투자세액공제 적용 자산 임대시 추징 여부 및 사업승계 인정 기준

요지

내국법인이 ⁠「조세특례제한법」 제24조 및 같은 법 제26조 따라 투자세액공제를 적용받았으나, 투자완료일부터 2년이 지나기 전에 해당 자산을 임대한 경우 해당 자산에 대한 투자세액공제상당액에 이자 상당 가산액을 가산하여 법인세로 납부

회신

내국법인이 ｢조세특례제한법｣ 제24조 및 같은 법 제26조 따라 투자세액공제를 적용받았으나,
투자완료일부터 2년이 지나기 전에 해당 자산을 임대한 경우 ｢조세특례제한법｣ 제146조에 따라 해당 자산에 대한 투자세액공제상당액에 이자 상당 가산액을 가산하여 법인세로 납부하여야 하는 것입니다.

1. 질의내용

 ○ 질의법인은 패션사업 관련 물류센터 투자가 완료된 2012년도에

   -창고시설에 대해서는 조세특례제한법 제26조에 의거 고용창출투자세액공제를 적용받았으며

   -물류자동화설비에 대해서는 조세특레제한법 제24조에 의거 생산성향상시설투자세액을 적용받은 받았음

 ○ 취득 완료 이후 패션사업과 관련한 모든 권리와 의무를 양수자에게 양도하면서 양수인의 자금사정에 따라

   -물류센터 등 일부 자산은 양도자산에서 제외하였으나 양수인이 제외된 동 물류센터 등 자산 일체를 임차하여 직접 사용하고

   -향후 매각시 양수인과 사전협의를 거쳐야 하는 조건인 경우

   -조특법 §146에 따라 당해 2년내 처분하는 투자자산에 대한 기 투자세액공제를 추징하는지, 영 §137의 ⁠‘사업의 승계’에 해당되어 추징대상에서 제외되는지 여부

2. 사실관계

 ○ 질의법인은 김포물류센터 투자가 완료된 2012년도에 창고시설에 대해

   -창고시설에 대해서는 조세특례제한법 제26조에 의거 고용창출투자세액공제를 적용받았으며

   -물류자동화설비에 대해서는 조세특레제한법 제24조에 의거 생산성향상시설투자세액을 적용받은 받았음

 ○ 질의법인은 2013.9월 패션사업 부문을 을법인(양수자)에게 사업양도 계약을 체결하여 2013.12월 양도

 ○사업양도계약거래는 패션사업과 관련한 모든 권리와 의무를 양수자에게 포괄적으로 이전하는 것을 기본 전제로하는 거래이나

   -양수자의 자금사정에 따른 요청에 의하여 김포물류센터(부지, 건물 전체 및 부속설비 등 포함) 등 일부 자산을 사업양수도 거래의 양도대상 자산에서 제외

 ○양수도 계약서 제2.7조에 ⁠“양수자가 인수한 사업에 계속하여 사용 할 수 있도록 하면서, 양수자에게 우선 매수 권리를 부여”하고 있어

  -양도인이 임의로 제3자에게 양도하는 것을 제한하는 조건의 거래임

3. 관련 법령

○ 조세특례제한법 제146조 【감면세액의 추징】

   제5조, 제11조, 제24조부터 제26조까지, 제94조 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 소득세 또는 법인세를 공제받은 자가 같은 조에 따라 투자완료일부터 2년이 지나기 전에 해당 자산을 처분한 경우(임대하는 경우를 포함하며, 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다)에는 처분한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 해당 자산에 대한 세액공제액 상당액에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자 상당 가산액을 가산하여 소득세 또는 법인세로 납부하여야 하며, 해당 세액은 「소득세법」 제76조 또는 「법인세법」 제64조에 따라 납부하여야 할 세액으로 본다.

○ 조세특례제한법 시행령 제137조 【감면세액의 추징】

 ① 법 제146조에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

  1. 현물출자, 합병, 분할, 분할합병, 「법인세법」 제50조의 적용을 받는 교환, 통합, 사업전환 또는 사업의 승계로 인하여 당해 자산의 소유권이 이전되는 경우

  2. 내용연수가 경과된 자산을 처분하는 경우

  3. 국가·지방자치단체 또는 「법인세법 시행령」 제36조제1항제1호나목에 따른 학교 등에 기부하고 그 자산을 사용하는 경우

○ 부가가치세법 제10조 【재화 공급의 특례】

⑧ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다.

 2. 사업을 양도하는 것으로서 대통령령으로 정하는 것. 다만, 제52조제4항에 따라 그 사업을 양수받는 자가 대가를 지급하는 때에 그 대가를 받은 자로부터 부가가치세를 징수하여 납부한 경우는 제외한다.

○부가가치세법 시행령 제23조 【재화의 공급으로 보지 아니하는 사업 양도】

   법 제10조제8항제2호 본문에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 사업장별(「상법」에 따라 분할하거나 분할합병하는 경우에는 같은 사업장 안에서 사업부문별로 구분하는 경우를 포함한다)로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것(「법인세법」 제46조제2항 또는 제47조제1항의 요건을 갖춘 분할의 경우, 「조세특례제한법」 제37조제1항 각 호의 요건을 갖춘 자산의 포괄적 양도의 경우 및 양수자가 승계받은 사업 외에 새로운 사업의 종류를 추가하거나 사업의 종류를 변경한 경우를 포함한다)을 말한다. 이 경우 그 사업에 관한 권리와 의무 중 다음 각 호의 것을 포함하지 아니하고 승계시킨 경우에도 그 사업을 포괄적으로 승계시킨 것으로 본다.

   1. 미수금에 관한 것

   2. 미지급금에 관한 것

   3. 해당 사업과 직접 관련이 없는 토지ㆍ건물 등에 관한 것으로서 기획재정부령으로 정하는 것

4. 관련 사례

○ 법규과-225, 2013.3.5.

   내국법인이 신기술을 기업화하기 위한 사업용자산에 투자를 진행하면서 ｢조세특례제한법｣ 제11조에 따른 연구 및 인력개발을 위한 설비투자에 대한 세액공제를 받다가 건설 중인 해당 자산을 다른 내국법인에 현물출자하는 경우에는 같은 법 시행령 제137조제1항제1호에 해당하여 같은 법 제146조에 따른 감면세액의 추징대상이 되지 아니하는 것임

○ 법인세과-4072, 2008.12.18

   사업용자산 등에 투자한 법인이 당해 투자자산과 그 투자자산이 속한 사업부문을 분할하거나 포괄양도하는 경우 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제137조 제1항 제1호의 사업의 승계에 해당하는 것임

○ 재조예46019-31, 2002.3.8.

   사업용자산 등에 투자한 법인이 당해 투자자산과 그 투자자산이 속한 사업부문을 분할하거나 포괄양도하는 경우 조세특례제한법상의 투자세액공제는 사업용자산 등에 투자한 당해 법인이 받는 것임

○ 법인22601-898, 1991.05.07

   법인이 조세감면규제법 제72조의 임시투자세액공제를 받은 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 것은 같은 법 시행령 제65조 제6항의 사업의 승계로 보아 공제세액 추징대상이 아니나, 귀 질의의 사업양도가 사업승계에 해당되는지 여부는 구체적인 양도양수 내용에 따라 사실 판단할 사항임

○ 재조세46070-370, 1996.12.30.

  조세감면규제법 제124조 제3호 단서의 규정에 의하여 감면세액의 추징대상에서 제외되는 ⁠“사업양수도방법에 의한 법인전환”이라 함은 동법시행령 제108조 제8항의 규정에 의하여 사업장별로 그 사업에 관한 모든 권리(미수금 제외)와 의무(미지급금 제외)를 포괄적으로 승계하여 법인으로 전환하는 경우를 말하는 것임.

○ 법인46012-138, 1994.01.14., ⁠(사업부문별 포괄양도 인정)

  축산업·광업 및 제조업을 겸영하면서 광업용 기계장치를 투자하여 구조세감면규제법 제72조 제1항의 규정에 의한 임시투자세액공제를 적용받은 내국법인이 그 투자를 완료한 날로부터 5년이 경과되기 전에 경영합리화조치에 따라 사업부문별로 3개의 법인으로 분리함에 있어서 그 중 광업부문의 경우 농지이전 및 보전에 관한 법률과 여신관리규정에 의한 제한등 부득이한 사유로 농지등 일부토지를 제외하고 나머지 사업용자산 일체를 새로이 분리된 광업법인에 그대로 양도·양수하여 그 사업의 동질성이 유지되었다면 구조세감면규제법 제92조 제2호 단서 및 같은법시행령 제65조 제6항에서 규정하고 있는 ⁠[사업의 승계로 인하여 당해 자산의 소유권이 이전되는 경우]에 해당되는 것임. ⁠(同旨 : 법인세과-4072, 2008.12.18.)

○ 대법원97누4494, 1997.12.09 → 승계인이 투자자산으로 사업을 계속하는 경우에 한하여 허용

  임시투자세액공제제도는 경기부양을 위하여 필요한 경우 기업의 설비투자에 대하여 투자세액을 공제하여 줌으로써 그 투자를 유인하는 제도로서, 세액공제의 대상인 투자자산을 단기간 내에 처분하여 버리는 경우에는 위 제도의 목적을 달성할 수 없으므로 공제세액을 추징하여야 할 것이나, 투자자산의 처분이 사업의 승계과정에서 이루어져 사업승계인이 그 투자자산으로 사업을 계속하는 경우에는 위 제도의 목적 달성에 아무런 지장이 없으므로 예외적으로 추징대상에서 제외하는 것이라 할 것이다.

 ○ 서울고등법원2008누31798, 2009.05.28

  이 사건 점포가 소규모로 그 판매물품의 유통기간이 대부분 짧은 것이고, 수량도 많지 않으며, 양수인으로서는 점포를 새로 재정비하여야 하므로 재고물품을 인수하지 않은 것일 뿐이고, 매입거래처는 각 사업자의 사정상 이를 인수하지 않을 수도 있는 것이므로, 그와 같은 사정만으로는 이 사건 계약이 부가사치세법 과련 규정의 사업의 양도에 해당하지 않는 것으로 볼 수 없다는 원고의 주장에 대하여, 어떠한 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계할 지라 양도인의 사업 중 자신이 필요한 특정 부분에 관하여만 이를 인수하기로 하는 내용으로 양도자와 계약을 체결하였다면, 이는 위와 같은 포괄적 사업의 양도에 해당한다고 할 수 없는바, 이 사건에서와 같이 양수인이 자신이 필요한 시설, 영업권 등만을 선별적으로 양수하였다면 이는 위와 같은 사업의 양도에는 해당하지 않는다 할 것

○ 대법원2000두4095, 2002.06.14 → 순차적으로 취득하여도 포괄승계 인정

   사업의 포괄적 이전'이라 함은 양수인이 양도인으로부터 그의 모든 사업시설뿐만 아니라 영업권 및 그 사업에 관한 채권, 채무 등 일체의 인적, 물적 권리와 의무를 양수함으로써 양도인과 동일시되는 정도로 법률상의 지위를 그대로 승계하는 것을 의미하는 것이므로( 대법원 1990. 8. 28. 선고 90누1892 판결, 1995. 9. 15. 선고 94누8303 판결 등 참조), 사업을 포괄적으로 양도·양수하려는 의도로 양수인이 사업용 자산의 일부를 실질상 매매에 해당하는 임의경매 집행절차에 의하여 낙찰받아 취득하면서 나머지 사업용 자산, 영업권 및 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 양도인과의 별도의 양도계약에 의하여 연달아 취득하는 등으로 사회통념상 전체적으로 보아 양도인과 동일시되는 정도로 법률상의 지위를 그대로 승계한 것으로 볼 상황이라면, 이는 제2차 납세의무를 지게 되는 사업의 포괄적 승계에 해당한다고 봄이 타당하다

○대법원2004두10593, 2004.12.10

  부가가치세법이 사업의 양도를 재화의 공급으로 보지 아니하여 비과세대상으로 정하고 있는 취지는, 부가가치세의 과세대상이 되는 재화나 용역의 공급행위라고 하더라도 공급의 대상인 재화나 용역이 부가가치세의 성질상 재화나 용역으로 볼 수 없거나 그 공급의 내용이 부적당한 경우에는 이를 비과세대상으로 하는 것인데, 사업의 양도는 특정 재화의 개별적 공급을 과세요건으로 하는 부가가치세의 공급의 본질적 성격에 맞지 아니할 뿐만 아니라 일반적으로 그 거래금액과 나아가 그에 관한 부가가치세액이 커서 그 양수자는 거의 예외 없이 매입세액을 공제받을 것이 예상되어 이와 같은 거래에 대하여도 매출세액을 징수하도록 하는 것은 사업양수자에게 불필요한 자금압박을 주게 되어 이를 피하여야 한다는 조세 내지 경제정책상의 배려에 연유하는 데 있는 것이므로(대법원 1983. 6. 28. 선고 82누86 판결 참조), 여기에서 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 양도라 함은 사업장별로 사업용 재산을 비롯한 물적·인적 시설 및 권리의무 등을 포괄적으로 양도하여 사업의 동일성을 유지하면서 경영주체만을 교체시키는 것을 말하는 것이다(대법원 1999. 5. 14. 선고 97누12082 판결, 대법원 2001. 10. 26. 선고 2000두7520 판결, 대법원 2003. 1. 10. 선고 2002두8800 판결 등 참조). 따라서 거래 상대방이 과세유형을 달리하는 간이과세자인 경우에는 사업의 동일성을 유지하면서 경영주체만을 교체시키는 사업의 포괄적 양도에 해당하지 아니함

○기획재정부 조세특례제도과-177, 2009.02.18

甲법인이 투자중인 에너지절약시설 또는 사업용자산을 乙법인이 양수하여 투자를 완료하고 해당 시설을 사업에 사용하는 경우로서 甲법인의 양도가「조세특례제한법」제146조에 따른 감면세액 추징사유에 해당하는 경우 에너지절약시설투자세액공제 또는 임시투자세액공제 방법은 양수법인인 乙법인이 양수금액을 포함한 전체 투자금액에 대하여 에너지절약시설투자세액공제 또는 임시투자세액공제를 적용하고, 양도법인인 甲법인에는 감면세액을 추징하는 것입니다

  *사업의 포괄 양․수도에 해당하지 않는 거래임

○서일46011-10271, 2001.10.06

 조세특례제한법 제26조의 규정에 의해 임시투자세액공제를 받은 거주자가 공제받은 세액을 같은법 제145조 제5항에서 규정한 용도에 사용하지 아니한 상태에서 공동사업자에게 ⁠‘사업의 승계’로 인하여 당해자산의 소유권이 이전되고 페업한 경우에는 미사용감면상당액에 같은법시행령 제137조 제8항에서 규정한 이자상당액을 가산하여 소득세를 추징하는 것입니다.

출처 : 국세청 2014. 04. 08. 법인세과-158 | 국세법령정보시스템