요지

통합투자세액공제 추가공제 시, 직전 3년간 연평균 투자금액에서 공사부담금을 제외하는지 여부 ➠ 공사부담금을 제외함이 타당

회신

2022 과세연도 이후 ｢조세특례제한법｣ 제24조 제1항 제2호 나목 및 제3호 나목에 따른 통합투자세액공제 추가공제를 적용하는 경우, ⁠‘직전 3년간 연평균 투자금액’을 산정함에 있어 ⁠“｢법인세법｣ 제37조 제1항에 따른 공사부담금을 제공받아 투자에 지출한 금액”은 ｢조세특례제한법｣ 제127조 제1항 제4호에 따라 투자금액에서 차감하는 것입니다.

1. 사실관계

 ○질의법인은 열·전기를 공급하는 집단에너지사업자로, ｢집단에너지공급시설의 투자금액｣에 대해 통합투자세액공제를 적용하고 있음

 ○질의법인은 ｢집단에너지사업법｣ 제18조에 따라 열･전기 에너지의 사용자로부터 ｢집단에너지공급시설의 건설비용 일부(공사부담금)｣를 받아 집단에너지공급시설의 투자에 지출하였음

2. 질의요지

 ○통합투자세액공제의 추가공제 시, 해당 과세연도 투자금액에서 차감하는 ｢직전 3년 연평균 투자금액｣에 공사부담금이 포함되는지 여부

3. 관련 법령

○ 조세특례제한법 제24조【통합투자세액공제】

① 대통령령으로 정하는 내국인이 제1호가목 또는 나목에 해당하는 자산에 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우에는 제2호 각 목에 따른 기본공제 금액과 추가공제 금액을 합한 금액을 해당 투자가 이루어지는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

 1. 공제대상 자산

  가.기계장치 등 사업용 유형자산. 다만, 대통령령으로 정하는 자산은 제외한다.

  나.가목에 해당하지 아니하는 유형자산과 무형자산으로서 대통령령으로 정하는 자산

 2. 공제금액

  가. 기본공제 금액 : 해당 과세연도에 투자한 금액의 100분의 1(중견기업은 100분의 5, 중소기업은 100분의 10)에 상당하는 금액. 다만, 다음의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음의 구분에 따른 금액으로 한다.

   1) 신성장ㆍ원천기술의 사업화를 위한 시설로서 대통령령으로 정하는 시설(이하 이 조에서 "신성장사업화시설"이라 한다)에 투자하는 경우: 100분의 3(중견기업은 100분의 6, 중소기업은 100분의 12)에 상당하는 금액

   2) 국가전략기술의 사업화를 위한 시설로서 대통령령으로 정하는 시설(이하 이 조에서 "국가전략기술사업화시설"이라 한다)에 2024년 12월 31일까지 투자하는 경우: 100분의 15(중소기업은 100분의 25)에 상당하는 금액

  나. 추가공제 금액: 해당 과세연도에 투자한 금액이 해당 과세연도의 직전 3년간 연평균 투자 또는 취득금액을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액의 100분의 3(국가전략기술사업화시설의 경우에는 100분의 4)에 상당하는 금액. 다만, 추가공제 금액이 기본공제 금액을 초과하는 경우에는 기본공제 금액의 2배를 그 한도로 한다.

 3. 임시 투자 세액공제금액

  가. 기본공제 금액: 2023년 12월 31일이 속하는 과세연도에 투자한 금액의 100분의 3(중견기업은 100분의 7, 중소기업은 100분의 12)에 상당하는 금액. 다만, 다음의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음의 구분에 따른 금액으로 한다.

   1) 신성장사업화시설에 투자하는 경우: 100분의 6(중견기업은 100분의 10, 중소기업은 100분의 18)에 상당하는 금액

   2) 국가전략기술사업화시설에 투자하는 경우: 제2호가목2)에 따른 금액

  나. 추가공제 금액: 2023년 12월 31일이 속하는 과세연도에 투자한 금액이 해당 과세연도의 직전 3년간 연평균 투자 또는 취득금액을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액의 100분의 10에 상당하는 금액. 다만, 추가공제 금액이 기본공제 금액을 초과하는 경우에는 기본공제 금액의 2배를 그 한도로 한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제21조【통합투자세액공제】

⑦ 법 제24조제1항및 제2항에 따른 투자금액은 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액으로 한다.

 1. 총투자금액에 ｢법인세법 시행령｣ 제69조제1항에 따른 작업진행률에 의하여 계산한 금액과 해당 과세연도까지 실제로 지출한 금액 중 큰 금액

 2. 다음 각 목의 금액을 더한 금액

  가. 해당 과세연도 전에 법 제24조를 적용받은 투자금액

  나. 해당 과세연도 전의 투자분으로서 가목의 금액을 제외한 투자분에 대하여 제1호를 준용하여 계산한 금액

⑧ 법 제24조제1항제2호나목 및 같은 항 제3호나목에 따른 3년간 연평균 투자금액의 계산은 다음 계산식에 따른다. 이 경우 내국인의 투자금액이 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 세액공제를 받으려는 해당 과세연도 개시일까지의 기간이 36개월 미만인 경우에는 그 기간에 투자한 금액의 합계액을 36개월로 환산한 금액을 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 3년간 투자한 금액의 합계액으로 보며, 합병법인, 분할신설법인, 분할합병의 상대방법인, 사업양수법인 또는 현물출자르 받은 법인(이하 이 항에서 ⁠“합병법인등”이라 한다)의 경우에는 합병, 분할, 분할합병, 사업양도 또는 현물출자를 하기 전에 피합병법인, 분할법인, 사업양도인, 또는 현물출자자가 투자한 금액은 합병법인등이 투자한 것으로 본다.

○ 조세특례제한법 제127조【중복지원의 배제】

① 내국인이 이 법에 따라 투자한 자산에 대하여 제8조의3제3항, 제24조 및 제26조를 적용받는 경우 다음 각 호의 금액을 투자금액 또는 취득금액에서 차감한다.

 4. 내국인이 ｢법인세법｣ 제37조제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업에 필요한 자산에 대한 투자를 목적으로 해당 자산의 수요자 또는 편익을 받는 자로부터 같은 항에 따른 공사부담금을 제공받아 투자에 지출하는 경우 : 공사부담금을 투자에 지출한 금액에 상당하는 금액 ⁠(2021.12.28. 법률 제18634호로 신설)

○ 조세특례제한법 부칙 제24조【중복지원의 배제에 관한 적용례】

  * 2021.12.28. 법률 제18634호

제127조제1항제4호의 개정규정은 이 법 시행 이후 투자하는 경우부터 적용한다.

○ 법인세법 제37조【공사부담금으로 취득한 사업용자산가액의 손금산입】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하는 내국법인이 그 사업에 필요한 시설을 하기 위하여 해당 시설의 수요자 또는 편익을 받는 자로부터 그 시설을 구성하는 토지 등 유형자산 및 무형자산(이하 이 조에서 ⁠“사업용자산”이라 한다)을 제공받은 경우 또는 금전 등(이하 이 조에서 ⁠“공사부담금”이라 한다)을 제공받아 그 제공받은 날이 속하는 사업연도의 종료일까지 사업용자산의 취득에 사용하거나 사업용자산을 취득하고 이에 대한 공사부담금을 사후에 제공받은 경우에는 해당 사업용자산의 가액(공사부담금을 제공받은 경우에는 그 사업용자산의 취득에 사용된 공사부담금 상당액)을 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입할 수 있다.

  1. ｢전기사업법｣에 따른 전기사업

  2. ｢도시가스사업법｣에 따른 도시가스사업

  3. ｢액화석유가스의 안전관리 및 사업법｣에 따른 액화석유가스 충전사업, 액화석유가스 집단공급사업 및 액화석유가스 판매사업

  4. ｢집단에너지사업법｣ 제2조제2호에 따른 집단에너지공급사업

○ 조세특례제한법 기본통칙·집행기준 10-9…2【연구·인력개발비의 연평균 발생액 계산】

법령의 개정으로 최초로 세액공제대상이 되거나 제외되는 비용이 있는 경우 당해 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액은 당해 과세연도와 동일한 기준에 상응하는 연구 및 인력개발비를 포함하여 계산한다.

출처 : 국세청 2024. 03. 19. 서면-2023-법규법인-2757 | 국세법령정보시스템