비영리내국법인 토지 양도 시 취득가액 계산방법 유권해석

요지

수익사업을 영위하는 비영리내국법인이 토지를 양도한 경우에「법인세법」제55조의2 제6항(2014.12.23. 법률 제12850호로 개정되기 전의 것)의 규정에 의한 토지의 양도소득은 토지의 양도금액에서 양도 당시의 장부가액을 뺀 금액으로 하는 것임

회신

1. ⁠(질의①)과 관련하여 토지의 취득이 증여 또는 명의신탁해지에 해당하는지의 여부가 사실판단 사항에 해당하여 정확한 회신이 어려움을 양해하여 주시기 바랍니다.
2. ⁠(질의②)와 관련하여 수익사업을 영위하는 비영리내국법인이 토지를 양도한 경우에「법인세법」제55조의2 제6항(2014.12.23. 법률 제12850호로 개정되기 전의 것)의 규정에 의한 토지의 양도소득은 토지의 양도금액에서 양도 당시의 장부가액을 뺀 금액으로 하는 것입니다.

1. 질의내용

○(질의 ①) 쟁점토지① 및 ②의 취득시기는

○ ⁠(질의 ②) 각 사업연도 소득에 대한 법인세 및 토지 등 양도소득에 대한 법인세 산정 시의 취득가액 계산방법

2. 사실관계

○본 종중은 ｢국세기본법｣제13조 제2항에 의해 과세관청에 승인받은 ⁠‘법인으로 보는 단체’임

○ 본 종중은 현재 종중명의로 보유한 토지(이하 ⁠“쟁점토지”)를 양도할 예정임

 - 쟁점토지를 쟁점토지①, 쟁점토지②로 구분

○ 쟁점토지①은 ’37년부터 종중원 명의로 보유하다, ’08년 법률 제 7500호에 의해 종중명의로 등기하면서 등기접수일은 ’08년, 등기원인은 ’53년 증여(임야대장에는 ⁠‘소유권이전’)로 되어 있음

○ 쟁점토지②은 ’38년부터 종중원 명의로 보유하다(폐쇄등기부상), ’08년 법률제 7500호에 의해 종중명의로 등기(임야대장상 명의변경원인은 ⁠‘법률에 따른 명의 변경’)되었음

○ 쟁점토지①․②는 공부상 명의자와 관계없이 실제 종중의 토지로서 현재 취득시점의 자료는 모두 분실되어 있는 상황이고, 취득가액(장부가액) 확인은 불가능함

○ 본 종중은 쟁점토지 양도시 발생하는 처분이익에 대해 각 사업연도 소득에 대한 법인세 및 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 산정해야 함

3. 관련 법령

○ 법인세법 시행령 제68조 【자산의 판매손익 등의 귀속사업연도】

① 법 제40조제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 다음 각 호의 날이 속하는 사업연도로 한다.

1. 상품(부동산을 제외한다)・제품 또는 기타의 생산품(이하 이 조에서 "상품 등"이라 한다)의 판매：그 상품 등을 인도한 날

2. 상품 등의 시용판매：상대방이 그 상품 등에 대한 구입의 의사를 표시한 날. 다만, 일정기간내에 반송하거나 거절의 의사를 표시하지 아니하면 특약 등에 의하여 그 판매가 확정되는 경우에는 그 기간의 만료일로 한다.

3. 상품 등외의 자산의 양도：그 대금을 청산한 날[「한국은행법」에 따른 한국은행이 취득하여 보유 중인 외화증권 등 외화표시자산을 양도하고 외화로 받은 대금(이하 이 호에서 "외화대금"이라 한다)으로서 원화로 전환하지 아니한 그 취득원금에 상당하는 금액의 환율변동분은 한국은행이 정하는 방식에 따라 해당 외화대금을 매각하여 원화로 전환한 날]. 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일(등록일을 포함한다)・인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날로 한다.

4. 자산의 위탁매매：수탁자가 그 위탁자산을 매매한 날

5. ⁠「자본시장과 금융투자에 관한 법률」 제9조제13항에 따른 증권시장에서 같은 법 제393조제1항에 따른 증권시장업무규정에 따라 보통거래방식으로 한 유가증권의 매매: 매매계약을 체결한 날

○ 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】

③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

○ 법인세법 부칙

제8조 ⁠(수익사업소득계산에 관한 특례)

②제3조제2항제5호의 개정규정을 적용함에 있어서 1990년 12월 31일이전에 취득한 토지 및 건물(부속시설물과 구축물을 포함한다)의 취득가액은 장부가액과 1991년 1월 1일 현재 「상속세 및 증여세법」 제60조 및 같은 법 제61조제1항 내지 제3항의 가액으로 평가한 가액 중 큰 금액으로 할 수 있다.

○ 법인세법 부칙

제21조 ⁠(수익사업소득계산의 과세특례에 관한 적용례) 법률 제5581호 법인세법개정법률 부칙 제8조제2항의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 사업연도에 최초로 양도하는 분부터 적용한다.

○ 법인세법 제55조의 2 【토지등 양도소득에 대한 과세특례】

① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산을 2012년 12월 31일까지 양도한 경우에는 그 양도소득에 100분의 10을 곱하여 산출한 세액

가. 「소득세법」 제104조의2제2항에 따른 지정지역에 있는 부동산으로서 제2호에 따른 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)

나. 「소득세법」 제104조의2제2항에 따른 지정지역에 있는 부동산으로서 제3호에 따른 비사업용 토지

다. 그 밖에 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있어 부동산가격의 안정을 위하여 필요한 경우에 대통령령으로 정하는 부동산

2. 대통령령으로 정하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)을 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

② 제1항제3호에서 "비사업용 토지"란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

⑥ 토지 등 양도소득은 토지등의 양도금액에서 양도 당시의 장부가액을 뺀 금액으로 한다.

○ 법인세법 시행령 제19조 【손비의 범위】

법 제19조제1항에 따른 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

2. 양도한 자산의 양도당시의 장부가액

○ 부동산 실권리자 명의 등기에 관한 법률 제4조 【명의신탁약정의 효력】

① 명의신탁약정은 무효로 한다.

② 명의신탁약정에 따른 등기로 이루어진 부동산에 관한 물권변동은 무효로 한다. 다만, 부동산에 관한 물권을 취득하기 위한 계약에서 명의수탁자가 어느 한쪽 당사자가 되고 상대방 당사자는 명의신탁약정이 있다는 사실을 알지 못한 경우에는 그러하지 아니하다.

③ 제1항 및 제2항의 무효는 제3자에게 대항하지 못한다.

○ 부동산 실권리자 명의 등기에 관한 법률 제8조 【종중, 배우자 및 종교단체에 대한 특례】

다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로서 조세 포탈, 강제집행의 면탈(免脫) 또는 법령상 제한의 회피를 목적으로 하지 아니하는 경우에는 제4조부터 제7조까지 및 제12조제1항부터 제3항까지를 적용하지 아니한다.

1. 종중(宗中)이 보유한 부동산에 관한 물권을 종중(종중과 그 대표자를 같이 표시하여 등기한 경우를 포함한다) 외의 자의 명의로 등기한 경우

2. 배우자 명의로 부동산에 관한 물권을 등기한 경우

3. 종교단체의 명의로 그 산하 조직이 보유한 부동산에 관한 물권을 등기한 경우

4. 관련 사례

○ 서면2팀-2329 ⁠(2007.12.21.)

  귀 질의의 경우 법인이 무상으로 받은 부동산의 취득시기는 증여계약 및 기타 사용현황 등에 의하여 당해 법인이 무상으로 수증받은 사실이 객관적으로 확인되는 경우에는 그 수증일, 그 외의 경우에는 소유권이전등기일로 하는 것으로, 기 질의회신 사례인 법인46012-947,1995.4.7 ; 법인46012-1676,1993.6.8.호를 참고하시기 바랍니다.

○ 서면4팀-651 ⁠(2005.4.27.)

  자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기는 증여에 의하여 취득한 자산에 대하여는 증여를 받은 날이 되는 것이며,

명의신탁된 부동산을 명의신탁해지를 원인으로 소유권이전하는 경우에는 소유권 환원 등기시기에 불구하고 당초의 취득일이 되는 것입니다. 귀 질의의 경우가 증여 또는 명의신탁해지에 해당하는지의 여부는 사실관계를 확인하여 판단할 사항입니다.

○ 법인46012-311 ⁠(2003.5.15.)

  질의 3)의 경우 법인세법(1998.12.28 법률 제5581호로 개정되기 전의 것)상 토지의 취득시기는 그 대금의 청산일과 소유권 이전 등기일 중 빠른 날로 하는 것이나, 비업무용부동산 등에 대한 지급이자의 손금불산입에 관한 법인세법시행규칙(1999.5.24 재정경제부령 제86호로 개정되기 전의 것) 제18조 제5항 제17호 가목의 규정(법령에 의하여 건축허가가 제한된 부동산)에 해당하는 지 여부를 판정함

○ 법인22601-1783 ⁠(1990.9.7.)

  귀 질의의 경우 무상으로 받은 토지의 취득시기는 소유권이전 등기일로 하는 것이나, 증여계약 및 법인세 등의 신고내용과 취득에 따른 제세공과의 부담사실, 기타 사용현황 등에 의하여 당해법인이 소유권 이전등기일전에 무상으로 받은 사실이 객관적으로 확인되는 경우에는 증여계약등에 의한 사실상의 수증일로 하는 것입니다.

○ 법인세과-712 ⁠(2009.2.20.)

  비영리내국법인에 대하여「법인세법」제55조의 2 제6항 규정을 적용함에 있어 법률 제5581호 ｢법인세법｣ 개정법률 부칙(1998.12.28.) 제8조 제2항 및 법률 제7838호 ｢법인세법｣ 개정법률 부칙 ⁠(2005.12.31.) 제21조 규정은 적용되지 않는 것임

○ 법인세과-1150(2009.10.16.)

  ｢법인세법｣ 제62조의 2【비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례】규정은 같은 법 제3조제3항제1호의 수익사업을 영위하는 비영리내국법인에 대하여는 적용하지 않는 것이며, 수익사업을 영위하는 비영리내국법인이 토지 및 건물을 양도한 경우에는 양도한 자산의 양도당시의 장부가액을 손금에 산입하는 것임

출처 : 국세청 2015. 05. 06. 서면-2014-법인-21863 | 국세법령정보시스템