요지
□□□공사가 공유수면매립면허를 받은 후「기업도시개발특별법」제33조 제5항에 따라 해당 공유수면매립권을 개발사업 시행자에게 양도하는 경우,「법인세법」 제121조 제1항에 따라 계산서를 작성하여 해당 시행자에게 발급하여야 하는 것임
회신
귀 서면질의의 경우, □□□공사가 공유수면매립면허를 받은 후「기업도시개발특별법」제33조 제5항에 따라 해당 공유수면매립권을 개발사업 시행자에게 양도하는 경우,「법인세법」제121조 제1항에 따라 계산서를 작성하여 해당 시행자에게 발급하여야 하는 것임
1. 질의내용
○ ▽▽▽Ⅲ지구의 공유수면매립권을 양도․양수하는 경우 누구의 명의로 계산서를 발행하여야 하는지 여부
2. 사실관계
○ □□□공사(“질의공사”)는 19**년 ▽▽▽Ⅲ지구 농촌종합개발사업의 시행자로 지정된 이래 ▽▽▽유역의 농지기반조성, 수자원확보를 위한 사업을 시행하고 있음
- 질의공사는 해당 사업의 수행을 위해 농림축산식품부로부터 공유수면매립면허를 받았음
○ △△△△△(주)(이하 “양수인”)는 ｢기업도시개발특별법｣을 토대로 국토균형발전 차원에서 그 동안 개발에서 상대적으로 소외되었거나 낙후된 지역인 ○○남도 일원에 **․** 관광레저형 기업도시(**지구) 개발사업을 추진하는 사업시행전담법인(SPC)으로서 2010.**.**. 개발구역 지정 및 개발계획 승인을 얻어 사업시행자로 지정됨
○ 양수자는 기업도시 개발에 편입될 간척지를 양도․양수하기 위하여 ｢기업도시개발특별법｣ 제33조(｢공유수면 관리 및 매립에 관한 법률｣에 관한 특례) 제5항의 “개발계획 승인된 경우 매립공사의 준공인가 전에 시행자에게 매립에 관한 권리를 양도할 수 있다”는 규정에 따라 공사와 “공유수면 매립 권리․의무 양도․양수 협약”을 체결함
- 대금납입은 계약금 납입 후 **년 거치 **년 분할상환하며 잔여금에 대해서는 이자율 OO%를 적용함
○ 한편, 질의공사는 공사의 회계와 별도로 농지관리기금회계를 관리하고 있으며, 농지관리기금의 주체는 농림수산식품부장관으로서 □□□□□공사 및 농지관리기금법(이하 “공사법”) 제31조에 따라 영농규모의 적정화, 농지의 집단화, 농지의 조성 등을 위하여 설치한 것으로
- 질의공사는 동법 제35조에 따라 운용 및 관리를 위탁받고 있으며, 정부로부터 기금의 운용․관리를 위탁받은 질의공사는 기금의 운용․관리를 명확히 하기 위해 기금을 공사의 다른 회계와 구분하여 회계처리하고 있음(동법 시행령 제35조 제2항)
○ 질의공사와 양수자 간 체결한 공유수면 매립권리․의무 양도․양수 협약 및 대금지급 절차는 다음과 같음
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· 매립면허관청 : 농림축산식품부
· 매립면허권자 : □□□공사
· 매립면허권양수자 : △△△△△(주) |
○ 질의공사는 ▽▽▽Ⅲ사업지구 시행자로서 양수자인 △△△△△과의 협약에 있어 양도자로 되어 있으며, 매립면허 취득자의 지위로서 ｢공유수면 관리 및 매립에 관한 법률｣ 제46조 제1항 제3호에 따라 매립지의 소유권 취득자에 해당되나,
- 질의공사가 정부로부터 위탁받아 시행한 사업으로 조성된 매립지는 질의공사가 정부를 대위하여 기금수탁관리자 명의로 등기하도록 규정되어 있음(공사법 제41조 및 농림축산식품부훈령 ｢매립지 등의 관리처분에 관한 규정｣ 제4조 제2항)
○ ▽▽▽Ⅲ지구는 농림축산식품부가 농지관리기금을 재원으로 질의공사에 위탁하여 조성하는 것으로서, 농지관리기금법에서 지출된 사업비로 조성 중인 매립지는 공사의 자산이 아닌 농지관리기금 소유 자산으로 처리하고 있으며, 매립면허권 매각에 따른 양도대금은 전액 기금에 귀속됨
3. 관련법령
○ 법인세법 제121조【계산서의 작성․발급 등】
① 법인이 재화나 용역을 공급하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산서나 영수증(이하 “계산서 등”이라 한다)을 작성하여 공급받는 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 계산서는 대통령령으로 정하는 전자적 방법으로 작성한 계산서(이하 “전자계산서”라 한다)를 발급하여야 한다.
② ｢부가가치세법｣ 제26조 제1항 제1호에 따라 부가가치세가 면제되는 농산물․축산물․수산물과 임산물의 위탁판매 또는 대리인에 의한 판매의 경우에는 수탁자(受託者)나 대리인이 재화를 공급한 것으로 보아 계산서 등을 작성하여 그 재화를 공급받는 자에게 발급하여야 한다. 다만, 제1항에 따라 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산서 등을 발급하는 경우에는 그러하지 아니한다.
③ 세관장은 수입되는 재화에 대하여 재화를 수입하는 법인에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산서를 발급하여야 한다.
④ 부동산을 매각하는 경우 등 계산서 등을 발급하는 것이 적합하지 아니하다고 인정되어 대통령령으로 정하는 경우에는 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용하지 아니한다.
⑤ 법인은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 발급하였거나 발급받은 계산서의 매출․매입처별합계표(이하 “매출․매입처별 계산서합계표”라 한다)를 대통령령으로 정하는 기한까지 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, 제3항에 따라 계산서를 발급받은 법인은 그 계산서의 매입처별 합계표를 제출하지 아니할 수 있다.
⑥ ｢부가가치세법｣에 따라 세금계산서 또는 영수증을 작성․발급하였거나 매출․매입처별 세금계산서합계표를 제출한 분(分)에 대하여는 제1항부터 제3항까지 및 제5항에 따라 계산서 등을 작성․발급하였거나 매출․매입처별 계산서합계표를 제출한 것으로 본다.
⑦ 계산서 등의 작성․발급 및 매출․매입처별 계산서합계표의 제출에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
○ 법인세법 시행령 제164조【계산서의 작성․교부 등】
① ｢소득세법 시행령｣ 제211조 내지 제212조의2의 규정은 법 제121조의 규정에 의한 계산서 등의 작성․교부에 관하여 이를 준용한다.
② 법 제121조 제2항 단서에서 “대통령령으로 정하는 바에 따라 계산서 등을 발급하는 경우”란 위탁자 또는 본인의 명의로 ｢소득세법 시행령｣ 제212조 제2항의 규정에 의하여 계산서 등을 교부하는 경우를 말한다.
○ 소득세법 시행령 제212조【매출․매입처별계산서합계표의 제출 등】
② 제211조의 계산서의 작성․교부 및 제1항의 매출․매입처별계산서합계표의 제출에 관하여는 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 ｢부가가치세법｣ 제32조부터 제35조까지 및 제54조와 같은 법 시행령 제69조부터 제72조까지 및 제97조부터 제99조까지의 규정을 준용한다.
○ 부가가치세법 제9조【재화의 공급】
① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다.
② 제1항에 따른 재화의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
출처 :
국세청 2015. 08. 20. 서면-2014-법령해석법인-20033[법령해석과-2030] | 국세법령정보시스템
