법인전환 이월과세 적용 후 합병 시 이월과세 추징 여부

요지

법인으로 전환하여 이월과세를 적용받은 법인이 추징배제 사유에 개정되기 전 적격합병(피합병)된 경우에는 이월과세액을 추징함

회신

｢조세특례제한법｣ 제32조의 규정에 따라 2008.6.3. 법인전환한 내국법인의 사업용고정자산에 대하여 이월과세를 적용받는 법인이 2012.1.9. 합병으로 해산한 경우에는 같은 조 제5항(2011.12.31. 법률 제11133호로 개정된 것) 및 같은 법 시행령 제29조 제6항(2013.2.15. 대통령령 제24368호로 개정되기 전의 것)에 따라 거주자가 이월과세액 중 해당 법인이 미납부한 금액을 납부하여야 하는 것입니다.

1. 사실관계

 ○개인사업에 사용하던 토지 및 건물(이하 ⁠“사업용고정자산”이라 함)을 ’08.6.3. ◇◇◇(주)(이하 ⁠“전환법인”이라 함)에 현물출자하여, 조특법 제32조에 따른 이월과세를 적용받은 후

 - 양도자는 ’11.8.17. 현물출자로 인하여 교부받은 전환법인의 주식 전부를 ☆☆☆(주)에 매도함

   * 주식 처분에 대한 사후관리 규정 개정(2013.1.1. 법률 제11614호로 개정) 전의 양도

 - 전환법인은 아래와 같이 ☆☆☆(주)에 피합병되어 폐업하고, 사업용고정자산은 합병법인 명의로 소유권이전등기됨(등기원인일 ’12.1.3., 등기접수일 ’12.1.31.)

2. 질의내용

(질의1) 전환법인이 2012.1.1. 이후 2013.1.1. 이전에 피합병되어 폐업하는 경우 이월과세액을 추징하는지 여부

(질의2) 추징하는 경우 피합병법인의 사업이 폐지되는 날(합병등기일 vs 합병기일)

(질의3) 추징하는 경우 납세의무자(거주자 vs 전환법인)

3. 관련법령

 ○조세특례제한법 제2조 【정의】

 6. "이월과세(移越課稅)"란 개인이 해당 사업에 사용되는 사업용고정자산 등(이하 이 호에서 "종전사업용고정자산등"이라 한다)을 현물출자(現物出資) 등을 통하여 법인에 양도하는 경우 이를 양도하는 개인에 대해서는 「소득세법」 제94조에 따른 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니하고, 그 대신 이를 양수한 법인이 그 사업용고정자산 등을 양도하는 경우 개인이 종전사업용고정자산등을 그 법인에 양도한 날이 속하는 과세기간에 다른 양도자산이 없다고 보아 계산한 같은 법 제104조에 따른 양도소득 산출세액 상당액을 법인세로 납부하는 것을 말한다.

 ○조세특례제한법 제32조 【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】(2010.1.1. 법률 제9921호로 개정된 것) ⇨ 사후관리 규정 없음

 ① 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도ㆍ양수의 방법에 따라 2012년 12월 31일까지 법인(대통령령으로 정하는 소비성서비스업을 경영하는 법인은 제외한다)으로 전환하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다. ⁠(2010. 1. 1. 개정)

 ② 제1항은 새로 설립되는 법인의 자본금이 대통령령으로 정하는 금액 이상인 경우에만 적용한다. ⁠(2010. 1. 1. 개정)

 ③ 제1항을 적용받으려는 거주자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 이월과세 적용신청을 하여야 한다. ⁠(2010. 1. 1. 개정)

 ④ 제1항에 따라 설립되는 법인에 대해서는 제31조 제4항부터 제6항까지의 규정을 준용한다. ⁠(2010. 1. 1. 개정)

 ○조세특례제한법 제32조 【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】(2011.12.31. 법률 제11133호로 개정된 것) ⇨ 사후관리 규정 신설

 ⑤ 제1항에 따라 설립되는 법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 양도소득세 산출세액을 해당 거주자로부터 징수한다. ⁠(2011. 12. 31. 신설)

  1. 해당 법인이 법인전환 후 5년 이내에 사업을 폐지하는 경우 ⁠(2011. 12. 31. 신설)

  2. 해당 법인이 법인전환 후 5년 이내에 법인전환 당시 자본금의 100분의 50 이상을 유상감자 하는 경우 ⁠(2011. 12. 31. 신설)

 ○조세특례제한법 부칙 ⁠(2011.12.31. 법률 제11133호)

  제1조(시행일) 이 법은 2012년 1월 1일부터 시행한다. 단서생략

  제12조(법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세에 관한 적용례) 제32조제5항의 개정규정은 2012년 1월 1일 이후 사업을 폐지하거나 유상감자하는 분부터 적용한다.

 ○조세특례제한법 제32조 【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】(2013.1.1. 법률 제11614호로 개정된 것) ⇨ 사후관리 규정 개정

 ⑤ 제1항에 따라 설립된 법인의 설립일부터 5년 이내에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 제1항을 적용받은 거주자가 사유발생일이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 제1항에 따른 이월과세액(해당 법인이 이미 납부한 세액을 제외한 금액을 말한다)을 양도소득세로 납부하여야 한다. 이 경우 사업 폐지의 판단기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. ⁠(2013. 1. 1. 개정)

  1. 제1항에 따라 설립된 법인이 제1항을 적용받은 거주자로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우 ⁠(2013. 1. 1. 개정)

  2. 제1항을 적용받은 거주자가 법인전환으로 취득한 주식 또는 출자지분의 100분의 50 이상을 처분하는 경우 ⁠(2013. 1. 1. 개정)

 ○조세특례제한법 부칙 ⁠(2013.1.1. 법률 제11614호)

  제1조(시행일) 이 법은 2013년 1월 1일부터 시행한다.

  제11조(중소기업 간의 통합 및 법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세에 관한 적용례) 제31조제7항 및 제32조제5항의 개정규정은 2013년 1월 1일 이후 승계받은 사업을 폐지하거나 취득한 주식 또는 출자지분을 처분하는 분부터 적용한다.

 ○조세특례제한법 시행령 제29조 【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】 ⁠(2013.2.15. 대통령령 제24368호로 개정되기 전의 것)

 ⑥ 법 제32조제5항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 양도소득세 산출세액"이란 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 말한다.

  1. 법 제32조제5항제1호의 경우: 이월과세액 중 해당 법인이 미납부한 금액

  2. 법 제32조제5항제2호의 경우: 해당 법인의 유상감자액이 법인전환 당시 자본금에서 차지하는 비율을 이월과세액 중 해당 법인이 미납부한 금액에 곱한 금액

 ○조세특례제한법 시행령 제29조 【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】 ⁠(2013.2.15. 대통령령 제24368호로 개정된 것)

 ⑥ 법 제32조제1항에 따라 설립되는 법인(이하 이 조에서 "전환법인"이라 한다)이 같은 조 제1항에 따른 현물출자 또는 사업 양도·양수의 방법으로 취득한 사업용고정자산의 2분의 1이상을 처분하거나 사업에 사용하지 않는 경우 법 제32조제5항제1호에 따른 사업의 폐지로 본다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니한다. 정 2013.2.15>

  1. 전환법인이 파산하여 승계받은 자산을 처분한 경우

  2. 전환법인이 「법인세법」 제44조제2항에 따른 합병, 같은 법 제46조제2항에 따른 분할, 같은 법 제47조제1항에 따른 물적분할, 같은 법 제47조의2제1항에 따른 현물출자의 방법으로 자산을 처분한 경우

  3. 전환법인이 법 제37조에 따른 자산의 포괄적 양도에 따라 자산을 장부가액으로 양도한 경우

  4. 전환법인이 ⁠「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 승계받은 자산을 처분한 경우

 ○조세특례제한법 시행령 부칙 ⁠(2013.2.15. 대통령령 제24368호)

  제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제100조의15, 제100조의16 및 제100조의27의 개정규정은 2014년 1월 1일부터 시행하고, 제100조의2제4항, 제100조의3제1항, 제100조의6제1항 및 같은 조 제2항제1호ㆍ제4호의 개정규정은 2015년 1월 1일부터 시행한다.

 ○ 법인세법 제6조 【사업연도】

 ① 사업연도는 법령이나 법인의 정관(定款) 등에서 정하는 1회계기간으로 한다. 다만, 그 기간은 1년을 초과하지 못한다.

 ○ 법인세법 제8조 【사업연도의의제】

 ① 내국법인이 사업연도 중에 해산(합병ㆍ분할 또는 분할합병에 따른 해산은 제외한다)한 경우에는 그 사업연도 개시일부터 해산등기일(파산으로 인하여 해산한 경우에는 파산등기일을 말하며, 법인으로 보는 단체의 경우에는 해산일을 말한다. 이하 같다)까지의 기간과 해산등기일 다음 날부터 그 사업연도 종료일까지의 기간을 각각 1사업연도로 보며, 청산 중에 있는 내국법인의 잔여재산의 가액이 사업연도 중에 확정된 경우에는 그 사업연도 개시일부터 잔여재산의 가액이 확정된 날까지의 기간을 1사업연도로 본다.

 ② 내국법인이 사업연도 중에 합병이나 분할(분할합병을 포함한다. 이하 같다)에 따라 해산한 경우에는 그 사업연도 개시일부터 합병등기일 또는 분할등기일까지의 기간을 그 해산한 법인의 1사업연도로 본다.

 ○ 법인세법 제44조 【합병 시 피합병법인에 대한 과세】

 ① 피합병법인이 합병으로 해산하는 경우에는 그 법인의 자산을 합병법인에 양도한 것으로 본다. 이 경우 그 양도에 따라 발생하는 양도손익(제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 금액을 말한다. 이하 이 조 및 제44조의3에서 같다)은 피합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입한다.

  (이하 생략)

 ○ 법인세법 제44조의2 【비적격 합병 시 합병법인에 대한 과세】

 ① 합병법인이 합병으로 피합병법인의 자산을 승계한 경우에는 그 자산을 피합병법인으로부터 합병등기일 현재의 시가(제52조제2항에 따른 시가를 말한다. 이하 이 관에서 같다)로 양도받은 것으로 본다. ⁠(이하 생략)

 ○ 법인세법 제44조의3 【적격 합병 시 합병법인에 대한 과세특례】

 ① 제44조제2항 또는 제3항에 따라 양도손익이 없는 것으로 한 경우 합병법인은 제44조의2에도 불구하고 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 것으로 한다. 이 경우 장부가액과 제44조의2제1항에 따른 시가와의 차액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 자산별로 계상하여야 한다.

 ○ 부가가치세법 제8조 【사업자등록】

 ⑥ 제5항에 따라 등록한 사업자는 휴업 또는 폐업을 하거나 등록사항이 변경되면 대통령령으로 정하는 바에 따라 지체 없이 사업장 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 제1항 단서에 따라 등록을 신청한 자가 사실상 사업을 시작하지 아니하게 되는 경우에도 또한 같다.

 ⑦ 사업장 관할 세무서장은 제5항에 따라 등록된 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 지체 없이 사업자등록을 말소하여야 한다.

  1. 폐업한 경우

  2. 제1항 단서에 따라 등록신청을 하고 사실상 사업을 시작하지 아니하게 되는 경우

 ○ 부가가치세법 시행령 제13조 【휴업폐업의 신고】

 ④ 법인이 합병할 때에는 합병 후 존속하는 법인(신설합병의 경우에는 합병으로 설립된 법인) 또는 합병 후 소멸하는 법인(이 항에서 "소멸법인"이라 한다)이 다음 각 호의 사항을 적은 법인합병신고서에 사업자등록증을 첨부하여 소멸법인의 폐업 사실을 소멸법인의 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

  1. 합병 후 존속하는 법인 또는 합병으로 설립된 법인의 인적사항

  2. 소멸법인의 인적사항

  3. 합병연월일

  4. 그 밖의 참고 사항

 ○ 상법 제235조 【합병의 효과】

합병후 존속한 회사 또는 합병으로 인하여 설립된 회사는 합병으로 인하여 소멸된 회사의 권리의무를 승계한다.

출처 : 국세청 2016. 10. 14. 기준-2016-법령해석재산-0147[법령해석과-3275] | 국세법령정보시스템