장기임대주택 임대기간 미충족시 거주주택 비과세 특례의 영향

요지

1세대가 장기임대주택의 임대기간요건을 채우기 전에 거주주택 비과세특례를 적용받은 후, 장기임대주택의 임대기간요건을 충족하지 못하게 되는 경우에는 비과세받은 양도소득세를 납부하여야 하며, 임대기간요건을 충족한 1개의 장기임대주택을 양도할 때에는 직전거주주택 양도일 후의 기간분에 대해서만 1세대1주택 비과세 적용함

회신

1. 귀 질의 1의 경우, 우리 청의 기존해석사례(상속증여세과-4, 2013.03.27)를 참고하시기 바랍니다.
2. 1세대가 양도하는 1개의 주택이 ⁠「임대주택법」제6조에 따라 임대주택으로 등록한 사실이 있고, 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(이하 ⁠“직전거주주택”이라 함)이 있었을 경우에는 직전거주주택 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 ⁠「소득세법 시행령」제154조제1항을 적용하는 것이며, 이때 양도소득금액의 계산은 같은 법 시행령 제161조를 따르는 것입니다.

※ 관련참고자료

1. 질의내용 요약

 ○ 사실관계

  - 1993.04.26. 甲, 서울 강남구 ○○동 소재 A아파트 취득
(재건축으로 2016년 이주 예정임)

  - 2001.11.30. 甲의 처(乙), 서울 강서구 ○○동 B아파트 취득

                 (세대전원이 2년 이상 거주요건 충족함)

  - 2015.11.20. A주택 주택임대사업자등록(구청 및 세무서)

  - B주택을 매도예정

 ○ 질의내용

  1. B주택을 매도하여 1세대1주택 비과세 특례를 적용받은 후, A주택이 재건축으로 인해 이주하여 5년 임대기간을 충족하지 못하더라도 특례사항에 포함되어 B주택의 양도소득세 비과세에는 영향을 미치지 않는 것인지

  2. A주택이 재건축 완공된 후 1세대 1주택인 상태에서 재건축된 A^-주택을 양도할 때 비과세 대상인지

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 ⁠(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 소득세법 제89조 【비과세 양도소득】

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

1. ~ 2. 생략

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 대통령령으로 정하는 1세대 1주택

나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

② 생략

○ 소득세법 시행령 제154조 【1세대1주택의 범위】

① 법 제89조제1항제3호가목에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 "1세대"라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간의 제한을 받지 아니한다.

1. ~ 3. 생략

② ~ ⑨ 생략

⑩ 제1항에 따른 1세대 1주택이 다음 각 호의 요건에 모두 해당하는 경우에는 제155조제19항 각 호 외의 부분 후단에 따른 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1주택을 보유한 것으로 보아 제1항을 적용한다.

1. ⁠「임대주택법」 제6조에 따라 임대주택으로 등록한 사실이 있을 것

2. 해당 주택의 보유기간 중에 제155조제19항 각 호 외의 부분 후단에 따른 직전거주주택이 있었을 것

⑪ 생략

○ 소득세법 시행령 제155조 【1세대1주택의 특례】

① ~ 생략

제167조의3제1항제2호에 따른 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 다음 각 호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 "거주주택"이라 한다)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다. 이 경우 해당 거주주택이 ⁠「임대주택법」 제6조에 따라 임대주택으로 등록한 사실이 있고 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양도한 다른 거주주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거주주택을 말한다. 이하 "직전거주주택"이라 한다)이 있는 거주주택(이하 이 항에서 "직전거주주택보유주택"이라 한다)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다.

1. 거주주택: 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록 및 ⁠「임대주택법」 제6조에 따른 임대주택사업자의 등록을 한 날 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것

2. 장기임대주택: 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 ⁠「임대주택법」 제6조에 따라 임대주택으로 등록하여 임대하고 있을 것

1세대가 장기임대주택의 임대기간요건(이하 이 조에서 "임대기간요건"이라 한다)을 충족하기 전에 거주주택을 양도하는 경우에도 해당 임대주택을 장기임대주택으로 보아 제19항을 적용한다.

1세대가 제20항을 적용받은 후에 임대기간요건을 충족하지 못하게 된(장기임대주택의 임대의무호수를 임대하지 아니한 기간이 6개월을 지난 경우를 포함한다) 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 제1호의 계산식에 따라 계산한 금액을 양도소득세로 신고ㆍ납부하여야 한다. 이 경우 제2호의 임대기간요건 산정특례에 해당하는 경우에는 해당 규정에 따른다.

1. 납부할 양도소득세 계산식

　거주주택 양도 당시 해당 임대주택을 장기임대주택으로 보지 아니할 경우에 납부하였을 세액 - 거주주택 양도 당시 제19항을 적용받아 납부한 세액

2. 임대기간요건 산정특례

가. ⁠「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 수용 등 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유로 해당 임대기간요건을 충족하지 못하게 되거나 임대의무호수를 임대하지 아니하게 된 때에는 해당 임대주택을 계속 임대하는 것으로 본다.

나. ⁠「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재건축사업(이하 "주택재건축사업"이라 한다) 또는 같은 법에 따른 주택재개발사업(이하 "주택재개발사업"이라 한다)의 사유가 있는 경우에는 임대의무호수를 임대하지 아니한 기간을 계산할 때 해당 주택의 관리처분계획 인가일 전 6개월부터 준공일 후 6개월까지의 기간은 포함하지 아니한다.

제19항을 적용받으려는 자는 거주주택을 양도하는 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고서와 기획재정부령으로 정하는 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

1. ⁠「임대주택법 시행령」 제8조제2항에 따른 임대사업자 등록증

2. 장기임대주택의 임대차계약서 사본

3. 임차인의 주민등록표 등본 또는 그 사본

4. 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 서류

생략

○ 소득세법 시행령 제161조 【직전거주주택보유주택 등에 대한 양도소득금액 등의 계산】

① 제154조제10항에 따른 1세대 1주택 및 제155조제19항 각 호 외의 부분 후단에 따른 직전거주주택보유주택(이하 이 조에서 "직전거주주택보유주택등"이라 한다)의 양도소득금액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

② 제1항에도 불구하고 직전거주주택보유주택등이 제156조제1항에 따른 고가주택인 경우 해당 직전거주주택보유주택등의 양도소득금액은 다음 각 호의 계산식에 따라 계산한 금액을 합산한 금액으로 한다.

1. 직전거주주택 양도일 이전 보유기간분 양도소득금액

2. 직전거주주택 양도일 이후 보유기간분 양도소득금액

③ 제1항 및 제2항에 따라 계산한 직전거주주택보유주택등의 양도소득금액이 법 제95조제1항에 따른 양도소득금액을 초과하는 경우에는 각각 그 초과하는 금액은 없는 것으로 한다.

④ 제1항 및 제2항제1호에 따른 양도소득금액 계산시 장기보유특별공제액은 법 제95조 제2항 표1을 적용하고, 제2항제2호에 따른 양도소득금액 계산시 장기보유특별공제액은 법 제95조제2항 표2를 적용한다.

○ 소득세법 시행령 제167조의3 【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】

① 생략

1. 생략

2. 법 제168조에 따른 사업자등록과 ⁠「임대주택법」 제6조에 따른 임대사업자 등록(이하 이 조에서 "사업자등록등"이라 한다)을 한 거주자가 임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다). 다만, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 "기존사업자기준일"이라 한다) 현재 ⁠「임대주택법」 제6조에 따른 임대사업자등록을 하였으나 법 제168조에 따른 사업자등록을 하지 아니한 거주자가 2004년 6월 30일까지 동조동항의 규정에 의한 사업자등록을 한 때에는 ⁠「임대주택법」 제6조에 따른 임대사업자등록일에 법 제168조에 따른 사업자등록을 한 것으로 본다.

가. ⁠「임대주택법」 제2조제3호에 따른 매입임대주택을 1호 이상 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 아니하는 주택

나. 기존사업자기준일 이전에 사업자등록등을 하고 「주택법」 제2조제3호에 따른 국민주택규모에 해당하는 ⁠「임대주택법」 제2조제3호에 따른 매입임대주택을 2호 이상 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택(기존사업자기준일 이전에 임대주택으로 등록하여 임대하는 것에 한한다)으로서 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 취득 당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택

다. ⁠「임대주택법」에 의하여 대지면적이 298제곱미터 이하이고 주택의 연면적(제154조제3항 본문의 규정에 의하여 주택으로 보는 부분과 주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함하고, 공동주택의 경우에는 전용면적을 말한다)이 149제곱미터 이하인 건설임대주택을 2호 이상 임대하는 거주자가 5년 이상 임대하거나 분양전환(동법에 의하여 임대사업자에게 매각하는 경우를 포함한다)하는 주택. 이 경우 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액(「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 주택가격이 있는 경우에는 그 가격을 말한다)이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원을 초과하지 아니하는 주택을 말한다.

라. ⁠「임대주택법」 제2조제3호에 따른 매입임대주택[미분양주택(「주택법」 제38조에 따른 사업주체가 같은 조에 따라 공급하는 주택으로서 입주자모집공고에 따른 입주자의 계약일이 지난 주택단지에서 2008년 6월 10일까지 분양계약이 체결되지 아니하여 선착순의 방법으로 공급하는 주택을 말한다)으로서 2008년 6월 11일부터 2009년 6월 30일까지 최초로 분양계약을 체결하고 계약금을 납부한 주택에 한정한다]으로서 다음의 요건을 모두 갖춘 주택. 이 경우 해당 주택을 양도하는 거주자는 해당 주택을 양도하는 날이 속하는 과세연도의 과세표준확정신고 또는 과세표준예정신고와 함께 시장·군수 또는 구청장이 발행한 미분양주택 확인서 사본 및 미분양주택 매입 시의 매매계약서 사본을 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

　 1) 대지면적이 298제곱미터 이하이고 주택의 연면적(제154조제3항 본문에 따라 주택으로 보는 부분과 주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함하고, 공동주택의 경우에는 전용면적을 말한다)이 149제곱미터 이하일 것

　 2) 5년 이상 임대하는 것일 것

　 3) 취득 당시 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 3억원 이하일 것

   4) 수도권 밖의 지역에 소재할 것

　 5) 1)부터 4)까지의 요건을 모두 갖춘 매입임대주택(이하 이 조에서 "미분양매입임대주택"이라 한다)이 같은 시·군에서 5호 이상일 것{가목에 따른 매입임대주택이 5호 이상이거나 나목에 따른 매입임대주택이 2호 이상인 경우에는 가목 또는 나목에 따른 매입임대주택과 미분양매입임대주택을 합산하여 5호 이상일 것(나목에 따른 매입임대주택과 합산하는 경우에는 그 미분양매입임대주택이 같은 시·군에 있는 경우에 한정한다)}

(이하 이 조 생략)

나. 유사사례 ⁠(판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 상속증여세과-4(2013.03.27.)

〔 회 신 〕

1. 1세대가 장기임대주택의 임대기간요건(이하 "임대기간요건"이라 함)을 충족하기 전에 거주주택을 양도하는 경우에도 ⁠「소득세법 시행령」제155조제19항에 따른 거주주택 특례을 적용받을 수 있는 것이나, 거주주택 특례를 적용받은 후에 임대기간요건(임대의무호수를 임대하지 아니한 기간이 6개월을 지난 경우 포함)을 충족하지 못하게 된 때에는 같은 조제21항에 따라 양도소득세를 신고․납부하는 것입니다.

2. 또한, 해당 임대주택이 ⁠「소득세법 시행령」제155조제21항제2호 나목에 따른 임대기간요건 산정특례 대상(「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재건축사업 또는 같은 법에 따른 주택재개발사업의 사유가 있는 경우 해당 주택의 관리처분계획 인가일 전 6개월부터 준공일 후 6개월까지의 기간은 포함하지 아니하는 것을 말함)인 경우에는 재개발 후 신축된 주택의 임대기간을 합산하여 임대기간을 계산하는 것입니다.

○ 부동산거래관리과-571(2012.10.25)

〔 회 신 〕

1.「소득세법 시행령」 제167조의3제1항제2호에 따른 장기임대주택과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 같은 영 제155조제19항 각 호의 요건을 모두 충족하는 해당 1주택(거주주택)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 같은 영 제154조제1항에 따른 1세대 1주택 비과세 규정을 적용받을 수 있는 것입니다.

2. 이 경우 해당 장기임대주택의 임대기간을 계산할 때 주택 재개발사업으로 철거된 경우 철거된 재건축 공사기간은 합산하지 아니하고, 재개발 후 신축된 주택의 임대기간은 합산하는 것입니다.

3. ⁠(생략)

○ 서면-2015-부동산-22586(2015.03.13)

〔 회 신 〕

1. ⁠「소득세법」제168조에 따른 사업자등록과 ⁠「임대주택법」제6조에 따른 임대사업자 등록(이하 ⁠“사업자등록 등”이라 함)을 한 거주자가 임대주택으로 등록하여 임대하는 「소득세법 시행령」제167조의 3제1항제2호각목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 ⁠“장기임대주택”이라 함)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 같은 영 제155조제19항각호의 요건을 모두 충족하고 해당 1주택(이하 ⁠“거주주택”이라 함)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 같은 영 제154조제1항에 따른 1세대 1주택 비과세를 적용하는 것입니다.

2. 생략

3. 장기임대주택의 임대기간 요건을 충족하기 전에 거주주택을 양도하는 경우에도 위1.을 적용하는 것이나, 그 후에 장기임대주택의 임대기간요건을 충족하지 못하게 된 때에는 같은 조 제21항의 규정에 따라 양도소득세를 신고․납부하여야 하는 것입니다.

4. ~ 5. 생략

출처 : 국세청 2015. 12. 22. 서면-2015-부동산-2342[부동산납세과-2104] | 국세법령정보시스템