전문 부동산투자회사에 현물출자를 하는 경우는 제외한다)할 수 없으며, 이를 위반할 때에는 사업시행자는 토지로 보상하기로 한 보상금을 현금으로 보상할 수 있다. 이 경우 현금보상액에 대한 이자율은 제9항제1호가목에 따른 이자율의 2분의 1로 한다.

 ④ 제1항 단서에 따라 토지소유자가 토지로 보상받기로 한 경우 그 보상계약 체결일부터 1년이 지나면 이를 현금으로 전환하여 보상하여 줄 것을 요청할 수 있다. 이 경우 현금보상액에 대한 이자율은 제9항제2호가목에 따른 이자율로 한다.

 ⑤～⑧ ⁠(생략)

 ⑨ 제7항 및 제8항에 따라 채권으로 지급하는 경우 채권의 상환 기한은 5년을 넘지 아니하는 범위에서 정하여야 하며, 그 이자율은 다음 각 호와 같다.

  1. ⁠(생략)

  2. 부재부동산 소유자가 아닌 자가 원하여 채권으로 지급하는 경우

   가. 상환기한이 3년 이하인 채권: 3년 만기 국고채 금리(채권발행일 전달의 국고채 평균 유통금리로 한다)로 하되, 제1호가목에 따른 3년 만기 정기예금 이자율이 3년 만기 국고채 금리보다 높은 경우에는 3년 만기 정기예금 이자율을 적용한다.

   나. ⁠(생략)

○ 부동산거래관리과-423, 2012.8.10.

   귀 질의의 경우 기존해석사례(부동산거래관리과-63, 2012.1.31)를 참고하시기 바람

○ 부동산거래관리과-63, 2012.1.31.

  「조세특례제한법」(2010.1.1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것. 이하 같음) 제77조의2 제1항에 따라 대토보상에 대한 양도소득세 과세이연을 적용받은 거주자가「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 시행규칙」제15조의3에 따라 대토보상을 현금보상으로 전환한 때에는 과세이연금액에 상당하는 세액(과세이연금액에「소득세법」제104조에 따른 세율을 곱하여 계산한 세액을 말함)을 현금을 받은 달의 말일부터 2개월 이내에 납부하여야 하는 것임. 이 경우 ⁠「조세특례제한법」제77조(공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면)의 감면 규정은 적용되지 아니합니다.

○ 부동산거래관리과-69, 2012.2.1.(법규과-76, 2012.1.26.)

  거주자가「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 공익사업시행으로 토지 등을 해당 공익사업의 시행자에게 양도하고「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 시행규칙」제15조의3에 따라 대토로 보상받기로 한 보상금을 현금으로 받은 경우 대토로 과세이연 받아 납부하여야 할 양도소득세는「조세특례제한법」제69조와 같은 법 제77조의 감면규정이 적용되지 아니함

○ 조심2014중4488, 2015.2.13.

  청구인이 OOO와 작성한 ⁠“대토보상신청토지 협의취득용 매매계약서”에 의하면 OOO는 대토보상약정을 하면서 청구인에게 대토로 공급할 토지의 필지를 특정하지는 아니하였던 것으로 나타난다.

  청구인은 2013.1.15. 쟁점토지에 대한 대토보상을 철회하고 현금보상을 신청하여 보상금을 수령하였는바, 청구인은 현금보상으로 변경한 이유로 청구인이 대토보상신청에 따라 확정적으로 토지를 취득하기 위해서는 조합결성 등을 통하여 청구인과 같은 대토보상신청자들이 여럿이 모여 그 보상금액이 일정 수준 이상의 금액이 되어야 하나 조건이 충족하기가 어려워 어쩔 수 없이 대토보상을 철회한 것이라고 설명하고 있다.

  이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

  공익사업용 토지를 공익사업의 시행자에게 양도함에 따라 발생하는 양도소득과 관련하여「조세특례제한법」제77조 제1항은 양도소득세의 감면을, 같은 법 제77조의2 제1항은 대토보상을 받은 부분에 대하여 양도소득세 과세이연을 각각 규정하고 있어 공익사업을 위한 토지의 양도라는 동일한 과세대상에 대하여 그 양도대금의 지급방법에 따라 감면 등을 달리 적용하고 있는바,

  공익사업의 시행에 따라 수용된 토지에 대하여 대토보상을 받기로 하고「조세특례제한법」제77조의2 제1항에 따른 과세이연을 신청하였으나 대토에 대한 공급계약이 체결되지 아니하여 실질적으로 대토보상을 받았다고 볼 수 없는 상황에서 사정변경으로 대토보상을 현금보상으로 전환하여 양도소득세를 신고・납부하는 경우 납세의무자로서는 같은 항에 따른 과세이연의 혜택을 포기하고「조세특례제한법」제77조 제1항에 따른 양도소득세 감면의 혜택을 선택할 수 있다고 할 것이다.

  이 건의 경우, 청구인은 쟁점토지에 대하여 대토보상을 신청하고 양도소득세 신고를 하면서「조세특례제한법」제77조의2제1항에 따른 과세이연을 신청하였으나 대토보상 신청에 따른 토지를 확정적으로 취득하지 못한 상태에서 대토보상을 철회하고 현금보상을 신청하여 보상금을 수령하였는바, 청구인은 쟁점토지의 양도와 관련하여 실제로 대토보상을 받았다고 볼 수 없고 현금보상 전환 당시에 현금보상만 받은 것으로 볼 수 있으므로, 비록 청구인이 대토보상을 신청하고 양도소득세 신고를 하면서 과세이연을 신청한 바 있다 하더라도 대토보상 신청을 철회하고 현금보상을 받은 다음「조세특례제한법」제77조의2 제1항에 따른 과세이연금액에 상당하는 양도소득세액을 신고・납부하는 경우에는「조세특례제한법」제77조제1항에 따른 양도소득세 감면을 적용받을 수 있다고 할 것이며, 이러한 경우는 이미「조세특례제한법」제77조의2 제1항에 따른 과세이연의 효과가 사라지는 것이므로「조세특례제한법」제77조 제1항에 따른 양도소득세 감면과 같은 법 제77조의2 제1항에 따른 과세특례가 중복 적용되는 것은 아니라고 하겠다.

○ 조심2014중1326, 2014.5.23.

  공익사업용 토지를 공익사업 시행자에게 양도함에 따라 발생하는 양도소득과 관련하여 조특법 제77조 제1항은 양도소득세의 감면을, 같은 법 제77조의2 제1항은 이 중 대토보상을 받은 부분과 관련하여 양도소득세 과세이연을 각각 규정하고 있어 공익사업을 위한 토지의 양도라는 동일한 과세대상에 대하여 그 양도대금의 지급방법에 따라 감면 등을 달리 적용하고 있는데,

  청구인은 당초 대토보상을 받기로 하였으나, 사업시행자 측의 사정에 따라 이를 받지 못하게 됨에 따라 금전보상을 받게 되었고, 그에 따라서 과세이연받은 세액 및 이자 상당 가산액을 양도소득세로 납부하게 된 것인바, 이미 조특법 제77조의2에 따른 과세이연의 효과는 사라지고, 사실상 현금보상만을 받은 것과 동일하게 되었으므로, 조특법 제77조에 의한 양도소득세 감면을 적용하지 아니할 이유가 없다고 할 것임

○ 조심2013서3111, 2014.1.15.

  청구인의 경우에는 쟁점토지를 양도하고 그 대가를 OOO가 조성한 대토로 보상받기로 하였을 뿐 쟁점토지 양도당시에는 대토 예정지의 위치나 면적이 구체적으로 획정되지 않았을 뿐 아니라 그에 대한 공급계약도 체결되지 아니하였다. 따라서, 청구인은 쟁점토지 수용당시에는 대토보상을 신청하였을 뿐, 쟁점금액과 관련하여 실제로 대토보상을 받았다고 볼 수 없고, 현금보상 전환당시에 현금보상만 받은 것으로 볼 수 있으므로 청구인이 쟁점토지 수용일로부터 3년이 경과한 시점에 대토보상의 일부를 현금보상으로 전환하였다 하더라도「조특법」제77조에 의한 감면과 제77조의2에 의한 과세특례를 중복적으로 받은 것으로 볼 수 없음

출처 : 국세청 2016. 06. 29. 기준-2016-법령해석재산-0050[법령해석과-2113] | 국세법령정보시스템