요지

학교법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계(교비회계)에 전입한 경우에는 비영리사업에 지출한 것으로 하는 것이며, 해당 금액은 고유목적사업준비금과 상계처리 하는 것입니다. 다만, 학교법인이 교비회계 전입한 해당 금액을 고유목적에 사용하지 아니하고 수익사업에 사용하는 경우에는 ⁠「법인세법 시행규칙」제76조 제4항을 적용할 수 없는 것입니다.

회신

「사립학교법」에 따른 학교법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리 사업회계(교비회계)에 전입한 경우에는 ⁠「법인세법 시행규칙」제76조 제4항에 따라 비영리사업에 지출한 것으로 하는 것이며, 해당 금액은 고유목적사업준비금과 상계처리 하는 것입니다. 다만, 학교법인이 교비회계 전입한 해당 금액을 고유목적에 사용하지 아니하고 수익사업에 사용하는 경우에는 ⁠「법인세법 시행규칙」제76조 제4항을 적용할 수 없는 것입니다.
이 경우 학교법인이 교비회계에 전입한 금액은 비영리사업에 지출한 것으로 보는 것이므로 귀 질의 사례와 같이 교비회계 전입금을 교비회계의 고유목적에 맞는 사업이나 연구기금, 장학금 등의 용도로 적립해 놓았다가 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 사업연도 종료일로부터 5년이 되는 날까지 고유목적사업 등에 사용하지 않더라도 익금에 산입하지 않는 것이나 5년이 되는 날 이후 고유목적사업이 아닌 수익사업에 사용한 경우 익금에 산입하는 것입니다.

1. 사실관계

 ○ 질의법인은 ⁠「사립학교법」제2조에 따른 학교법인으로 교육용기본재산으로 소유하고 있던 부동산(건물 및 토지)을 관할청(교육부) 허가를 받아 처분함

 ○ 부동산 양도차익(700억원)에 대해 2024사업연도 고유목적사업준비금으로 손금산입 후 교비회계(연구기금, 장학기금)로 전입시킬 예정임

2. 질의내용

 ○ 학교법인이 수익사업에 사용하던 부동산 처분 후 양도차익에 대해 고유목적사업준비금 손금산입 후 교비회계로 전입한 경우 고유목적사업에 사용(지출)한 것으로 볼 수 있는지

3. 관련법령

○ 법인세법 제4조【과세소득의 범위】

 ① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다.

  1. 각 사업연도의 소득

  2. 청산소득(淸算所得)

  3. 제55조의2에 따른 토지등 양도소득

 ② ⁠(생 략)

 ③ 제1항제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.

  1. 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등 「통계법」 제22조에 따라 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

  2. 「소득세법」 제16조제1항에 따른 이자소득

  3. 「소득세법」 제17조제1항에 따른 배당소득

  4. 주식ㆍ신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인한 수입

  5. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다.

  6. 「소득세법」 제94조제1항제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인한 수입

  7. 그 밖에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인한 수입으로서 대통령령으로 정하는 것

 ④∼⑤ ⁠(생 략)

○ 법인세법 제29조【비영리내국법인의 고유목적사업준비금의 손금산입】

 ① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 그 법인의 고유목적사업이나 제24조제3항제1호에 따른 일반기부금(이하 이 조에서 "고유목적사업등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손비로 계상한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액의 합계액(제2호에 따른 수익사업에서 결손금이 발생한 경우에는 제1호 각 목의 금액의 합계액에서 그 결손금 상당액을 차감한 금액을 말한다)의 범위에서 그 계상한 고유목적사업준비금을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다.

  1. 다음 각 목의 금액

   가. 「소득세법」 제16조제1항 각 호(같은 항 제11호에 따른 비영업대금의 이익은 제외한다)에 따른 이자소득의 금액

   나. 「소득세법」 제17조제1항 각 호에 따른 배당소득의 금액. 다만, 「상속세 및 증여세법」 제16조 또는 제48조에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식등으로부터 발생한 배당소득의 금액은 제외한다.

   다. 특별법에 따라 설립된 비영리내국법인이 해당 법률에 따른 복지사업으로서 그 회원이나 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액

  2. 그 밖의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(「공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률」에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액

 ② ⁠(생략)

 ③ 제1항에 따라 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 비영리내국법인이 고유목적사업등에 지출한 금액이 있는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금부터 차례로 상계(相計)하여야 한다. 이 경우 고유목적사업등에 지출한 금액이 직전 사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과한 경우 초과하는 금액은 그 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 본다.

 ④ ⁠(생 략)

 ⑤ 제1항에 따라 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우 그 잔액(제5호의 경우에는 고유목적사업등이 아닌 용도에 사용한 금액을 말하며, 이하 이 조에서 같다)은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다.

  1. 해산한 경우(제4항에 따라 고유목적사업준비금을 승계한 경우는 제외한다)

  2. 고유목적사업을 전부 폐지한 경우

  3. 법인으로 보는 단체가 「국세기본법」 제13조제3항에 따라 승인이 취소되거나 거주자로 변경된 경우

  4. 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업등에 사용하지 아니한 경우(5년 내에 사용하지 아니한 잔액으로 한정한다)

  5. 고유목적사업준비금을 고유목적사업등이 아닌 용도에 사용한 경우

 ⑥∼⑩ ⁠(생 략)

○ 법인세법 시행령 제56조【고유목적사업준비금의 손금산입】

 ①∼⑤ ⁠(생 략)

 ⑥ 법 제29조제1항부터 제5항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다. 다만, 비영리내국법인이 유형자산 및 무형자산 취득 후 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업이나 보건업[보건업을 영위하는 비영리내국법인(이하 이 조에서 "의료법인"이라 한다)에 한정한다]에 3년 이상 자산을 직접 사용하지 아니하고 처분하는 경우에는 제1호 또는 제3호의 금액을 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 보지 아니한다.

  1. 비영리내국법인이 해당 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 유형자산 및 무형자산 취득비용(제31조제2항에 따른 자본적 지출을 포함한다) 및 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액

  2.∼10. ⁠(생 략)

 ⑦∼⑭ ⁠(생 략)

○ 조세특례제한법 제74조【고유목적사업준비금의 손금산입특례】

 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인에 대해서는 2025년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도까지 「법인세법」 제29조를 적용하는 경우 같은 조 제1항제2호에도 불구하고 해당 법인의 수익사업(이 항 제4호 및 제5호의 경우에는 해당 사업과 해당 사업 시설에서 그 시설을 이용하는 자를 대상으로 하는 수익사업만 해당하고, 제6호의 체육단체의 경우에는 국가대표의 활동과 관련된 수익사업만 해당한다)에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다.

  1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인

   가. ⁠「사립학교법」에 따른 학교법인

   나.∼바. ⁠(생 략)

  2.∼9. ⁠(생 략)

 ②∼④ ⁠(생 략)

○ 법인세법 시행규칙 제76조【비영리법인의 구분경리】

 ①∼② ⁠(생 략)

 ③ 비영리법인이 기타의 사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출 또는 전입한 경우 그 자산가액은 자본의 원입으로 경리한다. 이 경우 자산가액은 시가에 의한다.

 ④ 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 기타의 사업에 지출한 경우 그 자산가액중 수익사업의 소득금액(잉여금을 포함한다)을 초과하는 금액은 자본원입액의 반환으로 한다. 이 경우 「조세특례제한법」 제74조제1항제1호의 규정을 적용받는 법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 한다.

 ⑤∼⑦ ⁠(생 략)

○ 법인세법 기본통칙 113-156…3【비영리법인의 잉여금의 범위】

 ① 규칙 제76조 제4항에서 "잉여금"이라 함은 이미 법인세가 과세된 소득(법 및 조세특례제한법에 의하여 비과세되거나 익금불산입된 금액을 포함한다)으로서 수익사업부문에 유보되어 있는 금액을 말한다.

 ② 규칙 제76조 제4항을 적용함에 있어 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 비영리사업에 지출한 때에는 해당 자산가액을 다음 각 호에 규정하는 금액과 순차적으로 상계처리하여야 한다.

  1. 고유목적사업준비금 중 법 제29조에 따라 손금산입된 금액(같은 조 제2항 후단의 금액을 포함한다)

  2. 고유목적사업준비금 중 손금부인된 금액

  3. 법인세과세후의 수익사업소득금액(잉여금을 포함한다)

  4. 자본의 원입액

○ 사립학교법 제2조【정의】

 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

  1. "사립학교"란 학교법인, 공공단체 외의 법인 또는 그 밖의 사인(私人)이 설치하는 「유아교육법」 제2조제2호, 「초ㆍ중등교육법」 제2조 및 「고등교육법」 제2조에 따른 학교를 말한다.

  2. "학교법인"이란 사립학교만을 설치ㆍ경영할 목적으로 이 법에 따라 설립되는 법인을 말한다.

  3.∼4. ⁠(생 략)

○ 사립학교법 제6조【사업】

 ① 학교법인은 그가 설치한 사립학교의 교육에 지장이 없는 범위에서 그 수익을 사립학교의 경영에 충당하기 위하여 수익을 목적으로 하는 사업(이하 "수익사업"이라 한다)을 할 수 있다.

 ② 삭제

 ③ 학교법인이 수익사업을 할 때에는 지체 없이 다음 각 호의 사항을 공고하여야 한다.

  1. 사업의 명칭과 그 사무소의 소재지

  2. 사업의 종류

  3. 사업 경영에 관한 자본금

  4. 사업 경영의 대표자의 성명ㆍ주소

  5. 사업의 시기(始期) 및 기간

  6. 그 밖에 필요한 사항

④ 수익사업에 관한 회계는 해당 학교법인이 설치ㆍ경영하는 사립학교의 경영에 관한 회계와 구분하여 별도 회계로 경리하여야 한다.

○ 사립학교법 시행령 제5조【재산의 구분】

 ① 학교법인의 재산중 다음 각호의 1에 해당하는 재산은 기본재산으로 한다.

  1. 부동산

  2. 정관에 의하여 기본재산으로 되는 재산

  3. 이사회의 결의에 의하여 기본재산에 편입되는 재산

  4. 학교법인에 속하는 회계의 매년도 세계잉여금중 적립금

 ② 학교법인의 자산중 제1항 각호 이외의 재산은 보통재산으로 한다.

○ 사립학교법 제28조【재산의 관리 및 보호】

 ① 학교법인이 그 기본재산에 대하여 매도ㆍ증여ㆍ교환ㆍ용도변경하거나 담보로 제공하려는 경우 또는 의무를 부담하거나 권리를 포기하려는 경우에는 관할청의 허가를 받아야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 경미한 사항은 관할청에 신고하여야 한다.

 ② 학교교육에 직접 사용되는 학교법인의 재산 중 대통령령으로 정하는 것은 매도하거나 담보로 제공할 수 없다.

 ③ 「초ㆍ중등교육법」 제10조 및 「고등교육법」 제11조에 따른 수업료와 그 밖의 납부금(입학금 또는 학교운영지원비를 말한다. 이하 같다)을 받을 권리와 제29조제2항에 따라 별도 계좌로 관리되는 수입에 대한 예금채권은 압류할 수 없다.

 ④ 관할청은 제1항 단서에 따른 신고를 받은 경우 그 내용을 검토하여 이 법에 적합하면 신고를 수리하여야 한다.

 ⑤ 학교법인은 기본재산에 관한 소송절차가 개시된 때와 완결된 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사실을 관할청에 신고하여야 한다.

○ 사립학교법 제29조【회계의 구분 등】

 ① 학교법인의 회계는 그가 설치ㆍ경영하는 학교에 속하는 회계와 법인의 업무에 속하는 회계로 구분한다.

 ② 제1항에 따른 학교에 속하는 회계는 교비회계(校費會計)와 부속병원회계(부속병원이 있는 경우로 한정한다)로 구분할 수 있고, 교비회계는 등록금회계와 비등록금회계로 구분하며, 각 회계의 세입ㆍ세출에 관한 사항은 대통령령으로 정하되 학교가 받은 기부금 및 수업료와 그 밖의 납부금은 교비회계의 수입으로 하여 별도 계좌로 관리하여야 한다.

 ③ 제1항에 따른 법인의 업무에 속하는 회계는 일반업무회계와 제6조에 따른 수익사업회계로 구분할 수 있다.

 ④ 제2항에 따른 학교에 속하는 회계의 예산은 해당 학교의 장이 편성하고, 다음 각 호의 구분에 따른 절차에 따라 확정ㆍ집행한다.

  1. 대학교육기관: 대학평의원회에 자문 및 「고등교육법」 제11조제3항에 따른 등록금심의위원회(이하 "등록금심의위원회"라 한다)의 심사ㆍ의결을 거친 후 이사회의 심사ㆍ의결로 확정하고 학교의 장이 집행한다.

  2. 「초ㆍ중등교육법」 제2조에 따른 학교: 학교운영위원회의 심의를 거친 후 이사회의 심사ㆍ의결로 확정하고 학교의 장이 집행한다.

  3. 유치원: 「유아교육법」 제19조의3에 따른 유치원운영위원회에 자문을 거친 후 학교의 장이 집행한다. 유치원운영위원회를 두지 아니한 경우에는 학교의 장이 집행한다.

 ⑤ 삭제

 ⑥ 제2항에 따른 교비회계에 속하는 수입이나 재산은 다른 회계로 전출(轉出)ㆍ대여하거나 목적 외로 부정하게 사용할 수 없다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

  1. 차입금의 원리금을 상환하는 경우

  2. 공공 또는 교육ㆍ연구의 목적으로 교육용 기본재산을 국가, 지방자치단체 또는 연구기관에 무상으로 귀속하는 경우. 다만, 대통령령으로 정하는 기준을 충족하는 경우로 한정한다.

 ⑦ 삭제

○ 사립학교법 시행령 제13조【교비회계와 부속병원회계의 세입세출】

 ① 교비회계의 세입은 다음 각 호의 수입으로 한다.

  1. 법령 또는 학칙에 의하여 학교가 학생으로부터 징수하는 입학금ㆍ수업료 및 입학수험료

  2. 학사관계 각종 증명 수수료

  3. 학교시설의 사용료 및 이용료

  4. 다른 회계로부터 전입되는 전입금

  5. 학생의 실험실습에서 생기는 생산품등의 판매대금

  6. 교비회계의 운용과정에서 생기는 이자수입

  7. 교육용 기자재등의 불용품 매각수입

  8. 교비회계의 세출에 충당하기 위한 차입금

  8의2. 학교가 학교교육에 사용할 목적으로 받은 기부금

  9. 기타 학교법인의 수입으로서 다른 회계에 속하지 아니하는 수입

 ② 교비회계의 세출은 다음 각호의 경비로 한다.

  1. 학교운영에 필요한 인건비 및 물건비

  2. 학교교육에 직접 필요한 시설ㆍ설비를 위한 경비

  3. 교원의 연구비, 학생의 장학금, 교육지도비 및 보건체육비

  4. 제1항제8호의 차입금의 상환원리금

  5. 기타 학교교육에 직접 필요한 경비

 ③∼④ ⁠(생 략)

○ 사립학교법 제73조【벌칙】

  학교법인의 이사장이나 사립학교경영자(법인인 경우에는 그 대표자 또는 이사) 또는 대학교육기관의 장이 제29조제6항(제51조에 의하여 준용되는 경우를 포함한다)의 규정에 위반한 때에는 2년 이하의 징역 또는 2천만원 이하의 벌금에 처한다.

출처 : 국세청 2024. 08. 30. 서면-2024-법인-1661 | 국세법령정보시스템