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사업시행자가 지방자치단체에 학교부지 대체 조성공사 용역을 공급하고 그 대가는 지방자치단체로부터 취득할 용지매매대금에서 차감하는 경우, 해당 공사용역은 부가가치세가 과세되는 것으로 지방자치단체에 세금계산서를 발급하는 것이며 해당 공사와 관련하여 하도급업체로부터 발급받은 매입세액은 공제받을 수 있음
사업시행자가 지방자치단체에 학교부지 대체 조성공사 용역을 공급하고 그 대가는 지방자치단체로부터 취득할 용지매매대금에서 차감하는 경우, 해당 공사용역은「부가가치세법」제11조에 따라 부가가치세가 과세되는 것으로 지방자치단체에 세금계산서를 발급하는 것이며 해당 공사와 관련하여 하도급업체로부터 발급받은 매입세액은 자기의 매출세액에서 공제받을 수 있는 것입니다.
1. 사실관계
○ 당사는 지방자치단체가 시행하는 도시개발사업으로 조성되는 재정비촉진지구 내 도시개발1구역의 부동산(이하 ‘본 사업부지’) 지상에 의료시설 및 주상복합건물을 건축 및 분양(이하 ‘본건 사업’)목적으로 설립된 특수목적법인(PFV)임
- 또한 당사는 2011.8.10. 설립된 ‘갑’개발㈜(부동산개발 및 임대업)가 2014.12.30. 설립한 법인세법 제51조의2(유동화전문회사 등에 대한 소득공제) 제1항 9호에 해당하는 프로젝트금융회사임
○ 지방자치단체는 2012.3.28. '갑'개발㈜와 기본협약(도시개발1구역 복합개발사업 사업협약서)을 체결하였고 이에 따라 ‘갑’개발㈜를 도시개발1구역 복합개발시행자로 지정하였음
- 지방자치단체와 복합개발시행자는 2012.3.28. 기본협약 체결 및 2013.3.21. 기본협약의 변경협약을 2014.3.19. 재 변경협약을 체결함
- ‘갑’개발㈜는 사업협약서에 따른 복합개발시행자의 지위를 포함하여 본건 사업과 관련한 일체의 사업권을 당사에게 양도하는 양수도계약을 2015.4.1. 체결함
- 지방자치단체과 당사는 본건 사업과 관련하여 본 사업부지를 매매목적물로 하여 2015.4.21. 용지매매계약서를 체결함
○ 도시개발1구역 복합개발사업 사업협약서
- 제2조(용어의 정의) 17. 학교시설 이전사업이라 함은 지방자치단체 또는 복합개발시행자가 학교시설사업촉진법 등에 따라 본 사업부지 내 초등학교시설을 대체하는 학교시설을 재정비촉진지구 내에 설치하는 사업임
- 제6조(사업의 구조) 제3항 복합개발시행자가 지방자치단체에 학교시설 이전사업의 사업비(본 협약에서 정하는 제반 사업비용 포함)를 지급하거나 자신의 명의로 지출한 경우 위 사업비에 상응하는 금액은 지방자치단체에 지급 또는 자신의 명의로 지출한 시점을 기준으로 매매목적토지의 매매대금의 일부인 선수금으로 지급한 것으로 봄
○ 용지매매계약서
- 제3조(매매대금에 포함될 제반 사업비용) 제1항 당사 또는 당사의 출자자가 도시개발사업의 추진과 관련하여 지출한 제반비용 중 지방자치단체의 요청에 따라 지출한 비용 또는 당사가 지출한 사업비로 지방자치단체가 인정한 비용(이하 ‘선 집행비용’)은 잔금 지급시 당사가 잔금으로 지급한 것으로 보며, 이에 따라 당사는 잔금 지급시 제1조 제2항에 규정한 잔금에서 선 집행비용을 차감한 후 나머지 금액을 지급함으로써 잔금의 지급을 완료한 것으로 봄
2. 질의내용
○ 당사가 지방자치단체를 대리하여 ‘본 사업부지’내에 있는 초등학교시설을 다른 부지로 이전하기 위한 초등학교부지 조성공사(철거 및 잔재처리 공사)에 대하여 하청업체와 공사진행도에 따라 공사대금을 지급하는 조건의 철거공사계약을 체결하고 공사대금 지급분에 대한 매입세금계산서를 수취한 경우 매입세액공제 여부
3. 관련법령
○ 부가가치세법 제4조 【과세대상】
부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다.
1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급
2. 재화의 수입
○ 부가가치세법 제11조 【용역의 공급】
① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.
1. 역무를 제공하는 것
2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것
② 제1항에 따른 용역의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
○ 부가가치세법 제38조 【공제하는 매입세액】
① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.
1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)
2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액
② 제1항제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.
③ 제1항제2호에 따른 매입세액은 재화의 수입시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.
○ 부가가치세법 제39조 【공제하지 아니하는 매입세액】
① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
4. 사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액
7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액
○ 서삼46015-11888, 2002.11.07
사업자가 토지조성용역을 제공하는 경우, 이에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하는 것이며, 이 경우 용역제공 대가의 일부를 조성된 토지로 지급받더라도 동일한 것임.
○ 부가22601-227, 1996.02.03
온천관광지개발 사업자가 개발대상의 토지를 그 소유자와 신탁약정에 의해 온천관광부지로 조성, 개발하는 용역을 제공하고 그 대가로 용역제공완료 후 개발된 토지를 받는 경우에는 부가가치세법 제7조 제1항 규정에 의해 부가가치세가 과세되는 것이며, 이와 관련된 매입세액은 자기의 매출세액에서 공제받을 수 있는 것임.
출처 : 국세청 2016. 04. 27. 서면-2016-부가-3632[부가가치세과-0671] | 국세법령정보시스템
