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통합투자세액공제 적용 시 중복지원 배제 규정 적용여부

기준-2022-법무법인-0002[법무과-3433]  ·  2022. 07. 14.
질의 및 요약

Q질의내용

  • 내국법인이 통합투자세액공제를 적용받을 때, 국가 등으로부터 받은 출연금이 있는 경우 조세특례제한법 제127조의 중복지원 배제 규정을 적용해야 하는지요?

S요약

통합투자세액공제를 적용하는 경우에도 조세특례제한법 제127조의 중복지원 배제 규정을 함께 적용해야 하므로, 국가나 지방자치단체 등에서 출연받은 금액은 투자세액공제 대상 투자금액에서 차감됩니다. 이는 2021년 개정 규정 이후 과세연도부터 적용되며, 동일 투자에 대해 중복 세액공제를 받을 수 없도록 중복지원이 제한됩니다.
#통합투자세액공제 #중복지원 배제 #조세특례제한법 #세액공제 #투자금액 차감 #출연금
핵심 정리

R회신 내용 기준-2022-법무법인-0002[법무과-3433]  ·  2022. 07. 14.

  • 국세청 2022-법무법인-0002[법무과-3433](2022.07.14), 기획재정부 조세특례제도과-495(2022.7.12.) 회신 기준
  • 조세특례제한법 제24조에 따라 통합투자세액공제를 적용받는 경우, 같은 법 제127조의 중복지원 배제 규정을 반드시 적용해야 함을 기획재정부 해석에서 명확히 밝히고 있습니다.
  • 중복지원 배제 규정에 따라, 투자대상 시설에 대해 국가·지자체 등에서 출연(보조, 지원)받은 금액은 투자세액공제 대상 투자금액에서 차감해야 하며, 이는 2021년 1월 1일 이후 개시 과세연도부터 적용됩니다.
  • 2019사업연도까지 특정시설투자세액공제에도 중복지원 배제가 적용되었으며, 2020사업연도부터 신설된 통합투자세액공제에도 동일하게 중복지원 배제가 적용됨이 확정되었습니다.
  • 실무상 세액공제 신청 시, 투자금액 산정에서 국가·지자체 등 출연금 등은 반드시 차감 처리해야 함을 유의해야 합니다.

L관련 법령 해석

  • 조세특례제한법 제24조: 통합투자세액공제 도입 및 적용요건, 2021년 1월 1일부터 시행
  • 조세특례제한법 제127조: 국가·지자체 등 출연금 등은 투자금액에서 차감(중복지원 배제)
  • 조세특례제한법 부칙 제1조, 제2조, 제4조, 제36조: 개정조항 및 적용 시기, 종전/신규 세액공제 적용례 명시
사례 Q&A
1. 통합투자세액공제에서 국가 보조금 받은 경우 세액공제액 산정은?
답변
국가 보조금을 지원받은 금액은 투자세액공제 대상 투자금액에서 차감해야 하므로, 실투자금액만 공제 산정에 반영됩니다.
근거
조세특례제한법 제127조의 중복지원 배제 규정에 따라 국가 등 출연금은 투자금액에서 제외되어야 합니다.
2. 2021년 이후 통합투자세액공제와 중복지원 배제 적용 시기는?
답변
2021년 1월 1일 이후 개시하는 과세연도에 신고된 통합투자세액공제부터 중복지원 배제 규정이 적용됩니다.
근거
조세특례제한법 부칙 제1조, 제2조, 제4조에 따라 적용시기가 명확히 규정되어 있습니다.
3. 통합투자세액공제 감면 신청 시 출연금 차감 방법은?
답변
감면 신청 시에는 국가·지자체 등 출연금 등 투자지원금을 투자금액에서 차감해야만 올바른 세액공제액이 산정됩니다.
근거
국세청 및 기획재정부 회신에서 해당 차감 의무를 명확히 밝혔음을 실무에 반영해야 합니다.

* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.

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유권해석 전문

요지

「조세특례제한법」제24조(2020.12.29. 법률 제17759호로 개정된 것)에 따라 통합투자세액공제를 적용받는 경우 같은 법 제127조 제1항 제1호를 적용하는 것임

회신

귀 과세기준의 경우 기획재정부 해석(기획재정부 조세특례제도과-495, 2022.7.12.)을 참조하시기 바랍니다.
○ 기획재정부 조세특례제도과-495, 2022.7.12.
「조세특례제한법」(2020.12.29. 법률 제17759호로 개정된 것)에 따라 통합투자세액공제를 적용받는 경우 같은 법 제127조 제1항 제1호 적용 여부
 ⁠(1안) 중복지원 배제 규정 적용
 ⁠(2안) 중복지원 배제 규정 미적용
질의의 경우 1안이 타당합니다.

1. 사실관계

○ A법인은 도시가스를 공급하는 법인으로 도시가스 공급시설 투자금액 중 국가·지자체 등으로부터 출연금 등을 수령하고 있음

○ A법인은 법인세 신고 시 도시가스 공급시설 투자금액에 대해 조특법에 따른 투자세액공제를 적용하고 있으며

  - 2019사업연도까지는 조특법§25의 특정시설 투자세액공제를 적용하면서 투자금액 관련 국가 등으로부터 수령한 출연금(‘쟁점 출연금’)에 대해 조특법§127의 중복지원 배제를 적용하였으나

  - 2020사업연도에는 신설된 조특법§24의 통합투자세액공제를 적용하면서 중복지원 배제 조항이 규정되어 있지 않아 쟁점 출연금을 투자금액에서 차감하지 아니함

구 분

∼ 2019사업연도

2020사업연도

감면 조항

제25조 특정시설투자세액공제

제24조 통합투자세액공제

중복지원 배제 여부

여(투자금액에서 차감)

부(투자금액에서 미차감)

2. 질의내용

 ○ 내국법인이 2020사업연도 법인세를 신고하면서 「조세특례제한법」제24조의 통합투자세액공제를 적용하는 경우 같은 법 제127조의 중복지원 배제 규정을 적용해야 하는지 여부

   * 개정된 조특법§24는 2021.1.1. 시행 이후 과세표준 신고하는 분부터, 조특법§127은 2021.1.1. 시행 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용

3. 관련법령

조세특례제한법 제25조【특정시설투자 등에 대한 세액공제】(2020.12.29. 법률 제17759호로 개정되기 전의 것)

① 내국인이 제1호부터 제3호까지, 제5호 및 제6호에 해당하는 시설에 2021년 12월 31일까지 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)하거나 제4호에 해당하는 시설을 2021년 12월 31일까지 취득(신축, 증축, 개축 또는 구입을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우에는 제2항에 따라 계산한 금액에 상당하는 세액을 투자를 완료한 날 또는 취득일이 속하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

   1. ∼ 4. 생략

   5. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 안전시설

   가.「화재예방, 소방시설 설치ㆍ유지 및 안전관리에 관한 법률」제2조에 따른 소방시설(같은 법 제9조에 따라 특정소방대상물에 설치하여야 하는 소방시설 중 대통령령으로 정하는 시설은 제외하고 대통령령으로 정하는 소방 관련 물품을 포함한다)

   나. 대통령령으로 정하는 산업재해 예방시설

   다. 대통령령으로 정하는 광산안전시설

   라.「비상대비자원 관리법」에 따라 중점관리대상으로 지정된 자가 정부의 시설 보강 및 확장 명령에 따라 비상대비업무를 수행하기 위하여 보강하거나 확장한 시설

   마.「축산물 위생관리법」제9조에 따라 안전관리인증기준을 적용받거나「식품위생법」제48조에 따라 식품안전관리인증기준을 적용받는 영업자 등이 설치하는 대통령령으로 정하는 위해요소 방지시설

   바. 삭제

   사. 삭제

   아. 대통령령으로 정하는 내진보강 시설

   6. ⁠(이하 생략)

조세특례제한법 제127조【중복지원의 배제】(2020.12.29. 법률 제17759호로 개정되기 전의 것)

 ① 내국인이 이 법에 따라 투자한 자산에 대하여 제5조, 제8조의3제3항, 제25조, 제25조의4, 제25조의5, 제25조의7, 제26조 및 제104조의18제2항을 적용받는 경우 다음 각 호의 금액을 투자금액 또는 취득금액에서 차감한다.

  1. 내국인이 자산에 대한 투자를 목적으로 다음 각 목의 어느 하나에 해당되는 국가 등(이하 이 조에서 "국가등"이라 한다)으로부터 출연금 등의 자산을 지급받아 투자에 지출하는 경우: 출연금 등의 자산을 투자에 지출한 금액에 상당하는 금액

   가. 국가

   나. 지방자치단체

   다.「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 공공기관

   라.「지방공기업법」에 따른 지방공기업

조세특례제한법 제24조【통합투자세액공제】(2020.12.29. 법률 제17759호로 개정된 것)

 ① 대통령령으로 정하는 내국인이 제1호가목 또는 나목에 해당하는 자산에 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우에는 제2호 각 목에 따른 기본공제 금액과 추가공제 금액을 합한 금액을 해당 투자가 이루어지는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

  1. 공제대상 자산

   가. 기계장치 등 사업용 유형자산. 다만, 대통령령으로 정하는 자산은 제외한다.

   나. 가목에 해당하지 아니하는 유형자산과 무형자산으로서 대통령령으로 정하는 자산

  2. 공제금액

   가. 기본공제 금액: 해당 과세연도에 투자한 금액의 100분의 1(중견기업은 100분의 3, 중소기업은 100분의 10)에 상당하는 금액. 다만, 대통령령으로 정하는 신성장ㆍ원천기술의 사업화를 위한 시설(이하 이 조에서 "신성장사업화시설"이라 한다)에 투자하는 경우에는 100분의 3(중견기업은 100분의 5, 중소기업은 100분의 12)에 상당하는 금액으로 한다.

   나. 생략

 ② ∼ ③ 생략

 ④ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.

 ⑤ 제1항부터 제4항까지의 규정을 적용할 때 투자금액의 계산방법, 해당 과세연도의 직전 3년간 연 평균 투자금액의 계산방법, 신성장사업화시설의 판정방법 및 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

조세특례제한법 제127조【중복지원의 배제】(2020.12.29. 법률 제17759호로 개정된 것)

 ① 내국인이 이 법에 따라 투자한 자산에 대하여 제8조의3제3항, 제24조 및 제26조를 적용받는 경우 다음 각 호의 금액을 투자금액 또는 취득금액에서 차감한다.

  1. 내국인이 자산에 대한 투자를 목적으로 다음 각 목의 어느 하나에 해당되는 국가 등(이하 이 조에서 "국가등"이라 한다)으로부터 출연금 등의 자산을 지급받아 투자에 지출하는 경우: 출연금 등의 자산을 투자에 지출한 금액에 상당하는 금액

   가. 국가

   나. 지방자치단체

   다.「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 공공기관

   라.「지방공기업법」에 따른 지방공기업

 ○부칙

 제1조(시행일)

  이 법은 2021년 1월 1일부터 시행한다. ⁠(단서 생략)

 제2조(일반적 적용례)

 ① 이 법 중 소득세(양도소득세는 제외한다) 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 개시하는 과세연도분부터 적용한다.

 제4조(통합투자세액공제에 관한 적용례 등)

 ① 제24조의 개정규정은 이 법 시행 이후 과세표준을 신고하는 경우부터 적용한다.

 ② 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 제24조제1항의 개정규정에 따른 내국인이 2개 이상의 과세연도에 걸쳐서 투자하는 경우에는 제24조제2항의 개정규정에도 불구하고 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도에 모든 투자가 이루어진 것으로 본다.

  1. 2020년 12월 31일이 속하는 과세연도 전에 투자를 개시하였을 것

  2. 종전의 제5조, 제25조, 제25조의4 및 제25조의7에 따른 공제를 받지 아니하였을 것

 제36조(특정시설투자 세액공제 등에 관한 특례 등)

 ① 제24조제1항의 개정규정에 따른 내국인이 2021년 12월 31일까지(종전의 제25조의7에 따른 투자는 2020년 12월 31일까지) 투자를 완료하는 경우에는 종전의 제5조, 제25조, 제25조의4, 제25조의5 및 제25조의7(이하 이 조에서 "종전세액공제규정"이라 한다)을 적용받을 수 있다. 이 경우 종전세액공제규정을 적용받는 제24조제1항의 개정규정에 따른 내국인은 다른 공제대상 자산에 대하여 제24조의 개정규정을 적용받을 수 없다.

출처 : 국세청 2022. 07. 14. 기준-2022-법무법인-0002[법무과-3433] | 국세법령정보시스템