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지방자치단체 임상시험용역 부가가치세 면세 여부

서면-2014-부가-21618  ·  2015. 01. 13.
질의 및 요약

Q질의내용

  • 지방자치단체가 자체의 계산과 책임으로 제공하는 임상시험용역이 부가가치세 면세대상에 해당하는지 궁금합니다.

S요약

지방자치단체가 자체의 계산과 책임으로 제공하는 임상시험용역은, 「부가가치세법 시행령」 제46조에서 정한 예외 사유에 해당하지 않는 경우 부가가치세 면세대상으로 판단됩니다. 다만 시행령에서 명시한 제외 용역은 면세 대상에서 제외됨을 유의해야 합니다.
#지방자치단체 용역 #임상시험 #부가가치세 #면세 #부가세법 #시행령46조
핵심 정리

R회신 내용 서면-2014-부가-21618  ·  2015. 01. 13.

  • 국세청 서면-2014-부가-21618 회신(2015-01-13) 출처.
  • 지방자치단체가 공급하는 용역(위수탁용역 포함)은 부가가치세법 시행령 제46조에 열거된 예외 용역을 제외하고는 부가가치세가 면제됨을 안내하였습니다.
  • 지방자치단체가 자체의 계산과 책임으로 제공하는 임상시험연구용역은 시행령 제46조의 제외 항목에 해당하지 않을 경우 부가가치세 면세대상에 해당됨을 분명히 하였습니다.
  • 해석 전문 내용에 따르면, 병원이 지방자치단체의 위탁을 받아 운영하더라도 지방자치단체 책임하에 제공되는 임상시험용역이면 면세를 적용할 수 있음을 안내하였습니다.
  • 시행령 제46조 별도 예외 조항 검토가 필요하며, 예외에 해당하는 경우에는 면세 적용이 되지 않음을 추가로 유의해야 합니다.

L관련 법령 해석

  • 부가가치세법 제26조: 특정 재화 또는 용역의 공급에 대해 부가가치세 면제. 19호에서 국가·지방자치단체 등이 공급하는 재화 또는 용역은 대통령령에서 정한 것에 한해 면세.
  • 부가가치세법 시행령 제46조: 국가·지방자치단체 등이 공급하는 재화 또는 용역 중 일부(예: 부동산임대업, 도·소매업 등)는 면세에서 제외함.
  • 부가가치세법 제3조: 국가·지방자치단체도 부가가치세 납세의무자가 될 수 있음을 명시.
  • 기획재정부 부가가치세제과-236(2014.3.17.): 임상시험용역이 의료보건용역에 해당하지 않는다는 점 명시.
사례 Q&A
1. 지방자치단체가 임상시험을 위탁해 제공할 때 부가가치세가 면제될까?
답변
지방자치단체가 자체의 계산과 책임으로 제공하는 임상시험용역은 원칙적으로 부가가치세 면세가 가능합니다.
근거
부가가치세법 제26조와 시행령 제46조의 적용을 받으며, 예외 용역에 해당하지 않으면 면세가 인정됩니다.
2. 지자체 위수탁 병원 임상시험 연구도 부가세 면세가 적용될까?
답변
지방자치단체 소속 병원이 지자체 책임하에 임상시험 연구용역을 제공하면 부가가치세 면세 대상이 될 수 있습니다.
근거
국세청 서면-2014-부가-21618 회신에 근거하여, 시행령 제46조 예외만 아니면 면세대상이 됩니다.
3. 부가가치세법상 임상시험 용역의 과세·면세 기준은 어떻게 되나?
답변
국가 또는 지방자치단체가 대통령령에서 정한 용역이 아닌 경우 면세가 인정됩니다.
근거
부가가치세법 제26조 제1항 19호, 시행령 제46조에서 면세 범위와 예외를 명시합니다.

* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.

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요지

지방자치단체가 공급하는 용역(위수탁용역 포함)은「부가가치세법 시행령」제46조에 해당하는 용역을 제외하고는 부가가치세를 면제하는 것으로 지방자치단체의 계산과 책임으로 제공하는 임상시험용역은 부가가치세 면세대상인 것임

회신

지방자치단체가 공급하는 용역(위수탁용역 포함)은「부가가치세법 시행령」제46조에 해당하는 용역을 제외하고는 부가가치세를 면제하는 것으로 지방자치단체의 계산과 책임으로 제공하는 임상시험용역은 부가가치세 면세대상인 것입니다.

[관련 참고자료]

1. 사실관계

질의 병원은 A시에서 시민의 보건의료 및 의료구호활동을 목적을로 출범하여 현재 의료서비스를 모든 시민에게 제공하는 것을 목표로 진료, 공공의료, 연구활동 등이 진행되고 있으며 운영은 B대학교병원의 위수탁으로 운영되고 있음

2. 질의내용

 A시가 운영하는 질의 병원의 경우에도 수탁받은 임상시험연구용역에 대하여 2014.3.17. 기획재정부 유권해석에 따라 부가가치세가 과세되는 지 여부

3. 관련된 법령 및 기존 해석사례

부가가치세법 제3조 【납세의무자】

다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로서 개인, 법인(국가ㆍ지방자치단체와 지방자치단체조합을 포함한다), 법인격이 없는 사단ㆍ재단 또는 그 밖의 단체는 이 법에 따라 부가가치세를 납부할 의무가 있다.

1. 사업자

2. 재화를 수입하는 자

부가가치세법 제26조 【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】

① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

19. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

② 제1항에 따라 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 통상적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 그 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다.

부가가치세법 시행령 제46조 【국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역으로서 면세하는 것의 범위】

법 제26조제1항제19호에 따른 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역은 다음 각 호의 재화 또는 용역을 제외한 것으로 한다.

1. ⁠「우정사업 운영에 관한 특례법」에 따른 우정사업조직이 「우편법」 제15조제1항에 따른 선택적 우편역무 중 소포우편물을 방문접수하여 배달하는 용역

2. ⁠「철도건설법」에 따른 고속철도에 의한 여객운송용역

3. 부동산임대업, 도매 및 소매업, 음식점업ㆍ숙박업, 골프장 및 스키장 운영업, 기타 스포츠시설 운영업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

가. 국방부 또는 ⁠「국군조직법」에 따른 국군이 「군인사법」 제2조에 따른 군인, 「군무원인사법」 제2조에 따른 군무원, 그 밖에 이들의 직계존속ㆍ비속 등 기획재정부령으로 정하는 사람에게 제공하는 재화 또는 용역

나. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 그 소속 직원의 복리후생을 위하여 구내에서 식당을 직접 경영하여 음식을 공급하는 용역

4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 의료보건 용역

가. 제35조제1호 단서에 따른 진료용역

나. 제35조제5호에 해당하지 아니하는 동물의 진료용역

○ 기획재정부 부가가치세제과-236, 2014.3.17.

약사법 제34조의2에 따른 임상시험실시기관이 같은 법 제2조제15호에 따른 임상시험 용역을 의약품 제조업자 등에게 공급하는 경우 부가가치세법 제26조제1항제5호 및 같은 법 시행령 제35조에 따른 의료보건용역의 공급에 해당하지 않으며, 같은 법 시행령 제42조제2호 및 같은 법 시행규칙 제32조에 따른 새로운 이론·방법·공법 또는 공식 등에 관한 연구용역의 공급에 해당하지 아니함

출처 : 국세청 2015. 01. 13. 서면-2014-부가-21618 | 국세법령정보시스템