자회사 합병 시 중소기업 유예기간 적용 가능 여부

요지

질의법인의 자회사간 합병으로 자회사에 대한 지분율이 변동되어 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제2조제1항제3호의 실질적인 독립성이 ｢중소기업기본법 시행령｣ 제3조제1항제2호다목 요건을 충족하지 못하게 되는 경우 중소기업 유예기간 적용이 가능한 것임

답변내용

귀 사전답변 사실관계와 같이, 질의법인의 자회사간 합병으로 자회사에 대한 지분율이 변동되어 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제2조제1항제3호의 실질적인 독립성이 ｢중소기업기본법 시행령｣ 제3조제1항제2호다목 요건을 충족하지 못하게 되는 경우에는
｢조세특례제한법 시행령｣ 제2조제2항에 따라 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 해당 기간이 경과한 후에는 과세연도별로 같은 법 시행령 제2조 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정하는 것입니다.

1. 사실관계

 ○OOOO(주)(이하 ⁠‘A법인’)은 OO를 수입하여 가공 및 판매하는 사업을 주된 사업으로 영위하고 있는 법인으로

  -2017년말 현재 평균매출액이 1,000억원 이하로서 조특령§2① 각 호 요건을 모두 충족하여 중소기업에 해당함

 ○2018. 11.01.에 A법인의 두 자회사 B법인과 C법인간 합병이 이루어졌으며 합병 이후 C법인은 소멸됨

  -자회사간 합병 이후 조특령§2①(3)의 실질적 독립성이 중기령§3①(2)다에 적합(관계기업 매출액 기준의 요건을 미충족)하지 아니하게 되어 중소기업에 해당하지 않게 됨

    * 평균매출액이란 중기령§7조의4에 따라 관계기업들의 매출액을 합산한 것을 말함

 합병 전 지분 구조 >

>

(단위 : 백만원)

* 합병 전 A법인의 평균매출액이 1,000억원 이하로 중소기업에 해당함

 합병 후 지분 구조 >

본건 합병 후 A법인의 평균매출액>

(단위 : 백만원)

* 합병 후 A법인의 평균매출액이 1,000억원을 초과하여 중소기업에 해당하지 않음

2. 질의내용

○질의법인의 자회사간 합병으로 자회사에 대한 지분율이 변동되어 ｢중소기업기본법시행령｣ 제3조제1항제2호다목 요건을 충족하지 못하게 되는 경우

 질의1)｢조세특례제한법 시행령｣ 제2조제2항 본문에 따라 유예기간 규정을 적용 받을 수 있는지 여부

질의2)합병한 자회사 중 존속법인이 합병 전부터 중견기업인 경우 중소기업 유예기간 규정을 적용 받을 수 있는지 여부

3. 관련법령 및 관련사례

○ 조세특례제한법 시행령 제2조【중소기업의 범위】

 ①｢조세특례제한법｣(이하 "법"이라 한다) 제5조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.

  1.매출액이 업종별로 ｢중소기업기본법 시행령｣ 별표 1에 따른 규모 기준("평균매출액등"은 "매출액"으로 보며, 이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것

  2. 삭제

  3.실질적인 독립성이 ｢중소기업기본법 시행령｣ 제3조제1항제2호에 적합할 것. 이 경우 ｢중소기업기본법 시행령｣ 제3조제1항제2호 나목의 주식등의 간접소유 비율을 계산할 때 ｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외하며, ｢중소기업기본법 시행령｣ 제3조제1항제2호다목을 적용할 때 "평균매출액등이 별표 1의 기준에 맞지 아니하는 기업"은 "매출액이 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제2조제1항제1호에 따른 중소기업기준에 맞지 아니하는 기업"으로 본다.

  4.제29조제3항에 따른 소비성서비스업을 주된 사업으로 영위하지 아니할 것

 ②제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당되거나 같은 항 제1호 또는 제3호(｢중소기업기본법 시행령｣ 제3조제1항제2호다목의 규정으로 한정한다)의 요건을 갖추지 못하게 되어 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 해당 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 해당 사유가 발생한 날(제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업이 중소기업과 합병하는 경우에는 합병일로 한다)이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.

  1. ｢중소기업기본법｣의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우

  2. 유예기간중에 있는 기업과 합병하는 경우

  3.제1항제3호(｢중소기업기본법 시행령｣ 제3조제1항제2호다목의 규정은 제외한다)의 요건을 갖추지 못하게 되는 경우

  4.창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우

 ③제1항의 규정을 적용함에 있어서 2 이상의 서로 다른 사업을 영위하는 경우에는 사업별 사업수입금액이 큰 사업을 주된 사업으로 본다.

 ④제1항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제1호 및 제3호 후단에 따른 매출액, 자산총액, 발행주식의 간접소유비율의 계산과 ｢중소기업기본법 시행령｣ 제3조제1항제2호다목에 따른 관계기업에 속하는 기업인지의 판단에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.

 ⑤제1항을 적용할 때 기업이 ｢중소기업기본법 시행령｣ 제3조제1항제2호, 별표 1 및 별표 2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다.

○중소기업기본법 시행령 제3조【중소기업의 범위】

 ①｢중소기업기본법｣(이하 "법"이라 한다) 제2조제1항제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.

  1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 기업일 것

   가.해당 기업이 영위하는 주된 업종과 해당 기업의 평균매출액 또는 연간매출액(이하 "평균매출액등"이라 한다)이 별표 1의 기준에 맞을 것

   나. 자산총액이 5천억원 미만일 것

  2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업일 것

   가.｢독점규제 및 공정거래에 관한 법률｣ 제14조제1항에 따른 상호출자제한기업집단 또는 채무보증제한기업집단에 속하는 회사

   나.자산총액이 5천억원 이상인 법인(외국법인을 포함하되, 비영리법인 및 제3조의2제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다)이 주식등의 100분의 30 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 경우로서 최다출자자인 기업. 이 경우 최다출자자는 해당 기업의 주식등을 소유한 법인 또는 개인으로서 단독으로 또는 다음의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 해당 기업의 주식등을 가장 많이 소유한 자를 말하며, 주식등의 간접소유 비율에 관하여는 ｢국제조세조정에 관한 법률 시행령｣ 제2조제2항을 준용한다.

    1)주식등을 소유한 자가 법인인 경우 : 그 법인의 임원

    2)주식등을 소유한 자가 1)에 해당하지 아니하는 개인인 경우 : 그 개인의 친족

   다. 관계기업에 속하는 기업의 경우에는 제7조의4에 따라 산정한 평균매출액등이 별표 1의 기준에 맞지 아니하는 기업

○ 중소기업기본법 시행령 제3조의2【지배 또는 종속의 관계】

 ①관계기업에서 지배 또는 종속의 관계란 기업이 직전 사업연도 말일 현재 다른 국내기업을 다음 각 호의 어느 하나와 같이 지배하는 경우 그 기업(이하 "지배기업"이라 한다)과 그 다른 국내기업(이하 "종속기업"이라 한다)의 관계를 말한다. 다만, ｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣ 제9조제15항에 따른 주권상장법인으로서 ｢주식회사의 외부감사에 관한 법률｣ 제1조의2제2호 및 같은 법 시행령 제1조의3에 따라 연결재무제표를 작성하여야 하는 기업과 그 연결재무제표에 포함되는 국내기업은 지배기업과 종속기업의 관계로 본다.

  1.지배기업이 단독으로 또는 그 지배기업과의 관계가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우

   가.단독으로 또는 친족과 합산하여 지배기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 개인

   나.가목에 해당하는 개인의 친족

  2.지배기업이 그 지배기업과의 관계가 제1호에 해당하는 종속기업(이하 이 조에서 "자회사"라 한다)과 합산하거나 그 지배기업과의 관계가 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 자와 공동으로 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우

  3.자회사가 단독으로 또는 다른 자회사와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우

  4.지배기업과의 관계가 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 자가 자회사와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우

○중소기업기본법 시행령 제7조의4【관계기업의 평균매출액등의 산정】

①관계기업에 속하는 지배기업과 종속기업의 평균매출액등의 산정은 별표 2에 따른다. 이 경우 평균매출액등은 제7조에 따라 산정한 지배기업과 종속기업 각각의 평균매출액등을 말한다.

○중소기업기본법 시행령 별표1【주된 업종별 평균매출액등의 중소기업 규모 기준(제3조제1항제1호가목 관련)】

○중소기업기본법 시행령 별표2【관계기업의 평균매출액등의 산정기준(제7조의4제1항 관련)】

 1. 이 표에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

  가."형식적 지배"란 지배기업이 종속기업의 주식등을 100분의 50 미만으로 소유하고 있는 것을 말한다.

  나."실질적 지배"란 지배기업이 종속기업의 주식등을 100분의 50 이상으로 소유하고 있는 것을 말한다.

  다."직접 지배"란 지배기업이 자회사(지배기업의 종속기업을 말한다. 이하 이 표에서 같다) 또는 손자기업(자회사의 종속기업을 말하며, 지배기업의 종속기업으로 되는 경우를 포함한다. 이하 이 표에서 같다)의 주식등을 직접 소유하고 있는 것을 말한다.

  라."간접 지배"란 지배기업이 손자기업의 주주인 자회사의 주식등을 직접 소유하고 있는 것을 말한다.

 2.지배기업이 종속기업에 대하여 직접 지배하되 형식적 지배를 하는 경우에는 지배기업 또는 종속기업의 평균매출액등으로 보아야 할 평균매출액등(이하 "전체 평균매출액등"이라 한다)은 다음 각 목에 따라 계산한다.

  가.지배기업의 전체 평균매출액등은 그 지배기업의 평균매출액등에 지배기업의 종속기업에 대한 주식등의 소유비율과 종속기업의 평균매출액등을 곱하여 산출한 평균매출액등을 합산한다.

  나.종속기업의 전체 평균매출액등은 그 종속기업의 평균매출액등에 지배기업의 종속기업에 대한 주식등의 소유비율과 지배기업의 평균매출액등을 곱하여 산출한 평균매출액등을 합산한다.

 3.지배기업이 종속기업에 대하여 직접 지배하되 실질적 지배를 하는 경우에는 지배기업 또는 종속기업의 전체 평균매출액등은 다음 각 목에 따라 계산한다.

  가.지배기업의 전체 평균매출액등은 그 지배기업의 평균매출액등에 종속기업의 평균매출액등을 합산한다.

  나.종속기업의 전체 평균매출액등은 그 종속기업의 평균매출액등에 지배기업의 평균매출액등을 합산한다.

 4.지배기업이 손자기업에 대하여 간접 지배를 하는 경우에는 지배기업 또는 손자기업의 전체 평균매출액등은 다음 각 목에 따라 계산한다.

  가.지배기업의 전체 평균매출액등은 그 지배기업의 평균매출액등에 지배기업의 손자기업에 대한 주식등의 간접 소유비율과 손자기업의 평균매출액등을 곱하여 산출한 평균매출액등을 합산한다.

  나.손자기업의 전체 평균매출액등은 그 손자기업의 평균매출액등에 지배기업의 손자기업에 대한 주식등의 간접 소유비율과 지배기업의 평균매출액등을 곱하여 산출한 평균매출액등을 합산한다.

 5.제4호에서 지배기업의 손자기업에 대한 주식등의 간접 소유비율은 다음과 같다. 다만, 자회사가 둘 이상인 경우에는 각 자회사별로 계산한 소유비율을 합한 비율로 한다.

  가.지배기업이 자회사에 대하여 실질적 지배를 하는 경우에는 그 자회사가 소유하고 있는 손자기업의 주식등의 소유비율

  나.지배기업이 자회사에 대하여 형식적 지배를 하는 경우에는 그 소유비율과 그 자회사의 손자기업에 대한 주식등의 소유비율을 곱한 비율

출처 : 국세청 2019. 03. 28. 사전-2019-법령해석법인-0014[법령해석과-754] | 국세법령정보시스템